1MRXA

Structure of hiv protease (mutant q7k l33i l63i v82f i84v ) complexed with kni-577
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPFNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mrxA00
4RCFA 4COEA 4I0EA 5C9FA 3ECGA 3UDPA 3GGXA 4Z22A 4Y4BA 5P3AA 5OYXA 5P29A 5P35A 5P79A 3EL0A 4PZWA 3A2OA 5P2EA 1HIVA 2QI5A 3T7XA 4R93A 3HAWA 5P89A 3CKPA 4X2LA 3RSVA 5ER2E 5COPA 5P8OA 5P1VA 3PSYA 2P3BA 5P38A 5P5PA 5P1YA 5FIVA 2HPEA 5P07A 1BV9A 3KDCA 3EBZA 3FNTA 1XDHA 5P0CA 3TOGA 3EL1A 4JPEA 3QI1A 1UPJA 4EYRA 3L5BA 3N3IA 5JODA 5HE5A 3UFLA 1YTIA 1IZHA 5P57A 1ZP8A 3ZOVA 4R5NA 1NSOA 2H6TA 5CONA 4J1FA 5P8MA 1D4JA 5P83A 1SDVA 5P1HA 1ZSFA 2G20A 2G21A 1DPJA 4K4QA 1MTBA 3ZKGA 1MEUA 5P4HA 1SGUA 4X7IA 2PC0A 4Y5EA 1QBSA 3PM4A 3IXKA 2WHHA 5P56A 4B1EA 2O4KA 5P3UA 5P3QA 1KJHA 2G27A 2G26A 4DFGA 3LINA 2G69A 1ENTE 7UPJA 2BKTA 1APVE 3MWSA 1XE5A 4Y3LA 3UDJA 2AZBA 3NU3A 4CPSA 5P8LA 3G70A 5P32A 5TOLA 1HPVA 4D83A 2WECA 4FM8A 5P0GA 3LITA 1ZJ7A 2VS2A 4B1CA 3TH9A 1XN2A 2B8LA 3OUCA 5P1SA 2O4NA 5P6YA 3ZPTA 5P7WA 2R5QA 5AH7A 4BFBA 3LNKA 1EC1A 2JJIA 2XFJA 5I3WA 1M4HA 3MSKA 2RMPA 5P2ZA 5DR3A 5P2XA 5P0UA 3UTLA 1LV1A 3T11A 4MC1A 1E82E 2R8NA 4B0QA 4QLHA 5JFPA 4NJVA 5IVSA 1HVSA 2H6SA 2QP8A 3L59A 4NJTA 3HBOA 4ACXA 1YTJA 3PI5A 1AJXA 4M8YA 1TQFA 5OYRA 1F7AA 4Y43A 3S56A 5P0YA 4PYVA 5P2TA 5P8DA 3EKTA 3KF0A 2XYFA 5P6TA 2AZ8A 5SY3A 1LYWA 4Y3XA 3K5GA 2O4PA 4M8XA 1AZ5A 5P80A 3I25A 1KZKA 3OU4B 5KR8A 3S7LA 3BHEA 4OBKA 4D88A 3OUBA 3JVYA 2IKUA 4ZE6A 3RTHA 5SZ9A 4HLAA 4LHHA 5P5YA 3U7SA 4PHVA 3BVAA 4H3FA 4ZLSA 4Y3GA 3OGPA 4Y51A 1MSMA 3LPKA 4DQBA 5OZSA 2ZJMA 3KFNA 2WEZA 5HE7A 4I0JA 1LF2A 2IDWA 3OUAA 3ZKQA 1OHRA 2WL0A 3UDKA 2BPZA 1GVVA 2BPXA 2QZXA 3PEPA 5P51A 5P8IA 3VYEA 4RYGA 5P8GA 2ZJLA 4OBZA 2JXRA 3TPRA 3O99A 2OHKA 5KQYA 5P1AA 3BXSA 1BVEA 3VV6A 2WEDA 4GJ9A 1B6MA 1WKRA 1NPAA 3K5CA 2PYMA 5DQ5A 5P1NA 3CYWA 2AOJA 3HD8A 3GW5A 4OBFA 3SA7A 1MVPA 3SA3A 5P03A 3HZCA 4JOOA 5P0NA 2V10C 3SKFA 5P2HA 1G6LA 5DR1A 5P7ZA 2ZE1A 4Y3NA 2NTRA 5P0WA 4YA8A 1HTFA 1SMEA 3URJA 3VF5A 1QBUA 2AZ9A 1IVQA 4H3GA 4H1EA 4DJWA 3KA2A 1KJFA 3OXXA 4XKXA 5P04A 2NNPA 3D20A 5P2LA 5P64A 2ZYEA 1T7KA 1MT7A 2OF0A 2VIEA 2ZHTA 1IIQA 3PCWA 2VNMA 3UQXA 5P6MA 3BUHA 3VSXA 4DQHA 1QBTA 4I0DA 5J25A 4EJLA 1EPPE 1K1UA 4Y48A 5P2WA 4Y5BA 2I4WA 2VKMA 3DJKA 4BELA 4GJ6A 4RLDA 5P5IA 4D8CA 5OYSA 3QBHA 5P7DA 5P1FA 5DQ4A 1A8GA 5BS4A 4Y4TA 3TOFA 4YD6A 4GIDA 4Y5KA 5EZZA 5P5MA 1IVPA 4Y4XA 3TTPA 3KFSA 5B18A 4FRIA 4DQEA 1ZAPA 2R3TA 4J1CA 5P2NA 5HDVA 5P81A 4RVIA 5P52A 4ZSMA 5P5VA 1TZSA 1W50A 5P0MA 3NYGA 5P0DA 5UPJA 5P4SA 2WJOA 3PVKA 2HB4A 3HVGA 1K6TA 4JPCA 5P7PA 5P37A 2SAMA 5P13A 5P3SA 1HWRA 5P3TA 3D3TA 5P6BA 1ZPKA 3SA8A 4GJCA 4RROA 2IL2A 4ER1E 4TRWA 2FIVA 4S1GA 3VYDA 3INEA 2J9KA 3SA5A 5P8HA 3M9FA 3EC0A 5AH6A 3CMSA 3PSGA 4Y3HA 4RVJA 3OXVA 5P4OA 3S43B 3S7MA 4LXMA 5P0QA 1META 1ZPAA 1BXOA 5P2RA 4ZIPA 5HE4A 5IE1A 1FB7A 1XE6A 5ENMA 2OHQA 5P2VA 4Y5CA 1BDLA 2QNQA 3VV8A 5EZXA 3PLDA 2ZHSA 3QN8A 3ZKIA 4PPHA 4Y5AA 1K2CA 5P1WA 3CKRA 4Q1YA 1B6KA 4I0HA 3S8IA 4HDBA 5P5OA 2QK5A 5P7VA 1GNMA 3IN4A 5P17A 5OZ0A 4FAFA 2HAHA 1EPNE 1SIPA 5P6ZA 4YOAA 4F74A 3SACA 4EQJA 5HDUA 5P4IA 3KT5A 3APRE 5P4MA 1EBYA 1LYWB 4J0ZA 5JFUA 4EXGA 3IN3A 3QROA 2WKZA 3PWMA 5P06A 5P2DA 4Y3QA 3KN0A 3Q5HA 3IXOA 3TPLA 5P5UA 3VEUA 5P87A 5P4TA 9HVPA 1HVLA 3OU4A 4Y4EA 5AGZA 5P2SA 1EPLE 4F73A 3VFAA 1HBVA 2Z4OA 1VIKA 2WEAA 5P3FA 5P68A 4GJ7A 3I7EA 4YD7A 1AJVA 4YBFA 3WZ6A 1EC0A 1GVTA 3BC4A 2R9BA 5IVTA 3TOHA 4YHQA 3SA9A 2PWCA 4KUPA 4Q1WA 3NU4A 4F76A 3L3AA 5KQXA 1UH7A 4FL8A 5P4GA 5P5FA 5DQ1A 5P43A 2NXDA 4TVHA 2J9JA 4Y37A 1ER8E 1ZBGA 3PSUA 3SAAA 1OEXA 4B78A 4DJPA 2I1AA 3EM6A 3LZUA 5OYQA 1EPRE 4FM7A 1HXWA 3OWNA 4Y9WA 5P6FA 3OQ7A 2Q11A 1IDBA 1TCXA 1IDAA 5IVRA 3OOTA 5P7AA 5P5QA 3UDYA 4QJ2A 1C6ZA 5DGWA 4OD9B 3FV3A 3BVBA 2ZJIA 5P7TA 5P1RA 5P0BA 2RENA 3CIDA 1BIMA 4I0IA 4GJAA 3L5EA 2ZJHA 3B80A 5P3PA 5P6QA 3KT2A 5P6DA 1GVUA 4JP9A 3IAWA 1APUE 3DK1A 1SP5A 2QMPA 1LF3A 5P4ZA 4Y47A 5P3HA 2AVSA 1MT8A 5P44A 5OZCA 3EKPA 4DJVA 2FNTA 5P71A 5P1JA 5P1EA 3S2OA 5I70A 2VIJA 5P4JA 3PBDA 3L5CA 5P0LA 4WTUA 4Y4GA 2HS1A 2Q15A 5P23A 4R8YA 5P2BA 2CENA 5AHBA 5P3ZA 5P5TA 2PYNA 4D89A 2QHCA 4Q1XA 1LYAB 3VYFA 2PH6A 1APTE 1YT9A 5P30A 2R38A 3T7QA 1TSQA 4YCKA 5DR4A 5OZ6A 2AOFA 2QZLA 3FNUA 2VJ9A 2AVOA 3NU6A 4Y5GA 2G24A 2I0DA 3GI5A 5OZZA 1E5OE 4Y44A 1AM5A 2BPYA 1HEFE 5P1UA 2QCIA 3BGCA 2R43A 4Y56A 2QHZA 4FSEA 4HDPA 4HEGA 3ZLQA 5P1LA 2AVMA 5P34A 5JG1A 1QBRA 1YX9A 5P4CA 2G1RA 5C9DA 3QRSA 3D1ZA 4GJ5A 2PH8A 4L6BA 4LXKA 2F3FA 2F3KA 5KOQA 2I4QA 5P7MA 5P02A 5P33A 5AH8A 5P7EA 4WY1A 1VIJA 5P39A 5P4PA 5P60A 5P0KA 4Y4WA 5P4BA 2PWRA 5P5XA 1ODXA 1DMPA 5P6GA 2Q63A 3SQFA 3UDHA 5I3YA 2V11C 4Y3RA 1HEGE 4J5JA 3O9IA 4Z4XA 3PMYA 2BKSA 5P0HA 5P7RA 5P20A 4EPJA 3LPIA 3N4LA 4J1KA 3CIBA 2Q64A 5P77A 5P5HA 5P5DA 1FQ4A 2Q54A 5PEPA 2VIYA 3DUYA 5P0ZA 4B1DA 1NPVA 3S43A 3JW2A 5P14A 5OZBA 1PFZA 5OZMA 3VLAA 1C70A 5P1DA 3OK9A 5P4EA 1NH0A 3LIQA 5P4DA 5P41A 5P4LA 4ER4E 5P2MA 2HB2A 2OHSA 5HCOA 5P5NA 2O4SA 4GJ8A 3QBFA 1IZEA 4ZEAA 3FKTA 2F81A 4YD3A 4DPFA 1MESA 2G1SA 3PHVA 1D4HA 5ENKA 4MC9A 1Z1HA 5OZNA 1D4YA 5P7SA 1ODWA 4FLGA 3O9FA 4Q1NA 3EL4A 3U6AA 3OOZA 5P2FA 5OZJA 3RVIA 2VA6A 1HTEA 2XFKA 3NUOA 4LBTA 2QI4A 2QNPA 5P65A 5DQ2A 1GNOA 1HVKA 4Y3JA 3SO9A 1BDRA 3FIVA 4YDGA 5OYZA 2VIZA 1QS8A 4QJ6A 1GKTA 1EBZA 4FIVA 4CKUA 2I4UA 3K1WA 1K6PA 2QI1A 2B7ZA 4NJUA 3K5FA 3K4VC 1W5WA 3OQAA 1QRPE 3QVIA 2P3CA 5APRE 1LZQA 3RTMA 5P6PA 4CPQA 3MXDA 3QPJA 1SMRA 4QJAA 2PSVA 3HAUA 5P4VA 1OD1A 4RCDA 5P7JA 4LL3A 5P01A 1FQ8A 5OYWA 5OZXA 5OZ9A 5P6LA 3SPKA 1GVWA 5OZWA 4FSLA 2I4DA 2J9JB 3TKGA 3WB5A 2ER7E 2BBBA 2QU2A 2A4FA 2QNNA 3LIYA 1BAIA 2XYEA 3O9GA 4U7VA 2BJUA 1PSAA 2NXMA 3UQUA 4GZFA 5P4AA 5P2YA 5HU0A 4Y5LA 1HSGA 3SA4A 2MIPA 5KQFA 3LPJA 4IVSA 1MRWA 4MC2A 2V12C 1M43A 4Y5PA 5P22A 5P1PA 1IZDA 1TW7A 3O9EA 3EKYA 1XS7D 4Y3FA 5P5SA 4E43A 5P7UA 4OD9A 5P75A 3TKWA 2QI6A 3ER5E 5P2AA 2ZGAA 4DH6A 5OZ1A 1CMSA 5HD0A 5P84A 2FMBA 4HZTA 4U8WA 5P0SA 1HRNA 2QI3A 5P6IA 4J0PA 3OHHA 4OBJA 5DR0A 3ER3E 5P8RA 1AVFA 5P59A 4WY6A 4DVFA 4Y3AA 1T6GA 3UQPA 3SLZA 3NWXA 4A4QA 1MUIA 5P1CA 1YTGA 5AHCA 3EKXA 3URIA 1T6EX 2G94A 3NDTA 1SDTA 3PWRA 5P0IA 3O9BA 1J71A 3QAAA 5P88A 2F3EA 5P10A 1SIVA 1FMUA 4DJYA 4J1IA 3INHA 5P12A 1C6XA 1B6LA 2HM1A 1LYAA 3D1XA 5OZEA 4J17A 4DV9A 4GYEA 4Y3MA 5OZRA 1W51A 2HC0A 3OAGB 1FMBA 1M0BA 4Y3EA 2F8GA 3KYRA 3LIVA 5OZAA 1HVHA 4DPIA 5IS4A 1BDQA 1LF4A 5P85A 1MRXA 1FQ6A 5KR1A 3EM4A 5ISJA 2ER6E 1HSIA 4R95A 4AZYA 3G6ZA 5P3XA 4BFDA 5KOSA 2ZJNA 5P45A 2QI7A 1AIDA 3OQDA 5P2KA 1ZLFA 5I3VA 1HVCA 5P8AA 3NUJA 2WF0A 4L1AB 3KFPA 3ZKMA 5KR2A 1HVRA 2OHNA 3WZ8A 5P0XA 5P3EA 4EJ8A 4Y6MA 3TL9A 2WF4A 4B70A 3QRVA 1MERA 2VA7A 5P7IA 1MT9A 1BWAA 3KDDA 1A30A 3HVPA 2V00A 1GVXA 4Y36A 1QDMA 3NSHA 2NXLA 5KQZA 3SM2A 3QVCA 5P72A 2F80A 4FRKA 3OUDB 4YCTA 5P2OA 3ZL7A 2ZDZA 2PSGA 4KB9A 4J54A 2V16C 5P3GA 4MC6A 5OZUA 5P53A 3WZ7A 3Q70A 4K8SA 4TRYA 3D91A 5OZHA 4EHCA 3PI0A 5P5RA 1SGZA 3BGBA 3FX5A 2OAHA 3O9AA 4EP2A 1W5XA 2CEJA 5F01A 5P8CA 1FG6C 3QRMA 3U71A 3B7VA 4J0YA 1AXAA 2QD8A 1D4LA 1PPME 4L7GA 3R2FA 4L7JA 5P19A 2FNSA 3PCZA 2QI0A 2ZJJA 3UDMA 4J0TA 3R0YA 5C9BA 4EWOA 1XN3A 3LZVA 4I0ZA 3O9DA 4YOBA 2AOHA 3EKWA 5COOA 4OBDA 3DM6A 5SXNA 4B72A 3DCRA 4FGXA 4Y4ZA 4PEPA 5P6UA 3G72A 5P69A 4RRSA 4Y5NA 2I4VA 2P3DA 2AVVA 4RRNA 5P61A 1Z8CA 5HU1A 5KR0A 5P09A 1D4KA 4YE3A 5P46A 2APRA 5P7OA 4CPTA 1FQXA 5P5BA 5P3WA 1T7IA 4I1CA 3CYXA 1W5YA 3H0BA 5P7BA 1BILA 3NU9A 1DW6C 5OZKA 4PZXA 3OQKA 5DPZA 1N49A 5HCTA 2G1YA 4TVGA 5OYTA 5P1IA 5P2QA 2FGVA 5P3BA 2PMAA 1BV7A 4FCOA 3LHGA 4YBIA 1HIIA 3EMYA 4I11A 3WB4A 4ZSPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCF A;  4COE A;  4I0E A;  5C9F A;  3ECG A;  3UDP A;  3GGX A;  4Z22 A;  4Y4B A;  5P3A A;  5OYX A;  5P29 A;  5P35 A;  5P79 A;  3EL0 A;  4PZW A;  3A2O A;  5P2E A;  1HIV A;  2QI5 A;  3T7X A;  4R93 A;  3HAW A;  5P89 A;  3CKP A;  4X2L A;  3RSV A;  5ER2 E;  5COP A;  5P8O A;  5P1V A;  3PSY A;  2P3B A;  5P38 A;  5P5P A;  5P1Y A;  5FIV A;  2HPE A;  5P07 A;  1BV9 A;  3KDC A;  3EBZ A;  3FNT A;  1XDH A;  5P0C A;  3TOG A;  3EL1 A;  4JPE A;  3QI1 A;  1UPJ A;  4EYR A;  3L5B A;  3N3I A;  5JOD A;  5HE5 A;  3UFL A;  1YTI A;  1IZH A;  5P57 A;  1ZP8 A;  3ZOV A;  4R5N A;  1NSO A;  2H6T A;  5CON A;  4J1F A;  5P8M A;  1D4J A;  5P83 A;  1SDV A;  5P1H A;  1ZSF A;  2G20 A;  2G21 A;  1DPJ A;  4K4Q A;  1MTB A;  3ZKG A;  1MEU A;  5P4H A;  1SGU A;  4X7I A;  2PC0 A;  4Y5E A;  1QBS A;  3PM4 A;  3IXK A;  2WHH A;  5P56 A;  4B1E A;  2O4K A;  5P3U A;  5P3Q A;  1KJH A;  2G27 A;  2G26 A;  4DFG A;  3LIN A;  2G69 A;  1ENT E;  7UPJ A;  2BKT A;  1APV E;  3MWS A;  1XE5 A;  4Y3L A;  3UDJ A;  2AZB A;  3NU3 A;  4CPS A;  5P8L A;  3G70 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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