1MEUA

Hiv-1 mutant (v82f, i84v) protease complexed with dmp323
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular basis of HIV-1 protease drug resistance: structural analysis of mutant proteases complexed with cyclic urea inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1meuA00
4X7IA 4DJVA 3PWMA 4Y3RA 1EPPE 3INHA 3KT2A 5P2OA 1SGUA 4I11A 4AA8A 1W6IA 1HBVA 3OAGA 4Y3FA 2P3CA 1SDVA 1T6EX 5P2XA 3S7LA 2OHSA 1MT7A 2QNNA 2R3WA 4MC9A 2Q64A 4FSLA 4FM8A 4KE1A 5OZ2A 5OZIA 1YM4A 5P1AA 3VLBA 4WY6A 1FQ8A 3RSVA 2CEJA 4OBKA 5P5CA 4B78A 4FAEA 5OZNA 1BVEA 4K8SA 1UH9A 4DQEA 5AHCA 2ASIA 4GYEA 3OOTA 4Y3AA 4FE6A 1MTRA 5P0OA 5KR0A 1K6CA 3BC4A 3LINA 1MRWA 1EPNE 3QVIA 3INFA 3KFNA 5P6OA 1PSOE 5P2UA 3T6IA 5P0QA 3IVIA 4I0DA 3SLZA 3DK1A 1KJFA 1EAGA 4KB9A 3S2OA 1YX9A 2QHCA 3DV5A 1M4HA 5P8NA 5P7LA 5P0IA 1MVPA 1YT9A 4APRE 4EJ8A 5P4TA 1IZHA 5DQ2A 4Y3GA 5P7TA 3NU5A 1E5OE 2HAHA 1HVLA 3NR6A 3OXCA 4B00A 3UQXA 3PGIA 5P5ZA 1XDHA 5HE7A 4TRZA 4ZSMA 2WF1A 2IKUA 5IVTA 5P7DA 1ZPAA 3BUHA 3PJ6A 3APRE 5OZJA 3QS1A 5P0PA 2PYMA 2PH6A 4Y4GA 3MXEA 4Y44A 4JPCA 2V12C 4HVPA 4U8WA 3OOZA 3PB5A 4LBTA 4DJRA 2G1SA 1C70A 3PI0A 3O99A 3OADA 5P6DA 4BEKA 1HTGA 2NNKA 5DQ1A 5DGUA 4ZEAA 2I4XA 2WEAA 2XFJA 5P6VA 1T7KA 1D4YA 2HPEA 4CPRA 4L7JA 4Y54A 3L58A 4GJ8A 3PRSA 2O40A 5P3EA 3VUCA 1HTFA 2G94A 4PZXA 1TZSA 5P7OA 5P0ZA 7HVPA 4LL3A 1MUIA 3C9XA 1XE5A 3SFCA 3UQRA 5F00A 2ZHTA 2XFKA 3MWSA 4RYGA 5P84A 2I4DA 2R38A 1ER8E 5P6PA 3K5CA 3PI5A 4Y5NA 3Q5HA 2BKTA 4D88A 2OHRA 3TL9A 2WF4A 3GW5A 5P4YA 3GI4A 3VCMA 3UTLA 3OXXA 5P6NA 2AOIA 3O9BA 4B0QA 5P6HA 3KFSA 1B5FB 4DPFA 3TPJA 2IS0A 3UDJA 2ZJIA 1QBUA 1LYWA 2PSGA 5P0SA 4CPSA 2ZHRA 1RV7A 5P07A 3S43B 1RPIA 5P6KA 1WKRA 2QAKA 4Y3JA 5P31A 4HE9A 5P1WA 5BWYA 5P09A 5P1XA 3WZ6A 1B6LA 2IQGA 1B11A 2G26A 5ENKA 2HC0A 5P5DA 5P66A 5P2TA 4RVJA 4RVIA 1QDMA 1FLHA 5P8TA 5P6EA 5P57A 3QP0A 5P8JA 4YCYA 5OZWA 5AHBA 2NMYA 4GJCA 1BV7A 4DJPA 4FGXA 3OQFA 4NJSA 5P5UA 4FCOA 1HPSA 5P0CA 5P33A 5I3VA 4EJKA 4ER4E 4J0VA 4ZIPA 5DQCA 5OZZA 3QBHA 5OYUA 1F34A 3UQUA 4L1AA 3UDNA 4ZSQA 5J25A 2Q54A 3O9HA 4ER2E 5P6YA 5P81A 5P0AA 3EKXA 5P0HA 2G1OA 5P7CA 4ZLSA 4EQJA 5P1VA 3QAAA 4J55A 3AIDA 1Z1HA 1D4KA 4Y5PA 2FXDA 5P2DA 1APWE 5P70A 4FRJA 2NXMA 1K1UA 3VLAA 3EL4A 1CMSA 3O9DA 4DI2A 5AH6A 5HDUA 5P3VA 5KOSA 3BXSA 4Y5AA 4OBGA 4HDFA 5P88A 4Y5CA 5P7YA 4Y4UA 4I10A 4I0FA 3UDPA 2ZJJA 3O9FA 6APRE 2WEZA 2H6TA 1XL5A 3SAAA 3G6ZA 5P52A 5P55A 5P0FA 5KR1A 5P26A 2B7FA 2PWCA 1K2BA 5P3TA 4GJ5A 3OUAA 2R8NA 4Y56A 1APVE 1BIMA 5P3BA 1SBGA 2QMPA 4WTUA 3OQKA 5E5KA 2NPHA 5AH7A 3MSJA 4ZPFA 5BRYA 4U7VA 4Y4ZA 5P3AA 5P04A 3BVAA 3UPJA 4DJXA 2O4SA 5P72A 1YM2A 5P39A 1C6ZA 1EBWA 4Y3PA 1ZPKA 2JE4A 5OZQA 5OZMA 3SA9A 5KQXA 2OHMA 8HVPA 5P3PA 4Y4EA 5KQYA 5ENMA 4QLHA 5OYZA 4RYCA 3QIHA 3NU9A 3EM3A 3FNTA 1DAZC 3IA9A 5P46A 4YBFA 5P4VA 5P3SA 3TOFA 1HRNA 1TSQA 5P2JA 5P4ZA 5OZ4A 4EWOA 4Y3YA 2OHQA 2UXZA 3OU1B 4HEGA 2FMBA 5P4SA 2PK6A 3NXEA 2HB4A 3NSHA 3VEUA 5P5IA 2QD7A 3NDUA 5P51A 2O4NA 5P2IA 4Z4XA 1W51A 4OBJA 1LZQA 2QZKA 3NDXA 3LPJA 4OBHA 5E5JA 3OGPA 3O9EA 5OZLA 4J0ZA 3KN0A 5P7XA 5P5YA 2PYNA 1LF3A 4R92A 2QP8A 2QHZA 3UQPA 1BWAA 2JXRA 3CIBA 2AZCA 1E82E 5P50A 2FS4A 5P61A 3LIZA 1XN3A 3IN4A 4RCDA 5HDVA 5P8EA 3UF3A 1MSMA 1HPOA 1ODWA 2QMFA 5P8DA 3R0WA 1GNNA 1D4LA 4OD9A 4FS4A 3T11A 1FKNA 3TLHA 4TRYA 3NXNA 3VFBA 5P18A 4YCKA 3UHLA 4OBZB 3UDRA 5P8IA 4NJTA 5EZZA 5OZGA 3O9LB 3SM1A 3OUBA 1OD1A 3O9AA 1SP5A 5P30A 2QMDA 1PFZA 3RVIA 5P1YA 1T7IA 5HVPA 1FQ5A 4YDGA 3EL9A 5HDXA 1IBQA 2HB3A 5P0YA 5P8PA 3OQDA 2P83A 1GVUA 3FNSA 5P3HA 3DOXA 1QBSA 5SY2A 1B6JA 5FIVA 2QI4A 4E43A 2VJ9A 4YD7A 5P5WA 3RTNA 4NJVA 5P2RA 2O4LA 4DQFA 5P7BA 3ZKGA 1VIJA 5P6RA 4J17A 4YD6A 5P7QA 4FRKA 3AUPA 2AOFA 4YBIA 5P4NA 3FIVA 3K4VA 5P74A 4GJAA 3UDQA 4B05A 2B42A 4TRWA 2IGXA 4H3GA 5P19A 1HSHA 5P8AA 1HVKA 3LIYA 4Y3WA 4YA8A 5P4MA 3RTHA 1IZEA 3SKFA 2ZJNA 1CZIE 2Q63A 4I0IA 2QNPA 2PH8A 3HAWA 4R93A 2AOHA 3BGCA 1MIQA 5P6AA 3TH9A 5P20A 2QI1A 5HCTA 3L59A 4I8WA 3QBFA 1E80E 4DJQA 3TPLA 4F75A 4DQCA 5P2SA 3KDCA 4DJYA 1IZIA 1EPLE 1PPLE 3U6AA 3NWXA 5P67A 1YTHA 5P5PA 5P8KA 5P5NA 3KM4A 5P3JA 2G1RA 5P1RA 1AM5A 1D4HA 1G0VA 5P1UA 3S45A 3KF0A 5P7FA 3NDTA 3SA4A 3HAUA 2VA7A 4CKUA 3QRVA 3SKGA 3SQFA 1BDQA 3TOGA 1DMPA 5P4WA 5JODA 1GVXA 5IE1A 5OZCA 2OHLA 4Y3TA 1LS5A 2BPZA 2WECA 2JYSA 2G27A 5P25A 3MSKA 5OZ3A 2J9JB 2VIZA 4Y4DA 2I1AA 4DUSA 3NU3A 1META 4I0JA 1HIIA 1SIVA 4YE3A 2PMAA 5KR8A 4R91A 1TCWA 5UPJA 1SIPA 4BFBA 3KT5A 5P6WA 3EM6A 2CEMA 5P17A 2ER9E 1SH9A 4YD3A 3ZL7A 4XX4A 5IVQA 2VJ6A 5P03A 4I0GA 3PBDA 5P3NA 5PEPA 2IRZA 2PWRA 5P3UA 2VIYA 5P1TA 3A2OA 4B1EA 1AJXA 5DR3A 2OF0A 5COKA 3KMXA 3SABA 5ISJA 5P34A 3D1YA 5P6CA 4R5NA 5AGZA 3I2LA 2WEBA 5P1MA 1MTBA 3MSLA 2A4FA 4Y5KA 3N3IA 4B1CA 3OUDA 2AVVA 1HEFE 4DJUA 5P3CA 1IIQA 3VSWA 3EBZA 1E81E 1HEGE 2ER6E 3GGXA 5OZDA 5I3YA 2AVQA 2AOGA 5P12A 5OZHA 2VA6A 4ZPGA 2QD6A 3DUYA 4LXKA 1EC1A 1VIKA 3ST5A 5P5XA 5P5AA 5P6XA 4Y5GA 5P8LA 5ISKA 4OBDA 2OHNA 1SMRA 4XX3A 1W5WA 3GGAA 5P6IA 2ZHUA 5OZ9A 2XFIA 1AJVA 1B6MA 1FGCC 5P7JA 3QRMA 1D4JA 4FRSA 2QCIA 3N4LA 5P7GA 3TNEA 5P5FA 5P22A 1CPIA 4HDPA 5P2KA 1KJGA 4Y36A 1XN2A 3LZUA 1YTJA 5P56A 1KJ7A 4RZ1A 5P0NA 3OADB 3S53A 1DP5A 3U7SA 5P29A 3GGUA 1YTIA 4ZE6A 2R43A 3OGQA 4QJAA 4B1DA 1SGZA 3SPKA 3NLSA 3CYWA 5F01A 3KFRA 4PYVA 3HBOA 2Q15A 4GMIA 4DVFA 2G69A 5P3QA 1MSNA 4COEA 3PSYA 3NWQA 2QI3A 4J1FA 1GKTA 4BFDA 3PEPA 4LXMA 5P38A 9HVPA 2FDDA 4Y6MA 3F9QA 4PPHA 2WF3A 3M9FA 4FIVA 1IDBA 1EPQE 5P3YA 5P3IA 3PBZA 1FQXA 4QJ9A 3LPKA 4GB2A 5DQ4A 3JVWA 1B6KA 3S43A 5P4PA 4Y48A 5OYTA 4I8ZA 5P4RA 4Y50A 4HA5A 2OHKA 2PC0A 3EKPA 3ER5E 5HE4A 4TVGA 2FNTA 1LYWB 4A6BA 1K2CA 1PROA 3LIXA 5P3MA 5IVRA 4YHQA 2BBBA 3L38A 2EWYA 4YD4A 4HLAA 3VV6A 3ZKNA 5P4GA 5P2WA 3HVGA 4Y3XA 2WF2A 4DV9A 4Y4JA 5P4UA 4Y3MA 5HU1A 1C6XA 2G22A 3CKRA 3EC0A 2HB2A 5DR8A 5P54A 5P5TA 1EC0A 4EQ0A 5OZOA 2Q55A 3PCWA 1C6YA 1W6HA 5P24A 3KDBA 4KUPA 4HDBA 3INDA 2FNSA 5P37A 5P3WA 5P5QA 4DQBA 1DIFA 3I6OA 5OZTA 4FM6A 3CIDA 2QHYA 3TKGA 2J9KA 5P14A 3EKQA 5P3RA 3VFAA 4FM7A 3VYDA 4K9HA 4EYRA 3QRSA 4L1AB 4ACUA 3WSJA 4FRIA 5P0DA 5DR1A 4GZFA 4EJLA 5P8RA 4IVSA 5DR4A 4Y41A 4J0PA 2IL2A 5P5MA 5P62A 4LXAA 5OZ7A 1W50A 2FIVA 2OHUA 1K6TA 1A9MA 5P6QA 5P1QA 1QRPE 4B72A 5C9DA 2V16C 4GJ7A 2O4KA 3S85A 3URLA 3D20A 3R1GB 2APRA 2RKFA 1ODYA 2AVSA 3WB5A 5P78A 5P0EA 3DCKA 1NPWA 1KZKA 1D4SA 2VKMA 3VV7A 3DJKA 4MC1A 5P5JA 3H5BA 1ZJ7A 3UFNA 5P23A 5P75A 3H0BA 3SA8A 4Y5MA 5P2ZA 3RTMA 5DQ5A 3VG1A 5DR0A 5P4QA 4FAFA 1LYBB 4NPTA 3KA2A 2XYEA 3OTYA 5P43A 3Q6YA 2AZBA 5P0BA 2QI7A 1HVIA 2AOEA 2NMZA 2B8LA 1IDAA 3QPJA 1PSNA 2FXEA 4GJDA 3FKTA 5OZUA 1ODXA 5P76A 2OHTA 3IXOA 5P7SA 3OU4B 4Y58A 5HCOA 3ZLQA 3HZCA 5P0LA 5SY3A 4Y3EA 3EL1A 5P8SA 2P3BA 4K4PA 3O9GA 3OU1A 1HXWA 3D3TA 1IZDA 4NPUA 3SM2A 1TSUA 5P2VA 2SAMA 3CKTA 5P4FA 5P6MA 3ZKQA 3DCRA 4Y47A 1FFFC 4MC6A 5P2LA 1HTEA 5P6JA 2UPJA 2F3KA 2HS1A 4YOBA 4QGIA 2NR6A 5P73A 4Q1XA 2PSVA 1MRXA 5P36A 2JJIA 3PLLA 2QZLA 5OZAA 4Y35A 3OUCA 1FEJC 5P63A 3BHEA 4DFGA 3LHGA 3T3CA 3KYRA 3RU1A 3IXJA 2I4VA 2NNPA 1B6PA 5P16A 2Q5KA 3LNKA 5JG1A 4AUCA 1AXAA 2VNNA 3NYGA 1U8GA 5P6FA 3WB4A 2B7ZA 4GJ9A 2OAHA 2FGVA 3LPIA 1PPME 5P2CA 3K1WA 4Y38A 4J1IA 3PLDA 1FB7A 3BRAA 3VYEA 1AIDA 2VS2A 1XS7D 3PWRA 2WJOA 1HPVA 3IXKA 5P80A 5P2HA 4M8XA 3L5CA 1PSAA 3JVYA 4B70A 3NUOA 4DPIA 4Y5LA 4R95A 5P1OA 3UQWA 5P1FA 1LV1A 5KQFA 4JECA 4Y4BA 1OEXA 2AZ8A 2V00A 4R8YA 3T7PA 1ME6A 5P4BA 4Q1NA 4AA9A 3UCBA 3PCZA 5P5VA 3EKVA 5P13A 5P59A 4F73A 4K4RA 1EBKC 3EL5A 4Y3HA 2IGYA 5APRE 5P2QA 3PSUA 5P1DA 2JJJA 5BS4A 5P60A 1MT8A 1EC2A 5OZBA 5OYRA 4J54A 3LIVA 1UH7A 5P2NA 1HWRA 5P0RA 2AZ9A 4J1KA 2PSUA 3NU4A 1K6VA 1TCXA 3SA6A 5P5BA 3IN3A 5P11A 3SA7A 3ZPUA 3S56A 4U7QA 2VIJA 4Y5EA 1OEWA 2I4UA 1RNEA 3VV8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4X7I A;  4DJV A;  3PWM A;  4Y3R A;  1EPP E;  3INH A;  3KT2 A;  5P2O A;  1SGU A;  4I11 A;  4AA8 A;  1W6I A;  1HBV A;  3OAG A;  4Y3F A;  2P3C A;  1SDV A;  1T6E X;  5P2X A;  3S7L A;  2OHS A;  1MT7 A;  2QNN A;  2R3W A;  4MC9 A;  2Q64 A;  4FSL A;  4FM8 A;  4KE1 A;  5OZ2 A;  5OZI A;  1YM4 A;  5P1A A;  3VLB A;  4WY6 A;  1FQ8 A;  3RSV A;  2CEJ A;  4OBK A;  5P5C A;  4B78 A;  4FAE A;  5OZN A;  1BVE A;  4K8S A;  1UH9 A;  4DQE A;  5AHC A;  2ASI A;  4GYE A;  3OOT A;  4Y3A A;  4FE6 A;  1MTR A;  5P0O A;  5KR0 A;  1K6C A;  3BC4 A;  3LIN A;  1MRW A;  1EPN E;  3QVI A;  3INF A;  3KFN A;  5P6O A;  1PSO E;  5P2U A;  3T6I A;  5P0Q A;  3IVI A;  4I0D A;  3SLZ A;  3DK1 A;  1KJF A;  1EAG A;  4KB9 A;  3S2O A;  1YX9 A;  2QHC A;  3DV5 A;  1M4H A;  5P8N A;  5P7L A;  5P0I A;  1MVP A;  1YT9 A;  4APR E;  4EJ8 A;  5P4T A;  1IZH A;  5DQ2 A;  4Y3G A;  5P7T A;  3NU5 A;  1E5O E;  2HAH A;  1HVL A;  3NR6 A;  3OXC A;  4B00 A;  3UQX A;  3PGI A;  5P5Z A;  1XDH A;  5HE7 A;  4TRZ A;  4ZSM A;  2WF1 A;  2IKU A;  5IVT A;  5P7D A;  1ZPA A;  3BUH A;  3PJ6 A;  3APR E;  5OZJ A;  3QS1 A;  5P0P A;  2PYM A;  2PH6 A;  4Y4G A;  3MXE A;  4Y44 A;  4JPC A;  2V12 C;  4HVP A;  4U8W A;  3OOZ A;  3PB5 A;  4LBT A;  4DJR A;  2G1S A;  1C70 A;  3PI0 A;  3O99 A;  3OAD A;  5P6D A;  4BEK A;  1HTG A;  2NNK A;  5DQ1 A;  5DGU A;  4ZEA A;  2I4X A;  2WEA A;  2XFJ A;  5P6V A;  1T7K A;  1D4Y A;  2HPE A;  4CPR A;  4L7J A;  4Y54 A;  3L58 A;  4GJ8 A;  3PRS A;  2O40 A;  5P3E A;  3VUC A;  1HTF A;  2G94 A;  4PZX A;  1TZS A;  5P7O A;  5P0Z A;  7HVP A;  4LL3 A;  1MUI A;  3C9X A;  1XE5 A;  3SFC A;  3UQR A;  5F00 A;  2ZHT A;  2XFK A;  3MWS A;  4RYG A;  5P84 A;  2I4D A;  2R38 A;  1ER8 E;  5P6P A;  3K5C A;  3PI5 A;  4Y5N A;  3Q5H A;  2BKT A;  4D88 A;  2OHR A;  3TL9 A;  2WF4 A;  3GW5 A;  5P4Y A;  3GI4 A;  3VCM A;  3UTL A;  3OXX A;  5P6N A;  2AOI A;  3O9B A;  4B0Q A;  5P6H A;  3KFS A;  1B5F B;  4DPF A;  3TPJ A;  2IS0 A;  3UDJ A;  2ZJI A;  1QBU A;  1LYW A;  2PSG A;  5P0S A;  4CPS A;  2ZHR A;  1RV7 A;  5P07 A;  3S43 B;  1RPI A;  5P6K A;  1WKR A;  2QAK A;  4Y3J A;  5P31 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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