1KJFA

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEMLPGKWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 18
structure length 95
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kjfA00
2QZKA 4Y4EA 3L59A 1SDUA 1BVGA 3NU9A 1PPKE 3BXRA 4PZXA 4QJ8A 4ZPFA 5P5BA 5P7HA 5P2JA 4ZLSA 2FNTA 3JW2A 4B0QA 1TCWA 2OHNA 4J1FA 3G70A 2OHRA 4F73A 1T6GA 2R3TA 3OQDA 1HPXA 3GI5A 2XFJA 3S43B 1HIHA 1FMBA 3C9XA 4Y4ZA 3UQWA 5P6MA 5P1WA 4J1KA 1TSUA 5KAOA 3BVBA 1MSNA 4Y4AA 4OD9B 2FGVA 1QS8A 5P5KA 5P2KA 5P4TA 3TPLA 5P1ZA 3ZLQA 1SBGA 1APTE 2WECA 2XYFA 2BKSA 5P14A 5OZEA 2P3CA 5P5RA 4YBFA 3EL4A 3IVIA 4R92A 3UQUA 2QZXA 1IDAA 1HVKA 2AOHA 5OZAA 5OYUA 3S56A 4CPXA 2VS2A 2IEOA 5P45A 5P7AA 1FQXA 5P7KA 1B6MA 1NPAA 5P1XA 4RRSA 1W6HA 3OGPA 4Y4XA 2PSUA 3B7VA 3NWXA 2PMAA 5P11A 2PH6A 5P4JA 2AVSA 4YCTA 5P7MA 4YCKA 5P5FA 5IE1A 4WY1A 4EHCA 3LNKA 2AOGA 5P0VA 2BPZA 5P64A 1MESA 2F3EA 1TQFA 2QCIA 3NDTA 4YOBA 1HRNA 2HS2A 4Y4JA 5OZVA 1BXOA 4Y3SA 5DR8A 5DQ5A 3PCZA 5OZ1A 1U8GA 3O9HA 3GGAA 3OADB 4Y51A 5P7XA 3TKWA 3MXDA 3OU3A 5P81A 4Y3LA 4DPIA 3UFLA 1MT9A 3VSXA 1WKRA 4DV9A 5BS4A 4GJ6A 2J9JB 2OHLA 3MSLA 3KT5A 5IVRA 5SY2A 5P1LA 3QROA 5P5NA 4LL3A 5P6OA 1CMSA 3CKPA 5P2QA 5P0MA 4DQEA 5P0IA 1SIPA 3BVAA 2A1EA 5HU1A 5P36A 4M8XA 1B11A 5OZIA 2I4DA 1BDRA 3EKTA 5P2OA 2ASIA 3U7SA 3OWNA 5KQXA 1HVHA 1APVE 5P49A 3U6AA 1EPRE 3O9AA 5P6YA 5P08A 3O9GA 3RTNA 3BUFA 4DQBA 1FG8C 2O4PA 1BWAA 1AM5A 1FLHA 3KFSA 1D4KA 4YBIA 4DUSA 5P57A 2IENA 4HDFA 3Q6YA 3TOGA 8HVPA 2ZHRA 4COEA 1LEEA 5P8HA 4DQFA 5P5MA 4Y44A 4EJKA 5P01A 4Y53A 3KM4A 3INHA 4J1IA 2AQUA 5F00A 4GJAA 1ZJ7A 1GVVA 2QI5A 5DQ2A 4RGHA 5P6QA 1YX9A 2OHPA 1HTEA 3PBZA 3ZPUA 4DJYA 2G1RA 5P8AA 4FCOA 2FGUA 4CKUA 3IXOA 2G1YA 1YM2A 2B7FA 2A4FA 4I0IA 5P54A 5SY3A 2QD7A 3U71A 3TH9A 4RYCA 3TOFA 3VV7A 3LIXA 5EZXA 4MC1A 4ZSMA 5P0WA 5P8DA 5P7QA 5P8OA 5P16A 4PZWA 4AA9A 2CEJA 4LXKA 1PSOE 5P29A 5P7TA 4EP2A 4EPJA 3VF7A 3GW5A 5P79A 2AOCA 4Y58A 4I10A 3AIDA 2QU2A 2Q55A 3K5CA 5P3NA 4F76A 4XX4A 4RCFA 5P0TA 5P7PA 4EWOA 5P1VA 4R8YA 3CIDA 2Q11A 5P0HA 1A9MA 5P17A 2G21A 4NKKA 5P0LA 3GGUA 1G2KA 3QRSA 4GJCA 5P59A 1HVRA 1NSOA 3L5FA 1KJ7A 5P05A 3SKGA 3ER5E 5P7VA 4PEPA 3EKWA 5P47A 5P8FA 5P19A 4Y37A 5OYYA 2XFIA 2IKOA 5P2MA 5JG1A 3IVHA 5P0DA 5OZRA 1EBKC 5P0KA 1W6IA 2PYNA 4OBDA 5OZFA 5P6UA 5HTZA 3D20A 2ZE1A 4H3JA 3SAAA 5HE7A 5P02A 5OZXA 4FRSA 5P2FA 1IZHA 4A6BA 4Y50A 5P6BA 3I7EA 2V10C 5P22A 2ZJNA 5P43A 4RCEA 2G1OA 4B1EA 1W5YA 2FS4A 3R0WA 3SO9A 3FV3A 1HBVA 1EC3A 5P0EA 5P87A 1SMEA 2UPJA 2ER6E 5P1CA 4Y9WA 2OHMA 5P4MA 4Y4GA 3K5DA 2FMBA 3HZCA 3LZUA 5P07A 3TPRA 1C70A 5P0OA 5I70A 4J1CA 5P5IA 1FKNA 1T7JA 2QNPA 3OUCA 4Z2ZA 3QI1A 4DQHA 4ZE6A 5P85A 3VG1A 2BPVA 4J1EA 4ZPGA 5P0UA 1IZEA 4JPCA 5DR1A 2ER7E 1BWBA 3ER3E 5AHBA 5P8UA 1QDMA 5P83A 1C6XA 1G0VA 2I1AA 3OU1A 5P82A 5P3YA 5P73A 5P89A 2NMZA 5P71A 2ER0E 2NTRA 1MERA 1Z8CA 1META 4PPHA 4HVPA 4DJXA 1EPME 4FIVA 3PI0A 3QPJA 3EXOA 1ZAPA 5P3JA 3HVGA 3PCWA 2WEAA 1KJ4A 2QMPA 1EC0A 5P2EA 5DR7A 1HXBA 3O9CA 3SM2A 2PH8A 1D4HA 4UPJA 3TTPA 1T7IA 5P4IA 2AVVA 3HW1A 4Y3TA 1MEUA 1BIMA 5P5PA 3OU1B 4Y54A 5P60A 5P7LA 2F80A 4FRJA 1HVIA 4H1EA 1LYAA 5P4VA 2NMYA 5P3LA 2V12C 3UQPA 5P4NA 4J0VA 4Y3DA 2J9KA 2ZHSA 5P4YA 5P5LA 4Y5GA 1XL5A 5P8JA 3EM4A 1XE5A 5P6JA 1TZSA 1K2CA 4TRYA 2QZLA 5DR0A 2AZBA 4EQJA 4ER1E 2FDPA 3O9LA 1MUIA 4Y3RA 2MIPA 1D4IA 4RVXA 1T6EX 2ANLA 3EL1A 3PB5A 5P3ZA 1B6JA 3OAGA 2AOIA 5HD0A 2NXDA 1LYAB 5P80A 5P6NA 4ER4E 4L1AA 5P5AA 3ECGA 5P6AA 4B1CA 1SMRA 5ENMA 5P3GA 2QD6A 1MIQA 5P7YA 3TOHA 4Y3YA 2QNNA 5PEPA 3HLOA 5P4CA 1WBMA 5KR2A 4YD4A 4TVGA 1HTFA 2AODA 1XN2A 5P1HA 1FGCC 3N4LA 1FQ5A 3O9LB 4FLGA 5HCOA 5DPZA 5IVSA 2PWCA 3DUYA 3LIYA 4MC2A 3DK1A 3OGQA 1MPPA 4I0DA 2H6TA 5P2TA 5P3BA 5HDUA 3EKXA 4NJTA 3OAGB 3FIVA 3T7PA 4DQGA 1MRXA 3UFNA 4KB9A 2P3AA 1HTRB 1M43A 3KFPA 4I8WA 4KE1A 5OYXA 2NXMA 3I2LA 4Y3HA 5P2VA 3VEUA 1DAZC 5OYQA 5P2CA 3PVKA 3K1WA 4I8ZA 1HSIA 2V0ZC 1TSQA 5P00A 1HVJA 2P3BA 3MWSA 4CPSA 3OXCA 4BEKA 1MVPA 4FRKA 2F3FA 3S8IA 5P42A 4K9HA 5OZOA 5KQFA 5P55A 5P3XA 2PK5A 2ZDZA 3O99A 3T11A 3O9IA 5P8QA 4DJVA 3DV5A 3I8WA 5P4LA 5P2BA 2F81A 1K6PA 4Z22A 1HVSA 2AZ9A 1WBKA 2VIJA 5DQCA 4Y4UA 4EXHA 5OZLA 5P5EA 3S45A 5C9FA 4YOAA 3UHLA 4APEA 5P30A 1ZBGA 4GIDA 5OZ0A 5HE4A 1B6PA 2B42A 3EMYA 2P3BB 3HVPA 1LYBA 5P5ZA 5OZBA 2VJ7A 3HAWA 2QAKA 4Y3NA 1T3RA 5P7BA 5COKA 4TVHA 4LP9A 3PI5A 3S85A 2NR6A 3VF3A 2ZJMA 3ZMGA 1HEFE 5I3YA 4GB2A 3SA9A 4OC6B 1LV1A 3L38A 5P46A 3FNUA 3NU4A 4YDFA 1ZLFA 1IBQA 1YTHA 2Q3KA 4BFDA 2QP8A 1W51A 2R8NA 5P6EA 4DJUA 3OU4A 1YT9A 3PLDA 1RV7A 1LYWA 5I3XA 2BQVA 3LZSA 1LYBB 2QHCA 2AZ8A 2WF4A 2AOJA 4OBJA 4NJSA 5P5WA 4GYEA 3HBOA 5P7IA 3NR6A 3PMYA 3SLZA 3BGBA 4B77A 4D8CA 5ISJA 1KJGA 3OADA 5OZKA 3QBHA 3L5BA 1HVLA 3ZPTA 1GVWA 1G6LA 3L5CA 4H3IA 3WB5A 4Y57A 4Y3EA 2Q63A 3O9DA 4GJ8A 5P2XA 4LHHA 1XN3A 2ZJKA 2HS1A 2WJOA 1ME6A 1IDBA 5AH6A 2HAHA 5OZ9A 1VIJA 4Y3MA 2J9JA 4PHVA 4EJLA 3UDYA 3OU4B 5P6XA 4XKXA 1K2BA 2G24A 3I6OA 3UDHA 1LYWB 5P4OA 3GI6A 5P8NA 4Q1YA 5P04A 1FB7A 3ZKMA 3H5BA 5P2UA 2HB4A 2QHYA 2BBBA 3EL5A 5P4EA 5JFUA 3KYRA 6APRE 2IQGA 2SAMA 3ZKNA 1HXWA 3K4VA 4GMIA 1YM4A 4Y4DA 4ZEAA 5P0ZA 4Y3FA 3L5EA 5HDZA 4R5NA 2AVQA 3SABA 1XL2A 3VYFA 1FMXA 3WSJA 5P1TA 5BWYA 1KJFA 2WKZA 4A6CA 4WTUA 3S53A 5P67A 2P4JA 1FQ7A 3S2OA 2RKFA 3I25A 1QBTA 5P3UA 4NJVA 5P6GA 3FKTA 3KT2A 5P8IA 2PWRA 1ZSRA 5P5XA 5KR1A 3SFCA 5OZMA 2Q15A 4Y4WA 5P13A 2FDEA 3ST5A 4DI2A 2ZHUA 5OZTA 2WL0A 3VLAA 2WF0A 4YE3A 1BBSA 5IVQA 1W5VA 3KDCA 2HPFA 2FNSA 3INFA 3QS1A 5ISKA 2QI1A 5P56A 3OY4A 5P4UA 3BXSA 5P52A 1OHRA 4I0HA 5P6LA 1EPPE 3OOZA 1QRPE 5P7ZA 1QBUA 3GI4A 5OZ7A 4AUCA 5P2HA 3NXEA 5P1QA 4Y3XA 1MT7A 3SQFA 5ER2E 3OXWA 5P7GA 3OUAA 3OTYA 4I0FA 5P8LA 5P50A 1EPNE 5P1FA 3R0YA 5P2DA 2WEZA 4Y3JA 5JODA 1K6TA 4XX3A 3G72A 4YD5A 3ZKXA 3NDXA 5P0AA 5P6DA 4I12A 4CMSA 1B6KA 4FM7A 4GJBA 4CPTA 5P8BA 3PWMA 1LF2A 5P15A 1PFZA 3PWWA 1GNMA 5OZWA 5COPA 1FFIC 6UPJA 4D83A 2WF2A 3RTMA 3OTSA 1LS5A 5P1UA 1HPSA 3UQRA 1GKTA 2I4XA 5OZ2A 1IVPA 5B18A 2IRZA 1K1UA 3Q3TA 5P2SA 2G20A 3PHVA 3VCMA 3ZL7A 5P03A 5P3AA 3PM4A 1K6VA 2QI7A 4D89A 2VKMA 4F74A 5P5DA 4DJPA 3TLHA 2I4VA 4Y5MA 4Y3GA 5C9BA 3QRMA 2XFKA 2JYSA 2RKGA 2G27A 2ZJIA 5AH7A 5P2GA 2BPXA 4I11A 5DGWA 3VFAA 3URIA 2OF0A 2R5QA 2P83A 3T7QA 4ZSQA 1UH8A 5FIVA 5P1GA 5P0NA 4DFGA 3SA8A 4RVJA 1AJVA 1IIQA 3LHGA 4FAEA 3NDUA 5P1BA 3GGXA 5OZ3A 1E80E 1NH0A 3OHHA 2I0AA 4EJ8A 5P86A 3UQXA 3UDNA 5P65A 5I3VA 4JPEA 2BPWA 1IZIA 3NU5A 5P8GA 3QRVA 4I0GA 3APRE 3M9FA 5P4AA 5UPJA 5P24A 5SZ9A 2NXLA 5P0GA 1HOSA 5OYTA 3HAUA 4B00A 4B70A 9HVPA 5P5OA 4Y47A 4PYVA 4KE0A 1HPOA 5P6VA 3TKGA 1A8KA 5P4HA 3BC4A 3SKFA 5P3FA 4ZPEA 2R5PA 4RCDA 5P70A 5P4QA 7HVPA 5OZQA 1B6LA 1UPJA 5P6ZA 3URJA 5P1OA 2WF1A 1AZ5A 5KQYA 1FQ8A 2XYEA 2G26A 5P7CA 1BVEA 5P0QA 5P7EA 2HPEA 5IVTA 2B8LA 5DR3A 5OZYA 1TCXA 5I3WA 3LIZA 5P5SA 5HU0A 2OHTA 1NPVA 5P1DA 4A4QA 2OHKA 5P2ZA 1XDHA 3L58A 5HE5A 1RPIA 1GNOA 4J1HA 1XE6A 2NPHA 3TNEA 3LPKA 3OQ7A 1FQ4A 4L7HA 5P6RA 4TRWA 5P6CA 5P75A 5P3SA 5P8VA 5P26A 3PWRA 1OEWA 1YG9A 5P4RA 2VJ9A 2OHSA 5P63A 3KDBA 5COOA 5P6WA 3IGBA 2P3DA 3QN8A 5OYRA 4R95A 1HVCA 1UH9A 4ZIPA 5P4ZA 3B80A 3NLSA 5P8KA 4QJAA 3LZYA 4YDGA 5P88A 3O9EA 2VJ6A 5P4XA 1E81E 3URLA 3MXEA 5IS4A 3OQKA 3ZKGA 5P58A 4OBKA 4Y5LA 3TPJA 3OXXA 4D88A 3KDDA 5KOQA 4DJWA 4J0ZA 4K4PA 1EPQE 5P6KA 3NXNA 1MTRA 4CPWA 4IVTA 4RLDA 4GJ7A 4Q1XA 5OZNA 2HM1A 3JVYA 2QD8A 4CPUA 1HIIA 5P48A 3RU1A 2B8VA 5KR8A 5BRYA 4H3GA 1M4HA 5P1PA 3UDQA 5KQZA 4HDBA 4K4RA 4Y36A 1UH7A 5P3OA 1ZTZA 1ODYA 1LF3A 4J0PA 4FAFA 5P5QA 1DIFA 4Z4XA 5P69A 1APWE 3CMSA 2RMPA 5P3DA 4D85A 2PSGA 3SA5A 5P5YA 2QI6A 1AXAA 2V13A 2ZJLA 2HC0A 3R1GB 3D1XA 3VV8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QZK A;  4Y4E A;  3L59 A;  1SDU A;  1BVG A;  3NU9 A;  1PPK E;  3BXR A;  4PZX A;  4QJ8 A;  4ZPF A;  5P5B A;  5P7H A;  5P2J A;  4ZLS A;  2FNT A;  3JW2 A;  4B0Q A;  1TCW A;  2OHN A;  4J1F A;  3G70 A;  2OHR A;  4F73 A;  1T6G A;  2R3T A;  3OQD A;  1HPX A;  3GI5 A;  2XFJ A;  3S43 B;  1HIH A;  1FMB A;  3C9X A;  4Y4Z A;  3UQW A;  5P6M A;  5P1W A;  4J1K A;  1TSU A;  5KAO A;  3BVB A;  1MSN A;  4Y4A A;  4OD9 B;  2FGV A;  1QS8 A;  5P5K A;  5P2K A;  5P4T A;  3TPL A;  5P1Z A;  3ZLQ A;  1SBG A;  1APT E;  2WEC A;  2XYF A;  2BKS A;  5P14 A;  5OZE A;  2P3C A;  5P5R A;  4YBF A;  3EL4 A;  3IVI A;  4R92 A;  3UQU A;  2QZX A;  1IDA A;  1HVK A;  2AOH A;  5OZA A;  5OYU A;  3S56 A;  4CPX A;  2VS2 A;  2IEO A;  5P45 A;  5P7A A;  1FQX A;  5P7K A;  1B6M A;  1NPA A;  5P1X A;  4RRS A;  1W6H A;  3OGP A;  4Y4X A;  2PSU A;  3B7V A;  3NWX A;  2PMA A;  5P11 A;  2PH6 A;  5P4J A;  2AVS A;  4YCT A;  5P7M A;  4YCK A;  5P5F A;  5IE1 A;  4WY1 A;  4EHC A;  3LNK A;  2AOG A;  5P0V A;  2BPZ A;  5P64 A;  1MES A;  2F3E A;  1TQF A;  2QCI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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