1SDUA

Crystal structures of hiv protease v82a and l90m mutants reveal changes in indinavir binding site.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV protease V82A and L90M mutants reveal changes in the indinavir-binding site
pubmed doi rcsb
molecule keywords protease RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sduA00
1RNEA 5P23A 2G1OA 5P0QA 4DPFA 3SO9A 5OYSA 5P28A 1XL5A 3PSUA 4RLDA 5P8PA 4B00A 5OZEA 5C9DA 5P4JA 2G22A 3Q5HA 4ZEAA 1D4IA 5P0AA 1SP5A 4RROA 5P55A 3EKTA 3MSJA 5KQFA 5P4TA 3UFLA 1ZPKA 3EKVA 5ER1E 1EBKC 3CKPA 2QD6A 2Q54A 4U8WA 5HTZA 4D83A 3VYFA 1NPWA 4JOOA 3D20A 1BWAA 3G70A 3ZOVA 4QJ9A 3OUBA 4OD9A 1M43A 3ZKNA 2G27A 5P4XA 4DJYA 2QI0A 2WECA 4QJ6A 5P88A 5P1EA 4R5NA 3OUDB 2CEJA 5HDUA 4GZFA 4HDPA 2PSGA 5P0PA 3PSGA 2BKTA 5P2LA 4Y5PA 3VF5A 3SKGA 4Y3TA 2PWRA 5P19A 4RYGA 2FLEA 4EHCA 3EKPA 5SY3A 5P03A 2QHCA 3VV7A 4JPCA 4OBFA 5OZXA 5P6CA 3TOGA 3OUDA 3VCMA 1HOSA 4EPJA 2P3CA 5P5KA 3R0YA 2HM1A 5E5JA 1C6ZA 3PMUA 3KDBA 3GGVA 2BPWA 2QZWA 4L1AB 5P3FA 3RSVA 1LS5A 2HS1A 2V16C 2BJUA 5P6PA 2F3FA 1GNNA 1OEXA 2AODA 1HTGA 1IBQA 5P7KA 4ER1E 1YTJA 2O4PA 3CYWA 1FIVA 1XS7D 3SA8A 3PHVA 5P51A 3FNSA 2I4QA 3BUGA 4LBTA 1BAIA 3VV6A 2OHKA 5P7BA 3G6ZA 3O9DA 4DQFA 3Q70A 5OZCA 5P26A 2B42A 3LIVA 4EXHA 4A6CA 1RL8A 3LIZA 3T7QA 4X7IA 1KJFA 1RPIA 1F34A 3ZPSA 4APEA 4AA8A 3PCZA 5OZJA 3PB5A 1APUE 5DGUA 1DPJA 3OQKA 4RVIA 4FGXA 2WEAA 5OZ7A 4TRWA 5P29A 3T11A 3BXRA 1XN2A 3LNKA 4Y3HA 4TRYA 3OQAA 4B1EA 5P5MA 1XE5A 1W6HA 4Y3QA 2OHLA 4Y38A 3TLHA 3PCWA 5P0YA 1HIIA 4I10A 4ACUA 5P4LA 5IVQA 3OGQA 4CPXA 4QLHA 1HXWA 1W5XA 3TTPA 5P14A 2VIEA 4R8YA 2F3KA 3INDA 3INHA 4KUPA 1FMBA 5OZ5A 5OZUA 5JODA 4YBIA 5P0TA 5P66A 3ZKMA 5P1JA 2IGXA 4K4PA 5DGWA 1LEEA 3L5CA 5P7NA 3WZ7A 3NDUA 5P4AA 4ACXA 4YDFA 4FRKA 1T7IA 1ZJ7A 4Y3JA 4ER4E 1D4HA 4KB9A 2PSUA 3LIXA 3EM3A 3D1ZA 3NU3A 5P8UA 3S7LA 4DJVA 5P8BA 5DR3A 1D4LA 5P5DA 5OZHA 1YT9A 2B8VA 5P6SA 2ZE1A 1GNMA 2P8HA 4BFDA 5DQ1A 3L5EA 5KR1A 1HWRA 3OUAA 1PFZA 5E5KA 3N4LA 3LZSA 4J5JA 3UDQA 2I4VA 5P4ZA 3TNEA 3GI6A 5P3QA 3K5GA 4Y9WA 5P1XA 4EYRA 2VKMA 3TOFA 5AH7A 4OBGA 2Q11A 3UF3A 5OZMA 4CPUA 5P7UA 2ZJKA 5P44A 4OBZA 2F8GA 4Y4DA 5HVPA 3ZKSA 3VEUA 5OYQA 5P4MA 1TQFA 5HE4A 5P0WA 2A1EA 1QRPE 4YHQA 4Y48A 5OZDA 4YE3A 3PEPA 4CKUA 4LAPA 4DQEA 1K6CA 5OZSA 1FG6C 3LIYA 1ZP8A 5P0BA 4FAFA 3FKTA 5P3PA 4B72A 2ZJMA 5P0ZA 1YTHA 1FLHA 1MVPA 5P85A 3ECGA 4YA8A 5AHBA 5P1VA 1MTRA 4Y4GA 5OZGA 5P71A 1MT9A 2WHHA 1SMRA 3HAUA 4I0FA 5P1NA 1EC2A 1QS8A 3HBOA 5P3BA 3QRSA 5OZ8A 3LPKA 5APRE 3BUHA 3CYXA 1MT7A 5P8JA 4FRJA 3PRSA 1SIPA 2UPJA 3DJKA 5AHCA 2PWCA 3DV5A 1DMPA 5P2UA 4DUSA 3IAWA 3SLZA 1IDBA 4J0YA 1M0BA 5P0GA 5P2TA 2QK5A 1PROA 3EL4A 3TPPA 5JG1A 4J0PA 5P46A 3OTSA 2I1AA 4LL3A 4J17A 5FIVA 3QBHA 5P18A 1RQ9A 4ER2E 1EC1A 1ZSFA 4Z2ZA 5P56A 1Z1HA 1HSHA 4GJ9A 3QP0A 4HA5A 4ZLSA 1E80E 3I7EA 1K1UA 5P15A 3ZPTA 2P3BB 2V00A 3VSXA 3O9AA 2HAHA 5OYZA 3MSLA 5IVTA 1T7KA 4FRSA 3O9GA 3VLBA 3DCKA 1CMSA 5P2AA 5P2KA 5P63A 5P6UA 3KT5A 1SDVA 5P7CA 4FLGA 4Q1WA 1AZ5A 1NPVA 1BDLA 3WB4A 5HU1A 5P7PA 3UQRA 5P7XA 3JVWA 3ZPUA 4J54A 5J25A 1ZTZA 1T6EX 2AZBA 2FIVA 5P3AA 5P4NA 1B11A 5P5NA 5P4DA 3D1XA 1B6JA 5P5VA 2FXEA 2FDEA 4EP3A 5P8HA 4YBFA 1ME6A 4DI2A 4CPTA 5P69A 5P7VA 5P6RA 5P60A 3UDPA 5JFPA 5P5XA 5OYVA 5P1BA 4Y45A 4I0ZA 3SA7A 5P25A 2O4NA 3GI4A 5P5LA 4I1CA 5P7SA 7HVPA 1BVEA 1AXAA 4DJQA 1B6MA 1PSNA 3NR6A 4Y47A 3OXVA 5P17A 2NR6A 5P5IA 3UDRA 4EQJA 2P3DA 3RTHA 4QJAA 1MSMA 3LINA 1META 4EP2A 4J0ZA 4ZSPA 2AZCA 1B5FA 5P2OA 5P7ZA 2WF3A 4YOBA 5P6JA 3HLOA 3QN8A 2I4UA 1MESA 4L7HA 5P7LA 5P8NA 5P7GA 4J0VA 3S43B 4F74A 1GVTA 1NSOA 2JE4A 1C70A 1D4SA 2VJ6A 2R3TA 5P0JA 4Y44A 3I8WA 3K1WA 5AHAA 3LHGA 3KM4A 1D4JA 2QD7A 3U71A 5P8SA 3S43A 2ZJLA 1FMXA 1UH9A 2NTRA 1AIDA 3EMYA 1WBMA 1D4YA 1IVQA 5P6KA 5AGZA 2WKZA 5P6LA 1XE6A 3ZLQA 4J1HA 1XL2A 2QMGA 5P3GA 3PM4A 1CZIE 2QU2A 3HD8A 1TW7A 4YD4A 2Q15A 3KDDA 1Z8CA 2QZKA 4MC1A 5KR8A 4HE9A 5P6BA 4RZ1A 4Y5BA 5F01A 5P1YA 2BQVA 5P7DA 1YG9A 4Y41A 3KF0A 5P75A 2QI5A 4J1FA 4Y36A 2VA7A 5P01A 5P24A 5EZXA 1AM5A 3APRE 3QRMA 4RCDA 3R2FA 2WEDA 3FSMA 5P4HA 4ZSRA 1ZLFA 1MEUA 3ZKGA 4DJXA 5P7QA 3S85A 5P7EA 3HZCA 5P2HA 4LC7A 2RSPA 3BVBA 4ZE6A 5P11A 5P5AA 3QBFA 2O4LA 2VA6A 2VA5A 1DW6C 3LZVA 1MSNA 3BXSA 2AVVA 3IGBA 3INEA 3TKGA 1HEFE 2OHTA 3L5FA 5P41A 5P8AA 5P2ZA 5P2QA 1OD1A 3DCRA 1HVIA 5P53A 1SGUA 3UQPA 3JW2A 4Y3WA 3T3CA 1K6PA 4Q1NA 2VIYA 2IKUA 3OXWA 5P54A 1BVGA 1GNOA 5P48A 1E81E 2R38A 5P4OA 3NDXA 3RTNA 3URLA 3PI5A 4Y58A 4F73A 4UPJA 5ENKA 5P7JA 1TSQA 5P5UA 1HVJA 2ANLA 5DR0A 2ZHUA 1HEGE 2OHNA 2IDWA 4YD3A 1UH7A 5P8CA 3S53A 5P5WA 2G1NA 4Y3AA 2BB9A 1HRNA 4I11A 5P2DA 4DJRA 3CIBA 5P0IA 5P50A 1MT8A 3UTLA 4D85A 4XX3A 4Y4BA 1IZIA 1YX9A 4K4QA 2PK5A 4JPEA 1IDAA 2QMFA 5P0MA 3TH9A 5P04A 5P8TA 3HDKA 2OHSA 5C9BA 1DIFA 3KMYA 5PEPA 5OZKA 3NU4A 4YCYA 5P5QA 5P30A 1FFIC 3VSWA 2RKGA 4LXKA 3EBZA 5DR1A 2BPVA 2ASIA 2I0AA 3M9FA 3LZYA 2V10C 3PBZA 3OU1B 1IVPA 1EC0A 4EJ8A 5KQXA 3FX5A 4CPRA 5P62A 4L1AA 3KT2A 2OHUA 3NWXA 2AZ9A 2Q55A 1MIQA 4GJ5A 5P1PA 5P1FA 2IQGA 2ZYEA 4GJ7A 5P5PA 5P1ZA 2NPHA 2FNSA 4I0GA 5HDZA 5HDVA 5HD0A 5P2YA 4B0QA 3NSHA 2VS2A 2RMPA 3SKFA 4RCEA 2AIDA 3OAGB 1A8GA 4WY1A 2WF1A 4PPHA 5TOLA 2QHZA 4Y4JA 1IIQA 5P0DA 2VJ9A 2FGVA 5OZZA 5EZZA 4DQHA 4Y3FA 3SA5A 5P34A 2FGUA 3BRAA 4I8ZA 1LV1A 5P59A 3Q6YA 1U8GA 1BXOA 1HIVA 3OQDA 4DPIA 2PYNA 5P1QA 5P00A 3IN3A 5P8LA 1HBVA 3K5CA 3R1GB 3VFBA 3FNTA 3ZKIA 1HTEA 5IE1A 1HVLA 5P1RA 5UPJA 4ZSQA 5OZAA 1LYAB 5P5BA 1EPLE 3KFSA 3PWWA 3VG1A 2IENA 2NMYA 5OZFA 3L3AA 2J9KA 3UDJA 3B80A 3I2LA 1FB7A 1T3RA 3H0BA 4IVTA 5OZ1A 5P3SA 3SQFA 3UDMA 2APRA 1MPPA 1Z1RA 4Y4UA 5P5EA 5OYXA 2R43A 1BBSA 3VLAA 2B7FA 5P13A 4FE6A 1LYBB 5P8OA 2F80A 1LYWB 2QZXA 2QU3A 5P0CA 4DH6A 4J0TA 4LP9A 4HLAA 2H6SA 4QGIA 3UDHA 1W5YA 4IVSA 2QI3A 3SM2A 4RRNA 3PLDA 1VIJA 1LYWA 5P3ZA 3ST5A 3AIDA 3UDNA 3QVIA 4U7VA 1ODXA 3S2OA 2IKOA 3O9CA 3NXEA 2BBBA 5P3DA 1BDRA 2PK6A 2F81A 2B60A 4TRZA 5P31A 3HVPA 5P6FA 3LPIA 5P6GA 3KYRA 5P2FA 1HVSA 1EPPE 5P1CA 3G72A 3RSXA 3BVAA 2Q3KA 2BPZA 4Y54A 1E5OE 3EXOA 3TKWA 3O9LB 5P7OA 3PI0A 3UQWA 5OZQA 1QBUA 1ZAPA 4Y5AA 1MERA 3KFRA 2HB3A 1B6LA 1TSUA 4E43A 2WF0A 5P35A 5P0XA 5COPA 4NJUA 1ZPAA 3GGUA 5OZ9A 3IXJA 4Q1XA 5P3TA 5P7TA 3VYDA 3UHLA 5P1UA 3B7VA 1T7JA 4GJBA 5P2BA 5P1KA 3PBDA 5P47A 4U7QA 4B05A 4K4RA 4Y4AA 4I8WA 5P5ZA 3L5DA 4FM6A 1APTE 3URIA 5P3UA 3EC0A 4PYVA 4Y5LA 5OZIA 5P1SA 2NXLA 3T7XA 3IXKA 5P2JA 3D3TA 5P8DA 3KA2A 4DQBA 2OHPA 3LZUA 4MC6A 2QI6A 4Y57A 5P12A 5OYRA 1FQ7A 4J1EA 3IA9A 3K4VA 3EM4A 3CICA 5P84A 5P7YA 1DP5A 1A9MA 4Y3EA 4J1KA 3PWMA 1EPOE 2NMZA 5P8QA 1W6IA 4L7GA 5P8RA 4HDBA 3APPA 4FS4A 5P08A 4APRE 3OADB 3NWQA 1EAGA 4MC2A 3QROA 4GJ8A 5KR0A 5P61A 1SDTA 3BGCA 5HU0A 1ZSRA 2V12C 3QI1A 3NDWA 2ER6E 4PZWA 1EBWA 1EPQE 5OYTA 5P6DA 3A2OA 5P6MA 4ZPFA 2MIPA 2P3BA 5P2RA 4GJ6A 5P4UA 1QBSA 2VIJA 3OQ7A 4PEPA 4ZSMA 3SM1A 2V0ZC 3DOXA 4JP9A 3WSJA 3UPJA 4D88A 1B6PA 4QJ8A 2ZJHA 3WZ8A 4NJSA 1W5VA 5P5GA 1FQ4A 4Y3ZA 4CMSA 1AAQA 2CEMA 5P6YA 3CKRA 3UDYA 1EPME 1BV7A 3R0WA 5P82A 3MXDA 5P1OA 4H3IA 4RVXA 3URJA 2R9BA 3BC4A 2AVOA 3OOTA 5P2VA 4OBDA 4Z50A 1FQ6A 4YD7A 3GGXA 5P3IA 4GJCA 5P3OA 3MSKA 4H3GA 3PSYA 3QIHA 5P2NA 4LHHA 5P1MA 4FM8A 1LF3A 1FG8C 2ZJNA 4BFBA 1EBYA 2QI7A 5DQ5A 5ISJA 5P5YA 5KR2A 3D1YA 2PYMA 3N3IA 4Y5KA 5HDXA 1TZSA 3L38A 3QAAA 2IGYA 2EWYA 1RV7A 5OZRA 2A4FA 4CPWA 4Y6MA 2PC0A 2PH8A 1PPLE 5P3XA 2G20A 2AVQA 1FGCC 5P6AA 1KJ7A 1HVKA 5P1TA 2G1RA 1OHRA 5P6TA 5OZNA 2QAKA 1PPME 3NDTA 2NNKA 2IS0A 3KDCA 5KAOA 4X2LA 4H3JA 1MTBA 4COEA 4R93A 4CPQA 5P7RA 5C9FA 3SA3A 5P2CA 1BWBA 5P57A 5DQCA 5P8VA 1NH0A 1T6GA 3OXCA 3NXNA 1A94A 3O9BA 3ER5E 5P4KA 1YTIA 2WF2A 2R3WA 5CONA 5P2GA 4OC6B 4A4QA 2QNPA 5P4EA 6UPJA 5P8FA 3SA6A 4YD6A 4LXMA 5OZBA 2P83A 5OZ2A 1FMUA 5HCTA 3K4VC 2AOEA 5ER2E 4OC6A 1FEJC 4XX4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1RNE A;  5P23 A;  2G1O A;  5P0Q A;  4DPF A;  3SO9 A;  5OYS A;  5P28 A;  1XL5 A;  3PSU A;  4RLD A;  5P8P A;  4B00 A;  5OZE A;  5C9D A;  5P4J A;  2G22 A;  3Q5H A;  4ZEA A;  1D4I A;  5P0A A;  1SP5 A;  4RRO A;  5P55 A;  3EKT A;  3MSJ A;  5KQF A;  5P4T A;  3UFL A;  1ZPK A;  3EKV A;  5ER1 E;  1EBK C;  3CKP A;  2QD6 A;  2Q54 A;  4U8W A;  5HTZ A;  4D83 A;  3VYF A;  1NPW A;  4JOO A;  3D20 A;  1BWA A;  3G70 A;  3ZOV A;  4QJ9 A;  3OUB A;  4OD9 A;  1M43 A;  3ZKN A;  2G27 A;  5P4X A;  4DJY A;  2QI0 A;  2WEC A;  4QJ6 A;  5P88 A;  5P1E A;  4R5N A;  3OUD B;  2CEJ A;  5HDU A;  4GZF A;  4HDP A;  2PSG A;  5P0P A;  3PSG A;  2BKT A;  5P2L A;  4Y5P A;  3VF5 A;  3SKG A;  4Y3T A;  2PWR A;  5P19 A;  4RYG A;  2FLE A;  4EHC A;  3EKP A;  5SY3 A;  5P03 A;  2QHC A;  3VV7 A;  4JPC A;  4OBF A;  5OZX A;  5P6C A;  3TOG A;  3OUD A;  3VCM A;  1HOS A;  4EPJ A;  2P3C A;  5P5K A;  3R0Y A;  2HM1 A;  5E5J A;  1C6Z A;  3PMU A;  3KDB A;  3GGV A;  2BPW A;  2QZW A;  4L1A B;  5P3F A;  3RSV A;  1LS5 A;  2HS1 A;  2V16 C;  2BJU A;  5P6P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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