1IVQA

The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The crystallographic structure of the protease from human immunodeficiency virus type 2 with two synthetic peptidic transition state analog inhibitors.
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 2
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ivqA00
1C6ZA 1BXQA 3IAWA 5P8AA 1HRNA 1TSQA 5P53A 4Y5EA 2IENA 1HPSA 4HZTA 4CPSA 5P14A 3GW5A 2F8GA 2IDWA 1MT9A 4H1EA 5P8RA 5P4IA 3S8IA 4J1HA 5KR0A 3MSKA 4PPHA 1HVSA 1VIKA 3O9IA 3TTPA 3SAAA 2O4NA 2NXMA 2G21A 1T3RA 1B6LA 5P6LA 2WL0A 3SKFA 1LF3A 5I3WA 5P1SA 2P8HA 4DJOA 5OZ9A 5P4BA 5P8SA 5HU1A 2QI7A 2BQVA 3L5EA 3NU3A 5P2ZA 4OBZB 5P4SA 5P6JA 4FGXA 3RTNA 5P8NA 3QBFA 2R9BA 5COKA 5P5MA 4BFDA 3KDDA 3OTYA 3NDTA 3L38A 4OBDA 5P1FA 3LHGA 1D4KA 3RTHA 3EKQA 4R93A 3NU9A 3KMYA 5P40A 1FF0C 1W5WA 2I4XA 5P8JA 1A30A 3QPJA 3OQAA 1M0BA 5P5PA 5APRE 3OXWA 5OZ1A 5P7PA 4J0YA 4MC6A 5DPZA 1SDUA 2QU2A 5P2EA 5P3KA 4B1DA 3VLBA 5DGUA 2HM1A 5PEPA 1XN3A 2PC0A 5P8CA 3VCMA 2FDEA 3NR6A 5P55A 3T6IA 5P4YA 4AZYA 1SDTA 5P3CA 3FKTA 2AVVA 5P1ZA 5P0AA 5P11A 3PEPA 3T7QA 1U8GA 3TL9A 1K6VA 4CP7A 1EPRE 5DR8A 8HVPA 3VV6A 5JFUA 5OZ6A 5KQZA 2G24A 5P1CA 5OZMA 4L7JA 4Y5PA 5KOQA 1XDHA 2JE4A 3EMYA 3APRE 1FQ7A 4YD4A 5P0WA 1HPXA 1PSOE 3T7PA 1APVE 1LV1A 5P45A 1AXAA 2I0DA 1JLDA 5P7NA 3OADA 1YTJA 3T11A 4RVXA 5P0MA 2VJ6A 3APPA 4FCOA 5OZAA 1B6JA 1XS7D 3NDXA 3KYRA 4YDFA 5F01A 2BPXA 4NPTA 1AM5A 5DR0A 5I3YA 3UQRA 5P06A 2HS2A 4Y4TA 1MIQA 3LINA 3NXEA 5P2BA 2QNNA 5P24A 5AH8A 3D3TA 4LL3A 5HDVA 5ENKA 5OZVA 5P4FA 2OHTA 1C6XA 5OZYA 1UH7A 2FS4A 2Q63A 5P62A 1GVUA 2OHSA 5BS4A 2WF3A 2WF0A 4Y3TA 5P27A 3SA7A 2OHMA 3L5FA 3WSJA 2ZJMA 1PSAA 4Y3AA 5JODA 4R5NA 4R95A 2QZLA 1EC3A 2QZWA 1GVVA 5P2NA 1DMPA 4Y4ZA 5KOSA 4JPEA 4B0QA 5P77A 4Q5MA 4Y3JA 5P1OA 2ER9E 4YD7A 4Z2ZA 1IBQA 5P6TA 5OZ5A 3I7EA 3OUDB 4TRWA 3QI1A 3PI0A 5P2MA 5IVTA 3DV1A 3IXJA 3BVAA 2Q3KA 5P5SA 3HLOA 5P5HA 3IXOA 2IRZA 5P3XA 5P1BA 5P5TA 2NXLA 5P0ZA 3OOTA 4LXAA 5ISKA 5P17A 1D4YA 5DQ4A 1K1TA 3QN8A 4FRSA 3URIA 4NJTA 3PSGA 5HDZA 5P25A 3UTLA 5SY2A 5P7IA 3EKVA 2FIVA 5P82A 1EPNE 2PSVA 5P0IA 1HEGE 4PZWA 4A6CA 3PBZA 3RTMA 2P4JA 2OHLA 3LPKA 4A4QA 5P7SA 5P3TA 5P83A 5P7FA 4AA9A 4U7VA 2IS0A 4FRJA 1ODYA 5P0XA 3GGXA 4EP3A 4I8ZA 2ER7E 1KJFA 4UPJA 4FM6A 4LHHA 2ER6E 4DQFA 2HB2A 5P52A 4Y35A 3INFA 2IKOA 5P5IA 5OZXA 4IVSA 4GB2A 5P7QA 3OADB 5P4HA 4GIDA 1W51A 1J71A 2NPHA 1FQXA 3BUGA 1B6PA 5P6DA 1FEJC 5P6UA 3URLA 1CPIA 5P76A 1FKNA 3G6ZA 5P3AA 3GI5A 4DQHA 3PI5A 5OZUA 3VLAA 5KR1A 5P35A 4TVHA 5SXNA 5P2RA 5P0KA 3L5BA 3TOFA 3LZUA 3OGQA 2I4UA 5HE7A 3SA8A 1IZEA 2B7FA 5CLMA 4EXGA 3VYFA 5P61A 1ZP8A 2OHPA 3KFPA 5P1MA 5P1XA 3HAWA 5P2DA 2PH6A 4JOOA 5P2XA 5P48A 2NXDA 4NJSA 4DJRA 3O99A 1C70A 3N3IA 2NNKA 3TOHA 1LF2A 3S43A 1MT8A 1FFFC 5P30A 5P7RA 3PGIA 3TKWA 3UDPA 3R0WA 1HPVA 3B80A 2P83A 5P0PA 3DCKA 1C6YA 5AHBA 1TCWA 5P12A 3TH9A 1W6IA 4YOBA 2QMDA 3EKTA 4Y3ZA 2R8NA 1UPJA 4DV9A 3S2OA 3UDMA 4GJ6A 2ASIA 2P3AA 4Y4EA 5P2HA 4PEPA 5OYZA 4FRKA 5P68A 4Y57A 5P41A 5P3UA 5P7JA 3MXEA 3O9GA 4Y41A 5OZ4A 2QI5A 4F73A 3FV3A 3O9FA 1MTBA 2XYEA 1PFZA 2F3FA 3WB5A 2PSUA 3PJ6A 2AOCA 3AUPA 5P1GA 5P3ZA 2VNMA 3DCRA 4JECA 4I0FA 5SY3A 4D89A 5P05A 4Y4XA 3ER5E 5P3SA 1HVKA 3OU4A 1HOSA 3L5CA 4L7GA 4ER2E 4Y5NA 3PMUA 2NMZA 2HC0A 4LC7A 3NDWA 4XXSA 4GMIA 1GVWA 3LITA 2AVMA 4YA8A 1Q9PA 5P5GA 5OYTA 3NSHA 5P69A 2NR6A 3TOGA 2FGUA 3LZVA 1IVQA 3KN0A 1EPPE 5OZNA 5ISJA 5P7YA 5P78A 7UPJA 4GJ8A 2UY0A 3Q5HA 3KF0A 1NPVA 1XE6A 5P8LA 3KA2A 4CPQA 2WF1A 5OZOA 1EBZA 3U6AA 1QBTA 5EZXA 1YTHA 5P0DA 1K6TA 3GGVA 5P1TA 3PCZA 5P22A 5CONA 3O9HA 4Z22A 3FX5A 3PB5A 5OZTA 3O9DA 3DV5A 3OXXA 4J1KA 1EAGA 2AQUA 5P0OA 3VSXA 2G20A 4EXHA 1LYAB 1XN2A 1BWBA 4YDGA 3QS1A 1K2CA 3PCWA 5OZRA 3VFAA 2R43A 3OUAA 4R8YA 1FIVA 1KJ7A 1WBKA 2G1NA 3K4VC 1DW6C 1HVCA 3OU1A 2XYFA 3VG1A 5OZCA 4GJ7A 4OD9B 3UDNA 1SMEA 3RSVA 4Z50A 2OHNA 2B60A 2ZJJA 3LZSA 1BAIA 4GJAA 3R1GB 2VA5A 5P8TA 1MESA 4Y3SA 1IDAA 3NDUA 4OBGA 4X7IA 1D4HA 4HDPA 1G2KA 5P6AA 4EYRA 2QAKA 3RU1A 3TKGA 1NSOA 4RROA 4R92A 3HD8A 5P13A 3SABA 1HVRA 2AZBA 2PH8A 3VF7A 3WB4A 4E43A 5P8UA 1A9MA 5P26A 5P4XA 2I4QA 1Z8CA 5ENMA 5P0YA 4I0JA 4Y39A 5E5JA 4ACXA 4DJQA 2HS1A 5P4OA 2V0ZC 5OYUA 5P2GA 4ZE6A 3CIBA 1B6MA 5DQ1A 4ZSMA 3SLZA 3FNSA 3NWQA 1HWRA 2B8LA 5P00A 1EEDP 3O9BA 4XX4A 3ZKXA 1LYBA 2J9JB 1MUIA 5P0JA 5P2WA 2AVQA 4QJ8A 5OYSA 5P16A 1FLHA 4D83A 5P6YA 3GGAA 5SZ9A 5P6OA 2Q11A 2Z54A 3BHEA 2I4WA 1TW7A 5DQ5A 5P1YA 4DVFA 4HA5A 4DI2A 2R5PA 5P70A 2IQGA 2RKFA 5C9BA 5P3IA 4YD3A 1WKRA 3IGBA 3OUBA 1LYWB 1QBUA 2BKTA 4OBHA 3TLHA 4Y54A 5OZQA 2VKMA 3OAGA 3KT2A 4Q1XA 4H3JA 3EL0A 1SH9A 2G69A 2V12C 5P5OA 1A94A 2ZDZA 5I70A 2VJ7A 3ZKNA 2IGYA 5P7ZA 4Y3HA 3OGPA 2QZXA 3NYGA 4I0IA 5HE5A 1E5OE 3O9LA 4COEA 3BGBA 5P6EA 5HE4A 3VF3A 2AOFA 5P81A 3KM4A 1WBMA 5P34A 3UHLA 1M43A 4KE0A 1BDRA 9HVPA 5P43A 3U71A 3L3AA 4EWOA 5DGWA 4Y5BA 1MRXA 3BC4A 1BVGA 1EPME 1HIVA 2QK5A 5IS4A 5P7XA 2F81A 2NMYA 3OU3A 2VIZA 5IVSA 4Y3QA 1B11A 5P3GA 4YD5A 2VS2A 3S54A 4KUPA 5P80A 3VF5A 3INEA 4BFBA 4Y3LA 5T4SA 3LNKA 2VA6A 4JP9A 1EC2A 1W6HA 5P4UA 4EQ0A 4NPUA 1ODXA 2HIZA 2PYNA 1AAQA 4I0EA 4L1AB 1TZSA 3WZ8A 5BWYA 5P49A 1FQ5A 2ZGAA 1AZ5A 2O4KA 2G1RA 5OZ0A 4RCFA 3NLSA 1UH9A 5P6VA 4EJLA 5P3FA 1ZLFA 2O40A 3D1XA 5HCTA 1OD1A 2ZYEA 5KAOA 4GJCA 5P2JA 5IVQA 2FNSA 1FQ4A 3Q4BA 4J1CA 5P18A 1BXOA 4CPUA 3ZPTA 2FXEA 3OXVA 4I0HA 2Q5KA 3D1YA 3QBHA 5P0VA 2AOGA 4OC6A 3TNEA 5P5DA 5P7LA 3OQDA 4Y3FA 1E81E 5P65A 1QRPE 3CMSA 5P7GA 4ZLSA 4RVJA 1HIIA 1ZPAA 2NNPA 2V13A 3KT5A 1E80E 5P19A 4LAPA 4EJKA 1Z1RA 2QHZA 3UDYA 1PPKE 1ME6A 5P5LA 3AIDA 4X2LA 2O4LA 2JYSA 5P3PA 3OQFA 5AGZA 3S53A 3VFBA 2BPYA 3GI0A 2AOHA 4U8WA 3BUHA 2JXRA 5OZHA 5P7OA 3VV7A 3C9XA 3PLDA 4A6BA 3QRVA 3NUOA 4PZXA 4Y53A 3O9LB 5P3JA 4DJUA 2IGXA 1HVLA 4GJ5A 4Y5KA 3UDRA 5P7WA 3ZL7A 6APRE 5P5FA 5P0QA 1FMXA 1LF4A 4Y5AA 5J25A 3WZ7A 1HVHA 4TVGA 5P86A 3EC0A 5P3EA 3SM1A 1DPJA 1IVPA 4LBTA 1RL8A 5P36A 4CPWA 5P37A 2J9KA 3OWNA 5P3WA 4B00A 2QHCA 3QP0A 5AH9A 1SGUA 4DPFA 3D91A 4ER1E 3FNUA 2AVSA 1BDLA 1MPPA 3EM6A 1DIFA 1ZTZA 3HAUA 5F00A 2P3BA 3R4BA 3GI4A 4DJXA 3KDBA 5P6GA 3I6OA 4FRIA 5P38A 4GZFA 3BXSA 2ZHTA 1ZSRA 1GNMA 2PK6A 4GJBA 3O9AA 4I1CA 5P31A 2FMBA 6UPJA 5P2IA 1D4SA 2JJJA 2ZHRA 5P1NA 2OHRA 5P3LA 1HTRB 2QU3A 5P73A 3EM3A 4LXKA 4J0TA 2CEMA 4MC1A 3TPRA 4Y5LA 4U7QA 1SDVA 4ZPGA 3QROA 4WY6A 3MSJA 4KE1A 5P8HA 5P4NA 4YE3A 5OYRA 4Y43A 1HPOA 4OC6B 1KJGA 2XFKA 4RCDA 1K2BA 3PSUA 4GJDA 1G35A 5P1KA 4Y9WA 4Y4WA 2HB4A 3G70A 4L6BA 3DK1A 4H3FA 5P5EA 7HVPA 2BJUA 3OK9A 2CEJA 5OYYA 5OZKA 5P3OA 1XL5A 3QIHA 5P3YA 3GI6A 5B18A 5OYWA 5P4TA 4ZPEA 1IIQA 1B5FA 3HBOA 1SIVA 3PHVA 4I10A 3ZPUA 1YM4A 4K4QA 5P2AA 2QD6A 5JG1A 2WEDA 3CKTA 1OEXA 4DQCA 4NKKA 1SP5A 3PSYA 3RVIA 3OUCA 3MXDA 3A2OA 2B7ZA 2ZJIA 5KR2A 2AVOA 1HXBA 5P7CA 3ZKSA 4D88A 5P8GA 2FLEA 5HCOA 3BXRA 5P7EA 5P7UA 1QS8A 2A1EA 5P74A 2G1SA 5P0RA 2Q15A 4APRE 1OHRA 2AODA 2HPEA 5P6ZA 4OBFA 5P4LA 4RYGA 3QRSA 5OZ3A 5P46A 4Y38A 4DQGA 3S7LA 5P2LA 4CPXA 1K6CA 4Y4JA 5P3DA 4J54A 5OYQA 4N00A 3VYEA 5DQCA 3OTSA 1TSUA 4RVIA 5P0FA 5P2KA 3D20A 5P42A 2QI6A 3EKWA 5P5AA 3HVGA 3UQXA 1DP5A 5P4PA 1YG9A 4J0VA 3Q3TA 5P04A 5P4QA 4EJDA 5C9DA 3CKPA 1HVJA 2OF0A 5P7KA 1MTRA 3LIZA 3OQ7A 1AJVA 5P23A 1FQ8A 1YX9A 4B1EA 3F9QA 3GGUA 2QZKA 1FQ6A 2QNQA 5P7DA 3M9FA 2PSGA 4AA8A 1NH0A 3H5BA 3UF3A 5OZ7A 2AOEA 4Y3RA 3JVWA 4ZSQA 5P7TA 1F7AA 5P7BA 3PMYA 5OYVA 3Q70A 1UH8A 2HB3A 2QI4A 3UQWA 4Y5MA 5P4KA 1IDBA 3BVBA 3SA6A 1FFIC 5DR7A 4I0DA 1PPLE 1ENTE 4ZSRA 5P71A 5P4GA 1HBVA 3PWWA 5DR4A 1EBWA 4AMTA 3NWXA 3UDJA 1SGZA 4FL8A 5E5KA 1M4HA 2I4DA 3RSXA 5HDXA 1K6PA 2IL2A 4MC9A 3HDKA 2VIJA 1MSMA 2WF4A 3NU5A 3QRMA 2QD8A 1G6LA 1BILA 3K4VA 3ST5A 3FNTA 1ER8E 3S43B 3UQUA 1F34A 5P67A 5P6PA 1D4LA 4FM8A 4DJVA 5P1LA 3KFNA 4CMSA 1TQFA 4OBZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C6Z A;  1BXQ A;  3IAW A;  5P8A A;  1HRN A;  1TSQ A;  5P53 A;  4Y5E A;  2IEN A;  1HPS A;  4HZT A;  4CPS A;  5P14 A;  3GW5 A;  2F8G A;  2IDW A;  1MT9 A;  4H1E A;  5P8R A;  5P4I A;  3S8I A;  4J1H A;  5KR0 A;  3MSK A;  4PPH A;  1HVS A;  1VIK A;  3O9I A;  3TTP A;  3SAA A;  2O4N A;  2NXM A;  2G21 A;  1T3R A;  1B6L A;  5P6L A;  2WL0 A;  3SKF A;  1LF3 A;  5I3W A;  5P1S A;  2P8H A;  4DJO A;  5OZ9 A;  5P4B A;  5P8S A;  5HU1 A;  2QI7 A;  2BQV A;  3L5E A;  3NU3 A;  5P2Z A;  4OBZ B;  5P4S A;  5P6J A;  4FGX A;  3RTN A;  5P8N A;  3QBF A;  2R9B A;  5COK A;  5P5M A;  4BFD A;  3KDD A;  3OTY A;  3NDT A;  3L38 A;  4OBD A;  5P1F A;  3LHG A;  1D4K A;  3RTH A;  3EKQ A;  4R93 A;  3NU9 A;  3KMY A;  5P40 A;  1FF0 C;  1W5W A;  2I4X A;  5P8J A;  1A30 A;  3QPJ A;  3OQA A;  1M0B A;  5P5P A;  5APR E;  3OXW A;  5OZ1 A;  5P7P A;  4J0Y A;  4MC6 A;  5DPZ A;  1SDU A;  2QU2 A;  5P2E A;  5P3K A;  4B1D A;  3VLB A;  5DGU A;  2HM1 A;  5PEP A;  1XN3 A;  2PC0 A;  5P8C A;  3VCM A;  2FDE A;  3NR6 A;  5P55 A;  3T6I A;  5P4Y A;  4AZY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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