1QBTA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyclic urea amides: HIV-1 protease inhibitors with low nanomolar potency against both wild type and protease inhibitor resistant mutants of HIV.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbtA00
5OZ5A 5P28A 4U8WA 2PYMA 2IENA 5P65A 4PYVA 3EKPA 2QU2A 5P0EA 3O9BA 4I8ZA 1SP5A 2R3TA 1K6CA 2QMDA 3TPRA 2HB3A 4J1CA 3N4LA 1G2KA 3QIHA 5KAOA 3TPPA 5P6ZA 2ZHVA 3VYEA 3L59A 4FIVA 4NJUA 5ENKA 5P25A 5P5CA 2Q54A 3PEPA 3NYGA 3N3IA 2F80A 4LXKA 5P07A 1B6JA 5P57A 3K5DA 5COOA 5P1IA 2P3DA 2BPZA 4L7GA 2QU3A 5P4ZA 2IRZA 3UQWA 4J0ZA 4DJWA 4D89A 4JOOA 1LEEA 4GJ6A 3SABA 2ZHTA 2R5QA 5P20A 2ANLA 2ZGAA 1YM2A 2QCIA 8HVPA 5P78A 4DQGA 5APRE 3K4VA 1Q9PA 1ER8E 5P2RA 2AOHA 1FQ4A 3HDKA 5P7DA 2ER7E 2OHTA 1GNNA 5E5JA 3DOXA 3JW2A 4I8WA 2R8NA 5OZQA 3L38A 5P3IA 4MC6A 4K4PA 1IZHA 1ME6A 3O9GA 4Y3GA 5IE1A 3T7XA 5P64A 1F34A 3H5BA 5P0HA 4K4RA 4GJDA 5P0BA 2OHLA 5COPA 4GMIA 5PEPA 5P4JA 3SACA 5KQFA 2FDDA 5HCTA 1LV1A 5P1MA 1XN3A 1EPLE 5OZ6A 4OBKA 5P09A 5P1GA 2NR6A 2HPEA 5P4AA 3OAGA 1Z1HA 3S2OA 3EKQA 3EM3A 2VJ6A 1EC0A 1ZPKA 2PQZA 1K2CA 5P3UA 1APTE 3BHEA 1W6IA 1ODXA 5OZ2A 5P7ZA 3B80A 1BAIA 4Y4AA 3VV6A 4QJAA 5P72A 1GKTA 1PPLE 5OZGA 5P0TA 2P3AA 5OZSA 4EJDA 1DIFA 4YA8A 2QI3A 5AH7A 3MXEA 2G1RA 5P0OA 4Y9WA 5P4EA 2H6SA 2V00A 3PCWA 5P6YA 1GVWA 3K4VC 1M0BA 1FQ8A 4Y3TA 1KJFA 3DUYA 4YDFA 5OZAA 5P0RA 5HCOA 2RMPA 1QRPE 4QJ9A 5OZXA 5P02A 5P1JA 1MESA 5P6WA 3UQPA 3U7SA 1OEWA 3QN8A 5P2LA 4EXHA 3WB4A 2I0DA 4H1EA 4D8CA 4L1AB 4GIDA 1NPAA 4Y4WA 4ER1E 2VNMA 5P3OA 5P1KA 5P6TA 3NSHA 5P6SA 4BFBA 2ER6E 2FDPA 1XE6A 3BUGA 4I11A 4RLDA 2PSGA 3OGPA 4DI2A 2B42A 2HC0A 4XX3A 3ZKMA 4I0GA 1E81E 1EC2A 1W6HA 3NU9A 2JJJA 1EAGA 5OZOA 1IIQA 1MTBA 2XFIA 4ZSMA 2Q55A 2VIYA 5P76A 2QMGA 1FKNA 2RKFA 5P2CA 1GVUA 2PMAA 2Z54A 5P1TA 5P5LA 5P2GA 9HVPA 1WBMA 2PK5A 1TCWA 1ZSFA 5P50A 1HXWA 2BPVA 5P5KA 4DJOA 3VUCA 1IZEA 3OGQA 3T7PA 2CEMA 5COKA 2FNTA 4Q5MA 4XX4A 5KOQA 4YDGA 4EYRA 4M8YA 4QJ8A 5HE7A 3TKWA 4PZWA 1SGZA 1UH8A 3Q3TA 4TVHA 4DQBA 4B1DA 3LHGA 3OU3A 5P1EA 4AUCA 3PWMA 1C70A 1EPRE 4Y3DA 1MERA 1W5XA 2ZDZA 1D4SA 5P3MA 1AM5A 4DPIA 4BFDA 3OQFA 1JLDA 4Y6MA 3OAGB 2QI0A 1FF0C 5P1VA 1FEJC 1DMPA 5HVPA 3NWXA 2ASIA 3OADA 3PBZA 2AVMA 3EMYA 3LZVA 2Q11A 1EPME 2G20A 3EM4A 2WEBA 1RNEA 5P84A 1FMBA 4FRSA 3EL0A 3IXKA 3SA9A 3UPJA 3G70A 4X2LA 1T7KA 1SBGA 1C6XA 4FM8A 3EKYA 3GGVA 5P7SA 2R5PA 3O9IA 3MWSA 5P39A 5P6KA 5P7WA 5P4TA 1LZQA 5P38A 1HVIA 1FQ6A 5AH9A 3CIBA 3SO9A 3RU1A 1QS8A 4R95A 4EQ0A 5P1UA 5TOLA 3QRVA 2QZLA 1EPOE 1YG9A 5DR4A 5P0FA 4ZSRA 2AOFA 3HAWA 5P0JA 4OBZA 5P86A 3U71A 5OZHA 4DVFA 3OQKA 5P4YA 3APPA 4Y5AA 5P6XA 2ZHSA 3EL9A 1PPKE 4DUSA 3VSXA 1QBSA 5P2YA 5P2XA 4HVPA 1MUIA 2PH8A 4YCKA 5P1DA 1M43A 1TQFA 4ZPFA 5P0YA 5BS4A 5DR1A 1WKRA 3S7LA 5OYWA 4YBIA 5P1RA 2PSVA 4AMTA 4E43A 5P3XA 4GB2A 5JFPA 4FCOA 5P6BA 3VCMA 1YX9A 1CZIE 4Y53A 4Y3NA 1QBTA 2XFJA 3LNKA 1CPIA 2ZJJA 5P0PA 4U7QA 5OZ1A 5OZNA 4LP9A 1IDAA 5HU0A 5P7QA 3INFA 3UDNA 5P41A 5P73A 4EPJA 3ZPTA 5OZIA 4M8XA 3INHA 5CONA 3PGIA 5P7LA 5P08A 4I0IA 3I8WA 5HTZA 4I0HA 5P01A 3D1ZA 2O4KA 5P5DA 5P3JA 4B0QA 2G69A 3KMXA 5P69A 1OHRA 4IVSA 4YBFA 4YD4A 3OXVA 4RZ1A 3SQFA 4PZXA 1K2BA 4A4QA 5P42A 5P0NA 5OZUA 2G24A 3UDMA 4J0TA 5P37A 4HA5A 2FDEA 3NUOA 6FIVA 2IGYA 3CKRA 1AVFA 4Y58A 1SIVA 1XL2A 1FQ7A 1HTEA 5OZ0A 1ZSRA 3DJKA 2PWCA 5P2FA 1D4YA 2AVOA 4KE1A 4CKUA 2V13A 3CYWA 4B00A 3R0WA 2IQGA 3HLOA 3PCZA 2R43A 5P58A 2HB2A 5P44A 2NTRA 3T3CA 2BJUA 2CEJA 2OHNA 1ENTE 3BXSA 1LYAB 5P30A 2WEAA 5OZDA 5P70A 3LZYA 5KQZA 5AHAA 4LC7A 4DQEA 4CMSA 3KDDA 3CKTA 3PLLA 4DJRA 5IVTA 5P52A 2APRA 4OBJA 1LF2A 5JODA 5P61A 2HIZA 2R9BA 1HVSA 5P83A 5OYSA 3NU6A 3GW5A 3OOTA 3S45A 3ZKSA 5DQ4A 3GGUA 2AZ9A 3S8IA 4FSEA 1MT9A 5OZ8A 3VYDA 2WJOA 2ZYEA 1PSNA 3EKTA 3O9DA 1HIIA 1KZKA 5OYQA 5P4SA 3UDPA 1DW6C 3ZKNA 4FRKA 3DCRA 2UXZA 1AIDA 3ZL7A 5P6JA 5HE5A 1WBKA 5P6MA 2G21A 4H3JA 4R93A 5P71A 3PBDA 2QMFA 2XYEA 3KF0A 5P8VA 5P6AA 5P3KA 3Q6YA 1LF4A 3NXEA 1HVHA 2BPYA 4KE0A 1NPWA 3FKTA 4TRWA 5P5PA 2F81A 2B7ZA 5P1LA 4FAFA 4L1AA 4YD7A 1AZ5A 3UDQA 3PRSA 4I1CA 1EC3A 4Y37A 3PMUA 2HB4A 4R92A 3BVBA 2VIZA 3URLA 1A8KA 4I0FA 4HE9A 1N49A 2QAKA 5I70A 3R1GB 3HBOA 2ZJMA 5I3VA 3KDCA 2AODA 1K1TA 3IN4A 2F8GA 3VV7A 5P6HA 1HVLA 4RGHA 1BVEA 3VF3A 2ZJIA 3ZKXA 3NXNA 5P7VA 4H3GA 4QLHA 4KUPA 5P00A 5P8JA 3VLBA 3KMYA 5OZCA 5P0VA 2QK5A 2P8HA 5ER1E 5P0DA 4FRIA 4Y5GA 5SZ9A 2ZJHA 3HW1A 4Y41A 5P2JA 2QD6A 4Y5LA 1HOSA 2F3EA 4R5NA 3TH9A 3UF3A 3WB5A 4Y51A 5DR7A 5P8BA 3TOFA 2G1OA 2VIJA 5P7PA 1HBVA 2I4VA 2AZBA 1FMXA 1BWAA 1HEGE 3OTSA 5P1QA 2WEDA 1BBSA 1BXOA 3QBFA 4Y4ZA 4NJVA 1BDLA 5C9BA 4B05A 5P14A 4D88A 3OXXA 4YHQA 5KQYA 3IXJA 1HIVA 3RTMA 5BWYA 5P0CA 1KJGA 4H3FA 2Q63A 5OYUA 4AZYA 3NDUA 3LIQA 5UPJA 5P7GA 1MRXA 5P8CA 1EPQE 3O9LB 5P4VA 4EP3A 5P7NA 4L6BA 3C9XA 3OU4B 1W5VA 5P4GA 3SA3A 1PROA 3EKXA 4GJCA 2O4NA 3LPJA 1EPNE 4MC2A 5P29A 2IS0A 3DV1A 1LF3A 4PPHA 4EJKA 3HD8A 4CPSA 3O99A 5P7UA 5P8IA 1IVQA 1NH0A 2G1NA 3Q5HA 4Z4XA 5P2BA 1UPJA 3OHHA 4CPUA 1T7IA 4GJBA 4Y3JA 5P0AA 3GI0A 4NPTA 5OZPA 5ISJA 3KDBA 4Y36A 3VSWA 3IVHA 4GJ5A 3PM4A 1D4IA 1E5OE 5C9FA 2Q5KA 3OUCA 5P8LA 2NNKA 4R8YA 3CICA 4Y3SA 4J0YA 2V16C 5P1SA 1FIVA 3ZKIA 1DP5A 2PYNA 2VKMA 4AA9A 3KFSA 4Y3ZA 3OQ7A 2QP8A 5OZLA 5P23A 3UHLA 3PLDA 2FXDA 3K5FA 1D4JA 1MVPA 5P8UA 3OUDA 3WSJA 5HD0A 4Y5NA 3UDHA 1A94A 3TLHA 2XYFA 5P8NA 3D91A 2G1SA 4OBGA 5P5OA 2WF2A 5SY2A 5HU1A 1QDMA 2V12C 2WF0A 5P3SA 2BKSA 2HM1A 4QJ2A 1BILA 3EKWA 5OZBA 1EC1A 2AIDA 3FNSA 2PSUA 3EL5A 3GI4A 5P19A 3D20A 2NXDA 4Y4GA 3GI5A 4JPCA 2FGUA 1T6EX 4RCFA 1MT8A 2J9KA 5P8GA 1G0VA 2G26A 2OHUA 4YE3A 1TW7A 4APRE 4BELA 2I4DA 5P8SA 1HPSA 4FGXA 5EZXA 4XKXA 3MSLA 3QRMA 3QP0A 5P2OA 4OBFA 4J55A 1OD1A 5OZTA 4CPWA 3QI1A 2Q15A 4FE6A 3QVIA 4Y3YA 5AH8A 1YM4A 5P81A 5P2NA 1B6KA 2IEOA 4GJ7A 2OF0A 4ZPGA 5P6PA 3VEUA 3RTHA 5P4WA 4QJ6A 5OZFA 3SA5A 1C6YA 5P3VA 5OYYA 4J0VA 1BWBA 3SAAA 1MTRA 1EBWA 2AOCA 4JECA 4Y4XA 1IZIA 5P79A 3IGBA 5P0MA 3R2FA 4B70A 5P4FA 4EWOA 1PSAA 4AA8A 3IN3A 2BPXA 5P05A 3T7QA 3OQDA 5P3EA 5P5NA 2OHMA 5P24A 2VS2A 2JYSA 4COEA 1LYAA 1K6PA 3O9HA 4DJPA 1LYBB 2QI1A 5P40A 3NU3A 4A6BA 4RCDA 1LYWA 5P7RA 5P7JA 4OD9B 5P3WA 1NSOA 5OZ3A 4Y43A 5P0IA 1A8GA 3OTYA 2WHHA 3KFPA 3S56A 2RENA 2AQUA 3ZLQA 3PSYA 3PMYA 2B8LA 5P3NA 1MPPA 3GGXA 5OZJA 2AOIA 3EKVA 1PPME 2B8VA 3U6AA 5P5HA 2RKGA 5P1YA 2IKOA 4K8SA 5P8TA 4J1FA 4OBHA 5OZ4A 5P36A 1HTFA 5P2AA 1EBYA 3OUDB 4Q1WA 5DQCA 1ODYA 3LZUA 1GVXA 3URIA 2WL0A 5ENMA 4CPRA 4LXMA 3SA6A 1YTJA 2UPJA 5P5VA 5P1NA 2QI5A 3QS1A 1K6TA 2F3KA 5OZEA 2O4PA 1ZLFA 5I3YA 3SA4A 3UDJA 3ZKQA 3R4BA 1FG8C 4J1IA 1FFFC 4WY6A 4Y3AA 4ACXA 4U7VA 3L5EA 3T11A 4Y3RA 1AJVA 4DQFA 4JPEA 4F75A 5P0ZA 5P3ZA 5P27A 2ZHUA 3K1WA 1HPXA 5P34A 5P3GA 2QNNA 5T4SA 3G72A 3KM4A 5P8KA 3QPJA 5P6EA 1HSHA 1D4KA 2V11C 1MSNA 2O40A 1BV7A 1AXAA 5P3TA 5P5EA 4TRZA 2ZHRA 3KYRA 5P7IA 1A9MA 5P3CA 4Y45A 5P4IA 5P1FA 5P49A 5DR0A 3SM1A 5P6NA 5P2DA 5P12A 3D1XA 3OU1B 3MSKA 4Y3LA 4OC6B 5HDUA 2WF4A 5P4RA 2QMPA 2O4LA 5P32A 1IBQA 5P2SA 3EBZA 3UDYA 1SMEA 4RCEA 3OXCA 5P5JA 3RTNA 3HVPA 5P7KA 4ZPEA 4ZE6A 2P83A 5P53A 1M4HA 3ZOVA 5P6IA 2A1EA 5HDVA 3DV5A 5P5GA 4R91A 3CMSA 3ZPUA 1FGCC 4J1EA 3NU5A 5P74A 4CP7A 5P13A 4GZFA 2G1YA 5P7AA 3S7MA 1LYWB 5P43A 2PH6A 5P0XA 5F00A 3SLZA 5P8MA 3KN0A 2AOJA 4FRJA 3I2LA 5P89A 5P4LA 5OYZA 3EXOA 3OXWA 4DJVA 3L3AA 1PFZA 1TSUA 3CIDA 5P16A 1B5FA 5J25A 3KT2A 5P5XA 4J54A 2VIEA 5KOSA 4Y5CA 3EM6A 5P0UA 4DH6A 4EP2A 4ER4E 5P8PA 3UTLA 2Z4OA 3O9LA 2AOEA 3EL1A 5P66A 3LIVA 3UFNA 4J1HA 1BIMA 4APEA 6APRE 4Y5MA 3UQXA 1IVPA 3OU4A 1BV9A 3OWNA 1XS7D 5I3WA 4Y50A 3TKGA 1XL5A 1B6PA 3L5CA 5ISKA 1GVVA 3BC4A 3OHFA 3BUFA 5P5IA 3K5GA 3JVWA 1YTIA 3QBHA 3WZ6A 2CENA 5KR1A 3BRAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ5 A;  5P28 A;  4U8W A;  2PYM A;  2IEN A;  5P65 A;  4PYV A;  3EKP A;  2QU2 A;  5P0E A;  3O9B A;  4I8Z A;  1SP5 A;  2R3T A;  1K6C A;  2QMD A;  3TPR A;  2HB3 A;  4J1C A;  3N4L A;  1G2K A;  3QIH A;  5KAO A;  3TPP A;  5P6Z A;  2ZHV A;  3VYE A;  3L59 A;  4FIV A;  4NJU A;  5ENK A;  5P25 A;  5P5C A;  2Q54 A;  3PEP A;  3NYG A;  3N3I A;  2F80 A;  4LXK A;  5P07 A;  1B6J A;  5P57 A;  3K5D A;  5COO A;  5P1I A;  2P3D A;  2BPZ A;  4L7G A;  2QU3 A;  5P4Z A;  2IRZ A;  3UQW A;  4J0Z A;  4DJW A;  4D89 A;  4JOO A;  1LEE A;  4GJ6 A;  3SAB A;  2ZHT A;  2R5Q A;  5P20 A;  2ANL A;  2ZGA A;  1YM2 A;  2QCI A;  8HVP A;  5P78 A;  4DQG A;  5APR E;  3K4V A;  1Q9P A;  1ER8 E;  5P2R A;  2AOH A;  1FQ4 A;  3HDK A;  5P7D A;  2ER7 E;  2OHT A;  1GNN A;  5E5J A;  3DOX A;  3JW2 A;  4I8W A;  2R8N A;  5OZQ A;  3L38 A;  5P3I A;  4MC6 A;  4K4P A;  1IZH A;  1ME6 A;  3O9G A;  4Y3G A;  5IE1 A;  3T7X A;  5P64 A;  1F34 A;  3H5B A;  5P0H A;  4K4R A;  4GJD A;  5P0B A;  2OHL A;  5COP A;  4GMI A;  5PEP A;  5P4J A;  3SAC A;  5KQF A;  2FDD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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