1SDUA

Crystal structures of hiv protease v82a and l90m mutants reveal changes in indinavir binding site.
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLMTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV protease V82A and L90M mutants reveal changes in the indinavir-binding site
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords protease RETROPEPSIN
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sduA00
5P5KA 3T7PA 5P0HA 3MXDA 5P7YA 3KMXA 3UFLA 1BDQA 3LINA 5P75A 5DR1A 1SIVA 5P57A 2WKZA 4HA5A 5P2TA 5P8LA 3PB5A 3PI0A 5P5SA 1G0VA 1F7AA 5P1AA 3Q3TA 3QVIA 3NDWA 1G35A 1YM4A 1ZSRA 2JYSA 4D8CA 4XKXA 3SLZA 3NLSA 1MIQA 3UPJA 4Y3SA 5OYVA 3QN8A 4EJ8A 3TLHA 4FGXA 4Y50A 3HD8A 5P78A 1MESA 2FXDA 1D4HA 2WHHA 1T7JA 5F01A 3PI5A 5P8SA 3DV1A 4RRSA 3RTNA 3WZ6A 1GVTA 1YT9A 1U8GA 5ISKA 1D4YA 5HVPA 1SDTA 4OBZB 2G21A 4GZFA 5P5UA 2PC0A 1BWBA 1J71A 1UPJA 3TNEA 2JJJA 3NUJA 4FM6A 4TRYA 1Z1RA 3VFBA 5P83A 4LXMA 2BPZA 4L6BA 3T7QA 3SA6A 3N4LA 4CPUA 2OHTA 3ZMGA 3BGCA 3HAWA 2HS1A 2O4KA 3EL4A 5P05A 4EWOA 2FNSA 1HVCA 5P7LA 3UDJA 3U7SA 5OZ8A 5P3JA 4HEGA 3TPLA 6APRE 3PSGA 1EEDP 1OEXA 4JP9A 3VUCA 2OHQA 3F9QA 2HC0A 1BILA 5P5IA 5AHCA 5HD0A 1B6PA 5P7QA 2V00A 5P13A 5OZXA 4CPRA 1HIVA 1K2BA 2P3DA 5P5EA 5P7EA 5P00A 5OYUA 2QZLA 3KFSA 4DJXA 3LITA 4Y4ZA 3UQXA 1FG6C 5P6MA 3I8WA 1B6KA 3EKPA 1GVVA 4Y35A 5P1NA 5P1GA 2AVVA 4J0PA 3IN3A 1SIPA 2HM1A 1DPJA 5P3GA 4I12A 4YCYA 2G1OA 5P1MA 2ZHTA 5P7OA 4CPQA 4B1EA 4B05A 5P74A 2WJOA 4GB2A 2OHLA 5P3YA 4U8WA 1G6LA 1W5VA 3H5BA 3QPJA 2ZJIA 2VIJA 4DJPA 4DQHA 4RYGA 3ECGA 2J9JB 3OAGB 3I25A 1GNOA 4FLGA 4RYCA 2V11C 4QJ7A 5P4TA 2PSGA 5P8RA 5P7NA 5P0XA 1BAIA 2QK5A 5P4BA 5P6BA 1EPLE 5P2KA 2QHYA 1B5FA 2AOIA 5UPJA 5DQ2A 4I0FA 4DQBA 4AMTA 4DJUA 4GJ9A 4PPHA 2Q63A 3SQFA 1ZTZA 1LYBB 5P0CA 5P6FA 4I8WA 1EPQE 1FMXA 5P7MA 1RL8A 1KJGA 3OADA 4A6CA 3LIYA 5P2JA 4DUSA 3KN0A 4B0QA 1ODWA 3IAWA 1T6EX 5P3XA 2FDEA 3PLDA 5P0VA 4K8SA 4DJRA 4NKKA 2SAMA 5P3BA 2V0ZC 4ZSRA 1ZPAA 1PFZA 5P0UA 5P72A 3GI5A 3VLBA 5P76A 5C9DA 3DOXA 1FMBA 5P6IA 2PSUA 3HZCA 3FKTA 3SABA 1EPPE 2VJ6A 1TSQA 4Y3YA 4FAFA 2O4SA 3OXWA 3NDXA 4B70A 5P8KA 5OZ5A 5P6YA 2I4XA 4RZ1A 5P0FA 5OZIA 1RQ9A 1XN3A 5OYQA 5I3WA 1E80E 1GNMA 3PCWA 5P1ZA 3MSKA 4M8YA 4D89A 1LS5A 4F74A 5JODA 3QI1A 2PQZA 5P3NA 3NWQA 4YCKA 2R5QA 1Q9PA 5P4HA 4YOBA 3FV3A 3OTYA 2HAHA 1SMEA 3TPJA 5DQ1A 4LBTA 2JE4A 5P18A 1HXWA 1E81E 3UDYA 4F75A 2AVQA 4J5JA 5P3QA 2HS2A 3RTHA 2WF2A 5P1SA 3LZSA 1K6TA 3BC4A 4B77A 1HVKA 5DQ5A 4Y5BA 4YDGA 3S45A 1IVQA 3MXEA 4BEKA 3LZVA 4YD4A 4DQEA 2CENA 4FL8A 3CKTA 4ACXA 4IVTA 4FAEA 4OD9B 3NU3A 5P2WA 4FCOA 3OU1A 5DR4A 5P86A 4F73A 2QMPA 3PGIA 5P8HA 3VF7A 2NNKA 1AJVA 2VIYA 4I0DA 4I0IA 3T3CA 1FKNA 5P3DA 3INHA 1TCWA 5P8FA 5P66A 3CMSA 1XL5A 1IVPA 2P3BB 3PBDA 5P51A 2AVMA 2WF0A 3PVKA 1SH9A 3KMYA 3N3IA 4Y3ZA 5P11A 5DGUA 3HDKA 2QHZA 2AZBA 2XFIA 2R8NA 5P7KA 5OZWA 4CPXA 4GJ6A 3PSYA 2QNNA 4ACUA 5KR2A 5P8IA 5P4GA 1VIJA 1QBUA 5P02A 3WZ8A 2NPHA 1SBGA 5P27A 3MSLA 1E5OE 4Q5MA 3R2FA 5SXNA 2AQUA 2EWYA 5P0ZA 5HU1A 1MSNA 4YBFA 1OEWA 5P8CA 2V12C 2Q55A 5OZ0A 2QI1A 2P83A 1ER8E 3S85A 5P2RA 5B18A 4EJKA 2OHRA 4Y4UA 3IA9A 3LPJA 1SGZA 4RROA 3SKFA 3LIZA 1HSIA 1KJ4A 1K6VA 4HDBA 3DK1A 2Q11A 4QJ6A 4Y3QA 2VNMA 3CKPA 5OYWA 5P40A 3K4VC 5OZRA 2PWRA 3KYRA 4L7HA 1MT9A 4J1IA 3ZKMA 4ER4E 4ZPEA 4Y5KA 4J1EA 4XXSA 3ZLQA 3EKXA 5P7ZA 3D91A 4Y41A 1D4SA 5DPZA 1EBWA 3HAUA 1Z1HA 4Y39A 2B7ZA 3S2OA 1ENTE 5BS4A 4RCDA 3QRSA 3PRSA 3UDPA 1AIDA 4ZLSA 1WBMA 5P1XA 4Y5MA 4EJDA 3SA5A 3IXJA 4GJ8A 1BWAA 2PK5A 3KM4A 3DM6A 4YA8A 4ZIPA 4YCTA 3EL1A 5P37A 3JVYA 5COKA 5OZCA 2OHPA 3PWMA 2I4UA 2G1RA 4OBKA 5P47A 3BHEA 2HB3A 4ZSQA 3LPIA 4B00A 3O9HA 3TH9A 1LZQA 4Y3AA 4R95A 5OZ2A 3ZPTA 1W50A 5P7SA 3EL5A 3EM3A 5ER2E 5P14A 1MTRA 2QMDA 3H0BA 1A8KA 5P4QA 3OXXA 4PZWA 1TCXA 3HBOA 2ZJJA 3URIA 4DVFA 1T7KA 3FNTA 2QI7A 1PSOE 5OZPA 3L59A 2R38A 2PSVA 2BPYA 1HEGE 3UTLA 2IS0A 3PSUA 5AH8A 2WF3A 3RU1A 4I0EA 5T4SA 5P2VA 3RTMA 5P4FA 5P2OA 3OUBA 4NJVA 4R5NA 1IDBA 2G94A 5OYTA 3QROA 1E82E 5DR0A 2NXDA 4OBHA 3UDRA 2FGUA 3UQPA 4I0GA 5P35A 3GW5A 4J1KA 2FDPA 2B8VA 1QRPE 3U71A 4ZEAA 5DQCA 4Y5AA 5P6DA 4EJLA 4R92A 2IL2A 3UDNA 4Q1XA 3K1WA 3OWNA 5P07A 6UPJA 3AUPA 1MRWA 5AHBA 4I10A 4Y5CA 5P7WA 3OUDB 2ZDZA 5P1TA 2Q5KA 2QZWA 2IRZA 4J1HA 5P30A 1T7IA 5P3CA 2PYNA 1IDAA 5IS4A 5OYYA 2WL0A 5P0PA 5P88A 2B42A 5P32A 4Y4XA 4DJVA 5P71A 5P5HA 1TW7A 4Y43A 1ZPKA 1MVPA 3QIHA 2FIVA 2P8HA 4PEPA 5P1FA 2R5PA 4Y3FA 4DJOA 5P1RA 4EYRA 4J0ZA 4I0JA 1TSUA 1IBQA 4LP9A 5P12A 4NJUA 3DCRA 3O9LA 4KB9A 1HRNA 5P7BA 5P5ZA 3I6OA 5P6PA 3ZKXA 4D83A 5P1DA 3K5CA 3MSJA 4FM7A 4B78A 2QD8A 5P7GA 5P6XA 2B8LA 3VFAA 4BELA 5P5PA 5HDZA 2ZHUA 1XS7D 3OQ7A 2VS2A 5P4YA 9HVPA 2ER7E 2F80A 4FRJA 1W6IA 3D1XA 4QGIA 1M43A 3NXEA 3OHFA 5P8BA 1KZKA 5P03A 2ZHVA 4F76A 3L5EA 5P5JA 4Y57A 3QBFA 5P5DA 2V13A 2NMZA 4MC1A 5E5JA 3VF3A 5OZYA 1XE6A 3B80A 2H6SA 5P2MA 3RSVA 3VLAA 2QP8A 3VYDA 2I1AA 3S53A 3UFNA 3ZOVA 3OXVA 1RV7A 4TVGA 2P3CA 1NPAA 5P48A 1BDRA 2AVSA 5P60A 2QU3A 5SZ9A 2NMYA 1MUIA 5P3UA 2ZJNA 1NH0A 1Z8CA 4NPUA 4J55A 1GVUA 5P08A 4WY6A 3AIDA 2ZJKA 2G22A 1HPVA 5P0TA 4QJ2A 5BWYA 1GKTA 5SY3A 2XFKA 5P0OA 5P6RA 1AJXA 3TPRA 1LYWA 5P20A 4AA9A 2PK6A 4Y3XA 3TL9A 1B6JA 3OADB 3OU3A 1APUE 4J1CA 2I4QA 3LPKA 1BBSA 1N49A 1ZAPA 3PBZA 5P4DA 3LHGA 3CICA 3S7MA 4NJSA 2QI4A 1XDHA 3OK9A 5P25A 5KQXA 4LC7A 4Y5EA 3BVBA 5P2FA 4DJYA 3URJA 3T7XA 4DPFA 1A8GA 3PCZA 1ZBGA 4TRZA 3L5CA 5HCOA 5OZQA 3L38A 3CIBA 5C9FA 4FM8A 2HPFA 3OU4B 5DR7A 4Y44A 3VG1A 2ER0E 3K5DA 4Y36A 2AOHA 4MC2A 5P50A 5HU0A 3K4VA 2PMAA 1EPOE 1HPXA 3OQFA 5P5NA 3GI6A 2ANLA 2O4PA 5P2BA 5OZDA 1PROA 5P61A 4RCEA 3CYWA 3CKRA 2MIPA 3K5GA 3K5FA 3VV8A 4DQGA 5P0NA 5P4KA 1LF2A 4BFBA 5P49A 3OXCA 4EQ0A 5P67A 4CMSA 4NPTA 4DQCA 1AZ5A 2G69A 4OBDA 3R1GB 4Y6MA 5F00A 2FS4A 5OZHA 3RSXA 5KR0A 2BKSA 5P3SA 3O9IA 5P4SA 5P22A 3OU1B 2NXLA 5P8OA 4B1DA 4H3FA 3L5DA 3OTSA 5P6EA 4J1FA 3PMYA 4FSLA 3QP0A 1PSAA 3NR6A 1KJ7A 4Y4WA 1DW6C 5P0IA 1W6HA 2RKGA 5FIVA 2AOJA 1HVSA 5P5GA 1EBZA 5P1VA 2QMFA 4HZTA 5P4ZA 3KDBA 5P04A 4FRSA 2QU2A 4COEA 5P1WA 4L1AA 4Y3JA 3LZYA 1IZIA 3WSJA 4I11A 4Y4JA 3SA7A 2QHCA 1TZSA 4QLHA 3G72A 5P09A 3PM4A 1VIKA 1GNNA 4QJAA 5OZKA 4RVJA 4EPJA 1EPME 5KQFA 1DP5A 5P0LA 2OAHA 5P3ZA 4PHVA 5P2EA 5P10A 5P5QA 5P58A 4A4QA 1EC0A 1ODYA 3QRVA 2ER9E 5P7HA 5P54A 1HTRB 4L7JA 5JG1A 3EBZA 1EBYA 4RGHA 4S1GA 5OZNA 5P0GA 5P39A 3UDQA 5P46A 2ZHRA 5KOSA 3EXOA 3DCKA 4GJ5A 5P4VA 5P2NA 3ZL7A 1FB7A 2QZKA 2VJ9A 3S7LA 5OZ7A 1HTGA 1KJHA 6FIVA 4JPEA 1XE5A 2BB9A 1HSHA 2VA7A 3OAGA 3LNKA 3OGPA 2XYFA 4DPIA 3HW1A 3KT2A 2FGVA 5OZGA 5P53A 3VV6A 2I4VA 5OZ1A 3IXKA 5P34A 3KFPA 4CPSA 3Q70A 5OYXA 5P7TA 2NTRA 1D4LA 5P52A 1UH7A 3O9CA 5P2YA 5P7CA 1B11A 4HDFA 4K4RA 1LYBA 1W5YA 2F8GA 1HPOA 1APWE 1PPME 4Y3MA 4FRIA 4KUPA 2AODA 3SFCA 5P3OA 2O4LA 2ZGAA 1YTJA 5IVTA 3SM2A 2FMBA 1T6GA 2HB4A 4Y58A 5P45A 3NU6A 1W5WA 7UPJA 1HWRA 4Y3HA 3PJ6A 4AA8A 3S43A 1D4JA 5COPA 4OC6B 3ZKNA 3IVHA 5P0MA 1W51A 3D1ZA 1FF0C 4YDFA 5P4RA 1FQ5A 4K4PA 1LEEA 3M9FA 2VIEA 5P3VA 3BRAA 3OQAA 4Q1YA 3PHVA 3PMUA 4Y3DA 5AHAA 3Q6YA 4DI2A 3NU9A 5P44A 3VSWA 3LIVA 4U7VA 3OUCA 5P6VA 3UDKA 1FFIC 5P4XA 1HOSA 5P6LA 2VNNA 3WB4A 5P3RA 2G1SA 4J0YA 5P0QA 5P8TA 4I8ZA 1W5XA 4EHCA 5EZXA 5P1EA 2VIZA 5AH9A 4B1CA 1K6PA 5P63A 1GVXA 2O4NA 1LYAB 5P36A 2PH6A 3APRE 2JXRA 1MEUA 5P26A 4XX4A 5APRE 3EKYA 3EM6A 2IGXA 2CEMA 2RENA 5HDUA 3KFRA 3ZKQA 5OZLA 3BUFA 3OHHA 5OZBA 5P1JA 5KAOA 4Y3GA 5P5BA 5P6UA 4KE1A 3EKQA 1M0BA 4XX3A 5P5VA 3VEUA 5IVRA 5IE1A 5P01A 4YBIA 1QBSA 5JFPA 4UPJA 3NU5A 4J17A 4EQJA 2AOCA 5KQYA 3KF0A 1K1TA 1AXAA 3CYXA 3SACA 3ZKGA 1UH8A 2QNPA 3CIDA 1EC3A 2P3BA 2BPXA 3WB5A 1SGUA 3BUHA 4R8YA 2QMGA 4Y4EA 4ZPFA 4AUCA 2BJUA 4U7QA 1D4KA 5I3VA 5P6GA 4N00A 5P6HA 2F3KA 3GGXA 2ZYEA 3KFNA 3SA9A 5P2DA 4AZYA 2RSPA 5P3WA 3D1YA 4NJTA 2NR6A 2I0DA 4Y51A 4X7IA 1YX9A 4PZXA 5P69A 5OZTA 5P5YA 3UHLA 2PWCA 4Z50A 2WEZA 1HIIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5K A;  3T7P A;  5P0H A;  3MXD A;  5P7Y A;  3KMX A;  3UFL A;  1BDQ A;  3LIN A;  5P75 A;  5DR1 A;  1SIV A;  5P57 A;  2WKZ A;  4HA5 A;  5P2T A;  5P8L A;  3PB5 A;  3PI0 A;  5P5S A;  1G0V A;  1F7A A;  5P1A A;  3Q3T A;  3QVI A;  3NDW A;  1G35 A;  1YM4 A;  1ZSR A;  2JYS A;  4D8C A;  4XKX A;  3SLZ A;  3NLS A;  1MIQ A;  3UPJ A;  4Y3S A;  5OYV A;  3QN8 A;  4EJ8 A;  3TLH A;  4FGX A;  4Y50 A;  3HD8 A;  5P78 A;  1MES A;  2FXD A;  1D4H A;  2WHH A;  1T7J A;  5F01 A;  3PI5 A;  5P8S A;  3DV1 A;  4RRS A;  3RTN A;  3WZ6 A;  1GVT A;  1YT9 A;  1U8G A;  5ISK A;  1D4Y A;  5HVP A;  1SDT A;  4OBZ B;  2G21 A;  4GZF A;  5P5U A;  2PC0 A;  1BWB A;  1J71 A;  1UPJ A;  3TNE A;  2JJJ A;  3NUJ A;  4FM6 A;  4TRY A;  1Z1R A;  3VFB A;  5P83 A;  4LXM A;  2BPZ A;  4L6B A;  3T7Q A;  3SA6 A;  3N4L A;  4CPU A;  2OHT A;  3ZMG A;  3BGC A;  3HAW A;  2HS1 A;  2O4K A;  3EL4 A;  5P05 A;  4EWO A;  2FNS A;  1HVC A;  5P7L A;  3UDJ A;  3U7S A;  5OZ8 A;  5P3J A;  4HEG A;  3TPL A;  6APR E;  3PSG A;  1EED P;  1OEX A;  4JP9 A;  3VUC A;  2OHQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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