1SDVA

Crystal structures of hiv protease v82a and l90m mutants reveal changes in indinavir binding site.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of HIV protease V82A and L90M mutants reveal changes in the indinavir-binding site
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords protease RETROPEPSIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sdvA00
5P69A 3BC4A 3K5GA 5P41A 2AZBA 4Y5CA 2F80A 4RVIA 5P30A 2XYEA 4Y3ZA 5P8LA 5P6XA 3PVKA 2PYMA 3D91A 3OXVA 4QJ6A 5OYSA 4D8CA 4GJ8A 1RPIA 3RSXA 2QAKA 2H6SA 5P8FA 1D4YA 5OZSA 5P56A 4CPQA 4H3GA 3TKGA 5P16A 1M4HA 1ZBGA 2Q54A 4Y3MA 2O4KA 4H1EA 4HVPA 2QI0A 5P06A 1W6IA 3I6OA 5IVRA 3HBOA 2AVMA 4S1GA 5P5LA 4ER1E 5OZ1A 3TPJA 5P0MA 3PRSA 2RKGA 2ZHVA 5P4QA 1D4IA 5P6TA 1DPJA 5AH7A 5P83A 4EQ0A 5OZ8A 4DUSA 2B8VA 5P3EA 5OZVA 5OZJA 4Y45A 5P6QA 3QRSA 1EPOE 2QHYA 4TVGA 1BILA 4YCTA 5P3VA 5P7NA 5B18A 5P4PA 4B70A 4GJAA 4Y9WA 1M0BA 3OU3A 3EKWA 3ZL7A 5P6PA 3OOTA 5P7QA 5PEPA 4DPFA 3PBZA 3WZ8A 3OGQA 5P6LA 3S53A 3OQ7A 3GGAA 3ZOVA 2AOJA 4YE3A 5P3ZA 4EJLA 3EL5A 1IZDA 4Y4BA 3O9GA 2HAHA 3SA9A 4GJ5A 3LIXA 5ENMA 2SAMA 1BDQA 3PWRA 3OTYA 2I0DA 1ZJ7A 2CEMA 1UH9A 1E81E 3I25A 5P2SA 5DGUA 1W6HA 1VIJA 2FGUA 2ER9E 1YTIA 3H0BA 5OZWA 4I8ZA 4HA5A 5P8KA 2ZJKA 3Q3TA 4M8YA 5OZ3A 3N3IA 4Y56A 4PYVA 5P22A 1LYBB 2FXEA 3LHGA 3PMYA 9HVPA 3S54A 1SDTA 3U6AA 3S7LA 5IVQA 3BVAA 1AJVA 3SKGA 1EEDP 5CONA 1HSIA 5SZ9A 5IS4A 4KE0A 5JG1A 5TOLA 5KQZA 3OUDB 3T7QA 5IE1A 3IVHA 2R9BA 2HS2A 3EXOA 3NR6A 5P3SA 3NU9A 5P0ZA 3DOXA 3UDKA 2AOGA 5P4XA 2NMYA 4Y5GA 5P4EA 3HAWA 4FRJA 5P81A 2FNSA 2WEDA 5P8PA 5P3CA 2VJ6A 5P37A 3FNTA 4EYRA 3DV1A 3VG1A 5P0TA 1GVVA 2JXRA 3FNSA 1FG6C 1YTHA 4DJXA 5OZTA 1N49A 1YX9A 3OAGA 5KR2A 3VLAA 3PSYA 1EPNE 5P5DA 4CPWA 4HLAA 4Y48A 2HPFA 2VS2A 1DMPA 3SA5A 1LYWB 1SDUA 5P61A 2OHTA 5P7SA 5P1SA 3L58A 2FNTA 2WL0A 4EJDA 5P6RA 1K6VA 1BXOA 1SGZA 4Y3QA 4QLHA 4OD9A 1C6ZA 3SKFA 2WEBA 5JFUA 3K5FA 4Z4XA 2PH8A 5SY3A 5P1VA 5P7UA 4I0DA 3ER3E 4K4RA 2VA5A 3EMYA 3MSJA 5KQYA 3EKYA 2G69A 4OBDA 2HC0A 5P5NA 3TOGA 4CKUA 4ZE6A 5SY2A 2ZHSA 3JVYA 4DQGA 3OADA 5P05A 5P8OA 2HB4A 2IEOA 3CMSA 3K1WA 1D4LA 4NPTA 5P7PA 4ZSQA 1EBWA 2PQZA 3O9HA 5P5UA 2Q64A 5P4MA 3S56A 4Y4JA 1QBUA 5P23A 4MC9A 5KOSA 4YCKA 3PWMA 3HAUA 5KOQA 5DR7A 5P3WA 4Y5BA 3ZKMA 1DW6C 5P11A 1T7IA 4EJ8A 4NKKA 2PSGA 2BKSA 1TCXA 3AUPA 1HVLA 2BPZA 2V12C 3WB4A 3UCBA 1MT8A 4B72A 2Q15A 3KDCA 5F00A 4A6BA 5UPJA 5P3MA 2ZHTA 1BV7A 2WEZA 3EKVA 3PB5A 4FE6A 3INFA 4YD4A 1W5VA 1YTGA 5P2AA 3HVGA 5P3LA 1FEJC 1PFZA 3O9EA 2QI5A 2P3DA 1MRWA 5P52A 1Q9PA 2O4LA 1FLHA 3UDNA 1LZQA 5P8MA 3FX5A 4AMTA 4DJQA 2VIZA 1PSAA 3QI1A 5P5IA 3DCKA 5P8UA 5I3WA 2RMPA 3T7XA 4OBHA 3OGPA 5EZXA 2WF2A 5P2CA 2J9JB 5P8CA 3K4VA 3OY4A 1E80E 3DK1A 1HTEA 5P45A 3UDJA 5P3XA 4DJWA 1SBGA 5P0YA 3SA3A 5P65A 3G70A 1A9MA 5P7RA 4PHVA 4WY1A 4DJPA 3IA9A 3T11A 1EC1A 4OBFA 3D3TA 3VSXA 2OAHA 5P5AA 1BDRA 2ANLA 4ACXA 5P38A 1UPJA 5P76A 1G35A 1HIHA 4MC1A 4CP7A 3UDYA 5HDXA 3ZPSA 3O9AA 5P09A 2Z54A 1QS8A 1UH7A 4R93A 4RLDA 3EL4A 5P18A 3KA2A 4U8WA 4Z22A 5P0CA 5EZZA 3OAGB 5P3RA 3MWSA 3SM1A 2G1NA 3TOFA 5P6CA 4J17A 4B78A 1A94A 1PPKE 1JLDA 4Y35A 1T7KA 3LPKA 3L5DA 2BPYA 4NJSA 4Y57A 2FXDA 1YG9A 4OD9B 5P6FA 2Q11A 1K6CA 2AZ9A 2PC0A 5DQ5A 5P53A 1D4JA 5OYXA 4Y3AA 4D83A 3NXEA 3OU4B 5P7YA 5BWYA 5P2OA 3UTLA 5P8NA 3EL1A 4FRKA 4WY6A 3SAAA 3G6ZA 4EXHA 4QJ8A 5COKA 4ZPGA 3OADB 4GJ7A 5ER2E 5OZQA 4DQBA 5P51A 4AA9A 2A4FA 5P5WA 5OZKA 3WZ7A 3G72A 3SFCA 4MC6A 2P3CA 5P77A 5P2RA 4BELA 1IZIA 2APRA 5P4FA 2PK5A 1HXWA 5I3XA 3HZCA 3GI6A 4Y5LA 2B8LA 5P8HA 3R1GB 4QJ9A 4JECA 3VFAA 5HVPA 3Q70A 1EC2A 2R3WA 1FGCC 2G1SA 2I4QA 4U7VA 5P7CA 3QBHA 5P0KA 3ZPUA 5P74A 2WF4A 3OK9A 1NSOA 2RKFA 4OC6A 2PMAA 5P8GA 3ZLQA 3OUAA 3LZUA 5OZHA 5P39A 1LYAA 3UQPA 3OQDA 5DR0A 2NTRA 5P7ZA 2QMGA 2IGYA 5P67A 4UPJA 5P2NA 5OZIA 3LIVA 2V0ZC 1F7AA 3NU3A 4DQHA 4J5JA 1GNMA 3OTSA 5OZPA 1MTRA 2XFIA 5DR1A 4F75A 1ZPKA 3PLLA 4A6CA 4DQFA 2AODA 3SO9A 5P1FA 5P6NA 5P0XA 2IDWA 1XL2A 3UQRA 1IDBA 4Y5NA 4ER2E 2HS1A 3SA6A 3OXWA 6APRE 2G22A 5P7KA 4A4QA 2F3EA 4J1FA 5P66A 4YHQA 5P59A 2F81A 5P2BA 5P3OA 5P3GA 5P42A 5P2YA 1BIMA 1K2BA 4I10A 4J0VA 3PBDA 4R5NA 4Y44A 5P6YA 3D1ZA 4BFBA 5P4AA 5OZEA 3SM2A 3TNEA 2BKTA 4Z50A 3CIDA 1MERA 2WJOA 4Y3NA 5HDZA 3TPLA 4YOBA 5P6IA 4ZEAA 2VIYA 1B11A 1RL8A 1XL5A 5P40A 3LPIA 1SMRA 4FSLA 1ODXA 3SA7A 3APRE 4AUCA 4NJTA 5P32A 3LZSA 2HB2A 3EM6A 3QROA 5P5SA 5P25A 3FIVA 4Y3GA 2QNNA 2B42A 1W51A 4Y4AA 1DAZC 3QP0A 3TPRA 3LNKA 1B6KA 4PZXA 5P1XA 1EC0A 3EL0A 1LEEA 4RRNA 2IGXA 2EWYA 1CMSA 2ZHUA 3CYWA 5P1TA 2AOCA 3S43B 5ENKA 3LINA 1XN2A 1FMBA 2ZE1A 5OZGA 3SA8A 4CPSA 4J1EA 2BPWA 4DI2A 3FV3A 2RENA 3HD8A 5P7GA 5AH6A 5IVSA 1XE6A 4JPEA 4X2LA 1HVKA 3EKQA 5P3NA 4RCDA 1WKRA 4Y3HA 1EPRE 1GVWA 2I4UA 2UPJA 1FFFC 5KAOA 5P15A 3SQFA 4J54A 2JJJA 2FDDA 5P63A 5P6ZA 3VV7A 2AOFA 5P08A 2NXMA 1EAGA 3IXKA 3O9BA 4FCOA 5P1KA 5P5CA 2QCIA 3NSHA 2P8HA 5P64A 3QAAA 5P3HA 1MUIA 3NDUA 3HVPA 4F74A 4L1AA 5HCTA 1BV9A 5P7FA 5OZNA 4N00A 1UH8A 5P1GA 1A30A 3CIBA 5P0LA 2R5QA 1BDLA 4ACUA 2NNPA 3KFSA 5P6DA 4GMIA 5P44A 4B1DA 3S45A 5P8IA 4RYGA 1HEFE 5HDVA 4Y4UA 5P2VA 4EHCA 5P0SA 4EP3A 5P8QA 2R3TA 4QJ2A 3KFNA 1A8KA 4GJDA 3OXCA 1A8GA 2XFKA 4K4QA 5P75A 4YA8A 5P1CA 5KR0A 1G0VA 5P82A 3VLBA 5P88A 1HTRB 5OZBA 3L59A 3HLOA 5P8TA 4Y4ZA 4Q5MA 1HVSA 4FAEA 2G26A 5SXNA 2QI1A 3UDQA 3PLDA 5P1RA 3EKPA 4I0ZA 1FQ5A 1CPIA 1W5XA 5P6BA 5P1YA 1MSMA 3BUFA 5P5BA 4B00A 1K1UA 1FQ6A 5P4JA 5P3YA 3NDWA 3L5BA 4MC2A 3KT5A 1FQ4A 3B7VA 4EJKA 3TTPA 2AOIA 1HHPA 4EPJA 4F73A 4YBIA 5P13A 5P20A 3ZKSA 6UPJA 4GJBA 1BXQA 1SGUA 4Y37A 1HVRA 4I0FA 3PCZA 3VUCA 5P55A 1KJ7A 2IKUA 3CKRA 1HSHA 2ZGAA 5OZRA 5P87A 1FQ8A 3INHA 5HDUA 1QBSA 5P3FA 4XX4A 2FIVA 2P4JA 2AZCA 2NMZA 2QD7A 2RSPA 3DUYA 5P78A 2G27A 2QD6A 2O4PA 5P48A 4OBJA 1FB7A 2PWRA 4RGHA 5OYWA 5HU1A 2QP8A 5P8BA 3S2OA 4Y4EA 1IZEA 3OWNA 5P7DA 4Y50A 1OEXA 1EPPE 1XE5A 1BWBA 3IXJA 2I4VA 2PYNA 4Y3EA 4DJYA 1IZHA 2I4DA 5OZYA 2ZJLA 1BWAA 1DP5A 1ENTE 5P3AA 1C6XA 3WZ6A 1EBYA 4U7QA 4Y47A 5OZAA 5C9BA 5AHCA 5DR3A 1KJ4A 5KQXA 3FNUA 4I1CA 1MPPA 5KQFA 4HZTA 1FQ7A 3SLZA 4FLGA 5P3UA 5P54A 5P03A 4Y6MA 1CZIE 5P01A 3UF3A 4DQEA 5P68A 3LITA 1MVPA 5F01A 3QS1A 1GNNA 1IDAA 5P5HA 5P0AA 4TRWA 2ZYEA 2IKOA 5P19A 2ZJJA 2OHSA 4L6BA 2QZWA 4L7GA 5P0UA 1AJXA 1IVPA 2FDEA 5P0GA 5P1QA 5OZ6A 3O9FA 2HIZA 5P4VA 3NU4A 5P4HA 3VF3A 5P1IA 3O9LA 4Q1WA 5OZLA 4Y58A 2QU2A 4J1HA 2R38A 5P49A 1T6GA 5P31A 1NH0A 1HVIA 3KDDA 1SMEA 5P6KA 1SP5A 2FS4A 2G1YA 4OBGA 1ZSRA 1BVGA 1WBKA 3CKTA 1APWE 3U7SA 3VSWA 3OU1A 5P7WA 5AH9A 5P1PA 5P7VA 4Y3SA 5P0DA 3ZKXA 3IXOA 4NPUA 3UDPA 2VJ9A 2QMFA 4DV9A 1QBRA 1W50A 3LIYA 4EWOA 5P0IA 2OHKA 5P6JA 3OXXA 2WF1A 4OBKA 5P6OA 2QZKA 5P2JA 1ZAPA 5P2XA 1LV1A 5P1ZA 1ODYA 3PSGA 3JW2A 2AZ8A 3F9QA 5P4TA 5P1AA 3HDKA 3ZPTA 5KR8A 1XS7D 1T3RA 1MIQA 4KUPA 3NWQA 4LBTA 5HD0A 1ZLFA 4J0TA 2V11C 4LXMA 2I0AA 3ZKIA 2VIEA 1ZPAA 4HE9A 3VV8A 3QRVA 3R4BA 3IN4A 2VA7A 3ZKQA 4EQJA 2WKZA 1K1TA 4FIVA 1YM4A 2FLEA 2HM1A 3BHEA 3NXNA 4YD3A 4CPRA 1G2KA 5P14A 3BUHA 3DM6A 1MT7A 5P72A 5P4NA 3H5BA 1GNOA 3IAWA 5P0OA 5P5JA 5P5GA 4B0QA 2AVQA 3UQUA 2I4XA 1NPVA 3VV6A 4Y4WA 1FF0C 3RTHA 3O9CA 3URLA 2FMBA 5P6GA 1MT9A 4Y53A 5APRE 3OHFA 5P1UA 1WBMA 4L7HA 2QHCA 1B6PA 3GI5A 3OOZA 2I1AA 3PSUA 5P0WA 3EL9A 4ZSPA 2OF0A 4OBZA 1E82E 3DCRA 2QK5A 3VCMA 5OZOA 4CPTA 5P5YA 4ZSRA 1OD1A 2P83A 3M9FA 3KFRA 5P7TA 1META 2F8GA 3FSMA 1AM5A 5DQ4A 7UPJA 2UXZA 2PH6A 4ZPEA 5P0NA 5P2EA 1VIKA 4Y3WA 5P6MA 2AVVA 3LZVA 5P1MA 3TL9A 4YD6A 2UY0A 3GI4A 3WB5A 1K6TA 2VNNA 2ASIA 3NUJA 3TH9A 4APRE 5P57A 4Y4GA 2QI7A 1M43A 3KMYA 5P3BA 5HTZA 2QI6A 2WF3A 3ZMGA 5ISKA 2G21A 4QJAA 3UFLA 1E5OE 5P35A 5ISJA 2B60A 3SPKA 1BVEA 2QNQA 3UPJA 3URJA 4RVXA 5P2MA 5BS4A 3O9LB 4Y5AA 3O9IA 2AOEA 2NNKA 4GYEA 5P5EA 3AIDA 5C9DA 5P8AA 2OHUA 3NU5A 5P0RA 3VFBA 2R8NA 5P4RA 4RZ1A 4YD7A 4FAFA 2AVSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P69 A;  3BC4 A;  3K5G A;  5P41 A;  2AZB A;  4Y5C A;  2F80 A;  4RVI A;  5P30 A;  2XYE A;  4Y3Z A;  5P8L A;  5P6X A;  3PVK A;  2PYM A;  3D91 A;  3OXV A;  4QJ6 A;  5OYS A;  4D8C A;  4GJ8 A;  1RPI A;  3RSX A;  2QAK A;  2H6S A;  5P8F A;  1D4Y A;  5OZS A;  5P56 A;  4CPQ A;  4H3G A;  3TKG A;  5P16 A;  1M4H A;  1ZBG A;  2Q54 A;  4Y3M A;  2O4K A;  4H1E A;  4HVP A;  2QI0 A;  5P06 A;  1W6I A;  3I6O A;  5IVR A;  3HBO A;  2AVM A;  4S1G A;  5P5L A;  4ER1 E;  5OZ1 A;  3TPJ A;  5P0M A;  3PRS A;  2RKG A;  2ZHV A;  5P4Q A;  1D4I A;  5P6T A;  1DPJ A;  5AH7 A;  5P83 A;  4EQ0 A;  5OZ8 A;  4DUS A;  2B8V A;  5P3E A;  5OZV A;  5OZJ A;  4Y45 A;  5P6Q A;  3QRS A;  1EPO E;  2QHY A;  4TVG A;  1BIL A;  4YCT A;  5P3V A;  5P7N A;  5B18 A;  5P4P A;  4B70 A;  4GJA A;  4Y9W A;  1M0B A;  3OU3 A;  3EKW A;  3ZL7 A;  5P6P A;  3OOT A;  5P7Q A;  5PEP A;  4DPF A;  3PBZ A;  3WZ8 A;  3OGQ A;  5P6L A;  3S53 A;  3OQ7 A;  3GGA A;  3ZOV A;  2AOJ A;  4YE3 A;  5P3Z A;  4EJL A;  3EL5 A;  1IZD A;  4Y4B A;  3O9G A;  2HAH A;  3SA9 A;  4GJ5 A;  3LIX A;  5ENM A;  2SAM A;  1BDQ A;  3PWR A;  3OTY A;  2I0D A;  1ZJ7 A;  2CEM A;  1UH9 A;  1E81 E;  3I25 A;  5P2S A;  5DGU A;  1W6H A;  1VIJ A;  2FGU A;  2ER9 E;  1YTI A;  3H0B A;  5OZW A;  4I8Z A;  4HA5 A;  5P8K A;  2ZJK A;  3Q3T A;  4M8Y A;  5OZ3 A;  3N3I A;  4Y56 A;  4PYV A;  5P22 A;  1LYB B;  2FXE A;  3LHG A;  3PMY A;  9HVP A;  3S54 A;  1SDT A;  3U6A A;  3S7L A;  5IVQ A;  3BVA A;  1AJV A;  3SKG A;  1EED P;  5CON A;  1HSI A;  5SZ9 A;  5IS4 A;  4KE0 A;  5JG1 A;  5TOL A;  5KQZ A;  3OUD B;  3T7Q A;  5IE1 A;  3IVH A;  2R9B A;  2HS2 A;  3EXO A;  3NR6 A;  5P3S A;  3NU9 A;  5P0Z A;  3DOX A;  3UDK A;  2AOG A;  5P4X A;  2NMY A;  4Y5G A;  5P4E A;  3HAW A;  4FRJ A;  5P81 A;  2FNS A;  2WED A;  5P8P A;  5P3C A;  2VJ6 A;  5P37 A;  3FNT A;  4EYR A;  3DV1 A;  3VG1 A;  5P0T A;  1GVV A;  2JXR A;  3FNS A;  1FG6 C;  1YTH A;  4DJX A;  5OZT A;  1N49 A;  1YX9 A;  3OAG A;  5KR2 A;  3VLA A;  3PSY A;  1EPN E;  5P5D A;  4CPW A;  4HLA A;  4Y48 A;  2HPF A;  2VS2 A;  1DMP A;  3SA5 A;  1LYW B;  1SDU A;  5P61 A;  2OHT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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