1NPWA

Crystal structure of hiv protease complexed with lgz479
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Design, synthesis, and biological evaluation of monopyrrolinone-based HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1npwA00
3RTNA 1C6ZA 3ZMGA 2P3BA 5OZAA 5P27A 2QD8A 1E81E 1T3RA 5BRYA 3EKQA 3UQXA 1D4JA 3L5EA 2OAHA 4Y53A 5P3DA 4YD3A 1TSUA 1IDBA 4FE6A 2HB3A 4JPCA 1W51A 4U7VA 5P77A 4Y35A 5P7GA 5P7PA 3VEUA 3VF7A 5P5YA 5FIVA 5P6MA 1EPNE 5P4XA 1LYBB 3NYGA 4J17A 2G21A 3TL9A 1YTJA 5P49A 5OZEA 1FG6C 2FGVA 3MXDA 4OBJA 3I6OA 3LIVA 5CLMA 1HPSA 1BWBA 5KR1A 3LNKA 5P29A 2BJUA 3QP0A 3QAAA 4OC6B 4GJCA 2PH8A 4ZSRA 5P8TA 1AVFA 5DR4A 4L6BA 3PBZA 5PEPA 5UPJA 5COPA 5P18A 5ISJA 3INFA 4DH6A 5P1VA 4RGHA 4Y4AA 1MSNA 5P3ZA 1IZHA 2APRA 4ZSQA 3K5DA 3SQFA 2I4VA 2MIPA 5P2IA 4J0TA 5P2WA 5OZPA 4EWOA 1EAGA 1B6MA 3PI0A 3CICA 4GMIA 4OBKA 4Y3WA 5OZUA 5C9BA 1UH8A 5OZWA 4BELA 4DJQA 1IDAA 3L3AA 5OZ9A 4Y5NA 2AODA 1MEUA 5P5NA 2AOHA 1KJFA 5P0GA 5P12A 3KMXA 1EBWA 3S43A 5P6UA 1APVE 5P4CA 3I7EA 5P4HA 4KUPA 1HSIA 5P3LA 5F00A 5C9FA 4OBFA 5DQ2A 1BIMA 5P06A 2F3KA 5P3OA 4QJ7A 2RSPA 4DJRA 2XFIA 5AH9A 5P7ZA 2OHRA 3L38A 3CIDA 2BPZA 1KJ7A 5P5RA 3TPRA 2WF2A 1GNOA 4Y4ZA 4J1CA 2I4XA 5P67A 4EP2A 5OZDA 5P59A 5P8RA 5P1QA 5P5GA 3EKPA 1FLHA 2NXLA 3L5DA 5I3YA 4H3JA 5P8FA 1HVHA 5DR3A 3OWNA 3NU6A 5AGZA 2ANLA 3VUCA 5P35A 4GJAA 1PSAA 2FGUA 4Q1YA 2QD6A 1YM2A 3DM6A 5P84A 5P75A 3QRMA 3OUDB 5P8SA 5P2BA 3OU1A 2RMPA 3OUAA 4X2LA 1VIJA 4TRZA 3EKTA 1B6PA 3OTYA 1KJGA 1W5YA 5P1UA 5OZKA 2R38A 3ZKNA 5P8JA 1FFFC 5P0HA 2AVVA 2Q63A 3VF3A 5P5OA 4EJ8A 3LHGA 1NPWA 3G6ZA 4RRSA 3KA2A 4GJ5A 3OQDA 1ZPAA 5P4SA 5P5FA 3UF3A 5P56A 5P1WA 4Y3FA 4J0YA 3TTPA 3GI6A 5P4LA 1DIFA 4BFBA 3R4BA 3HBOA 3PMUA 5P3EA 5P6CA 1A30A 4EQ0A 5OZXA 4GZFA 5P87A 5OYYA 1K6PA 4Y38A 4OD9B 5HD0A 1BXOA 4HDBA 5KR2A 3CIBA 1F34A 5OZ5A 2NXMA 4PYVA 2O4PA 1IZIA 3S85A 5P3JA 4TVGA 5P2XA 5P6VA 1WKRA 4I0GA 1GNNA 4RYCA 3O99A 4YBFA 4FSEA 4EJKA 4RCDA 5OYQA 5AHBA 4OC6A 1NPAA 2FDPA 2R5PA 4QJ2A 4I0IA 3Q3TA 3IN4A 3PCZA 1FQ5A 5OZRA 1EPME 4FM8A 2WHHA 3FX5A 3OUBA 2VA6A 2QZLA 5P3MA 7UPJA 5P2YA 1HPVA 5JODA 2QNQA 3MXEA 2OHSA 5OZJA 4LXAA 1IZDA 4FAFA 2ZJHA 2OHTA 4PHVA 3EL5A 1BDQA 5P4FA 3T6IA 4CPSA 5IS4A 5P44A 3MWSA 4Y4TA 4S1GA 5P40A 3BVBA 4H3FA 1OD1A 2XYFA 4A6BA 3UDPA 3SA8A 5P3GA 3EL4A 3H0BA 3TKWA 3L5BA 4DQGA 3BUFA 2AOIA 5P4JA 5P2ZA 5ISKA 4Q1XA 2QHZA 5P7XA 5P6OA 2ZHVA 3PGIA 5P16A 1K6VA 4JOOA 5P7CA 3D1XA 5KR0A 3GGXA 1C70A 2Q3KA 5P7EA 3JW2A 3ECGA 2ASIA 3O9LA 3UFLA 5HDXA 1DMPA 2QI5A 2IRZA 2VNNA 5P50A 4R91A 5P7WA 4DQCA 3D20A 5IVTA 3URJA 5ER1E 2BB9A 1XDHA 4J54A 5P0TA 3RTMA 3S45A 3SM2A 2R3TA 5I70A 3LZUA 5P80A 4TRWA 1MERA 4JP9A 1Z1HA 1TSQA 1FQ8A 1SP5A 2IENA 1LYWA 3ZKIA 5P7TA 5P0FA 2G94A 3O9GA 1W5XA 3OXWA 3PM4A 4Y47A 1HIVA 3MSLA 5OYWA 5P1AA 1VIKA 5P38A 5P1LA 4Y3HA 1HEGE 4F73A 2WF0A 2VKMA 2WEDA 3NXEA 2ZHTA 3NWXA 2O40A 5P2AA 3OHFA 4I8WA 1D4YA 4RVJA 4J1HA 4R92A 3S7MA 3HAUA 5P5QA 3FSMA 4Y48A 3Q70A 1QRPE 1SMEA 4CPRA 4Y3NA 1HTFA 3OUCA 1EC0A 5P7IA 2Q55A 2PH6A 2AVOA 1RNEA 2QU3A 2HIZA 1BDLA 4OBGA 2ZJMA 5P61A 2NXDA 3BC4A 5P6SA 4EHCA 1IVQA 3TH9A 5P5MA 5HE7A 3UQWA 1SDUA 2ER0E 4YOAA 2QAKA 5IE1A 2QP8A 2J9JA 3R1GB 2Z54A 5P3UA 4K8SA 2IQGA 4ZEAA 4YA8A 5JFPA 2PK6A 3D1YA 5P5PA 4RCEA 3R2FA 4YCYA 1HPXA 2VJ7A 3OTSA 5P1KA 3QPJA 2JXRA 5P8MA 5P7VA 1M4HA 5HU1A 3KDDA 4HA5A 2PSVA 4DJYA 4Y5MA 1YG9A 1EBZA 1B5FB 5P7JA 4GJ9A 5P8AA 4Y3RA 5P1SA 5P2RA 2V13A 2FDEA 3LIQA 1FKNA 3O9AA 4ACXA 5P2JA 3PWWA 5P5LA 4DPIA 1ENTE 2WL0A 4J1KA 3OK9A 1MTRA 1LYAA 5P0JA 5OZ6A 2IGXA 1ZTZA 3PEPA 3Q6YA 5P8QA 5P10A 1GNMA 4FM6A 2IDWA 4Y45A 4AZYA 4Q1NA 5P15A 4FRIA 2G20A 5P8HA 5OZ8A 1D4HA 3S8IA 1LF2A 4DQHA 2XFKA 5KR8A 3CKTA 5P2MA 5COOA 4RROA 5P2UA 4Y3LA 4EXHA 2ZHSA 5AH8A 5OZ4A 2Z4OA 3ZL7A 3BGCA 5P7BA 2Q5KA 1EC1A 1YTGA 1MT9A 3IGBA 5P2DA 2WEAA 4Y5GA 2NNPA 3K1WA 2B7FA 3TLHA 4Q5MA 1Q9PA 1Z1RA 3LITA 1OEWA 3OXXA 1ODWA 4I0DA 5P5VA 2HPEA 5I3VA 4ER4E 2Q11A 3PCWA 3ZKMA 1CZIE 1TCWA 5KOSA 5HE5A 1FFIC 5P8KA 1U8GA 1YM4A 2WF1A 4RCFA 3UQRA 4YD6A 5P2EA 5OZCA 2I4DA 1ZAPA 5P8UA 4XX4A 5P6ZA 5OZOA 4APRE 1D4IA 3TNEA 5P3IA 3S56A 1YX9A 5P1EA 3SLZA 3SPKA 5P4VA 5P5KA 5T4SA 3SKFA 5P1TA 1A9MA 2IKUA 4FCOA 1TZSA 4DQBA 2FXEA 2A1EA 1FF0C 5P81A 4I0HA 1HWRA 3UDYA 5JFUA 2HB4A 1AZ5A 3PWRA 4FM7A 2F81A 3T11A 3FNTA 5OZGA 4FRSA 5P5IA 2QMFA 4U8WA 5P24A 2A4FA 1EBYA 3OAGB 4PEPA 3QVCA 5P6FA 5SZ9A 3DUYA 5P0CA 4I0EA 3SAAA 1B6JA 4H3GA 1FMUA 2WKZA 5P0YA 4HLAA 4J0PA 5P22A 3FNSA 1HXBA 3LPJA 3FV3A 3IVIA 4AA8A 1B6LA 6APRE 3BGBA 2CEJA 1FQ6A 4Y3XA 1ZSRA 5IVRA 3L58A 4D85A 4CPXA 1PPKE 5P3NA 2QHCA 2FDDA 2Q54A 3INEA 5P2CA 3BUGA 2AZBA 3G70A 5OZZA 5P14A 2I4QA 3L59A 4GIDA 4K4PA 1MRWA 5P0NA 4K4QA 2SAMA 2FLEA 3TPLA 3QBFA 1HEFE 1UH7A 5P0LA 4Y43A 5P68A 5EZZA 3UTLA 3LPKA 1HBVA 5P6XA 5OYUA 5P0VA 3B7VA 3TOFA 3KFPA 5P8LA 4QJ8A 2VIYA 3UDHA 5P1DA 3CMSA 5P89A 3IXOA 5OZLA 4F75A 4FSLA 4Q1WA 4Y5CA 1MVPA 5P32A 5C9DA 5OYTA 1SH9A 3ST5A 4FRJA 3OOTA 5P7FA 3LZVA 4RVXA 2I0DA 4APEA 3JVWA 2BPWA 5P73A 4OBZA 3SM1A 2IL2A 5OZIA 3SABA 4YHQA 3SA7A 2VJ6A 4E43A 3OADA 3SA6A 3S54A 5DQCA 5P05A 2JE4A 2G1NA 2I4UA 5P6QA 4JPEA 2HB2A 5P53A 5P60A 3IXKA 4RVIA 1MT8A 2UPJA 1SDVA 5P2QA 5BWYA 4ZLSA 2QI4A 3OQFA 3KYRA 3ZKQA 5P48A 5AH6A 4Y3TA 1QDMA 4Y3AA 3ER3E 3BXSA 4DJUA 5P6DA 5P1PA 2ER9E 1UPJA 2BQVA 4K9HA 2G22A 5P6JA 1YTIA 5P0QA 3VG1A 3TKGA 4AA9A 5OZ1A 2V11C 5OZFA 5P5HA 2I1AA 3KT2A 1HOSA 3INHA 5P7QA 4GJ8A 4GJDA 3WZ8A 1BDRA 5P4OA 1IIQA 4R93A 3SACA 3PSUA 4AUCA 1XN3A 3LIYA 1NSOA 3ZLQA 4Y56A 1MUIA 4ZPFA 2VA7A 3PLLA 1XE6A 3Q5HA 3GI4A 5P4IA 3ZKSA 3OU4B 2QK5A 2NMZA 2F3EA 2WEZA 1ZJ7A 1AIDA 2B8VA 4Y58A 2QI3A 3NUOA 5P72A 4FGXA 4HDFA 5P13A 2V0ZC 1K2CA 1EC3A 3PLDA 5P0MA 4Y37A 1OHRA 3OXVA 4B70A 5P7HA 5P2TA 4TRYA 5OZNA 1PROA 3OY4A 2G27A 3N3IA 2BBBA 5P74A 4HZTA 4YDGA 5P2KA 2XYEA 5OYZA 5P3XA 2O4SA 4R8YA 1MRXA 2F3FA 1LYBA 4HVPA 4Y3MA 3OAGA 4OBHA 1GKTA 4YD7A 5P8BA 1AM5A 5P4TA 5P4AA 1A94A 3EKVA 4Y3PA 4Y39A 3PB5A 5P63A 5OZ3A 2QMPA 3RVIA 1EPPE 5P5BA 5ENMA 1MSMA 4XXSA 5P51A 5SY3A 4GB2A 4I10A 1HTRB 4FLGA 5HDVA 5P1YA 1APTE 1K6CA 4L1AB 3EL1A 4M8XA 4IVSA 4CPQA 2AZCA 4Y3QA 2PWRA 1FGCC 3GI0A 4Y4EA 2OHQA 3HAWA 1ODYA 4Y3JA 3KF0A 4QJAA 2JYSA 1C6YA 3UQUA 5OZTA 5P3YA 3UDNA 2FIVA 3EM6A 4J1FA 3UFNA 5P6EA 3DV1A 3NDTA 5P28A 3VSWA 1GVVA 5HE4A 4Z4XA 1C6XA 4UPJA 3H5BA 1EBKC 2QZWA 4MC6A 4QJ6A 5P5UA 4Y5PA 2O4LA 3A2OA 3BRAA 5P6WA 3UDQA 5P26A 1W5VA 1DAZC 2O4NA 4B1DA 2RENA 3OXCA 4Y4GA 4DJOA 5P03A 5P31A 1MT7A 1M43A 5B18A 3HLOA 3LPIA 1G35A 4B1CA 5P6AA 5P4BA 2P3CA 4TVHA 1HHPA 4M8YA 4EYRA 1OEXA 3GGVA 4H1EA 1HVJA 2QI0A 3HD8A 1DP5A 3VFBA 5DQ1A 2R3WA 3EKYA 5P7LA 3IVHA 5P23A 3EXOA 1PPLE 2F80A 1HVSA 3I25A 3NUJA 5DQ4A 1RL8A 1BVEA 1RQ9A 3N4LA 4DI2A 1MESA 3LZSA 5HU0A 3EMYA 2G1SA 4LC7A 1XN2A 4I0FA 4L7GA 5P3PA 5P83A 3PHVA 3HVGA 3OQAA 3URIA 3IN3A 3M9FA 3D1ZA 2QZKA 4CKUA 2PSUA 3VSXA 4A4QA 3OUDA 4CPTA 1WBKA 1KJ4A 4ER1E 1EPQE 5OZ0A 3HDKA 1YTHA 5P7OA 2ZJKA 5P62A 4FRKA 5P0WA 5P5CA 1T7JA 2QU2A 4MC1A 3OU4A 3NSHA 5P8VA 2IKOA 2ZGAA 2ZHUA 3T3CA 4B77A 2QI1A 3ZPSA 5P4NA 5P08A 5P34A 1EPRE 3EL9A 4B0QA 4Y4WA 1HTEA 4LL3A 5OYRA 3T7PA 2FXDA 5P4PA 5P2NA 3U7SA 5P4EA 5P43A 3IAWA 1LZQA 5P4QA 3GGUA 3EM4A 2G24A 2J9KA 4Y3EA 2ZJLA 3BHEA 2ZYEA 3S43B 1MIQA 1W6HA 2NMYA 5P79A 2P83A 4OD9A 2AVQA 4WY1A 3WZ6A 1ZSFA 5P33A 3RSVA 3SA9A 5KQZA 2RKFA 4Y5AA 4NKKA 1HVRA 4YOBA 4I0JA 5DGWA 2ER7E 1HVLA 1PSNA 3K4VA 5P8OA 5P8DA 2O4KA 4DJWA 4Y3SA 4EP3A 2B42A 4ZPGA 3ZPUA 5P5SA 5ENKA 5P3CA 3UDRA 1META 2PWCA 4EJLA 4KE1A 3CYWA 2OHKA 2QMGA 2JJIA 4YCKA 5P5JA 4Y4DA 3URLA 3UQPA 3TPPA 1BWAA 1IBQA 2Q64A 4J0ZA 1HVCA 4B00A 3KFNA 3INDA 4RYGA 3SA3A 3OGPA 1G0VA 2VS2A 5P42A 2ER6E 3NU3A 1UH9A 5P1FA 1M0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTN A;  1C6Z A;  3ZMG A;  2P3B A;  5OZA A;  5P27 A;  2QD8 A;  1E81 E;  1T3R A;  5BRY A;  3EKQ A;  3UQX A;  1D4J A;  3L5E A;  2OAH A;  4Y53 A;  5P3D A;  4YD3 A;  1TSU A;  1IDB A;  4FE6 A;  2HB3 A;  4JPC A;  1W51 A;  4U7V A;  5P77 A;  4Y35 A;  5P7G A;  5P7P A;  3VEU A;  3VF7 A;  5P5Y A;  5FIV A;  5P6M A;  1EPN E;  5P4X A;  1LYB B;  3NYG A;  4J17 A;  2G21 A;  3TL9 A;  1YTJ A;  5P49 A;  5OZE A;  1FG6 C;  2FGV A;  3MXD A;  4OBJ A;  3I6O A;  3LIV A;  5CLM A;  1HPS A;  1BWB A;  5KR1 A;  3LNK A;  5P29 A;  2BJU A;  3QP0 A;  3QAA A;  4OC6 B;  4GJC A;  2PH8 A;  4ZSR A;  5P8T A;  1AVF A;  5DR4 A;  4L6B A;  3PBZ A;  5PEP A;  5UPJ A;  5COP A;  5P18 A;  5ISJ A;  3INF A;  4DH6 A;  5P1V A;  4RGH A;  4Y4A A;  1MSN A;  5P3Z A;  1IZH A;  2APR A;  4ZSQ A;  3K5D A;  3SQF A;  2I4V A;  2MIP A;  5P2I A;  4J0T A;  5P2W A;  5OZP A;  4EWO A;  1EAG A;  1B6M A;  3PI0 A;  3CIC A;  4GMI A;  4OBK A;  4Y3W A;  5OZU A;  5C9B A;  1UH8 A;  5OZW A;  4BEL A;  4DJQ A;  1IDA A;  3L3A A;  5OZ9 A;  4Y5N A;  2AOD A;  1MEU A;  5P5N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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