1QBUA

Hiv-1 protease inhibitors wiih low nanomolar potency
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Cyclic urea amides: HIV-1 protease inhibitors with low nanomolar potency against both wild type and protease inhibitor resistant mutants of HIV.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1qbuA00
3UFNA 1LZQA 5P0FA 5P13A 5C9FA 2PC0A 2AVOA 5P1LA 3Q3TA 4EQJA 5P53A 1TSQA 2WEBA 2NTRA 5P8OA 3BUGA 2HM1A 3UDJA 1IBQA 1NSOA 1HVJA 4F75A 3AUPA 4MC1A 3TNEA 1HVIA 5P0ZA 2QMPA 3S56A 4Y44A 4H3GA 3O99A 1TZSA 5P26A 3URLA 1APTE 4ZPGA 4ZEAA 1B5FA 3K5CA 4J1CA 3TPRA 5P0SA 3UDRA 4WY6A 5P1EA 4OBGA 4DQCA 5P1MA 5AHBA 2G21A 4I8WA 4R93A 4EPJA 3TL9A 9HVPA 3AIDA 4OC6A 4YD4A 3BRAA 5P02A 5P0MA 3G6ZA 5P37A 3EMYA 2G24A 4NKKA 2Q5KA 2QI7A 4LL3A 2WEAA 4WY1A 5P39A 2CEMA 3PHVA 3PLLA 3S54A 1FF0C 5P0CA 4GJCA 4Y9WA 5OZ8A 1IVQA 4X7IA 5P6OA 1MERA 1FIVA 2J9KA 4EJKA 3O9LB 4Z22A 5F01A 5P2OA 5P5YA 4GJ5A 3URJA 2FDEA 1EPPE 2OHUA 1UH9A 5P6LA 1EPLE 2FXEA 1MESA 4DJQA 4ZSPA 4Q1YA 1PSAA 1YTHA 3UDQA 4B78A 3SA4A 5P1IA 5P8FA 4IVTA 2NNKA 2AVMA 5P7UA 5P2GA 1HBVA 2QNPA 2ER7E 4Y35A 3UFLA 1UH8A 4Y57A 4I0HA 5AH8A 5P1FA 3U71A 4YDGA 3EL9A 1WBMA 3OHFA 3R1GB 3EBZA 5P6WA 3VYEA 1HXWA 2NNPA 3DCRA 5P34A 1MT9A 4I11A 5P0WA 4Y4BA 2PK5A 5P12A 5P0OA 5ENMA 2ZJIA 5TOLA 2ZHVA 5P1SA 2XYFA 4Y5GA 5P1JA 5P3YA 5P8JA 5P3PA 1B5FB 2QMDA 4I10A 3BUFA 3L58A 4CPUA 5P2KA 1HTFA 4H3JA 4NPTA 5KR8A 4Y5MA 4DQFA 2AZ9A 2FGUA 2IRZA 1N49A 1YM2A 3LIYA 4OC6B 5P3OA 1GVTA 3R4BA 3VG1A 2OHPA 4DPFA 3QAAA 2QK5A 4QGIA 3LIVA 1DIFA 5ISJA 4ZLSA 3OGPA 5P2EA 1PSNA 4Y3PA 2AQUA 4Z4XA 4J0VA 5IE1A 3HW1A 5P6HA 2V13A 5P8CA 4CPWA 5P8KA 4COEA 3BHEA 1B6LA 3VLBA 1YTIA 5F00A 2QI4A 2XFKA 1HVLA 2QZXA 3OQ7A 5KQZA 3KM4A 5P7BA 1SGZA 1BVEA 1HIHA 1HVCA 2PWRA 4FSEA 3SKGA 3SA7A 2HAHA 5P7IA 3D1XA 1PPKE 4J54A 1IDBA 5P1NA 5P78A 1HSGA 1APUE 1BV9A 4MC6A 2VKMA 1FG6C 1BDRA 3EKQA 5P7EA 4AUCA 5P6PA 2Q15A 1AM5A 5AHCA 2AOFA 1NH0A 4GMIA 5P3HA 5OZFA 1BWAA 3QROA 3ZKIA 5P1HA 4Y5LA 5IS4A 4M8YA 1HRNA 5P4SA 3ZKMA 1GNMA 2Z54A 4XX3A 2ZHRA 2HS1A 3O9CA 5P73A 4Y5NA 3UF3A 3Q5HA 3OOZA 4B70A 5P4LA 8HVPA 4YDFA 3WZ7A 2JJJA 3S7MA 2PSUA 1W6IA 5P0UA 4BFDA 4MC9A 4J0YA 3DV1A 2B42A 2ZJNA 1M0BA 5CLMA 3HBOA 5P2JA 4J17A 4U8WA 1DP5A 4HE9A 5OZNA 5P2XA 5P8LA 3VF3A 4WTUA 3EL4A 2P4JA 2R38A 2VIEA 5P23A 1U8GA 2P3AA 3Q70A 4ACXA 3OXWA 2RMPA 5OZKA 2IQGA 2G1SA 1ER8E 5P6RA 5T4SA 2OHQA 5P66A 2WKZA 2VJ6A 3DV5A 3KFRA 5P4ZA 3ZOVA 3UQXA 1Q9PA 5ER1E 4K4QA 5P45A 5EZZA 3ER3E 5P4TA 3RSVA 2F3FA 4Y4EA 1ZAPA 5COPA 5P56A 5DR1A 3UDYA 4DJXA 3L59A 3IA9A 1XE6A 5P1XA 1F34A 1FQ6A 4GJ7A 3LZYA 3LPKA 5DPZA 3UQUA 1FG8C 3CIDA 5P1QA 1IVPA 3LPJA 3KFSA 4DJVA 4Y5AA 2QD8A 2XYEA 4GJ6A 2BPVA 3SA6A 4EJDA 2ZHUA 1T7IA 1NPWA 2O4KA 5P3MA 4OBJA 3EM4A 5P6TA 5P6UA 4Y3YA 2BKTA 1ME6A 2JJIA 5P8NA 3S43A 4EJ8A 1ODYA 2BBBA 4HZTA 1META 2BKSA 2NR6A 5I3YA 3PEPA 4Y5EA 4I8ZA 4RCEA 2F80A 2VJ7A 2A4FA 4OBDA 5HVPA 3OUCA 5P8TA 5P1CA 4QJ8A 3LNKA 3PSUA 5KAOA 5P7VA 5P8UA 5P8VA 2QU3A 5P5FA 3I25A 1IZDA 1TQFA 5P4QA 4Y3RA 5OZEA 4APRE 4TRZA 4LXAA 4B72A 5I3WA 3ZKNA 1YTGA 3KF0A 4R5NA 1G0VA 4PPHA 3NUJA 1DPJA 2G1OA 4Y43A 3QP0A 5P8RA 5P3EA 2HB4A 5P19A 1K6CA 3N4LA 3RSXA 4H3IA 1EPRE 1W5YA 2WECA 3GGVA 2RSPA 1W5XA 5P6YA 3LIXA 4EXGA 2ZJHA 2ANLA 3EM3A 5P5TA 4YCTA 2FGVA 3NDTA 4JECA 5P2LA 1MSNA 4UPJA 7UPJA 5COKA 2AVVA 1C70A 5KQYA 4EYRA 4QJ7A 5P3NA 1ODWA 3OTYA 5P60A 5P88A 2IGYA 4GJBA 5OZAA 5OZDA 5P4FA 5P8HA 2NMYA 5P4GA 2XFIA 4J1EA 2QI6A 3QN8A 3PSYA 2OHLA 4YOAA 5P04A 3LZVA 4Y3LA 2PSGA 3SKFA 4Y41A 5DGUA 5HDUA 5JFUA 3L5DA 4BELA 2VS2A 3VYDA 5P8EA 4Y3DA 1ZLFA 5DQ2A 3SA3A 3KT2A 3DK1A 3EL1A 1CZIE 4HDPA 5P71A 4YD5A 5DR7A 3S43B 5OZXA 1CPIA 4RRSA 5P1ZA 1AXAA 3HAWA 2FS4A 2PYMA 4JPCA 2VJ9A 2QNNA 3UCBA 3KFNA 2G1NA 2I0DA 3NDXA 5P01A 2HPFA 1HSHA 2G26A 4QLHA 3EKTA 1EPQE 1GVVA 3QVIA 4QJ2A 5HDZA 4DJPA 5P62A 5OZMA 5P61A 2Q3KA 3L5CA 2QZKA 1RNEA 5P8IA 3D20A 4YA8A 4OBHA 4Y4WA 2Q11A 2FNSA 1MIQA 1GVXA 5P7RA 3NDWA 5P3JA 2R3TA 1ZPKA 1APVE 4JP9A 3OQDA 2ZHTA 3I8WA 2H6TA 3SA8A 3FNTA 3NU4A 4Y5PA 1BDLA 4FRKA 5P0HA 4OBZA 1FMXA 2F3KA 3LPIA 4LC7A 3EL5A 3BXRA 5P0TA 2IKUA 5IVTA 5P3WA 5OZZA 2VA7A 3PBDA 2QHZA 5P8AA 2QI5A 4FM8A 3TPLA 4B77A 4Y3HA 5P1RA 1LYWA 5P0LA 4Y4AA 3SM1A 3ZLQA 4FRJA 1HWRA 3OQKA 4Y56A 1MSMA 1IDAA 4ACUA 5P6EA 3OTSA 2BPWA 5HE5A 3T11A 4DUSA 2I0AA 1HIVA 1EC0A 4YE3A 3IVIA 1EC3A 3QI1A 5P1OA 2ZJLA 3EKYA 4APEA 1AVFA 4TRYA 5KR0A 1MT7A 1BVGA 3UQPA 1C6YA 3MXDA 4AA8A 3KA2A 2BPXA 1EPNE 1MEUA 2I4VA 3NU6A 4FGXA 3S7LA 4FS4A 4YOBA 5OZJA 3HAUA 1OEWA 4FL8A 5P0NA 4DV9A 4Y5KA 2FIVA 2PWCA 5P2MA 3DUYA 2QI3A 3LITA 5P4UA 5P4IA 2IENA 4Y3WA 4CPTA 1D4YA 1QBUA 3CYXA 3TPJA 4I0FA 5P4PA 1VIKA 1XS7D 5HDXA 5P6ZA 2V16C 4HVPA 4Y48A 3VCMA 5P7QA 2B8LA 4FE6A 2AODA 5KOSA 3H5BA 3NU5A 1NPVA 4DH6A 1B11A 2B60A 5DR3A 4NJVA 4EQ0A 4YBFA 3KMYA 3LHGA 3BGCA 5P4XA 3SACA 4A6BA 5P5GA 2WL0A 2R3WA 4CPQA 5P32A 2AIDA 1HEFE 5KR1A 1K6TA 3UPJA 5P2HA 4OBZB 3PCWA 4TVGA 5P80A 5HD0A 2FLEA 2WEZA 5P3ZA 3TOGA 5OYTA 1E5OE 1HPXA 3VFAA 1LYWB 4LXMA 3T7XA 2P3CA 4Y3JA 4Y39A 3VYFA 1SDVA 3CKTA 3O9IA 4RVIA 3K4VC 4JOOA 2ER0E 2PH6A 1W6HA 4RYGA 3VEUA 4LP9A 5P1GA 3ER5E 3Q6YA 2ZYEA 5P5MA 3NLSA 4XX4A 1QBTA 5ENKA 2HB2A 5OZYA 5P48A 1GVUA 3DJKA 3ZPSA 1SIPA 1PPLE 3PCZA 5P1AA 1EBYA 2NXMA 3ZMGA 4I0JA 5JFPA 5P8MA 1K6PA 3BGBA 3Q4BA 1K2CA 2QI1A 3FKTA 1EPME 1IZHA 4Y36A 5P2WA 3O9AA 5P2YA 5P0RA 1SH9A 5P8GA 1E80E 3R2FA 1XL5A 5P7PA 2SAMA 2PH8A 5OZ9A 2NMZA 3FIVA 2FXDA 2IKOA 1B6MA 5OZ7A 3VSWA 5P7MA 5P0VA 1D4LA 4L6BA 1YG9A 2R5PA 3OGQA 5P5UA 4GB2A 4Y45A 5P59A 2FDDA 3L5FA 5P43A 1EPOE 1EBWA 3D3TA 5P8QA 4Z2ZA 3OUBA 1LF2A 4Y3TA 5P63A 3FX5A 1K6VA 3NU9A 5COOA 5P7NA 5P2UA 3OU1A 5P17A 1FQ5A 3WZ6A 2JXRA 5P1BA 3GGXA 1D4IA 4GJ8A 5I3VA 5OYZA 5OZ3A 1BV7A 5P0QA 2QNQA 2QAKA 1C6ZA 4PEPA 2PQZA 2FNTA 3F9QA 3INEA 3IXOA 1CMSA 2JE4A 5P82A 1QDMA 3ZKGA 4A4QA 3KFPA 5HTZA 5P55A 5P4KA 3APRE 1TCWA 4Y54A 5P3SA 5P1WA 3D1YA 1MTBA 4CPSA 1J71A 4I0ZA 2UPJA 4Y47A 4DJRA 1M43A 5P14A 1BXOA 3NSHA 4GJ9A 2V11C 1FGCC 3K5FA 1W51A 3OUAA 5P0IA 5P0JA 1RL8A 1Z1RA 1TW7A 3GI4A 3INHA 5P1KA 4L7GA 4D85A 1LF3A 2P3DA 4EP3A 3URIA 5P5SA 5P3FA 1SIVA 4RGHA 4EJLA 5P51A 4EWOA 5P7JA 1A8GA 2QCIA 5P0KA 5P3AA 3B7VA 3QPJA 5P7LA 5BS4A 2QMFA 3QS1A 1RQ9A 5P47A 6UPJA 5P6MA 1FQ8A 3GGUA 1HXBA 1GKTA 3LIQA 5P05A 3ZKXA 4Y53A 5OZUA 4K4PA 4Y3QA 1ENTE 5P5ZA 4HEGA 5P0DA 4I0DA 5OZTA 3IGBA 2WF3A 4F73A 2V12C 5P5KA 4YBIA 3U7SA 3VLAA 3BXSA 2Q55A 1E82E 2VIYA 4DJUA 1QBRA 4FAFA 3OU1B 5P3GA 1GVWA 5P4EA 5P6CA 1QS8A 3EKPA 5P6QA 4CP7A 1T6GA 3B80A 5P1UA 2OHKA 1QRPE 5P36A 4OBKA 4PZXA 3TKWA 3I7EA 5P7KA 1SMRA 5DQ1A 3OOTA 2ASIA 4J1IA 1FFFC 3OK9A 5DR0A 1VIJA 5P03A 5P5NA 4ER1E 4QJAA 5P5EA 4R91A 5P5VA 3PVKA 5KQFA 4YCKA 2G1YA 5P2RA 3S2OA 1Z8CA 5P5PA 1DMPA 4OD9A 5P20A 5JODA 5P72A 1XN3A 3KT5A 4M8XA 1A9MA 1MTRA 4RROA 5OZBA 4DQGA 4Y3GA 4ZSMA 2I4XA 3SAAA 2OHMA 4I0IA 4FRSA 1PPME 2CEJA 2NXDA 4A6CA 4LXKA 5P5XA 5OZIA 2I4UA 5P6DA 3VV6A 5OYWA 3UDNA 5P0XA 5AH6A 3TLHA 3RTMA 1HVRA 5OZ5A 4FM7A 5P1DA 2EWYA 2PK6A 3QRMA 3UDHA 1XE5A 5DGWA 3INFA 3IN3A 3O9DA 4NJTA 3KDBA 5HCTA 4Y4XA 1ZJ7A 3UDKA 1PROA 5P4CA 3D1ZA 1DW6C 5P8SA 1MRWA 5P5QA 4FLGA 3DOXA 4HA5A 5P15A 1RPIA 2AOHA 1SDUA 5P7SA 1AAQA 2WF2A 5P0BA 2OHRA 4FAEA 3S8IA 2JYSA 5AH7A 5IVRA 3GGAA 1HVKA 1FFIC 2R8NA 3H0BA 4CKUA 4DJWA 1SMEA 5P3XA 3HVPA 1KJHA 3SABA 4DJOA 5P7ZA 5P68A 5P77A 3O9BA 5P3UA 5P00A 3OQAA 2O40A 5P0AA 4FSLA 5P29A 4Y4ZA 2OF0A 5OZOA 5P4JA 5P1TA 3OXXA 3VFBA 1D4KA 5DR8A 1SBGA 4YD3A 3QBFA 2I4DA 5P40A 5SY3A 4XXSA 1MT8A 1WKRA 3HDKA 5SY2A 5E5KA 4H1EA 3SFCA 4RZ1A 4E43A 4J1HA 5P2SA 3VV7A 1IIQA 4OD9B 3OWNA 4BFBA 3IXKA 3VSXA 1T7JA 1W5VA 5P67A 5P7YA 3CKPA 3WB4A 5HU0A 3PWWA 5DQ5A 3EXOA 5DR4A 5KQXA 1HOSA 5HE4A 4JPEA 2F3EA 5P7WA 5UPJA 4Y4GA 5P6XA 1K1TA 4GJAA 4Y3NA 3I6OA 1KJFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UFN A;  1LZQ A;  5P0F A;  5P13 A;  5C9F A;  2PC0 A;  2AVO A;  5P1L A;  3Q3T A;  4EQJ A;  5P53 A;  1TSQ A;  2WEB A;  2NTR A;  5P8O A;  3BUG A;  2HM1 A;  3UDJ A;  1IBQ A;  1NSO A;  1HVJ A;  4F75 A;  3AUP A;  4MC1 A;  3TNE A;  1HVI A;  5P0Z A;  2QMP A;  3S56 A;  4Y44 A;  4H3G A;  3O99 A;  1TZS A;  5P26 A;  3URL A;  1APT E;  4ZPG A;  4ZEA A;  1B5F A;  3K5C A;  4J1C A;  3TPR A;  5P0S A;  3UDR A;  4WY6 A;  5P1E A;  4OBG A;  4DQC A;  5P1M A;  5AHB A;  2G21 A;  4I8W A;  4R93 A;  4EPJ A;  3TL9 A;  9HVP A;  3AID A;  4OC6 A;  4YD4 A;  3BRA A;  5P02 A;  5P0M A;  3G6Z A;  5P37 A;  3EMY A;  2G24 A;  4NKK A;  2Q5K A;  2QI7 A;  4LL3 A;  2WEA A;  4WY1 A;  5P39 A;  2CEM A;  3PHV A;  3PLL A;  3S54 A;  1FF0 C;  5P0C A;  4GJC A;  4Y9W A;  5OZ8 A;  1IVQ A;  4X7I A;  5P6O A;  1MER A;  1FIV A;  2J9K A;  4EJK A;  3O9L B;  4Z22 A;  5F01 A;  5P2O A;  5P5Y A;  4GJ5 A;  3URJ A;  2FDE A;  1EPP E;  2OHU A;  1UH9 A;  5P6L A;  1EPL E;  2FXE A;  1MES A;  4DJQ A;  4ZSP A;  4Q1Y A;  1PSA A;  1YTH A;  3UDQ A;  4B78 A;  3SA4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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