1HVKA

Influence of stereochemistry on activity and binding modes for c2 symmetry-based diol inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Influence of Stereochemistry on Activity and Binding Modes for C2 Symmetry-Based Diol Inhibitors of HIV-1 Protease
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvkA00
3TH9A 3NU5A 1FQXA 1HVSA 5DR0A 4Y6MA 4RROA 2Q54A 4S1GA 4DQGA 1MTRA 1AM5A 2V00A 1TSUA 4QJ6A 3UF3A 1XN3A 5OZCA 2I4XA 5P31A 1QBUA 4DI2A 1HHPA 3KDDA 4ZE6A 3K5FA 2F80A 3OK9A 4EXHA 3GI6A 4OBGA 1ME6A 2AZ9A 3D91A 3EM6A 4ZPEA 3JVWA 5P7JA 5P85A 3O9BA 4ZSMA 5P0PA 5P5XA 5P0LA 5P0ZA 3QRSA 4I8ZA 1T7JA 5P3WA 3HAWA 5P87A 2H6TA 1QBRA 1ZLFA 2WECA 2WKZA 4KUPA 5OYQA 5I3XA 3LZUA 5AGZA 4CPXA 3O9EA 4HEGA 5P10A 5P8KA 5P1AA 4PZXA 1IVQA 3L5CA 3O9GA 5P2IA 5P56A 1FG6C 4RYCA 1META 5P01A 5P65A 1HPXA 3DV5A 3LNKA 2JE4A 1EPNE 2AVSA 5P1FA 1MRXA 3TLHA 5P5MA 4QGIA 5P3PA 4B78A 5EZXA 3R4BA 3O9AA 1HEGE 1DP5A 2OHRA 5P35A 2FDPA 1LZQA 1OEXA 3NR6A 3SPKA 5P6FA 5P6DA 1YG9A 1ZPKA 5JG1A 5OZJA 4Y5BA 5P0FA 5P44A 4OBDA 4Y4JA 1HTGA 5P70A 1SH9A 3TPLA 4XXSA 4DQCA 3OQ7A 3IVHA 4KB9A 3FV3A 3OUDA 3CKRA 5P1JA 2JXRA 3O9HA 5P7LA 5P28A 4KE0A 1XL5A 4B77A 5P7BA 4F73A 8HVPA 2WF0A 2IKUA 4BFDA 4A4QA 4ZSRA 4MC9A 5P6IA 4FM7A 2Q55A 3NDTA 2I0AA 5P5DA 3PWMA 2ER6E 4Y4BA 4FS4A 1Z1HA 3PEPA 4K9HA 5P1GA 5P86A 3NDWA 5P3VA 3I6OA 3IAWA 1AIDA 4Y3AA 4QJ9A 3URLA 5OZ0A 5F00A 2VA5A 4HLAA 4IVTA 3FNUA 3VLAA 3SFCA 4LAPA 5P1QA 1G0VA 1K6TA 5P46A 3C9XA 3CIBA 2ZJNA 5P82A 2QZKA 4I10A 5P00A 5AH7A 2IGXA 5I3WA 5DQ2A 1KJHA 1RV7A 5P1RA 5P8AA 5P3RA 5P6UA 3OXXA 3DCRA 4Z2ZA 1UH8A 5P2TA 4DJYA 3INDA 4LBTA 3UDHA 5P38A 5OYZA 5P7AA 5P3FA 4FCOA 4RVJA 1KJ7A 5P62A 1BV9A 5P07A 2OHSA 1NPVA 3R2FA 1HSHA 3OQAA 5P6XA 1M4HA 4Y3TA 2V13A 1K6CA 3S7MA 5P8MA 2NXDA 3OUCA 3DUYA 3KFRA 5P8OA 3QI1A 1A8GA 1MTBA 4ZEAA 1AJXA 1YT9A 1IDBA 1APVE 3O9CA 5P7KA 4QJ8A 2P3DA 5P0CA 5P7TA 4Z22A 5P06A 1GKTA 3WZ6A 3D20A 4Y45A 5HE5A 3OHFA 5OYRA 2G27A 4I0GA 5P7ZA 1F34A 3FKTA 2G1OA 3I7EA 1HIVA 3OQDA 1LEEA 1UH9A 1PFZA 4ZSPA 3IXKA 3K5DA 3PBZA 4J0YA 2ZHRA 3KFPA 4RYGA 5P6PA 4RRNA 3T7XA 3NUOA 1D4KA 1YTIA 1ZSRA 2PWCA 2Q63A 2HS1A 1FMUA 3GI0A 4EPJA 5P8TA 3QAAA 3UDJA 5APRE 5P03A 2PSGA 4Y9WA 5AHBA 4LXAA 5KAOA 2NMYA 3SA4A 4E43A 4BFBA 5P1SA 3KN0A 4Y3QA 2FGUA 5P5AA 4GMIA 3SM1A 2PQZA 3D1ZA 2HPFA 1YM2A 5DQCA 3RSXA 1DIFA 5P5LA 3LPKA 5HCOA 5SY2A 2ZJHA 3PGIA 4CPQA 4DUSA 4FLGA 2MIPA 5P1KA 1DW6C 1HVLA 3IN4A 1LS5A 1YM4A 2IL2A 2B8VA 4FRIA 2ANLA 4QJ2A 4EXGA 5P8UA 5KOSA 4XX4A 5BRYA 3EKXA 4WY1A 5HU1A 1C6XA 3PB5A 4Y5GA 4A6BA 5P6OA 4U7VA 2IRZA 3S2OA 1GVVA 2HS2A 1W5WA 2R5QA 2B60A 4NPTA 5UPJA 3L58A 1CPIA 3EKTA 3R0WA 2BKSA 5P8IA 4CMSA 1FGCC 4YCKA 2QZWA 5CLMA 1RQ9A 4OC6A 3MXEA 4B70A 3S43B 1TCWA 3Q70A 5P6QA 3KFNA 5FIVA 5OZQA 3UDKA 1LYAB 2V12C 3KM4A 4D85A 6FIVA 4N00A 2QNPA 3OTSA 4TRYA 2OHPA 1LYWA 1TQFA 1AVFA 4Y4UA 4NPUA 3APPA 3PMUA 4J0TA 5P6KA 5P6EA 3LIYA 5P8SA 1W50A 3OHHA 5P0NA 2QI3A 1ZSFA 1BDQA 5P8EA 3H0BA 1YTHA 5P04A 1NSOA 1LF4A 3TPPA 4OD9B 2FS4A 2P83A 4GJ6A 4GB2A 3SA6A 2PH8A 1D4SA 1Z1RA 1HIIA 2H6SA 2VNNA 3DJKA 2G1SA 3G6ZA 4Y3EA 2UY0A 4DVFA 3SA5A 1E5OE 5P57A 3VYEA 5KQZA 1HVJA 4Y4DA 5I3VA 1HTFA 5BWYA 3FIVA 2FDDA 5P0QA 2NXMA 4FRKA 5P0DA 4ER4E 2Z54A 2NTRA 3CMSA 3IXJA 5P0XA 1UH7A 4LP9A 5P39A 3UPJA 2P3BB 1DMPA 5P5CA 5ISKA 1IVPA 4Y3SA 3URJA 3SKGA 4Y50A 5P4SA 4DPIA 3VSWA 4PPHA 5OYXA 4PZWA 1APWE 3FX5A 3KMYA 3D1XA 4J1FA 1VIJA 5P2SA 1FMXA 5P5YA 1LV1A 2AOIA 2ZHTA 4Y37A 2R5PA 2QD7A 4Y3LA 5P84A 2G26A 1EPOE 5P0HA 5KR8A 3DM6A 1ZAPA 4Y41A 4COEA 2XFIA 2HB4A 5P1OA 5P8FA 2ZHUA 5OZ6A 5P8RA 2J9JA 3KDCA 4H3FA 3OXCA 3HD8A 4B1EA 3EBZA 2QAKA 5P30A 4FE6A 1LYBA 1FEJC 4B1DA 3BGBA 3PLLA 3B7VA 4GJ5A 5IVQA 1W5YA 3BUGA 2ER9E 3BXRA 4YD6A 4R91A 4FIVA 4DJWA 2JJJA 4J1IA 3SABA 5KOQA 1MSNA 4Z4XA 1RL8A 1WBMA 4TRWA 2RENA 5P0GA 4XX3A 1EC2A 3D3TA 5P6YA 1BV7A 5P5QA 1NPAA 2ZHSA 5P6JA 5P4DA 2FMBA 1JLDA 1BXQA 2OHQA 1B5FA 2Q5KA 2AVVA 2XFKA 1FQ8A 5P7EA 3GI5A 3I8WA 1HIHA 1FG8C 4B00A 1QRPE 2ER0E 3BRAA 1YTGA 3INEA 5P76A 2NR6A 1D4YA 3M9FA 4APRE 5P6AA 5P1XA 5P3IA 2O4PA 4CKUA 3UQUA 2BJUA 5OZNA 2AOGA 1HVHA 1B11A 5AHAA 5HDUA 4RCDA 2I4UA 1HPVA 4DFGA 5HCTA 4CPWA 3CIDA 3CYXA 3UDPA 2A4FA 3T11A 2JYSA 4DQHA 2VA6A 5P45A 3TKGA 5P2UA 3QN8A 4EHCA 2VIJA 4Y3XA 2WEBA 2JJIA 5P1DA 3T7QA 2CEJA 2QMDA 3D1YA 4DJVA 2ZJJA 5P78A 1MSMA 5P60A 3ST5A 3ZMGA 3SA3A 5OYUA 4DV9A 1SP5A 2VA7A 5ENKA 5P61A 4ZLSA 3NXEA 1PROA 5P5EA 5P4UA 3OAGB 1SDTA 5P2JA 5HTZA 1TW7A 2RKGA 3L5EA 3MSLA 3S7LA 2AIDA 1EAGA 5C9DA 5P2FA 5P24A 3T6IA 4Y4WA 3O9FA 4HE9A 4I0JA 3VEUA 3PSYA 1MESA 3BGCA 5P14A 2BBBA 3EKQA 3RVIA 5SXNA 5P7MA 5P8LA 2ZE1A 4FAFA 3DCKA 5P0BA 1W5XA 4I0DA 1HRNA 4OBKA 3WB4A 1B6KA 1CZIE 5OZEA 1ODWA 5P72A 4NJTA 2B7FA 5P2HA 1ZBGA 5AHCA 5OZZA 1FF0C 5SZ9A 2WF2A 5P4BA 3VUCA 3NSHA 2B42A 1HOSA 5P2OA 5P4ZA 2ER7E 3L5DA 1WBKA 1D4IA 2PH6A 3O9LB 4Y4TA 5AH9A 5AH6A 1IIQA 2P3CA 1SMEA 1PSOE 3HBOA 1G35A 5P3AA 2VIYA 5P50A 1PPKE 3OU4B 1PSAA 4F74A 3NU3A 3O9DA 5P43A 1K1UA 2O4LA 5ER2E 5P0EA 3NYGA 3OU4A 3NWQA 3OXWA 1FMBA 5F01A 5IVTA 4YD7A 5P7NA 3NWXA 1DPJA 1G6LA 5P8HA 1ZTZA 5ENMA 5P79A 5P7SA 5OZ1A 3GI4A 4Y3ZA 5P8DA 1QBTA 2QU3A 4ZIPA 5P4OA 3SA8A 2VJ9A 1NH0A 5P3YA 3Q6YA 1MT9A 4GJ9A 5P55A 1SGUA 4Y3RA 5P7WA 5OZUA 5P2CA 1KJFA 2FDEA 3IXOA 5P36A 1WKRA 2OHUA 2VJ7A 5HDXA 5KR1A 5P2NA 2J9KA 2FXEA 5OZ9A 4YD3A 5P81A 3WB5A 3S56A 4QJ7A 5P3NA 5OYVA 2F8GA 2OHKA 5P63A 5P2RA 4U7QA 2QD8A 3PI0A 2I4QA 5EZZA 2G1YA 3S54A 5P5TA 5DQ5A 1MUIA 1HPSA 5OZ3A 4DJQA 2HM1A 3FNTA 3LIVA 2PYMA 4WY6A 5P7IA 5OZDA 2AZ8A 1T3RA 5B18A 5P09A 4F75A 5P4AA 3EL4A 2OHNA 3UQXA 4LL3A 4TRZA 4Y3FA 5P71A 4I0FA 5DR8A 2QZXA 3LZYA 4Y39A 3L59A 4YD4A 3UDMA 4R95A 5P15A 3U7SA 3ZKQA 4Y3PA 1EPRE 4DJUA 3EL1A 4MC2A 2R38A 3PWWA 4YHQA 1K2CA 3HVGA 3S85A 3IGBA 5P7UA 4DJOA 2AODA 3KDBA 3Q4BA 1BVEA 5P34A 4X2LA 2WEDA 5P6VA 1B6MA 4L1AB 2Q15A 2PWRA 3VYFA 5HVPA 5P3HA 5P3EA 4BELA 3PSUA 4OBZB 5OZLA 3DOXA 2EWYA 1ENTE 4YCYA 3LITA 1C6YA 4OBZA 1BAIA 5P4TA 3TKWA 4FSEA 5P1TA 1FFFC 2QI7A 1IZHA 3UFLA 1FQ5A 5P0WA 2I1AA 4B05A 3JW2A 4Q1NA 3INFA 3TPJA 4BEKA 3VV7A 5P3TA 3R0YA 4Y54A 4H3GA 4R5NA 3OU1B 4B72A 2OHLA 3OTYA 5P2ZA 1W51A 3KFSA 2HC0A 5OYSA 4EJKA 3LIQA 3SA7A 3SM2A 3UDNA 4Y5AA 1LF2A 4RZ1A 1EBZA 1D4HA 2AOHA 3QROA 4Y51A 1QS8A 1A8KA 5P4HA 4AA9A 3UQWA 3GW5A 5P4JA 4XKXA 3ER3E 4L6BA 5P2XA 3LPIA 2QI0A 3EM3A 4MC6A 4R93A 2BB9A 4K4RA 3ZL7A 5P33A 3EKYA 5OZFA 5P08A 3EL0A 2VS2A 4QJAA 5OZHA 4AZYA 3K5CA 4UPJA 1B6PA 3PWRA 5P7RA 4Y4AA 2F3FA 4PYVA 5P8PA 2G69A 5P4QA 2AVMA 1XN2A 4FRSA 5OZGA 4GJ8A 4TVGA 3HVPA 2BPWA 2QHCA 2QHZA 3MSJA 4QLHA 5CONA 4Y5PA 5P4RA 1PPLE 5P4WA 1XE6A 1HTEA 3ZPUA 3S43A 4Y36A 5P2EA 2OF0A 2ASIA 2VKMA 1LYAA 1FKNA 1FQ4A 2AQUA 3HLOA 2APRA 3EKPA 4RCFA 4B0QA 1AXAA 3LHGA 3ZKMA 2BPXA 3S45A 5P1EA 1KJGA 1EPQE 1HVKA 5KQXA 3VF5A 2HB2A 1HVCA 3OGQA 3BXSA 5HE4A 5P3JA 4J1EA 5P6LA 5P7HA 1BVGA 5P7DA 5P89A 2XYFA 1EEDP 4OD9A 2WF1A 4Y5EA 5P11A 1BDLA 5I70A 5DQ1A 1M0BA 5COOA 4TVHA 3L5FA 3QBFA 5P2YA 2QZLA 3OXVA 1ER8E 5P18A 3OUBA 5P0VA 4DJRA 1ZP8A 5P77A 3G70A 2ZJLA 5P2KA 4YBFA 4Y3HA 2G21A 5P6SA 5TOLA 3CICA 1B6LA 5P42A 3T7PA 2A1EA 5P3OA 5OZVA 4A6CA 2Q3KA 3URIA 4YD5A 1A94A 4K4PA 2QHYA 1TSQA 4Y5LA 3NUJA 3T3CA 3KYRA 4Q1WA 2BKTA 2P3BA 3OWNA 4LHHA 3WZ7A 3LIXA 5P26A 4J55A 1PPME 3TPRA 3TOGA 2UXZA 1QBSA 2WEAA 4M8XA 1T6GA 4Y3JA 1E80E 4YOBA 4WTUA 5P5KA 3ZKXA 2ZJMA 1FIVA 5P1WA 2V10C 5P29A 3CKPA 5P0SA 5P3BA 1IZIA 1EC0A 5J25A 3RTMA 4RLDA 2FNTA 5HD0A 1XDHA 5P5OA 4GJAA 4DQBA 3UQRA 1A30A 4EP2A 5P51A 5P25A 4AA8A 4OBFA 3OADB 5OZ2A 3TL9A 5P5NA 5P5PA 3LZSA 1GNMA 2WL0A 2BPVA 3CKTA 2R3WA 1ODXA 1MEUA 3MWSA 5P3MA 2QMPA 1SGZA 5P05A 3JVYA 3QVIA 5P4MA 3QPJA 5P0OA 3PCWA 5P1PA 4PEPA 4LC7A 5DR4A 1EPPE 3IN3A 3NU6A 5P17A 3TOHA 5P27A 5P6NA 1OEWA 5P6TA 3ECGA 2HIZA 1TZSA 4DPFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TH9 A;  3NU5 A;  1FQX A;  1HVS A;  5DR0 A;  4Y6M A;  4RRO A;  2Q54 A;  4S1G A;  4DQG A;  1MTR A;  1AM5 A;  2V00 A;  1TSU A;  4QJ6 A;  3UF3 A;  1XN3 A;  5OZC A;  2I4X A;  5P31 A;  1QBU A;  4DI2 A;  1HHP A;  3KDD A;  4ZE6 A;  3K5F A;  2F80 A;  3OK9 A;  4EXH A;  3GI6 A;  4OBG A;  1ME6 A;  2AZ9 A;  3D91 A;  3EM6 A;  4ZPE A;  3JVW A;  5P7J A;  5P85 A;  3O9B A;  4ZSM A;  5P0P A;  5P5X A;  5P0L A;  5P0Z A;  3QRS A;  4I8Z A;  1T7J A;  5P3W A;  3HAW A;  5P87 A;  2H6T A;  1QBR A;  1ZLF A;  2WEC A;  2WKZ A;  4KUP A;  5OYQ A;  5I3X A;  3LZU A;  5AGZ A;  4CPX A;  3O9E A;  4HEG A;  5P10 A;  5P8K A;  5P1A A;  4PZX A;  1IVQ A;  3L5C A;  3O9G A;  5P2I A;  5P56 A;  1FG6 C;  4RYC A;  1MET A;  5P01 A;  5P65 A;  1HPX A;  3DV5 A;  3LNK A;  2JE4 A;  1EPN E;  2AVS A;  5P1F A;  1MRX A;  3TLH A;  5P5M A;  4QGI A;  5P3P A;  4B78 A;  5EZX A;  3R4B A;  3O9A A;  1HEG E;  1DP5 A;  2OHR A;  5P35 A;  2FDP A;  1LZQ A;  1OEX A;  3NR6 A;  3SPK A;  5P6F A;  5P6D A;  1YG9 A;  1ZPK A;  5JG1 A;  5OZJ A;  4Y5B A;  5P0F A;  5P44 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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