1ODYA

Hiv-1 protease complexed with an inhibitor lp-130
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGAWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Toward a universal inhibitor of retroviral proteases: comparative analysis of the interactions of LP-130 complexed with proteases from HIV-1, FIV, and EIAV.
pubmed rcsb
molecule tags Aspartic protease
source organism Hiv-1 m:b_hxb2r
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1998-07-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1odyA00
3GGUA 5ENMA 4IVSA 3OQ7A 5SXNA 5P89A 2RKGA 2ZJMA 1Z1RA 3WB4A 1GKTA 5P0FA 5OZOA 1A8KA 2VIYA 4MC2A 4OC6A 3R2FA 1FQ5A 4Y4GA 3Q70A 5P2SA 3DUYA 3NYGA 5DR0A 1EC2A 1UH7A 1UH8A 5P7WA 5P6GA 3S2OA 3N3IA 3LIZA 1HVRA 4QJ8A 4JECA 1LS5A 5P2BA 2Z54A 1XL2A 1HOSA 3EKWA 5P3IA 5OYTA 2J9JA 1K2CA 3OADA 4BFBA 4QJAA 5EZXA 4DJOA 2ZYEA 3INEA 5P1GA 3O9LA 1T6EX 2PSUA 1GVTA 5OZ6A 4Y6MA 5OZCA 5P0EA 4HDFA 5OZFA 4EJ8A 4ZPEA 5KQZA 3OWNA 5P2ZA 3L58A 5P0RA 3OHHA 4OC6B 5P4XA 2F3FA 5P8PA 2FIVA 3SA7A 3OXXA 5P6RA 4B05A 1XDHA 4FL8A 4CPWA 2J9KA 4H3JA 4DPFA 2CENA 5P68A 1MUIA 5JODA 1YT9A 4LC7A 3OQKA 4H3GA 4FIVA 3RSXA 5P2OA 2QCIA 1HEGE 3PCWA 1W5WA 2J9JB 2G94A 3EL4A 3OADB 4I0JA 4LP9A 3U6AA 3ZKSA 2A1EA 3K5CA 4Y4UA 5P1PA 3L5BA 1PROA 3O9LB 5P07A 2PYMA 4Y36A 3OQFA 2WEBA 4HEGA 1GNOA 4B77A 5AH9A 5P2DA 3T3CA 1QBUA 1YM4A 4I12A 1AVFA 2G1YA 5OYRA 3UDPA 2G27A 4QGIA 3GGVA 2WL0A 4Y4TA 5OZ2A 5P1VA 5OZ9A 4J0TA 4Y3TA 5P0XA 5P3AA 1EC0A 1KJHA 2F8GA 5P2RA 4GYEA 4DI2A 5DQ2A 2XFKA 2VS2A 5P0BA 1ZSRA 3KT2A 1HPOA 3PVKA 3NUOA 3ZPSA 2I4DA 1DPJA 4Y3HA 4S1GA 5P57A 5P0CA 1HIVA 4Q1YA 5P0GA 3HD8A 1FLHA 3PRSA 4Y3LA 5P1OA 4EP2A 2HM1A 5P5YA 1IZDA 1M43A 1K6CA 4Y4JA 3D3TA 1VIJA 5P5AA 5P3SA 5P5QA 3VF3A 1A30A 3QROA 5P5UA 5P8NA 1FMXA 1XE5A 1C6YA 3L5FA 4J1FA 3PHVA 1WBMA 5P26A 4J17A 5P7YA 2QAKA 2OHUA 5P82A 5P3DA 2BPWA 2VIEA 1LEEA 5P74A 3CKRA 1HVLA 3HW1A 5OZNA 2QI6A 5OZGA 1DMPA 4RROA 4MC9A 3OUDA 3EKYA 3LIVA 3VYDA 3Q6YA 3FSMA 1M4HA 4DH6A 5P6MA 2ZJLA 5F01A 3BXRA 3NR6A 3KF0A 2V00A 1MEUA 3VUCA 1FQ7A 2BPVA 2ANLA 5P6IA 2FGVA 1BDLA 5P1FA 2V12C 2HC0A 1HTRB 3KFSA 5HDUA 5P75A 1YTIA 4GMIA 5P3QA 4Q1NA 2ZJIA 1XS7D 4J0PA 4RZ1A 5P2XA 3OUDB 3SLZA 3WZ7A 1HVKA 1HHPA 1QBRA 2AOIA 4HVPA 1LV1A 5P3KA 5OZZA 1QDMA 4Y9WA 5P49A 2JJIA 5I3XA 2QI5A 4EXGA 3PLLA 2NNPA 5P4UA 4EP3A 5P4AA 1YTGA 1EPPE 4GJ5A 2IGXA 5P7SA 3I25A 5OZ1A 4L7GA 4Q1XA 4EQ0A 4RCFA 1FQ4A 5I3WA 4YCTA 1Z1HA 5KR1A 5P4VA 3QBFA 5P05A 4NJTA 4Y5KA 3EL9A 5P60A 5P54A 2V0ZC 5JFPA 4RYCA 3GW5A 4I1CA 5COKA 5P0JA 5SZ9A 5P0DA 4NKKA 3EKPA 5P1BA 1PSOE 4Z2ZA 5P87A 1RV7A 5P17A 5P36A 3T7XA 2WF4A 4IVTA 3KFPA 5TOLA 1YM2A 4APEA 1NSOA 5P7RA 5P6BA 4Y5LA 1GNMA 3K5GA 3BRAA 3GGXA 2OHLA 3INFA 2ZHUA 1NPWA 5OZ7A 1HIIA 5P8RA 4YCYA 5P1TA 5P34A 4OBJA 3NU5A 3NXEA 5OYZA 5P8IA 2FLEA 5P3RA 4XX3A 5P6SA 4A6BA 5HE4A 1TSUA 2FMBA 3VF5A 5P7TA 5IVTA 4R5NA 5P2IA 2ZHTA 5P4IA 3S53A 4JOOA 4RRSA 4TRZA 4WY6A 1EC3A 2FXDA 3C9XA 5P32A 3VV7A 3S54A 4I8ZA 1WBKA 3BHEA 5IE1A 1B6LA 1B6KA 2NTRA 2BPXA 6APRE 2HB2A 5COPA 4Z50A 1MT8A 5P5IA 3PWWA 3QRSA 3PSGA 2RENA 4Q5MA 3SM1A 1HSIA 5P73A 4D88A 2QMPA 4Y3EA 4PEPA 5P8LA 3KFRA 3DK1A 4Y48A 3UCBA 2OHQA 2WEZA 1K6VA 1PSAA 4I8WA 2JYSA 4J0YA 1TSQA 3QPJA 2I4UA 4YDGA 2R8NA 3OUBA 3I2LA 5DQ4A 2OHPA 3APPA 5P2LA 5P20A 5P72A 2BKTA 3UDYA 4B78A 3KDDA 3NDWA 3INDA 5AH8A 3DV1A 2HB3A 5P6YA 3HVPA 3K1WA 4EJKA 3URLA 3FNUA 3KN0A 2ZHSA 2AVVA 2QK5A 4ZIPA 4H3IA 4OBGA 2OHKA 2ZHVA 4Y58A 5HDZA 3ZKGA 3G6ZA 4DFGA 1W5VA 5P0TA 2VNMA 5P5FA 3OTSA 3LHGA 2AOJA 1FQ8A 1RL8A 2R3WA 3H5BA 2R9BA 3LIYA 1DIFA 1BVGA 3EC0A 4NPTA 3OU3A 3ER3E 5P6ZA 5E5JA 1QS8A 5OYSA 5P4CA 3BGBA 3VV8A 4Y4DA 3RSVA 2AZ8A 4Y3XA 3PBZA 1ZBGA 3LZYA 5T4SA 3VV6A 1MTBA 4YD3A 2NPHA 5P7CA 5P8JA 4ER4E 2O4LA 5P7PA 3UDNA 4GB2A 4B1CA 3F9QA 1ZJ7A 4FLGA 5P4TA 1EBYA 5C9FA 1OD1A 3RTHA 5P33A 3JW2A 2AOCA 5P43A 3T7QA 5P6JA 5P4BA 4DJPA 3URIA 3SACA 3CICA 5P8OA 4EQJA 1TCWA 2QMGA 1SP5A 5P7IA 4RCDA 3ZKIA 5P4LA 3T7PA 3S85A 2XYEA 4BFDA 3SABA 2APRA 3L5EA 1D4KA 1LZQA 5P7NA 5P8SA 1KJGA 1SIPA 3M9FA 1HPSA 5P3YA 1BBSA 4ZPFA 3EL5A 1FG8C 5P7FA 2ER7E 2FNTA 5P18A 4K4RA 2IKOA 1IZIA 3PCZA 1LF2A 5DR3A 4CPUA 1FQ6A 1GNNA 5P30A 5P5RA 3KDCA 4ZSPA 4HLAA 3NDUA 1ZSFA 1FG6C 3QS1A 5P4YA 5P3HA 4WY1A 5P01A 3VCMA 4Y3FA 4RRNA 5P8DA 1HSGA 3DM6A 5P83A 2BPYA 5P8FA 2IL2A 2QU2A 4I0DA 4OBZA 4Y3PA 5P7AA 4AA8A 4ZSRA 3LIXA 4F75A 3NLSA 4BELA 5HU1A 3HVGA 5P84A 4EXHA 4Y50A 2WF1A 1B6PA 4Y5GA 2NXLA 4HE9A 4U7QA 5P7GA 3SA6A 1EPLE 2I4VA 1BWBA 2QU3A 3DJKA 2QMDA 5AH6A 3LITA 1APUE 2QMFA 2NNKA 1MRWA 5P7HA 1BILA 3NUJA 5P1CA 3EBZA 4J1IA 5P1EA 5HU0A 5KR0A 1BAIA 5P5DA 2OAHA 1MERA 5P5KA 5P0LA 4YE3A 5P55A 1K1TA 4OBZB 5OZQA 5P0SA 5OZYA 1BDQA 4D85A 2PWRA 5HD0A 3LIQA 4NJUA 1ENTE 4ACXA 5I70A 5P8GA 2VA5A 3BUFA 4GJ8A 4XKXA 1AJXA 1KJFA 1BXOA 4BEKA 2G1SA 2G1OA 5EZZA 5OZVA 2AOEA 3TLHA 1YTHA 3KYRA 2ZDZA 5CONA 5P16A 5P2JA 2AOGA 2IGYA 1FQXA 2UPJA 3LZUA 5P8QA 3TNEA 4CPQA 3WZ8A 4EJDA 5P2YA 5DR7A 1FB7A 2P3CA 2R5QA 3VSXA 5P6AA 5P7BA 5OZDA 3CKTA 4Y57A 3EKVA 5P29A 4Q1WA 4FRSA 1IBQA 4Y38A 5KAOA 2RMPA 1OEXA 5P5PA 1AM5A 4D83A 1SIVA 4Y3QA 5SY2A 5P8BA 5P02A 2R43A 2FDEA 5P1NA 3DV5A 3HBOA 2OHTA 2BJUA 3PI0A 1E81E 5P3WA 3O9GA 2BPZA 5P5VA 3HAWA 4U7VA 1C6ZA 3A2OA 4Y47A 5P2AA 3T6IA 1E82E 1IZEA 5JG1A 3KT5A 1Q9PA 2P3DA 5OZEA 3L5DA 3MXEA 5OZRA 3VSWA 1A94A 1DW6C 1NPAA 2PWCA 5DR8A 2QD8A 5P4SA 1UH9A 2ASIA 5CLMA 1B5FA 3SA9A 2F3EA 1HTFA 3Q3TA 1T6GA 3OQAA 2IQGA 3I6OA 2FGUA 4Y4XA 3OGPA 4F74A 2I4XA 1HVJA 3LPJA 1AXAA 5P3JA 1FEJC 5P19A 3MSJA 1GVVA 2QZLA 5P3ZA 2BBBA 3SA8A 5P4WA 4FAFA 4R95A 1APWE 4J54A 2A4FA 2EWYA 4RGHA 5P6PA 3SKGA 5P63A 3VF7A 3GI5A 3QAAA 5P88A 3UQPA 1B5FB 1HTGA 3TPLA 1T7JA 5P1DA 5P6TA 4EPJA 3K4VA 1XL5A 5P2UA 4PYVA 3S45A 2QZWA 1HPXA 5OZ8A 4CPRA 3G72A 5HCTA 3R4BA 4U8WA 5OZLA 5C9DA 4Y41A 5P2HA 5P42A 5P5HA 1K1UA 4Y35A 2F81A 2WJOA 2JJJA 2XFIA 2QI1A 5P8MA 4CP7A 5P4JA 4YOBA 1BV9A 5P24A 4ZEAA 3EKTA 1D4LA 3OXWA 2HS1A 2ZJKA 4XX4A 1EPRE 3LPIA 3DCRA 1MSNA 2ZGAA 3UFLA 3RTNA 1EPME 4QJ9A 4Y4WA 2PQZA 2RSPA 2PC0A 4E43A 3BVAA 1HVIA 1MESA 2R38A 5P2GA 1UPJA 5ISKA 5P3PA 4Y51A 3PLDA 1APTE 2Q63A 4X2LA 2FDDA 5P2FA 5P8HA 4R93A 4YD7A 1BWAA 2AVSA 5P7OA 1ZAPA 3G70A 6FIVA 5P28A 4B00A 2VIJA 4NJSA 2AZCA 5P5BA 5P8AA 1HXBA 3SQFA 1SDVA 1Z8CA 3HAUA 4F76A 2VNNA 3K5DA 5C9BA 8HVPA 3TTPA 3FNTA 5P1SA 4YHQA 2O40A 2WEAA 9HVPA 3QVIA 4K4PA 2OF0A 1MRXA 2VA6A 1FFIC 2B42A 5DQ1A 3HZCA 5APRE 1MT7A 2CEMA 3TPPA 2V16C 3JVWA 3NDTA 5P15A 1F7AA 5P5ZA 1KZKA 3MSKA 5P06A 3D91A 4QJ7A 2G1NA 2VJ6A 4DJXA 5SY3A 4GJ6A 4KUPA 3OTYA 1SH9A 1NH0A 5P0PA 3OUAA 4JPCA 2Z4OA 5OYVA 3O9BA 4NJVA 5P0QA 4HDPA 1HXWA 1HVHA 1W5YA 3D1XA 4AMTA 4Y3RA 3VLBA 1G6LA 3PMUA 5P4QA 1IDBA 3QRVA 5P11A 5P4DA 3UDKA 1HSHA 5P1IA 5P52A 2OHNA 5P5CA 4DJVA 3UQWA 2ZHRA 3QVCA 5P0NA 1RNEA 1LYAA 2B8VA 3GI4A 4DQHA 4DQCA 4Y3JA 4Y4BA 1QBSA 4H1EA 5P40A 4Y53A 5P2NA 4PHVA 1FIVA 4Y3SA 4RVXA 1T3RA 3VFBA 5P66A 1HBVA 1A8GA 5P5NA 7UPJA 2QHCA 2IS0A 5DR4A 3S56A 5P85A 2Q11A 3LZVA 2V11C 1CMSA 5KQXA 1EPQE 3IXJA 4DQEA 5OZSA 1BXQA 3D1ZA 2G20A 5P1WA 4LHHA 5OZMA 2PYNA 3KA2A 2HB4A 4GJAA 2WECA 4J0ZA 5P3TA 3INHA 2QNNA 1D4IA 3OAGA 2B8LA 3LNKA 1LYAB 1PPME 5P37A 3OOTA 4MC6A 4DJYA 3ZKQA 5P2QA 3NSHA 4R92A 3R1GB 5P1AA 3UQRA 3OU1A 1MVPA 5B18A 3O9FA 5P04A 3U7SA 4QLHA 2OHRA 2AODA 2NXMA 2P4JA 5P6WA 1G35A 4J5JA 1EBZA 1PSNA 5P2CA 5P3BA 3EKQA 5P61A 5P2MA 5P62A 5OZUA 3TPRA 2WEDA 2VJ9A 2H6TA 5P1YA 3KMXA 3ZOVA 5P1KA 4YD5A 4B0QA 2BQVA 4Y43A 5UPJA 5HCOA 5KOQA 4HZTA 2JE4A 2NMYA 5P79A 4ER1E 3IVIA 4X7IA 5P5TA 5P6HA 4EHCA 4L1AA 3OOZA 4Y5EA 2QP8A 1JLDA 3QN8A 3FX5A 3OU1B 5P46A 5P7EA 2PH6A 3KMYA 4FRKA 2HIZA 3PSUA 5P67A 3RVIA 3CYWA 1YG9A 2G21A 2IDWA 1ZPKA 5P2KA 1D4SA 2H6SA 2IENA 3OK9A 3NU3A 5OZ4A 2O4KA 4LBTA 4R91A 5P0VA 5P70A 5P8UA 5IVQA 5P86A 1U8GA 2Q5KA 4A4QA 3EL1A 5P44A 4Y56A 5P4ZA 5P47A 5OZXA 4FS4A 4M8YA 5P4FA 3FNSA 5P8CA 4HDBA 2IRZA 4J55A 5P3UA 5P6FA 5ENKA 3L5CA 5P3FA 2WHHA 3NXNA 2P3BA 2AQUA 6UPJA 1AIDA 1NPVA 4K9HA 1RPIA 4Y5AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GGU A;  5ENM A;  4IVS A;  3OQ7 A;  5SXN A;  5P89 A;  2RKG A;  2ZJM A;  1Z1R A;  3WB4 A;  1GKT A;  5P0F A;  5OZO A;  1A8K A;  2VIY A;  4MC2 A;  4OC6 A;  3R2F A;  1FQ5 A;  4Y4G A;  3Q70 A;  5P2S A;  3DUY A;  3NYG A;  5DR0 A;  1EC2 A;  1UH7 A;  1UH8 A;  5P7W A;  5P6G A;  3S2O A;  3N3I A;  3LIZ A;  1HVR A;  4QJ8 A;  4JEC A;  1LS5 A;  5P2B A;  2Z54 A;  1XL2 A;  1HOS A;  3EKW A;  5P3I A;  5OYT A;  2J9J A;  1K2C A;  3OAD A;  4BFB A;  4QJA A;  5EZX A;  4DJO A;  2ZYE A;  3INE A;  5P1G A;  3O9L A;  1T6E X;  2PSU A;  1GVT A;  5OZ6 A;  4Y6M A;  5OZC A;  5P0E A;  4HDF A;  5OZF A;  4EJ8 A;  4ZPE A;  5KQZ A;  3OWN A;  5P2Z A;  3L58 A;  5P0R A;  3OHH A;  4OC6 B;  5P4X A;  2F3F A;  5P8P A;  2FIV A;  3SA7 A;  3OXX A;  5P6R A;  4B05 A;  1XDH A;  4FL8 A;  4CPW A;  2J9K A;  4H3J A;  4DPF A;  2CEN A;  5P68 A;  1MUI A;  5JOD A;  1YT9 A;  4LC7 A;  3OQK A;  4H3G A;  4FIV A;  3RSX A;  5P2O A;  2QCI A;  1HEG E;  3PCW A;  1W5W A;  2J9J B;  2G94 A;  3EL4 A;  3OAD B;  4I0J A;  4LP9 A;  3U6A A;  3ZKS A;  2A1E A;  3K5C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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