1MSMA

The hiv protease (mutant q7k l33i l63i) complexed with kni-764 (an inhibitor)
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A structural and thermodynamic escape mechanism from a drug resistant mutation of the HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1msmA00
3TPJA 3QBFA 3SA3A 3BXRA 5P0TA 1GNOA 3OY4A 3GGXA 5HE4A 5P27A 3PBZA 1GVXA 1OHRA 3PSGA 2G69A 2XFKA 1LV1A 3BRAA 2ZJJA 3QPJA 3PLDA 4Y4WA 2O40A 4Z2ZA 5AH7A 5P66A 1EPNE 3SLZA 5P0SA 5T4SA 1AVFA 4J1FA 3EM6A 4KE1A 2NNPA 3VSWA 4QLHA 3IN3A 1HTFA 5OZSA 3RTMA 5P5GA 1MTRA 2J9KA 3SM2A 3EKTA 3UDPA 3SACA 2Q5KA 5P8FA 3LITA 3NU6A 4EJ8A 4RZ1A 4D89A 4DJYA 6APRE 1E81E 4CPRA 1FMXA 3I2LA 2Q11A 5OZDA 2BKSA 5P26A 4FM8A 4XX4A 4ZIPA 2HPEA 3NDUA 3TNEA 2NNKA 5P17A 4D8CA 5P0GA 5P1KA 5P0OA 3UQPA 1C6ZA 2I0DA 3PI5A 5P8QA 5P52A 4FRSA 5P4ZA 4Y3AA 5OZYA 3VG1A 1D4HA 4MC6A 5P8CA 3PGIA 2G94A 5I70A 1D4JA 1MEUA 2ZJHA 5P89A 4DV9A 3OXWA 1A9MA 2UPJA 5P2HA 2R5PA 1G35A 5P0XA 4EPJA 1K6CA 4D88A 4ZLSA 5P81A 5P7ZA 1LF4A 3O9LA 1FFIC 2QI5A 4E43A 2V16C 4GJAA 1ER8E 5P6BA 4NKKA 3PM4A 1SP5A 2P3AA 2OHNA 3JVWA 1KZKA 1IZEA 5ENMA 1OEWA 4EWOA 2HPFA 1HEFE 4CMSA 1Z1RA 5P15A 2QI1A 1BIMA 5P55A 5OYYA 1TCXA 3LIYA 4Y3SA 5P7VA 2V0ZC 3QP0A 1TSUA 5P4CA 2FGUA 2QZKA 5P6HA 5P3JA 1LF3A 4F75A 1B6MA 2F81A 1ZAPA 1QS8A 2V11C 2B7ZA 1IBQA 4X7IA 4K4QA 3NU5A 4Q1XA 5HTZA 4Y6MA 2FXDA 2VIJA 2VJ9A 5P60A 4DQHA 4Y51A 3NU3A 1SMEA 2Z54A 2IGYA 3PCZA 3OOZA 1W5YA 1DAZC 2ER7E 3QS1A 5P5NA 4EQJA 2RMPA 3QRMA 1KJHA 1GNNA 3RTNA 5OZ5A 5P2VA 4J0TA 4B78A 5P0WA 5P88A 5P5QA 5P45A 1LEEA 1SIVA 1EEDP 2JJJA 4GB2A 5P06A 2PSVA 5ER2E 5DGUA 5P8DA 1HSIA 4QJ2A 2AOHA 1YX9A 3UDJA 3R1GB 2QNNA 1EPPE 3RSVA 3S54A 1IIQA 2PYMA 1IZDA 3OTYA 5P54A 5P7MA 2AODA 2QD6A 3LZYA 3KT5A 3L5FA 1RQ9A 5P4LA 1ZSRA 3PHVA 1DW6C 3HD8A 2O4NA 2QHYA 3VLBA 4U8WA 5P84A 3D1YA 3S45A 3OUDA 4QJAA 2BPYA 5BS4A 1LYBA 4J54A 1N49A 1APTE 1TCWA 3VLAA 3T3CA 4Z22A 4APRE 2WEBA 5OZAA 1GVWA 3EKPA 2HS1A 1HXWA 1CZIE 3A2OA 3WZ6A 3UFNA 4PZXA 4YD5A 1PPLE 5P86A 5P6WA 2NXLA 2BPZA 2P83A 4HE9A 4RVXA 5P5OA 3GI0A 5P5FA 5J25A 4Y3DA 5P32A 4RCFA 5P7SA 2AVVA 1KJ7A 5P7IA 1BDQA 3BGBA 5P7TA 4DJQA 5P3UA 3BUGA 1FMUA 2G1RA 5IE1A 3O9CA 5P44A 4I0HA 5HD0A 3BC4A 3OQ7A 1C6XA 1NH0A 4GJCA 3HW1A 3LZVA 5P3EA 4QGIA 3LZSA 1CMSA 4NJTA 3KFSA 1SDTA 5P2AA 1A94A 4DJWA 5P80A 5HE7A 5P3TA 5P1BA 5JODA 1HTGA 3SKFA 3PVKA 4YOAA 4I8ZA 3ZOVA 5P2FA 1FMBA 3MXEA 5P1HA 5P1QA 3LINA 3VUCA 5P74A 5OZTA 4YD6A 5P0PA 5HU1A 1MSNA 3NR6A 5HDVA 5P08A 4Y38A 5P2LA 3WB4A 4HVPA 2QD7A 5P5LA 3SA5A 2FMBA 4OBKA 4OD9B 5P48A 4H3IA 5P2ZA 3I6OA 2PQZA 3LPJA 2FS4A 3MXDA 4Y3ZA 2P8HA 4BELA 1FQ7A 2G1OA 5P0NA 4Y43A 5DR8A 1HEGE 3UPJA 2A4FA 2WF4A 5OZHA 5P31A 2Q64A 5P11A 4GJDA 1FG6C 2OHQA 1W6HA 2QK5A 2VS2A 1WBMA 4J1KA 2ZHUA 4ZPEA 1YM2A 4J0ZA 3S8IA 5P1XA 4LP9A 1SDUA 4RVJA 4DH6A 2XFJA 2WJOA 1MT9A 2VKMA 2FNSA 3BUHA 5P8PA 2QI7A 3RTHA 4B05A 3NSHA 4WY1A 1HSHA 2QU2A 2P3BA 5P5VA 1BILA 5P1WA 2HAHA 5P0DA 2XYFA 4TRYA 4RYGA 5P14A 5P4NA 5P02A 1FG8C 2SAMA 3L5CA 5P7LA 1EBYA 5P7OA 5P8SA 4U7VA 4F76A 2QP8A 4EQ0A 4RVIA 2AOFA 1F7AA 4YDFA 3VV8A 5KQXA 3WZ7A 1IZIA 3OOTA 4YD3A 1C70A 3VF5A 5P4IA 1XN2A 5P5JA 2FDDA 2ANLA 4H3FA 4J55A 3SA4A 5P4WA 2OHLA 2AIDA 5OZVA 3PLLA 3SAAA 5P3FA 2OHSA 4A4QA 4XX3A 2ER0E 3KFPA 2HB3A 4HDFA 2WF0A 4MC1A 2QMGA 4M8XA 2G1NA 1ZSFA 4Q1YA 1A30A 1FGCC 5OZFA 2H6TA 3GGVA 5C9BA 1FIVA 2FDPA 3HVPA 5P3SA 5OZ8A 4FLGA 5P8KA 3TH9A 2OF0A 4D83A 1QBSA 2AOIA 3LPIA 4A6BA 4HDBA 3UDNA 3EL5A 3Q4BA 2QI3A 4Y58A 5P4UA 2PWRA 5P61A 5P68A 5CONA 5P4KA 2XYEA 5P8TA 2G1YA 1FQ8A 2NPHA 3SQFA 1HRNA 5P1CA 3Q70A 4AMTA 5OYSA 5P8VA 2IENA 3QN8A 5P1VA 4FS4A 2QNQA 5P82A 3O9LB 5P78A 2JYSA 3KA2A 1ODXA 2WHHA 4ER1E 1PSNA 4GZFA 5AGZA 4YD4A 1ME6A 5P7AA 5P6CA 1K6TA 1T3RA 3NYGA 4RYCA 5KOQA 1B11A 2BQVA 5P24A 5P8NA 3PMUA 3GI5A 3T7QA 5DQ2A 2QZLA 2ER6E 3VV6A 2WEAA 5P00A 2WF2A 1HPOA 4EJLA 3OQFA 3R0WA 3IXKA 5P1FA 5OZ7A 4J1CA 5P6GA 3OU1A 5P2OA 1G2KA 2G21A 4LXKA 3UFLA 2CEMA 2QHZA 3I25A 6FIVA 4I0IA 5P0EA 4CPTA 2HM1A 5P0KA 4YD7A 5P6JA 2PK6A 2G24A 4FRKA 5P8IA 3HVGA 5AHAA 1FLHA 3S43A 5P4MA 1FKNA 2J9JA 3TPRA 3KYRA 1ZBGA 3D3TA 2AZ9A 2QMPA 5P2CA 3U6AA 3TOGA 3LIZA 4QJ9A 1GKTA 5P49A 3OADA 3L5DA 1UH9A 3PSYA 3QVCA 2FLEA 4Y3TA 3I7EA 5P38A 3JVYA 5OZXA 4B1CA 5COKA 4Q5MA 2R8NA 3CKRA 5ENKA 1MPPA 3PMYA 1LYWA 5P4TA 3TPLA 4GJ6A 1HXBA 5P1IA 3S7MA 5P09A 1MERA 5P0ZA 4EJDA 2HB4A 3NXNA 3IXOA 2BKTA 2PYNA 5P77A 5P0LA 3G70A 4FIVA 5P7DA 3UTLA 3ER5E 5P7BA 3EMYA 4ZPFA 5P4BA 4JOOA 1A8KA 4DQBA 4I0GA 3OUDB 3OU3A 5P28A 1LYBB 2R5QA 5P0BA 3HAUA 1FQXA 2WL0A 3TOHA 4DJRA 2HIZA 3B80A 4Y5PA 5KR0A 5P04A 5P8HA 3UQRA 4Y3MA 5P0QA 5P3YA 2Q55A 5KQZA 4L6BA 1IDBA 1FB7A 5P6ZA 4EXHA 5P6XA 3VEUA 2B7FA 2AZ8A 3UDHA 5OZIA 5P0HA 2ER9E 1D4IA 5UPJA 3G72A 5P1OA 5OYQA 5P8LA 5P8EA 3B7VA 5HCOA 4B1DA 5HDZA 3EKVA 5P4PA 3K5GA 1BAIA 3QRSA 1E80E 1NSOA 2XFIA 3KMXA 3U71A 4BEKA 3VFBA 4OBGA 5P7NA 3NDTA 1EPOE 4XKXA 1ODWA 4DJUA 2IGXA 5P5AA 2VIZA 3HBOA 3Q5HA 3PBDA 2IS0A 4Y5GA 4Y4ZA 1KJ4A 4Y3PA 4R93A 4Y3NA 4DPIA 2F3FA 1F34A 4AZYA 5P5MA 4NJUA 5OZNA 5OZ3A 4Y4TA 1WBKA 4Y5LA 3RU1A 4GJBA 4H1EA 5P37A 2ZE1A 1GVVA 3CIDA 5P5CA 1XS7D 5P6VA 3VYFA 5P5XA 5P3VA 2QD8A 7UPJA 4FL8A 5E5JA 2OHKA 2AVMA 3T11A 4OC6A 3QROA 3NU4A 5OYTA 3DCRA 3CMSA 5P7KA 5P4RA 3MWSA 3VYEA 5OZBA 5DPZA 2PWCA 4Y50A 3ZL7A 1QBTA 1RL8A 2V00A 3INFA 4Z50A 3URJA 4DUSA 2I4VA 4I0JA 5P0RA 2JXRA 8HVPA 1K1UA 5P53A 2RSPA 1IZHA 5P2WA 2FXEA 3KDCA 2V10C 3ZPUA 1MRXA 3ZKQA 5P72A 3I8WA 4ZSMA 1B5FA 2AOEA 1D4LA 3OHFA 1AJXA 3K5FA 5HDXA 2RENA 3URIA 4B77A 4ZSRA 3EL9A 2PK5A 5SZ9A 5IVTA 2P3BB 1HPXA 2ZJMA 2BB9A 1B6PA 2JE4A 5P5KA 2ZHTA 1YTJA 1E5OE 1W6IA 2RKFA 5HDUA 1MUIA 4Y48A 4DJPA 1DPJA 4PZWA 1ZP8A 1KJFA 1Q9PA 3BHEA 4Y54A 2P3CA 2AOGA 4H3GA 5P29A 4B72A 5P2EA 2QNPA 1W50A 2IQGA 5P6DA 2ZHRA 5F00A 1LZQA 3DJKA 4YOBA 3WSJA 5P4DA 1B6JA 5P6IA 5P8RA 4J1IA 5OZ1A 4DI2A 4DFGA 4FAEA 5P50A 3F9QA 3DUYA 3OGQA 5KR8A 4EYRA 3UF3A 1XE5A 5P41A 5P0IA 3IN4A 4TRZA 3SA7A 4DVFA 3LIVA 5P3LA 4Y3YA 5P2IA 3DV5A 3S7LA 1G6LA 3N4LA 3ZKGA 4R91A 1EPRE 5P64A 5P85A 1A8GA 4Y4GA 4HA5A 4B70A 1T6EX 5P0JA 3L38A 1HPVA 3EXOA 3PEPA 4D85A 5P42A 5EZXA 1G0VA 2FGVA 1EC1A 4I8WA 2AZBA 1BWBA 4J0YA 4LL3A 3H5BA 4OBHA 5KAOA 1SGZA 4DQEA 2I4XA 2G20A 5P25A 3GI6A 5OYUA 4Y4UA 1MVPA 3OAGA 5P63A 2ZDZA 4JP9A 1NPVA 3KDDA 4JPEA 1HVJA 1CPIA 5P07A 3OXXA 1B6LA 2IEOA 4EP3A 3EL1A 1HVCA 4GYEA 1W5XA 4ACUA 4CPWA 1RPIA 5C9FA 2P3DA 4K8SA 4DQCA 4JPCA 2R38A 1PSOE 5P0UA 4Y3HA 2WF1A 1K6VA 9HVPA 1AXAA 1EBZA 1XL5A 3CYWA 4NJVA 3IVIA 1M43A 4GJ7A 2I0AA 1HTRB 5DGWA 3L5BA 4CP7A 1HVKA 3L58A 3VSXA 4FE6A 1BXOA 4R92A 3FNUA 5P0CA 3OU1B 5P36A 3OK9A 3ZMGA 4GMIA 5P2GA 4Y4JA 2OHPA 5TOLA 4ER4E 5P6SA 1PPME 3DV1A 1K1TA 2IL2A 5P8JA 3PWMA 2NXMA 4BFDA 4Y36A 1LYAA 3S43B 2WEDA 3INDA 2J9JB 4F74A 2P4JA 2VNNA 3VYDA 3KM4A 3S53A 5P2KA 5P6EA 2ZHVA 2VA6A 3CKPA 1EAGA 3INEA 3OADB 5P6RA 5P3HA 1ZTZA 3NWXA 1HWRA 1EC2A 2OHTA 1BXQA 4L1AA 3QAAA 1HIVA 1LYWB 6UPJA 5P1GA 4FSEA 1SBGA 2NMYA 4R5NA 2OHUA 5P79A 5P3XA 5P22A 2WF3A 5P4VA 5P7PA 3R2FA 5P16A 3LPKA 1SIPA 4Y44A 3UDYA 3TKGA 1OD1A 2WEZA 1AZ5A 3UDKA 2R9BA 4Y4AA 3VV7A 2IDWA 1M0BA 3KFRA 3NUOA 2QZWA 4Y3GA 5P7WA 5P6PA 3NXEA 3PCWA 3Q3TA 5HVPA 2V12C 2OHMA 4I11A 2Q63A 5OZWA 3EL4A 2I4UA 5SY2A 5P35A 5P4SA 2G1SA 4N00A 4A6CA 1XN3A 4CPUA 4WTUA 4B1EA 1MESA 3ECGA 5P58A 1SMRA 1C6YA 5P13A 3DCKA 1HVHA 4GJ9A 3T7XA 3K5CA 1Z1HA 4OBDA 4Y45A 5P6FA 2UXZA 5P10A 5P1ZA 3D20A 4PEPA 4J0PA 3VCMA 5P1DA 1BWAA 4LBTA 2ZJNA 4Y3RA 1PPKE 4TRWA 5P7YA 2F3EA 5DR3A 5P6NA 3CKTA 3K4VA 5P2DA 3SM1A 1IVQA 4Y3EA 5P5IA 5DR1A 4YCYA 5I3YA 5OYRA 5P2XA 4Y4DA 1M4HA 3NUJA 5SXNA 3C9XA 2AZCA 3DK1A 5OZOA 5P3OA 3SA9A 1XE6A 4Y57A 4YBIA 5OZCA 5P57A 4HZTA 5COPA 2QZXA 5P1EA 5JFPA 5OZ0A 5P8AA 3PWRA 3GI4A 4Q1WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3TPJ A;  3QBF A;  3SA3 A;  3BXR A;  5P0T A;  1GNO A;  3OY4 A;  3GGX A;  5HE4 A;  5P27 A;  3PBZ A;  1GVX A;  1OHR A;  3PSG A;  2G69 A;  2XFK A;  1LV1 A;  3BRA A;  2ZJJ A;  3QPJ A;  3PLD A;  4Y4W A;  2O40 A;  4Z2Z A;  5AH7 A;  5P66 A;  1EPN E;  3SLZ A;  5P0S A;  5T4S A;  1AVF A;  4J1F A;  3EM6 A;  4KE1 A;  2NNP A;  3VSW A;  4QLH A;  3IN3 A;  1HTF A;  5OZS A;  3RTM A;  5P5G A;  1MTR A;  2J9K A;  3SM2 A;  3EKT A;  3UDP A;  3SAC A;  2Q5K A;  5P8F A;  3LIT A;  3NU6 A;  4EJ8 A;  4RZ1 A;  4D89 A;  4DJY A;  6APR E;  1E81 E;  4CPR A;  1FMX A;  3I2L A;  2Q11 A;  5OZD A;  2BKS A;  5P26 A;  4FM8 A;  4XX4 A;  4ZIP A;  2HPE A;  3NDU A;  3TNE A;  2NNK A;  5P17 A;  4D8C A;  5P0G A;  5P1K A;  5P0O A;  3UQP A;  1C6Z A;  2I0D A;  3PI5 A;  5P8Q A;  5P52 A;  4FRS A;  5P4Z A;  4Y3A A;  5OZY A;  3VG1 A;  1D4H A;  4MC6 A;  5P8C A;  3PGI A;  2G94 A;  5I70 A;  1D4J A;  1MEU A;  2ZJH A;  5P89 A;  4DV9 A;  3OXW A;  1A9M A;  2UPJ A;  5P2H A;  2R5P A;  1G35 A;  5P0X A;  4EPJ A;  1K6C A;  4D88 A;  4ZLS A;  5P81 A;  5P7Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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