1N49A

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease variant: structural insights for better anti-viral therapy
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Viability of a Drug-Resistant Human Immunodeficiency Virus Type 1 Protease Variant: Structural Insights for Better Antiviral Therapy
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-10-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1n49A00
5P2DA 3QP0A 3UQPA 3O99A 1LZQA 1LS5A 4LXKA 2FGUA 5IS4A 1EC1A 1HRNA 5P5YA 2FS4A 2VA7A 3VV7A 4H1EA 5P68A 1IDBA 5P8BA 5AH7A 3CMSA 4Y5MA 1HPVA 5P5CA 4ER1E 5P24A 4DJRA 1XDHA 5P59A 2AQUA 3OTSA 4DQEA 4L6BA 4Y53A 2G1YA 5P7WA 1SH9A 3MXEA 3LIYA 5C9FA 5P3IA 2PK6A 3OQAA 3ZKXA 5OZHA 1EEDP 5OYRA 1DAZC 3EM6A 3VYEA 2WEBA 4BFBA 3QBHA 1LF2A 2FMBA 2BPVA 2PH8A 3PCZA 5P1MA 5P0DA 2BPZA 2PYMA 4GJCA 1B6KA 1B6LA 4RGHA 5P01A 3NU3A 4J1EA 3UDPA 1XS7D 4J1FA 5P8CA 3OXXA 3OY4A 1Z1HA 5DQ1A 1HWRA 3WSJA 2SAMA 3NSHA 5KOQA 3IXJA 2V13A 2VNNA 1DP5A 5P8AA 3NR6A 3KN0A 1LYBA 2BKTA 3S53A 4Y3DA 3UFNA 5ISKA 4Y9WA 5P4ZA 4DFGA 4U8WA 3Q70A 2J9KA 4Y3YA 5P2GA 1B5FA 4ZPFA 2P83A 1M4HA 2QZLA 5P6DA 4EXGA 4Y4UA 5P32A 4Y3NA 3VSWA 5P4NA 2WL0A 4Z2ZA 3TLHA 3OQDA 4DH6A 2WEAA 5BRYA 5P81A 2ZJIA 5DR1A 4AZYA 3OXWA 2I4DA 1ME6A 4IVSA 4ZSMA 1YTJA 2I4QA 2ANLA 3R1GB 1SGUA 1DIFA 3O9LB 4GB2A 4MC9A 8HVPA 1M0BA 1SGZA 3ZKQA 2AOEA 1HEGE 1ODXA 1APWE 5AH6A 3OUCA 5CLMA 3EC0A 3SA6A 2F3KA 4J0YA 1ZSRA 3VF5A 3FX5A 3D1YA 1KJHA 3SA3A 4Y3SA 3VCMA 4QGIA 1UH7A 3PB5A 2BBBA 2WKZA 5IVSA 5P0BA 4B1CA 5P3UA 2NXLA 4HA5A 5P6GA 3LHGA 5P17A 4Y4ZA 3O9BA 2OHRA 4EJLA 2IKOA 4K4RA 5P4FA 3UQUA 1BDQA 1EPRE 4H3FA 4CP7A 1MPPA 4FAFA 1TSUA 5P54A 3TL9A 2WF2A 3O9EA 2PWRA 5P1OA 3L3AA 4PEPA 5P7FA 5P58A 3RSXA 4IVTA 5P46A 4D89A 4EP3A 4J1KA 5P3RA 4MC2A 1EBZA 2VIEA 4GJ5A 4Y4JA 4I1CA 5OZLA 5P1XA 4COEA 3SQFA 1HVKA 1FEJC 2NXDA 1MEUA 4M8YA 4Y4AA 2CEMA 2Z54A 4RVIA 5P6UA 2R43A 4J55A 5DR7A 4ACUA 3UCBA 1KZKA 5P1YA 4D8CA 3OOZA 3T3CA 1QDMA 1HVSA 1SMRA 4GJ7A 2AZ8A 5P1QA 5P6JA 2VIZA 1D4IA 5OZ8A 2IDWA 3DV1A 1HPSA 1EC0A 3HDKA 1OEXA 4Y3EA 3ER3E 5ER1E 5P4GA 3EKXA 5HE4A 2NNPA 5P49A 4J0PA 1K6PA 4FRKA 4K4QA 5HE5A 3IVIA 2V0ZC 1RPIA 4CKUA 2OHQA 2PC0A 1TW7A 3SA8A 1LYAB 5P4AA 2QMDA 2VJ9A 5P86A 2G27A 3HZCA 5P84A 5P5VA 4EQJA 3DCKA 5P2ZA 3PLDA 1FLHA 5P57A 5P7MA 2VIJA 4RROA 3D1ZA 5P2AA 2P3BB 5OZOA 5P5NA 5KR8A 1HPXA 3VV6A 3SAAA 3BRAA 1PSOE 3LIZA 2HM1A 4HDPA 5OYTA 3LPJA 5OZ4A 5P76A 4I0IA 1SMEA 3S7MA 1G0VA 1MERA 4RCEA 4I0ZA 4OC6B 4EPJA 2QI4A 5P2YA 5P5EA 3PHVA 5P79A 2ER0E 3ZKGA 5IVQA 1YTHA 4OBFA 4J0TA 5DQ2A 3LIVA 1FGCC 2PSUA 1GNOA 3DK1A 4Y36A 5P6PA 3VFAA 1YTIA 1ZJ7A 4YOAA 4B1EA 4ER4E 5P3HA 1IVPA 1FF0C 2G69A 3O9DA 2ZJNA 5P7AA 2QZXA 2V11C 5OZ2A 4F73A 5AHAA 5P20A 4DQBA 2G26A 2I4VA 5P7TA 1EPOE 4GJ6A 3D3TA 2VA6A 5HVPA 5OZQA 4LAPA 1TSQA 1K6CA 3WB4A 4AA8A 3NWXA 1HSGA 4Y3AA 5P1CA 1NH0A 3SFCA 1AZ5A 1NPVA 3CIBA 4I0DA 2OHSA 2A4FA 5P2BA 1IZIA 2QZKA 1DMPA 1LF4A 1RQ9A 1FQ7A 4DJXA 5P83A 2APRA 3HW1A 3PI5A 1LV1A 1K2BA 3UDRA 4B1DA 2IL2A 4FL8A 3FSMA 2HS1A 5P6LA 2PSVA 2OHUA 5AHBA 4U7QA 1BDLA 2NMYA 1BIMA 1BXOA 1FMBA 1UH8A 4LXMA 2BPYA 3QRSA 5P4IA 5P3QA 1J71A 4YE3A 5P6VA 3OUBA 1EPQE 5P5WA 4X7IA 4K8SA 3HAWA 4Y4BA 4ACXA 3BVAA 3PCWA 3S56A 1Z8CA 5DGUA 4A6BA 4Y3TA 5P67A 5P62A 2B7FA 3MXDA 4HLAA 4Z50A 3FNTA 4EJ8A 5IE1A 5SZ9A 1HOSA 2CENA 5P04A 2QU3A 5F01A 5P6TA 2ZJKA 5P0WA 1B6MA 3BXSA 1K2CA 3MSJA 4BELA 3G6ZA 3H5BA 3N4LA 5ENKA 2NXMA 5P8SA 1LYWA 5P14A 2G20A 5P3WA 4Y3QA 5P10A 1SBGA 4RZ1A 5P4RA 1BWAA 4Y5CA 1ZAPA 5P0FA 4Y5BA 5P25A 4Y4GA 3ER5E 4OD9A 3NU6A 5P74A 5P7PA 5P0LA 2BJUA 1G6LA 4UPJA 1TCWA 3U7SA 2FIVA 3EBZA 1GNNA 3GI4A 5OZBA 1A9MA 3RU1A 2QK5A 5P6IA 2BKSA 3OU1B 4HVPA 4NJTA 2NTRA 3NU4A 2AVVA 3HVGA 4OBZB 1NPAA 3WB5A 3FNUA 4I0JA 4L7GA 4EQ0A 2HAHA 5P4WA 1RNEA 5P2IA 4BEKA 3S43B 5P4HA 3TPJA 3PMUA 2IS0A 3BGCA 2FLEA 5P7BA 3ECGA 4S1GA 5P27A 5P42A 5P64A 3U71A 5P8IA 5P5MA 2OF0A 3SKGA 3UDYA 1FFFC 1K1UA 4TVGA 4FAEA 5OZVA 5P0YA 3VFBA 5P4UA 5I3VA 3UHLA 2WF4A 2O4SA 4TRYA 5P43A 5BWYA 3OU4A 3KDDA 5COOA 4LBTA 4I0GA 4B00A 3BXRA 2RKFA 4Y4DA 4KE1A 3NDUA 4PHVA 5P3XA 5HU1A 4I0EA 5P3SA 2F3FA 1MRWA 4Q1XA 1E82E 5OZ9A 5P8TA 5P2KA 5P7OA 3UTLA 5P40A 4DV9A 5OZYA 2ZJJA 4YCTA 1MT9A 3OADA 2RSPA 3OXCA 2G1NA 4J5JA 3U6AA 3I25A 3UFLA 1IVQA 3OUDB 1AIDA 5P0IA 1B6PA 5OYZA 2P3CA 5P78A 3VV8A 3L5BA 1U8GA 3EM3A 3GW5A 5P18A 5P1BA 5P2HA 4ER2E 5P8LA 2G1SA 5P5JA 3LIXA 2V16C 2QHZA 5P08A 1BVEA 5P2NA 5P6AA 1MIQA 2QZWA 3EKVA 5P45A 5OZAA 1BV9A 5P09A 5J25A 5P8NA 5P6RA 2VIYA 2QI3A 4R92A 2HB4A 4Y3PA 1FG6C 4RLDA 3URJA 3K5GA 5P1FA 3G70A 2Q15A 1FQ8A 1EPPE 2R5QA 5P8KA 2R38A 5P6FA 3GI6A 3LZUA 4PZWA 5P73A 2FDPA 1KJ7A 3SABA 1MTRA 1GVTA 5P6BA 4DPIA 5P6NA 4FRSA 5P0MA 3UPJA 1SDTA 5P3PA 4Y3FA 5P7JA 3L38A 1ER8E 4I8ZA 1D4JA 2R8NA 2AVMA 1FMXA 3QROA 5HCOA 1WKRA 3RSVA 1CMSA 3OU4B 3PBZA 4FCOA 1K6TA 1EC3A 1KJFA 5P8PA 2UPJA 2WHHA 3UDJA 3NU5A 5P5GA 1W5XA 5P6CA 3JVWA 3UDMA 4Y56A 4D88A 4Y44A 1N49A 3EL0A 3PJ6A 4J1HA 5P77A 6FIVA 1BBSA 1AJVA 5P3TA 1XE6A 3NXNA 1OEWA 5P28A 5JFPA 3S45A 4JPEA 5P4SA 1FQ4A 1ODWA 4RYCA 5P6SA 1EBWA 2Q54A 3MWSA 4R8YA 1B6JA 3HBOA 4J0VA 5P48A 1META 3OHFA 3SA5A 2PYNA 5P66A 3TKGA 2QAKA 5P55A 3TH9A 2I4WA 5B18A 2H6TA 4Y57A 4AMTA 3PWMA 4GJDA 1ODYA 5KQFA 2AIDA 4RRNA 1E5OE 1MRXA 3LIQA 5P8OA 5P3DA 4L1AA 1APTE 3NUJA 5OYYA 5P1VA 5P5TA 2VKMA 4DVFA 1BILA 5OZSA 2OAHA 4Y47A 4Y45A 1XE5A 4QJ9A 3TOFA 5I70A 3EKQA 1IBQA 5P34A 4Y5NA 1ZP8A 2PWCA 3R0WA 3EKPA 5OYQA 5P3KA 5P5DA 4ZSPA 3OOTA 3QRMA 5P4KA 3JVYA 2QMFA 5P70A 1AM5A 1FFIC 1D4SA 6UPJA 1VIJA 3NDTA 4Q1NA 4X2LA 5ER2E 4H3IA 3S85A 3NXEA 5P7GA 3S54A 1Z1RA 5KQYA 3QAAA 1TQFA 4Y3HA 5P7IA 5DR8A 2FNSA 4NPUA 2QI5A 2AZ9A 5HDUA 5OYUA 4YD5A 1T7KA 3I7EA 5P4BA 2VS2A 3HVPA 5P3LA 4OBJA 5OZZA 3INHA 5P03A 5P5IA 2Q55A 9HVPA 4PYVA 1AVFA 5OZ6A 1FMUA 2VA5A 2Q3KA 3SA7A 4Y48A 5OZJA 1D4LA 3KFRA 5P1LA 3ZKSA 4F75A 2UY0A 2Q5KA 3SA9A 3PVKA 5JG1A 5P3GA 3BHEA 3PLLA 4Y4WA 5P7EA 2AOGA 4DQCA 2AZCA 4HDBA 1C70A 5DR0A 3OHHA 1LYBB 3GGAA 5P5SA 1KJGA 3GI5A 1HIHA 3G72A 5E5JA 1ZBGA 5HTZA 3INEA 5SY3A 4DUSA 2B7ZA 3NWQA 5AHCA 5P1TA 1B5FB 4J1CA 3KT2A 5P56A 2ZJMA 3OUAA 5P0KA 1HVJA 5P2QA 4JPCA 5P06A 1TZSA 3OQ7A 2FXDA 2WECA 4YD4A 3UF3A 1HTGA 2G24A 4GJAA 3ZL7A 2WF3A 2QD8A 1G35A 5P1GA 3TKWA 3VF7A 3R2FA 3GGXA 2AOHA 3T11A 2IQGA 5P0PA 5P85A 1HBVA 1TCXA 1PPKE 3JW2A 5P3AA 1IZDA 4FS4A 4ZSQA 2IGYA 4A4QA 1EPLE 5P4XA 3ZPTA 1IZEA 2XFIA 5P80A 2B8VA 4YCYA 3SA4A 5HE7A 4Y5LA 5P8FA 3O9HA 3S2OA 3KF0A 5P6MA 5P5AA 3UQWA 1APUE 3ZOVA 4GYEA 4Y5GA 2ZE1A 2QI0A 3EKYA 4CPRA 3FV3A 4LHHA 5P8MA 4R93A 3B7VA 5P71A 3WZ8A 5P5UA 1QBSA 5P4EA 3PI0A 5TOLA 2I0AA 3QI1A 5P12A 2HIZA 3RTHA 1GVWA 4FM8A 4FM6A 3LITA 3B80A 1T3RA 5P4QA 3BGBA 5P6EA 5KR1A 4MC1A 4QJ8A 5P38A 5P0XA 3ZKIA 5P1WA 3D1XA 3ZMGA 5P3NA 2V00A 5P0TA 4K9HA 1MSMA 2ZJHA 4GJ8A 5HU0A 5P1ZA 4ZPGA 5APRE 3EKTA 4TRWA 5P2UA 5P16A 1W5WA 4DJVA 7UPJA 5P3VA 4FM7A 2R3WA 1A94A 5P1HA 5P0ZA 4YBFA 3Q4BA 4B05A 2BPXA 2G21A 3KFSA 1FB7A 1BDRA 2QI1A 5OZNA 1BAIA 3OAGA 4Y3JA 3K1WA 4Y5KA 5E5KA 4HE9A 5P4VA 3CKRA 1HTRB 3SACA 2ZGAA 3GGVA 3I2LA 3EXOA 5P1JA 2O4PA 4OBGA 1T6GA 3PRSA 3K5FA 3QIHA 1HHPA 5P4LA 5P1UA 4DQHA 5EZXA 4YBIA 1EPNE 3R0YA 2WF0A 1HVHA 3FNSA 1NSOA 4QJ6A 3CKTA 2ER6E 2G1OA 4NPTA 2QNPA 2XFJA 2IRZA 1A30A 5OZDA 4BFDA 1SDVA 2OHMA 2PK5A 1IZHA 3DOXA 4ZPEA 3L5DA 1M43A 2J9JA 3PMYA 5P7DA 5C9DA 1GVXA 2QI7A 1ZLFA 5P0JA 5P5PA 3LZSA 5P7HA 3DUYA 3IAWA 5SY2A 1PPME 3C9XA 5IVRA 5OZXA 5KQXA 1BWBA 5OYWA 2AZBA 5P5BA 4Y3WA 5P0VA 4XKXA 3UQRA 3ZPUA 1MSNA 5KR2A 5P65A 1HXWA 4RCFA 4CMSA 3K4VC 1HVIA 5P0RA 2AVQA 2NR6A 4I0HA 1G2KA 5KQZA 2WJOA 3DCRA 5OYXA 1LF3A 4FSLA 4YDFA 4ZIPA 3TOGA 5P39A 2JYSA 2QHCA 3PSGA 4QJ2A 2G22A 3ST5A 3KFPA 5OZ1A 4R91A 1DPJA 5P5FA 4RRSA 3QN8A 1ENTE 4NJUA 5P8GA 3VYFA 5OZPA 2EWYA 2CEJA 5P8QA 5T4SA 5P2MA 3PSYA 5OZ5A 5HDVA 5P0GA 4YA8A 5P3JA 2QNQA 1EBYA 1MESA 3M9FA 2Q64A 1HTEA 3OQKA 5P4DA 3T7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2D A;  3QP0 A;  3UQP A;  3O99 A;  1LZQ A;  1LS5 A;  4LXK A;  2FGU A;  5IS4 A;  1EC1 A;  1HRN A;  5P5Y A;  2FS4 A;  2VA7 A;  3VV7 A;  4H1E A;  5P68 A;  1IDB A;  5P8B A;  5AH7 A;  3CMS A;  4Y5M A;  1HPV A;  5P5C A;  4ER1 E;  5P24 A;  4DJR A;  1XDH A;  5P59 A;  2AQU A;  3OTS A;  4DQE A;  4L6B A;  4Y53 A;  2G1Y A;  5P7W A;  1SH9 A;  3MXE A;  3LIY A;  5C9F A;  5P3I A;  2PK6 A;  3OQA A;  3ZKX A;  5OZH A;  1EED P;  5OYR A;  1DAZ C;  3EM6 A;  3VYE A;  2WEB A;  4BFB A;  3QBH A;  1LF2 A;  2FMB A;  2BPV A;  2PH8 A;  3PCZ A;  5P1M A;  5P0D A;  2BPZ A;  2PYM A;  4GJC A;  1B6K A;  1B6L A;  4RGH A;  5P01 A;  3NU3 A;  4J1E A;  3UDP A;  1XS7 D;  4J1F A;  5P8C A;  3OXX A;  3OY4 A;  1Z1H A;  5DQ1 A;  1HWR A;  3WSJ A;  2SAM A;  3NSH A;  5KOQ A;  3IXJ A;  2V13 A;  2VNN A;  1DP5 A;  5P8A A;  3NR6 A;  3KN0 A;  1LYB A;  2BKT A;  3S53 A;  4Y3D A;  3UFN A;  5ISK A;  4Y9W A;  5P4Z A;  4DFG A;  4U8W A;  3Q70 A;  2J9K A;  4Y3Y A;  5P2G A;  1B5F A;  4ZPF A;  2P83 A;  1M4H A;  2QZL A;  5P6D A;  4EXG A;  4Y4U A;  5P32 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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