1SIVA

Three-dimensional structure of a siv protease(slash)inhibitor complex. implications for the design of hiv-1 and hiv-2 protease inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVKIEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Three-dimensional structure of a simian immunodeficiency virus protease/inhibitor complex. Implications for the design of human immunodeficiency virus type 1 and 2 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords SIV PROTEASE
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Simian immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1993-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sivA00
2O4SA 3EL4A 5HCTA 3BUGA 3HBOA 1SMEA 2BQVA 3KFPA 3EL0A 5P7WA 5P7OA 3ZKIA 5KOSA 5KAOA 2WEDA 5IE1A 5J25A 4RYCA 2ZDZA 1EAGA 3PWWA 4I12A 3ZKXA 5P8HA 3OXWA 5P53A 2ZJMA 1YM2A 4Y5MA 5P85A 5P6SA 4GJ6A 2QI4A 5P0JA 1B6PA 4B70A 1WBMA 4Y3FA 3SO9A 1LYWA 1TSQA 2NTRA 5P1GA 2WEAA 2B42A 5P4LA 3QP0A 5HD0A 2VJ6A 4Y4AA 4DJOA 3KF0A 3HW1A 5OZIA 1FF0C 5EZZA 2QU3A 1K6VA 2JJJA 2NR6A 4DJPA 1FFIC 1EC0A 1YTHA 3PWMA 3NLSA 5HU1A 2Q11A 5OZNA 1T6GA 4YD7A 5HVPA 3EMYA 3URIA 4B1EA 4DPIA 3NU5A 4QLHA 2Z4OA 3LIYA 1DIFA 5P3GA 5P0AA 1GKTA 3R4BA 2PK6A 4J1EA 4FM6A 4JP9A 2HAHA 1NH0A 1Q9PA 2ER0E 5P5CA 3OOTA 2VIYA 5P7EA 5P4QA 2AZ8A 5P5OA 2ER6E 3OAGB 4K4RA 1FKNA 5P86A 3NDXA 5P2UA 5P7AA 5DQ2A 5P2VA 5OYQA 5P0MA 4J0TA 5DGUA 3KT2A 3KT5A 1XS7D 3KMYA 1B6KA 2V13A 5P0VA 4YDGA 1XN2A 5P8TA 1C6ZA 5P43A 3L3AA 5P66A 4K8SA 5P7CA 3O9EA 1W50A 2ZYEA 2A4FA 3ZKQA 2QHCA 5P0XA 4M8YA 4F73A 3H5BA 1QS8A 5OYTA 5SZ9A 4Y3AA 5OZXA 3L5EA 4Y3XA 1PSNA 3F9QA 4Y3LA 2IGYA 3BC4A 4ZPGA 4FGXA 5F00A 3S45A 5P14A 4KE1A 4Y54A 1EC1A 3SA5A 1Z1HA 3RTNA 4DJWA 2PH8A 5OZAA 3CKPA 3TH9A 3VYFA 1APTE 2QI1A 4TRWA 2VA6A 1M4HA 1OEWA 5P0RA 4Y3SA 7HVPA 3INHA 5P8QA 3UDRA 3BUFA 5P2DA 2J9JB 5P89A 4B00A 3D20A 5P7MA 1HSHA 1GVTA 1LF3A 5P5FA 1HVJA 2QD8A 4LAPA 3T7QA 2FDPA 3SKFA 1ZAPA 3MSJA 5HDXA 1PROA 3EKTA 2AIDA 5P1RA 4Y3YA 3HLOA 5DPZA 5P4NA 5P5AA 1EPPE 3QVCA 4CP7A 5P61A 4Y3NA 3TPLA 2XYEA 4EHCA 5P1LA 2P3CA 3LINA 4R93A 5P8AA 2G1RA 5P6FA 3G70A 1QRPE 4DFGA 2G21A 2AOCA 1DPJA 5P1IA 2QZWA 3DJKA 1LYBA 1D4IA 4Y3DA 3ZKSA 5P62A 1YT9A 5P6AA 2ZHSA 5P75A 3K5DA 3OAGA 1W6HA 3VF3A 1FMXA 3DM6A 1W5VA 4DJUA 5DR8A 2UPJA 4ER4E 3PMYA 4HZTA 2QMFA 4B72A 5P5LA 5P73A 3EKPA 1NPAA 2I4UA 3RTHA 5OZ7A 1CPIA 4FAFA 5BRYA 3OXXA 5P0QA 5P2FA 5P8OA 3TPRA 2WL0A 5P33A 4ER2E 4YOAA 2OHSA 4HDPA 1AM5A 5P30A 5P5ZA 4J1FA 5P3UA 5KQXA 4RYGA 4I8WA 1YTJA 3I6OA 3OTSA 1F7AA 3OU1B 1IZIA 4B1DA 1LF4A 3CKRA 1AAQA 4Y51A 4Y5AA 2ZJHA 3S8IA 3S56A 1JLDA 2VA7A 5DR0A 5OZHA 4B77A 2JJIA 3SM1A 1ODYA 3INDA 2OHPA 1HTEA 3SKGA 3NDWA 4NPTA 4ZSMA 5P0DA 5EZXA 2F81A 1B6MA 1LYAB 3L38A 3PVKA 2NXDA 3BXRA 4J54A 3NYGA 5P1YA 2R3WA 5P6WA 2BPWA 2P3DA 6UPJA 5OZDA 2APRA 3RSXA 4I0DA 5P6RA 5AH9A 3I25A 1D4HA 3HVPA 1UH7A 4FCOA 5P11A 3O9FA 5P3NA 2HC0A 3BGCA 3EBZA 5P6PA 1MTRA 3DV5A 3PLLA 5ER1E 4Y4DA 2RMPA 3ZKNA 2J9JA 4KB9A 5P07A 1HTFA 3DOXA 1BVGA 2HS2A 1META 5P68A 2AVSA 2VNMA 1ZPKA 2AVQA 3D1YA 5P4ZA 4YDFA 2QI6A 5P0HA 5P04A 2ZJLA 1MIQA 4A6CA 2QI3A 1EPQE 2ANLA 3FNUA 4U7VA 5BS4A 5P4CA 5P48A 3QRVA 3INEA 5OZPA 2PSUA 3OXVA 5P1VA 5P6TA 4BFDA 1T7KA 5OYWA 3VSXA 4YA8A 2P3AA 3OU3A 5KR1A 3UHLA 1C6YA 5B18A 5P8JA 4Y58A 5P3PA 5P7BA 2R8NA 5OZTA 2QI0A 4RLDA 5DQCA 1ZBGA 3I7EA 3O99A 5P09A 5KR8A 5P7PA 2BKSA 2CEMA 3UQPA 3UQWA 4DJXA 1HHPA 3ER5E 5KQYA 1BILA 1HWRA 4HEGA 3KDBA 4DV9A 3Q3TA 3KFNA 4Y3PA 4CPXA 4TVHA 1DP5A 4LXMA 2Q5KA 4Y3QA 4DQEA 3CYWA 3HVGA 2HPEA 5HE5A 5P40A 4PEPA 3OADB 1AZ5A 2OHUA 5P3WA 1YX9A 3OXCA 5P5MA 5P6BA 4D89A 1G2KA 4B05A 2WJOA 4YBFA 3LPIA 3EL1A 5P3RA 3OU1A 3T7PA 5HDVA 1RV7A 4Y5GA 5P4MA 5ER2E 5P4TA 4E43A 1QBTA 4Y50A 2IKOA 1HOSA 5OZVA 3BUHA 2I1AA 5P41A 4GJ8A 2G1SA 2HB2A 2ASIA 1LYWB 1HIIA 3LZYA 5P3AA 1HSIA 4FS4A 5JFUA 3GI6A 5P01A 5P74A 2OHRA 4Y5KA 3OQAA 5P7LA 4GZFA 3VFAA 5P37A 4BELA 3G6ZA 4CPRA 3O9BA 2Q55A 1MT7A 1EPRE 3PEPA 2HIZA 3BVBA 1IIQA 2XFJA 4I0ZA 4FIVA 1G35A 5P44A 5P7FA 4YHQA 1KJ4A 3U71A 3O9DA 1ZPAA 4RCEA 2CEJA 3LPJA 5P7IA 4FL8A 2RSPA 4DPFA 5APRE 5P3DA 5P42A 5P56A 1SDUA 3R0YA 1GNNA 4Y5EA 2WEZA 3FSMA 4HDFA 1LV1A 4Y4TA 3ZPSA 3NR6A 3G72A 3KFSA 4OC6B 5P1XA 5P8SA 2IGXA 5OZ4A 4ZPFA 2NNKA 2G27A 1W6IA 1HVRA 2OHQA 1TW7A 5P26A 1YM4A 3WZ8A 3QN8A 3NUJA 5COPA 1BV7A 2QNQA 3HAWA 3UDYA 3OOZA 5OZ2A 5P47A 5P13A 3NDTA 5P0EA 3N3IA 3GGVA 1PPME 1XL5A 4RVJA 3PJ6A 2EWYA 5P2MA 1GVVA 5P4IA 1SDTA 5P8DA 5P4YA 3VFBA 3NU9A 5P18A 3VSWA 5P6HA 3UDKA 3SA4A 1EC3A 3TL9A 5P4PA 3UCBA 1MVPA 5P20A 2ZGAA 4RCFA 4I0JA 4FM7A 4Y3MA 4IVSA 3BXSA 5I3YA 1K6TA 5P3IA 5P8FA 3TOFA 2AOIA 5COKA 1YTGA 4Y39A 3SAAA 3INFA 5P4XA 5AH8A 3SACA 5P5TA 1SBGA 1LS5A 4RVIA 3OADA 3PMUA 5OZCA 4J17A 4J0YA 5P03A 1SDVA 4AUCA 4GYEA 4DUSA 4I10A 3L58A 4H1EA 7UPJA 2PH6A 5OZ3A 1ZP8A 2WF4A 3IVHA 1E5OE 4CPUA 1HRNA 2OHMA 3Q5HA 1XDHA 1SMRA 1B11A 5P3FA 5P5VA 8HVPA 2QD7A 3T3CA 3LHGA 3K5CA 4Z50A 3UDNA 1W51A 2WEBA 5P35A 1K2BA 4NJTA 5OZBA 1W5XA 4Y35A 4NKKA 3PCZA 5SXNA 2QI5A 1Z8CA 4PZWA 2PYMA 5P5QA 3B7VA 5P0LA 2G69A 5P70A 5P0TA 1FIVA 3NXNA 3S54A 4L1AA 1HVHA 3TPJA 5P22A 3TKWA 2G1OA 5IVSA 5P50A 5DR7A 3WB5A 1LYBB 3OU4B 4B0QA 1EBKC 2IENA 4YCTA 4RZ1A 2VNNA 5P45A 4OC6A 2AOFA 3GGXA 4FM8A 1ZSFA 3BVAA 5P06A 1PPLE 2H6SA 2PWRA 5P58A 1G0VA 5HTZA 2AQUA 5DQ5A 1ME6A 3T7XA 5P7VA 4DQBA 4YE3A 4D85A 5P65A 5P0KA 4J1IA 5P7JA 2O4PA 3KA2A 2RENA 4Y4JA 3M9FA 1XN3A 4Q1WA 4ZSRA 3U6AA 5P7YA 1OD1A 4ZEAA 5HDZA 3DCKA 3ECGA 3VYDA 1SGUA 2I4WA 5P0SA 5P55A 2FXDA 4J5JA 2ZHVA 6APRE 4LC7A 2AZCA 4FSLA 5P0WA 4AA9A 2NMYA 3SABA 5P6OA 2G24A 5P6LA 3BHEA 2PWCA 4Y53A 3MXDA 3FV3A 4Y5CA 5P7ZA 1D4YA 5P8GA 3TKGA 4Y3HA 5P0GA 3H0BA 1LZQA 4J0PA 5AGZA 5P54A 2VJ9A 1MSMA 5P7GA 1QBSA 3LZSA 5OZ5A 3PHVA 1GNMA 1D4LA 5P7UA 5E5JA 1K2CA 4QJ7A 3WSJA 3OGQA 5P12A 5HDUA 3SA3A 3PM4A 4QJ2A 3LNKA 5P64A 2WECA 2ZE1A 2G94A 4CPQA 3TNEA 5ENKA 5P4SA 3RU1A 1IDBA 1K1TA 3PB5A 5HU0A 5P5DA 4JECA 3ZL7A 4FE6A 4IVTA 5P36A 2BKTA 4CMSA 3BRAA 1ZTZA 4Y41A 5P7SA 4KE0A 4EJLA 3VYEA 2AVVA 5P71A 1ODXA 3I8WA 1T6EX 1RQ9A 3KFRA 4I0FA 3TPPA 5OZ1A 1B6LA 1BVEA 5P2TA 1NPVA 3VCMA 4QJ6A 5P2CA 5P6CA 2ZHUA 3Q6YA 3LZUA 2F3FA 2VS2A 3URLA 3EM3A 5P1PA 4N00A 5P6VA 3DV1A 3ZOVA 2WF3A 5I3VA 3FNSA 5P3LA 3OU4A 4DQGA 4QJ8A 4K9HA 5P81A 5P46A 3UDQA 2QI7A 5P6UA 4PPHA 4LBTA 1KJHA 1AJXA 3EKQA 3R0WA 1E82E 5UPJA 5ISKA 4YBIA 4Y4ZA 2V12C 2FLEA 5P0OA 3JW2A 5AH6A 1EPOE 2I4DA 5KQFA 1J71A 2VKMA 1ZLFA 4Q5MA 1APWE 2OAHA 1UH8A 1M0BA 3ZLQA 1ER8E 2HPFA 2PC0A 1IZDA 2B60A 2O4LA 2QHZA 3AIDA 3APRE 5P23A 5P24A 2FDEA 4Y3WA 1NPWA 5OZFA 5P34A 3IGBA 3LIXA 5COOA 1LEEA 4GJBA 3NSHA 4QJ9A 3PWRA 1HVLA 3D3TA 1SIVA 5P8CA 3ZKGA 5P4WA 5P2NA 4FSEA 3Q70A 3KM4A 4H3GA 1XL2A 1F34A 4Q1NA 2JYSA 2V11C 3CIBA 1BXOA 1VIKA 1FEJC 4NJVA 3APPA 3VLAA 1PPKE 5P6GA 5P8VA 4RCDA 5P1SA 4Y3EA 4LHHA 5OZ6A 4GMIA 2BBBA 1BBSA 5P69A 5P8EA 1EC2A 2HS1A 5P8KA 2UXZA 4QJAA 4GJCA 3JVYA 5IVRA 5P7HA 2NNPA 6FIVA 5P0IA 1BV9A 2PSGA 4ZSQA 4XX3A 1IZEA 3PRSA 1AXAA 2AVOA 4CKUA 3QBFA 4CPWA 1MRWA 5P8IA 5P87A 1DAZC 4XKXA 5P5BA 3UDJA 3O9GA 3ZMGA 2WF0A 1KJ7A 3LPKA 5P5RA 4J1KA 1TSUA 2FMBA 3S7MA 5P05A 3UFNA 1FLHA 4OBHA 4Y3GA 3K5FA 2QZLA 5P6YA 4GIDA 2FDDA 5P84A 2NMZA 3QRSA 3IA9A 4GJAA 5OZSA 4HLAA 1BXQA 3EC0A 5P0PA 4B78A 2AOEA 3GI0A 5P4KA 3OUAA 5P1FA 4D8CA 4OBJA 2ZJIA 5P6QA 4GJ5A 5P39A 4H3IA 5P1UA 5P1NA 2I4XA 3IAWA 5P2GA 3ZKMA 4Q1YA 4Y45A 2JXRA 4Q1XA 1K6CA 5P3ZA 5P1TA 3S53A 5OZ8A 4EQ0A 5OZWA 1FQ6A 4UPJA 4Y57A 3NWXA 5P2QA 3L59A 5C9BA 4L7GA 2PQZA 2VIJA 3WZ6A 5C9DA 4EYRA 1C6XA 3RVIA 1E80E 4WY1A 2AVMA 2FXEA 2VIZA 2WF1A 4DI2A 5JODA 2ZHTA 4Y4XA 4J0VA 3NXEA 2FGVA 2FGUA 4R95A 3R2FA 1AJVA 1EEDP 4MC2A 3PSGA 3OY4A 4I8ZA 3PI0A 5P17A 1SH9A 5P8PA 4LP9A 1HTGA 1NSOA 5P1CA 3UTLA 2I4VA 4DJQA 4AA8A 3VUCA 2VIEA 5P77A 5P3TA 1FQXA 2R43A 1BWBA 2OHLA 1GVXA 2Q64A 4GB2A 5P38A 3SFCA 3HZCA 1APVE 4MC9A 5P88A 2JE4A 4COEA 2P8HA 4Y9WA 3WB4A 3FNTA 5P10A 5I3XA 3D1XA 4YD6A 4JOOA 2G22A 3OHFA 4L1AB 5P0FA 3S85A 5P4AA 5C9FA 5P5GA 4YCYA 2F3EA 2P4JA 4Y4EA 4Y5BA 4YD3A 3EL5A 4GJDA 1IZHA 1QDMA 1U8GA 1A8KA 4Y5LA 1YG9A 4EXHA 2OHKA 5P0UA 1D4KA 1MT8A 2B8VA 2VA5A 5P6IA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4S A;  3EL4 A;  5HCT A;  3BUG A;  3HBO A;  1SME A;  2BQV A;  3KFP A;  3EL0 A;  5P7W A;  5P7O A;  3ZKI A;  5KOS A;  5KAO A;  2WED A;  5IE1 A;  5J25 A;  4RYC A;  2ZDZ A;  1EAG A;  3PWW A;  4I12 A;  3ZKX A;  5P8H A;  3OXW A;  5P53 A;  2ZJM A;  1YM2 A;  4Y5M A;  5P85 A;  5P6S A;  4GJ6 A;  2QI4 A;  5P0J A;  1B6P A;  4B70 A;  1WBM A;  4Y3F A;  3SO9 A;  1LYW A;  1TSQ A;  2NTR A;  5P1G A;  2WEA A;  2B42 A;  5P4L A;  3QP0 A;  5HD0 A;  2VJ6 A;  4Y4A A;  4DJO A;  3KF0 A;  3HW1 A;  5OZI A;  1FF0 C;  5EZZ A;  2QU3 A;  1K6V A;  2JJJ A;  2NR6 A;  4DJP A;  1FFI C;  1EC0 A;  1YTH A;  3PWM A;  3NLS A;  5HU1 A;  2Q11 A;  5OZN A;  1T6G A;  4YD7 A;  5HVP A;  3EMY A;  3URI A;  4B1E A;  4DPI A;  3NU5 A;  4QLH A;  2Z4O A;  3LIY A;  1DIF A;  5P3G A;  5P0A A;  1GKT A;  3R4B A;  2PK6 A;  4J1E A;  4FM6 A;  4JP9 A;  2HAH A;  1NH0 A;  1Q9P A;  2ER0 E;  5P5C A;  3OOT A;  2VIY A;  5P7E A;  5P4Q A;  2AZ8 A;  5P5O A;  2ER6 E;  3OAG B;  4K4R A;  1FKN A;  5P86 A;  3NDX A;  5P2U A;  5P7A A;  5DQ2 A;  5P2V A;  5OYQ A;  5P0M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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