1KJGA

Substrate shape determines specificity of recognition recognition for hiv-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKALLNTGADDTVLEMNLPGKWKPKMIGGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate shape determines specificity of recognition for HIV-1 protease: analysis of crystal structures of six substrate complexes.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 16
structure length 95
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2001-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1kjgA00
3NXEA 3R4BA 3DCRA 4DFGA 1HEFE 5I3VA 2Q11A 5P7MA 5P2EA 1DPJA 3INDA 5P1TA 3PCZA 2G1YA 4B1EA 4QGIA 2R8NA 4X2LA 1A8GA 1HVKA 3OUBA 3OOTA 5P7WA 2PH8A 2IGYA 3EM4A 2WF2A 2QD8A 4HA5A 3S56A 1RL8A 2HB4A 3LIXA 3TH9A 5P2SA 4F75A 4EHCA 4FLGA 5HDUA 2QMFA 3NUJA 2WJOA 3OUDA 3UFNA 4J55A 1HIHA 2Z54A 4DQGA 1T7IA 4Y44A 5P4GA 4ER1E 2R5QA 3EM3A 2IQGA 5P8HA 5HDZA 4OBJA 2APRA 5P0TA 4FM7A 1IVQA 1BVGA 5OZRA 3BVAA 4CKUA 4ZSPA 3TOFA 3VF7A 1HXWA 3PLDA 4X7IA 5P3KA 2VIYA 3LINA 5AH9A 5P2LA 4Y5NA 5OZTA 5P01A 5P5YA 2ER0E 2FNTA 4RRSA 3UTLA 3EL1A 2BBBA 5B18A 4RGHA 5P83A 3BUHA 5P5CA 4H3GA 2ZJHA 4R91A 5P24A 1WKRA 5P64A 1LF2A 2QZKA 5P29A 1NPVA 4YHQA 4Y3HA 1IZEA 5KQFA 3SABA 2ZYEA 4S1GA 4FSLA 4QJ7A 5P5EA 5P3AA 3LPKA 4RCDA 1EPPE 1NPAA 4GYEA 3MSLA 5P4HA 3UQXA 1MPPA 2QI3A 1YM4A 1HTGA 2PK6A 3QVIA 4OD9B 3TPJA 3NYGA 5P7OA 1NSOA 4LHHA 4J0YA 1AAQA 4U8WA 2BKSA 3S8IA 5P06A 2ZHRA 5P2NA 3EKTA 1DIFA 2QI6A 5P3UA 5P2WA 2OHUA 3APPA 2FDPA 3LZSA 1LF3A 3LNKA 5OZPA 2WHHA 3R2FA 4F74A 2BPZA 3RSVA 5P42A 1MSMA 1E81E 4PEPA 5P8MA 2JXRA 5OZ4A 3HD8A 3NDUA 5P7KA 5OYVA 5P0YA 1A94A 1C6YA 5KQYA 3NLSA 4DJXA 4L7GA 1QDMA 5P0QA 2I0DA 1AJVA 2V00A 3I2LA 3ZMGA 5IE1A 5COOA 3G6ZA 3WB5A 4D89A 3UDNA 4E43A 4Y3ZA 5BWYA 1LF4A 5P8LA 3TNEA 2P3BA 5P30A 3ZKNA 5P77A 5P73A 5OZ1A 3Q3TA 5P1DA 5HE5A 1T7KA 4JPCA 2A4FA 5P8FA 4OD9A 1IZIA 2FDEA 3K4VA 1ZPAA 1UPJA 2EWYA 5P6KA 1FF0C 5P8TA 5JFUA 5P6DA 4RVIA 2G1OA 4YOAA 4I10A 5OZ5A 4Q5MA 3HAUA 2Q63A 3ZKXA 3LZYA 4QLHA 2QCIA 1PSNA 1JLDA 1QRPE 1SMRA 5P5GA 4FIVA 2AZBA 5P1SA 3VYDA 3LIQA 4J0PA 3SKGA 4EP3A 4FS4A 4Y38A 3SA9A 4YBFA 1BVEA 4GJBA 5OZYA 2IENA 3KN0A 7HVPA 1B6PA 2QHYA 5OZDA 4Y53A 1ZLFA 4AA9A 2AVMA 3I8WA 1HRNA 5OYXA 3NU9A 5P8GA 2QK5A 2OHKA 3NU3A 5P2DA 2NNKA 3BGCA 3SLZA 4EJDA 1UH8A 1XE6A 1EC3A 3O9IA 2IS0A 4J54A 5SZ9A 5OZSA 1BXQA 4K8SA 5P2FA 5OZMA 3JVYA 1SIPA 3SA3A 3R0WA 1A8KA 4BEKA 4D8CA 5ER1E 3INHA 1HPSA 3LIVA 3UDJA 2B42A 4A6BA 3KT2A 1Z8CA 3IXOA 3WZ7A 4FM6A 2P83A 4I0EA 1YX9A 5P1RA 4LBTA 5OZCA 5EZZA 3CIBA 5DR0A 1EC2A 4HEGA 1T6GA 5OZZA 2R9BA 2HB3A 2NNPA 2XFIA 4I0JA 5P72A 1B6MA 1ZP8A 2ANLA 4HVPA 2JJIA 5P0SA 5P5RA 1OD1A 3FX5A 2ER7E 4IVTA 5OYRA 5DPZA 2CENA 4Y3XA 1TSQA 3O9EA 3HDKA 5P23A 4NJUA 3KDBA 3NWXA 5P46A 2VJ9A 4LL3A 2IRZA 4Y39A 2HS2A 4HDFA 1FEJC 2AOEA 2XYFA 1FGCC 4AMTA 1QBSA 4ER2E 2F3KA 2UY0A 5P12A 4EPJA 4A4QA 1A30A 4J1IA 3SAAA 3MXDA 5P7AA 3VV8A 2FXDA 2FS4A 3FKTA 3NUOA 2I1AA 4RRNA 3OU4A 5P0GA 1FMXA 3O9DA 3ECGA 1OHRA 2Q64A 2JE4A 5C9FA 5P3ZA 5ER2E 3TL9A 2I0AA 5P0WA 5P1OA 1PSOE 4H3FA 1YTGA 2G1NA 5P4XA 1PFZA 3T7QA 1FG8C 2QMGA 1MEUA 4D88A 4Y36A 2R5PA 3QROA 4Y58A 3KF0A 5P02A 4DH6A 5OZ2A 2AOFA 1BV7A 3RTMA 1M0BA 2VKMA 5P2BA 4EJLA 4EJ8A 4YD7A 5P44A 4PYVA 1K2CA 2G1RA 4LXAA 4A6CA 3U6AA 4K4PA 2WF3A 1D4HA 2RSPA 2PH6A 3TTPA 5P87A 2QD7A 5P4WA 1NPWA 5P1FA 1OEXA 4LAPA 2IDWA 5P7HA 3KDDA 2A1EA 5P78A 3OUAA 5P8VA 1EEDP 1EPME 1ZPKA 4FM8A 1SBGA 1OEWA 5P3DA 1LEEA 4XX3A 5P6WA 2F3FA 2I4VA 2UXZA 5P3OA 3JW2A 4DUSA 1RNEA 2QP8A 1DP5A 4Y3GA 5OZGA 5E5KA 1Z1RA 3PLLA 3VSWA 2OHTA 3OUCA 5F00A 2G20A 1ME6A 2ER9E 4Y3SA 3EKPA 5P6SA 4I11A 5P7FA 3KDCA 4IVSA 4H1EA 5IVSA 2NMZA 1MT8A 5P3LA 3S43B 1C6ZA 3UFLA 3OHHA 3HAWA 2BKTA 5SY3A 5P7PA 4Y5MA 5P5DA 3IVIA 3MWSA 1DAZC 4Y3WA 1BDRA 1TZSA 5CONA 3OQAA 3L58A 2NXDA 3OHFA 4F73A 1YTIA 2QI7A 5P16A 3GI6A 5P3QA 4H3JA 5DR3A 1Z1HA 2G21A 4I0HA 4Y3NA 5IVTA 4YA8A 5P4VA 3PI5A 3BUFA 5P3FA 5JFPA 4XKXA 3BVBA 1IVPA 1BXOA 5P2AA 4B70A 5OYWA 5P7QA 3EMYA 3O9LA 5P3SA 5P5ZA 5P4MA 4Q1YA 5P10A 4NPUA 4Y4GA 4U7VA 1W6IA 1C6XA 2OHQA 4ZPFA 1SIVA 1HVHA 3BHEA 3IVHA 4L1AB 2NMYA 3EKWA 5HCOA 1IDAA 3O9FA 1HXBA 1D4IA 5P1MA 3D20A 3WSJA 4B00A 3LZUA 3OXXA 5AHCA 5P0KA 5P5VA 5P7ZA 1B11A 4Y45A 3URJA 3QS1A 2VIZA 3PEPA 2G27A 3H5BA 2G24A 3TLHA 3DK1A 4Y9WA 2QI5A 2CEMA 5DGUA 3O9GA 2RENA 3VCMA 4DJRA 3HBOA 5P1XA 3L38A 5P6PA 3MSJA 4Y4DA 5P2GA 4Y4XA 4R5NA 2Q3KA 1XDHA 3KM4A 5HE4A 1MUIA 4DQEA 2QMPA 5P6BA 1K6TA 4YBIA 5P1UA 3QAAA 5P2OA 3SM2A 2NXMA 4FRIA 2ZHTA 3UDMA 5P5LA 3SFCA 5P4JA 5P67A 4CPWA 3NWQA 5P2VA 5P6ZA 5P84A 3D1ZA 4QJ6A 5P5MA 3RU1A 3SA5A 4RVXA 3QRSA 5DQ4A 3WZ8A 5P37A 3SA8A 3SPKA 5P0XA 4TRYA 3CIDA 2OHMA 1HTFA 5JG1A 2AOJA 3QN8A 2VJ6A 5P66A 3FNSA 2ZJMA 4Y4JA 3PMYA 4RLDA 2P3AA 4DJWA 7UPJA 5P5WA 5P65A 5OYYA 5KQZA 1WBKA 4Y41A 2Q5KA 1G2KA 4FAEA 3N4LA 3PM4A 1APTE 5DQCA 5P3RA 1EPNE 3HW1A 1HPXA 3KT5A 4R92A 4GMIA 2QHCA 5P39A 1LS5A 1UH7A 4YD3A 2B60A 5P8PA 4BELA 3VLBA 5P3EA 1HIIA 3IA9A 1MESA 5P76A 2O4SA 3DV5A 3LHGA 4WY6A 5P3XA 5P5HA 4DJVA 5P82A 4Y3RA 1AZ5A 2ZDZA 5P6UA 1MERA 5P7NA 5OYQA 4FGXA 5P4LA 3VFAA 3H0BA 5P4IA 5P40A 4HE9A 3AIDA 3CYXA 4B05A 4ZSRA 1UH9A 4APRE 5OZ0A 1APVE 2HM1A 1U8GA 2QI1A 5P0RA 5P45A 1LYBB 4HDPA 1HVCA 4Y3QA 5P32A 3ZKMA 1HVJA 2ASIA 3S2OA 3S7LA 2WF1A 3IXJA 4J0TA 5P4SA 1HTEA 4OBDA 4Z2ZA 6APRE 4CPXA 3EM6A 4B72A 1SDUA 2AVSA 4Y4WA 2R3WA 3OOZA 3UQUA 5P0HA 2AZCA 1MT7A 3IGBA 4Q1XA 4Y4UA 5P19A 1SH9A 2V10C 5P1GA 1FMUA 5P2HA 1BWBA 4EXHA 4Y4ZA 5P43A 3PHVA 1T7JA 5P60A 2H6TA 1FQXA 4Q1NA 5DR7A 3OQDA 3BC4A 3PWRA 3I6OA 5P20A 5OZLA 2G94A 4Y51A 5P0UA 2PSUA 1HVRA 3UF3A 5P5PA 2NTRA 1G35A 3B7VA 5P4YA 5KAOA 3PI0A 5OZXA 2BJUA 2IKOA 5P7RA 5P5BA 4GZFA 1BAIA 5P2ZA 5P11A 3CKPA 5P0AA 3Q70A 4NJSA 2O4PA 4DPIA 3TOGA 3U71A 2QNNA 2HC0A 5OZ7A 3QI1A 1FQ6A 3VUCA 3OGQA 4OC6B 1HPVA 5P1WA 4B1CA 1TQFA 5AHBA 5P05A 5P3IA 3ST5A 5P2YA 2HPEA 5P28A 5C9DA 2FGVA 3L5EA 4EXGA 1MTBA 2R38A 5P6HA 5P3HA 3Q4BA 3L3AA 1K6VA 4COEA 2B7FA 1VIJA 5P8IA 5T4SA 4YDGA 1W5VA 3UDKA 3HVPA 1D4KA 5P31A 5P86A 3ZOVA 4Y3TA 5P2TA 6UPJA 3N3IA 2O40A 5P51A 3Q5HA 2WEAA 3L5CA 3SQFA 5P6RA 4DVFA 4K4QA 2HIZA 3OU1B 5BRYA 3D3TA 1EBYA 1GNOA 1XN3A 5OZEA 5P03A 2QNPA 2Z4OA 4I0DA 5P4AA 5P8OA 2BPYA 1M4HA 3PB5A 1K1UA 1SDVA 2BPVA 5P6VA 3INFA 1HTRB 5P8JA 5HE7A 4R95A 1FKNA 4JPEA 3K1WA 3GGUA 1SGUA 1BV9A 1DW6C 3DOXA 1APWE 1EC1A 3DV1A 4ZPGA 3ZKIA 5P0VA 2PMAA 2XYEA 1CMSA 3OXWA 2ZJNA 4BFBA 1G6LA 4MC9A 5P0LA 3EKQA 3GGXA 3K4VC 3GGAA 2AVVA 5P2JA 3CKRA 1K6CA 3GI4A 5DGWA 1ODYA 3VF5A 2I4WA 1AIDA 4KE1A 2J9JB 1ZTZA 3VYFA 4D83A 2WECA 5P0OA 4F76A 4Z22A 1E82E 2V13A 5P61A 1B5FB 5P8SA 3D91A 5P2IA 3PSGA 5HU0A 5P27A 1HIVA 4FSEA 5P4KA 4FRJA 3OU1A 5P1CA 5P5UA 1TSUA 3EL0A 5P4UA 3CYWA 1AJXA 9HVPA 4K9HA 4DJUA 5DQ2A 1MVPA 2AOGA 5P3GA 5HDVA 4K4RA 3O9AA 2QD6A 5P2XA 2I4DA 3L5DA 1T3RA 5SXNA 5P7GA 3EKYA 1B6JA 5P08A 3OTSA 4JP9A 4DQBA 3QRMA 5P2KA 4YE3A 3UDYA 3KMYA 2B8VA 1ODXA 1ODWA 3PWWA 4ACXA 3EL4A 5OZUA 3T3CA 3IAWA 4ZPEA 1KJGA 5P7UA 1TW7A 5P5AA 3LPIA 2PSGA 4ZIPA 1YTJA 3K5DA 4Y3DA 2AVQA 5OZVA 4KUPA 3SKFA 2I4XA 2P8HA 3RVIA 2J9JA 5COPA 2XFJA 5P8QA 3T7PA 4RCEA 2R3TA 5P74A 4Y54A 4DJYA 3UDHA 5P0NA 3TPPA 4B78A 5P79A 4FE6A 4TVHA 5P68A 3SACA 5DQ1A 1ZBGA 3KA2A 4TRWA 1KJHA 1GVXA 5P1YA 3BRAA 1MRXA 1PROA 3FIVA 4R8YA 1SGZA 5ISKA 2QU3A 3ZL7A 1QBRA 4I0IA 5C9BA 3URIA 2QI4A 5P89A 5P1VA 3K5GA 3RSXA 3PGIA 3NU5A 1BBSA 4J1HA 1HOSA 5P8NA 3M9FA 5P35A 1A9MA 1FQ8A 2FIVA 2ZHVA 4I0ZA 2VIEA 4QJAA 5P0BA 1HVIA 4ER4E 1FLHA 5P1NA 4MC6A 4TRZA 3OWNA 3O9HA 1LYWB 5P7SA 1KZKA 5HTZA 2FLEA 1NH0A 5P4QA 5P2QA 1D4SA 1ZSFA 4HZTA 3SA6A 3EXOA 4EWOA 2ER6E 2B7ZA 2UPJA 3OXCA 5E5JA 3UQPA 2WEZA 3GW5A 4PPHA 3WB4A 3KFNA 1SP5A 2HAHA 3VG1A 1XN2A 4D85A 4OBZB 2IKUA 8HVPA 1DMPA 5P25A 4WTUA 2RKGA 4GJ9A 3VSXA 1ER8E 4Y47A 4MC2A 5P0DA 3I25A 1RPIA 2BPXA 5AHAA 5P59A 5P3YA 1GNMA 5P7VA 4CPTA 2OHSA 5P7EA 2ZJLA 2SAMA 5P36A 4NKKA 5OZWA 4M8YA 4Q1WA 3SO9A 2VA5A 2PQZA 3R0YA 4L6BA 1FG6C 5P38A 4AZYA 3SA4A 2RKFA 2PWRA 3T7XA 4DJOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NXE A;  3R4B A;  3DCR A;  4DFG A;  1HEF E;  5I3V A;  2Q11 A;  5P7M A;  5P2E A;  1DPJ A;  3IND A;  5P1T A;  3PCZ A;  2G1Y A;  4B1E A;  4QGI A;  2R8N A;  4X2L A;  1A8G A;  1HVK A;  3OUB A;  3OOT A;  5P7W A;  2PH8 A;  2IGY A;  3EM4 A;  2WF2 A;  2QD8 A;  4HA5 A;  3S56 A;  1RL8 A;  2HB4 A;  3LIX A;  3TH9 A;  5P2S A;  4F75 A;  4EHC A;  4FLG A;  5HDU A;  2QMF A;  3NUJ A;  2WJO A;  3OUD A;  3UFN A;  4J55 A;  1HIH A;  2Z54 A;  4DQG A;  1T7I A;  4Y44 A;  5P4G A;  4ER1 E;  2R5Q A;  3EM3 A;  2IQG A;  5P8H A;  5HDZ A;  4OBJ A;  2APR A;  5P0T A;  4FM7 A;  1IVQ A;  1BVG A;  5OZR A;  3BVA A;  4CKU A;  4ZSP A;  3TOF A;  3VF7 A;  1HXW A;  3PLD A;  4X7I A;  5P3K A;  2VIY A;  3LIN A;  5AH9 A;  5P2L A;  4Y5N A;  5OZT A;  5P01 A;  5P5Y A;  2ER0 E;  2FNT A;  4RRS A;  3UTL A;  3EL1 A;  2BBB A;  5B18 A;  4RGH A;  5P83 A;  3BUH A;  5P5C A;  4H3G A;  2ZJH A;  4R91 A;  5P24 A;  1WKR A;  5P64 A;  1LF2 A;  2QZK A;  5P29 A;  1NPV A;  4YHQ A;  4Y3H A;  1IZE A;  5KQF A;  3SAB A;  2ZYE A;  4S1G A;  4FSL A;  4QJ7 A;  5P5E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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