1Q9PA

Solution structure of the mature hiv-1 protease monomer
Total Genus 7
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
7
sequence length
95
structure length
95
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Solution structure of the mature HIV-1 protease monomer: Insight into the tertiary fold and stability of a precursor
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords HIV-1 Protease
total genus 7
structure length 95
sequence length 95
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2003-08-25
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1q9pA00
7HVPA 3NSHA 5OZFA 5OZHA 5ENMA 3O9HA 2H6TA 4J0PA 5DR1A 3CKRA 3DV5A 5P6OA 3ER3E 1EBWA 2XFIA 3EM6A 3OHFA 2QZLA 5AH8A 5HE7A 1GVWA 3TPRA 2P3DA 5P1IA 1XN3A 3O9IA 3SA8A 2AVOA 2VA5A 4LP9A 4DI2A 4Y5MA 4J0TA 1APUE 5P6DA 5P8KA 2IGYA 5P01A 1PPME 2PWCA 3OAGA 4Y5BA 3ZPTA 1ZSRA 2I0DA 4CPRA 3UFNA 1MRXA 5P7BA 4J1IA 5P4RA 1D4JA 2V00A 1IIQA 1NPWA 1K1UA 1BDQA 3KDDA 3O9LA 3VEUA 5IVSA 3G6ZA 2FDPA 5P7TA 1IDBA 4GZFA 2PH6A 5OYUA 3OU4B 4EXHA 5P87A 4EJ8A 4J1CA 3NU3A 4GJ7A 2AIDA 3K1WA 1XS7D 4Y5KA 5P25A 3EKWA 3B80A 5P4XA 2FXDA 2ZJHA 3N4LA 4ZPEA 2QZXA 1FQ8A 3DV1A 5P6LA 3UDNA 4DH6A 2B8VA 1AXAA 4Y5EA 3HZCA 5KR8A 4Y5LA 2J9KA 1ODXA 4KUPA 5BRYA 4S1GA 3ZKXA 5OZ6A 4R92A 1C70A 5P82A 2WF0A 3PI5A 1EC1A 3BUHA 5P1KA 5P6AA 3BXRA 2WF1A 5P5IA 1AJVA 5P54A 5P7OA 2Q11A 3PBZA 3TL9A 5B18A 5OZAA 1F34A 1PROA 1M43A 1BBSA 5P80A 2WF4A 3ZLQA 3SM2A 5P3KA 1HIHA 1YTJA 4F73A 1FGCC 4NKKA 3BGCA 2AVVA 5OYQA 1FQXA 5P79A 3HD8A 5IE1A 5P3SA 2BPVA 1C6YA 2WEZA 5P07A 2BPZA 5P3OA 2CENA 3EL1A 5KQZA 2Q5KA 5P2ZA 3OGQA 2IRZA 2BPWA 3O9EA 2ZJIA 2P4JA 1HTFA 4EQ0A 4CPUA 2QI0A 5HU1A 3OU1B 2FMBA 5P4BA 3GI4A 1FMUA 5P6KA 1HVIA 1HPSA 4Y4WA 4Y3JA 4NJSA 4Y37A 1K1TA 2XFJA 3OHHA 1DIFA 4RYGA 4RCDA 5P6BA 3KN0A 2R3TA 5P6MA 5OZXA 2I4XA 1APWE 5P0VA 5P2NA 4A6BA 5P2GA 5P7PA 5OZIA 3SA4A 2FGUA 1HTRB 3PLLA 4L7GA 3T7XA 5OZQA 5HCTA 5OYWA 1MRWA 4I10A 2I0AA 5P6EA 4DQGA 5P6JA 4CPWA 2B60A 4I0GA 4R5NA 5P1ZA 4EYRA 4OD9B 3O9GA 4EWOA 1J71A 2JJJA 4HE9A 1G35A 5P5PA 3K5GA 1T3RA 3LIXA 1ZAPA 2BPXA 3APRE 2F81A 3IA9A 4Y50A 1YTGA 1YX9A 3D20A 5P27A 5P5UA 4RRNA 5P4VA 5P8EA 3OAGB 4HZTA 4Y5GA 1MVPA 4KE1A 3KYRA 4KB9A 3CYWA 5CONA 5P59A 3LZYA 5OZ1A 3OGPA 1OHRA 1ZPKA 3SA9A 3PGIA 6APRE 3NUJA 2FNSA 5P3HA 4Y3HA 1BIMA 5P2HA 5P7SA 5KAOA 1VIKA 5TOLA 2PK6A 5P8TA 3HVGA 3IN4A 3PBDA 2QNNA 4Y54A 3URJA 3JVWA 2WEAA 3TKWA 1FLHA 5OZYA 1GNMA 2HAHA 1IBQA 4H3JA 5HCOA 1GVTA 1PPKE 4HDFA 1KJFA 1N49A 5P8QA 1RPIA 3PSUA 5P0YA 3BVAA 2R43A 2NMZA 4JPCA 5AH6A 5P57A 2QI3A 1CMSA 1EPNE 4DQHA 3QAAA 4Y3EA 2QI7A 5P28A 5P5JA 5P69A 2QAKA 5OYVA 5P6SA 2FIVA 4Y3LA 5IVRA 4FSLA 5P56A 3L5DA 3VUCA 3WB4A 5P8IA 1TCXA 3EKTA 5P6NA 3HAWA 3PWWA 1A30A 5P6YA 3MSKA 2G69A 5P1QA 5P18A 2O40A 1GNNA 4HDBA 1QDMA 3TLHA 3IGBA 5HDUA 5HDXA 3L59A 1B5FA 1HVRA 5P7LA 5KOQA 4ER4E 1UH9A 5P71A 4Y4TA 3ZKSA 1SDTA 2B42A 5P3JA 5P6PA 3EMYA 4YDGA 2PK5A 4RRSA 5P6ZA 3NUOA 2ZHUA 5P66A 1SH9A 4Y3SA 4IVTA 5OZDA 2AZBA 3PVKA 3ZMGA 5P83A 2RKFA 1E80E 3UQXA 1HXWA 3PWRA 4FRKA 4Y53A 4FLGA 5P0XA 1FMXA 4NPTA 2WKZA 3VF5A 3Q3TA 4FS4A 5P4OA 4L6BA 3PJ6A 5P76A 4RVIA 2PWRA 4CPQA 2OHUA 4Z22A 4OBZB 3ZKMA 2ZJNA 3KMXA 3LIZA 2NNKA 2AOEA 1SIPA 3NXEA 5P7HA 3EL0A 1PSAA 5AH7A 5UPJA 5P4GA 4YD3A 5P84A 5HTZA 1GVXA 3I8WA 3F9QA 5P6IA 3KFNA 5P6VA 5P4IA 1FQ6A 5BWYA 2UXZA 4QJAA 3INDA 3L5FA 4GJ5A 5P7NA 2Q55A 2F80A 3D1XA 3PHVA 1HEGE 2R5PA 2IDWA 1WBMA 5P5HA 1D4LA 5P5SA 1B11A 1AVFA 5OZWA 4JECA 1JLDA 3FX5A 4Q1YA 1BDLA 4DFGA 5DR8A 5DGWA 1DW6C 4B77A 2G94A 3L5CA 5AHCA 3GGAA 4GYEA 5P10A 5P3XA 3IN3A 4FSEA 4Y36A 3BUFA 5OZ2A 2ZGAA 4Q5MA 3AIDA 4RVXA 2ZHRA 3ECGA 3UDQA 3OUDB 4R91A 4RZ1A 2G24A 4RLDA 4YOAA 3UQUA 2XYFA 3HW1A 1C6ZA 2O4NA 2IGXA 4FRJA 3OXVA 4R93A 2VA7A 5OZ3A 5P15A 5P3PA 2VKMA 3D91A 5OZZA 5OZTA 1EPRE 2QP8A 5P5KA 2PC0A 4Y4JA 3FKTA 1WKRA 2B7ZA 1B6KA 5OZSA 5P3MA 4B1DA 5P22A 2HM1A 5OZ0A 4I0HA 5P3RA 5P70A 1K6TA 1SDVA 1MTRA 3INHA 4J17A 2G1SA 1NPAA 4OBFA 3OUAA 2APRA 2AQUA 3VFAA 2OHMA 1HHPA 5P2CA 1IZDA 4QJ8A 3IVIA 1HXBA 3ZPSA 5P2BA 5P63A 4ACXA 1ZBGA 5F00A 5P85A 5C9FA 5P3IA 1B5FB 2P3CA 4D88A 3UQRA 3VCMA 1GVUA 5KR0A 4Y58A 4ZSRA 4OBGA 3ZKIA 5P20A 4ZLSA 3NWXA 3RTHA 5SZ9A 2QMDA 5P8GA 4EPJA 4YE3A 1YT9A 1ZTZA 5P35A 3U71A 1BXQA 1HWRA 2VJ9A 5P1FA 3SFCA 5AHBA 3T7QA 4H3FA 1B6PA 3OU3A 5OZLA 2FDEA 5OZCA 4UPJA 3OWNA 2WF2A 3RTNA 2HB4A 3GGXA 5P75A 1IDAA 3LPKA 1KJGA 5P8AA 4DUSA 3PEPA 3O9FA 3FNTA 3EKPA 1HBVA 5P4QA 1RV7A 5P4WA 4U8WA 5P2UA 1SBGA 1HTGA 3KDBA 2O4KA 2G1OA 4FCOA 1EC0A 1EPME 4A4QA 1IZHA 1KJ7A 1HPXA 2QI5A 4B00A 3SKGA 3NLSA 4TRYA 5OYYA 3KT5A 5P6QA 4I1CA 4YBIA 5P2JA 4FL8A 4EQJA 4LXKA 3NXNA 3N3IA 4HDPA 3TOFA 5P5GA 1BVEA 2Z54A 5SY3A 3I25A 2ZDZA 3TNEA 1XL5A 3QROA 1FG6C 4DQEA 2V13A 3KT2A 4DV9A 5OZVA 6FIVA 2VJ6A 3VLBA 4Y56A 5EZXA 1QBSA 2QD8A 1MERA 4RVJA 1HIVA 2OHNA 2NXMA 2IQGA 4Y3TA 2Q54A 2AOJA 3D3TA 3LPIA 3B7VA 3KFSA 5P6WA 4Y3MA 2PH8A 2NNPA 1A8KA 3D1ZA 4YCKA 5P1UA 3QS1A 5P2DA 2IKUA 3PB5A 3EKQA 2AOCA 5P3VA 2G1NA 3DCKA 5P6CA 1U8GA 3EKYA 4X7IA 3ZKQA 3OQFA 5P58A 5P2YA 4DJXA 2QHYA 5P1LA 5OZBA 1ZPAA 1LYWA 2OF0A 1B6JA 2PSGA 5P5EA 4MC2A 1FG8C 5P8PA 4BELA 3KMYA 4I0EA 5P0BA 2BQVA 2HB3A 4QJ9A 3U7SA 5ER2E 3QVCA 3UPJA 4YD5A 1HPVA 2V16C 5P3EA 5P7WA 5P2LA 3UDYA 3CMSA 5HDVA 2P3BA 5OZNA 3OTSA 5P26A 1D4SA 3CIDA 4ZE6A 5P7DA 2UPJA 5OZ7A 4CPSA 2G1RA 5ISJA 4PPHA 4LXAA 2O4LA 3PSGA 5P1AA 1HVKA 2NXLA 3SA5A 2IL2A 4J55A 1FFFC 3SAAA 4JOOA 4Y3FA 5P1GA 5P2AA 3EBZA 4NJUA 5P68A 1MUIA 4FAEA 2VNNA 5P09A 1CZIE 3QRMA 3GI6A 5P5FA 2FS4A 4Y4BA 4ER2E 3VLAA 1E82E 4FIVA 1T7JA 3NU9A 2V0ZC 3FV3A 5P6TA 5P5BA 2ER9E 1EPLE 5P1EA 4QLHA 3ZOVA 2I4DA 4Y3WA 3SPKA 3NDUA 5P17A 4Y3PA 1EBKC 2HB2A 5HE5A 2OHLA 5P12A 4AA9A 2I1AA 5P5NA 5P5ZA 2WEDA 5P2RA 5FIVA 5P0EA 5P0OA 2NXDA 5IS4A 3OADA 5P1OA 3QBHA 2ZHTA 3NWQA 3S45A 2PSVA 3DCRA 2AZCA 5P0WA 2OHKA 1KZKA 3KF0A 5JFUA 3AUPA 5EZZA 5P2VA 2XYEA 3EXOA 4WY1A 1DMPA 3DM6A 3LINA 5P78A 2OHQA 2O4SA 3OQ7A 5P0RA 4ZIPA 3K5DA 3OXWA 1A9MA 5P0LA 4GJDA 1EBYA 5P1WA 5P77A 1EEDP 5P04A 1HVSA 3NU5A 2BJUA 4TRZA 5P2WA 4K8SA 4PYVA 5P0FA 5AH9A 4OBDA 2FXEA 3K4VA 5OZRA 3SABA 5P88A 5P3GA 3VYDA 5ISKA 1HVHA 3UF3A 3SA6A 3O9BA 2MIPA 1HIIA 4GMIA 4WTUA 5SXNA 3LNKA 4RCFA 5P65A 4Y4EA 3MWSA 1B6LA 5P1RA 3CICA 4Q1NA 3O9LB 1Z1HA 2R8NA 2NR6A 3S7LA 3IXOA 1FQ5A 3UTLA 3QRSA 3WZ8A 1M0BA 2OHTA 1MSMA 1BWBA 1DPJA 1D4KA 2Q15A 4ZSMA 1PPLE 4QGIA 2VIEA 1UH7A 1B6MA 3ST5A 4GJ6A 4ZSPA 5KQXA 3I2LA 5P89A 4DJVA 1DP5A 3BXSA 3NDWA 1HRNA 3BRAA 3CYXA 1TW7A 1QBUA 5P0UA 4I8WA 3VF3A 1G2KA 1E81E 1ER8E 2H6SA 5P0QA 1SIVA 1YTIA 2F3EA 4B05A 3CIBA 2P3BB 5P4YA 3KDCA 2RKGA 1HOSA 4I0DA 2HPFA 5P1DA 3EL4A 3IXJA 1TCWA 4RCEA 5P7UA 3DK1A 5KQFA 2F3FA 5P03A 5P1HA 1MT7A 5P45A 4LXMA 4GJ8A 2G27A 3TPLA 4Y3NA 2F8GA 2PYNA 1HEFE 5COKA 4AMTA 3QP0A 4EP3A 2JYSA 1BXOA 5OYZA 2QI1A 4Y4XA 4I12A 2A1EA 4Y57A 4CPTA 4I0IA 1XL2A 4ACUA 1MESA 3PMUA 1ODYA 3H0BA 4IVSA 5P2OA 5P8JA 2QD7A 4DQFA 5P7VA 4AA8A 1W5XA 3OQDA 1IZIA 1MIQA 5P7ZA 1VIJA 1EAGA 1W5YA 4K4PA 5OZJA 2QCIA 4Y3AA 2G22A 3VSWA 1WBKA 2R3WA 3OOZA 3EM3A 1RL8A 3LZUA 2BKSA 1D4IA 9HVPA 3OADB 5P5QA 1K6PA 4DJWA 5SY2A 5P2MA 5P1CA 1G6LA 1APVE 2G1YA 3UDHA 3R4BA 3T3CA 5P7RA 3OK9A 3NR6A 4R95A 5P73A 2QD6A 3Q6YA 2QI4A 1ZJ7A 5P3QA 5P7YA 2BKTA 2ZJMA 3QIHA 2I4WA 5KR1A 4Y5AA 5P1PA 1KJHA 4J5JA 1EPQE 3GI0A 5P86A 5P72A 5P1TA 5COOA 4LAPA 5P3DA 1PSNA 1BAIA 5OZMA 1FMBA 3DOXA 2IS0A 4PHVA 2AOGA 2R5QA 5P13A 5P40A 4J0YA 1HVJA 2OHSA 1MT9A 1T7KA 1NH0A 5P8LA 3R2FA 4H1EA 2RMPA 3K5CA 3KM4A 4Y5PA 4F74A 1LF3A 4LL3A 3VV8A 3UQPA 4NJVA 1EPOE 3CKPA 4L1AA 4Y3XA 5OYXA 5P41A 4YCTA 5P0KA 4TRWA 3KFPA 2AOIA 1FFIC 4J1KA 2IKOA 4DQBA 3WB5A 4M8XA 2ZYEA 5P5LA 3LIQA 1EC2A 1W6IA 2G20A 2AOHA 5P48A 1AAQA 5P3LA 4I0FA 1Q9PA 5P3CA 1GKTA 5P61A 1IZEA 3GW5A 3OOTA 4WY6A 3D1YA 3SKFA 4E43A 5J25A 1OD1A 5P5WA 1XE5A 3VFBA 3OU4A 3PLDA 1HVCA 5P02A 3O9CA 5T4SA 1EPPE 2G21A 1HTEA 5P3UA 4Y6MA 4HVPA 4YA8A 5P2IA 1NPVA 4QJ7A 5HVPA 5P2XA 3URIA 2ZHSA 4XKXA 3OY4A 5P37A 4Z2ZA 5P4MA 1W5WA 4A6CA 5P62A 3BUGA 5P4KA 1FQ4A 4AUCA 3L3AA 5P0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 7HVP A;  3NSH A;  5OZF A;  5OZH A;  5ENM A;  3O9H A;  2H6T A;  4J0P A;  5DR1 A;  3CKR A;  3DV5 A;  5P6O A;  3ER3 E;  1EBW A;  2XFI A;  3EM6 A;  3OHF A;  2QZL A;  5AH8 A;  5HE7 A;  1GVW A;  3TPR A;  2P3D A;  5P1I A;  1XN3 A;  3O9I A;  3SA8 A;  2AVO A;  2VA5 A;  4LP9 A;  4DI2 A;  4Y5M A;  4J0T A;  1APU E;  5P6D A;  5P8K A;  2IGY A;  5P01 A;  1PPM E;  2PWC A;  3OAG A;  4Y5B A;  3ZPT A;  1ZSR A;  2I0D A;  4CPR A;  3UFN A;  1MRX A;  5P7B A;  4J1I A;  5P4R A;  1D4J A;  2V00 A;  1IIQ A;  1NPW A;  1K1U A;  1BDQ A;  3KDD A;  3O9L A;  3VEU A;  5IVS A;  3G6Z A;  2FDP A;  5P7T A;  1IDB A;  4GZF A;  2PH6 A;  5OYU A;  3OU4 B;  4EXH A;  5P87 A;  4EJ8 A;  4J1C A;  3NU3 A;  4GJ7 A;  2AID A;  3K1W A;  1XS7 D;  4Y5K A;  5P25 A;  3EKW A;  3B80 A;  5P4X A;  2FXD A;  2ZJH A;  3N4L A;  4ZPE A;  2QZX A;  1FQ8 A;  3DV1 A;  5P6L A;  3UDN A;  4DH6 A;  2B8V A;  1AXA A;  4Y5E A;  3HZC A;  5KR8 A;  4Y5L A;  2J9K A;  1ODX A;  4KUP A;  5BRY A;  4S1G A;  3ZKX A;  5OZ6 A;  4R92 A;  1C70 A;  5P82 A;  2WF0 A;  3PI5 A;  1EC1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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