1ODWA

Native hiv-1 proteinase
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural Analysis of the Native and Drug-Resistant HIV-1 Proteinases Complexed with an Aminodiol Inhibitor
pubmed rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1odwA00
2QZXA 4Y57A 1SP5A 3K5CA 3ER3E 5P29A 1BAIA 1XN2A 2G1SA 5P1UA 5P38A 4CPUA 5P8LA 3TL9A 1WBMA 3UDPA 5P5OA 3KF0A 5P6JA 5P8KA 3OY4A 4CPRA 5P1WA 2OHMA 4YBIA 5P7FA 5P62A 4AA9A 1LV1A 2O4SA 1D4KA 4FIVA 4Y3LA 4Y44A 3ZOVA 3L5BA 5P3XA 5P23A 5P1EA 2AVOA 5P66A 1GVXA 2HAHA 1APTE 3KMYA 4YA8A 2OHSA 4TRZA 5P0ZA 4JOOA 4N00A 2G69A 3KN0A 3ZKMA 3BC4A 2RENA 3RU1A 5P7OA 1MTBA 2IKUA 2ZJIA 1TCWA 1MRXA 4DFGA 2AVVA 2QZLA 3KYRA 1MUIA 4HDBA 4H3GA 3GGAA 4FRJA 4Y3JA 4FSLA 5DQ5A 4HDFA 4OBZA 2P3DA 5TOLA 2OHPA 2OHQA 3EM6A 5OYTA 3L5CA 3TTPA 4CKUA 2F80A 3Q4BA 4A6BA 2FXDA 4DJXA 4B1CA 3PVKA 5P5DA 3U7SA 4X7IA 2NMYA 5OZ3A 1BWAA 5P0DA 3PWWA 5P5QA 2PH8A 5HTZA 4ZSQA 5JODA 4FGXA 2RKFA 5HU0A 5OZSA 1HSHA 5P2AA 3LZYA 5P8JA 3TH9A 5DPZA 2IDWA 2ZDZA 4HZTA 4D89A 1AAQA 1PPKE 5P07A 4LXKA 6UPJA 1YTIA 1ZPKA 5DR7A 5P4IA 4Y3ZA 2O4PA 5P49A 4BEKA 3GGVA 2VIJA 1HPXA 4Z2ZA 4QJAA 5KQFA 2AOGA 2A1EA 2QAKA 5P63A 4DPFA 5P30A 2HB3A 3SA4A 3FSMA 3LZSA 4CPQA 1U8GA 1T7JA 3WB5A 3SA6A 4L6BA 1D4YA 5P7WA 5IE1A 2QZKA 3CKTA 3D91A 1W6IA 2FIVA 4Y3PA 4DQEA 2OHNA 3MSKA 5P5JA 3VV7A 4J0VA 4NPTA 5P5MA 4QLHA 1YTJA 1BV9A 4F74A 3SA3A 3D1ZA 3QP0A 3D1XA 2B8VA 4FRSA 5P14A 5OZWA 4EJ8A 1IZEA 4Y4ZA 5P03A 3UDMA 2HPEA 2R9BA 3TOGA 4B0QA 3BUHA 3LINA 4DQGA 3HDKA 5OZBA 3I25A 4OC6A 5P5LA 3A2OA 5P3MA 1VIKA 4ZSPA 5P54A 2VS2A 1PSNA 5P1QA 5P5UA 1B6LA 4B1EA 5P1AA 5HVPA 3SKFA 5AH6A 3OADA 4YDGA 1HBVA 2WF2A 1MPPA 3SA5A 2AQUA 3O9LB 2PYNA 4LXMA 3LZUA 1WBKA 1D4SA 4L1AA 2VIZA 3S7LA 1EPOE 5P13A 2V00A 4Y5CA 1ZJ7A 3TPRA 2QNNA 2WJOA 1EPPE 2MIPA 3CMSA 5P8IA 4B70A 1AIDA 4IVTA 2V0ZC 3JVYA 1HWRA 3NDUA 2WF4A 4NPUA 4Y5GA 2WEBA 3OU1A 2V11C 2JJIA 5P1VA 5P05A 5P34A 1UH9A 3VFBA 4ZE6A 3WZ8A 3NWXA 3IGBA 4H3IA 1TSQA 2IRZA 4APEA 1PSOE 4Y48A 4J55A 3CIBA 3FNTA 4OBGA 2BKTA 4Y3TA 2V12C 3VG1A 5HE7A 5P1XA 2OHRA 5AHBA 5P8OA 3UQUA 1RPIA 3HW1A 5P6TA 5EZXA 5P1GA 3O99A 3GI5A 3ST5A 4F75A 4FAFA 4LP9A 4ZSMA 3DV5A 3TNEA 5P6IA 2R3TA 4Y4BA 5P3FA 5P1MA 4H3JA 3O9FA 2CEJA 1EEDP 1W50A 1EPME 5F00A 4Y37A 5P3HA 5E5KA 5EZZA 3OUBA 3OQDA 2IGYA 5P18A 3PBZA 5P2LA 4EPJA 4ZPEA 5P3KA 1Q9PA 2IL2A 3UFNA 1SDUA 5E5JA 2F3FA 3GI6A 2ZHRA 1APWE 1UH7A 2VA6A 5P48A 2NR6A 2OHLA 5HD0A 5P8QA 2IQGA 4EJDA 3PRSA 2ZHTA 1BV7A 5HU1A 3SACA 3PMUA 2WECA 3CYXA 4NJUA 1BVEA 3SPKA 2B8LA 7HVPA 1META 2PMAA 5DQ2A 3URIA 2H6SA 1EC1A 5DGWA 1FMUA 2VIEA 2XFKA 4Y3FA 3IVHA 1EPRE 3LIQA 5OZIA 5P1ZA 2PWCA 2F81A 4DJPA 5P1SA 1N49A 5P61A 3JVWA 3UQWA 2R5PA 5P4WA 2AODA 5P69A 3UDYA 4EP2A 3VYFA 3IVIA 1HRNA 1B6KA 4ZLSA 2ZJLA 3QRSA 4M8YA 4RYGA 5P53A 4PYVA 3LITA 5P5ZA 4J1EA 1QDMA 3O9CA 4Z22A 2NTRA 2QD6A 1AZ5A 2ZJHA 1G2KA 5OYSA 1TW7A 3S2OA 2G1OA 5P15A 1APUE 4GJ6A 1SMRA 4MC9A 4CP7A 3UHLA 5P8GA 4D83A 4Z4XA 5P74A 3ZMGA 5P0VA 1M0BA 4Y5KA 1SIPA 4U7VA 5ER1E 3UQPA 5P56A 2XYFA 5P5PA 1IDAA 5P3BA 1NPAA 1AXAA 3D1YA 2VJ7A 3GI0A 5P7XA 2WHHA 4KE1A 5P2OA 1ME6A 5P39A 4FRIA 3QVCA 4HVPA 3LIVA 5P19A 3FX5A 4I0ZA 4HEGA 1FB7A 1XE6A 3LPIA 3O9IA 5P1KA 3SM1A 4KUPA 5P6BA 2Q5KA 5P3QA 3N3IA 5ENKA 1B6MA 1HEGE 1Z8CA 5OZRA 3I2LA 5AHAA 3UDNA 3IA9A 3PM4A 5P2NA 2WEDA 5P67A 5P8CA 2VIYA 4GJ8A 5BS4A 3HZCA 5OZCA 2QHCA 5P3JA 1A8KA 3EBZA 3OQAA 5P28A 5P3IA 3ZKIA 5OZ0A 2QU3A 5DQ1A 4PZWA 5AGZA 5P55A 2B42A 2QI0A 5FIVA 4YD4A 3ZKXA 2R8NA 5P20A 2AVSA 4KE0A 2NNKA 1XDHA 2PC0A 1ENTE 5P2BA 3U6AA 4PEPA 5P2XA 5I70A 2XYEA 2I4UA 3ZL7A 2NPHA 3O9EA 2Q3KA 4I12A 2QU2A 4GYEA 5P86A 3AUPA 3ECGA 1D4HA 4MC2A 5P57A 1EBWA 3T7QA 3BUGA 4E43A 5P8DA 2I0DA 2PSUA 4YD3A 5P2RA 1MT7A 4WTUA 5P4ZA 3PSUA 2R43A 5P77A 4U8WA 3MSLA 4GJ5A 3S43B 5DGUA 2QHZA 1LYWA 5P1HA 4AMTA 4Y9WA 1CMSA 1GVUA 3CKRA 3L38A 5OZDA 5P7AA 1SIVA 4Y4DA 1HVLA 4YE3A 3LIZA 3OGPA 1GVWA 5P0OA 4COEA 3PHVA 4Z50A 1BDRA 4OBFA 2PYMA 4OBKA 2WF0A 2JJJA 3BGBA 3WZ7A 4J0TA 1DW6C 1IIQA 3LIXA 3QPJA 1FIVA 1OHRA 5OZFA 5P8BA 3CIDA 3QIHA 4Y56A 5P3WA 1KJ7A 1PFZA 5P4OA 5P4VA 1W51A 2QI7A 3UDRA 4JECA 2HM1A 3QBFA 1B11A 3APPA 5P8HA 5OZGA 1RV7A 2J9KA 4EQ0A 1K1UA 2G21A 5P09A 3PEPA 1KJHA 4EQJA 4R92A 5P33A 5SY2A 5P82A 5JFPA 3ZLQA 4RRSA 2QNPA 2BQVA 5P1JA 4Y5MA 3UDQA 4Y50A 5OZMA 5P0MA 5P1OA 3FV3A 4GJCA 4LC7A 3HLOA 5P6CA 1ZAPA 5P2VA 3MXDA 3G70A 4FM6A 5P5CA 3PLLA 3L59A 1IVQA 4Y4JA 4Q1XA 1E81E 5P25A 4J0ZA 1M43A 1MVPA 1C70A 3DUYA 5KQXA 4FCOA 5OZAA 2AOJA 4LXAA 3SABA 5P7GA 4DH6A 1IDBA 3INDA 1HTEA 1B5FB 1NPWA 1QBSA 4Y5LA 3T7XA 4Y53A 4D88A 3T11A 3L5EA 4DQFA 1MTRA 2F8GA 1B5FA 3DM6A 4GJ9A 1FQ4A 1HSGA 2WF1A 5P0FA 3PI5A 2FLEA 3HVPA 3RTHA 4DVFA 5P4UA 1LYBB 5P7LA 1YTHA 3VSXA 1HPSA 4J17A 5P7NA 5OZ2A 4Y47A 2QMPA 4ER4E 3KMXA 3DJKA 4DJVA 5P5XA 2AVMA 3IXKA 5HDZA 5OZ4A 5P0TA 3BXRA 4HA5A 4KB9A 4AA8A 1MT8A 1SGUA 5P24A 4B72A 2FNTA 3BVAA 3QROA 1UH8A 3KDCA 1BXQA 3VYDA 5P8SA 5P6QA 3PGIA 1FMBA 3MXEA 5P59A 4ACUA 8HVPA 5OZTA 4R93A 1YTGA 4FE6A 4GJDA 5P7UA 5OZHA 4Y3EA 1HHPA 1ZPAA 3M9FA 5P3EA 5P0RA 2B7FA 2ZE1A 2HB2A 1SDVA 4JPCA 2G27A 3VF7A 1HVIA 3QRVA 5P1IA 5P7EA 5OZ8A 5P7YA 4R95A 3F9QA 2Q55A 2ZGAA 2A4FA 4WY1A 5P2CA 5P41A 5P2GA 4GZFA 1NH0A 1PPME 2BPYA 5P79A 4H1EA 1KJGA 9HVPA 2VNNA 3APRE 4RZ1A 5P46A 2Q64A 3QAAA 5P1FA 4HE9A 2QI4A 3HAWA 3CICA 3S85A 5P7QA 3RSXA 2NXLA 2ZHUA 3EXOA 2BPVA 5P70A 3OWNA 4K9HA 5OZVA 3K4VA 4TVHA 2AZ9A 1BBSA 2F3EA 5P6XA 4WY6A 3G6ZA 5P0QA 2PSGA 3EL9A 3EM4A 3JW2A 3PLDA 2ZYEA 3DCRA 3NXEA 4YCKA 4Y51A 3EKPA 3L5DA 2R3WA 1K2BA 4Y54A 5DR0A 5P3GA 3VYEA 4I0EA 5P8FA 2ZJNA 3PWMA 1Z1RA 4I11A 5P2EA 5P4QA 5P6AA 3DOXA 3FKTA 1T7IA 4YD7A 1SGZA 2QZWA 1FQ6A 3S56A 5KQYA 3ZKGA 3PWRA 4YBFA 7UPJA 5OYRA 2FDEA 3NU6A 4TRYA 3OHHA 2VKMA 1G6LA 5P0HA 5P0GA 1GNOA 3Q3TA 3LPJA 2FDDA 3O9LA 2WKZA 1FQ8A 4Y4TA 1K6PA 2EWYA 2Q63A 4CPTA 2BPWA 4HLAA 5DQ4A 5P8TA 5P2QA 3IAWA 5P0PA 5P7BA 5P4HA 5OZZA 5P64A 3INEA 3EL1A 4YOAA 4YDFA 2ER9E 1W5VA 4R5NA 2QMGA 5P27A 2JE4A 5HCOA 3BVBA 3SKGA 5OZQA 1LS5A 1HXBA 3GW5A 2FGVA 5P3CA 4FAEA 1W5WA 3HD8A 2AZCA 4RVJA 3ZKQA 1VIJA 5P5AA 1XL2A 4DJWA 1XL5A 5IVQA 3NYGA 4K8SA 1OEWA 3TKGA 3K5DA 5P7CA 3Q70A 3OAGB 5P7MA 5P0NA 1ODXA 3OQ7A 5P6MA 5P37A 2JYSA 1FKNA 1MIQA 2HS1A 4DJUA 3S7MA 5P0CA 3LPKA 5P1NA 5P35A 2O4KA 5P5VA 4EWOA 5P4RA 5P1YA 4XKXA 2HC0A 5KR2A 3SA9A 3RTMA 4L7HA 2BBBA 4EYRA 3BUFA 1A8GA 5OZJA 5ENMA 3MWSA 4I8WA 2FNSA 5P2FA 4Y43A 4GJ7A 4B05A 3DK1A 5OZ5A 5AH9A 3T7PA 1TZSA 4Y3AA 2VNMA 3KFRA 4Q1WA 4YHQA 5KR0A 1M4HA 2HS2A 5KOSA 3OTYA 2QMFA 1WKRA 1FG8C 1UPJA 3OU4B 5P40A 4B78A 2OF0A 2IEOA 5F01A 4DJYA 4RRNA 5HDUA 1ZTZA 4RROA 1W6HA 3QI1A 1QBTA 3NWQA 1AM5A 3VSWA 3ER5E 1BDLA 3OUDB 3UQXA 5P11A 4RLDA 4J54A 2PQZA 1E5OE 5P3UA 1HIHA 1BWBA 3OTSA 4OBHA 5P12A 4I0GA 3NDXA 1APVE 3EC0A 1C6XA 1DMPA 1D4JA 2QNQA 2JXRA 5P6SA 2RSPA 5P04A 3O9AA 4FL8A 5P5BA 3NUJA 4RCDA 3TOFA 4I0FA 4Y35A 4ZEAA 5P6DA 4GJAA 3SA7A 5P32A 2I4VA 2R38A 4OD9B 3EKYA 3S53A 3KFPA 3NU3A 5KAOA 5P81A 1SH9A 1ZBGA 3R4BA 1Z1HA 2QK5A 1B6PA 4OD9A 5P2HA 5P89A 3ZPUA 1MEUA 3UQRA 5P2KA 4L7JA 1F7AA 3URJA 4FS4A 5KQZA 5P1DA 4Y5BA 3KDBA 2ZJJA 5P5FA 3K1WA 3HAUA 4D85A 3MSJA 1FGCC 5P71A 1MSMA 5J25A 1FQ5A 5P5IA 1SBGA 3BXSA 1ODWA 5P6UA 5DR1A 4PZXA 4RCEA 1B6JA 4Y3GA 2I0AA 5P2IA 1PROA 3I8WA 4YCYA 3UDKA 3TKWA 1MRWA 1GKTA 5P83A 5T4SA 4LHHA 5P16A 5P2MA 2G1RA 5OZKA 5OZ6A 4IVSA 4LBTA 2QD7A 4D8CA 4Y4UA 4DI2A 2B60A 3SA8A 3UFLA 4EXGA 4I8ZA 5P5EA 2FXEA 2ZHSA 2IKOA 3HVGA 1QRPE 5P0LA 1C6YA 5P2SA 6APRE 4I10A 1EC3A 1BXOA 4QJ7A 1MT9A 5P4SA 2OHKA 5I3YA 4Y4EA 5P4BA 2ANLA 3UF3A 1GNMA 1HVSA 1K6TA 5P4CA 2J9JB 5P50A 3BGCA 3S54A 5P2TA 3NR6A 3BRAA 2I4QA 4Y3RA 1DP5A 4QJ6A 3NU5A 1QBUA 5HE4A 5OZPA 2O40A 2IS0A 3NLSA 5P4YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QZX A;  4Y57 A;  1SP5 A;  3K5C A;  3ER3 E;  5P29 A;  1BAI A;  1XN2 A;  2G1S A;  5P1U A;  5P38 A;  4CPU A;  5P8L A;  3TL9 A;  1WBM A;  3UDP A;  5P5O A;  3KF0 A;  5P6J A;  5P8K A;  3OY4 A;  4CPR A;  5P1W A;  2OHM A;  4YBI A;  5P7F A;  5P62 A;  4AA9 A;  1LV1 A;  2O4S A;  1D4K A;  4FIV A;  4Y3L A;  4Y44 A;  3ZOV A;  3L5B A;  5P3X A;  5P23 A;  5P1E A;  2AVO A;  5P66 A;  1GVX A;  2HAH A;  1APT E;  3KMY A;  4YA8 A;  2OHS A;  4TRZ A;  5P0Z A;  4JOO A;  4N00 A;  2G69 A;  3KN0 A;  3ZKM A;  3BC4 A;  2REN A;  3RU1 A;  5P7O A;  1MTB A;  2IKU A;  2ZJI A;  1TCW A;  1MRX A;  4DFG A;  2AVV A;  2QZL A;  3KYR A;  1MUI A;  4HDB A;  4H3G A;  3GGA A;  4FRJ A;  4Y3J A;  4FSL A;  5DQ5 A;  4HDF A;  4OBZ A;  2P3D A;  5TOL A;  2OHP A;  2OHQ A;  3EM6 A;  5OYT A;  3L5C A;  3TTP A;  4CKU A;  2F80 A;  3Q4B A;  4A6B A;  2FXD A;  4DJX A;  4B1C A;  3PVK A;  5P5D A;  3U7S A;  4X7I A;  2NMY A;  5OZ3 A;  1BWA A;  5P0D A;  3PWW A;  5P5Q A;  2PH8 A;  5HTZ A;  4ZSQ A;  5JOD A;  4FGX A;  2RKF A;  5HU0 A;  5OZS A;  1HSH A;  5P2A A; 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 4FRI A;  3QVC A;  4HVP A;  3LIV A;  5P19 A;  3FX5 A;  4I0Z A;  4HEG A;  1FB7 A;  1XE6 A;  3LPI A;  3O9I A;  5P1K A;  3SM1 A;  4KUP A;  5P6B A;  2Q5K A;  5P3Q A;  3N3I A;  5ENK A;  1B6M A;  1HEG E;  1Z8C A;  5OZR A;  3I2L A;  5AHA A;  3UDN A;  3IA9 A;  3PM4 A;  5P2N A;  2WED A;  5P67 A;  5P8C A;  2VIY A;  4GJ8 A;  5BS4 A;  3HZC A;  5OZC A;  2QHC A;  5P3J A;  1A8K A;  3EBZ A;  3OQA A;  5P28 A;  5P3I A;  3ZKI A;  5OZ0 A;  2QU3 A;  5DQ1 A;  4PZW A;  5AGZ A;  5P55 A;  2B42 A;  2QI0 A;  5FIV A;  4YD4 A;  3ZKX A;  2R8N A;  5P20 A;  2AVS A;  4KE0 A;  2NNK A;  1XDH A;  2PC0 A;  1ENT E;  5P2B A;  3U6A A;  4PEP A;  5P2X A;  5I70 A;  2XYE A;  2I4U A;  3ZL7 A;  2NPH A;  3O9E A;  2Q3K A;  4I12 A;  2QU2 A;  4GYE A;  5P86 A;  3AUP A;  3ECG A;  1D4H A;  4MC2 A;  5P57 A;  1EBW A;  3T7Q A;  3BUG A;  4E43 A;  5P8D A;  2I0D A;  2PSU A;  4YD3 A;  5P2R A;  1MT7 A;  4WTU A;  5P4Z A;  3PSU A;  2R43 A;  5P77 A;  4U8W A;  3MSL A;  4GJ5 A;  3S43 B;  5DGU A;  2QHZ A;  1LYW A;  5P1H A;  4AMT A;  4Y9W A;  1CMS A;  1GVU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LF2 A;  4I0D A;  3KFS A;  2I4W A;  5KOQ A;  4F76 A;  4QGI A;  2QCI A;  1MER A;  1ZSF A;  4Y3Q A;  5P5Y A;  5P10 A;  5C9B A;  5COP A;  1ER8 E;  3SLZ A;  3QRM A;  3VEU A;  5IVR A;  1JLD A;  5P44 A;  3K5G A;  3SFC A;  5P3L A;  5P4A A;  2AOH A;  4B1D A;  4OBD A;  3OU4 A;  5KR8 A;  1G35 A;  1K6C A;  1HVC A;  5P7H A;  2OAH A;  5P51 A;  3O9B A;  5P3V A;  2QD8 A;  4ER2 E;  1XN3 A;  1BIM A;  2AZ8 A;  3TPL A;  3UDJ A;  5P3P A;  3OUD A;  4NJS A;  1W5Y A;  4I0J A;  2Q54 A;  3UDH A;  3OXW A;  2VJ9 A;  1T7K A;  1EPN E;  4R8Y A;  5CON A;  1HVK A;  5P0S A;  1IZI A;  3O9H A;  1HTR B;  3N4L A;  5P6V A;  4EJK A;  3URL A;  1K1T A;  1RNE A;  2XFI A;  2P3A A;  5AH7 A;  3PBD A;  3OQK A;  1HII A;  5P3A A;  2VJ6 A;  3PCZ A;  5C9F A;  1LYA B;  4Y3W A;  4J1C A;  4Y3H A;  3R0Y A;  2Q11 A;  2G1Y A;  1YM4 A;  2UXZ A;  4EP3 A;  5P7R A;  3WB4 A;  6FIV A;  1LYA A;  5P6R A;  3ZPT A;  2WL0 A;  3BHE A;  4DUS A;  4DJR A;  1GVT A;  4Y5P A;  4YD5 A;  2H6T A;  5P0X A;  5P88 A;  2QHY A;  3EMY A;  3C9X A;  5P4G A;  5P78 A;  2QP8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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