1HPXA

Hiv-1 protease complexed with the inhibitor kni-272
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of HIV-1 protease with KNI-272, a tight-binding transition-state analog containing allophenylnorstatine.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1995-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hpxA00
1HPSA 3I7EA 3IN3A 3QAAA 4XKXA 1GNMA 3EM6A 5P54A 3O99A 4RVIA 5P4QA 4GJ7A 4HVPA 5P5NA 1B6PA 5AH7A 3L5DA 4J1KA 1Z8CA 4DFGA 3VF5A 1EPOE 4YHQA 1EPPE 4GJBA 5P3NA 3L58A 5P1IA 3UFNA 1ZBGA 2IS0A 5OZAA 3UDYA 5P8NA 5DQ5A 3D3TA 1HTRB 1SGZA 3DOXA 4Y4WA 1FIVA 5P66A 2VJ9A 5P3FA 2B7ZA 5P5WA 2QI5A 4DQEA 3RSVA 1HEGE 5C9BA 3B80A 2OHPA 1HIIA 2AOJA 5P6VA 3CKRA 3QP0A 1M43A 4LXKA 1EC2A 4D85A 5P2AA 3SA4A 2FXDA 2PYNA 5P0EA 3OU3A 3TH9A 5P5UA 1ZLFA 2VIEA 4Y51A 5P3GA 5P1UA 4J1EA 5P2OA 5P82A 4Y3PA 1F7AA 5P2EA 4APRE 1FMXA 1ME6A 4L1AA 4DV9A 2FIVA 4I10A 5P1EA 3VF7A 2OHTA 5I3VA 4Y4XA 3NDTA 1HOSA 5P40A 2AOIA 1HIHA 4B0QA 5DR0A 2B7FA 2R8NA 2AQUA 4Y3DA 3HD8A 4PHVA 5AHBA 4YBFA 3PJ6A 4CPQA 3D1ZA 1OD1A 3L5CA 1FQ4A 4Y3FA 2FDDA 3VFBA 5P4FA 3CICA 3GI0A 3S56A 3CIBA 7UPJA 1B6LA 5AHCA 3O9GA 1XN2A 4YOBA 4FAEA 2QI3A 4Y6MA 1IZHA 4EYRA 3VYEA 5P0UA 3LIYA 4Y35A 3OXVA 4Y3LA 1FG6C 4I0EA 4B1DA 4MC1A 2H6SA 9HVPA 3PB5A 5ENKA 1LF3A 5P6UA 5P4TA 2P4JA 3OXCA 3EL9A 2QZKA 3SAAA 1EPRE 5P4JA 5BS4A 5P50A 2ER0E 2O4PA 5OZLA 3G70A 3MXEA 3OY4A 4MC9A 4FRKA 5P3BA 3LZUA 1C6ZA 5P43A 1LYWB 3TKGA 3LIVA 4ZSPA 5P0QA 3MSLA 1PSAA 5DR7A 4DQCA 5P1MA 1UH8A 3AUPA 1QS8A 2G1SA 5P2IA 3EL5A 2R43A 2QAKA 5SXNA 4GZFA 5P2TA 4NJUA 1SDUA 2O4KA 5P2NA 2JJJA 1AAQA 5UPJA 5IVTA 2AVOA 5P5XA 4R95A 5P5ZA 2QHYA 3JVWA 5P5VA 3K5FA 4OBDA 2Q11A 7HVPA 3ECGA 3ZKMA 3K4VA 5E5KA 3OOZA 4OBGA 4CPWA 2JJIA 5P55A 5P7IA 3SLZA 3L5BA 1SDVA 5P71A 4ACXA 1LYBB 5OZ7A 5P6ZA 2ZJHA 5P3LA 4OBHA 4MC6A 3HVGA 4J0VA 4Y4ZA 5OZHA 3QROA 4TRYA 3ZPUA 4ZSRA 2ZJNA 5F00A 4Y53A 5OZXA 3MWSA 3U7SA 1ZSFA 4FSLA 4K9HA 5P4VA 5P6LA 2F3KA 1IVQA 1GVVA 4I0IA 4EQ0A 1SGUA 3D91A 5P0ZA 4Y3GA 1W50A 3BVAA 4L7HA 4Y54A 1ENTE 2BPWA 1TZSA 2ZHUA 4I0GA 3PSGA 3OQ7A 5OYQA 5P2KA 4M8YA 3KMXA 1CZIE 1LYWA 5KOQA 5P2YA 5P3IA 1KJ4A 4B70A 3LIQA 4D89A 4DJQA 5P4CA 4E43A 3GI4A 5P7ZA 1TQFA 5CLMA 5JFUA 2IRZA 5P11A 5P8RA 3OADB 5P7NA 3Q70A 4Y5GA 3OAGB 2WF0A 2PC0A 1UH9A 2R5QA 1PPLE 5OZ5A 4ACUA 2AODA 4Y3ZA 5P00A 1WBMA 5APRE 2AVSA 2PK5A 1OEWA 1ER8E 5P0TA 3FSMA 2AIDA 2NMZA 4BFDA 5AHAA 2QD6A 4HEGA 5P0DA 2ER9E 3A2OA 2NXLA 4LXMA 2G69A 5P47A 5P2JA 1B6KA 5P4HA 4ZPFA 1YG9A 3GGVA 4DJWA 4H3GA 1LYBA 1MRXA 3UQWA 4ZPEA 4I0FA 5P14A 1EBKC 3HDKA 3APPA 5OZ3A 5P7SA 4AZYA 4K4RA 3T11A 2CENA 3PI0A 3L5EA 3PGIA 2QMPA 3UCBA 5P53A 4GJDA 3PWWA 4GB2A 3PCWA 5P8KA 2VIYA 5J25A 2QHCA 5P1JA 4Y5LA 1E81E 5P5YA 4I0ZA 8HVPA 3S53A 5P81A 2VIZA 1HPVA 1BDRA 5P0PA 1A30A 2ZJIA 1NPVA 5P2UA 5P4BA 3L5FA 1MERA 5P8MA 1B11A 2AOHA 1HVIA 4J1CA 1HVSA 5P3KA 4R8YA 5P4OA 2AVMA 3BHEA 3BUFA 3PEPA 4RLDA 5P3MA 1MPPA 4U8WA 3C9XA 2ZHVA 3O9LB 1BXQA 2VJ7A 5HE7A 3S54A 4LP9A 3RU1A 3PMUA 2QNNA 2G1OA 1KJHA 3ZKNA 2OHLA 1CMSA 1TCXA 5ER1E 1EBWA 5P0OA 5P6PA 5P1XA 5P4EA 5P26A 5P05A 4Y3HA 4YD3A 2Z4OA 3LZSA 5P1VA 2XYEA 5TOLA 1HTFA 4Z22A 3OADA 3UDKA 1XN3A 2ZGAA 3PLDA 4OD9B 5P0CA 3JW2A 2I4VA 5P1OA 5P52A 5P17A 5P27A 5P01A 5OZEA 1IZDA 4YDGA 1GVXA 5OYVA 3VV8A 3OGPA 2V13A 5ENMA 1QRPE 4KB9A 2O4LA 5P1DA 4X2LA 5SZ9A 5HDUA 2OHRA 4NJVA 5P5QA 4QJ9A 1A94A 4D8CA 5I3XA 2ER7E 5DR4A 2WKZA 1C6YA 1T3RA 3S8IA 3QI1A 5P2GA 3TPLA 2BQVA 3S7LA 3INHA 4DJPA 2FGUA 2G1YA 3NXNA 4NPUA 2AZ9A 5P06A 4D83A 1QBSA 2P8HA 2XYFA 5P3WA 4Q1XA 5OYTA 4HDPA 4RCDA 1DMPA 3OHFA 5P31A 2JE4A 1K1TA 2O4NA 4Y5BA 5P84A 5OZPA 1FQ6A 1ZPKA 1YTHA 3RTHA 1HIVA 2F3EA 2PMAA 3VV6A 1XL2A 4L6BA 2G1RA 2G22A 5P0LA 4R5NA 5OZCA 2AOEA 3CMSA 3FNUA 4QJAA 3OGQA 3NR6A 2QD8A 4DPIA 3KYRA 5P80A 5KAOA 1ZAPA 3OQFA 1D4LA 3NWQA 3HLOA 5P7XA 1C70A 1VIKA 2OHQA 5P6MA 2AVQA 5P74A 2BJUA 4LHHA 3BC4A 1HVKA 5P1QA 3SA3A 3PWMA 3O9BA 4B77A 5P87A 2OHUA 5P1HA 3LIZA 4OD9A 5OYRA 3CKPA 5P1GA 2G94A 5P85A 3OXWA 5P89A 3RTNA 2V11C 3PRSA 3EXOA 2ZJLA 4GJ5A 5E5JA 3VLBA 1IZIA 2WF3A 3VYFA 5P6SA 2G21A 3IVIA 4NPTA 4CP7A 5P5RA 2AZCA 2BKTA 3QBHA 2PWCA 3NU5A 4DJVA 4J0PA 5P5FA 3RSXA 5P38A 3R0YA 5P3CA 4D88A 5ISJA 2IL2A 2AZBA 1AM5A 5AH9A 2R9BA 5P49A 3QS1A 1HVLA 1HWRA 5P3OA 5P48A 3OUAA 3GGAA 3QPJA 5P39A 3Q6YA 1MUIA 3TL9A 3UHLA 3LPKA 4Y5EA 5P5TA 3EKPA 1LF2A 3SA6A 2XFIA 5P4RA 4J5JA 5KQXA 1META 3SO9A 2VA5A 2QP8A 2RKGA 5P19A 5P7UA 4AA8A 2Q64A 2PWRA 5P8QA 1RPIA 5P78A 1ZJ7A 4Q5MA 2HB4A 5P2LA 3R4BA 3UQPA 5SY2A 1ODYA 1NPWA 4Y3QA 5OZWA 3NU9A 5P5JA 5HDXA 4ER2E 1FLHA 5P2RA 4WY1A 3QRSA 5P29A 5P5AA 5P3YA 5P2CA 2R3WA 4QJ7A 5EZXA 2V00A 3D1YA 2HC0A 5P0WA 1K2CA 2UY0A 5P4UA 1JLDA 4RROA 3ZPTA 2FGVA 2AOGA 1HVHA 4OC6B 4B1EA 4J1HA 1W5YA 4J17A 3T7PA 4ZLSA 3BGBA 2R38A 5P6JA 2B8LA 3QN8A 1W5XA 3K5DA 2F3FA 3TNEA 4TRZA 1BDLA 2ANLA 4RGHA 5P4GA 1MT7A 3TOHA 1AZ5A 3MXDA 3RTMA 5P15A 1VIJA 1HTGA 3KF0A 3F9QA 3IAWA 2IGXA 5B18A 5P7GA 5P8IA 5OZ0A 1YTGA 3NXEA 2PQZA 4CPXA 1APWE 5P86A 4KUPA 5P64A 4BFBA 1EPLE 4J1IA 3QIHA 5IS4A 2J9KA 5F01A 5P1CA 2ZJKA 4Y4EA 5P4XA 3VEUA 5DQ4A 5P6XA 2P3BB 5P6EA 5P7PA 3JVYA 4K8SA 2OHNA 5P75A 1QBTA 2VNNA 3VSWA 4EXHA 3EC0A 4U7QA 1AJVA 4Z2ZA 1YX9A 3OUCA 1OHRA 4Y4AA 3PWRA 1TSQA 1LV1A 3O9FA 1FKNA 5P8JA 2PK6A 4DI2A 2QMDA 4QJ2A 2HPFA 3EKWA 4EPJA 5P8FA 2FDEA 2QU2A 3NWXA 3KDBA 3EKTA 4Y3NA 4YCTA 1GNOA 5P2VA 1BWAA 5P0XA 2I4DA 2BB9A 3MSJA 5HU0A 3PM4A 4RVXA 2ZHTA 4GJ9A 5OZYA 1MSNA 2AZ8A 1ODWA 2NMYA 1HPXA 3OHHA 4YCKA 2VS2A 3EL4A 5P8HA 5OYXA 3EKYA 4PZWA 5P4ZA 4Q1NA 3LZVA 5P3RA 3SM1A 4LXAA 4Y3WA 2QK5A 2G24A 5P2BA 5P7OA 5P5LA 4OC6A 3S43B 4F75A 3UTLA 5P4DA 5P3UA 5P4LA 1YTIA 4QJ6A 2XFKA 2QNPA 1AXAA 5P37A 4EJLA 1Z1RA 1FQ7A 5OZZA 5P0IA 3IA9A 1W5VA 4Y41A 1AVFA 5P2WA 5P4NA 5IVRA 2IKOA 5P1FA 2G1NA 4DQGA 2ZYEA 4DQHA 4ZEAA 4FLGA 5P0KA 2WEDA 2PSUA 1IZEA 5P7EA 5P8VA 4I0HA 3HZCA 3IN4A 3HAWA 1APUE 2P3BA 3ZLQA 4DH6A 1W6IA 2ZHRA 2FMBA 2OAHA 3NU3A 5P16A 3EKVA 5P24A 5P0AA 5P3EA 5OZDA 2FLEA 4CPTA 4EWOA 3WZ8A 4Y3YA 5P8PA 3UFLA 5COOA 1DW6C 5P7KA 4CMSA 2HIZA 1E82E 5OZFA 5P1RA 1Q9PA 3KT2A 3LZYA 2QZLA 2P3DA 4FRSA 3PVKA 5KR0A 1W6HA 1EBZA 5P30A 2BBBA 1LEEA 3L59A 1ODXA 1FMUA 2QI0A 3SFCA 4Q1WA 2NXDA 5COPA 4Y3XA 2IDWA 5JODA 2FXEA 5P8OA 2BKSA 1MSMA 4FRIA 2FS4A 3LINA 4EHCA 1LS5A 2ER6E 3NDUA 4OBKA 4JP9A 1YTJA 5P2MA 3FKTA 1LYAB 4F76A 4YDFA 4EJ8A 1J71A 2VNMA 4QGIA 1WKRA 2WJOA 5P6KA 2UXZA 3DV1A 3S43A 3OUDB 5OZ8A 5P2HA 4Y56A 2CEJA 3CYWA 5EZZA 3UDJA 3OU4B 5P36A 5P6TA 3UDQA 3SKGA 2PH6A 1BILA 3BXRA 5P42A 2OHMA 2PSVA 5P2ZA 1PROA 4R93A 5P07A 3EKXA 4DVFA 5P5MA 4DJYA 2PYMA 2F81A 3PMYA 3NSHA 5P7RA 1FFFC 3IXKA 3ZOVA 5P0RA 1W5WA 4Y5KA 1HSHA 3EM3A 3UDPA 5P4YA 1MTBA 3U6AA 1EPME 5P72A 5OZ9A 2AOCA 4YD5A 4GIDA 3NLSA 5KQFA 1SH9A 5KOSA 5SY3A 4RYCA 4I12A 6UPJA 3AIDA 4FIVA 2V10C 4ZE6A 3GI5A 3WZ7A 1F34A 1C6XA 1SMRA 3URJA 3KFPA 2RSPA 4DJXA 3SA8A 4IVTA 2F80A 3PI5A 4J0TA 1K2BA 2PSGA 4YBIA 2MIPA 1NSOA 5P1PA 4DPFA 3DM6A 3T6IA 5P7MA 1LZQA 1A8KA 3R0WA 2QI6A 3INDA 5P41A 3SKFA 3TKWA 3VLAA 3TPRA 1LYAA 5OZSA 4DJUA 1QDMA 3OUDA 5P57A 5P6HA 5P0FA 5HVPA 1M0BA 3OU4A 1FQ8A 2B42A 3ZKSA 5BRYA 3OU1B 3NYGA 5P1LA 3OAGA 3KFSA 4EJKA 3DCKA 3EKQA 3VFAA 4LC7A 5ISKA 4U7VA 4Y39A 1M4HA 3NUOA 1IDAA 4A6CA 2I0AA 4JPEA 2WEBA 5OYSA 2VKMA 1RL8A 1QBRA 3BGCA 3URLA 3T7QA 3OQKA 1DP5A 3QRVA 4B78A 5P3PA 2HAHA 5P8BA 3FNSA 3NUJA 3I8WA 1BV7A 1G35A 2AVVA 3L3AA 5IVSA 5P56A 3N3IA 1BXOA 4RCEA 5P0GA 4K4QA 4K4PA 3SA5A 5P5EA 6FIVA 4GJCA 5P34A 5OZTA 4CPUA 1G2KA 5IVQA 2OHKA 4Y37A 1XDHA 5P8LA 5OZVA 2F8GA 1EBYA 1KZKA 1KJFA 5I3WA 1FEJC 1B6JA 3PCZA 3HBOA 2VJ6A 4FSEA 2VA7A 1K6CA 2VIJA 3SM2A 4FE6A 2HB3A 5P1WA 5HCOA 5P02A 5P4KA 1MIQA 5P35A 4YOAA 5P8EA 4Y57A 1WBKA 2XFJA 1PFZA 1T7JA 1UH7A 5P7TA 1E80E 5P1ZA 1W51A 3NDXA 2O40A 3O9LA 4Y43A 4F74A 1YM4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HPS A;  3I7E A;  3IN3 A;  3QAA A;  4XKX A;  1GNM A;  3EM6 A;  5P54 A;  3O99 A;  4RVI A;  5P4Q A;  4GJ7 A;  4HVP A;  5P5N A;  1B6P A;  5AH7 A;  3L5D A;  4J1K A;  1Z8C A;  4DFG A;  3VF5 A;  1EPO E;  4YHQ A;  1EPP E;  4GJB A;  5P3N A;  3L58 A;  5P1I A;  3UFN A;  1ZBG A;  2IS0 A;  5OZA A;  3UDY A;  5P8N A;  5DQ5 A;  3D3T A;  1HTR B;  1SGZ A;  3DOX A;  4Y4W A;  1FIV A;  5P66 A;  2VJ9 A;  5P3F A;  2B7Z A;  5P5W A;  2QI5 A;  4DQE A;  3RSV A;  1HEG E;  5C9B A;  3B80 A;  2OHP A;  1HII A;  2AOJ A;  5P6V A;  3CKR A;  3QP0 A;  1M43 A;  4LXK A;  1EC2 A;  4D85 A;  5P2A A;  3SA4 A;  2FXD A;  2PYN A;  5P0E A;  3OU3 A;  3TH9 A;  5P5U A;  1ZLF A;  2VIE A;  4Y51 A;  5P3G A;  5P1U A;  4J1E A;  5P2O A;  5P82 A;  4Y3P A;  1F7A A;  5P2E A;  4APR E;  1FMX A;  1ME6 A;  4L1A A;  4DV9 A;  2FIV A;  4I10 A;  5P1E A;  3VF7 A;  2OHT A;  5I3V A;  4Y4X A;  3NDT A;  1HOS A;  5P40 A;  2AOI A;  1HIH A;  4B0Q A;  5DR0 A;  2B7F A;  2R8N A;  2AQU A;  4Y3D A;  3HD8 A;  4PHV A;  5AHB A;  4YBF A;  3PJ6 A;  4CPQ A;  3D1Z A;  1OD1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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