1NH0A

1.03 a structure of hiv-1 protease: inhibitor binding inside and outside the active site
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A Phenylnorstatine Inhibitor Binding to HIV-1 Protease: Geometry, Protonation, and Subsite-Pocket Interactions Analyzed at Atomic Resolution
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1nh0A00
1QBRA 1ZAPA 2G1NA 3UDQA 2R8NA 3APPA 5P09A 4YE3A 4GJBA 1FLHA 2FS4A 2R5QA 3GGUA 3TOHA 2JE4A 2Q15A 6APRE 5OZSA 5P25A 5P38A 3HZCA 4Y4UA 3TKWA 2QMDA 5SY3A 3SKGA 3Q4BA 2V10C 3OU3A 3O9BA 3ECGA 2A1EA 2R3WA 3QVCA 5AHBA 5JFUA 4Y9WA 3BVBA 4GJ9A 3K5CA 4EQJA 4YA8A 3URJA 5P6WA 1K2CA 5KR1A 3BGBA 3SA5A 6FIVA 2CEJA 2AVVA 2XFJA 3D20A 2OHUA 2PC0A 5P57A 4EQ0A 4EYRA 2P3BA 4LXMA 5I3YA 5DR4A 3CIBA 4FRKA 5P08A 1IZIA 1Z1HA 1Q9PA 2QI6A 5P1MA 2VNNA 2PYMA 2R43A 3NWXA 3D1XA 2QI7A 3ER3E 3IGBA 5P2MA 2RSPA 5P1NA 1BXQA 3T6IA 3ZKMA 3S53A 3EKQA 2Z54A 1LF3A 1IBQA 1QRPE 3UF3A 3NU6A 4RYCA 1AJVA 2NNPA 3ZKIA 2B60A 4B77A 3OOZA 4J1HA 1G6LA 4JPCA 4DJVA 3FSMA 1EPQE 2AIDA 3VCMA 4HE9A 5P1DA 5P2YA 4Y3AA 4YBFA 4J0TA 4HA5A 3I2LA 5P14A 3APRE 5P4FA 3FX5A 3SKFA 5C9DA 3TTPA 3TLHA 3OQKA 1QBSA 4R5NA 4U8WA 1ER8E 4RVIA 1W5YA 3VF7A 1EPLE 1FMBA 3OADB 4DH6A 4QJ2A 5P6LA 1UH9A 3WZ6A 1KJGA 1BAIA 3HVPA 1FQ4A 5P1TA 2J9KA 5OYVA 3FV3A 4I0ZA 3OADA 5P0MA 3PCZA 4J17A 3ZKSA 5C9BA 5OZ2A 5P31A 5P27A 3LPJA 4ACUA 4B1DA 5OYSA 4TVGA 2AOIA 2R3TA 4Y4AA 3VFBA 5P5FA 4HEGA 4I0FA 1TCWA 5P33A 4DJWA 4Y3EA 5P7GA 4APRE 5AH8A 2QI3A 5P7SA 3PJ6A 4GYEA 3SA9A 1MSNA 4Y4TA 3OHHA 2OHPA 5P58A 3PB5A 1LYAB 5P8AA 5SY2A 3F9QA 1ZSRA 5P0BA 3HVGA 3ZKQA 1DIFA 1BIMA 1HSIA 1LYAA 3K5FA 5P2SA 5P0HA 3SA7A 2ZJIA 2B42A 4D88A 1IDBA 3QVIA 3IVHA 4ZIPA 3SPKA 1LF4A 5DQ2A 5KAOA 4HZTA 1YTIA 4YD3A 1HXBA 3O9FA 3TOGA 2FGVA 2IQGA 5P80A 1G0VA 4B00A 3UHLA 4FAEA 2ZJNA 5P70A 5KQFA 5P00A 3PLLA 5P8UA 1AZ5A 5BRYA 4DVFA 2ZGAA 3VYEA 3QBHA 4Y3QA 1SMEA 1IZHA 4Y3SA 5P4IA 1T6GA 3PWMA 4QGIA 4ZSQA 3VYDA 1YTHA 5P07A 4KE0A 4RRNA 4KE1A 5P4WA 2FLEA 1HVHA 3OQAA 5P5EA 3PSUA 5P82A 5P5TA 3NXEA 5P7EA 2QNQA 4EJLA 3KT2A 3WZ7A 3VYFA 4DJQA 1PFZA 5P3GA 5P1GA 5P3SA 1IZEA 5P5PA 1ZLFA 5P43A 3KFNA 4GJ6A 1BV9A 4FL8A 4E43A 1SP5A 2FDPA 1CPIA 3URLA 2HS1A 5OZPA 3EXOA 5P2UA 1K2BA 5DQCA 4HDPA 1RPIA 3LITA 1HVIA 2QI0A 4J0ZA 4Y3FA 2ER6E 3D1ZA 3CICA 5AH7A 3EKYA 5P3VA 3OGPA 3SACA 4Y5EA 5P0RA 5KR8A 3BXSA 2Q64A 3I8WA 1MSMA 2JXRA 3PGIA 2NR6A 1AAQA 1MVPA 5P0QA 2PMAA 4OD9B 5DGUA 1EEDP 1T6EX 3FNTA 2R9BA 5P8OA 4U7QA 2JYSA 2FDDA 4Y5NA 2RENA 5DR3A 2G1OA 1JLDA 4NJSA 2ZJHA 1A9MA 5ER1E 4CKUA 1FG8C 8HVPA 5P0XA 1ODYA 5P7UA 5P8DA 5P52A 3BVAA 2OHQA 4H3FA 1APWE 4B70A 1A8GA 3UTLA 5P35A 3UDKA 2UY0A 5P42A 1E81E 2NMZA 2HS2A 5P5KA 2WF3A 5P6NA 5I3XA 5P5WA 5P4DA 5P8HA 3TNEA 3TH9A 5F00A 1PROA 4RRSA 3OUAA 5P5IA 5P1AA 1TCXA 2P3CA 1HVJA 1SDUA 2IENA 4CPSA 3K4VA 3UDYA 3URIA 2VA6A 1PPME 5AGZA 5P24A 4YOAA 1F34A 3R0WA 3T11A 4M8YA 1MERA 2QU2A 4K4RA 5P7AA 3VF3A 1C6XA 5P7MA 2AVOA 5P12A 5P6RA 2AVMA 3L5DA 2VS2A 5P5MA 3HLOA 5DQ1A 2HB2A 3O9HA 4Y57A 3VF5A 5FIVA 5P54A 5P8EA 4QLHA 1BV7A 2QCIA 3IN3A 3LIZA 3PSYA 3LIXA 1MRWA 1D4HA 1QBUA 3NSHA 5AH6A 5P8JA 5P1OA 5T4SA 1YTGA 5P4BA 3L38A 1LS5A 4XXSA 3L5BA 2Q55A 2PQZA 5P6PA 5P7VA 1AVFA 1B6JA 4OBHA 3ZKXA 3KT5A 5P51A 3LNKA 5CLMA 3CKPA 4ZSPA 5P0OA 3CKTA 5P8PA 5P28A 5OZ4A 2HC0A 3HAWA 2I4UA 2RKGA 5F01A 2V11C 2O4PA 1FMXA 1DMPA 4FRJA 5P6IA 2QU3A 3T7PA 2ZHRA 3UQUA 3S2OA 5P53A 3L5FA 4Y5GA 2QAKA 5P2IA 1IZDA 3S43B 1DAZC 2WF0A 3EM4A 3OOTA 4L7GA 5P4EA 3DOXA 1ODWA 2AODA 3PEPA 5P39A 5P7ZA 3OXCA 4HVPA 5P7KA 1E80E 3NUJA 4LAPA 3LHGA 2IRZA 2OHMA 4YCTA 4I0GA 4ZSMA 1MTRA 1HSHA 2I4QA 3KDCA 3LIQA 1HVKA 5P84A 3Q5HA 5P2LA 2WF2A 4CPRA 5P4PA 2ER7E 5UPJA 3H5BA 2Q63A 4ZPFA 2PK6A 3U71A 3PI0A 5DQ5A 1YX9A 3NXNA 5OZ1A 4Y3JA 4ZLSA 2PH6A 5P0DA 2ZHTA 5P2KA 3B7VA 2QZWA 5P0AA 5P63A 2PYNA 3LZVA 5P88A 2G1SA 5P36A 1C6ZA 5P7HA 3DJKA 2WEDA 5P3DA 5P87A 3G6ZA 5P75A 5P3BA 5P1FA 5P5ZA 4EP3A 1GNOA 2BBBA 4AA8A 5ER2E 5OYUA 5I3WA 1B5FB 2IDWA 1K6VA 2QMGA 4Z50A 1HXWA 4FIVA 5P02A 2BB9A 4Y37A 2OHTA 5P8FA 5AH9A 3GI0A 3DM6A 5P85A 3K4VC 5BWYA 3ZMGA 5P6MA 2NMYA 3I25A 4FM8A 1SH9A 5EZZA 5OZ3A 1B6PA 1HRNA 2OHKA 1YM4A 5P7CA 5OZ0A 1Z8CA 2FXEA 1CZIE 5HU1A 5P26A 4ZPGA 1K6PA 5P6JA 5P4QA 3EKVA 1MESA 2QD7A 3OTYA 1NPAA 4A4QA 3GI6A 5APRE 4CPUA 1C6YA 3FKTA 5P6FA 2FIVA 2QHYA 2BPVA 5P1PA 5P1CA 1IVPA 5OZ9A 5P59A 4Q1YA 5P1LA 4YD5A 2JJIA 1AIDA 2BKTA 1HTFA 1WKRA 5P3YA 4TRWA 4B0QA 2A4FA 3WSJA 4Q1WA 5P50A 3OTSA 4LXAA 4QJ7A 4I12A 3T3CA 3NU3A 5P3WA 5P1EA 3INEA 5OYQA 2QD6A 4Y3LA 3NWQA 3VSXA 5OZLA 2HM1A 3VV8A 4DJRA 4PEPA 5P8KA 5P18A 3UPJA 3UQWA 3QAAA 1BVGA 5P1YA 1HVCA 3A2OA 1YTJA 3NDTA 3ZL7A 3O9EA 4COEA 4K4PA 4BFDA 5P8MA 3PBDA 4Y3XA 2OHRA 1MT9A 4J55A 4B78A 2VIEA 1CMSA 4LXKA 2AVSA 5AHAA 3OK9A 1W6IA 3BRAA 2NXMA 1DW6C 5P6UA 1TW7A 3ER5E 3Q70A 3QRMA 5DQ4A 5E5JA 4QJ6A 2HPFA 5HD0A 5DGWA 4HLAA 4Y4JA 5P10A 3Q3TA 2G22A 1UH7A 1XS7D 2APRA 5OZEA 3I7EA 2PK5A 1QBTA 3NU9A 3S7LA 4YD6A 3GI5A 4H3IA 4Y4GA 3RTMA 2QP8A 3BUHA 5P7LA 2XFIA 4I0HA 3GI4A 4L6BA 1ZP8A 1T7IA 3D1YA 5P89A 3SO9A 4DQBA 4K4QA 4I8WA 4OBKA 4YHQA 5P5QA 2QHZA 5P7IA 5P81A 3S56A 3AUPA 3D91A 5P4MA 4Y3GA 1G2KA 1N49A 1HIVA 4D83A 2WF1A 3OQFA 3OWNA 5P76A 3SA3A 4DQHA 5OZMA 1IIQA 3S8IA 5P5GA 5P3LA 1XDHA 3EL0A 5P2AA 5P11A 1TSUA 1SDTA 3C9XA 5P1BA 1D4LA 4RYGA 5OZTA 2IGYA 2ER9E 3H0BA 2Q5KA 4RLDA 5P1HA 4A6CA 4CPXA 5KR2A 4Y43A 5P0UA 2CENA 1D4YA 2HAHA 4LBTA 5P3CA 2QNNA 3PI5A 3SA6A 4GZFA 1IDAA 4YBIA 4Y54A 1VIJA 2ZHVA 3LZSA 1FQ5A 1AXAA 4Y5LA 5HDZA 5P3PA 1HPSA 4YDFA 3S54A 5P5SA 5HU0A 5P0LA 2FNSA 2ZHUA 1RNEA 4H3GA 3INDA 5P1WA 2BPYA 2FGUA 4FGXA 5P15A 4DQGA 3KMXA 3UQRA 4YD7A 1MT8A 3ZPSA 2I1AA 4ER2E 1TZSA 3D3TA 1K6TA 5P5OA 2ER0E 2Q3KA 5P68A 5IVTA 2F3KA 1EBKC 5OZCA 3IXJA 2OAHA 5COPA 1BDQA 1OEXA 3MSKA 5P5HA 4FAFA 4YCYA 3QRVA 5P5XA 3GW5A 5P5CA 3QIHA 4DQCA 4J0PA 1PSNA 1ZBGA 2V13A 3KN0A 4Y5CA 3SM1A 4EWOA 5P8NA 3AIDA 2WL0A 4QJAA 1VIKA 3BC4A 5P6EA 2QMFA 1APUE 1M4HA 1YT9A 3O9CA 1MEUA 5P41A 4I8ZA 2R5PA 2VA7A 2AOEA 4FM6A 2Z4OA 5P2BA 1DP5A 3KDBA 2VNMA 3UDNA 5KQZA 1J71A 3NYGA 3UDHA 4Y53A 1BWBA 2V00A 5P29A 4Y3DA 1GVXA 5I3VA 2RKFA 3SABA 4J1KA 2F81A 1M0BA 3OAGB 5P3FA 4CMSA 3BUFA 4QJ8A 5JG1A 4Y3NA 4HDBA 1META 5P1JA 5P8RA 4N00A 1LF2A 4WTUA 5P6TA 5P5BA 3R2FA 2I0AA 3OAGA 2G1YA 4B72A 1HEGE 2B7FA 5P5UA 2SAMA 4DJYA 5P7NA 3MXDA 3QP0A 3S7MA 3TL9A 5P1ZA 1HPOA 5OZZA 5OYRA 1EAGA 4J1EA 4D8CA 1ZSFA 2ZJJA 3CMSA 5DR8A 5P5AA 2EWYA 5P3JA 4PHVA 5P49A 4I0JA 3PHVA 1LV1A 5P3IA 5P4VA 5P2FA 1FGCC 3WB5A 5P7XA 3O9IA 4FRIA 4JECA 4Y4BA 4OD9A 4RROA 2UPJA 5P0GA 1FF0C 3OUDB 5P8QA 2I4DA 5P72A 2IS0A 3VSWA 4Y4EA 4DJPA 1DPJA 5IS4A 2P8HA 4Q1NA 4GJCA 1RV7A 1NPWA 2I4WA 2QZKA 5DR7A 5P2DA 5P37A 5IE1A 2I4XA 4H1EA 5P4LA 5P8VA 4FRSA 4I1CA 2P3DA 2WEAA 5P2GA 1HHPA 4Y3PA 1AM5A 4RZ1A 4BFBA 1C70A 4GB2A 3UFLA 2R38A 3PLDA 5P3MA 1WBMA 2VKMA 5P5YA 3ZPTA 3S85A 1HBVA 2MIPA 2ZJLA 4LL3A 1FIVA 5P6VA 3VV6A 1EC0A 3KFRA 2AZ9A 3VLAA 5OYYA 5P7TA 3EC0A 3OQDA 3MXEA 5P0WA 2Q54A 5P3TA 3KA2A 2OHSA 3G72A 2WEZA 1HVLA 5P3NA 4WY1A 5KR0A 1MUIA 4Y39A 5P6HA 5KOQA 3NDWA 2QI4A 5P0JA 4FSLA 4Y51A 5P16A 1YG9A 2AZBA 3UFNA 5P7RA 1T7KA 1OD1A 1B6MA 2O4SA 5P6AA 5P2WA 5P3UA 5P0CA 4FE6A 4DPFA 1GVWA 1SBGA 2HB3A 3L59A 2B8VA 5C9FA 3EMYA 4F76A 4L7JA 2IKOA 3SM2A 5P1VA 3O9GA 5P17A 5P05A 3QROA 3KMYA 5OYWA 2AOGA 3G70A 4Z2ZA 4RVXA 4Y4WA 3IN4A 5P48A 5P71A 4MC6A 3GGAA 5P0NA 1BVEA 4OBJA 5P2OA 3JVYA 4GJ5A 4DI2A 3N3IA 3VUCA 5P6QA 2G21A 3O9AA 5P4XA 4Y44A 4L1AB 4Y5MA 4NPUA 5P7OA 5P23A 3HDKA 1KZKA 3LIYA 3S43A 4GJ8A 5P4NA 5JODA 5OZ5A 3UDMA 3VG1A 3OHFA 5OZRA 4EXHA 3O9LB 1KJ7A 3UQXA 1ZPAA 6UPJA 3OXVA 4AZYA 2VA5A 1D4KA 3OU1B 3SQFA 1D4IA 2AOFA 4Y3TA 5P6SA 4Z4XA 5P79A 5P69A 2F8GA 3O9LA 3GGVA 2G26A 5P8SA 4IVSA 5P7FA 5P3KA 3OU1A 3INHA 2OHNA 2JJJA 5IVRA 1LYWB 2AOJA 2XFKA 2UXZA 5OZOA 4OBFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QBR A;  1ZAP A;  2G1N A;  3UDQ A;  2R8N A;  3APP A;  5P09 A;  4YE3 A;  4GJB A;  1FLH A;  2FS4 A;  2R5Q A;  3GGU A;  3TOH A;  2JE4 A;  2Q15 A;  6APR E;  5OZS A;  5P25 A;  5P38 A;  3HZC A;  4Y4U A;  3TKW A;  2QMD A;  5SY3 A;  3SKG A;  3Q4B A;  2V10 C;  3OU3 A;  3O9B A;  3ECG A;  2A1E A;  2R3W A;  3QVC A;  5AHB A;  5JFU A;  4Y9W A;  3BVB A;  4GJ9 A;  3K5C A;  4EQJ A;  4YA8 A;  3URJ A;  5P6W A;  1K2C A;  5KR1 A;  3BGB A;  3SA5 A;  6FIV A;  2CEJ A;  2AVV A;  2XFJ A;  3D20 A;  2OHU A;  2PC0 A;  5P57 A;  4EQ0 A;  4EYR A;  2P3B A;  4LXM A;  5I3Y A;  5DR4 A;  3CIB A;  4FRK A;  5P08 A;  1IZI A;  1Z1H A;  1Q9P A;  2QI6 A;  5P1M A;  2VNN A;  2PYM A;  2R43 A;  3NWX A;  3D1X A;  2QI7 A;  3ER3 E;  3IGB A;  5P2M A;  2RSP A;  5P1N A;  1BXQ A;  3T6I A;  3ZKM A;  3S53 A;  3EKQ A;  2Z54 A;  1LF3 A;  1IBQ A;  1QRP E;  3UF3 A;  3NU6 A;  4RYC A;  1AJV A;  2NNP A;  3ZKI A;  2B60 A;  4B77 A;  3OOZ A;  4J1H A;  1G6L A;  4JPC A;  4DJV A;  3FSM A;  1EPQ E;  2AID A;  3VCM A;  4HE9 A;  5P1D A;  5P2Y A;  4Y3A A;  4YBF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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