1K6TA

Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug resistant hiv-1 protease
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEMNLPGRWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Lack of synergy for inhibitors targeting a multi-drug-resistant HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 19
structure length 95
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-10-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1k6tA00
5P0ZA 4WY1A 3S45A 4FIVA 3IXOA 4APEA 1ODYA 3EKVA 5P10A 4MC2A 2V10C 5P6OA 3OQDA 2VNNA 1XS7D 1HPXA 5P0PA 3HLOA 4Y3YA 1NSOA 3LPJA 1PSAA 1HVHA 2P3BB 3VF3A 3MSKA 5P45A 2QZLA 4E43A 2WEBA 2VJ9A 2VA6A 2HIZA 5P35A 5P78A 1HPSA 1PPKE 1J71A 5P13A 1GNMA 5DR8A 3O9CA 2ZHVA 3HVPA 5P82A 2Z4OA 1ZSFA 3K5CA 4HE9A 3VLBA 1UH8A 3DOXA 5P0CA 2Q3KA 4ACXA 5P8UA 4GJ9A 1RQ9A 4QJ8A 5P3IA 2NMYA 2ER7E 5OZTA 3GI4A 3NXNA 3QBFA 2PSVA 5P2LA 2AZBA 5P3LA 1HSGA 1ZSRA 2BPVA 2F8GA 2FLEA 3WB5A 2A4FA 4Y4DA 4CP7A 3EKYA 5P41A 2WEAA 4Y50A 5P1CA 1LEEA 2AOFA 1QBTA 5P0IA 5P0KA 5P2DA 3GGXA 5P5DA 1C6YA 2FIVA 5P2UA 2AVQA 4Y4ZA 3UDPA 2J9JA 4DJOA 3KYRA 3G72A 2G94A 1SDVA 5P7WA 5P1QA 5HU0A 4TVHA 5P8VA 5OYVA 3T3CA 1KJFA 4I0HA 4Y3PA 3SM2A 2O40A 1EPME 4L7HA 1G35A 5P8QA 3HAWA 4YCTA 3UDYA 4FRJA 4K4RA 2OHPA 2B8LA 5I3VA 2F3KA 3OAGA 5P1DA 1BXOA 5P0EA 5P59A 5P3RA 3LIZA 2J9JB 4Y5AA 1RV7A 2R5QA 4B72A 1GVTA 3CMSA 3ZKXA 3QRMA 2PQZA 3ZPSA 1SDTA 4DJPA 3I2LA 3SA5A 5P6RA 5P8HA 1W50A 5P0DA 3O9AA 1QDMA 3OAGB 5P8SA 2F81A 3DM6A 1AAQA 5P7TA 1ODXA 3OHHA 2ZHSA 2QAKA 3HVGA 3D3TA 5P38A 3IXJA 5P1GA 2HAHA 3EBZA 4FSLA 5IVSA 5OZLA 4DJQA 2ASIA 1SMEA 4OBZA 1CZIE 4FRKA 3GI5A 5OZEA 5P63A 3CYXA 2AOHA 3OY4A 1IVPA 5P32A 3KT2A 4XX4A 1MESA 5F01A 5JG1A 1ZTZA 5OZNA 5P74A 1YT9A 5P3ZA 5COKA 2G20A 4Y3NA 5P7YA 3JW2A 5DPZA 1NPWA 4OBZB 3O9FA 5P1FA 3R1GB 1APTE 2BPXA 1YTHA 2QI5A 1BDRA 4J54A 4CMSA 1Z1RA 2APRA 1WBKA 3QP0A 1LZQA 3PGIA 4GYEA 5P0YA 1IVQA 1ZLFA 5SY3A 5P6WA 4PZXA 4NJTA 4I0IA 3PSYA 5P68A 1T3RA 2PYMA 3SM1A 2VJ6A 3EM6A 1EPPE 1QBRA 4NPUA 4LXAA 2QNPA 4Y54A 2Q54A 5OZ8A 1BVEA 3ECGA 4U8WA 5KOSA 3BUHA 2QHZA 2QI4A 4Y3FA 1HTGA 5P2JA 4B78A 1B11A 3I7EA 4RVIA 2ZJLA 4EJKA 4RCDA 3GI6A 3GGUA 5DGUA 5P6BA 4AUCA 3RSXA 5P8KA 2VIZA 4ZSRA 1MVPA 2CEJA 5C9DA 2ANLA 1HOSA 4BFBA 4ER2E 2O4NA 3PSGA 6APRE 6FIVA 5HU1A 4GJ6A 3UQRA 5P0WA 3DCRA 5P0VA 4NJSA 1MT9A 5P15A 3DUYA 1SIPA 1BIMA 5P4WA 5AH9A 1HXBA 3O99A 1HXWA 2V00A 1GVUA 2NNPA 3PWWA 1MEUA 4CPQA 2EWYA 5P1TA 3IN3A 1VIKA 3QRVA 3RVIA 5P7HA 3OOZA 5KR2A 4DQHA 2Q15A 1HBVA 4H3FA 1XN2A 3PMUA 3G70A 3INEA 3PMYA 3I25A 1EBZA 4Y5NA 1K6PA 5P5OA 5P79A 3D91A 2CENA 5P67A 5COOA 5P73A 5P4DA 1W5VA 4R5NA 5P0LA 5P6GA 3EL0A 5OZUA 1SGUA 3JVYA 5P1PA 2BKSA 2HB2A 1FMUA 3Q4BA 1M43A 5P6DA 1LF3A 3OXCA 1FKNA 5P84A 1BWAA 1YTJA 4I0DA 3VYEA 5P39A 4FL8A 1YM2A 4NJUA 4QLHA 5P4MA 2Q63A 1AXAA 3TPJA 1A9MA 2PK5A 5P7PA 5HTZA 1HIIA 2ZYEA 1BBSA 1LS5A 1AM5A 3VFBA 5HE5A 5KR8A 5P8AA 5P77A 3GGAA 5OZDA 5P8IA 2FMBA 5P4VA 2OHUA 4J1IA 4QJ9A 5KQYA 2OHNA 5P2KA 2FXDA 1D4SA 4PPHA 9HVPA 5EZXA 4I0ZA 5P2BA 1FF0C 5OZAA 4Y3AA 5P14A 3PWRA 5F00A 1G2KA 2O4KA 2IGYA 5P5KA 4FM7A 5P16A 5P76A 3EKTA 5P8MA 5P2ZA 2QZKA 4J0YA 5P4CA 5P5EA 4DQBA 3A2OA 4UPJA 2I0AA 2QNNA 2WEDA 4K4QA 4DVFA 5P19A 5P6EA 4J0PA 3HDKA 4I11A 4R8YA 4GIDA 4Y43A 1MT7A 4BFDA 3SA6A 5P61A 1HPVA 4B05A 4Y4UA 2I4VA 4H3JA 4EP3A 4JPEA 1QBUA 1MIQA 5P0BA 3VLAA 1EC2A 1FQXA 3MSLA 1EBKC 3QROA 4Y5BA 4Z22A 4DPFA 3H5BA 2AZCA 5P89A 3UDQA 2ER6E 5P5ZA 3IN4A 3IVIA 4A4QA 1HVLA 5P4EA 3URIA 2V12C 5P7FA 3KFRA 5P3WA 1HVRA 5P4OA 1FLHA 1G6LA 3B7VA 1RNEA 2OHKA 4FGXA 3L5BA 2BB9A 2VA5A 1D4IA 1T6GA 2F3EA 2PK6A 2R3WA 3I8WA 4Y45A 3VSXA 4L7JA 1D4YA 5P7KA 2NXDA 5HE7A 5P6AA 4J5JA 2P3DA 2I1AA 5P2WA 2Z54A 4GJ8A 4JOOA 1UPJA 1LF2A 2RKFA 2QHCA 3C9XA 5P2YA 5P5RA 4J0ZA 1XN3A 1EPQE 1FGCC 2QMFA 1Z1HA 2P8HA 1PSNA 2BKTA 4QGIA 3EMYA 1RPIA 5JODA 4YOBA 4Y5LA 2O4LA 4J0VA 4Y47A 4EP2A 3EL9A 1SGZA 3WZ7A 3BC4A 1K6CA 1YX9A 2ZHUA 5P3HA 3R0YA 5P85A 4Y5CA 1M4HA 3OTSA 5P0HA 5P6CA 1PFZA 2ER0E 3B80A 3LZYA 1IZIA 3S8IA 1SH9A 5P25A 2QD7A 3HW1A 2IKOA 5OZHA 5P6IA 3RSVA 2I4DA 4YD4A 2QZWA 2ZJJA 3QIHA 1YTGA 4F76A 2AOCA 3SA8A 3CKTA 3NU6A 3OXWA 4X7IA 3PRSA 4I8WA 3PBDA 4CPXA 4B70A 4FE6A 2HPEA 2Q64A 4KE1A 4D85A 3ZOVA 5HDXA 3R2FA 3M9FA 2FDEA 1KJ4A 2Q11A 5P8NA 5P51A 2O4PA 3OK9A 5P1WA 5P5BA 5P4QA 4FM6A 5P3XA 5P58A 4HEGA 5DQ4A 5CONA 4AMTA 3L5FA 3MXEA 4LP9A 5P6NA 3EM3A 1W5WA 5AHCA 3DV5A 3OU1A 5IS4A 6UPJA 3AUPA 4CKUA 5P1KA 4FCOA 1HIHA 4YD7A 5P22A 1WKRA 5P2NA 5OZVA 5P6MA 4M8XA 3MXDA 5P3EA 2PWRA 5P1LA 2QNQA 3K1WA 3NDTA 3QVIA 3S7LA 1CPIA 5P04A 3UQUA 3ZMGA 2JE4A 4GJCA 4Y41A 4Y57A 1HVCA 5OYXA 3UDHA 3LZUA 3S53A 3OU1B 1QRPE 5P05A 3ZL7A 3FV3A 2QCIA 5AH8A 5ISKA 3Q5HA 4IVSA 5P2AA 1LV1A 4D83A 2ZJKA 3LIXA 2VNMA 4HDBA 2I0DA 3CIBA 5OZBA 5P1SA 5P0QA 4Y6MA 3BGCA 1W5XA 1OHRA 1YM4A 1FFIC 3UQPA 5P0SA 5P6VA 1MRWA 2FGUA 2G27A 4GMIA 5P8BA 5P6ZA 3NDWA 5P3FA 4FRSA 1T6EX 3S7MA 3KT5A 1EPLE 4EYRA 1GVXA 1LF4A 4B1DA 2JJIA 3QBHA 4HDPA 4Y4EA 4YBFA 1F34A 3LZSA 4Y39A 3UFNA 5B18A 2UY0A 5P5WA 2NNKA 1HIVA 5P6PA 5P3QA 2QU2A 1FG6C 4XXSA 2H6SA 4RZ1A 4J1KA 4Y36A 3APRE 3SACA 5P5YA 2ZJIA 4YDFA 3HBOA 3OUCA 3HZCA 4KUPA 3ER3E 4EXHA 5P7NA 4R93A 1MRXA 5P6XA 1APUE 3SA7A 3EKWA 2OHLA 1ENTE 4YHQA 2WL0A 3QS1A 4OBJA 4YCKA 5OYRA 5UPJA 5P7ZA 3KDCA 4I10A 5HCTA 5P06A 2R8NA 2B60A 3TLHA 3S56A 3BVAA 4MC9A 3G6ZA 3UQXA 1MSMA 4HZTA 1E80E 3ZKIA 3KA2A 4F75A 2P3CA 5P2HA 1RL8A 5P5JA 1OEXA 3LNKA 3KM4A 5P1MA 3FNTA 4YCYA 1LYWA 5P3PA 3T11A 2R5PA 5P46A 4B1CA 3LHGA 5FIVA 2G1RA 5P5MA 2ZHTA 5P6LA 3IA9A 3NU3A 1PPLE 3TTPA 3JVWA 4Y38A 5P4RA 1K6VA 3PLLA 3OU3A 4Y5MA 4RROA 4Y5GA 5OYYA 1LYWB 2G1OA 5OZ1A 4K9HA 4YBIA 5OZOA 1APWE 1KJHA 4PYVA 5OZ3A 4OBHA 4DUSA 5HCOA 2B7FA 5P7JA 1HPOA 2V16C 4EJLA 4XX3A 3L58A 5BS4A 2JXRA 2OHSA 3OQFA 4F74A 4Y4WA 1IDAA 5P7CA 3KDDA 5DR3A 1T7KA 4Y51A 1D4LA 4DJYA 5P1AA 3QI1A 2VKMA 2ER9E 3IXKA 5P88A 3VYFA 1AJVA 1TSQA 5P2OA 5P1ZA 2I4XA 4DQEA 4Y3HA 5DR7A 5P52A 1BV7A 2ZHRA 1XL5A 5P11A 5P7QA 4EXGA 5P72A 4Y3GA 4QJ6A 3SA9A 3OU4A 4WTUA 4XKXA 4OBGA 4FRIA 3H0BA 4IVTA 3RTHA 1BDQA 3QPJA 4R95A 3EL5A 2FNSA 1IZEA 2I4WA 1EEDP 5P5CA 1DPJA 4OD9A 4L6BA 5P71A 5P3TA 4JP9A 1EPNE 3OU4B 4RYGA 4R91A 5P3NA 1E5OE 3S54A 4BELA 2B8VA 4Y9WA 4Y3RA 4YDGA 5HDVA 3VUCA 4J1EA 3S43A 3UQWA 4ZSPA 5OZKA 1LYBA 5P5VA 5HDZA 5KAOA 4RYCA 5P1YA 3SQFA 5P62A 3NLSA 4OD9B 2ZGAA 2IRZA 2WF1A 1MPPA 2IQGA 4ACUA 4ER4E 5P0RA 1ER8E 1F7AA 5P4HA 4OBDA 2QD8A 3BHEA 2H6TA 5P81A 5P2FA 4Y3EA 2ZJNA 2VIYA 3K4VA 1TCXA 3L5CA 2OHTA 3S43B 2FS4A 5P2SA 4Y4XA 5P6UA 3ZLQA 1LYBB 2G69A 5OZYA 3KMYA 4J0TA 4ZSMA 3VG1A 3DCKA 4RVXA 3PHVA 3UDMA 5P2RA 3VEUA 1ZBGA 5P1NA 4Y4JA 4FLGA 2NR6A 5P7VA 3DK1A 5P8EA 5P4LA 1SIVA 2O4SA 3MWSA 3KN0A 2ZE1A 4DJVA 5AHBA 1D4HA 5P4XA 3TOFA 2BPZA 4D8CA 4Q1YA 2ZDZA 3OQKA 4YOAA 5P4NA 5BWYA 4L1AA 2PC0A 3Q6YA 1AIDA 2Q55A 4DPIA 3SABA 3ZKMA 5P2IA 5IVRA 5P6YA 3ZKSA 5OZFA 1PSOE 3PBZA 1ZP8A 3ER5E 5P08A 2AOJA 4I0GA 5P5UA 1ME6A 4KB9A 5P69A 4Y4TA 4ZE6A 5OYTA 4Y56A 4HDFA 5P4TA 3CYWA 1HTEA 1B6KA 3UCBA 4FM8A 3OOTA 4L1AB 4Y3JA 5DR0A 4RRSA 5P6TA 3UDJA 1U8GA 3ZKNA 5C9FA 3K5DA 2SAMA 4CPRA 2BPYA 5OZXA 4TVGA 5OZMA 5I3YA 5OYQA 4U7VA 2BJUA 5P6KA 5KOQA 4NJVA 3TNEA 4EPJA 5OZPA 2B7ZA 4B1EA 1K1UA 4H1EA 1MT8A 5P5GA 3NWXA 2AZ8A 2G1YA 2AVOA 4Y3XA 5P0XA 5P40A 3FKTA 5P57A 3BXSA 3BUGA 4Y3SA 1K2CA 1IZDA 5APRE 2WKZA 3UTLA 5OZRA 3NXEA 1D4JA 5DQ5A 5P7EA 2XFKA 5IVTA 1K2BA 3F9QA 4D89A 1XDHA 1FQ4A 2WJOA 4J1FA 5DR1A 1UH9A 5OYZA 3N3IA 5OZZA 3OXXA 5P5PA 2HM1A 2G22A 5P4IA 5E5JA 3Q3TA 2BPWA 3CKPA 4Y5KA 1HHPA 2Q5KA 1XE5A 3PJ6A 5P4BA 5P3JA 4YD5A 5OYWA 2ZJMA 2VIEA 5OZ2A 4QJ7A 4FS4A 2PSGA 3TKGA 1NH0A 4DFGA 2QI6A 5P8CA 2IS0A 1BV9A 4X2LA 5P60A 3ZPUA 1FG8C 5P3SA 1BDLA 2NTRA 3QVCA 1EAGA 1DAZC 3T7QA 5OZCA 3PWMA 3SA4A 4DQFA 2NXMA 5P00A 4EQJA 1B6PA 4GB2A 5P7OA 1QBSA 1A8KA 2AODA 3EC0A 1TCWA 2WECA 5P0AA 4TRZA 2QHYA 1W5YA 4S1GA 3LPIA 1D4KA 4ZPGA 5P0OA 4Q1XA 1HVJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0Z A;  4WY1 A;  3S45 A;  4FIV A;  3IXO A;  4APE A;  1ODY A;  3EKV A;  5P10 A;  4MC2 A;  2V10 C;  5P6O A;  3OQD A;  2VNN A;  1XS7 D;  1HPX A;  5P0P A;  3HLO A;  4Y3Y A;  1NSO A;  3LPJ A;  1PSA A;  1HVH A;  2P3B B;  3VF3 A;  3MSK A;  5P45 A;  2QZL A;  4E43 A;  2WEB A;  2VJ9 A;  2VA6 A;  2HIZ A;  5P35 A;  5P78 A;  1HPS A;  1PPK E;  1J71 A;  5P13 A;  1GNM A;  5DR8 A;  3O9C A;  2ZHV A;  3HVP A;  5P82 A;  2Z4O A;  1ZSF A;  3K5C A;  4HE9 A;  3VLB A;  1UH8 A;  3DOX A;  5P0C A;  2Q3K A;  4ACX A;  5P8U A;  4GJ9 A;  1RQ9 A;  4QJ8 A;  5P3I A;  2NMY A;  2ER7 E;  5OZT A;  3GI4 A;  3NXN A;  3QBF A;  2PSV A;  5P2L A;  2AZB A;  5P3L A;  1HSG A;  1ZSR A;  2BPV A;  2F8G A;  2FLE A;  3WB5 A;  2A4F A;  4Y4D A;  4CP7 A;  3EKY A;  5P41 A;  2WEA A;  4Y50 A;  5P1C A;  1LEE A;  2AOF A;  1QBT A;  5P0I A;  5P0K A;  5P2D A;  3GGX A;  5P5D A;  1C6Y A;  2FIV A;  5P2U A;  2AVQ A;  4Y4Z A;  3UDP A;  2J9J A;  4DJO A;  3KYR A;  3G72 A;  2G94 A;  1SDV A;  5P7W A;  5P1Q A;  5HU0 A;  4TVH A;  5P8V A;  5OYV A;  3T3C A;  1KJF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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