1LZQA

Crystal structure of the complex of mutant hiv-1 protease (a71v, v82t, i84v) with an ethylenamine peptidomimetic inhibitor boc-phe-psi[ch2ch2nh]-phe-glu-phe-nh2
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An Ethylenamine Inhibitor Binds Tightly to Both Wild Type and Mutant HIV-1 Proteases. Structure and Energy Study
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lzqA00
5P7VA 4Y35A 3N4LA 5TOLA 4U7VA 3M9FA 3NXNA 4GIDA 4HVPA 5OYSA 1PFZA 5KOQA 2AOGA 5P1CA 5P2AA 3EM6A 5P78A 5P4DA 4Y5AA 3DV1A 3WSJA 5ENMA 2ASIA 5P2EA 4J1IA 1UPJA 1T3RA 1YG9A 1D4IA 4OC6A 5P3EA 1VIKA 3RTNA 4YCYA 3NYGA 4J0TA 1FF0C 2OHPA 5P8GA 3IXJA 3A2OA 1HTGA 4Y4GA 1HEFE 5P86A 2G94A 2G26A 5OZWA 1MERA 1BV9A 4B78A 5P7IA 2V13A 5P6XA 5P4VA 4HZTA 4Y37A 3ZPTA 2BPXA 1QBRA 4EXHA 4H3IA 1U8GA 5B18A 3ER5E 3EL1A 2Q64A 3NDTA 1EBYA 1IVPA 1K2CA 5DR7A 1IBQA 1KJ4A 1MTRA 1HTRB 2ZJNA 3L5EA 3OUDA 1PSNA 3OQKA 4FE6A 5P82A 4L7HA 3ZPUA 3KDDA 4GJCA 2HS2A 5HDXA 5P37A 3K4VC 1D4JA 2XFIA 4I8WA 5DR0A 5KQYA 2JE4A 1SDUA 3IVIA 5P6BA 3G72A 5P4CA 5DQ2A 4RROA 3SAAA 5P24A 2G22A 5P63A 4D8CA 1MRXA 3WZ8A 4EJKA 5HU1A 2G1NA 4FM8A 3OUAA 3MXEA 3APRE 3PCZA 5P8UA 4FS4A 2OAHA 3FKTA 3MSLA 1E82E 2PSVA 4F74A 3VFBA 2RENA 3ZKGA 1SP5A 4Z22A 1MT9A 5P7BA 3KA2A 4Y5NA 4I11A 2NNKA 2BBBA 4GZFA 4I0DA 4GJ7A 1F7AA 5OYYA 3WZ6A 4WY6A 1T6GA 3L5BA 5OYQA 2OHKA 4NKKA 5P5FA 3PBDA 3WB5A 4HEGA 3GI6A 3Q3TA 1XN2A 1B5FB 1E80E 5P2BA 3ZKMA 5IVQA 5P8MA 3I25A 4Q1YA 4Y5MA 5P0DA 3KDBA 5P07A 2HB2A 2HB4A 5P6GA 5P8QA 5C9DA 5BS4A 2FDPA 2QMDA 3I7EA 4QJ6A 5OZ9A 3BVBA 4MC6A 3PEPA 1SH9A 5P67A 3UQWA 3RTHA 4DJXA 2APRA 2VKMA 3WB4A 4B1CA 2ZHSA 4I0EA 3FNTA 5P25A 5P5TA 3S8IA 3D91A 4I1CA 1HTEA 4EJDA 3SM1A 1HVRA 2FXEA 4UPJA 5P7HA 4CPQA 5P43A 3QBFA 2MIPA 4KB9A 1A8GA 5P45A 5P23A 4AA8A 4DJOA 1LYAA 2I1AA 3UQPA 4EP2A 5P6VA 3NUOA 2QCIA 3INEA 4B05A 4EXGA 5P2TA 1ZAPA 5P17A 5P59A 1EPLE 4I12A 4Y3RA 5P4GA 2BKSA 3G70A 5OYUA 1ZPKA 5APRE 2FDEA 5KQFA 2AZBA 4ZPEA 1HRNA 5HD0A 2QI5A 3OK9A 5P5PA 1G0VA 4D88A 5HU0A 3UDNA 4Y44A 4Y45A 5P1VA 4X2LA 1W51A 5P5BA 4Y4XA 1SMRA 4FRSA 3SA7A 2PYNA 5OZCA 3IGBA 1UH9A 4CPSA 4R95A 5P0YA 5P6MA 3JVWA 5KQZA 5P68A 2JJIA 1A94A 2R9BA 4MC1A 3EKYA 5C9FA 1C6YA 4Y3TA 2QD8A 2P3CA 1LZQA 5P15A 3OQFA 4JP9A 2I0DA 1OEXA 2Q3KA 3QPJA 5P06A 2QI7A 2QU3A 2NR6A 5P5NA 5P7QA 4YD5A 4LXKA 5P2JA 3S43A 5P3MA 1HHPA 4KE1A 2AOJA 2V11C 2V16C 2QHZA 1ZSRA 4A4QA 3OAGB 5P33A 1EPME 3L38A 4CPUA 5AGZA 2PWRA 1W5XA 5P4OA 1MT7A 1PPKE 1YX9A 5AHCA 1C6XA 4Y3SA 5P35A 4APRE 2FDDA 2VJ6A 3OXVA 5P19A 1MTBA 4RGHA 5P2ZA 1EBWA 4WY1A 4Y3HA 1BXQA 4Y48A 1KJFA 3HD8A 5OZLA 1IZIA 2FS4A 3ECGA 5P14A 1T7KA 4I0GA 1B6MA 4Y51A 5OZYA 4APEA 3OGQA 4OD9B 4FGXA 5KR2A 1HSGA 3URJA 5P6JA 5P7CA 2BPZA 4EQJA 1BBSA 5P46A 3T6IA 5OZTA 3ZKIA 3LIQA 4I0JA 3EL5A 5P6SA 4ZSPA 1JLDA 3SACA 4QJ8A 4FSEA 3FIVA 1FFIC 3NU4A 5OZSA 5P7XA 4Y56A 4Y5BA 2A1EA 5P52A 2QI6A 1SDVA 1LYBA 5P30A 1Z1HA 4ZEAA 5HVPA 2JYSA 1HWRA 5P2HA 2O4PA 3TOHA 4Y3EA 5P1JA 2PH8A 4Y3AA 2PC0A 1B6KA 5P4XA 4DQFA 5P65A 1PPME 4D89A 3LZVA 4DFGA 3SLZA 1EPPE 1K6TA 3HAWA 3TLHA 5P3AA 4OBZB 3SO9A 3NWXA 4YD3A 3K5GA 5OZVA 2ZJHA 2HIZA 3O9BA 4Y36A 5P8HA 2QD6A 2IS0A 3OU4B 4DH6A 2QMPA 3H5BA 2PSUA 5P6PA 4I8ZA 5P1PA 2OHSA 5P7FA 2OHRA 1ZTZA 5P5XA 1EC1A 3LHGA 4OBDA 5P4ZA 4RVIA 5P7YA 1J71A 5DQ4A 3QIHA 4J1HA 1ODWA 3URLA 5C9BA 1FQ8A 1Q9PA 5T4SA 4YD6A 3D1ZA 5DGUA 3IXKA 1HPSA 2WF3A 4XX3A 3DCKA 4JPEA 1CPIA 4GYEA 1W5VA 2WKZA 4YDFA 1TW7A 4EQ0A 2B60A 5P1TA 3CKRA 4CKUA 4BEKA 2ZHRA 2QHYA 5P4TA 2UXZA 1SGUA 5P5EA 1Z1RA 1BDLA 3NDUA 5P8NA 1OEWA 3L3AA 2AVOA 3EC0A 5IS4A 5P8SA 3FSMA 3FX5A 4QJ7A 1GNNA 5P88A 5P79A 4PZXA 5P84A 3OXWA 2IKUA 5P2KA 2IRZA 5E5KA 2F3EA 4QLHA 4R92A 5HE5A 5OZKA 3SKGA 1BWAA 3MSJA 4NPTA 2ZE1A 5OZJA 4CPRA 3EBZA 3K5FA 5P2VA 1K6CA 2V10C 4Z4XA 1M0BA 4BELA 2AZCA 2QI4A 2PMAA 5P2RA 5P2MA 5P04A 5P4LA 4R93A 5P1MA 4NJSA 3KFPA 5P4UA 1IIQA 1HPXA 2ZJLA 5P2FA 5P3NA 4ER1E 1RPIA 5P75A 1QRPE 5P36A 3EL9A 4Y3YA 2R3TA 3O9CA 3CIBA 2JXRA 4ZPFA 3S85A 1HVCA 4J54A 1RL8A 5KQXA 4LBTA 4DV9A 3MWSA 4OBJA 4Q1WA 3RU1A 5P1GA 1XS7D 2ER6E 4ZLSA 5P5YA 3D1XA 5COPA 1HVSA 4FRIA 5P4WA 2ANLA 3O9AA 5P18A 6UPJA 3O9IA 4MC9A 3NSHA 1YT9A 4YD7A 4FRJA 5P4YA 3VYFA 5SXNA 2BPWA 1C70A 2G1OA 1WBKA 3FNUA 1DP5A 3PLDA 3GW5A 4Y3GA 1K1UA 2QHCA 4K8SA 5P47A 4FIVA 5P8CA 3TNEA 5P8FA 1NPWA 1LYWA 2O40A 5KR8A 2QP8A 1AXAA 1YM4A 5P4PA 4YCTA 3VSWA 5P74A 2XYEA 3VF5A 3B7VA 5AH7A 3OU1A 3IN3A 4ZPGA 5P1UA 3SA5A 3R1GB 3LIYA 2OF0A 5P76A 3OGPA 4Y3XA 3JVYA 5OZEA 5P64A 4B0QA 5P3OA 5P5IA 2SAMA 3NU5A 5P0PA 5IE1A 4K4QA 5OYVA 3ZPSA 1HSHA 5IVRA 5P13A 1SIPA 5P5LA 1GVTA 3UQUA 1NPAA 2HB3A 3QROA 4DJUA 1GNOA 4COEA 1HPVA 1LF3A 2VIYA 3KFSA 3NU3A 2PK5A 5JODA 4YOAA 5P53A 5SY3A 4AUCA 1NPVA 5F01A 3S56A 3DK1A 2VA6A 3PHVA 5P7RA 3GGAA 3O9FA 4FSLA 3VG1A 5P1DA 5OZ1A 1BIMA 1CZIE 5P7OA 4Y39A 3PCWA 1BV7A 2Q15A 5OZ2A 2WJOA 3EKXA 4Y4TA 3VV6A 5P6IA 4B77A 5P7LA 4Y4UA 1AZ5A 4Y3MA 4B1DA 5P5RA 2O4SA 2G1SA 3GGVA 1FGCC 3L5DA 3LZYA 3QVIA 5HE4A 4ER2E 1HIIA 1BVEA 2QZXA 1SDTA 3VYEA 1T7JA 3UHLA 1A30A 4J1EA 3PMUA 1QBSA 4LL3A 5P1AA 3UFNA 1GKTA 3BHEA 4R91A 3SA9A 3KN0A 4QJ2A 3BC4A 5OZIA 1T6EX 5P0BA 5P6AA 1W50A 3EKTA 4Y4JA 4LXAA 5P4NA 4QGIA 5P8JA 3QAAA 4HA5A 1FB7A 3CYXA 5P6RA 3OQAA 4YOBA 5P0IA 2ER9E 2VJ9A 4DJYA 5P8BA 5P0LA 1HEGE 3KMYA 1UH8A 3QRVA 2R8NA 3CMSA 4K4PA 3VLAA 1DAZC 5P03A 2O4KA 1B6JA 2AOFA 3MSKA 4PPHA 5ER2E 4LP9A 5HCOA 5E5JA 3O9LA 3VFAA 3SA6A 3UDHA 1WBMA 1HSIA 3GI0A 1SGZA 5P2XA 1LV1A 3RVIA 5AH8A 3S7MA 1XN3A 3PWRA 2B8VA 3I8WA 3LPKA 2PK6A 1MSNA 2AVQA 5DQ1A 1GVWA 4Y5LA 3LZSA 5P4RA 2R38A 1EEDP 3OTYA 3PM4A 2IGXA 4X7IA 2WF0A 5P7ZA 1B11A 5P1SA 5P7EA 3BUGA 2QNQA 4R5NA 5P29A 1W6IA 3H0BA 5JFUA 1G2KA 5P5UA 1YTHA 2UY0A 1HIHA 4RLDA 3NR6A 3JW2A 4FRKA 1TCXA 3BVAA 3ZKXA 1FFFC 3HBOA 2VIJA 5P2DA 1YTGA 5CLMA 3LINA 2BKTA 5P7NA 3SABA 5P3SA 1TZSA 3R0WA 3RSVA 2P8HA 4DQEA 2PQZA 2WECA 2PYMA 3DM6A 1BILA 3T7PA 5OZFA 4CPTA 2IENA 4OBHA 1DPJA 2BJUA 4Y5EA 1KJHA 5I3VA 4Y3PA 2OHTA 2I4UA 4ZIPA 1XDHA 1QS8A 1HIVA 5P0UA 4Y47A 1PROA 4M8XA 2AOCA 3PI0A 2RKGA 3MXDA 4A6CA 2H6TA 2AODA 2QI3A 5P69A 2ZGAA 4JECA 4FAEA 4DQHA 2ER7E 4H3GA 1ENTE 4PYVA 4LC7A 1NH0A 5ISJA 3S54A 3PRSA 5I3WA 1AVFA 2Q5KA 3BXRA 5P1HA 4Y6MA 2ZJJA 1MSMA 3O9HA 3TOGA 1D4KA 4CPXA 2WL0A 1LS5A 5P83A 1YTIA 5P0SA 5P42A 2H6SA 5P20A 4GJ5A 2OHNA 3OQDA 5P80A 5P50A 2QZLA 2FMBA 5P85A 5ER1E 3HVPA 3T11A 4YDGA 3NDWA 5P1XA 5P77A 5P8AA 3HAUA 3GGXA 4DQBA 1EPNE 4L6BA 2HPFA 1UH7A 5OZUA 3TL9A 4YCKA 5P8RA 3ZLQA 1LEEA 1YM2A 4CMSA 4D85A 5BWYA 5P4IA 3PVKA 2AQUA 2R3WA 2FGUA 2V12C 3EL4A 1IDBA 2B8LA 2FLEA 3F9QA 3SM2A 1MESA 2R5PA 2WEZA 2FNTA 5HDZA 3R0YA 4ACUA 4Q1NA 5P5KA 5SY2A 4DJQA 4Y5PA 4TRWA 3UDQA 1TCWA 1EAGA 2ZDZA 2NXMA 4Z2ZA 1KJ7A 2QNNA 5P6LA 5P0OA 2EWYA 4YBIA 3GI4A 5P87A 3OHHA 2IL2A 5P3CA 3DJKA 5HE7A 1APVE 3PWWA 5P0HA 5DR4A 2O4LA 5P1QA 5P49A 3TPPA 3URIA 3QN8A 1FQ6A 4HDFA 4RVXA 1HVIA 1GNMA 4GB2A 2P3BA 4HE9A 1BWBA 4MC2A 4QJAA 4RYCA 4K4RA 5P6CA 5P2YA 2R5QA 3KMXA 5P0EA 2VA5A 4Y3WA 5BRYA 1ZJ7A 3IVHA 3EKVA 2ZHTA 1Z8CA 5DQCA 5P3VA 3OWNA 1AM5A 3S7LA 3BUHA 5P1FA 5P8TA 4OC6B 5AHBA 5P4FA 5HDUA 4L7JA 5DR3A 1A9MA 4XXSA 4DPFA 1EC0A 3PJ6A 4Y41A 1GVXA 4J5JA 3K5DA 5P08A 4EHCA 2FNSA 5OZBA 2QI0A 4Q5MA 4Y3LA 5P1ZA 2VNMA 5OZDA 3PGIA 2NTRA 3OOTA 5AH6A 4ZE6A 1FKNA 3K4VA 4DQCA 2I0AA 1HXWA 2ZYEA 5DR1A 3BGCA 2AVSA 4GJ9A 5P4HA 5P8LA 3UDKA 3IAWA 3CKPA 5OZ3A 2G27A 5P0NA 3AUPA 5ENKA 3PMYA 5P5SA 4EWOA 1HBVA 1B6PA 1MUIA 1W5YA 4YD4A 5P1IA 5P5MA 1BXOA 5EZXA 5P1WA 3OUDB 4ZSRA 5P7DA 3ER3E 1G35A 3K1WA 3DV5A 5HCTA 3UDMA 1NSOA 5P58A 2HAHA 4Y4EA 3VEUA 1MT8A 5P3BA 4JPCA 5ISKA 1ODYA 8HVPA 3LPIA 3HZCA 3VF3A 2QZWA 5IVSA 1K2BA 1F34A 5P1NA 4YE3A 1AAQA 1BDQA 5P7UA 2HM1A 2J9JA 3KM4A 5P3KA 3OUCA 2CENA 3OAGA 3WZ7A 3L59A 3DOXA 4FM6A 5OYXA 4RCDA 3LPJA 5P0FA 1PPLE 1E5OE 4Y38A 1IZHA 4RRSA 5J25A 5P4AA 5P8KA 3ST5A 4B1EA 3AIDA 2G69A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7V A;  4Y35 A;  3N4L A;  5TOL A;  4U7V A;  3M9F A;  3NXN A;  4GID A;  4HVP A;  5OYS A;  1PFZ A;  5KOQ A;  2AOG A;  5P1C A;  5P2A A;  3EM6 A;  5P78 A;  5P4D A;  4Y5A A;  3DV1 A;  3WSJ A;  5ENM A;  2ASI A;  5P2E A;  4J1I A;  1UPJ A;  1T3R A;  1YG9 A;  1D4I A;  4OC6 A;  5P3E A;  1VIK A;  3RTN A;  4YCY A;  3NYG A;  4J0T A;  1FF0 C;  2OHP A;  5P8G A;  3IXJ A;  3A2O A;  1HTG A;  4Y4G A;  1HEF E;  5P86 A;  2G94 A;  2G26 A;  5OZW A;  1MER A;  1BV9 A;  4B78 A;  5P7I A;  2V13 A;  5P6X A;  5P4V A;  4HZT A;  4Y37 A;  3ZPT A;  2BPX A;  1QBR A;  4EXH A;  4H3I A;  1U8G A;  5B18 A;  3ER5 E;  3EL1 A;  2Q64 A;  3NDT A;  1EBY A;  1IVP A;  1K2C A;  5DR7 A;  1IBQ A;  1KJ4 A;  1MTR A;  1HTR B;  2ZJN A;  3L5E A;  3OUD A;  1PSN A;  3OQK A;  4FE6 A;  5P82 A;  4L7H A;  3ZPU A;  3KDD A;  4GJC A;  2HS2 A;  5HDX A;  5P37 A;  3K4V C;  1D4J A;  2XFI A;  4I8W A;  5DR0 A;  5KQY A;  2JE4 A;  1SDU A;  3IVI A;  5P6B A;  3G72 A;  5P4C A;  5DQ2 A;  4RRO A;  3SAA A;  5P24 A;  2G22 A;  5P63 A;  4D8C A;  1MRX A;  3WZ8 A;  4EJK A;  5HU1 A;  2G1N A;  4FM8 A;  3OUA A;  3MXE A;  3APR E;  3PCZ A;  5P8U A;  4FS4 A;  2OAH A;  3FKT A;  3MSL A;  1E82 E;  2PSV A;  4F74 A;  3VFB A;  2REN A;  3ZKG A;  1SP5 A;  4Z22 A;  1MT9 A;  5P7B A;  3KA2 A;  4Y5N A;  4I11 A;  2NNK A;  2BBB A;  4GZF A;  4I0D A;  4GJ7 A;  1F7A A;  5OYY A;  3WZ6 A;  4WY6 A;  1T6G A;  3L5B A;  5OYQ A;  2OHK A;  4NKK A;  5P5F A;  3PBD A;  3WB5 A;  4HEG A;  3GI6 A;  3Q3T A;  1XN2 A;  1B5F B;  1E80 E;  5P2B A;  3ZKM A;  5IVQ A;  5P8M A;  3I25 A;  4Q1Y A;  4Y5M A;  5P0D A;  3KDB A;  5P07 A;  2HB2 A;  2HB4 A;  5P6G A;  5P8Q A;  5C9D A;  5BS4 A;  2FDP A;  2QMD A;  3I7E A;  4QJ6 A;  5OZ9 A;  3BVB A;  4MC6 A;  3PEP A;  1SH9 A;  5P67 A;  3UQW A;  3RTH A;  4DJX A;  2APR A;  2VKM A;  3WB4 A;  4B1C A;  2ZHS A;  4I0E A;  3FNT A;  5P25 A;  5P5T A;  3S8I A;  3D91 A;  4I1C A;  1HTE A;  4EJD A;  3SM1 A;  1HVR A;  2FXE A;  4UPJ A;  5P7H A;  4CPQ A;  5P43 A;  3QBF A;  2MIP A;  4KB9 A;  1A8G A;  5P45 A;  5P23 A;  4AA8 A;  4DJO A;  1LYA A;  2I1A A;  3UQP A;  4EP2 A;  5P6V A;  3NUO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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