1MTBA

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Viability of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variant: structural insights for better antiviral therapy
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mtbA00
5P7NA 2Q55A 4Y4UA 1HVCA 4GJDA 3R1GB 1SDVA 5P1LA 5P8EA 3UDHA 2OHRA 3RTMA 1YTJA 2VJ7A 5P5BA 5JFPA 2B42A 5ER1E 5P5YA 4GMIA 3UDNA 1HVJA 1MTRA 4Y3EA 2QCIA 5COOA 3IN4A 7HVPA 1M43A 2XYEA 4Y47A 5P85A 5P7YA 3NUOA 2BPZA 5AH7A 2JJJA 5P2XA 5P0HA 4D88A 2VIEA 1BV7A 5E5KA 2O4LA 5P15A 2G22A 2JJIA 2XYFA 3LIXA 1KJGA 2XFIA 4ZLSA 1B5FB 5P4OA 1ZBGA 2OHTA 5P7LA 3OQFA 1A30A 1F7AA 4OBKA 5AHAA 5P3DA 3QIHA 3EBZA 4Y9WA 5SY2A 1IDBA 4ZPGA 5ENMA 5P5DA 1JLDA 4YD7A 4RVIA 4Y45A 1E81E 1SIPA 5P1MA 1K1UA 3HVPA 5P25A 4R5NA 5P4KA 3QN8A 4MC6A 1GVXA 3IXJA 3R0YA 2FNSA 2AZ8A 3ER3E 2P3AA 1QRPE 5P1UA 5P72A 2OHQA 1FIVA 5APRE 2FGVA 1HTFA 5KQZA 5P84A 5P37A 1AZ5A 3O9IA 2NNPA 1W5VA 3BUFA 4Y5BA 3T7QA 4F76A 5P1RA 4PEPA 2Q63A 1FLHA 3OU3A 5ER2E 3UDQA 3APPA 2G69A 3NYGA 4HDBA 5P33A 4Y4XA 5HCTA 3OUDB 2AODA 5P0NA 5P7DA 3OQ7A 4HVPA 5OZSA 3DCRA 5P70A 2Q54A 4YD3A 3OHFA 2VIYA 4X7IA 5P2MA 5P8GA 3URIA 5P8UA 3CYXA 4M8YA 1EC3A 5P4ZA 5TOLA 4MC9A 4FRSA 5P2BA 4Y35A 5P8RA 2QZKA 2IKUA 5P1DA 2H6SA 1D4LA 2NXDA 4EJ8A 1NPAA 5P32A 3BGCA 4Y3TA 3U7SA 4OBZA 2P3DA 3PVKA 1Q9PA 1SIVA 5P5GA 5P7CA 5P5TA 2QK5A 5P2CA 4U7QA 3QRMA 4YD4A 4Y3SA 5KR1A 2IGXA 3GI0A 4BFBA 2SAMA 1HSGA 3ECGA 1QDMA 4WY6A 4GJ7A 3EL9A 1LYBA 1XL5A 4D85A 2B7FA 5P5EA 3KT5A 1HVRA 5P6FA 3I2LA 2G26A 2PWCA 1A9MA 1BILA 1EBKC 2QHZA 4Y3ZA 1B6JA 4Y39A 4EXGA 1ZTZA 2IENA 2VA6A 3PI0A 2QI1A 1FEJC 5P4LA 3Q6YA 1Z1HA 3IXOA 5P1VA 5P1FA 1EPME 2NR6A 1EBWA 3IN3A 3INFA 3BRAA 5P55A 5P7VA 4F73A 2I4QA 5P0SA 4EHCA 3PB5A 3BVBA 5P13A 4JECA 1MSNA 1D4IA 1IBQA 5P3VA 3UDKA 4Y5KA 4GJCA 5OZ7A 5P4WA 4Y50A 3OUBA 5JG1A 2O4PA 5P6PA 1CMSA 4I12A 5P1GA 3NU5A 3TOFA 3NDUA 3R2FA 1SGZA 1HTRB 3LNKA 2FDDA 2FMBA 1FGCC 5P0EA 5P8KA 1DIFA 5I3YA 2HC0A 5PEPA 3OUAA 4Y3WA 5P62A 1A94A 5OZ2A 3PLDA 3L5EA 3PLLA 3OOTA 2B7ZA 4Q1YA 3NSHA 1GNMA 2G24A 2P3CA 3L58A 2HPFA 5P14A 3JW2A 1FQ4A 5P31A 4DVFA 1ME6A 5P8NA 4HA5A 4LXKA 5P02A 3ZPSA 4Y37A 2AOGA 1K2CA 1QBUA 5P7GA 5OYRA 5P4BA 2RKFA 2VIZA 2AVSA 3O99A 5OZ4A 1MEUA 5OZFA 4EP2A 3VV7A 4IVTA 4Y3NA 4CPXA 3OQAA 4OBZB 3C9XA 3KM4A 3ER5E 2R3TA 5HE5A 5P0DA 1B6KA 2AIDA 3NU4A 5I70A 1ODYA 5P3JA 4GZFA 1TZSA 5P59A 5P6CA 5OYTA 2AOHA 4UPJA 2WF4A 5P26A 2F8GA 5P3GA 4FRKA 4GJAA 3DOXA 3CICA 4I0FA 3T11A 4ZIPA 3D3TA 1RV7A 3BXSA 1FMXA 3FNTA 2PH6A 1KJHA 1ZAPA 2AQUA 3ZL7A 2I0AA 5P7JA 5P8PA 5DQ5A 5P4FA 1HPXA 2JXRA 3H0BA 5P73A 2A1EA 2QD8A 5P6AA 5COKA 2G21A 5P2DA 5P83A 2PC0A 3TPLA 1FQXA 4RZ1A 5P43A 1IVQA 4WY1A 3GI6A 5P4PA 4ER4E 5DR1A 4PZXA 3D1XA 5AHBA 5SY3A 3HZCA 4JPEA 3IGBA 4J0YA 1W6HA 2OHLA 2UY0A 5JODA 5P5SA 1E5OE 1SMEA 5P8AA 4B78A 4OBFA 3OTYA 5P5FA 3UQUA 3N4LA 2AZ9A 3KDDA 5P46A 1LV1A 4J17A 2R9BA 3DV5A 5HE4A 5DQ2A 5F01A 3SA4A 3ZKNA 4HZTA 2F3KA 2OF0A 2HB2A 5P76A 5P2WA 4EP3A 4CPQA 1HVIA 3S43A 5P0UA 5P79A 5P3QA 5P5XA 5P5RA 3PMYA 2B60A 3LIVA 3FNUA 3URJA 4QJ8A 3T7XA 1HVSA 3I6OA 3VYEA 1GVWA 5OZRA 5OZEA 5P7EA 2FDEA 2Z4OA 1VIKA 2QZWA 3DV1A 3UQWA 3R0WA 2O4SA 5P08A 4H3FA 1LYWA 5P2QA 5P4VA 5P60A 1KJFA 4KE0A 1META 4JP9A 5CONA 4RVJA 5P5IA 3APRE 2Q5KA 3SA3A 1OD1A 3KYRA 4H3JA 5P0AA 1OHRA 2OHUA 3INHA 4CPUA 3O9GA 5P75A 1LYAA 2QNPA 5P18A 1KJ7A 4CPTA 5IVRA 3SA8A 5DR7A 3L3AA 5P6IA 5P4YA 4PPHA 5P34A 5OYSA 4Y58A 5I3WA 2Q64A 3GW5A 4ER1E 5P5MA 5P3TA 3BUHA 1FMUA 5P57A 5P78A 3ZPTA 3D1ZA 4CPWA 2O4NA 3QVCA 4ZSQA 4FE6A 5P3IA 5P7KA 2F80A 4K8SA 1ZLFA 5P6YA 4FS4A 4HEGA 5BWYA 2R8NA 4RVXA 3TPRA 2MIPA 2QNQA 3LHGA 5P0LA 3DUYA 1ZSRA 5P8BA 3AUPA 1T3RA 5OZ3A 2ZE1A 5P3XA 5P5VA 3OGQA 5OZAA 3O9AA 3UQXA 2QMPA 4QJ7A 3IVHA 5P7HA 6APRE 3NR6A 5P6ZA 2ER9E 2H6TA 9HVPA 3A2OA 5P4CA 4CKUA 3IXKA 1MVPA 2R43A 5P8IA 5DR3A 3ZKXA 4EJLA 5DGUA 4LP9A 5HE7A 1IDAA 1D4YA 4ZSMA 3UHLA 4FAEA 1YG9A 1ZPKA 1M4HA 1W6IA 5P8CA 1ZP8A 1K6PA 2VS2A 4LC7A 1GNNA 1D4JA 1B11A 1ENTE 1LYWB 4Y6MA 5HTZA 3OQKA 4MC2A 2NXLA 2I4VA 4Y4WA 5P86A 5P40A 1T7KA 3G70A 3OY4A 5P4HA 5P7MA 3O9EA 2QI0A 4I8ZA 5OZPA 2G1NA 2ZHVA 4Y3LA 4DJVA 3T6IA 5HDXA 4XXSA 4DPIA 3I8WA 5P2JA 3PEPA 5C9DA 1MT9A 1LYAB 3QS1A 4Y3JA 3O9FA 5P6XA 5OYQA 5P0QA 1IZHA 2PYMA 3NWXA 1GVUA 2OHPA 1FFIC 1YTGA 4YA8A 1HIVA 4K4PA 1UH9A 1EAGA 3K5GA 3I7EA 3VYFA 5P12A 4ZE6A 5P6MA 4L6BA 3EXOA 1GVTA 2BPVA 4ZSPA 4DJPA 4FGXA 4HE9A 3O9DA 5P8QA 1SGUA 3UQRA 2QI6A 5P2HA 2QZXA 1G2KA 5P8FA 4GJ8A 2O4KA 5P5KA 2AOEA 5P7SA 4Q1XA 3EKTA 4J0VA 2IL2A 2P3BA 1FQ5A 1FKNA 1HXBA 1FB7A 2VNMA 2WF0A 3O9HA 3PHVA 4Y4BA 5P8MA 3OGPA 2G1RA 1T7JA 4RCEA 5P64A 4DFGA 4L7JA 1FQ6A 2IS0A 3RVIA 5P48A 4J1EA 4Y3YA 4Y51A 3VSWA 2ZJIA 4Y5PA 1XS7D 3NUJA 3INDA 4DJUA 2QU3A 5P11A 2WECA 3EKQA 2AVQA 5KOQA 1MESA 2PSUA 5P44A 4KB9A 4QJ2A 5HDZA 4DV9A 4A6BA 3RSVA 5P5LA 3EL5A 5OZTA 5P5QA 5P0WA 3PCZA 2QI5A 3SPKA 5IVTA 3S54A 5P0FA 3MSLA 3S85A 3VLBA 2ZJMA 3EC0A 2IRZA 2BJUA 2J9JB 3OHHA 5P77A 1YX9A 1SH9A 3K4VA 1APWE 2RMPA 3SLZA 1BAIA 3BHEA 5P2EA 4B05A 4RLDA 5P5PA 3TKGA 1DP5A 1ODXA 1XDHA 4DQBA 1APTE 3UDMA 5P4QA 3B80A 4NJUA 5P2OA 5P3HA 1YM4A 3UCBA 3PWWA 2NNKA 1NH0A 5P8JA 1G6LA 3OXVA 5P28A 5P74A 2FLEA 3GI4A 1RQ9A 4R93A 4OBJA 2XFKA 3CKRA 3LZSA 4TVHA 5I3XA 5P1WA 4PHVA 1EPLE 4DJRA 5OYUA 4RRSA 3WZ8A 5IVQA 5P1EA 3AIDA 2ANLA 5P1ZA 5P0CA 3K5CA 1FFFC 5P0PA 3IVIA 4J0PA 1HVKA 2A4FA 2AVMA 1WKRA 2P3BB 2WF3A 4XKXA 5P2UA 1B6PA 3SA7A 1PPME 4H3IA 4J1CA 1WBMA 3RU1A 4XX3A 5P1CA 5P6LA 2PH8A 2I4WA 5OYYA 1BDRA 5P2IA 5OZOA 1DPJA 5HDVA 4FL8A 2RKGA 3UDYA 1ER8E 1KZKA 4R95A 2QP8A 3S7MA 5P3AA 5P04A 2I4DA 4OD9A 5I3VA 4J1FA 5P2YA 2BB9A 4WTUA 3WZ7A 1YTHA 3ZKQA 4R92A 5P3ZA 3PSGA 5P65A 2RENA 4J1HA 1BIMA 4DI2A 5P6DA 5CLMA 2R38A 5KOSA 2HS1A 5P5HA 5OZHA 3L59A 2QAKA 4J0ZA 3S2OA 4YOBA 1IIQA 1GNOA 4B00A 4DQEA 1SBGA 4Y4GA 2FIVA 3BGBA 2WEDA 3EKWA 3HAWA 3KFNA 5P6UA 5HVPA 3NXNA 5HU0A 2ZJNA 3S53A 4APEA 2QU2A 3M9FA 3MSKA 1B6LA 5P6JA 2QMGA 5OZCA 1FG6C 3CKPA 2OHSA 3L5FA 5P3EA 1XN2A 1OEXA 2PQZA 4YCTA 4FM8A 3L38A 4NJVA 1SDTA 3LZUA 1A8GA 3SQFA 3MXEA 4L1AA 3O9BA 3FIVA 1MERA 2UPJA 5P3CA 3QBHA 1BXQA 4FM7A 1TCWA 3MSJA 4M8XA 5P4AA 4RCDA 4A6CA 3N3IA 1FG8C 3LPKA 4RGHA 4YBFA 4I0DA 4DQHA 1EEDP 1C6YA 1TW7A 5P51A 4FM6A 3SO9A 4NKKA 5P8OA 5OZDA 5P8DA 4F74A 5COPA 3LPJA 3OU4A 5P01A 5P2KA 1LYBB 2HAHA 4B1CA 3LINA 1MT8A 5OZ0A 1HSIA 4EWOA 3TKWA 4Y3GA 1F34A 4RROA 1XE5A 5P4GA 2ZJJA 5OZUA 4OD9B 5P71A 1UH8A 2VIJA 2PSVA 3NDWA 5P6VA 3FX5A 1QBTA 5P41A 2QHCA 2WKZA 4Y5AA 5BS4A 4Y4ZA 5P88A 3DK1A 2I4UA 2NXMA 2APRA 3CIDA 4X2LA 1W5WA 4Y4DA 4Z2ZA 3ST5A 4U8WA 4GB2A 4JPCA 5P7OA 3LPIA 4Y41A 3JVWA 5C9BA 4ACUA 5KAOA 5P05A 3D1YA 2PWRA 4QLHA 3BC4A 5P2AA 1EC1A 2G27A 3VG1A 2AOCA 5P06A 4B70A 1HWRA 5HU1A 5KR2A 3QI1A 5P1YA 2IQGA 2JE4A 3RTHA 5P7QA 1EPOE 1MUIA 1AXAA 1MPPA 1AVFA 4BELA 4APRE 4BFDA 5KR0A 3VEUA 3CMSA 2I0DA 3UDJA 1TSQA 3WB4A 1LF3A 4ZSRA 3EMYA 2ZYEA 2BKTA 5OYXA 3S7LA 4L1AB 5P3YA 5DR4A 1E80E 4Y5GA 1QS8A 1EPPE 3PWMA 5P53A 2V12C 4GJBA 5P16A 1HIIA 4I0HA 3HDKA 5P5OA 3KMXA 4DJOA 5UPJA 3L5CA 1DAZC 3S8IA 1APVE 3QP0A 3UPJA 1EPQE 2AOFA 4Y56A 3VFBA 5P2TA 2WF2A 1YM2A 5P2SA 1AIDA 3OU4B 2FXEA 4J1IA 5P7TA 1PSOE 3ZPUA 1BDQA 3NU9A 2Q11A 4J54A 5OYVA 4DJXA 2HPEA 2PK5A 5P58A 1ZSFA 3UDRA 5OZYA 3HW1A 1HPSA 4FRJA 5OZJA 3KMYA 5P47A 2UXZA 3KDBA 2AOJA 5P00A 5P82A 1NPVA 5P3MA 1D4HA 4J1KA 4H3GA 5P4NA 3H5BA 3OXWA 3Q70A 3OADA 1TQFA 2V00A 3PM4A 4I11A 5P1QA 5P35A 5P2VA 5P19A 4FLGA 2Q3KA 5P10A 4TVGA 4HLAA 1HTGA 1UPJA 1IVPA 5AH9A 3F9QA 5P7ZA 1VIJA 5AH6A 4DJQA 1W50A 2BQVA 3EKYA 5IE1A 1W5YA 4DQGA 2IGYA 3MWSA 4LXMA 3TLHA 4Y43A 5OZKA 1HPOA 2Q15A 5OZNA 4N00A 2F3EA 3ZKSA 4R91A 2VKMA 3EM4A 5P6KA 3VFAA 2CEJA 4OBDA 4D8CA 2OHMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7N A;  2Q55 A;  4Y4U A;  1HVC A;  4GJD A;  3R1G B;  1SDV A;  5P1L A;  5P8E A;  3UDH A;  2OHR A;  3RTM A;  1YTJ A;  2VJ7 A;  5P5B A;  5JFP A;  2B42 A;  5ER1 E;  5P5Y A;  4GMI A;  3UDN A;  1HVJ A;  1MTR A;  4Y3E A;  2QCI A;  5COO A;  3IN4 A;  7HVP A;  1M43 A;  2XYE A;  4Y47 A;  5P85 A;  5P7Y A;  3NUO A;  2BPZ A;  5AH7 A;  2JJJ A;  5P2X A;  5P0H A;  4D88 A;  2VIE A;  1BV7 A;  5E5K A;  2O4L A;  5P15 A;  2G22 A;  2JJI A;  2XYF A;  3LIX A;  1KJG A;  2XFI A;  4ZLS A;  1B5F B;  5P4O A;  1ZBG A;  2OHT A;  5P7L A;  3OQF A;  1A30 A;  1F7A A;  4OBK A;  5AHA A;  5P3D A;  3QIH A;  3EBZ A;  4Y9W A;  5SY2 A;  1IDB A;  4ZPG A;  5ENM A;  5P5D A;  1JLD A;  4YD7 A;  4RVI A;  4Y45 A;  1E81 E;  1SIP A;  5P1M A;  1K1U A;  3HVP A;  5P25 A;  4R5N A;  5P4K A;  3QN8 A;  4MC6 A;  1GVX A;  3IXJ A;  3R0Y A;  2FNS A;  2AZ8 A;  3ER3 E;  2P3A A;  1QRP E;  5P1U A;  5P72 A;  2OHQ A;  1FIV A;  5APR E;  2FGV A;  1HTF A;  5KQZ A;  5P84 A;  5P37 A;  1AZ5 A;  3O9I A;  2NNP A;  1W5V A;  3BUF A;  4Y5B A;  3T7Q A;  4F76 A;  5P1R A;  4PEP A;  2Q63 A;  1FLH A;  3OU3 A;  5ER2 E;  3UDQ A;  3APP A;  2G69 A;  3NYG A;  4HDB A;  5P33 A;  4Y4X A;  5HCT A;  3OUD B;  2AOD A;  5P0N A;  5P7D A;  3OQ7 A;  4HVP A;  5OZS A;  3DCR A;  5P70 A;  2Q54 A;  4YD3 A;  3OHF A;  2VIY A;  4X7I A;  5P2M A;  5P8G A;  3URI A;  5P8U A;  3CYX A;  4M8Y A;  1EC3 A;  5P4Z A;  5TOL A;  4MC9 A;  4FRS A;  5P2B A;  4Y35 A;  5P8R A;  2QZK A;  2IKU A;  5P1D A;  2H6S A;  1D4L A;  2NXD A;  4EJ8 A;  1NPA A;  5P32 A;  3BGC A;  4Y3T A;  3U7S A;  4OBZ A;  2P3D A;  3PVK A;  1Q9P A;  1SIV A;  5P5G A;  5P7C A;  5P5T A;  2QK5 A;  5P2C A;  4U7Q A;  3QRM A;  4YD4 A;  4Y3S A;  5KR1 A;  2IGX A;  3GI0 A;  4BFB A;  2SAM A;  1HSG A;  3ECG A;  1QDM A;  4WY6 A;  4GJ7 A;  3EL9 A;  1LYB A;  1XL5 A;  4D85 A;  2B7F A;  5P5E A;  3KT5 A;  1HVR A;  5P6F A;  3I2L A;  2G26 A;  2PWC A;  1A9M A;  1BIL A;  1EBK C;  2QHZ A;  4Y3Z A;  1B6J A;  4Y39 A;  4EXG A;  1ZTZ A;  2IEN A;  2VA6 A;  3PI0 A;  2QI1 A;  1FEJ C;  5P4L A;  3Q6Y A;  1Z1H A;  3IXO A;  5P1V A;  5P1F A;  1EPM E;  2NR6 A;  1EBW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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