1SH9A

Comparing the accumulation of active site and non-active site mutations in the hiv-1 protease
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLREALLDTGADDTIFEEISLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPANVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Comparing the Accumulation of Active- and Nonactive-Site Mutations in the HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords POL polyprotein
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sh9A00
2VNNA 3VYDA 5P29A 4J1KA 3BUFA 4NPTA 4L6BA 4Y3PA 5P0BA 3KM4A 3EL5A 4DJVA 2BPWA 3PRSA 4Y3MA 2G69A 2ZDZA 3SO9A 2IGYA 3SKFA 3PBZA 3ER3E 5P68A 1QBTA 5P01A 1YG9A 2HAHA 5P5CA 1HIHA 4D83A 4DPIA 4DVFA 4Y3HA 2XFKA 2AOCA 3UHLA 3LIXA 5P5EA 5PEPA 2CENA 1FB7A 5JFUA 3PGIA 3VV6A 4ZIPA 3SM2A 5P5BA 2B7ZA 1AXAA 5P2XA 1A8KA 1KJ4A 4OBZB 5P8PA 1PFZA 3IXOA 5P3DA 3BUHA 4Z50A 1IZDA 2HB2A 4COEA 3SACA 3SQFA 5P0JA 3C9XA 5COKA 2F3KA 3PMUA 3QBHA 3KMXA 5P88A 4DJWA 5P8HA 5I3YA 3OU1A 5P0XA 2QMPA 2OHRA 5P6NA 5P6OA 3S56A 3IVHA 4DFGA 2NPHA 2OAHA 1HVRA 6FIVA 4X2LA 5P1MA 2G1SA 2PC0A 5P5NA 1QS8A 1FQ8A 4K4QA 4WY1A 4YA8A 5OZ6A 5OZ0A 2UPJA 3QBFA 5CONA 1EPPE 1ZSFA 2QMDA 1J71A 2BPZA 3SPKA 2ZHVA 3JW2A 4KE1A 1NSOA 5P4IA 4DJXA 2JYSA 4BEKA 2O4KA 4LL3A 5P5GA 3OQ7A 3EBZA 4Y56A 1HXBA 3PLDA 3ZKSA 4EXHA 4KUPA 5KR8A 1QBUA 3T7XA 2R3WA 3BXSA 4DPFA 5P3MA 5P4RA 1AVFA 5OZNA 2PSUA 3DJKA 3TPLA 4WTUA 3OHFA 4FAEA 2AVSA 4QJ7A 5OZ7A 2VJ7A 4Y3WA 5P3RA 2FDDA 2QNQA 3TL9A 1T3RA 5P66A 3GGXA 1B6MA 3N4LA 3L3AA 5P4OA 4EPJA 1HTEA 4YD4A 5P2BA 3VUCA 6UPJA 5P61A 5IVTA 5P3KA 1FFIC 2AOGA 1BXOA 4OBFA 4OBJA 3UPJA 1VIKA 5P1DA 5IVSA 5P72A 3OQAA 5P5XA 3KDDA 3FNSA 3S2OA 2V13A 5P30A 4DJYA 5P3NA 3PWWA 1EBZA 5P4BA 1KJGA 5P5WA 1KJ7A 5JFPA 4ZSQA 3HAWA 1EC0A 4DQHA 2BJUA 3QROA 2QI4A 3MXDA 2I4QA 1UH9A 5P3SA 1FQ7A 4I1CA 3NXEA 3MSLA 3PCZA 2ASIA 3O9LB 5P3GA 5P87A 1FKNA 5ENMA 1YT9A 3S8IA 4H1EA 4RYCA 3DV1A 5P1VA 2G20A 3KDCA 4XKXA 5OZAA 4NJSA 1HVSA 3H0BA 2BPYA 3LIQA 5E5KA 2R5PA 5F01A 5P4EA 3T11A 1PPKE 2B8LA 5P2FA 4HDPA 2VJ9A 5P6LA 4GB2A 2MIPA 2AZ8A 3EL1A 3FSMA 5P4UA 4B72A 4Y6MA 4YE3A 2Q55A 3CKTA 1SDVA 1APUE 4CPQA 5P4GA 3OK9A 3O9IA 2HS2A 3EKXA 1MUIA 2CEJA 4H3GA 5P1GA 4YBFA 3K5DA 1E82E 4J54A 1LV1A 2J9JB 3QRVA 5P8IA 4AA9A 1DPJA 5OZGA 1IZIA 1E81E 4A6BA 2RKFA 1TCXA 5P48A 5P7DA 2B42A 2QMFA 1C70A 5P45A 4L7GA 1FQ6A 2HC0A 2BKTA 3EKWA 5P4WA 3L5DA 4HVPA 5KQFA 5P6XA 2I1AA 1Z1HA 4JPEA 4CPXA 3PI5A 1HPOA 1KZKA 5DQ4A 5P02A 1PPME 4IVSA 1MT9A 2VJ6A 3PSUA 4E43A 3DCKA 3UQUA 3HDKA 4OD9A 1U8GA 1LYBA 5OZCA 5P2LA 4HE9A 5B18A 5P0LA 4MC6A 4ZPFA 5P17A 6APRE 1XE5A 2QMGA 4Y3DA 5OZ4A 2OHUA 1WBKA 1HHPA 1HIVA 5P7HA 2AODA 3D91A 4B00A 2QCIA 4EP3A 4Y3JA 3INFA 5DR3A 1LZQA 3HZCA 1C6YA 5AHAA 5P5QA 2IS0A 4CPWA 2QD8A 3UDPA 4FAFA 3INEA 1SMEA 3O9DA 1GVWA 1G35A 3K4VC 5KQZA 1META 2P8HA 3T7QA 2V12C 3IXJA 5DR0A 4PHVA 1T7KA 3HBOA 1BVGA 1B6KA 1ER8E 3OGPA 1YTHA 5P20A 4FSEA 3NU9A 3G70A 4DQEA 3MWSA 1NH0A 5DR1A 1APTE 3I7EA 3ZPSA 3WB5A 4TRYA 5P15A 2AQUA 1EPME 1HTGA 1DIFA 1D4SA 3NWXA 5P7RA 1HSIA 1W6IA 5HU0A 4F75A 1BDRA 5P6WA 1SGZA 5KOQA 3L5BA 5JG1A 5HE5A 2WEBA 4Y3XA 1FEJC 1HTFA 4AUCA 5P3AA 4B1EA 2QI0A 3OADB 4IVTA 3GI5A 5P4MA 4I0EA 5P37A 2WF2A 5P8RA 4GZFA 5P53A 3FKTA 4Y3GA 2R8NA 4Y44A 2AOFA 2QU3A 3DOXA 3RTMA 3O9HA 4F74A 1D4LA 5P7PA 4APEA 5P83A 5P70A 5P0QA 4Q1YA 5P13A 3OQFA 5P00A 4A4QA 3DK1A 3O9BA 4Y3EA 4RRSA 3QIHA 5P0PA 3QRSA 5P1AA 1LYAA 1YX9A 5IS4A 5P3JA 5P4ZA 3O99A 3OTYA 4OD9B 2I4UA 2VS2A 1HEFE 5HD0A 1EC2A 2NTRA 1EBKC 5P59A 2HB3A 5DQ5A 5P6JA 3MSJA 5P4TA 5P86A 1D4YA 5P36A 5P44A 3DV5A 4YD7A 5P8DA 3S43A 5P2GA 1HVCA 3KFRA 1SMRA 2WKZA 2AVOA 4GYEA 5F00A 5P5LA 3EC0A 5P7OA 1ODWA 5COOA 3NSHA 4NJUA 1HPSA 4GJ7A 3QP0A 2OHLA 5OYVA 2VA5A 1EPOE 3LINA 2XYFA 5P77A 1VIJA 4Z22A 2G1RA 1DW6C 4Y3AA 3S53A 5OZJA 1ODXA 4F76A 4J1FA 1E5OE 5P6BA 4RLDA 3BVAA 1B5FA 2QI7A 5P0TA 3BVBA 5P6FA 2QZXA 4L7JA 5P8LA 1EC1A 5C9FA 2QD7A 5P7GA 3QPJA 1HVKA 3INDA 2OHKA 5DGWA 1AJVA 3QRMA 4Y5GA 5P81A 2VNMA 4R95A 1FG6C 4Y3YA 5P85A 4GJAA 3O9FA 3PSYA 5P8FA 5P56A 4Y4AA 2P4JA 5KQYA 4S1GA 4Y4BA 5P43A 4EHCA 5P55A 1F7AA 5AHBA 5HDUA 2AZ9A 5P4DA 5P6ZA 3EKYA 3K1WA 4I8WA 2F3EA 1XL2A 3CYWA 1K2BA 3OOZA 5P2AA 3TKGA 1ZTZA 5P8GA 5P51A 3TTPA 2VA7A 1MIQA 5P0AA 3NUJA 3OHHA 5HCTA 3NLSA 3WZ6A 4DJQA 4TVGA 2WF3A 5P8EA 5P80A 1FMBA 4Y50A 1HVJA 1A30A 3LIZA 4MC2A 1K6VA 2QZWA 3OUBA 4OC6B 4I0DA 3SKGA 5OZHA 3TLHA 1LYAB 1RL8A 2XYEA 2ZJNA 3VFBA 5OZDA 5OZ1A 4U8WA 1MERA 5P18A 4B1CA 4FL8A 1XN3A 2WF4A 3TOHA 5HDVA 2WEZA 4YD3A 3K4VA 1D4HA 5P3WA 1AAQA 2SAMA 4Y4JA 5P2KA 4ZSMA 3I2LA 2NNKA 2WEDA 5P7TA 3TPJA 5AH8A 5P60A 4ZSPA 2AOJA 3LITA 3BRAA 5P3EA 1A8GA 1QRPE 4QJAA 1FMXA 3BHEA 4Y53A 3OUAA 4L1AB 2QI5A 4Y4XA 2PWCA 4PEPA 5P3BA 4YHQA 2ER0E 2VIEA 5P8JA 1IZEA 5P0MA 2FS4A 1NPVA 4ER1E 3OU3A 5P6IA 4I0JA 4XX4A 4GMIA 5I3WA 1PSAA 2H6SA 5P5DA 5P1IA 2BKSA 5P3YA 3IN4A 3PVKA 5KR0A 5P3UA 1W6HA 1K2CA 5P3VA 2ANLA 5P6MA 1XL5A 3PCWA 2HPEA 2P3BA 5OZXA 4U7VA 3EL4A 1EPLE 1HSHA 4QLHA 4KB9A 5P69A 3PM4A 4RCEA 4MC9A 4J0ZA 1WBMA 3RSXA 4I0GA 1PPLE 4DJRA 4B77A 1G6LA 4I0ZA 2I4XA 4Y39A 5KR1A 1W5XA 5I3VA 5P31A 4K9HA 5P7IA 2O4NA 1M0BA 2PYMA 3SLZA 3WB4A 4J1HA 1M43A 3B80A 4CKUA 3K5CA 1A94A 3VLBA 4BFBA 4N00A 3OUDB 2I0AA 4DQBA 2OHQA 3R4BA 4UPJA 1WKRA 5P4CA 1MT7A 2FMBA 3CKRA 4GIDA 3EL9A 4Z2ZA 2HB4A 4Y3FA 5P6PA 3HW1A 2WF1A 3PMYA 1GNNA 4JOOA 3LIYA 2O4PA 1GNMA 4Y48A 2P3AA 3OTSA 1IDBA 3L5CA 3LNKA 5P0OA 3IN3A 3O9AA 1KJHA 1MEUA 5P75A 4YOAA 4X7IA 1YTIA 5OZ3A 1XE6A 4NPUA 3ZLQA 2BQVA 3PWMA 2VKMA 5OZWA 4QJ2A 4Y35A 7UPJA 1EEDP 1BIMA 4D88A 3TOGA 4Y37A 3OXVA 4Y4GA 3UDJA 3IXKA 3UDQA 5ER1E 1BWBA 1FG8C 5C9BA 2QNPA 2Q3KA 4FSLA 3T6IA 2XFJA 3R1GB 1DP5A 3OU1B 2A1EA 3LZSA 3HAUA 4LXMA 5P0WA 3FX5A 5P09A 1LEEA 5OZFA 3ZPUA 1K6CA 4RROA 4BFDA 5P4QA 3WSJA 3QS1A 2WECA 4Y58A 2P3BB 5P35A 5I70A 5P6CA 2NMYA 3GI6A 1B6PA 2B60A 3UDHA 4J0PA 1T6EX 5P7ZA 4CPTA 2IKUA 4H3FA 1FQ5A 1MESA 1EAGA 3PEPA 3SA3A 1W5WA 4Y4ZA 1LF3A 3LPKA 4A6CA 2QU2A 2IGXA 2ZJJA 2PH8A 5P7YA 4AMTA 1Z1RA 1DAZC 5P76A 3HVGA 5HE4A 3RU1A 3CYXA 3ST5A 3KFSA 3FNTA 3L38A 4EQ0A 5P0EA 4TRWA 5P8MA 5P6QA 3DUYA 3Q4BA 2O4SA 5P7JA 4Y3LA 1T7JA 3KT2A 2Q15A 1HBVA 5P3IA 5P8KA 1AZ5A 5P42A 4R93A 5APRE 5P2SA 5CLMA 5P1UA 4EWOA 3ZOVA 4GJ8A 4Y9WA 1F34A 4J5JA 3VV7A 4CP7A 4HDBA 2Z4OA 3UFNA 1A9MA 2NMZA 1TCWA 5OZYA 1YM2A 3R0YA 3VF3A 1YTJA 4J1EA 2RMPA 3OXCA 3UQRA 2F3FA 5P2EA 3PHVA 1PROA 3NXNA 3EM4A 3U6AA 5P7LA 3EM3A 3IGBA 3APPA 5P6TA 1EC3A 2G27A 2I4VA 3SFCA 3ZKGA 4FCOA 4LXAA 2RENA 1HWRA 5P63A 3EKQA 4J0TA 3EXOA 2ZHSA 2QP8A 4R5NA 1GVXA 2Q11A 2AZCA 4B1DA 3PSGA 5HCOA 5P58A 5P0KA 3LZVA 5P28A 3OQDA 3RVIA 3U7SA 3UDNA 5P6YA 3EM6A 5P2IA 5P06A 4BELA 5E5JA 5P4KA 3JVYA 2IDWA 3RSVA 4YCTA 3ZKQA 4Y3ZA 2APRA 2B8VA 5P1SA 4YDGA 2OHPA 1Z8CA 4R8YA 5P2CA 4RCDA 5OYUA 5OZLA 5P24A 2ZYEA 4Y5KA 5P16A 4PZWA 3KN0A 4Y5PA 3QVCA 5P07A 2IKOA 4WY6A 2BBBA 5P5OA 4RVXA 3UDRA 1K6PA 4EJDA 3T3CA 3ER5E 3WZ7A 1IDAA 2I0DA 3K5FA 4CPSA 3NU3A 1IVQA 3Q6YA 4EJKA 5P5YA 5COPA 2Q5KA 4J0YA 2PH6A 4DJOA 3OAGA 2H6TA 1ENTE 4DQFA 3ZKIA 5P22A 5OZIA 1IVPA 2WJOA 5P7QA 5P1KA 3D20A 2V0ZC 3H5BA 2AZBA 5ENKA 4RVIA 5P0HA 2EWYA 1SIVA 5P2WA 2IRZA 5P14A 5P49A 4ACUA 1HVLA 4FM6A 5EZXA 3KFNA 4OBKA 5P1PA 1SH9A 3UTLA 3MSKA 4OBGA 3S85A 1OD1A 2IEOA 3I6OA 5P50A 3WZ8A 2Q54A 5P4LA 3VEUA 3VG1A 1EPNE 4HA5A 1NPWA 5P4NA 4YCKA 5P1EA 4GJ6A 1EBWA 3SA8A 5P8TA 2G1YA 3HVPA 5I3XA 3NDXA 5P82A 1LYBB 3Q5HA 4FGXA 3ZKXA 2QK5A 2FIVA 5OZPA 1BAIA 2ZE1A 2RKGA 3TNEA 5P4YA 5P5RA 1EBYA 4Y5EA 5SY3A 1C6XA 5AGZA 1APVE 5P0GA 5OYXA 2FDPA 4NJVA 1BILA 5P3PA 3UCBA 1ZPAA 1MT8A 1HTRB 1BDQA 4OBHA 4Y4WA 1HPVA 4EYRA 3JVWA 2ZJKA 5P1NA 1FQXA 3URIA 3PJ6A 5P3ZA 3UQPA 4XXSA 4I10A 4Y4TA 3KT5A 5P03A 1HSGA 3OGQA 5P6KA 4H3JA 1FGCC 2I4DA 3L58A 3CKPA 5P1HA 5OYSA 2FNSA 3R2FA 4B70A 2QHZA 1IIQA 5OYTA 3NDUA 5P7MA 3VLAA 5DQ1A 5AHCA 3G6ZA 4FM7A 2R38A 3R0WA 2ZGAA 5P67A 5P78A 5KQXA 3I25A 1Q9PA 4OBZA 1W50A 3CIBA 1ZSRA 5P12A 5P2YA 5P1FA 5P6VA 3FNUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VNN A;  3VYD A;  5P29 A;  4J1K A;  3BUF A;  4NPT A;  4L6B A;  4Y3P A;  5P0B A;  3KM4 A;  3EL5 A;  4DJV A;  2BPW A;  3PRS A;  4Y3M A;  2G69 A;  2ZDZ A;  3SO9 A;  2IGY A;  3SKF A;  3PBZ A;  3ER3 E;  5P68 A;  1QBT A;  5P01 A;  1YG9 A;  2HAH A;  5P5C A;  1HIH A;  4D83 A;  4DPI A;  4DVF A;  4Y3H A;  2XFK A;  2AOC A;  3UHL A;  3LIX A;  5P5E A;  5PEP A;  2CEN A;  1FB7 A;  5JFU A;  3PGI A;  3VV6 A;  4ZIP A;  3SM2 A;  5P5B A;  2B7Z A;  1AXA A;  5P2X A;  1A8K A;  1KJ4 A;  4OBZ B;  5P8P A;  1PFZ A;  3IXO A;  5P3D A;  3BUH A;  4Z50 A;  1IZD A;  2HB2 A;  4COE A;  3SAC A;  3SQF A;  5P0J A;  3C9X A;  5COK A;  2F3K A;  3PMU A;  3QBH A;  3KMX A;  5P88 A;  4DJW A;  5P8H A;  5I3Y A;  3OU1 A;  5P0X A;  2QMP A;  2OHR A;  5P6N A;  5P6O A;  3S56 A;  3IVH A;  4DFG A;  2NPH A;  2OAH A;  1HVR A;  6FIV A;  4X2L A;  5P1M A;  2G1S A;  2PC0 A;  5P5N A;  1QS8 A;  1FQ8 A;  4K4Q A;  4WY1 A;  4YA8 A;  5OZ6 A;  5OZ0 A;  2UPJ A;  3QBF A;  5CON A;  1EPP E;  1ZSF A;  2QMD A;  1J71 A;  2BPZ A;  3SPK A;  2ZHV A;  3JW2 A;  4KE1 A;  1NSO A;  5P4I A;  4DJX A;  2JYS A;  4BEK A;  2O4K A;  4LL3 A;  5P5G A;  3OQ7 A;  3EBZ A;  4Y56 A;  1HXB A;  3PLD A;  3ZKS A;  4EXH A;  4KUP A;  5KR8 A;  1QBU A;  3T7X A;  2R3W A;  3BXS A;  4DPF A;  5P3M A;  5P4R A;  1AVF A;  5OZN A;  2PSU A;  3DJK A;  3TPL A;  4WTU A;  3OHF A;  4FAE A;  2AVS A;  4QJ7 A;  5OZ7 A;  2VJ7 A;  4Y3W A;  5P3R A;  2FDD A;  2QNQ A;  3TL9 A;  1T3R A;  5P66 A;  3GGX A;  1B6M A;  3N4L A;  3L3A A;  5P4O A;  4EPJ A;  1HTE A;  4YD4 A;  5P2B A;  3VUC A;  6UPJ A;  5P61 A;  5IVT A;  5P3K A;  1FFI C;  2AOG A;  1BXO A;  4OBF A;  4OBJ A;  3UPJ A;  1VIK A;  5P1D A;  5IVS A;  5P72 A;  3OQA A;  5P5X A;  3KDD A;  3FNS A;  3S2O A;  2V13 A;  5P30 A;  4DJY A;  5P3N A;  3PWW A;  1EBZ A;  5P4B A;  1KJG A;  5P5W A;  1KJ7 A;  5JFP A;  4ZSQ A;  3HAW A;  1EC0 A;  4DQH A;  2BJU A;  3QRO A;  2QI4 A;  3MXD A;  2I4Q A;  1UH9 A;  5P3S A;  1FQ7 A;  4I1C A;  3NXE A;  3MSL A;  3PCZ A;  2ASI A;  3O9L B;  5P3G A;  5P87 A;  1FKN A;  5ENM A;  1YT9 A;  3S8I A;  4H1E A;  4RYC A;  3DV1 A;  5P1V A;  2G20 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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