1QBRA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyclic urea amides: HIV-1 protease inhibitors with low nanomolar potency against both wild type and protease inhibitor resistant mutants of HIV.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbrA00
4Y4WA 4DJUA 2B60A 1APTE 5HDVA 1MEUA 3SA8A 2I4UA 4TRYA 5P27A 4GJ9A 1A8KA 2QD7A 2ER7E 4YD5A 4B72A 1LYWB 5P16A 3NWXA 2IS0A 5P68A 5P44A 5P5SA 3S56A 4Y5GA 1HXWA 1A8GA 4BFDA 3Q5HA 3D91A 5P4GA 2AOFA 5HE4A 3IXJA 5HTZA 4DQHA 4Z2ZA 4CPTA 5DGWA 5KQFA 4IVTA 4QJ8A 4Q5MA 3I8WA 3OAGA 2PK6A 1GVTA 4DVFA 3UTLA 5SY3A 2PMAA 1FQ7A 2G22A 4HDPA 4RROA 2I4WA 2PYMA 4HDBA 3PMYA 1XL2A 2G24A 4YD7A 1B11A 1XL5A 3L5FA 4ZIPA 4Y5MA 1AJXA 4OBKA 5P1IA 5OYXA 1QBTA 4ZSMA 3TLHA 4LXAA 5EZZA 5P6HA 1IIQA 1K2CA 5E5KA 2Z54A 1BDQA 1EPLE 2ASIA 5OYSA 5P61A 1IZIA 5P6YA 2JE4A 1ZTZA 5P59A 3OU3A 4FCOA 3TPJA 3O9AA 2FS4A 3GI4A 5P0UA 2CENA 5ENKA 5P64A 1QS8A 3JW2A 4J1FA 5P1RA 5P4YA 2AIDA 3IXOA 5P3IA 5P15A 5P30A 5P83A 2FNTA 5P3TA 3VYEA 5P6UA 1HVSA 1SDUA 4EXGA 5HCOA 5DR7A 3UFLA 1SP5A 2V00A 1F7AA 3PGIA 3GGAA 5DPZA 5P3ZA 2FXDA 4Y37A 2V13A 4LP9A 4YE3A 1FIVA 2IGXA 3ZKQA 1FMXA 4YCKA 2I4QA 5P3OA 1A30A 1NPWA 4Q1XA 1W5WA 3LIQA 5P6RA 3TOFA 4H3FA 4U7QA 5P3RA 4Y3XA 2V16C 5P47A 4DH6A 2HPFA 2B8LA 5P8UA 3IA9A 2QMDA 2WJOA 4R95A 3EMYA 2VJ7A 3A2OA 1RNEA 1ZPAA 3L38A 2F8GA 3UHLA 3L3AA 4I0IA 4EJLA 5P8KA 4F76A 5P8AA 5OZAA 4RVIA 3CICA 3PSYA 2WF1A 4ER4E 3PSUA 5P4NA 4Y3NA 5P77A 5P1XA 4EPJA 4ZPGA 4L1AB 5OZ4A 4Y4JA 1MTRA 3LNKA 2BPYA 5OZVA 4QJAA 3TNEA 1QBRA 4APEA 1OD1A 3O9GA 2ER0E 4RRNA 4COEA 3QRSA 4F74A 4I8ZA 4U8WA 2AQUA 2AVOA 5P43A 2J9JB 2ZDZA 5OZRA 3S7MA 4NJVA 1DPJA 5HE7A 4TVHA 4B70A 2ZJHA 3KFNA 5P8RA 4PYVA 5P0EA 2UXZA 5P0ZA 1FGCC 4J0VA 4D89A 1IVPA 2FNSA 2G1SA 3K5CA 3OTSA 5P42A 1NSOA 3NSHA 2VIYA 3VF3A 4AUCA 5OZ5A 5TOLA 2VIEA 5P2SA 5P53A 3BVBA 1G35A 2SAMA 1ME6A 1FG6C 4Y5PA 4Y3JA 5P40A 2OHUA 4Y3RA 3VYFA 5P3SA 4I8WA 3EKXA 1C6ZA 3KFRA 5P8GA 4HVPA 1HIVA 1TW7A 1W50A 5P7AA 5KAOA 5P3GA 3UDJA 4L7GA 5P09A 5P1UA 4FRJA 6APRE 3KDBA 1NPVA 1ODWA 5P0SA 1E80E 3PCWA 3VF7A 2IKOA 3O9BA 1W5XA 3T11A 3UDPA 5P0RA 3I6OA 3QRVA 5OYTA 5P24A 5P3PA 2B42A 4YBIA 1AM5A 3QP0A 4RVXA 4Y53A 3UDHA 1IDAA 1MUIA 4Y5KA 5P8FA 4EQJA 3EKQA 1PROA 4GJBA 3O9DA 4RLDA 4KE1A 5P1DA 3KDCA 2HS1A 5P6XA 3CKPA 4XXSA 2HM1A 5OZTA 2NPHA 5OZLA 4AA8A 2V11C 2XYFA 3RSXA 5OZSA 5P4AA 5P6BA 5P88A 3VUCA 1APWE 4YDFA 4Y3EA 3INDA 4YA8A 5P2EA 4Y5BA 1K2BA 3BUFA 3OUAA 1TCWA 4FM8A 2CEJA 2WEZA 4TRZA 4OBZB 1HSIA 5P50A 4R5NA 1BAIA 2OHRA 2IKUA 4NPUA 3OGPA 1SDTA 5P1JA 5OZZA 3OGQA 1WKRA 3GI5A 3K5FA 5P0CA 4Q1YA 5P2FA 5P8TA 1FB7A 5P8PA 5P7ZA 4GJDA 2AOEA 4J1EA 1GNNA 1YTIA 5KOSA 3QN8A 5P5NA 4DJVA 2QI1A 3EKTA 4ACUA 4J17A 2XFKA 4J1HA 4B1CA 4RCEA 1Q9PA 4MC6A 4LL3A 1K6CA 5P4SA 4OC6B 3NU3A 4Y41A 5P5BA 4GJ6A 2JYSA 1HVCA 1FEJC 1D4SA 1D4JA 5P6SA 3WZ7A 5OZWA 5P7OA 1FMUA 3UQXA 4XX3A 1UH7A 3PHVA 4YOAA 2FDEA 1KJ4A 2HAHA 2IEOA 3SM2A 3FNSA 5KQZA 2ZGAA 1XN3A 5P7QA 5OZXA 5P3AA 4JPEA 4QJ9A 2IENA 5DQ5A 3MSJA 3O9CA 4Y9WA 5P0TA 2IQGA 5P65A 2QU2A 4MC2A 1YT9A 5P11A 5P2QA 3NXNA 3D1ZA 2QMFA 5AHAA 5P17A 4RCDA 1XN2A 4JECA 5ENMA 3UF3A 1HPOA 3R2FA 2VA5A 6UPJA 2Q55A 3TPLA 4QGIA 3APPA 3G6ZA 5P1CA 1HPSA 1FG8C 5P1AA 2F3EA 2O4SA 3EM4A 4OD9B 3RTMA 5F00A 1FMBA 4Y4GA 4Y48A 3WZ6A 1ZPKA 4J0PA 2G1YA 5P8DA 2F3FA 5P0OA 3SQFA 3L5CA 5HE5A 4A6BA 2P3CA 1LYBA 3B7VA 2OHTA 4L6BA 4YD6A 1RV7A 5P3MA 3TOGA 3H5BA 1HIIA 5P57A 2BPZA 4DPIA 1FFFC 5P5HA 3KFSA 3EC0A 3NUOA 3BUGA 2O4LA 4Y3TA 5AHBA 5OZ0A 5ISKA 3MSLA 2BQVA 4YOBA 4B1DA 3O9LA 2PSUA 3EM3A 5P12A 1B6KA 3OXWA 4Y5AA 5P02A 4X7IA 5P85A 3ZKSA 3FKTA 4FAFA 3TPRA 2RSPA 5P4JA 5P70A 2PWCA 2PWRA 4I0FA 2I4VA 4AA9A 1PSAA 2VNNA 4Y47A 4F75A 5P3NA 1IZEA 5P76A 3QROA 1HIHA 4J0TA 1K6PA 1B6LA 1XS7D 2NXMA 3O9IA 4RYGA 4I0ZA 2QHCA 2R38A 5P19A 1PPME 1DAZC 4ZEAA 3OADB 5P71A 2P3BB 3CIDA 3OXCA 3SKGA 5P1ZA 5HDZA 2ZJIA 4YCTA 1KJGA 3FNTA 1T6GA 5IVQA 3QAAA 5P2KA 5KQXA 3LZVA 4OBFA 3VG1A 4HLAA 5P55A 3EL4A 3T6IA 3ZKMA 3QBHA 1HPXA 3IN4A 1VIKA 3M9FA 5P0WA 3OQFA 5P7IA 4QJ7A 3RTHA 4HE9A 2AOCA 4LBTA 5P3QA 2AVMA 1HVHA 4FRIA 4ZLSA 3UDNA 5DR1A 5P0BA 4JOOA 5P8QA 1BV9A 3OUDB 1ZBGA 4MC1A 3G70A 2R3WA 5P22A 3VFBA 1FQ5A 2I4DA 1META 5COOA 5HVPA 1OEWA 5OZ1A 3INHA 2NTRA 4H1EA 4RZ1A 4GJ7A 2WF3A 5OYVA 2F81A 2G21A 5OYZA 5P0HA 1HEGE 1U8GA 3DJKA 5P87A 3Q4BA 3ER3E 5P74A 4CPUA 1DMPA 1DIFA 5P4WA 5P2IA 5P8CA 3URLA 5P4XA 1LS5A 5OZBA 3OAGB 3RU1A 2WKZA 5KR8A 3WB5A 4BEKA 2QD8A 4DJRA 5IE1A 3JVWA 4OBDA 3NYGA 3URJA 2OHNA 4FM6A 3HVPA 2ZJJA 3TKGA 4GZFA 4ER1E 3B80A 1T7IA 5CONA 2NMYA 4Y57A 1W51A 4Y3HA 4D85A 4U7VA 3KT2A 4DPFA 2AODA 3ECGA 1LF3A 3UQRA 4B00A 3ZKIA 3IXKA 3IVIA 1EC0A 3RVIA 3HLOA 3CMSA 1HVJA 4Y44A 5P3HA 3UDYA 3NU6A 5BS4A 2VKMA 1K1TA 4Y39A 2QHZA 3OUBA 5P75A 5AGZA 5P5RA 4R91A 1HEFE 2O4KA 1YM4A 4RVJA 1MVPA 3LPIA 5P2NA 1G6LA 3NU4A 4GMIA 1ZAPA 5KQYA 4RGHA 2QZXA 2J9KA 3MXDA 2PC0A 5DQ2A 5P14A 2AOJA 3PMUA 2XYEA 3LPKA 5P3YA 2QAKA 5P3XA 3H0BA 2IGYA 1B5FA 3EKPA 3UQUA 5OZOA 5P54A 3SM1A 1GVUA 2G1OA 3OU1B 3OU4B 3K5GA 4I0GA 1Z8CA 2BJUA 5OYUA 3NU9A 2VA7A 1CZIE 5P1EA 5P0AA 1SIVA 4CPQA 4EJKA 2ZYEA 3L5DA 5P0XA 3NDTA 3VYDA 1FQXA 4Q1WA 4Y4TA 3QRMA 5P20A 2QNNA 5P3VA 5P0YA 1E82E 5P3FA 5P2RA 2WL0A 5OZHA 5AH8A 1MESA 2NMZA 3BC4A 2PH8A 5P1GA 4Y3AA 5P0KA 4H3GA 5P6NA 3BGCA 1KJ7A 3NDXA 5OYYA 3LIYA 1BV7A 1OHRA 2FIVA 3VFAA 1PFZA 5I70A 5P2TA 3SA4A 2FDPA 2VA6A 3S54A 4Y51A 1HVKA 4K9HA 3L5EA 5P5GA 5P3EA 4DJYA 5P5TA 1G0VA 1SDVA 4DJOA 1D4KA 4ZPEA 5JG1A 4H3JA 3VSXA 5P82A 2APRA 5P1BA 2A4FA 5P49A 2I0DA 5P4IA 4LXMA 3U6AA 1RQ9A 3EKYA 1WBKA 2WEDA 4NKKA 3EL1A 4PZWA 8HVPA 3NDUA 5P29A 3PB5A 5OZQA 3ZLQA 2BPVA 5SY2A 2J9JA 2NNPA 3TTPA 1TZSA 3UQWA 5P7BA 4MC9A 5HCTA 5OZFA 7UPJA 5P8BA 1YG9A 4ZPFA 5E5JA 4Y3DA 3SA3A 2XFIA 1PSNA 5P7TA 1EPOE 4DV9A 4Y5EA 5P5UA 5FIVA 4DQBA 5OZKA 1GVVA 5COKA 3PBDA 1F34A 5P6PA 1B6JA 3ZL7A 5P7DA 1M4HA 2QP8A 3TKWA 1GNOA 4EJDA 2EWYA 2ZE1A 3ZKXA 5P3UA 1EEDP 5P51A 2F3KA 4M8YA 5P4EA 4FAEA 4J0YA 4Y50A 5P2DA 2AVVA 3HD8A 5P39A 3VLBA 5P7PA 5P6AA 1A9MA 4YHQA 4CKUA 2QK5A 1AXAA 5DR0A 1HVRA 5P8MA 3VSWA 5P5XA 3T7PA 2PYNA 1EBZA 3EL5A 4JPCA 4DUSA 2OHQA 4Y45A 5P78A 3NWQA 5P8SA 4B77A 4XKXA 2AVQA 4YD3A 1SIPA 3NUJA 2I4XA 5CLMA 2OHKA 3OQ7A 5P6JA 2AZ8A 3OQKA 4WTUA 1D4HA 2MIPA 4EP3A 2R43A 4EQ0A 3FV3A 4YBFA 1ZP8A 3RSVA 2V0ZC 5P4ZA 2QMGA 1NPAA 5OZNA 5ER2E 4D88A 4OBHA 5P8EA 5OZDA 5KOQA 4OBZA 3WB4A 4BFBA 1T7JA 2O4NA 1M43A 4GIDA 5OYRA 3SA9A 3AIDA 5P5IA 4D8CA 3SA6A 2Q5KA 4KB9A 3HBOA 2G27A 2IDWA 5P7WA 2R8NA 2G1NA 4Y3QA 2QU3A 2ER6E 5PEPA 4FRKA 4Y4EA 3F9QA 3EBZA 4FE6A 3VEUA 4CMSA 3DK1A 5SXNA 5P8NA 3LIZA 4Y4UA 4OC6A 2R5QA 1EBWA 5P6LA 5P3JA 1CMSA 4Y38A 3SA5A 5P1VA 3CYWA 3PEPA 3K1WA 2O4PA 4Y4XA 1EC3A 4M8XA 6FIVA 1A94A 1ZJ7A 2HB2A 2NXDA 3L58A 5P07A 5P2WA 5P4FA 4I1CA 5P48A 4I11A 3DV5A 5P00A 5P5FA 1GKTA 3ZMGA 4Z22A 5P7GA 3EL9A 3ST5A 2I1AA 2P83A 1EPNE 5P5VA 5AH6A 3UDMA 4LAPA 4Y5LA 4AZYA 5P5KA 4R8YA 1YTHA 3LZUA 5P5WA 4GJCA 4Y35A 5P4TA 1W6IA 4B05A 5P5LA 5OZIA 5IS4A 1ZSFA 5P8JA 4EJ8A 5P0FA 5P26A 5P5EA 4CP7A 5P7YA 4BELA 2UY0A 1BDLA 1MSMA 3UDKA 3AUPA 3OQDA 4GJAA 1HTRB 2ZHRA 5P1FA 3SFCA 1UPJA 2Z4OA 3S8IA 1LYBB 5P2LA 2WF4A 3CIBA 3Q3TA 3S45A 1MRWA 5OZ9A 5P2YA 1EAGA 4Y4ZA 3LZYA 2ZJLA 3QVCA 5OZGA 2PQZA 5P23A 1HRNA 5P1SA 5P7FA 1MERA 3O9LB 4Y3FA 1LZQA 4WY6A 5P6IA 2QNQA 3OHHA 3URIA 5OZCA 3T3CA 4I0HA 2BKSA 5P1NA 1LF2A 1GVWA 5P0IA 4DQFA 3K5DA 5P0JA 4Y3LA 5P0DA 4FL8A 4Y3MA 3U7SA 3DV1A 1DP5A 1HWRA 3VV7A 1B6MA 3UDRA 2HPEA 1FFIC 3GGVA 5P5CA 5P7VA 3WZ8A 2ZJNA 3R0YA 1XE6A 3VF5A 5BWYA 3PVKA 5P8IA 3TL9A 3APRE 2R5PA 4A6CA 2AZ9A 3PJ6A 4EWOA 1XDHA 3SA7A 1FQ8A 2VJ9A 1DW6C 1UH8A 4X2LA 3SABA 4N00A 5HU1A 3QIHA 1HVLA 4TRWA 2FXEA 1APVE 1TQFA 3S43A 1PSOE 3N4LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4W A;  4DJU A;  2B60 A;  1APT E;  5HDV A;  1MEU A;  3SA8 A;  2I4U A;  4TRY A;  5P27 A;  4GJ9 A;  1A8K A;  2QD7 A;  2ER7 E;  4YD5 A;  4B72 A;  1LYW B;  5P16 A;  3NWX A;  2IS0 A;  5P68 A;  5P44 A;  5P5S A;  3S56 A;  4Y5G A;  1HXW A;  1A8G A;  4BFD A;  3Q5H A;  3D91 A;  5P4G A;  2AOF A;  5HE4 A;  3IXJ A;  5HTZ A;  4DQH A;  4Z2Z A;  4CPT A;  5DGW A;  5KQF A;  4IVT A;  4QJ8 A;  4Q5M A;  3I8W A;  3OAG A;  2PK6 A;  1GVT A;  4DVF A;  3UTL A;  5SY3 A;  2PMA A;  1FQ7 A;  2G22 A;  4HDP A;  4RRO A;  2I4W A;  2PYM A;  4HDB A;  3PMY A;  1XL2 A;  2G24 A;  4YD7 A;  1B11 A;  1XL5 A;  3L5F A;  4ZIP A;  4Y5M A;  1AJX A;  4OBK A;  5P1I A;  5OYX A;  1QBT A;  4ZSM A;  3TLH A;  4LXA A;  5EZZ A;  5P6H A;  1IIQ A;  1K2C A;  5E5K A;  2Z54 A;  1BDQ A;  1EPL E;  2ASI A;  5OYS A;  5P61 A;  1IZI A;  5P6Y A;  2JE4 A;  1ZTZ A;  5P59 A;  3OU3 A;  4FCO A;  3TPJ A;  3O9A A;  2FS4 A;  3GI4 A;  5P0U A;  2CEN A;  5ENK A;  5P64 A;  1QS8 A;  3JW2 A;  4J1F A;  5P1R A;  5P4Y A;  2AID A;  3IXO A;  5P3I A;  5P15 A;  5P30 A;  5P83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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