1MT8A

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Viability of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variant: structural insights for better antiviral therapy
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mt8A00
5P3YA 2AQUA 1UH9A 1GVUA 3QRMA 5P6PA 1SBGA 4XXSA 2I4XA 3KT5A 3ZKIA 1QS8A 3OQKA 1T7JA 3O9DA 5P00A 1EPRE 4D83A 1IVQA 3O9LB 2OHPA 5P05A 4DV9A 1VIKA 1KJGA 4GYEA 4Y5KA 5APRE 4WY1A 1IBQA 2QHZA 2QK5A 2XFJA 2PWCA 1K6TA 4R5NA 3S53A 4RYCA 5P1SA 5OYTA 2AOFA 5P5JA 2WF2A 3T6IA 3SKFA 5OZQA 5BS4A 1B6PA 1APTE 5P0JA 4DJYA 3OUDA 3OY4A 5P2OA 5B18A 5P7GA 4E43A 5ER1E 3KFNA 5P06A 4QJ7A 4Y6MA 5P69A 5OZEA 3HAWA 4EJKA 3G72A 4RGHA 4NJVA 1QDMA 1CMSA 2FXDA 3S7MA 3KMYA 4Y3QA 2QHYA 3B80A 3EKWA 3LPKA 1Z1HA 5HDXA 5E5KA 2V11C 1D4HA 1HVRA 5P6KA 5P83A 2FS4A 1D4SA 2RMPA 4DJRA 5P1EA 2BPVA 1A30A 2OHMA 2QZXA 2WEBA 4OBFA 4APRE 1EC0A 5P36A 2FGVA 5TOLA 2WHHA 5DR8A 5P29A 5P4OA 5P8BA 1EPOE 5P0ZA 4J1HA 1XN3A 4JOOA 4Y56A 4ER1E 4ACUA 1ZBGA 4X7IA 5OZSA 1WBMA 4RCDA 2IEOA 3BGBA 3EKYA 4RROA 4TVGA 1SGUA 3EM6A 5OZCA 1ZPKA 4YD6A 1MTBA 5ENKA 4DPFA 1HPVA 1HVIA 1ZJ7A 4Y3JA 3SQFA 4FM6A 3IN4A 1ZLFA 4HVPA 5P2CA 4ZSPA 1Z1RA 5P32A 5BRYA 3UQRA 5P0PA 5P7YA 5P1ZA 1JLDA 4J1EA 5SY2A 2IKUA 3MWSA 2IENA 5OZUA 2XFIA 3PSGA 3NYGA 4I11A 2A1EA 3HVPA 4ZPEA 5P48A 5P1FA 3VCMA 4Y47A 4DPIA 5P1VA 1DAZC 5P7CA 4XX4A 3PMYA 4Y50A 2OHKA 3EM4A 5KOSA 4DQBA 1ZSFA 2HB3A 3LNKA 5P8TA 4I0GA 4B1DA 1BDQA 3NUJA 3TPLA 3PRSA 4JECA 5P3JA 5P7MA 5P1GA 3BUGA 1E5OE 2QMDA 5P67A 3PBZA 3NSHA 1BV9A 3GGVA 2VKMA 1RQ9A 3HLOA 3PEPA 2NMYA 4K8SA 3VUCA 2WEAA 5CONA 2QMGA 3F9QA 4GJCA 5P08A 5P6GA 4GJ7A 2QP8A 1QBRA 4Y54A 3VYEA 4FSEA 4Y3LA 5P4KA 2AOGA 5P76A 3R1GB 5HU0A 5P5MA 2JE4A 5P07A 3RU1A 4Z2ZA 3L5FA 4A6BA 3SA7A 1IZHA 4OBHA 3L38A 3T11A 4Z50A 5DQ2A 2AVQA 2I1AA 3DCKA 3WZ6A 5P1BA 4BEKA 4FSLA 4OBZA 2HPFA 4ACXA 3EKXA 4KE1A 5P8EA 3JW2A 4Y37A 4J1CA 5I3XA 5HDUA 5COOA 3G6ZA 5P6QA 2IGXA 1HTGA 3OU3A 5DGWA 5P4MA 4H3GA 5P3CA 5DR3A 5OZPA 2NXLA 3WZ8A 2ASIA 5P73A 4Q1YA 4FRKA 5P1CA 1K1UA 3SA3A 5DQCA 1IIQA 2V0ZC 3PWMA 2V12C 2F80A 4LXMA 4Y38A 3SA9A 1EBKC 5IVTA 5P7LA 3EL1A 5P6TA 3PVKA 4RVIA 4YDFA 2NNPA 4Y3NA 5HCTA 5P8UA 3MXDA 2VJ7A 3GI0A 5P0WA 4LHHA 4ZPGA 7UPJA 5P0EA 2FIVA 5P5BA 4S1GA 4NKKA 2HS2A 3RSVA 5P6UA 5C9BA 4Y3AA 1FMUA 3ZOVA 4I0EA 4Y4TA 1FIVA 2ZJKA 2A4FA 2Q5KA 5DQ5A 5P5YA 4Y5BA 3LHGA 3EL4A 3INEA 4FE6A 1W50A 3BVBA 3TOHA 3EC0A 5P0SA 3O9LA 5DQ1A 3NU6A 3UDYA 5OZRA 2BB9A 5P7EA 1TZSA 5P2ZA 1ODYA 2HS1A 1K1TA 5HD0A 2P3DA 5P0UA 3L3AA 5P5PA 1BWAA 3CICA 5PEPA 5P0BA 4ZE6A 2VA7A 4EJLA 3FV3A 5DR7A 5OZLA 5P4IA 3SLZA 2BPWA 4DI2A 5OZJA 4FIVA 3BVAA 1T6EX 4Y44A 5KR0A 1MRWA 5P8SA 2ANLA 3T3CA 3EXOA 1W6HA 1RV7A 4KUPA 3NXEA 2QI7A 5P19A 1M0BA 4I12A 1MESA 5P3FA 1DP5A 6FIVA 4NJUA 5P1QA 3URJA 3S43B 1HSGA 4J1KA 5CLMA 1KJ4A 4PZWA 3UHLA 3LPJA 4DJUA 1D4YA 1HXBA 5P3MA 3PLLA 4YOBA 3MSJA 1PFZA 2HPEA 4OD9B 4YOAA 3O9GA 2IDWA 2Z54A 3KF0A 5P6NA 4AMTA 3BUHA 2OAHA 4Y39A 5P01A 1HIVA 1FQXA 2G1RA 4J5JA 4I0IA 4L1AB 3M9FA 5AHBA 4YD3A 1FB7A 1DIFA 5P65A 2WL0A 5P7WA 3CKPA 4DJOA 1B6KA 3VYDA 2F8GA 3KMXA 1FEJC 5OYWA 5P4SA 4K4QA 3UFNA 4FLGA 5P0OA 5P88A 4Y57A 2Q11A 3QRSA 2NNKA 4LBTA 4B1EA 5OYZA 3FIVA 3L5BA 5P5LA 5DPZA 1NH0A 2ER0E 5P2MA 3VSWA 3SA8A 5P5TA 5HE5A 4AA9A 5P0YA 3ZKQA 3U6AA 3SKGA 1FQ8A 5P8AA 1LYWB 3TKWA 1E82E 5OZYA 4K4RA 3WZ7A 5P60A 2Z4OA 5P81A 2VA5A 2I4DA 1FLHA 5P3ZA 5P5EA 2OHRA 4PHVA 3OUCA 5OZHA 3O9HA 3G70A 4I8ZA 5P1XA 1EBYA 2G24A 4ZPFA 3S45A 3GGUA 4JP9A 1DMPA 4Y3WA 5P3LA 1AXAA 4DJXA 4RRSA 1ER8E 3OADB 2ER6E 3LIZA 5OZBA 4R95A 5DGUA 4AUCA 3VSXA 4Y5CA 2F81A 3SM1A 2WECA 2V00A 5P15A 4IVTA 2F3KA 5P4YA 4KB9A 1KJ7A 3Q3TA 3D1YA 5J25A 1IVPA 4ZSRA 5HU1A 4WY6A 5OZ4A 3RTMA 5P22A 5OYYA 5P58A 1HSHA 2VNNA 2WF0A 3U71A 5P56A 1J71A 3UDNA 4MC9A 5P51A 1LZQA 5P3IA 5P1RA 2OF0A 5P2FA 5P4HA 1M43A 3BRAA 4BFBA 3MSKA 4LC7A 3O99A 1EPLE 4YCTA 3L5EA 1MSNA 4QJ2A 1LYAB 4Y4EA 2AZ8A 3ZPSA 1DPJA 3VLAA 3AIDA 1EBWA 2FDDA 4OBJA 5P85A 5ER2E 5P57A 4Y51A 5P02A 4ZEAA 3NXNA 4HZTA 3CMSA 4YA8A 2VIJA 5P34A 4YCKA 4OC6B 4J0PA 2ZGAA 3SA4A 3EBZA 1XDHA 5P3BA 3HDKA 5P1MA 1GVXA 5OZXA 5P4QA 5UPJA 5P4JA 4R91A 1HWRA 4Y3PA 4H3FA 1HHPA 4Z22A 3U7SA 1C6YA 2UY0A 2R8NA 1FMBA 5P61A 3PJ6A 3T7QA 5P50A 5DR1A 1W5YA 1E81E 4Q1NA 1B6MA 5P26A 2OHTA 1C70A 1QBSA 1MT7A 5P1TA 3D1ZA 1XE5A 5P4UA 4DJVA 3O9BA 1EC1A 4FRSA 2V16C 5P1WA 3TPJA 5OZWA 5P35A 2QZWA 5OZVA 3KFSA 2APRA 5HE7A 5P2AA 1FG6C 1FQ5A 3LZYA 3PSUA 3ZMGA 5P44A 3OWNA 5P52A 1KJFA 1EPME 3I6OA 5P0FA 4LP9A 3PB5A 4NJTA 5P74A 4Y3XA 3ZKXA 2AVSA 5P7TA 4FRIA 1LF2A 3CYXA 5P3SA 5P4WA 3FNUA 1FQ4A 3NDTA 4MC2A 3VV7A 5P6WA 5OYRA 4J0TA 3S43A 1MPPA 5P1PA 3HVGA 2HC0A 2V13A 2QMPA 1MVPA 4QJ9A 4D89A 4OD9A 5P59A 1MUIA 3QRVA 4EJDA 2PK5A 5KR2A 1HBVA 1F34A 5P6CA 3SO9A 2RENA 2P4JA 5P4ZA 3LZUA 3DV5A 4HDBA 5OZ0A 5OZZA 4L1AA 3OAGB 1HIHA 2R3TA 4Y5LA 3ZL7A 3EKVA 5P8MA 4CPRA 4Y4ZA 5SXNA 3SPKA 3K4VA 3IVIA 2B42A 1MTRA 1OEXA 2G69A 4CPXA 1YX9A 3L5DA 5P72A 4R92A 5P4PA 3K1WA 4X2LA 3VF3A 1T6GA 3IGBA 5SY3A 5IS4A 4DQCA 3CIBA 3VG1A 2ZHVA 5HTZA 1F7AA 2R3WA 2IS0A 5DR4A 4Y3EA 5OZAA 3TPRA 1B6JA 2HM1A 5P5FA 4FCOA 4EQ0A 5P63A 1AZ5A 2UPJA 4DJWA 2J9JB 5AH9A 2FNTA 3B7VA 3OADA 3TPPA 3VV6A 5OZDA 2IQGA 3CIDA 1ZAPA 5P6DA 5HE4A 5OYVA 5P2SA 1LS5A 4Y36A 2G1NA 3K4VC 2VIEA 5P79A 1EPPE 1YTGA 5DQ4A 5P8JA 3QVCA 2BBBA 8HVPA 5AH8A 3GGAA 3HZCA 4RLDA 4J17A 4COEA 3VV8A 5P40A 5P0VA 3UQUA 2WF1A 5P5GA 3D3TA 2ZJMA 2ZJIA 5P33A 5P3QA 2AVMA 2AOHA 4GMIA 5P7OA 3SA6A 1W5VA 3A2OA 3VF7A 1APWE 5P2EA 5P5SA 4FM7A 5P1IA 5P7HA 1PPKE 1C6ZA 1HVLA 2R38A 5P0IA 4MC6A 1AM5A 1YTHA 4Y4UA 3O9AA 1LYAA 3UCBA 4ZSMA 2FDPA 5AH7A 2QNNA 3OOZA 2P8HA 2I4QA 5I3WA 5P4RA 2ZJLA 5P8OA 1FF0C 1IDAA 4FRJA 2PYNA 1K6CA 4Y3TA 2ZHUA 3OU4A 3QN8A 3K5CA 3SM2A 5KQYA 5SZ9A 4YCYA 3N3IA 2O4LA 3LIXA 4U7QA 2FDEA 1PSNA 5P7RA 5P10A 5P45A 2QHCA 5P37A 3I8WA 1CZIE 1NPAA 5P2HA 1UH7A 9HVPA 5P18A 5P4XA 4KE0A 5OYQA 3LINA 5P7JA 1MT9A 3T7PA 1ODXA 1WBKA 3KFPA 2B8LA 5P4FA 5P42A 2B8VA 4F75A 5P1LA 2QZLA 3LZSA 5P2XA 5P6RA 4RZ1A 1PSAA 4Y4WA 3EKQA 1IDBA 5E5JA 2PH8A 4ER4E 2AODA 4Y3FA 3O9FA 3DCRA 4DQGA 2Q3KA 2OHQA 2G1YA 4L7GA 3DV1A 3H0BA 4DQFA 3N4LA 4L6BA 5P7FA 5P66A 1A8GA 4A4QA 2P3AA 2ZHRA 3EM3A 4LXKA 4APEA 4Y5PA 3UDHA 5P5VA 2ER7E 1YTJA 1FFIC 1MSMA 5P5WA 6UPJA 4F73A 5HDZA 1FQ7A 5P20A 4Y4DA 3OHFA 3OQ7A 2BKTA 2JXRA 3HD8A 4JPCA 1IZIA 5OZIA 4EP3A 1G0VA 4B00A 2AVOA 5P03A 5P7NA 1MIQA 2H6SA 2O4PA 3DJKA 4Q1WA 1SIVA 4Y3MA 3AUPA 1APVE 3CKRA 3OQAA 2HB2A 5P78A 4Y3RA 3NDXA 3NU5A 5P27A 3O9EA 5P5UA 2RKGA 2EWYA 5P8DA 1AVFA 4HDFA 5P6AA 5P5OA 2Q54A 5P24A 4HEGA 1LYBB 5P0AA 4TRWA 1C6XA 3KFRA 3OTSA 3S56A 4FGXA 5P5IA 3QBFA 1T7KA 5P3UA 5KQXA 2R43A 3IA9A 3T7XA 3ECGA 1XL5A 4Y3GA 4Q5MA 2NMZA 3OXXA 4R93A 4EXHA 2ZHSA 3O9IA 5P6MA 3SFCA 1LF4A 5AH6A 1HVKA 1FKNA 3L59A 2QD8A 1SGZA 1TCXA 5AHCA 1YG9A 5P38A 5P43A 5KOQA 3Q4BA 4NJSA 5P5ZA 3UQPA 4I10A 5OZFA 5P8PA 1EBZA 4YBFA 3L5CA 5HDVA 2HAHA 2VJ9A 1PPLE 4Y41A 2B60A 2VA6A 1YT9A 1HSIA 2NPHA 4NPTA 4OBDA 3OGPA 2J9JA 5P49A 3OU1B 1BXQA 1T7IA 3PCWA 5P3WA 2PYMA 4I0FA 1BVEA 4H3JA 2ZJHA 5JFUA 2AZ9A 4PEPA 1HRNA 1HVJA 5P25A 1LF3A 4DQHA 3H5BA 4GJ5A 5P54A 1EEDP 5P6ZA 1SDVA 4K4PA 4TRYA 3ZPTA 4RCFA 4TVHA 4Y3YA 4ZIPA 1BDRA 5P28A 3OQFA 5FIVA 5P84A 4CPTA 4QJ6A 2O40A 2B7ZA 1OHRA 3DOXA 4R8YA 4FAFA 3LIVA 5OYSA 1BIMA 5OZ3A 5P4NA 5P6VA 3IXJA 1NPVA 3NWXA 2P83A 2PQZA 2ZE1A 5P7SA 1D4IA 1K2CA 5P0LA 3I2LA 4B70A 2G21A 4J0YA 3VF5A 1NPWA 4B1CA 4Z4XA 5P3GA 3LZVA 3NWQA 2H6TA 1BWBA 4Y43A 2P3CA 5P77A 4J55A 1TCWA 3NUOA 5P2IA 5P8GA 1MEUA 4L7JA 1KZKA 3BHEA 1FGCC 1A9MA 4Y5GA 1RNEA 4HLAA 1B5FB 5P4VA 3I7EA 2PSUA 4EYRA 4YHQA 3Q5HA 1A8KA 4LAPA 3IAWA 3UDMA 1TQFA 5P3PA 2G26A 1EC2A 3TH9A 1OEWA 2CENA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3Y A;  2AQU A;  1UH9 A;  1GVU A;  3QRM A;  5P6P A;  1SBG A;  4XXS A;  2I4X A;  3KT5 A;  3ZKI A;  1QS8 A;  3OQK A;  1T7J A;  3O9D A;  5P00 A;  1EPR E;  4D83 A;  1IVQ A;  3O9L B;  2OHP A;  5P05 A;  4DV9 A;  1VIK A;  1KJG A;  4GYE A;  4Y5K A;  5APR E;  4WY1 A;  1IBQ A;  2QHZ A;  2QK5 A;  2XFJ A;  2PWC A;  1K6T A;  4R5N A;  3S53 A;  4RYC A;  5P1S A;  5OYT A;  2AOF A;  5P5J A;  2WF2 A;  3T6I A;  3SKF A;  5OZQ A;  5BS4 A;  1B6P A;  1APT E;  5P0J A;  4DJY A;  3OUD A;  3OY4 A;  5P2O A;  5B18 A;  5P7G A;  4E43 A;  5ER1 E;  3KFN A;  5P06 A;  4QJ7 A;  4Y6M A;  5P69 A;  5OZE A;  3HAW A;  4EJK A;  3G72 A;  4RGH A;  4NJV A;  1QDM A;  1CMS A;  2FXD A;  3S7M A;  3KMY A;  4Y3Q A;  2QHY A;  3B80 A;  3EKW A;  3LPK A;  1Z1H A;  5HDX A;  5E5K A;  2V11 C;  1D4H A;  1HVR A;  5P6K A;  5P83 A;  2FS4 A;  1D4S A;  2RMP A;  4DJR A;  5P1E A;  2BPV A;  1A30 A;  2OHM A;  2QZX A;  2WEB A;  4OBF A;  4APR E;  1EC0 A;  5P36 A;  2FGV A;  5TOL A;  2WHH A;  5DR8 A;  5P29 A;  5P4O A;  5P8B A;  1EPO E;  5P0Z A;  4J1H A;  1XN3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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