1MRWA

Structure of hiv protease (mutant q7k l33i l63i) complexed with kni-577
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mrwA00
3I7EA 2OHTA 2V10C 2V11C 1TCXA 4Y3LA 3ZLQA 1UH8A 2FNSA 5P5XA 3IXKA 4RVJA 4J1FA 5P1ZA 5P1YA 5P2LA 4Y3RA 5P27A 1SBGA 3INHA 3UQWA 5P8IA 1MT7A 5P16A 5DGWA 1AJVA 5P62A 5P0EA 5P7LA 5P45A 3ZKNA 3LIQA 5P4DA 4XX3A 5P46A 1AAQA 5P82A 2WEDA 3SQFA 3LITA 1IDAA 4ZPEA 1U8GA 4Q1NA 4NJTA 4Y3DA 5OYRA 4K4RA 3NUJA 1HBVA 2VJ6A 4J1EA 2OF0A 3VCMA 4Y4TA 3KT2A 3GI4A 3OUBA 1YTHA 3K4VC 4J0TA 5P3SA 5P8CA 2AOCA 5P5IA 2NMZA 1LZQA 1PPLE 1CPIA 5P7OA 3AIDA 3S54A 4L1AB 4EQJA 5OZCA 4DJPA 5P1KA 4DJUA 4B00A 5P59A 3SABA 2VA5A 1ODYA 3HVGA 2UY0A 4LXAA 4YA8A 4Y3QA 3LINA 3OU3A 1AXAA 5AH9A 5P08A 3K5DA 5P6MA 2UXZA 1XS7D 5P1PA 5HTZA 3GI6A 5P3LA 3ZKGA 5P0GA 5AGZA 4DV9A 2G27A 3WSJA 4KE0A 5P0YA 3INDA 1SDTA 5KR0A 5KR8A 2AZ9A 5DQ1A 1BV7A 3HAUA 5C9BA 3G70A 3OTYA 4Y43A 3S7MA 4XX4A 3S45A 1ZSFA 4HA5A 1BXOA 1J71A 1F7AA 5P8HA 2QU3A 5DQ4A 5OYSA 1BWAA 3OOZA 2JYSA 4I0FA 3O9FA 2Z54A 5SY3A 3K1WA 3VLAA 3UPJA 3QPJA 1LYWB 4GJ7A 4RGHA 3NU5A 5P3PA 4QJ2A 4GJ9A 4Y36A 5P09A 3EKTA 4I0IA 5P3OA 5P07A 5AH8A 1T6GA 4E43A 5OZ4A 1GNOA 5OZZA 1FG8C 3UDJA 5OYVA 5P7DA 5P4KA 1MSMA 5P06A 5EZZA 3RSVA 4RYCA 2VS2A 2Q55A 3VG1A 1LF2A 5P3MA 4ZPFA 3O9EA 5P5AA 4EJKA 5P7MA 3LPIA 5P32A 2ASIA 4Y3TA 1W6HA 1LV1A 5P5OA 1ZLFA 2R43A 5P43A 2PWRA 3S43A 4F73A 2NPHA 5HCTA 4EXHA 4CMSA 3SA8A 3L5EA 1KJHA 3VLBA 1XN2A 4Q1YA 3PEPA 3DJKA 2O4NA 4B72A 1GNMA 4KUPA 4Y38A 5P57A 3L5CA 4CPRA 5P24A 5OZYA 3ZPUA 5P2OA 5P8FA 4Y5NA 1DPJA 2Q64A 4BFDA 1IVPA 3D1XA 3H5BA 5E5JA 5P6AA 3UDNA 4GJ5A 5P8NA 5P6NA 5HCOA 1EPRE 3Q4BA 4H3FA 2G94A 5OZRA 2QHCA 1EC3A 1ODXA 3MSLA 5P1RA 1SGUA 1FMXA 4FS4A 5P2EA 1XE5A 4DQFA 4JPCA 1NSOA 4Y39A 3OXVA 5P6SA 1PPME 3JVYA 3EM6A 3EKYA 3G6ZA 4Y5AA 5I70A 5DR1A 5P2HA 4CKUA 5P8DA 5F00A 5OZNA 3PWMA 3IVHA 1MPPA 1M43A 3GGAA 3O9LA 2ZJHA 3UDKA 4FRKA 1DIFA 4Y57A 5P5GA 3TPRA 4DJVA 2NXDA 3PBDA 4ZSRA 4K8SA 3L5DA 3DOXA 3SAAA 4DQCA 1DP5A 4YD4A 4CPXA 1GVWA 4AZYA 1UH7A 4L7GA 2I4DA 3NSHA 4OBZA 5P6TA 5P3RA 2WF4A 5P3AA 7UPJA 2ZYEA 3BUFA 2JXRA 1F34A 4Z50A 1LEEA 5P49A 1CMSA 5JFPA 2QMPA 5P2WA 1T7JA 4FGXA 5P5SA 5P6QA 4Y5GA 1HXWA 5HD0A 5P0TA 2QI1A 4JOOA 4PYVA 5P6BA 3EC0A 4DJYA 2WF1A 5P7KA 5P3GA 4Y3SA 2WL0A 5P3CA 3UF3A 3RTNA 3VFBA 2FDDA 5P25A 5CLMA 2NXLA 5P85A 5P2AA 1HVRA 3UDQA 3UQRA 5P1VA 5P54A 1EBYA 5P3JA 3RU1A 5OZ0A 2OHUA 4NJSA 3PMUA 4LBTA 5P4MA 2QI6A 5P6OA 3L5FA 5OZ9A 4RCEA 3VF3A 1BBSA 3BXSA 4R95A 2PH8A 3TPLA 2QZWA 5OZQA 2NNKA 4FCOA 3ZPSA 3FV3A 5P1IA 4DJWA 1M0BA 4EJLA 1WKRA 2VJ7A 1PSAA 1YM2A 2BPZA 4J1CA 4COEA 3QN8A 3NDWA 2G22A 5P2CA 2PK6A 5P78A 3OWNA 5HE5A 4YD6A 3SM1A 5DR0A 3NU9A 5P2TA 2HIZA 3RTMA 3WZ6A 3EBZA 5P7YA 1OEXA 4FSLA 1W5YA 5P56A 5P0HA 5KOSA 5P18A 1QBTA 1HEFE 5P5WA 1TQFA 3LNKA 4ZLSA 3UQXA 2H6SA 2FGUA 2VA6A 5P0MA 5P2VA 4PHVA 1W51A 3NU3A 2ZJKA 4CPQA 2WEBA 3ER5E 5P3BA 5I3WA 2PYNA 5P51A 1B6JA 5P48A 2PMAA 1TCWA 4IVTA 2QI7A 4D8CA 1NPVA 5P3XA 1T7KA 2Q63A 2VKMA 5P6VA 1ODWA 4FSEA 4I10A 2IDWA 3GW5A 3PRSA 5P5MA 5P4PA 2NR6A 5P3IA 3LPJA 5OYQA 2I0DA 2AZCA 2ZDZA 5P5TA 4J55A 3R2FA 5OZKA 5P4OA 5P30A 1IIQA 5DR4A 1MT8A 5C9DA 4ZPGA 4J1HA 4Q5MA 1QBUA 3U71A 3QVCA 1SMRA 5P03A 4CPUA 3DCRA 5OZ6A 5HE4A 4GJAA 3EKQA 1HWRA 1UPJA 3EL9A 5P2DA 4LC7A 4F75A 5P2MA 3S43B 1VIJA 4K4PA 2IEOA 2HPFA 5COKA 2JJJA 5P7JA 2AOFA 1A9MA 2F3FA 5P1BA 5P7PA 3L38A 3S2OA 4I8ZA 4U8WA 1D4LA 2P3BA 4Y50A 5OZFA 5P23A 2NXMA 5OZOA 5DQ2A 4RRSA 5HDXA 5P0UA 4HE9A 5OZDA 5OYUA 2V00A 5P17A 5P3DA 5P84A 1FFIC 1FIVA 4Y35A 5P44A 3CIBA 5E5KA 5OYWA 1HPOA 5P0LA 1ZP8A 2FS4A 3T7QA 5P4ZA 4GYEA 4EHCA 3D20A 4DPFA 3LZUA 1K1TA 3L59A 5OZHA 2QU2A 3SKGA 1IBQA 1XE6A 1HVHA 5P7WA 5OZAA 4EJDA 3VSWA 2VIEA 5P69A 3HW1A 4Y51A 5IVTA 1MTBA 4I0DA 2PQZA 5P1NA 5P3NA 5P4SA 4RCFA 3TOFA 4FM6A 5P05A 2V12C 3INEA 4FIVA 4Y53A 5P8KA 5OZGA 5P53A 2FDPA 6UPJA 1QBRA 2EWYA 3KFPA 2WF0A 2WEZA 5P15A 5HU0A 5P5JA 3DUYA 4MC6A 4J5JA 1YTJA 4Y4ZA 4B77A 1RPIA 4ZSPA 3OTSA 1D4IA 5P4NA 4I0GA 3RSXA 1APTE 4K4QA 5P4QA 4H3GA 1EC2A 2IKUA 5COPA 4EP3A 3SA5A 3UHLA 4OBZB 4QJ7A 2AQUA 2WF3A 2AVSA 4Y3EA 1BDQA 3U6AA 4JP9A 2QI4A 3KDBA 4LP9A 1FF0C 4DJXA 1SIVA 2WJOA 1MSNA 4FL8A 5P7CA 5OZEA 2R3WA 2QZKA 4APRE 1TZSA 4D83A 3QRVA 1IZDA 4EXGA 2CEMA 5JFUA 2ANLA 3IVIA 3UTLA 1K2CA 3FX5A 3OGPA 4HDFA 5P7UA 2ZGAA 3QI1A 3ZKQA 5IVQA 2XYFA 3JW2A 2IRZA 1EPPE 1EPOE 2P83A 2XYEA 2FMBA 2HAHA 1W5XA 5P8LA 5P83A 4DPIA 2APRA 3APRE 2RMPA 1MERA 1ZPAA 3A2OA 3NDTA 3S7LA 2Q54A 2QD8A 4JPEA 5P3ZA 5ISKA 5P6WA 3TPPA 1CZIE 3UDMA 5P4GA 3LHGA 1ZAPA 4PEPA 4AA9A 2ER6E 5IVRA 1N49A 5CONA 3PHVA 1BVEA 3TL9A 5P8AA 2PYMA 5P6RA 1MRXA 2QI5A 3OK9A 5KQXA 5P66A 4U7VA 2PK5A 3FSMA 1EC1A 5P4EA 4Y41A 5SXNA 2J9JA 3QRMA 1EPQE 3K5FA 2O4PA 4I11A 1K6CA 4D85A 3BC4A 1EC0A 3S85A 5P4IA 1HXBA 1HRNA 4CPSA 2IQGA 4PZWA 4J1IA 2QD6A 1E81E 3DM6A 3UDHA 5P14A 1QDMA 3DV5A 4WTUA 3UDRA 3Q6YA 2HB3A 5P7NA 1LS5A 5P6XA 4CP7A 1EBZA 3OU1B 2XFIA 3I6OA 4Y3AA 4PPHA 3TOGA 2BQVA 3T7XA 2BPVA 4TRWA 2WECA 4Y4BA 2HS2A 2QP8A 2G1SA 2FXEA 4A6BA 3ZMGA 5IS4A 1YG9A 1SH9A 5P0BA 3PSUA 5P4CA 4ZE6A 5IVSA 3CICA 1FB7A 1W50A 1D4HA 3PBZA 4MC9A 3O9CA 1FMUA 3Q70A 2Z4OA 5P3QA 3PB5A 2OHLA 4RVXA 5P6GA 5P8PA 5OZXA 5P3TA 2ZHVA 3NXNA 3SA7A 2G1YA 5P3VA 1IZEA 2Q11A 1W5VA 5P39A 4XXSA 5P1QA 5P19A 1MRWA 5P0XA 3R1GB 3TKWA 4WY6A 4EYRA 4QLHA 4EP2A 2A4FA 1ER8E 1HEGE 2QI3A 1D4KA 5OYXA 5KR1A 4DQGA 5P6KA 5P7FA 4OC6A 2QNNA 3TLHA 3SA3A 2P3BB 5OZ5A 1NH0A 5P8QA 4Y5EA 3URIA 5P0PA 5ER2E 5P0ZA 5DPZA 3KDDA 2CEJA 5P4TA 5P2FA 4B1CA 4TRYA 3PLLA 5ENMA 2QAKA 3EM3A 2P4JA 1FQXA 3K5CA 1G2KA 5P2IA 5P4WA 5P04A 3PGIA 3PVKA 3CYXA 2F3KA 1B6MA 4TRZA 4R91A 4J0YA 3QBFA 3WB5A 2VIJA 5P4BA 2PSGA 4Y4DA 1BAIA 5P64A 2FDEA 5P73A 3ZKSA 4DVFA 2QNQA 2SAMA 3R0YA 4FRIA 5P7GA 3OHFA 3ZL7A 5HVPA 4DQHA 5P0KA 2RSPA 2QHYA 3KT5A 1B5FA 4Q1WA 2F80A 5P5BA 4DFGA 4OBDA 4Y3GA 1MESA 5P5YA 1ME6A 5P7QA 3OXWA 1HPXA 1TSUA 1LF4A 3QVIA 5P42A 2AOEA 3T11A 3BHEA 5P89A 4B70A 3PM4A 5P79A 3BUGA 4Y3XA 5I3VA 3BRAA 1HTRB 3PCZA 5P5LA 2JE4A 5OZMA 3IAWA 4L7HA 3BGBA 4R8YA 1K2BA 1W5WA 1EEDP 2P3CA 3MXEA 4X2LA 2BPXA 4Y4WA 1META 4YCTA 5P00A 5P8UA 5P4VA 3OOTA 3S8IA 4YOAA 4H3JA 1RNEA 3TOHA 1FQ4A 4JECA 5P0VA 3EL0A 2ZJNA 2OHRA 3NU4A 2G21A 3L58A 5P3FA 5P5KA 3APPA 2RENA 3BXRA 3EL4A 3KDCA 4Y48A 3L3AA 3NLSA 5P02A 3O9DA 4RLDA 5DR3A 5P34A 3SPKA 4DI2A 2NNPA 4DJQA 3PJ6A 3O9GA 3HLOA 2IKOA 2R38A 1XN3A 5P1FA 3D3TA 3OHHA 5P7BA 4Y3ZA 3OQKA 4QJ9A 4B1EA 4OBHA 4HVPA 3UFLA 4EPJA 1A94A 2BBBA 1IDBA 4Y5CA 1D4YA 4ER2E 2QK5A 3O9BA 3SA9A 4AUCA 2IL2A 5OZPA 4DUSA 3GGXA 2RKGA 4HZTA 4Y47A 5P5UA 4IVSA 5P8RA 5P63A 4EJ8A 4Y54A 1G35A 5P8OA 2OHKA 2I4UA 3QP0A 3WZ7A 1ZPKA 5P1TA 4XKXA 5P2KA 4TVHA 3PMYA 2VIYA 1Q9PA 5P10A 5P8GA 1HSIA 5P6LA 2IGXA 4I8WA 4FM8A 3QROA 5OZ3A 4RCDA 1D4SA 2G1OA 3NYGA 1B6PA 1KJGA 4S1GA 5P81A 2ZJMA 5P7IA 3PCWA 5P0OA 4Z22A 2R3TA 2R9BA 1BDRA 3PI5A 2IGYA 5KQFA 4EQ0A 3O9AA 5TOLA 1APUE 5P1JA 4L7JA 5P6UA 5P2BA 3OU4A 1A30A 2VA7A 1KZKA 3EKVA 5P5CA 2OHSA 3OUAA 1FMBA 3VFAA 4ZIPA 2OHMA 4WY1A 1LF3A 3EL5A 1GVTA 3C9XA 3BVAA 3QAAA 1LYWA 3T3CA 1SMEA 1RQ9A 3GI5A 3N3IA 5P1SA 1HVCA 4I0EA 3KF0A 1FFFC 5BRYA 2PC0A 5OZIA 4GJCA 4RRNA 1K6TA 3UFNA 4U7QA 2I4VA 5P1LA 1AVFA 5P2ZA 5OZSA 4Y4GA 1Z1RA 3SA4A 3O9HA 5P2XA 5BS4A 1YTGA 3I25A 3TPJA 1DW6C 5P60A 3LZYA 3DK1A 4DQEA 2HS1A 2I4XA 5P2QA 1C6YA 3FNUA 2B60A 3F9QA 5P3UA 3NU6A 3ZOVA 2HPEA 5P1DA 1ZBGA 5P4LA 3H0BA 5P1HA 1IZHA 3LZSA 5P13A 5P33A 2AOJA 5P8SA 1EPME 5OZ1A 2BKTA 5P1MA 4YDFA 5P6CA 3Q3TA 1T6EX 3OUCA 1HVLA 3Q5HA 2IS0A 4HLAA 5P74A 5P12A 4D89A 3MSKA 5P6FA 3EM4A 1MT9A 1FG6C 1ZTZA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I7E A;  2OHT A;  2V10 C;  2V11 C;  1TCX A;  4Y3L A;  3ZLQ A;  1UH8 A;  2FNS A;  5P5X A;  3IXK A;  4RVJ A;  4J1F A;  5P1Z A;  5P1Y A;  5P2L A;  4Y3R A;  5P27 A;  1SBG A;  3INH A;  3UQW A;  5P8I A;  1MT7 A;  5P16 A;  5DGW A;  1AJV A;  5P62 A;  5P0E A;  5P7L A;  5P45 A;  3ZKN A;  3LIQ A;  5P4D A;  4XX3 A;  5P46 A;  1AAQ A;  5P82 A;  2WED A;  3SQF A;  3LIT A;  1IDA A;  4ZPE A;  1U8G A;  4Q1N A;  4NJT A;  4Y3D A;  5OYR A;  4K4R A;  3NUJ A;  1HBV A;  2VJ6 A;  4J1E A;  2OF0 A;  3VCM A;  4Y4T A;  3KT2 A;  3GI4 A;  3OUB A;  1YTH A;  3K4V C;  4J0T A;  5P3S A;  5P8C A;  2AOC A;  5P5I A;  2NMZ A;  1LZQ A;  1PPL E;  1CPI A;  5P7O A;  3AID A;  3S54 A;  4L1A B;  4EQJ A;  5OZC A;  4DJP A;  5P1K A;  4DJU A;  4B00 A;  5P59 A;  3SAB A;  2VA5 A;  1ODY A;  3HVG A;  2UY0 A;  4LXA A;  4YA8 A;  4Y3Q A;  3LIN A;  3OU3 A;  1AXA A;  5AH9 A;  5P08 A;  3K5D A;  5P6M A;  2UXZ A;  1XS7 D;  5P1P A;  5HTZ A;  3GI6 A;  5P3L A;  3ZKG A;  5P0G A;  5AGZ A;  4DV9 A;  2G27 A;  3WSJ A;  4KE0 A;  5P0Y A;  3IND A;  1SDT A;  5KR0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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