1HVLA

Influence of stereochemistry on activity and binding modes for c2 symmetry-based diol inhibitors of hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Influence of Stereochemistry on Activity and Binding Modes for C2 Symmetry-Based Diol Inhibitors of HIV-1 Protease
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase(acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-01-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1hvlA00
4RYGA 4FCOA 1FQ5A 5P2BA 2B7ZA 4FAFA 1HTGA 3LZYA 4Y4WA 4Z4XA 1CMSA 2G26A 4I0FA 5P3NA 5P57A 3BUFA 3JVWA 2XYFA 4Y4DA 3TOFA 2CEJA 5P0KA 2Z4OA 5P7IA 4DQCA 4ZSMA 3LINA 5P10A 2R3WA 5DR1A 1HIVA 3T3CA 2WKZA 4B77A 6UPJA 4Z50A 5P1BA 5P5PA 3OXVA 3HW1A 1PSOE 2OHMA 5HDZA 2JE4A 3OHFA 5IVTA 2HC0A 5COOA 2FDDA 3S85A 1PSNA 3TL9A 2QAKA 4WY6A 3D3TA 5P30A 4Y4TA 1K6PA 5P13A 5SY2A 5P15A 3BXSA 5P3DA 1META 5P62A 4PEPA 2AZBA 5OZZA 3OY4A 4R92A 4Y57A 4NPUA 5OZFA 1ER8E 1EC2A 5P03A 4DQFA 4NJVA 1E80E 1T7KA 2A4FA 1RNEA 1FMXA 5TOLA 3PM4A 1C6ZA 4Q1YA 4F73A 8HVPA 5P33A 5P68A 1C6YA 1B6JA 5P4XA 4TRWA 4OC6A 4ZSRA 1HWRA 3AIDA 4B1DA 3CYXA 3SA7A 1SH9A 5P8CA 4AZYA 3LNKA 1ZTZA 2G94A 4OBZB 3O9BA 2QI4A 4I12A 5KQYA 5AH7A 3UPJA 4L7HA 3SAAA 4K4QA 2OHUA 1LF3A 1GNNA 2QI1A 4CPWA 1EPOE 1PPLE 5P6JA 1W6HA 4J0ZA 3O99A 4Y5KA 1MVPA 1APVE 3OGQA 4Y35A 3RSVA 1M4HA 3D20A 3VV7A 4Y38A 4LC7A 2I4VA 5P5KA 4F75A 3NUJA 5P1KA 1MRXA 2AVMA 4J1FA 5P08A 4D88A 1XN2A 5P3BA 2B8LA 2ZJJA 3CKPA 1UH8A 4DJOA 5P4GA 2OHRA 1Z1HA 5P7OA 5P0VA 2WF0A 5P5FA 4CPRA 3PLDA 4LXKA 5P24A 5P6GA 2AVSA 5P73A 5P4RA 5P8SA 1FG8C 1B5FB 5OYRA 1SP5A 4DV9A 5P0TA 4Z22A 2FGUA 1VIKA 4HDPA 4I8WA 5P66A 2WECA 5P3IA 1HRNA 3OADA 1EEDP 1SMEA 4YBIA 5P7EA 1HTRB 3QRVA 5P48A 4OBGA 3EC0A 1HVSA 3HVPA 1ZAPA 3IXOA 2G22A 5P78A 3KF0A 5P69A 1D4KA 2QU2A 5P3YA 3IA9A 5BWYA 4ER4E 5P37A 2IGXA 7HVPA 2AOCA 5OZ9A 2B42A 3UDYA 1ZPAA 3ZKSA 5APRE 5P2VA 5BS4A 3PB5A 5P4VA 2WHHA 4RROA 5I3WA 2I4QA 2IS0A 2F3KA 2AOFA 3IXKA 3R0YA 1EBKC 2V16C 4Y36A 1MT9A 1UH9A 3UDJA 4FSEA 5P71A 3SPKA 5P7AA 2IRZA 4H3FA 5P3WA 3FSMA 3NSHA 1SIVA 5P0RA 3SKFA 2AZ8A 4Y3DA 2G1NA 1TQFA 1W6IA 3R1GB 5P6FA 1EPNE 3PEPA 3UQPA 3QIHA 2VKMA 4DUSA 5P3OA 5P6DA 5P59A 5P8TA 4PYVA 2R3TA 1ZPKA 1RQ9A 4S1GA 4DFGA 1A30A 5P07A 2I4DA 5P2FA 5P23A 5P2TA 3EM6A 4OBJA 3PGIA 4OBFA 4I11A 5P8VA 1HIHA 4H1EA 1HVIA 2NNPA 3GI4A 3CICA 5P0PA 5P8JA 4D8CA 2J9KA 4TVHA 1YG9A 2FDEA 5P0OA 5OZIA 4A6CA 2Z54A 2PH8A 1BV9A 2ANLA 2Q55A 3KT2A 4Y4BA 1FMUA 2OHNA 5P1PA 4WTUA 4M8XA 3VF7A 3NUOA 5P7SA 3SM1A 2RSPA 5C9DA 1HEFE 5KOQA 4Y9WA 1HVLA 2QZXA 1Z1RA 2OHLA 3O9FA 2XFIA 4L1AB 4Y44A 4J1CA 1HPOA 4RZ1A 3M9FA 2VA7A 5P5NA 5P6SA 4Y3ZA 1K1TA 2IQGA 3CMSA 3URLA 3UFNA 4QLHA 1NPWA 5P3VA 5P8FA 4FE6A 4Y56A 5OZMA 3WZ8A 1HTEA 1ODYA 4LXAA 3OXCA 2WF3A 4MC2A 4Y4UA 2OHKA 3H0BA 1EBYA 5P50A 2XFKA 5P76A 4QJ9A 5OZ7A 3DV1A 5DGUA 5HE5A 1SBGA 2F3FA 5P2YA 4L7GA 4BELA 3PBDA 3UHLA 4KE0A 1YTGA 1W5WA 3OU4A 4EQ0A 2ZJHA 3EM3A 4DI2A 4J55A 2I4WA 3SA6A 3TLHA 2SAMA 1HXWA 4I0EA 1N49A 4GYEA 5P4WA 4H3JA 5E5KA 4Y50A 2RENA 4BEKA 3EMYA 3NWQA 1ZLFA 3MSLA 4OD9A 1A8KA 3GGUA 1CZIE 5P5GA 3EKYA 4LHHA 1E81E 3NWXA 3T11A 1HXBA 5P8UA 1IZEA 5JG1A 4XX4A 4Y54A 2PK5A 1GVTA 3RVIA 4DJWA 4R95A 5P1WA 4YHQA 1XN3A 5P4ZA 4Y5AA 2WEAA 2B7FA 3KMXA 5P4NA 4EJ8A 3Q5HA 4GJ6A 5P5OA 1D4HA 3PWWA 4I1CA 5P7KA 3PSUA 2NXDA 1AXAA 3L3AA 3OUDB 2VIYA 4X7IA 2RMPA 5P5MA 5P26A 5OZUA 2OHPA 3LPKA 1FQ8A 2JJJA 1LYBA 2XYEA 3TKWA 2QZWA 2VJ7A 4CP7A 2P3BB 3NXEA 4Y3LA 5IS4A 3IAWA 1F7AA 2RKGA 3KT5A 5P6XA 5P2AA 3QS1A 2G1OA 5I70A 5EZZA 4GJAA 3NLSA 5SXNA 3SO9A 3BUHA 3I2LA 3ZPSA 4QGIA 2ZHUA 5C9FA 3S43B 5P55A 3SLZA 2NPHA 5P6CA 3TH9A 4ZSQA 3LITA 4U7VA 5OZPA 5P36A 1KZKA 1IIQA 2O4PA 5P38A 1HVCA 3Q4BA 4J0VA 2FXEA 4A6BA 5P87A 1HIIA 2V13A 1IZDA 5P2QA 3NDTA 5P2KA 4ACXA 3A2OA 1LF2A 1QS8A 3G70A 2AZCA 3N3IA 1LYAA 3LIXA 5P0DA 5P4AA 3EL0A 4Y3EA 3OXXA 1UPJA 2AQUA 2G27A 5OYXA 3JW2A 5P20A 3G6ZA 5P3PA 2ZJIA 4Y3FA 5P02A 5P61A 2R8NA 4L6BA 5OYUA 5P7QA 4AUCA 1RL8A 2ZE1A 1OHRA 3CKRA 2BQVA 2HS1A 5P4KA 1PSAA 3ZKGA 2PK6A 4D89A 4DQEA 3INFA 4RCFA 1D4LA 3OTSA 3QVCA 2PH6A 2HPEA 5P5RA 3ER3E 4BFBA 2CENA 2WF4A 3SABA 2G1SA 2QK5A 5OZBA 1AVFA 5P12A 4Y3RA 4Y5NA 5P5YA 5P1SA 3INHA 1EPQE 1BXQA 2NMYA 1MT7A 5P8QA 1DP5A 4FSLA 5P84A 5KR1A 2I4UA 5P0XA 4DJVA 2F81A 3DK1A 3D91A 5OZWA 5P6PA 4H3GA 4FIVA 5P2EA 5P4LA 4DH6A 4EJKA 4Y3AA 3KFRA 5OYTA 1AZ5A 3WZ7A 5P4HA 5P42A 1APTE 2AIDA 5P8EA 3MSJA 4DJXA 5CLMA 5P1GA 5P5IA 3VLBA 3OAGB 2AOHA 3TPRA 3KMYA 5P3ZA 5HD0A 5P5CA 5P11A 4GIDA 2O40A 3O9IA 2V00A 3CIBA 3Q6YA 4RVIA 5OZHA 2F80A 2VNMA 4OBZA 4U8WA 1MT8A 1BDQA 3QI1A 4Y3TA 3IN4A 1FMBA 2ER7E 5P1RA 3BHEA 1LV1A 2IKOA 4XX3A 5P0JA 3VFBA 5OZSA 1ZJ7A 3KFPA 4EP3A 5P5XA 1SIPA 3ZPUA 4QJ7A 3RSXA 1AM5A 2HPFA 1TSUA 3NU5A 5P79A 3C9XA 1FQXA 5OYSA 3VUCA 3PLLA 5P04A 4YD5A 5P89A 3GGXA 4RRSA 5P3EA 1HTFA 5P7XA 5P17A 1EBZA 4YD3A 4H3IA 5P2GA 5P4UA 3VF3A 4LXMA 5P14A 2VNNA 3KDDA 4QJ2A 5P7NA 5P2HA 5P4QA 4HZTA 3NXNA 5P1AA 5T4SA 5P77A 2Q3KA 3MXDA 1HHPA 2UXZA 5P32A 3EKXA 3UF3A 5P1QA 4Y43A 4PZWA 1HOSA 5P88A 4RVXA 1VIJA 4OBHA 2BPWA 3S45A 2HB3A 4TRZA 5P82A 5P4JA 5P8KA 5P51A 5P6UA 2ZHTA 4Y5EA 1IVPA 1T6EX 1AIDA 2EWYA 3HZCA 5IVSA 5OZGA 2I0DA 4J0PA 5P7WA 5P2RA 4GJCA 4LP9A 1DMPA 4B05A 5B18A 1NPAA 3PWRA 3SA9A 4FAEA 5P4CA 2HB4A 5P6RA 1FLHA 3NU9A 5P1TA 3OXWA 5OZLA 5P81A 1HVRA 5HDVA 5AH6A 3SFCA 3ER5E 5KR2A 2QNPA 3B7VA 1IVQA 5P7JA 3ZKIA 1BVEA 1RV7A 5OZ2A 4Q1XA 1T3RA 5OYWA 3SA3A 1XE6A 3WSJA 5OZRA 5P3SA 5OZJA 1MTRA 2QD8A 3MXEA 5P4PA 3UQUA 3TNEA 1AAQA 4YD4A 2WEZA 5DQ5A 6FIVA 2FXDA 3OQAA 3ZOVA 4J54A 2MIPA 5P3XA 5P8LA 3GI6A 3GGAA 5P5EA 3VYEA 3KM4A 5AHBA 2UPJA 2AVQA 4FS4A 5P80A 3LZUA 1PPKE 3FKTA 2FMBA 1DW6C 1GVWA 3K5GA 3U71A 5P4BA 7UPJA 1SDVA 3K5CA 1B6PA 3OQ7A 4F76A 5I3XA 3OTYA 2ZHVA 3QAAA 1FGCC 2G1RA 5P6QA 4Y5LA 9HVPA 4Y3XA 5P44A 5P1CA 5P5VA 1FKNA 5KQZA 5KQXA 1AJXA 4R5NA 5P6OA 4J1IA 1IZHA 4L1AA 1T6GA 3DCKA 1IBQA 1LS5A 3NU4A 1ODXA 3UDPA 1Z8CA 3VLAA 2JXRA 2Q5KA 5OZKA 3KDBA 5P2OA 5P6ZA 3TPJA 5SZ9A 3UQXA 3OOZA 2ZHSA 4PHVA 1FIVA 5I3VA 1BWBA 5HE7A 4HLAA 5AH9A 5P64A 2P3DA 5EZXA 1BDRA 3ZKQA 3SQFA 2IL2A 3ZL7A 5OZVA 3LZSA 2RKFA 4GJ7A 5P19A 4TRYA 4Y5PA 3ZKXA 1SGZA 3S2OA 1NSOA 4Y6MA 4PZXA 1B6LA 5HE4A 5P5SA 5OZYA 5P0WA 1EAGA 5JFUA 2VJ6A 5P0QA 5P2WA 4FL8A 2G20A 4JPEA 3ECGA 4Y4AA 4JOOA 3KA2A 3APRE 3F9QA 2NXLA 5P1JA 1T7JA 3EL4A 5P1EA 5E5JA 3BGBA 5AHAA 2WL0A 2V0ZC 2OAHA 1W51A 3PSGA 2OHSA 3O9EA 1GNMA 4TVGA 5P5QA 2PYMA 2OHQA 1YM2A 3SA5A 3FX5A 3PHVA 4Y48A 5P05A 4I10A 2O4NA 2QHYA 5J25A 3RTNA 5P1UA 4Y47A 1F34A 5P1VA 1JLDA 5P39A 3TTPA 5P8RA 5SY3A 3LIVA 1QBUA 3PRSA 4J1HA 4YE3A 1LYWB 1WBKA 2ZJNA 5P2CA 4DQBA 4HDFA 2AVVA 4FM8A 5P18A 5P0IA 5OZ6A 3DV5A 2QNQA 4Y3JA 4K8SA 1OEWA 3URIA 3VSWA 2J9JB 5P8GA 4F74A 2ZYEA 5P4OA 2VA6A 3FV3A 3CYWA 5OZNA 1EPRE 4APEA 3OUDA 4CKUA 5DR4A 5P0LA 1MRWA 4J0YA 1BIMA 3URJA 2H6SA 4HE9A 4Y4EA 4EHCA 3K1WA 3NU3A 4RCEA 3QBFA 3S54A 5DR0A 2P3BA 5P1FA 5P5WA 5KR8A 5OZCA 5P5DA 3EM4A 5HCTA 4BFDA 3FNTA 4XXSA 1HPVA 5P4YA 2NTRA 4Y5GA 5P5AA 1W5VA 1W5YA 5KAOA 4EXGA 1ZP8A 1ME6A 1U8GA 5P7YA 3O9CA 3S43A 5HU0A 5FIVA 1TSQA 3L5DA 2IGYA 2Q54A 5AH8A 3D1XA 1ENTE 1SDTA 3EL5A 2FGVA 3PCWA 3O9DA 4HVPA 2B8VA 5DPZA 4DPFA 5P7BA 3I6OA 5AGZA 5DR7A 4Q1WA 4YD6A 5P2DA 5P4FA 2R43A 1BAIA 5OZOA 5P4IA 3QN8A 3O9LB 4K9HA 1W50A 5P0MA 3UDQA 4NPTA 2PSGA 4FM6A 2Q15A 1B6MA 3BVBA 5P56A 1M43A 4U7QA 4Y5CA 5BRYA 3WB4A 5P74A 1D4SA 2PSVA 3HVGA 2FDPA 3EBZA 3GI5A 3PVKA 5PEPA 4LL3A 4K4RA 1HEGE 4YOBA 4DVFA 5OZTA 1EC3A 5P5LA 5DQ2A 2A1EA 1NH0A 5P7FA 2F3EA 4RVJA 2V11C 4PPHA 1BXOA 3IN3A 5OZXA 4B1CA 1W5XA 3SM2A 5P4DA 5P6HA 2FNTA 3VCMA 5P7HA 1LYBB 5ER1E 3S7LA 5P16A 5KOSA 5P7ZA 4Y3MA 3KYRA 3HDKA 5OZ3A 3K5DA 1QBTA 3SA4A 3BVAA 4D83A 4DJRA 5P65A 4AMTA 4OBKA 2NNKA 5P40A 4FM7A 2V12C 5OYYA 2JYSA 4GJ9A 5P63A 5P6NA 3EXOA 3EL9A 3LIYA 5P3KA 5P6MA 1FQ6A 1HSGA 3MSKA 3APPA 3U6AA 4Y45A 3DOXA 3Q3TA 4Y58A 3HAUA 5P0AA 2NMZA 5P3MA 2O4SA 2QU3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RYG A;  4FCO A;  1FQ5 A;  5P2B A;  2B7Z A;  4FAF A;  1HTG A;  3LZY A;  4Y4W A;  4Z4X A;  1CMS A;  2G26 A;  4I0F A;  5P3N A;  5P57 A;  3BUF A;  3JVW A;  2XYF A;  4Y4D A;  3TOF A;  2CEJ A;  5P0K A;  2Z4O A;  5P7I A;  4DQC A;  4ZSM A;  3LIN A;  5P10 A;  2R3W A;  5DR1 A;  1HIV A;  3T3C A;  2WKZ A;  4B77 A;  6UPJ A;  4Z50 A;  5P1B A;  5P5P A;  3OXV A;  3HW1 A;  1PSO E;  2OHM A;  5HDZ A;  2JE4 A;  3OHF A;  5IVT A;  2HC0 A;  5COO A;  2FDD A;  3S85 A;  1PSN A;  3TL9 A;  2QAK A;  4WY6 A;  3D3T A;  5P30 A;  4Y4T A;  1K6P A;  5P13 A;  5SY2 A;  5P15 A;  3BXS A;  5P3D A;  1MET A;  5P62 A;  4PEP A;  2AZB A;  5OZZ A;  3OY4 A;  4R92 A;  4Y57 A;  4NPU A;  5OZF A;  1ER8 E;  1EC2 A;  5P03 A;  4DQF A;  4NJV A;  1E80 E;  1T7K A;  2A4F A;  1RNE A;  1FMX A;  5TOL A;  3PM4 A;  1C6Z A;  4Q1Y A;  4F73 A;  8HVP A;  5P33 A;  5P68 A;  1C6Y A;  1B6J A;  5P4X A;  4TRW A;  4OC6 A;  4ZSR A;  1HWR A;  3AID A;  4B1D A;  3CYX A;  3SA7 A;  1SH9 A;  5P8C A;  4AZY A;  3LNK A;  1ZTZ A;  2G94 A;  4OBZ B;  3O9B A;  2QI4 A;  4I12 A;  5KQY A;  5AH7 A;  3UPJ A;  4L7H A;  3SAA A;  4K4Q A;  2OHU A;  1LF3 A;  1GNN A;  2QI1 A;  4CPW A;  1EPO E;  1PPL E;  5P6J A;  1W6H A;  4J0Z A;  3O99 A;  4Y5K A;  1MVP A;  1APV E;  3OGQ A;  4Y35 A;  3RSV A;  1M4H A;  3D20 A;  3VV7 A;  4Y38 A;  4LC7 A;  2I4V A;  5P5K A;  4F75 A;  3NUJ A;  5P1K A;  1MRX A;  2AVM A;  4J1F A;  5P08 A;  4D88 A;  1XN2 A;  5P3B A;  2B8L A;  2ZJJ A;  3CKP A;  1UH8 A;  4DJO A;  5P4G A;  2OHR A;  1Z1H A;  5P7O A;  5P0V A;  2WF0 A;  5P5F A;  4CPR A;  3PLD A;  4LXK A;  5P24 A;  5P6G A;  2AVS A;  5P73 A;  5P4R A;  5P8S A;  1FG8 C;  1B5F B;  5OYR A;  1SP5 A;  4DV9 A;  5P0T A;  4Z22 A;  2FGU A;  1VIK A;  4HDP A;  4I8W A;  5P66 A;  2WEC A;  5P3I A;  1HRN A;  3OAD A;  1EED P;  1SME A;  4YBI A;  5P7E A;  1HTR B;  3QRV A;  5P48 A;  4OBG A;  3EC0 A;  1HVS A;  3HVP A;  1ZAP A;  3IXO A;  2G22 A;  5P78 A;  3KF0 A;  5P69 A;  1D4K A;  2QU2 A;  5P3Y A;  3IA9 A;  5BWY A;  4ER4 E;  5P37 A;  2IGX A;  7HVP A;  2AOC A;  5OZ9 A;  2B42 A;  3UDY A;  1ZPA A;  3ZKS A;  5APR E;  5P2V A;  5BS4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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