1OEXA

Atomic resolution structure of endothiapepsin in complex with a hydroxyethylene transition state analogue inhibitor h261
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
329
structure length
328
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Atomic Resolution Analysis of the Catalytic Site of an Aspartic Proteinase and an Unexpected Mode of Binding by Short Peptides
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords ENDOTHIAPEPSIN
total genus 87
structure length 328
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2003-03-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1oexA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1oexA01
5P07A 3D3TA 5P3WA 3TPJA 4JPCA 5P17A 4QJAA 3D20A 2OHPA 1KJ4A 3OUCA 5OZQA 2QI7A 5P2IA 4HVPA 5P2RA 5SY3A 2I1AA 2V13A 5P1HA 1D4JA 2WEZA 5P0OA 1W6IA 1BDRA 5P3GA 3QRVA 1ME6A 4LXMA 4RCEA 5P7VA 4Y51A 1Z1HA 1ZLFA 5P0DA 5P88A 5P6EA 4A4QA 4APRE 2WF1A 3NXEA 3N3IA 5KQFA 5P0HA 2VJ9A 3TPPA 4DVFA 3NDTA 2O4SA 3EBZA 5P3DA 3O9EA 3CMSA 4Y39A 3LPKA 2IS0A 2OHLA 2ER0E 5P4CA 3EKQA 5P32A 1B5FB 1KJFA 2PK5A 1HIVA 5P15A 3OHHA 4Y5NA 4Y50A 4FRSA 2I0AA 1EPPE 1SIPA 3L59A 4YD4A 1ZAPA 5P4SA 3SABA 3VSWA 3LIZA 1WBKA 5DR7A 1T6GA 3UQPA 4QJ9A 3PBDA 4RZ1A 2WF3A 3LZVA 3TTPA 1NPVA 2QAKA 5DR8A 5P18A 5P85A 2BPWA 5IS4A 5BRYA 3OK9A 5P5UA 3FNTA 4EJLA 2NXDA 4Y45A 5P7NA 1JLDA 3VV7A 4I8WA 4F74A 4FAFA 5P3LA 5P0XA 5P4QA 5P8AA 2F3KA 1META 5P57A 3D91A 3RTNA 4Y4DA 1FMXA 1GVWA 5P6FA 1E5OE 5P5FA 4H3IA 3L5CA 3NU6A 5JFUA 5P61A 2WECA 3K5FA 5P0IA 3SA8A 3ZKGA 4DJXA 5P6GA 1HOSA 3INEA 5P86A 2R43A 2WEAA 5I3YA 2UXZA 3NU9A 4Y44A 4YOBA 5KR1A 4WY6A 4BELA 4IVTA 5P0AA 5P6LA 3UDHA 5P1GA 3EM6A 1A8KA 9HVPA 5P24A 2OHSA 3U71A 3PVKA 1FEJC 4YBIA 5F01A 1EPOE 4B78A 2HB2A 3ZL7A 5OZ2A 4Y4EA 2RMPA 2G1OA 5P7WA 3SKGA 2F3FA 1HVJA 3EKWA 2ZDZA 3ZPTA 2I0DA 3ZKNA 5P2SA 5JG1A 1UH8A 1U8GA 1K6CA 5P72A 1IBQA 5HU0A 4CKUA 4JOOA 5P3SA 1NSOA 5P4GA 3LPJA 2JJIA 3PB5A 5P2XA 5AGZA 5P6KA 5P52A 3URIA 2HPFA 1F34A 4HDBA 1FG6C 5P4HA 2O4KA 2XFKA 4FGXA 2Q55A 3ZKMA 5P1ZA 4YE3A 5P7AA 1QBTA 4Y4JA 2QI3A 5P5KA 1PFZA 6FIVA 2B8LA 4OD9A 1W51A 2B60A 3NWQA 3PMYA 1WKRA 2PYMA 1YM2A 1APUE 5P34A 4B1CA 3GI4A 3KDBA 1SDTA 1ER8E 4DJUA 3GGUA 2VS2A 4HLAA 5P6UA 5OZ7A 5P4WA 4Y5KA 1NPAA 5OYWA 4YDGA 2OF0A 5P4IA 3IVIA 5P8PA 4YHQA 3VYFA 4Y5BA 1EBWA 3CYXA 3MSLA 2FDEA 1UH9A 5P3OA 3O9CA 5HVPA 5ENMA 1SDVA 5IE1A 2WEDA 5C9BA 2FIVA 4J0ZA 1CMSA 5P4DA 5P73A 5APRE 5P8JA 2V00A 3IXOA 4J1IA 1GNNA 4QJ8A 3VF3A 4LBTA 1FQXA 1MUIA 3T11A 3NWXA 5P35A 5P3RA 3G72A 5P2QA 4XX3A 2QCIA 4KUPA 3K5GA 2ZHRA 5P25A 2QMGA 2XFIA 5P5BA 3VCMA 4DQHA 3UDJA 1DAZC 5P27A 3PWRA 3PMUA 4FE6A 2BKSA 2J9JB 5P01A 3CKRA 5HD0A 2I4WA 1XN2A 4Y48A 1ZJ7A 3BUFA 1FFIC 1T7KA 3BVAA 2Q54A 3OXWA 4RVXA 5P2KA 4K8SA 3TPRA 5I3WA 5OZ1A 3L5DA 1AXAA 5HE7A 4K9HA 1XN3A 1YTIA 1B6PA 5HCOA 3VEUA 2VKMA 5OYXA 3ST5A 3EXOA 5IVQA 1XE5A 2ZE1A 2NR6A 3T7QA 4OBZA 1BWBA 3OXVA 5P87A 2I4VA 3ECGA 3OAGA 5P8GA 2HB4A 2VA6A 2F80A 3SA3A 1IVQA 5P4FA 4GZFA 5KR0A 3HDKA 2WF2A 2NPHA 5P08A 1KJGA 1K1UA 4GYEA 3PEPA 2V11C 4DJOA 2G21A 4CPWA 1KJHA 4FS4A 1D4SA 1HVRA 5P0VA 5P6WA 1AZ5A 5P69A 2Q11A 3INFA 3LIQA 5P5HA 4UPJA 1ODYA 4EXGA 4Y3NA 2FNSA 5OZPA 4ZPEA 3D1XA 3WZ7A 3CIDA 2AQUA 3T3CA 2MIPA 1QS8A 5P3BA 1ZSFA 4Y3XA 4EPJA 2VIJA 4AA9A 2QD8A 5P1JA 1LS5A 1HTFA 5P0KA 4GJAA 1BVGA 5P6YA 5P78A 2Q3KA 4YCKA 3OWNA 5HE5A 3GGVA 5P0UA 4M8XA 5P1CA 4LAPA 4I8ZA 5P56A 3LPIA 5P0TA 4B00A 1MT9A 3N4LA 5P49A 4OBHA 1ENTE 5P4OA 3MXDA 5P5PA 1APVE 5P77A 4U7QA 3QVIA 4B70A 2ER9E 4J54A 3OQ7A 4DQCA 3QIHA 5P6MA 3OUAA 2QI6A 2AVSA 3BUHA 5P4YA 4AA8A 3ZPSA 5DR0A 1YTHA 2QHYA 5P1PA 5COPA 1Q9PA 4APEA 5OZMA 1C70A 1FG8C 2JXRA 4CPUA 3APPA 1HIIA 4EQJA 3JW2A 4EQ0A 5AHBA 1LYAA 2O40A 2R5QA 1TSUA 4Q1XA 2NMZA 3TOGA 5P51A 3LIVA 2QU2A 2IKUA 5P1OA 2FLEA 1D4IA 5AH6A 4H3GA 5P2UA 3TPLA 1HIHA 3NR6A 2A4FA 5P40A 3S56A 2B7ZA 1EPNE 4NJTA 5P8IA 2AZCA 4D88A 1SH9A 1BDLA 5P8CA 5P3IA 3FKTA 1YTJA 3URLA 2PSVA 5OZ4A 5P5JA 5P7PA 4L6BA 3D1ZA 2NTRA 5P6XA 5P0BA 2WF4A 5P1BA 5P6RA 2G1YA 1HWRA 2ANLA 3CIBA 3EKVA 5P1NA 5P7LA 5P2FA 4Y3PA 5OZYA 5P54A 2B8VA 3L58A 4L7GA 3UQWA 3Q3TA 3BUGA 3R4BA 4R92A 1MESA 1TW7A 1HXWA 1RPIA 1NH0A 2VNNA 5P30A 1BXQA 5P7HA 2OAHA 2QI1A 1EBKC 3I2LA 5P3UA 2P3AA 3DUYA 3I6OA 5P0ZA 5P8NA 4FCOA 3H5BA 5P6IA 3QI1A 2P3BA 4OD9B 4X2LA 4Y5PA 2VA5A 5P0YA 4X7IA 5P84A 2V12C 5P5ZA 2NXMA 1BILA 4Y3FA 2PSGA 2IENA 5OZCA 4PZXA 5P8HA 2O4PA 4F75A 1YM4A 1A94A 2QD7A 3BRAA 3EM3A 2OHTA 1IDAA 1FLHA 2QNNA 4OBFA 3AIDA 4PPHA 2G22A 5P4KA 5OZ6A 4Y3SA 5P2VA 3K4VC 3WZ6A 1MT8A 3ER5E 5P36A 5E5JA 2FNTA 1TZSA 5P6DA 3S7LA 1GVTA 5P3VA 5OZSA 1HRNA 2ER6E 3KFSA 4J55A 3DV5A 4Z2ZA 3QPJA 5ISJA 1OHRA 4YDFA 3TL9A 4B0QA 3M9FA 7HVPA 2FGUA 5P2HA 5OZDA 3NDWA 5KAOA 5P8QA 5OZAA 4I0FA 1F7AA 3OTSA 1PSOE 2OHNA 1C6ZA 3OOZA 3EL0A 4K4RA 4NJVA 3EMYA 2FXDA 3UPJA 4DQBA 4D89A 5P38A 3FNSA 1FFFC 3O9BA 5P2DA 3WB4A 5IVSA 5P8EA 4DJQA 1EBYA 3OADA 1C6XA 3OU4A 1M43A 1VIJA 3Q5HA 5P04A 4OBZB 4YA8A 4GJ5A 1CPIA 3D1YA 3OAGB 5P4EA 4HDPA 2BJUA 3SACA 3GI0A 1Z8CA 5OZ0A 3DOXA 2HS2A 5P5GA 3URJA 1B11A 5P80A 1T7IA 3LIXA 3HAUA 3VLAA 1FGCC 3UDQA 4HEGA 4J5JA 4DFGA 3FSMA 2IGXA 3KFRA 1IZIA 5P8LA 5FIVA 4I0EA 3SM1A 4QGIA 4YD6A 2NNKA 3PCWA 1EC3A 2QZXA 4Y37A 5P74A 2WL0A 4GB2A 3CKTA 3INDA 1A9MA 2PMAA 5P4RA 3CKPA 5P6JA 4HA5A 1W5VA 5HE4A 3SQFA 4ZLSA 1VIKA 1B6KA 5I3XA 3UDYA 1J71A 3EL5A 1ZPKA 4RVIA 2OHRA 5P45A 2OHUA 3KFNA 1WBMA 2ZHTA 1ODXA 4ER1E 5P6AA 3INHA 3TOFA 1HTEA 1HTRB 3UDRA 4GJ7A 3EKXA 2ZGAA 4NJUA 3S2OA 3VLBA 5P6VA 3PCZA 1MRXA 5P5CA 2AZ8A 3PI0A 2PYNA 3OY4A 3CICA 1LYBA 1HVIA 5P1IA 1A8GA 3O9IA 5P59A 4A6BA 2VIYA 1YX9A 2AODA 3SA4A 1AM5A 3NSHA 3EL1A 3MSJA 5OZJA 5P2TA 4MC9A 5P4JA 3O9GA 2AOEA 3KFPA 3S54A 4I0GA 5P5DA 1EAGA 5P5OA 5P82A 4Y6MA 4LC7A 4I0DA 3B7VA 4Y3EA 3FX5A 5OZWA 1G0VA 2XYFA 5P89A 1N49A 4TVHA 3O9AA 1FQ7A 1LYAB 2CENA 5P7OA 5P6TA 3UQXA 5ISKA 3B80A 2R3WA 4DJYA 2V16C 5P7BA 2IGYA 1EC0A 2QNPA 4CPSA 5SY2A 3BXSA 3MWSA 3QAAA 4FRKA 5P70A 4PYVA 1XL2A 2BPYA 3PRSA 4J0YA 5P28A 3OXCA 1SIVA 1ZBGA 2B42A 2PWRA 5KQZA 4RCFA 4Y58A 5P2AA 1B6LA 4R5NA 4GJDA 5P7KA 1HSHA 2UY0A 4EJ8A 3EL9A 3EC0A 2PC0A 4JECA 4Y4BA 1W5XA 4ZPGA 2FS4A 1NPWA 5P12A 3ZKXA 3SPKA 5HCTA 4DV9A 2O4NA 3WSJA 5P6QA 4DQEA 5P3EA 1PROA 5P7XA 1IZEA 1GVUA 1DP5A 2R9BA 3JVYA 5P5SA 4M8YA 3OU3A 5OYSA 4U7VA 1APTE 5P8BA 2ZJJA 5OYTA 1BV9A 5P3CA 2IL2A 3DCKA 5P83A 1K2BA 3KA2A 3K5CA 5P6HA 1QBSA 2R8NA 3I7EA 2Q15A 4YD3A 2ZJKA 4B72A 1FQ8A 3BC4A 4Q5MA 4EYRA 1K1TA 4N00A 5P0CA 4QJ6A 1B6MA 4BFBA 4EHCA 2ZJLA 5DGWA 2ZJIA 4OBDA 2BBBA 4DQGA 1AJXA 3ZMGA 2P3BB 5KQXA 3LZUA 4RRSA 1GNMA 1W50A 5P1KA 1QDMA 4GJCA 4TRZA 2BB9A 1HXBA 3WZ8A 1TQFA 2HS1A 4Y5CA 5HDXA 3T6IA 4J1CA 3FNUA 3VG1A 4RLDA 3U7SA 3Q6YA 4RROA 4Z22A 5P6NA 5P0SA 1D4LA 1EEDP 4FSEA 1HHPA 5P2BA 4Y4ZA 3PJ6A 4WTUA 1HPOA 5KOSA 5ER1E 2AVOA 5AH9A 5P2CA 1BXOA 4QLHA 2G27A 3QN8A 5P1UA 4RVJA 5P44A 5ENKA 2B7FA 5P75A 3OHFA 3SFCA 1HPXA 1LYWA 2HC0A 1ZSRA 2ZHVA 5P5RA 3GW5A 3S43A 1XDHA 1MT7A 4HE9A 1DW6C 2QI0A 4YCTA 2VJ7A 2J9KA 1GKTA 5P7ZA 3OTYA 3SO9A 5P8UA 5I70A 1YG9A 2PK6A 5OZNA 5P5IA 4Z50A 1LF2A 4H3JA 4GMIA 2JE4A 5P20A 4COEA 5OZLA 5P71A 4FSLA 2P3CA 5HTZA 5SZ9A 4Y3GA 5P5VA 5OZ9A 3DCRA 2QNQA 4B77A 3OADB 4Y3QA 3OU4B 4Y4XA 4ZSQA 2Q64A 5P0QA 4R8YA 3EL4A 3PGIA 3KDDA 5P29A 1PPLE 5P7SA 4FL8A 3VYEA 4NPTA 5IVRA 1E80E 3AUPA 2APRA 4XX4A 5P2OA 3SLZA 4Y56A 3LHGA 3LZYA 3GI6A 5PEPA 4EP2A 3U6AA 3UFNA 2Q63A 3VFBA 4ACXA 1MTRA 3UFLA 5TOLA 3HBOA 5P0NA 4FM7A 5P8RA 1HPSA 2AOJA 3KT5A 4RYCA 3DM6A 4I12A 2AOIA 2AZ9A 4CPXA 6UPJA 4Y47A 3HD8A 5P7CA 4ZIPA 3OUDA 2ZJNA 4Y3JA 1T3RA 5P7MA 1AVFA 1B6JA 2QZWA 5OZFA 5P09A 2BPZA 1ODWA 3LIYA 4LXKA 5DQ5A 5P1SA 4Z4XA 3IA9A 5KOQA 2PWCA 5OZIA 3PLLA 4J1HA 2P83A 1PPKE 4Y3WA 3PLDA 1D4KA 3UDNA 5P53A 2G69A 5BWYA 5P23A 5P22A 1ZTZA 5P5WA 3T7PA 1LYBB 1MTBA 2JJJA 3TNEA 5P1RA 3OU1A 5P1WA 5AHCA 4Q1WA 3UQRA 4GJBA 5CONA 2VNMA 2HIZA 5DQ4A 5OZZA 2A1EA 5P1DA 1BAIA 2AOCA 3SA7A 1SDUA 1E81E 3OUBA 4Q1NA 4DJPA 3RTMA 3NDUA 5P1XA 5P3ZA 4Y4AA 5HU1A 5P14A 2Z54A 1MIQA 5HDZA 3O9HA 5JODA 5P50A 4DPIA 1HEFE 3EKYA 3L38A 5P3HA 4EJDA 1PSAA 3R1GB 1TCWA 2WEBA 5IVTA 2RKFA 2HM1A 3BVBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P07 A;  3D3T A;  5P3W A;  3TPJ A;  4JPC A;  5P17 A;  4QJA A;  3D20 A;  2OHP A;  1KJ4 A;  3OUC A;  5OZQ A;  2QI7 A;  5P2I A;  4HVP A;  5P2R A;  5SY3 A;  2I1A A;  2V13 A;  5P1H A;  1D4J A;  2WEZ A;  5P0O A;  1W6I A;  1BDR A;  5P3G A;  3QRV A;  1ME6 A;  4LXM A;  4RCE A;  5P7V A;  4Y51 A;  1Z1H A;  1ZLF A;  5P0D A;  5P88 A;  5P6E A;  4A4Q A;  4APR E;  2WF1 A;  3NXE A;  3N3I A;  5KQF A;  5P0H A;  2VJ9 A;  3TPP A;  4DVF A;  3NDT A;  2O4S A;  3EBZ A;  5P3D A;  3O9E A;  3CMS A;  4Y39 A;  3LPK A;  2IS0 A;  2OHL A;  2ER0 E;  5P4C A;  3EKQ A;  5P32 A;  1B5F B;  1KJF A;  2PK5 A;  1HIV A;  5P15 A;  3OHH A;  4Y5N A;  4Y50 A;  4FRS A;  2I0A A;  1EPP E;  1SIP A;  3L59 A;  4YD4 A;  1ZAP A;  5P4S A;  3SAB A;  3VSW A;  3LIZ A;  1WBK A;  5DR7 A;  1T6G A;  3UQP A;  4QJ9 A;  3PBD A;  4RZ1 A;  2WF3 A;  3LZV A;  3TTP A;  1NPV A;  2QAK A;  5DR8 A;  5P18 A;  5P85 A;  2BPW A;  5IS4 A;  5BRY A;  3OK9 A;  5P5U A;  3FNT A;  4EJL A;  2NXD A;  4Y45 A;  5P7N A;  1JLD A;  3VV7 A;  4I8W A;  4F74 A;  4FAF A;  5P3L A;  5P0X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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