1SDTA

Crystal structures of hiv protease v82a and l90m mutants reveal changes in indinavir binding site.
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV protease V82A and L90M mutants reveal changes in the indinavir-binding site
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sdtA00
1T3RA 2VIZA 5OYSA 1T7IA 2B8VA 3PB5A 4K4PA 4D83A 1APVE 1EEDP 3GI5A 3S53A 3SA5A 1YM4A 4OC6B 2ZGAA 3UQXA 3Q4BA 4Q1YA 2O4SA 3CMSA 3S45A 4I0HA 5P1GA 4FRIA 1HPVA 4FCOA 4Y43A 3SQFA 5P2OA 4S1GA 2EWYA 2G1YA 1FGCC 3RTNA 5OZ1A 5P32A 3EMYA 1SBGA 2B7FA 2P8HA 5P7MA 1W5YA 3TH9A 2QMFA 2JE4A 2G27A 3SLZA 1A8KA 2ER0E 1B6PA 4WTUA 1VIJA 3SPKA 4CPSA 2WEBA 5P27A 5OZYA 3EKWA 4Y4AA 5P0OA 1LF4A 4B77A 5AGZA 4B78A 1FQ5A 3HAUA 1U8GA 2FNTA 3F9QA 3SM1A 3DK1A 1SDVA 5OZAA 4Y5BA 3OU4A 4B1DA 3O99A 5P58A 4OD9A 2WEAA 4I10A 3UPJA 3DCKA 3INDA 4DJQA 5P3KA 5OYRA 3QP0A 2R5QA 1MERA 4D85A 5P4WA 5P1WA 1LEEA 1PSNA 4Y5NA 4Y3MA 4J55A 2QZWA 3OU4B 3UDKA 4OD9B 1KJ4A 5P8BA 1EBYA 2RKGA 4NJTA 4Y3FA 1UH8A 5P7YA 5P1RA 5P8IA 1QBRA 5P3BA 1SIVA 4Z4XA 3K5DA 1APTE 1MT8A 4X2LA 4DV9A 4J0ZA 2IQGA 3O9LA 5ENMA 2PH6A 3GGVA 3I25A 1FB7A 4YD6A 2AVVA 3T7PA 1MPPA 1UPJA 5UPJA 5P8GA 3R2FA 5E5JA 5P4ZA 3L5DA 3OU3A 2PSGA 4EQJA 2J9JA 3HW1A 4FM7A 3NDWA 2AVMA 2IS0A 3SA7A 5P0NA 1HVCA 1ZTZA 1ZSFA 5HU1A 3Q70A 3TNEA 3TL9A 1K1TA 3BGBA 4OBZA 5P87A 5P5DA 2F8GA 4GJ8A 5P2EA 2FIVA 1D4IA 4I8WA 3S56A 3FIVA 2J9JB 3OQAA 3VYFA 3GW5A 5OZDA 3INEA 5P5NA 3DOXA 3URIA 3OY4A 2NXMA 4Y4ZA 3IN4A 2FNSA 5P7PA 2QI5A 3PMYA 4Y37A 5HE5A 4BEKA 4XKXA 3OQ7A 3T7QA 2JYSA 1MTRA 1MRXA 3S43B 3ZOVA 1OEXA 4PPHA 1BDQA 1Z8CA 2F3KA 4DQHA 1BIMA 4LXMA 4RZ1A 1PFZA 5P0SA 9HVPA 3PWRA 5ISJA 5P3SA 1XL5A 5P4BA 3FNSA 5OZFA 3RSVA 5P04A 5BS4A 4DQBA 1ZJ7A 2I4UA 4I8ZA 3MSJA 1E5OE 5P3GA 2F81A 5EZZA 4H3GA 4ZSQA 4DJXA 1SH9A 5ENKA 2VJ7A 4Y56A 3RVIA 2QNQA 4Y47A 4RCFA 3TPPA 5P17A 1EPOE 3QAAA 5P8EA 5P6OA 3UDQA 2XFJA 1GNMA 4Y9WA 1YTGA 3G6ZA 4NJVA 4QGIA 5P0VA 2FLEA 3APRE 4ZPEA 2H6TA 1MRWA 1SGUA 1HVHA 2PQZA 1GVWA 4Y38A 3PI0A 2OHQA 3QIHA 1GVTA 3A2OA 5DQ1A 2BKTA 4DH6A 1BILA 1ODYA 2ZHTA 3LIQA 5P1MA 5COPA 1OEWA 4Y5CA 4FM6A 2QZLA 2I4WA 5P77A 3MXDA 1HTEA 4RCEA 4D8CA 3OXCA 3OGQA 5P62A 4FM8A 1MSNA 2P3CA 4I0IA 3OHFA 5HDUA 3S85A 3O9GA 3CKTA 1W5XA 2G26A 3ZKGA 3OUAA 4Y5LA 1QBSA 1N49A 3QRMA 4HDFA 5P6BA 3BC4A 5P4IA 5P0RA 4DJUA 3PCWA 1OD1A 3T11A 1DIFA 5AHBA 4B1CA 3VLAA 4Y58A 1FLHA 2QI3A 5P7WA 2OHUA 3PBDA 1JLDA 1SGZA 5P7QA 3EKYA 4TRWA 2JJJA 1HIIA 4GJ7A 5KOSA 2OAHA 4Y3ZA 1IZIA 2PMAA 3GI4A 3LZSA 1EBWA 2PC0A 4YD4A 2AZCA 2VNNA 4JOOA 5P83A 3CYWA 4F73A 2QU3A 2Q5KA 2AQUA 1BV7A 4YBFA 2JXRA 3RTMA 4ER2E 4EXHA 5P3EA 5P3ZA 4ZPFA 2VIEA 2VA5A 3EL4A 5P5TA 4J1KA 4XX3A 3N4LA 2PYMA 1C6XA 4Y4EA 5P8KA 5P36A 2UPJA 5P4LA 4YCYA 1FFFC 5HCOA 2HC0A 4YD3A 1TCWA 4J0YA 3L5FA 3OHHA 5IVQA 3BVAA 2P3DA 1GVUA 1HWRA 5P02A 1QBUA 5P7OA 3S7LA 3ZKNA 4Y35A 4YCKA 3O9DA 4J54A 5EZXA 4MC9A 5HDXA 3IVHA 2NXLA 1ZPAA 3PSUA 2BPWA 3LZVA 1GNNA 3QS1A 3CKPA 3FV3A 3KFRA 2FDPA 5P45A 1K6VA 3OADA 5B18A 2HPFA 5P2SA 1HVSA 1ZLFA 3CICA 4EJDA 3ZKXA 5P2MA 2G24A 5P0IA 5FIVA 5KQFA 5P55A 5P31A 3BUFA 4K4RA 1KJHA 4D88A 2ZHRA 1APWE 4I1CA 2QHZA 5P8UA 5OZPA 3HDKA 3OUCA 1AZ5A 3PWWA 2AOEA 1G35A 5P1HA 2CENA 2BKSA 2AZ8A 1ZBGA 3K4VA 2OHTA 2ZJIA 1B11A 1PPME 2MIPA 3OOTA 4L7JA 5P1FA 5P2KA 5P3VA 1HVKA 5P1PA 5P6RA 4YHQA 2G20A 1DMPA 1DP5A 3KF0A 4PZXA 3NYGA 4CPWA 3FSMA 3SA3A 1MT7A 4EHCA 4LHHA 5I3VA 3N3IA 1F34A 5DGWA 5P1CA 3QVIA 4Y54A 3GGAA 1MUIA 4J0TA 5P5UA 3LZYA 5P69A 4QJ8A 2ZJHA 4DQEA 3NU9A 4FRJA 4ZIPA 3SA6A 5I3WA 4L7HA 3EXOA 4AZYA 2ZJJA 2QP8A 4Y3NA 4J0PA 4RRNA 1ZSRA 5P1YA 1D4JA 1FQXA 4BFDA 2V13A 4GZFA 2ER9E 4BFBA 4YDGA 3U6AA 5P6CA 1E80E 5P2AA 5P7IA 1HTFA 3NLSA 4J1EA 2IEOA 5P2FA 5ISKA 5P65A 4Y5MA 1K1UA 3ZMGA 3L5CA 2XFKA 5OYVA 5PEPA 4ZSPA 3KMYA 3LHGA 3D3TA 2HAHA 3DCRA 4L1AB 2AVOA 2R9BA 4EXGA 3KFNA 3R1GB 4IVTA 5P7GA 1IZDA 4JP9A 2VNMA 5OZMA 5P2BA 5KR0A 4Y6MA 5C9DA 1NSOA 1FQ8A 3I6OA 5P59A 5P75A 4Y3DA 3ZKQA 4CKUA 5P0QA 1FIVA 3MXEA 1HTRB 2NNKA 3EL0A 5P2UA 1T6EX 2QMDA 4Y3AA 2FXDA 4Y3RA 5P49A 2B42A 1EPME 3TOGA 2HS2A 3K1WA 4I12A 3QBHA 5P4YA 4FAFA 4OC6A 3ZL7A 3B7VA 3PMUA 2Q63A 4ZSMA 4FL8A 4LP9A 4YD5A 5P8HA 3UHLA 2HIZA 4DQFA 2QMPA 2RKFA 5P4XA 4R8YA 4R93A 5P0WA 1YTJA 1G6LA 1T7JA 5P2NA 5P2ZA 5P74A 1KJFA 4DPIA 1QRPE 5P4JA 5P0UA 3HVGA 3PLLA 5P7DA 1HRNA 1A8GA 3OU1A 1AIDA 3KA2A 5P4PA 5P05A 1LYWA 2HB4A 3TPLA 3VG1A 2Z4OA 3EC0A 4LBTA 1NPVA 4B70A 1ER8E 2HS1A 1BWBA 5P5IA 4Y53A 2QNNA 3IAWA 1APUE 5P7XA 5KR8A 5P5QA 4XX4A 5P41A 4GMIA 3AIDA 3FX5A 5P84A 4Y3LA 5P82A 3OU1B 1W6IA 5P6MA 4ACXA 1LYWB 5P8JA 2QU2A 5HTZA 5P7KA 1MIQA 2P3AA 3QVCA 1NH0A 1EC0A 2O4KA 5OYXA 5P60A 5P88A 2WECA 2PK5A 5P1XA 5IE1A 2IL2A 3EKVA 4ZEAA 4FGXA 4NKKA 4HA5A 3VF5A 3VYDA 4JPEA 1K2CA 3ZKSA 5P6LA 3O9FA 3TKWA 2G94A 4A6CA 3S54A 3LITA 5I70A 4GYEA 3SKGA 2UY0A 4GB2A 4I0JA 4R92A 2QZXA 4DUSA 5P8AA 5KR1A 2VA7A 5P8QA 4CPRA 4YA8A 1EPQE 2V00A 5P4OA 2QK5A 1PSAA 1IIQA 2VIYA 2ZJKA 3GGXA 4HZTA 5P5HA 3O9BA 3T6IA 3NWXA 5P6IA 5OYZA 3L59A 5P3NA 1E81E 5JFUA 3WB5A 5DR4A 1BDLA 2J9KA 3S8IA 2QD8A 5OZKA 2IGXA 3NWQA 5P0TA 5OZNA 2OHMA 2QI0A 2RSPA 3PI5A 1BBSA 4Y51A 4OBHA 5I3YA 3O9CA 5P40A 3DV1A 3TOFA 5P7UA 2IRZA 1TCXA 5KR2A 4CMSA 1XN2A 5BWYA 1B5FB 3NXNA 1B6KA 4FRKA 3L38A 4DJYA 1M0BA 1HSIA 3S43A 2R43A 2PWCA 8HVPA 4WY1A 1GVXA 5P0JA 3OOZA 4J1IA 3TTPA 2WF3A 5P5XA 1TZSA 5SY2A 3I2LA 2QHYA 6APRE 3OQDA 1EC1A 2H6SA 5DQ4A 5P5RA 2QI6A 2G21A 5P6SA 3PWMA 5P5FA 2R8NA 1IVPA 2ZHUA 1BV9A 5P8LA 4DQCA 3Q6YA 1HVJA 4GJ9A 3LIYA 1EBZA 5P14A 5JFPA 1OHRA 3KT2A 1BAIA 5P2CA 3O9IA 2PYNA 2ZJMA 3QRSA 3LIXA 4U8WA 4YOAA 3O9HA 2OHSA 3VLBA 1MVPA 3I7EA 3K5CA 5OZ2A 5P1DA 3CIBA 4Y39A 4GJDA 5OYTA 1TQFA 3UDYA 5P3HA 1EC2A 2I4XA 5OZCA 5P73A 2BJUA 3EM6A 4QJ6A 1HVRA 4Y3YA 3MWSA 3VF7A 4K9HA 1EPRE 2WEDA 5P56A 3EBZA 1A94A 3DJKA 3Q5HA 5P25A 1SDTA 5P1UA 3NU4A 1KZKA 2R3WA 3L58A 3PVKA 3PHVA 5P3MA 4J0VA 3UCBA 5COKA 4HEGA 3QRVA 3PSGA 5DQ5A 4M8XA 5P4RA 3EKXA 5P5JA 5P4GA 1YTHA 1W5VA 1TSQA 5P09A 2WL0A 3KMXA 5BRYA 2VJ9A 3KFSA 5AH7A 4TRZA 1QBTA 1YX9A 3UDNA 1GVVA 4APEA 5APRE 5P2RA 4Y3WA 3RU1A 3DUYA 3K5GA 4ER4E 1ODXA 5HU0A 5P6FA 5P4NA 5OZ4A 3IA9A 2G69A 5P6VA 3IVIA 4ACUA 2XFIA 4GJ6A 3UQWA 1YTIA 2G1SA 3OAGB 4X7IA 5OZGA 1W51A 1XS7D 4QLHA 5OZJA 4UPJA 5P2WA 2OHNA 5P0MA 3KN0A 3OTYA 1FF0C 2I4VA 3NDXA 4NPTA 2ER7E 5P29A 5P42A 1ZAPA 3VV8A 5OZ5A 5P5BA 4YOBA 5P8PA 1SMEA 4I0GA 1AXAA 1DAZC 3PCZA 4Y36A 5P24A 4CPQA 5P6GA 1EPNE 2APRA 1BXOA 5HDVA 2QHCA 2F80A 5IS4A 3SFCA 2CEMA 2Q64A 5P2DA 4FS4A 5P7BA 5OZBA 3BXSA 3JVYA 5P78A 5P5PA 1K6TA 4GJAA 5P20A 5P47A 1ZPKA 5IVRA 2I0DA 1BVGA 3K5FA 2HB2A 3U71A 2OHLA 5P1BA 1UH9A 5OZVA 3WSJA 4F74A 5AH6A 4Y4XA 5P06A 5P53A 2NXDA 3ZKMA 5DR8A 3SA9A 3OUBA 4ZSRA 3UTLA 1B6JA 1XE5A 2QD6A 2R5PA 4QJ2A 2V0ZC 4Y3SA 2IENA 4R91A 1D4LA 3ER5E 4NJSA 4TVGA 4Z2ZA 3NU6A 1XE6A 1AVFA 4JECA 3T3CA 4I0EA 2O4PA 5P38A 4CPXA 5DR0A 1HVIA 3D20A 1D4YA 3WZ8A 3LIVA 3SABA 2XYEA 4ZE6A 5ER1E 2PSUA 4OBKA 5P7CA 4PEPA 5P26A 1HPSA 1LF3A 1SDUA 3HAWA 5P7AA 5P7EA 1HEFE 4ER1E 5AHCA 2Q55A 5P5WA 5P2TA 2AOFA 4Y5AA 5OZ3A 1AJVA 3QBFA 3VSXA 2BPZA 1IVQA 5P5KA 5P30A 5P6AA 4PYVA 3D91A 1IDBA 4Y45A 5DR7A 5P4DA 3PLDA 4J5JA 3LPKA 1FMBA 3IXKA 4FSLA 3UQUA 2G1NA 5P51A 3VUCA 5HE7A 5P79A 1K6CA 2QI4A 2VA6A 4B1EA 1T7KA 4Y50A 5P68A 1MEUA 5P2HA 5P4SA 2PH8A 5JODA 1MTBA 1ENTE 3TOHA 3SM2A 4Y5GA 3EL5A 5P85A 1MESA 4EYRA 5P57A 6FIVA 4DJRA 5P3DA 1BWAA 5P6NA 5HCTA 5P2GA 5OZ0A 1PSOE 4J17A 4L1AA 5P33A 3EM3A 1GNOA 4OBFA 3SO9A 5P7LA 3VYEA 2FDDA 4GJCA 4DJPA 5P50A 2CEJA 3T7XA 2NNPA 2Z54A 2V10C 3D1YA 5P6ZA 1W5WA 4XXSA 5OYQA 5SXNA 4BELA 3SAAA 5P12A 3CYXA 2NTRA 4I11A 2RMPA 3EKPA 1BDRA 2P83A 4DJOA 3EL9A 2WF0A 5P19A 3L5EA 2P3BA 1WKRA 5P0FA 1YG9A 2Q15A 2QCIA 4Y5KA 1AJXA 2AOGA 5P7VA 4APRE 2IKOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T3R A;  2VIZ A;  5OYS A;  1T7I A;  2B8V A;  3PB5 A;  4K4P A;  4D83 A;  1APV E;  1EED P;  3GI5 A;  3S53 A;  3SA5 A;  1YM4 A;  4OC6 B;  2ZGA A;  3UQX A;  3Q4B A;  4Q1Y A;  2O4S A;  3CMS A;  3S45 A;  4I0H A;  5P1G A;  4FRI A;  1HPV A;  4FCO A;  4Y43 A;  3SQF A;  5P2O A;  4S1G A;  2EWY A;  2G1Y A;  1FGC C;  3RTN A;  5OZ1 A;  5P32 A;  3EMY A;  1SBG A;  2B7F A;  2P8H A;  5P7M A;  1W5Y A;  3TH9 A;  2QMF A;  2JE4 A;  2G27 A;  3SLZ A;  1A8K A;  2ER0 E;  1B6P A;  4WTU A;  1VIJ A;  3SPK A;  4CPS A;  2WEB A;  5P27 A;  5OZY A;  3EKW A;  4Y4A A;  5P0O A;  1LF4 A;  4B77 A;  5AGZ A;  4B78 A;  1FQ5 A;  3HAU A;  1U8G A;  2FNT A;  3F9Q A;  3SM1 A;  3DK1 A;  1SDV A;  5OZA A;  4Y5B A;  3OU4 A;  4B1D A;  3O99 A;  5P58 A;  4OD9 A;  2WEA A;  4I10 A;  3UPJ A;  3DCK A;  3IND A;  4DJQ A;  5P3K A;  5OYR A;  3QP0 A;  2R5Q A;  1MER A;  4D85 A;  5P4W A;  5P1W A;  1LEE A;  1PSN A;  4Y5N A;  4Y3M A;  4J55 A;  2QZW A;  3OU4 B;  3UDK A;  4OD9 B;  1KJ4 A;  5P8B A;  1EBY A;  2RKG A;  4NJT A;  4Y3F A;  1UH8 A;  5P7Y A;  5P1R A;  5P8I A;  1QBR A;  5P3B A;  1SIV A;  4Z4X A;  3K5D A;  1APT E;  1MT8 A;  4X2L A;  4DV9 A;  4J0Z A;  2IQG A;  3O9L A;  5ENM A;  2PH6 A;  3GGV A;  3I25 A;  1FB7 A;  4YD6 A;  2AVV A;  3T7P A;  1MPP A;  1UPJ A;  5UPJ A;  5P8G A;  3R2F A;  5E5J A;  5P4Z A;  3L5D A;  3OU3 A;  2PSG A;  4EQJ A;  2J9J A;  3HW1 A;  4FM7 A;  3NDW A;  2AVM A;  2IS0 A;  3SA7 A;  5P0N A;  1HVC A;  1ZTZ A;  1ZSF A;  5HU1 A;  3Q70 A;  3TNE A;  3TL9 A;  1K1T A;  3BGB A;  4OBZ A;  5P87 A;  5P5D A;  2F8G A;  4GJ8 A;  5P2E A;  2FIV A;  1D4I A;  4I8W A;  3S56 A;  3FIV A;  2J9J B;  3OQA A;  3VYF A;  3GW5 A;  5OZD A;  3INE A;  5P5N A;  3DOX A;  3URI A;  3OY4 A;  2NXM A;  4Y4Z A;  3IN4 A;  2FNS A;  5P7P A;  2QI5 A;  3PMY A;  4Y37 A;  5HE5 A;  4BEK A;  4XKX A;  3OQ7 A;  3T7Q A;  2JYS A;  1MTR A;  1MRX A;  3S43 B;  3ZOV A;  1OEX A;  4PPH A;  1BDQ A;  1Z8C A;  2F3K A;  4DQH A;  1BIM A;  4LXM A;  4RZ1 A;  1PFZ A;  5P0S A;  9HVP A;  3PWR A;  5ISJ A;  5P3S A;  1XL5 A;  5P4B A;  3FNS A;  5OZF A;  3RSV A;  5P04 A;  5BS4 A;  4DQB A;  1ZJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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