1NSOA

Folded monomer of protease from mason-pfizer monkey virus
Total Genus 9
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
9
sequence length
107
structure length
107
Chain Sequence
WVQPITAQKPSLTLWLDDKMFTGLINTGADVTIIKLEDWPPNWPITDTLTNLRGIGQSNNPKQSSKYLTWRDKENNSGLIKPFVIPNLPVNLWGRDLLSQMKIMMAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Three-dimensional structure of a monomeric form of a retroviral protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Simian retrovirus 1
molecule keywords PROTEASE
total genus 9
structure length 107
sequence length 107
ec nomenclature ec 3.6.1.23: dUTP diphosphatase.
pdb deposition date 2003-01-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1nsoA00
5P0AA 5HCTA 1BWBA 1E81E 4FSLA 5P22A 4Y5KA 2OHSA 4H3IA 1FIVA 2F3EA 1DAZC 2Q63A 3TH9A 1GKTA 1FKNA 2AVVA 4J1HA 4OBZB 3O9EA 5P4EA 3OQKA 5P05A 1HTRB 3FV3A 3OUDA 1WKRA 5AH6A 2XFIA 4Z22A 2BKSA 4GJBA 1HSIA 3NU5A 5OZEA 1TSQA 4GJ6A 5P2YA 2V00A 4RCFA 5P0UA 3TPLA 2AOHA 5OZ5A 4GB2A 5P23A 1A30A 3A2OA 3WZ6A 3VYFA 1G0VA 5C9FA 1DIFA 5JFUA 4ACXA 1FQXA 2WEAA 4JP9A 5P7UA 3OK9A 5P1TA 3LZUA 2WEBA 5P3ZA 3KMYA 4RCEA 1A8KA 4LBTA 2ZHSA 4DV9A 5P2IA 5P3CA 3T3CA 5P12A 4Y4DA 1UH8A 2AOCA 3VV6A 5P62A 5P6FA 3NSHA 4Q1YA 5P4NA 5P8QA 5P8VA 4FM7A 3GI0A 3OHHA 1EPNE 1SIPA 3OXWA 2OHPA 2V16C 2Q55A 4ER4E 1HTGA 1EAGA 4CPXA 1EC0A 5FIVA 1IZEA 1EPRE 1IZHA 4GJAA 3O9HA 2I4WA 1D4SA 1HPVA 4LXKA 4RROA 4QJ8A 5P0GA 5P7JA 5P18A 3ZKGA 4YBFA 2OAHA 3ZMGA 2AZ9A 2OHLA 3LPKA 2WF1A 4OBKA 3OU1A 2WJOA 2QHYA 3AIDA 5P7BA 4Z4XA 5P3KA 3SQFA 4DJXA 3S43A 3IN3A 2IS0A 5KR1A 3C9XA 5HD0A 1XN2A 1IVPA 1KJFA 3QPJA 4I0ZA 1IIQA 3R0YA 2I0AA 2QMGA 5P0WA 3U71A 2J9JB 3UDHA 3K1WA 5P4ZA 5P1IA 2ANLA 1HSHA 4GJDA 5P1FA 5P2CA 3UFNA 3F9QA 4J55A 3LZVA 2FGVA 5P4UA 5P2HA 5P0KA 2QP8A 2Q11A 5P4TA 2FXDA 1APUE 3L5EA 5KQZA 2FNSA 2PWRA 1BVGA 4U7VA 2O4KA 3FNSA 5P4RA 2BPWA 4DJOA 5IVQA 2A1EA 3WB4A 1Z8CA 5P2BA 1CPIA 5P77A 3SA5A 4IVSA 5P80A 3SKGA 5P5BA 5EZXA 5P15A 4K4PA 4Y57A 4Y4WA 4OD9B 2PH8A 3OHFA 4RVXA 5OYRA 2O40A 3NU3A 5P5SA 3NXNA 4BELA 4J5JA 3VLBA 5AHAA 3KDCA 5I3VA 4FAFA 5P4FA 1W6IA 2IRZA 5BWYA 3HAUA 5P37A 1RNEA 5P5KA 1ZJ7A 3KM4A 3G70A 3RSXA 1SBGA 1A94A 2VS2A 3OU3A 3GGAA 4GJ7A 3OU4B 3EKQA 4EQJA 1HVKA 2BPZA 1M43A 3K5CA 5P0MA 4CMSA 5P6BA 4EPJA 2AVMA 3BUGA 4B05A 5OZPA 2QI7A 2AVSA 5P81A 4Q1NA 1MRWA 2G1YA 1FLHA 2PYNA 5P6CA 2Q5KA 3PI5A 3TLHA 1W50A 3URLA 4DQBA 4FRIA 5P7DA 4FIVA 4EJDA 3PMUA 4ZE6A 4Y4AA 3KFSA 4A6BA 3PLDA 2F3FA 5P0YA 4AZYA 4APEA 2I4UA 3OQFA 4Y3XA 5P2RA 1BV7A 1HVJA 2P8HA 5P5CA 5OZBA 1QDMA 2NTRA 5P3DA 1K6TA 3ZOVA 1LYWA 4LC7A 4DQGA 3NR6A 4EXHA 4YD3A 5P6PA 3RTHA 4J0YA 1LEEA 4PPHA 5P6HA 3SKFA 2FDEA 3I2LA 3OQAA 4Y3EA 3OOTA 5P2VA 1OHRA 1HSGA 2G26A 5P1PA 5P40A 5OYQA 4DH6A 3K5DA 4WTUA 2QU2A 4YCYA 1TW7A 4Y3FA 5DR7A 4WY6A 5P6OA 3HZCA 3EKVA 2QHCA 2IENA 4ZPFA 4B77A 2UPJA 2IKOA 4EJLA 4K4RA 5P56A 2H6SA 5P57A 4NJVA 3UPJA 1BILA 3IAWA 3L5FA 4HEGA 2AOGA 1CZIE 5P3OA 3VF5A 2NNPA 1NPAA 4QJ2A 4GIDA 4RVJA 5KR0A 4E43A 5P3QA 3INEA 5P6VA 5P5NA 1MSNA 5P6SA 5P8BA 5P5UA 5P6YA 1PPKE 4FRJA 5OYZA 4S1GA 1HIIA 3QVCA 4ZLSA 5DR8A 1ZSRA 2BQVA 1FG8C 4CPRA 2NR6A 3HBOA 1GNOA 4Y5PA 5P3FA 1N49A 3PCWA 2PQZA 2I0DA 5P1MA 3T7XA 5P1CA 4FCOA 5P16A 3B80A 3VEUA 2B7ZA 4Y5AA 3SA9A 3CYXA 4ER2E 1D4LA 5P52A 3PLLA 4B1EA 4CKUA 5P0IA 2O4LA 5P04A 5P36A 3R2FA 1M4HA 5DPZA 5P8EA 2ZJJA 4YHQA 4H1EA 4I12A 3S45A 3RVIA 2XYFA 2IDWA 1FMUA 1KJ4A 4YE3A 5P35A 4GJCA 1VIJA 3MWSA 5P1GA 5DR3A 2QU3A 1T6GA 1EPME 3O9LB 5P7YA 5KQXA 1HRNA 4H3JA 3BC4A 1NPWA 2VKMA 1SGUA 3H0BA 4FAEA 4N00A 3UDPA 1AZ5A 3QI1A 2PC0A 5P1WA 3ZPSA 1FF0C 1LF4A 5HE4A 5P6NA 1OEXA 3UF3A 1D4JA 1ME6A 5P73A 2QI4A 3UDYA 3LZSA 1LYAB 5P0LA 1DPJA 3PBDA 2IKUA 1AVFA 2QZXA 4CPUA 2I4XA 1APTE 1FFIC 1SH9A 5OZKA 1GNNA 3UTLA 1YTIA 3OXXA 2HC0A 3UHLA 1ZAPA 2WF2A 1MT8A 3APPA 5P2AA 5P00A 5P6UA 1B6LA 5P5MA 5P25A 4B0QA 4GJ5A 4Q5MA 4Y45A 5IVRA 5P4CA 5P8UA 5P0RA 5P5HA 1AXAA 2SAMA 2ER9E 3O9IA 7HVPA 3PWMA 2G20A 5DQ1A 2ZJHA 4FGXA 5P1XA 5P5RA 1T7KA 1YTJA 4JOOA 4ZSQA 1T3RA 4B78A 2R43A 5P5QA 5P54A 3PVKA 1SDVA 1HPSA 5P61A 4DPIA 4Y4ZA 2QD6A 3DV5A 1WBMA 2NXMA 2PMAA 5P6AA 4DJRA 3DK1A 4J54A 1BV9A 5OZSA 1LYBA 1UH9A 5P44A 5OZ1A 3T6IA 4ZPEA 4D83A 5P4JA 1HOSA 1YM4A 4Y47A 5OZWA 1BIMA 1QS8A 1AAQA 4NJTA 4XX3A 3SABA 2OHUA 3EKYA 4I0IA 5P6DA 3PGIA 1BBSA 1ODXA 3QBFA 4A6CA 2R3TA 5OZHA 1E82E 4EQ0A 4MC1A 3QRMA 2O4PA 3FNTA 4R5NA 5P0CA 1FG6C 5P5XA 1M0BA 3PM4A 3I25A 5HDZA 1ODYA 5C9DA 3Q6YA 4GYEA 3EKTA 4Y5GA 3QAAA 2XYEA 3QRVA 3OXVA 2OHNA 5OZOA 3NLSA 5P3PA 5P1NA 5P06A 1RQ9A 3URIA 5P38A 1YM2A 2P3AA 3OOZA 3INFA 3EBZA 3I7EA 5EZZA 5P0OA 2G1RA 4YD4A 1YTGA 4B00A 4OBHA 5P8AA 5P8DA 2ZDZA 2G94A 5P31A 3HW1A 4LXMA 1B5FA 3KT5A 3BGBA 3LINA 4YCTA 5DGUA 2G1OA 4J0PA 2PSVA 5P7RA 4ZSMA 2AVOA 3LIVA 2P3CA 4MC9A 1ZBGA 3ZPTA 5P3NA 5P7KA 1TSUA 4QJ6A 1PFZA 4DJPA 1W5XA 5P28A 1PPME 4M8YA 1AJXA 5P4HA 2G69A 1YTHA 3H5BA 4PYVA 3OUDB 5KR2A 1XE5A 4Y9WA 2V13A 3SA6A 3VSXA 3VYDA 5P3AA 5OZ3A 4MC6A 5OZAA 3TTPA 3BRAA 1HTEA 5OZFA 2PH6A 2QCIA 3MXDA 1HTFA 3PI0A 1GNMA 3Q3TA 5P83A 4YD6A 2QI3A 5P8HA 1PSOE 3BVBA 5P0DA 5P6MA 2PYMA 5P5YA 5P0XA 1PSAA 2FDDA 5P3LA 3UDMA 2AODA 1FB7A 2RENA 1ZPKA 5COKA 5P3MA 5KAOA 4Y6MA 5OZ9A 5P7PA 3SPKA 1MEUA 5P0ZA 5P49A 3T7PA 4K4QA 4DQCA 6APRE 5P0HA 1BDQA 4HDPA 5OZ6A 1W5VA 4Q1XA 5P2SA 5P66A 2RKGA 5CLMA 3APRE 5P39A 4AA8A 5JFPA 3GI4A 2IGYA 1FGCC 4Y4UA 1PPLE 1SP5A 3TPJA 1Z1RA 2VIYA 3NYGA 1HWRA 3RTNA 1JLDA 3ZKSA 2PK5A 2ZYEA 5P6GA 1K1UA 4EYRA 3DJKA 2WL0A 1IDAA 1W51A 2AQUA 4Y35A 5P26A 5OZIA 3K5GA 4RYCA 3K4VC 4FL8A 3D1XA 3QBHA 2NNKA 1C6ZA 2NMZA 1F34A 3OU1B 5APRE 3VV8A 3OXCA 3OY4A 5P7XA 1QRPE 5P2JA 3S43B 3SA4A 4Y3HA 5IVSA 3LZYA 2PSGA 2ER7E 3KFRA 3OTSA 4J17A 4NPUA 3TOFA 3SAAA 5OZVA 3FIVA 4DQFA 4I10A 3UQXA 3JVYA 4RZ1A 2QMDA 4EHCA 1EC2A 2ER6E 1KZKA 3LPJA 5P1KA 3CIBA 2FIVA 3LNKA 1MSMA 3LIXA 3R0WA 5P43A 5P4OA 2G21A 4LL3A 1HXWA 1NPVA 5P7IA 1B6JA 3VSWA 1KJGA 4Y5CA 5P3IA 4KUPA 4OBJA 1D4IA 2ZJNA 3LIQA 4CPTA 5HTZA 5P3RA 4JECA 4L7HA 1XL2A 1BXOA 5P33A 3S85A 3OGPA 5P0FA 4RCDA 5P1OA 3FKTA 3KN0A 5P8OA 3K4VA 2VNNA 5P13A 5P7AA 3S54A 4Y3PA 5P08A 4U7QA 5P2NA 5P6EA 5DQCA 5CONA 4Y41A 3LIZA 3EM3A 1C6XA 2ZE1A 4COEA 3OU4A 5P0JA 4Y44A 4OBFA 4KE0A 1EPLE 2VIJA 5KQYA 4EP2A 1WBKA 5OYTA 4NJSA 4DVFA 4D8CA 1GVWA 5P7MA 3JVWA 4I0FA 4I0GA 2R3WA 2VJ6A 2G1NA 3D1YA 5P4WA 5P68A 4DJQA 1MPPA 2JJIA 4L6BA 2I4VA 5P2WA 1FQ7A 5P5JA 3S2OA 1J71A 3MSLA 3O9CA 5P58A 5P70A 3WB5A 5P1EA 1APWE 4YDFA 3ECGA 5P5GA 4PEPA 1SDUA 3D20A 3BUHA 1EPPE 5P4XA 3TOGA 5I70A 5P4KA 5P4SA 5P10A 4YA8A 3UDJA 1NH0A 1K6VA 4TRZA 1K6PA 3EM6A 3OGQA 4Y4JA 1HBVA 3OAGA 1BVEA 1FQ5A 4FLGA 2I4QA 1GVVA 4DQEA 5HU1A 2QD8A 4Y3WA 3UDNA 1LYWB 5P3JA 5P4AA 5I3YA 5P1VA 2PK6A 3ZKMA 2AZ8A 1B6PA 3PB5A 3BHEA 4I0JA 5P69A 4AUCA 1FMXA 5P3HA 1C6YA 3NDUA 1RL8A 5P63A 4EXGA 4K9HA 5I3XA 5F00A 1FFFC 3Q5HA 1A8GA 4KB9A 1B6KA 1LV1A 3G6ZA 2JE4A 5P3GA 3RTMA 2I1AA 1A9MA 3EC0A 5P53A 5OZRA 5P7CA 5P8IA 3IXOA 4B1CA 1HVRA 1SDTA 3INHA 5OZNA 2AOIA 5P8FA 4QJ9A 5P09A 5DQ2A 4BFDA 1U8GA 2RMPA 4ZPGA 5P1ZA 3OQDA 5DGWA 4B1DA 3DOXA 5P3WA 5P32A 2ZHVA 5IVTA 4PZXA 5HU0A 3SM2A 2OHTA 1XL5A 3CKPA 5ENMA 4UPJA 1Q9PA 4R93A 2WF0A 3B7VA 3EXOA 1HEGE 5P48A 2OHMA 3VF3A 4DJYA 5DR4A 4Y3QA 3S56A 2FLEA 2J9KA 3WZ7A 4ZSPA 2BPXA 4H3FA 5P5LA 4BFBA 1FEJC 5P1YA 4DJUA 1FQ8A 4J1EA 1E80E 4EJKA 4Y5MA 2CEMA 1K2BA 2AOFA 4XX4A 1AM5A 1B6MA 2QI6A 4R8YA 3DV1A 1ZLFA 3L3AA 1MERA 5HDXA 2VNMA 5JG1A 1EPOE 5P7LA 5P65A 3QRSA 3VYEA 2BJUA 1MTRA 3PRSA 5P27A 5P3SA 5P7NA 1FQ4A 2FGUA 4HLAA 4J0ZA 4NPTA 3MSJA 4TVGA 5P7ZA 3T7QA 5P51A 2F8GA 3NXEA 2PSUA 4Y3JA 5P2XA 3ZKNA 3FNUA 3KFNA 5OZLA 2AIDA 4J0VA 5ER1E 3TPRA 1G35A 3NWXA 2G22A 3NUJA 3PMYA 3TKWA 3R1GB 3O99A 4AA9A 4EP3A 2AOEA 3IVHA 5HE7A 5KQFA 3U7SA 2HM1A 4FE6A 1K2CA 2V0ZC 4K8SA 1Z1HA 5P3VA 5JODA 1TCXA 3GW5A 2HPEA 3VG1A 3SM1A 3OADA 3SACA 1FQ6A 5P29A 4I0EA 5OYVA 2QK5A 4I0HA 2B8VA 2QNPA 5P5EA 4PZWA 3QIHA 4X2LA 2HS2A 5COPA 2BPVA 4Q1WA 2IL2A 1AJVA 4Y3GA 1BDRA 5OZ7A 3KDBA 5P2KA 1K1TA 2WHHA 2P3BA 4RVIA 2RKFA 3S7MA 5P11A 2G24A 4HA5A 3CIDA 3I6OA 1MTBA 2QI5A 3KYRA 5P88A 5P07A 5P2MA 5P4YA 1TCWA 3NUOA 4NKKA 5P3EA 2WF4A 4I8ZA 4GZFA 2Q15A 3DCKA 2R5PA 4YD5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0A A;  5HCT A;  1BWB A;  1E81 E;  4FSL A;  5P22 A;  4Y5K A;  2OHS A;  4H3I A;  1FIV A;  2F3E A;  1DAZ C;  2Q63 A;  3TH9 A;  1GKT A;  1FKN A;  2AVV A;  4J1H A;  4OBZ B;  3O9E A;  5P4E A;  3OQK A;  5P05 A;  1HTR B;  3FV3 A;  3OUD A;  1WKR A;  5AH6 A;  2XFI A;  4Z22 A;  2BKS A;  4GJB A;  1HSI A;  3NU5 A;  5OZE A;  1TSQ A;  4GJ6 A;  5P2Y A;  2V00 A;  4RCF A;  5P0U A;  3TPL A;  2AOH A;  5OZ5 A;  4GB2 A;  5P23 A;  1A30 A;  3A2O A;  3WZ6 A;  3VYF A;  1G0V A;  5C9F A;  1DIF A;  5JFU A;  4ACX A;  1FQX A;  2WEA A;  4JP9 A;  5P7U A;  3OK9 A;  5P1T A;  3LZU A;  2WEB A;  5P3Z A;  3KMY A;  4RCE A;  1A8K A;  4LBT A;  2ZHS A;  4DV9 A;  5P2I A;  5P3C A;  3T3C A;  5P12 A;  4Y4D A;  1UH8 A;  2AOC A;  3VV6 A;  5P62 A;  5P6F A;  3NSH A;  4Q1Y A;  5P4N A;  5P8Q A;  5P8V A;  4FM7 A;  3GI0 A;  3OHH A;  1EPN E;  1SIP A;  3OXW A;  2OHP A;  2V16 C;  2Q55 A;  4ER4 E;  1HTG A;  1EAG A;  4CPX A;  1EC0 A;  5FIV A;  1IZE A;  1EPR E;  1IZH A;  4GJA A;  3O9H A;  2I4W A;  1D4S A;  1HPV A;  4LXK A;  4RRO A;  4QJ8 A;  5P0G A;  5P7J A;  5P18 A;  3ZKG A;  4YBF A;  2OAH A;  3ZMG A;  2AZ9 A;  2OHL A;  3LPK A;  2WF1 A;  4OBK A;  3OU1 A;  2WJO A;  2QHY A;  3AID A;  5P7B A;  4Z4X A;  5P3K A;  3SQF A;  4DJX A;  3S43 A;  3IN3 A;  2IS0 A;  5KR1 A;  3C9X A;  5HD0 A;  1XN2 A;  1IVP A;  1KJF A;  3QPJ A;  4I0Z A;  1IIQ A;  3R0Y A;  2I0A A;  2QMG A;  5P0W A;  3U71 A;  2J9J B;  3UDH A;  3K1W A;  5P4Z A;  5P1I A;  2ANL A;  1HSH A;  4GJD A;  5P1F A;  5P2C A;  3UFN A;  3F9Q A;  4J55 A;  3LZV A;  2FGV A;  5P4U A;  5P2H A;  5P0K A;  2QP8 A;  2Q11 A;  5P4T A;  2FXD A;  1APU E;  3L5E A;  5KQZ A;  2FNS A;  2PWR A;  1BVG A;  4U7V A;  2O4K A;  3FNS A;  5P4R A;  2BPW A;  4DJO A;  5IVQ A;  2A1E A;  3WB4 A;  1Z8C A;  5P2B A;  1CPI A;  5P77 A;  3SA5 A;  4IVS A;  5P80 A;  3SKG A;  5P5B A;  5EZX A;  5P15 A;  4K4P A;  4Y57 A;  4Y4W A;  4OD9 B;  2PH8 A;  3OHF A;  4RVX A;  5OYR A;  2O40 A;  3NU3 A;  5P5S A;  3NXN A;  4BEL A;  4J5J A;  3VLB A;  5AHA A;  3KDC A;  5I3V A;  4FAF A;  5P4F A;  1W6I A;  2IRZ A;  5BWY A;  3HAU A;  5P37 A;  1RNE A;  5P5K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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