1SIVA

Three-dimensional structure of a siv protease(slash)inhibitor complex. implications for the design of hiv-1 and hiv-2 protease inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVKIEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-dimensional structure of a simian immunodeficiency virus protease/inhibitor complex. Implications for the design of human immunodeficiency virus type 1 and 2 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Simian immunodeficiency virus
molecule keywords SIV PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sivA00
3ZKIA 4YD6A 5DR7A 4CMSA 3R1GB 3EKYA 4DJRA 5P8SA 3ZKSA 1YX9A 5P7ZA 4ER2E 5P4SA 2G1NA 3CYXA 2QD8A 3NYGA 4RVJA 4B0QA 5P5NA 2Q54A 2WL0A 3WZ8A 4AA8A 5I3YA 1FQ6A 5HCOA 3ECGA 1B6PA 3INFA 4M8YA 4FRSA 1BDRA 3TOFA 2PSUA 4Y3TA 4Y3HA 5KR2A 1MERA 5P7IA 1DIFA 3UFNA 5DR8A 4I11A 5P3KA 4YDGA 5P6BA 5P3ZA 5P3EA 2ZJHA 3G70A 5P58A 1EC0A 4F75A 3D1ZA 4FSEA 1PPLE 1ZPKA 3OXCA 3S43B 3QI1A 2XFKA 5P71A 1PPKE 5P50A 5P4MA 1YTHA 1EC1A 1K1TA 4Y5MA 4D88A 5COOA 2HPFA 3PM4A 3FNUA 3EKWA 3LIZA 4Q1WA 1YM2A 2P3BB 1SBGA 3FNTA 2IQGA 5P44A 5TOLA 5P4TA 4GB2A 3D1XA 2ZE1A 2QK5A 1D4KA 5OZNA 4APEA 5P5AA 3RTNA 2UXZA 4CPRA 5P3BA 2RENA 1HRNA 1F7AA 5P7XA 5P13A 1HXWA 5E5KA 5P3UA 4EJ8A 2HAHA 1MUIA 2RKGA 3LZVA 2R5PA 4GJ9A 1W6HA 3DUYA 1PSNA 3PBDA 3DOXA 1AXAA 1B6KA 3N4LA 1YTGA 4KB9A 5P52A 3NUOA 5P76A 4R95A 5P1BA 5P8BA 2HIZA 4OD9B 3KFRA 1KZKA 3VLBA 1D4YA 4JECA 5OZPA 3KN0A 1SDVA 4I0JA 3OTSA 4DQEA 4E43A 5P5KA 1HOSA 3DV1A 3WZ6A 1FFFC 2V00A 4U8WA 1SGUA 2AZBA 5P6RA 4YBFA 3TL9A 5P56A 5HE5A 3G72A 4TVGA 3VV6A 1MPPA 4ZPEA 4F74A 4CPTA 3QS1A 3BGBA 1AJVA 1FKNA 4KUPA 5P63A 3RVIA 2FGVA 3SA7A 5P8TA 3KMXA 4J55A 5P6HA 5P4NA 3OQDA 2HS2A 5IVRA 1HVIA 3SAAA 5DQCA 5P4PA 3I6OA 3C9XA 3D91A 1M43A 5P48A 5P7KA 5P3NA 4I10A 3BXSA 1FFIC 1ZP8A 2QI6A 1EEDP 3SACA 1BBSA 1HVRA 1SDTA 3R0WA 3T6IA 1IVQA 1DP5A 4D83A 2R43A 5P4OA 3CMSA 3OU4A 2WEAA 2A1EA 5P2ZA 5P80A 4FRKA 2ZGAA 3UQRA 3HDKA 5OZOA 2P3CA 3R2FA 4JOOA 3OUAA 5ER2E 5P3GA 2R3WA 1BAIA 1MTRA 5HCTA 5P3XA 1LYWA 1GVVA 2MIPA 3PI5A 4YOBA 4HLAA 3UF3A 1FB7A 2OHMA 5P73A 4GJAA 5P3SA 3ZPTA 3CKPA 4Y56A 3UDRA 4Y5CA 1ODYA 2CEJA 5OYQA 4YDFA 1NSOA 3PWMA 4K4QA 2XFJA 4Y38A 2AOHA 4LAPA 5P0OA 5DGWA 4APRE 3BGCA 2I4UA 4J0VA 1HTFA 3KDBA 5P0IA 2I1AA 3K5CA 5P1PA 3L5DA 4Y5GA 4MC6A 1MRWA 4FRIA 3O9IA 2WF1A 1EPNE 5P2FA 3NLSA 5P5HA 5OZ2A 4LHHA 5P1GA 5P8IA 4OBGA 3JVWA 5HDUA 5P2LA 2ZJMA 4GMIA 4DJPA 4FCOA 4CPWA 4DUSA 1LYBB 5P5DA 2BBBA 2R9BA 3F9QA 5P3AA 5P1YA 4CPQA 4YCTA 5OYTA 1UH8A 5P5WA 4Y4DA 1HVHA 3QRMA 5P25A 1QS8A 4HDPA 4M8XA 1HBVA 5P1VA 5SXNA 2P8HA 2WF2A 1PPME 5P00A 5P3JA 5P5YA 3SPKA 3BHEA 1HTGA 2PYNA 4EPJA 1EC3A 3GGUA 5OZ0A 5P66A 4LL3A 3TOGA 2IKUA 1XL5A 5P6TA 3ZPUA 1AAQA 5P46A 3ZKXA 3EKXA 4Y54A 3OGQA 1MVPA 2NXMA 2BPVA 5SY3A 1HVKA 2G94A 5CONA 1LV1A 3LIVA 2OHLA 3OHHA 1K2BA 3S85A 5HVPA 3OUDB 1ME6A 2I0DA 1G0VA 5COKA 5P4YA 4DH6A 3GGVA 1KJFA 2J9JB 5P62A 2V16C 5P12A 4HZTA 5P5QA 1K6TA 5P1JA 3NDXA 1UH9A 5AHCA 1MIQA 5IE1A 5JFPA 2J9KA 2ZJKA 3FSMA 3VF3A 3LINA 5KOSA 5OZ3A 2B7ZA 4NJUA 5IVQA 5FIVA 2AZ9A 3NU9A 7HVPA 3FIVA 5P8CA 5F00A 2OF0A 4K8SA 4QJ9A 5B18A 2G24A 3K4VA 3OK9A 5P7CA 2WHHA 4PZWA 4QJ7A 1SP5A 1MTBA 1ODXA 2QZKA 4Y6MA 2QP8A 3PVKA 4R93A 4DPFA 4MC9A 2QHCA 3OQ7A 2FLEA 4Y45A 5P81A 4Y41A 2UY0A 2QHZA 3UQUA 5P8EA 1YTJA 3HAWA 5P30A 5P4LA 5P0NA 1HWRA 5P02A 3WB5A 5P49A 4ZPFA 5P8NA 3KMYA 4YHQA 4FIVA 5P2TA 5F01A 4L1AA 1MT8A 4Z50A 1TZSA 4J0ZA 3KA2A 5P4KA 2WKZA 2VJ6A 2AOCA 5P6ZA 5P1NA 5P83A 4D85A 1W51A 5P2OA 5P07A 5P0HA 4DQHA 1META 4YCYA 4RCEA 1B6MA 4OC6A 3ZLQA 4Y44A 1DW6C 2ASIA 4LXMA 1OD1A 5P8AA 5P64A 5DQ4A 4NJVA 2RSPA 4Y3MA 5P3TA 1M0BA 3OTYA 5P8MA 5P0CA 5P1ZA 6FIVA 5OZBA 2QMGA 4DQGA 5ENKA 3OQKA 5P7BA 4LBTA 4H3FA 3PSUA 5P77A 2HB4A 5P3QA 4B70A 2G1RA 3FX5A 5P0WA 1G6LA 4L6BA 1KJGA 2ER9E 4Y3YA 3S45A 4EXGA 4RLDA 4J1CA 5P4AA 5AH6A 1RV7A 5P5EA 5P6CA 1B5FA 4OBZA 1FG8C 3I2LA 1YM4A 2IL2A 4NKKA 5OZMA 5P6EA 5OZTA 5P3WA 5HDVA 1U8GA 3UTLA 3APPA 3NXNA 3BUHA 4DJQA 2QNNA 5P85A 2IRZA 2AQUA 3BVAA 5P6JA 4HEGA 1W5WA 4Q1XA 5ENMA 1PSAA 2BKTA 3QRVA 5P4DA 5P4BA 3NR6A 2HB2A 5P09A 4I8ZA 4Y4BA 1GNNA 5P2NA 5P6UA 1N49A 2AZ8A 3ER5E 5P4VA 5P0ZA 2QNPA 2QI7A 3SABA 2QZLA 1NPAA 3O9CA 3DM6A 3IAWA 1C6ZA 3EC0A 1TCWA 3IN4A 3OU4B 4Y3XA 5P1TA 5P4HA 3K5DA 1SH9A 4Y3WA 1HTRB 4FM7A 4J1FA 3UDKA 5P5XA 3L3AA 5P68A 3OXWA 1ZSFA 5P54A 1QRPE 3D3TA 3BXRA 3FKTA 3URIA 5P1KA 1EPPE 1LYWB 1EBYA 3SA6A 3ER3E 1A8GA 1EAGA 5P69A 4B00A 2QI4A 4R92A 5P5VA 4LXAA 5P47A 1W50A 3TLHA 2FMBA 5P6OA 1Z8CA 5P57A 5P8OA 4J0YA 4ZSRA 5UPJA 2F3FA 4Y3NA 4J54A 1HIVA 1BVEA 5DQ1A 5P0KA 5KOQA 5P7UA 1LF3A 3HLOA 3O9EA 2QI0A 4X7IA 3EXOA 5P0GA 4Y5PA 5P7WA 3IVIA 2WEBA 5P2GA 3R4BA 3VF7A 2VA7A 4YA8A 5P7DA 1HSHA 3K5FA 1K2CA 4EP2A 3OADA 2ZHRA 1CPIA 1WBMA 1ER8E 2VJ9A 5KAOA 5P6DA 9HVPA 3HW1A 3SFCA 3I7EA 3SKGA 1FQ8A 5KQYA 3NDUA 2F80A 5OYWA 5C9DA 5P8KA 5AGZA 4Y3QA 3S56A 4FAEA 4GJ6A 1QBUA 5OZGA 5P6SA 4I0DA 1APVE 1OHRA 4HDFA 4F73A 1IZDA 4GJ7A 5P26A 5OYZA 3URLA 3NUJA 4Y4WA 4DI2A 3OXXA 1LS5A 3S2OA 2QMPA 3TPRA 4Y53A 3TNEA 4U7QA 4HVPA 2SAMA 3JW2A 4GZFA 1FLHA 1ZBGA 1TW7A 2QNQA 2I4DA 1HVLA 1SMRA 3UDYA 1EPOE 3NU5A 3TPLA 3UDJA 1FQ5A 4Y43A 2PYMA 1E82E 1GVTA 1BWAA 2FNSA 1ZTZA 4NPUA 1K1UA 5P2UA 2QD6A 5DR1A 3NWXA 1QDMA 3GI6A 3BRAA 3VCMA 4A6BA 4GJCA 3OWNA 5P4WA 5P3CA 3LHGA 5P5TA 5OZJA 5OZHA 3OHFA 5P22A 3LPJA 3GI0A 5SY2A 3NSHA 5P32A 5P2RA 4LC7A 2I4WA 1IDAA 2RKFA 2O4NA 4MC2A 4RGHA 5C9FA 5E5JA 2Q15A 2CEMA 1XDHA 1APWE 2R8NA 4D8CA 1D4SA 1LZQA 3LIYA 2QHYA 3N3IA 5KQZA 2Q55A 3KT2A 3R0YA 3CIDA 2APRA 4L7GA 1ODWA 2R3TA 4Y48A 3VF5A 3T11A 2O4PA 2BB9A 5P0PA 1A30A 4OBDA 5OZ7A 2AIDA 3EL1A 2AVMA 5P7NA 5P5UA 5P4GA 5P78A 4Y4ZA 1LYAA 2ZHSA 2FGUA 1LF2A 2I0AA 2FDDA 1K6VA 3U71A 5P7AA 5OZKA 3TPPA 5P0VA 5OYYA 4L1AB 5P0FA 3T7PA 2RMPA 2HB3A 1SIPA 4TVHA 1LEEA 4RCDA 2IGYA 2AVVA 5P1SA 2NMZA 4OC6B 4R5NA 4Y3ZA 1HTEA 5P4FA 5OZFA 5P8QA 4H3IA 3PB5A 4B1DA 2G1YA 2PWRA 3K4VC 1HPXA 5P0BA 2Q3KA 1AZ5A 1AJXA 4Y5NA 3LPKA 5P31A 1ZLFA 1C6YA 3TOHA 5P8VA 4WY6A 5P79A 5P35A 2PMAA 3UQWA 2V12C 1G2KA 5DGUA 1APUE 2PK6A 5P2JA 4DJYA 4L7HA 3DCRA 2Q64A 3O9LA 1Z1RA 4NJSA 4R8YA 2HS1A 2G1OA 4K9HA 1B5FB 5OZ9A 5OYVA 5P10A 4OBZB 5OZ5A 3CYWA 5P4JA 3RSXA 3EMYA 1T7KA 4EWOA 2F8GA 3BVBA 3KYRA 5P1OA 2EWYA 4QJAA 4I0HA 5P1QA 2O4SA 3Q6YA 3PWRA 1FMBA 5P3IA 2VIZA 5P23A 3CICA 5P8PA 5P42A 5OZXA 3Q5HA 4OBJA 5IVTA 1D4IA 1XN2A 1EBZA 5OZ1A 2JYSA 4RVIA 5OZYA 3NU6A 4J1HA 5P67A 2QCIA 5HD0A 1PROA 2IDWA 3VYFA 3RU1A 5P8GA 5P6GA 4DJUA 3SQFA 2F3EA 2UPJA 5P2DA 4HA5A 5P2MA 3OY4A 5P3LA 4Y4XA 4FGXA 1XL2A 1C6XA 5P5PA 2QAKA 1UPJA 5P2BA 3UCBA 3UPJA 3BUFA 2AVQA 1JLDA 1FEJC 4I0FA 5APRE 5OZCA 5HDZA 4J1IA 1MSNA 3UDNA 5EZXA 1D4LA 5P6LA 5P0AA 4Y35A 1GVWA 3FNSA 4JP9A 3M9FA 2VIJA 3LZSA 1RL8A 3KDDA 5C9BA 4YBIA 5JFUA 3OADB 3EKVA 2AVSA 4EP3A 2P83A 1SGZA 2WF4A 5P6QA 5DQ5A 5AH8A 4CP7A 3MXEA 1T3RA 1HIIA 1TSQA 4WY1A 4AA9A 2BKSA 3ZKNA 5P38A 1T6GA 4XX4A 4FM8A 4ZPGA 4BFDA 1GNMA 5P7SA 5P0UA 1KJ7A 5P7MA 3PLDA 5OZ4A 5P3DA 3D20A 3S54A 3LITA 1T6EX 4F76A 5P7VA 1IBQA 1EBWA 4Y5BA 5I3XA 3SLZA 5P5JA 1HVCA 1QBRA 3PMUA 3ZKMA 2O40A 4K4RA 4CPUA 5P3VA 5P16A 4Y3SA 3O9BA 3PSGA 4Y57A 1AM5A 3O99A 5P61A 1MSMA 2OHNA 6APRE 2VNMA 2VIEA 1EPQE 5P2HA 4FS4A 5P7EA 1HVJA 1BWBA 3U7SA 1SMEA 1OEXA 1RNEA 3RTHA 5P75A 3KFSA 4YD4A 5P4ZA 2NTRA 2OHKA 4I12A 4Y5AA 2P3DA 1CZIE 2PWCA 3VYDA 4RRSA 4ER1E 3SA9A 4Y3RA 1IZEA 3UHLA 4DQCA 5KR0A 4I1CA 3MWSA 5P7JA 1EPRE 4Y3EA 3EBZA 2CENA 5P08A 2Z4OA 4QGIA 4AMTA 5P89A 2ZDZA 5P7LA 4UPJA 3OU1A 5I70A 5P1HA 3VV7A 4B1CA 2OHSA 3EM6A 5P74A 4JPCA 1YT9A 4Y3DA 1SDUA 1B11A 4GJ5A 2JXRA 3Q70A 5P6PA 2ZHUA 4Y4GA 5P01A 3L59A 3FV3A 3IXJA 4MC1A 4Y4TA 5P0QA 4QJ6A 5P6IA 2VNNA 4Y3PA 5P0TA 5OZAA 4I0GA 3G6ZA 3K5GA 3EL9A 3O9FA 5P0LA 5P5IA 4CPXA 1QBSA 3APRE 2P3AA 5P8DA 5P0SA 2G1SA 1GVUA 3MSLA 5P87A 4DJWA 2NPHA 3O9HA 1K6CA 3OXVA 1EPLE 1B6LA 4ZIPA 1TCXA 4HDBA 4J1EA 3HZCA 4TRZA 5P6WA 1FMXA 2VA5A 4S1GA 1M4HA 5P1CA 5P24A 1BIMA 4QJ8A 1LYAB 4B77A 1HHPA 5AH7A 5P4QA 2BPWA 4ZSMA 5KQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKI A;  4YD6 A;  5DR7 A;  4CMS A;  3R1G B;  3EKY A;  4DJR A;  5P8S A;  3ZKS A;  1YX9 A;  5P7Z A;  4ER2 E;  5P4S A;  2G1N A;  3CYX A;  2QD8 A;  3NYG A;  4RVJ A;  4B0Q A;  5P5N A;  2Q54 A;  2WL0 A;  3WZ8 A;  4AA8 A;  5I3Y A;  1FQ6 A;  5HCO A;  3ECG A;  1B6P A;  3INF A;  4M8Y A;  4FRS A;  1BDR A;  3TOF A;  2PSU A;  4Y3T A;  4Y3H A;  5KR2 A;  1MER A;  5P7I A;  1DIF A;  3UFN A;  5DR8 A;  4I11 A;  5P3K A;  4YDG A;  5P6B A;  5P3Z A;  5P3E A;  2ZJH A;  3G70 A;  5P58 A;  1EC0 A;  4F75 A;  3D1Z A;  4FSE A;  1PPL E;  1ZPK A;  3OXC A;  3S43 B;  3QI1 A;  2XFK A;  5P71 A;  1PPK E;  5P50 A;  5P4M A;  1YTH A;  1EC1 A;  1K1T A;  4Y5M A;  4D88 A;  5COO A;  2HPF A;  3PM4 A;  3FNU A;  3EKW A;  3LIZ A;  4Q1W A;  1YM2 A;  2P3B B;  1SBG A;  3FNT A;  2IQG A;  5P44 A;  5TOL A;  5P4T A;  4GB2 A;  3D1X A;  2ZE1 A;  2QK5 A;  1D4K A;  5OZN A;  4APE A;  5P5A A;  3RTN A;  2UXZ A;  4CPR A;  5P3B A;  2REN A;  1HRN A;  1F7A A;  5P7X A;  5P13 A;  1HXW A;  5E5K A;  5P3U A;  4EJ8 A;  2HAH A;  1MUI A;  2RKG A;  3LZV A;  2R5P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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