1SP5A

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with a product of autoproteolysis
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Product of enzymatic self-cleavage bound in the active site of HIV protease
rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Protease
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sp5A00
4ZE6A 5OZBA 2BQVA 4NKKA 3A2OA 3AUPA 5DGWA 4RRSA 3EC0A 5KR2A 5P6QA 2PYNA 1MRXA 1QBTA 1B5FA 5P34A 3PBDA 2O4NA 4DJOA 4CPXA 1BILA 2PH6A 3LITA 5P72A 2OHRA 2WEBA 3CKTA 3ST5A 5P0PA 1HVSA 3HLOA 3T11A 2H6SA 1Z8CA 5HDXA 3C9XA 5KAOA 3PSGA 2IRZA 5OZVA 3O99A 2B60A 3BVAA 3MXDA 2FDEA 4J0TA 2OAHA 4F74A 1HTEA 5HDVA 3QN8A 2OHSA 3LHGA 3IA9A 5P4FA 4KUPA 4Y5AA 6FIVA 2PWRA 4Y4AA 1BWAA 1GVWA 1ER8E 1M4HA 5P3AA 5P0SA 3U7SA 5P1GA 1MSNA 2I4QA 2VIYA 3SKFA 4CPQA 4J1HA 3LZVA 5P3MA 5P7YA 4GJDA 3OADB 5P2UA 3SM2A 4AA8A 4L7HA 2BBBA 4J0VA 2P4JA 1D4SA 3EM3A 2A4FA 2RSPA 4ZPGA 3GW5A 1AAQA 5OYVA 5P0LA 5P2ZA 2CEJA 3UDRA 2RKFA 3QBHA 3EL5A 5P0QA 4FCOA 5P53A 3KDCA 1FMXA 1XL2A 1DIFA 1LF2A 5UPJA 2I4XA 3IXJA 1LYBB 3SA4A 2PSGA 3I25A 3OUCA 3SQFA 4Y3AA 3R2FA 5OYRA 2QI6A 3S43B 5P3SA 4DJQA 5P3NA 2QMGA 1DPJA 1B6LA 5B18A 5F00A 4PYVA 4GJ7A 1FLHA 1YT9A 4Y39A 5P7NA 5P73A 1U8GA 3TL9A 3VYEA 1GVVA 5P7PA 1XN2A 1FGCC 5P64A 2FGUA 1ENTE 4NJVA 5SZ9A 1BV9A 1PFZA 2AOGA 5IVSA 2NPHA 4FM8A 5P2IA 3O9DA 5P1ZA 4I8ZA 2IGXA 4Y3QA 5P5IA 2UPJA 3IGBA 5P60A 5P3WA 2VS2A 4OBJA 4YD3A 1IZDA 5P8HA 4QJ6A 5P6YA 2PQZA 4HA5A 4Y3HA 5P25A 3H0BA 3OGQA 5P6FA 5P7XA 2IQGA 1XDHA 5P2BA 3PCWA 1GKTA 4WY1A 2G1SA 4BFDA 3UFNA 1ZSRA 3ECGA 2QZXA 4ZPEA 4D85A 5ENMA 4B0QA 1LF3A 2V13A 5P4EA 3D1YA 1BBSA 1UPJA 4Y3XA 3KMXA 3H5BA 1AJVA 5OZKA 4Y3ZA 5P2YA 5P5YA 4OBDA 5P62A 3CYWA 1G6LA 5P0YA 1B5FB 5P55A 9HVPA 3LINA 2R5QA 3UDMA 5P6PA 3I6OA 4COEA 4IVTA 5SXNA 3UDPA 4J5JA 5OZGA 2ER7E 5OZIA 3NDXA 5P0BA 4YOAA 5P6DA 3SPKA 3UQUA 2HS2A 3ZKQA 2FXEA 5P6EA 4ZSMA 3UFLA 4K4QA 2XFIA 5P4HA 1OD1A 5F01A 3S8IA 5PEPA 4DFGA 1YG9A 1OEWA 2BKSA 2WHHA 4FS4A 5P2SA 4YCYA 2G27A 2P3BA 3HAWA 4YOBA 3INDA 1VIKA 3VV6A 5P8UA 3VF5A 1ZLFA 5P5RA 5I3XA 5DGUA 4EWOA 1VIJA 5P3TA 5P4SA 3LIQA 2I4WA 3T6IA 4Y6MA 1AJXA 3VLBA 2H6TA 3OQAA 4Z2ZA 5P3ZA 1D4JA 3ER3E 5P5HA 3VF3A 3JW2A 4Y56A 2RMPA 5P59A 4NJUA 3EKVA 2VIJA 4R5NA 3VSXA 4Y50A 5P1XA 2R8NA 5P8MA 3U6AA 1RNEA 5P63A 4I0FA 5P08A 5P3DA 5IVTA 5HDUA 4Y48A 3RSXA 4I0ZA 4EP2A 1A8KA 2Q64A 4YD6A 5P7MA 1EAGA 1FQ6A 3HVPA 4TRYA 2QK5A 5FIVA 4Y9WA 4LAPA 3D1XA 2NNPA 3PM4A 3PCZA 1E5OE 5P2XA 3EKQA 5OZ8A 5P81A 3UDJA 4CP7A 2Z4OA 3D91A 3KFNA 4NPTA 1K1TA 5HCTA 1NPVA 4PHVA 4S1GA 4DJRA 5P7WA 3VUCA 1EBWA 5EZXA 3K4VA 4GMIA 4Y3GA 4Y5GA 5P3EA 2P83A 4J0PA 3TPLA 4ACXA 5P8GA 2Q11A 3EL0A 2F3KA 4CPRA 5OZXA 4I1CA 4AA9A 2Q63A 1G35A 5P26A 4I10A 5P6LA 5P5CA 1EPRE 4LHHA 4OC6A 3FNTA 5P0VA 3APRE 1BWBA 4FL8A 2AOEA 4Y53A 5P04A 4R95A 4Y3PA 3ZKGA 5KR0A 1FQ8A 5P3CA 5SY2A 5OZFA 5KR8A 3EKWA 2J9JA 3RU1A 4Y57A 4FGXA 5OZ2A 1WBKA 5ER2E 2WF4A 2BPZA 4Q1YA 4EJDA 2ZE1A 3TKGA 3QRVA 3BUFA 4AZYA 2HAHA 4EP3A 1HEFE 3ZKIA 3SABA 5P6HA 5P3IA 1BAIA 1HSGA 3LIZA 2R3WA 1QBRA 5P02A 5P2OA 5P71A 1EBZA 3APPA 5P31A 3BXSA 4RRNA 3S56A 4K8SA 3GI0A 5P1YA 1FMUA 2V10C 4GB2A 4Y4EA 3OGPA 3EKXA 4D8CA 1APVE 2V00A 4PZWA 5P36A 5P67A 2ER0E 3TTPA 1TW7A 3FIVA 3MSJA 3OAGA 3KFPA 5P7HA 4B1CA 2P3BB 4J1CA 1GNOA 1Z1RA 4Y51A 3OK9A 5P80A 3O9FA 4DJWA 3I2LA 4MC2A 1AXAA 1FEJC 2PH8A 2ZHRA 3QI1A 3HBOA 3DCKA 4HDBA 2R3TA 3EKPA 5P0CA 5P8NA 4I0IA 2WEZA 3PWWA 3EXOA 5OZUA 4EYRA 5OZ3A 5P0FA 2ER6E 5P4NA 1BXOA 1Q9PA 2QI0A 3KDBA 3UF3A 1FIVA 1FQ7A 3OQ7A 1C6XA 3QRSA 1APUE 3WZ8A 1B6MA 1KJ4A 1MERA 3NDTA 3OU1A 5P5ZA 5P7GA 3BC4A 2UXZA 2FGVA 5P6IA 5P4OA 5J25A 3KM4A 5DQCA 5AH7A 1BDRA 4I0HA 5P61A 4FM6A 6APRE 5P1QA 4HE9A 5I3YA 3NXEA 1TQFA 4KE1A 3SA8A 5DPZA 5P1BA 5KOSA 5P29A 2XYEA 3ZKMA 2BJUA 5P11A 2QNPA 5OZ4A 5P6JA 4HVPA 3VV7A 3AIDA 1CZIE 2OHMA 4DJUA 3R0YA 5OZSA 1EPPE 2ZDZA 1NPWA 5CONA 3LIXA 1LYWA 4UPJA 4APEA 5P42A 4GJ8A 4CPSA 4YCTA 5OZ0A 5P76A 4HDFA 2ZHUA 2G20A 3K4VC 1LS5A 4QJAA 5P07A 5P47A 2G1NA 5P50A 2AOIA 5P0ZA 2FMBA 5I3VA 5P5GA 2PC0A 4OC6B 3PGIA 3IXOA 4Y4XA 2BB9A 5P2MA 3HZCA 3KFRA 1LYAA 1HEGE 4RROA 1LEEA 1BIMA 4TRZA 2J9JB 5HE5A 5P1HA 3B7VA 3L38A 5P17A 1K6CA 4J55A 5JG1A 1YM2A 1SIVA 4J0ZA 1AIDA 3NDUA 5P45A 3Q70A 5P0NA 2OHPA 2FNTA 4EQ0A 2I4DA 3PLLA 5AH8A 5P83A 4I0JA 1SDTA 3O9AA 1HSHA 3HAUA 4Y5MA 4K4PA 3Q3TA 1EPME 1GVTA 1FB7A 3FKTA 1KZKA 5OYZA 2QHCA 4ER1E 3ZPUA 5OYSA 5P2KA 5P4PA 4MC1A 5P82A 3VV8A 2Q54A 3OAGB 2Q3KA 3OOTA 1SDUA 4DQCA 4NJTA 5P13A 1BVEA 4LBTA 5P46A 3EL4A 1MT7A 3N3IA 4FIVA 1GNNA 1B6PA 3O9LA 4Y47A 5P0JA 2ZJNA 1PPME 1HXBA 1IBQA 5DR4A 2IL2A 4JOOA 4LL3A 4B77A 2WJOA 4D83A 3VFBA 2AZCA 3K5GA 5OZCA 1EBKC 2G22A 2QCIA 3I7EA 3QRMA 1IZEA 4Y4BA 3PI5A 5P0KA 1MTBA 3LZYA 2PK6A 2ZHTA 3BXRA 4EQJA 3EL1A 3OTSA 5P3FA 4Y36A 3WZ6A 5AH6A 5P8RA 3T7PA 1D4KA 1HOSA 2V11C 3OU1B 5P2EA 1YTHA 5P7IA 1FG6C 5P4DA 5P49A 1YTJA 4DPIA 1FKNA 1T7IA 2O40A 5P8KA 4NPUA 4L7JA 2PWCA 3PB5A 1SGUA 2NMZA 4OBZA 1EPQE 2VA5A 2NTRA 1UH7A 2B7ZA 4KB9A 1MSMA 2OHNA 1ZPAA 1ZPKA 3ZOVA 2Z54A 5P37A 3EKYA 3O9BA 2I0DA 1TSUA 1HIIA 5KQZA 2VIZA 5P4WA 5P4ZA 5P2JA 2QHYA 1WKRA 3R0WA 5OZOA 3O9GA 4PPHA 3L5DA 1LYWB 3RTMA 5OZZA 5P7LA 5P3QA 5HVPA 2QNNA 3Q4BA 5OZHA 2PMAA 5P6VA 4YCKA 3OUBA 4Y4UA 4EJ8A 4QJ2A 5P78A 4ZIPA 4L1AA 5P1OA 1M0BA 4DI2A 5CLMA 5P5WA 5ISKA 1A8GA 2AVMA 1HPOA 1K2BA 3QVCA 1LYAB 5P79A 5P84A 3ZLQA 3OXXA 5P2RA 3O9EA 3OHFA 4NJSA 5P87A 2JJIA 4GJBA 4EXGA 4GJ9A 5P3PA 4RCFA 3IVIA 3NU9A 2IGYA 4YA8A 1HPVA 3NWQA 1TCWA 5P8IA 5P2VA 1PPLE 3VSWA 1FQ5A 4TRWA 2AZ8A 3QAAA 1HTGA 4DUSA 3IVHA 4DJYA 3CIDA 1YTGA 3K5DA 2ZYEA 2ZJHA 3URLA 3PI0A 4ZEAA 3UDYA 1IIQA 4A4QA 3DV1A 2VJ7A 2ZHSA 4FE6A 4DJVA 2WKZA 4AMTA 2QHZA 4L6BA 5OZTA 4FM7A 3OOZA 3R1GB 1T6GA 5P1EA 3UDKA 5P6MA 1EC2A 3NYGA 2F8GA 1MVPA 3KMYA 3TPJA 5P4YA 5HTZA 1A9MA 3PBZA 1E80E 5AHBA 3UQXA 2AOFA 5P2QA 4M8YA 5P5KA 1ODWA 2IKOA 5P10A 2XFKA 3LZSA 5EZZA 4A6BA 1MEUA 3O9LB 5P1PA 5P2LA 4Y5BA 1FG8C 3INEA 5P0UA 1TZSA 5P1TA 2IKUA 2HM1A 5OZWA 7HVPA 3NUJA 2I0AA 5P8TA 4HLAA 5OYWA 1NH0A 4Z22A 3IXKA 5P7SA 4YDFA 1FQXA 1W5YA 4I12A 3D3TA 1RL8A 5P1SA 3KT2A 4LXMA 5P24A 5P2AA 5C9BA 2QD8A 5P39A 3G72A 5P6NA 3FSMA 5AHAA 2IDWA 5OYYA 1IVQA 1RQ9A 4GYEA 2OHTA 4Y3LA 4CPUA 1EPNE 4YE3A 1SH9A 1NPAA 3NWXA 3N4LA 1DW6C 3R4BA 4OBZB 1HHPA 3Q5HA 4U7QA 5P65A 3S7MA 5P77A 5P1LA 4J1EA 3GGVA 2VJ9A 5P7CA 3L58A 4OBFA 3PSUA 2G94A 5P41A 4QJ7A 5P7RA 4ZLSA 3ZPSA 2VNNA 1MESA 3ZPTA 4FSEA 3RVIA 5P40A 5P8LA 4I0DA 1ZTZA 4L1AB 2AQUA 3DOXA 2AOCA 5P5QA 1DP5A 2WECA 1DMPA 3OQFA 2QI5A 1M43A 3K5FA 5P4CA 5P8AA 3SA3A 4Y44A 1XE6A 4Q1NA 3UTLA 3LIYA 1HVCA 3KF0A 2MIPA 1NSOA 5JODA 4DH6A 5P2TA 3VG1A 2ZJJA 2B7FA 1ZJ7A 1D4LA 3URIA 4WY6A 4JPCA 3URJA 1HWRA 4Z4XA 1EPOE 2OHLA 5P1WA 5P0TA 5P4GA 5P4QA 5IVRA 1T3RA 1OEXA 3CIBA 4H3FA 3CKPA 2HPFA 4Y4GA 2NXLA 4I0GA 5P56A 4BELA 4DPFA 3HD8A 4KE0A 3IN3A 4Y5KA 3NU6A 4RGHA 5COKA 5P28A 3S53A 2V0ZC 5P8EA 4EHCA 5BWYA 1T7JA 5DQ5A 4OBKA 5P0MA 1MT9A 5P5UA 5DR7A 1K2CA 5P3HA 2XYFA 1UH8A 2R9BA 5APRE 5P7EA 4Y5NA 4EXHA 2PYMA 2QNQA 2A1EA 5P6UA 3SLZA 3MSLA 1DAZC 4DJXA 4J17A 4RVJA 1META 5P14A 2VIEA 5P3OA 4ER4E 4D88A 3OXVA 4J0YA 2F80A 3JVYA 3WB4A 5OYUA 5P5XA 3KA2A 4R92A 5ISJA 5P5MA 1SIPA 4M8XA 3FNSA 3PVKA 2AODA 1Z1HA 1ODYA 2QZLA 4Q1WA 4Y3EA 4A6CA 8HVPA 1SDVA 4MC9A 3L59A 4HZTA 2ZGAA 5P7TA 2QI3A 2UY0A 4AUCA 1FQ4A 2ANLA 1YM4A 4YD4A 2JJJA 5P7QA 3M9FA 4BEKA 4Y58A 1E81E 3INFA 4H3JA 5P58A 1QRPE 1W50A 2HC0A 2G24A 1IDBA 5COOA 3MWSA 5P66A 5P4AA 5P7OA 2NXDA 5KQFA 1EC1A 2PSUA 4DQBA 3SA5A 1KJ7A 1T6EX 3F9QA 2WF2A 5P38A 4RVIA 2RENA 4Q5MA 1RPIA 3SA6A 3NR6A 5P8VA 3SO9A 3EMYA 5P7VA 4CKUA 4PZXA 5P57A 5HDZA 4TVGA 1MRWA 4WTUA 2CENA 1LF4A 5P3VA 5P32A 3O9HA 1EPLE 1MTRA 2J9KA 3L5BA 3U71A 2O4PA 1FFFC 5P5AA 4RZ1A 3VF7A 1HVJA 3BUHA 5P5VA 5P1JA 1C6YA 4RYCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZE6 A;  5OZB A;  2BQV A;  4NKK A;  3A2O A;  3AUP A;  5DGW A;  4RRS A;  3EC0 A;  5KR2 A;  5P6Q A;  2PYN A;  1MRX A;  1QBT A;  1B5F A;  5P34 A;  3PBD A;  2O4N A;  4DJO A;  4CPX A;  1BIL A;  2PH6 A;  3LIT A;  5P72 A;  2OHR A;  2WEB A;  3CKT A;  3ST5 A;  5P0P A;  1HVS A;  3HLO A;  3T11 A;  2H6S A;  1Z8C A;  5HDX A;  3C9X A;  5KAO A;  3PSG A;  2IRZ A;  5OZV A;  3O99 A;  2B60 A;  3BVA A;  3MXD A;  2FDE A;  4J0T A;  2OAH A;  4F74 A;  1HTE A;  5HDV A;  3QN8 A;  2OHS A;  3LHG A;  3IA9 A;  5P4F A;  4KUP A;  4Y5A A;  6FIV A;  2PWR A;  4Y4A A;  1BWA A;  1GVW A;  1ER8 E;  1M4H A;  5P3A A;  5P0S A;  3U7S A;  5P1G A;  1MSN A;  2I4Q A;  2VIY A;  3SKF A;  4CPQ A;  4J1H A;  3LZV A;  5P3M A;  5P7Y A;  4GJD A;  3OAD B;  5P2U A;  3SM2 A;  4AA8 A;  4L7H A;  2BBB A;  4J0V A;  2P4J A;  1D4S A;  3EM3 A;  2A4F A;  2RSP A;  4ZPG A;  3GW5 A;  1AAQ A;  5OYV A;  5P0L A;  5P2Z A;  2CEJ A;  3UDR A;  2RKF A;  3QBH A;  3EL5 A;  5P0Q A;  4FCO A;  5P53 A;  3KDC A;  1FMX A;  1XL2 A;  1DIF A;  1LF2 A;  5UPJ A;  2I4X A;  3IXJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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