1SP5A

Crystal structure of hiv-1 protease complexed with a product of autoproteolysis
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Product of enzymatic self-cleavage bound in the active site of HIV protease
rcsb
molecule keywords Protease
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-03-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1sp5A00
3VLAA 4CPUA 1AJVA 3EXOA 5P1BA 4B05A 5P2EA 1MERA 4RVJA 1MT7A 3EKYA 4ZSMA 2QU3A 4ER1E 5AH9A 5P7OA 5P2LA 5IVTA 3DCRA 3NWQA 5E5JA 5P3ZA 3S7LA 4A6BA 2NR6A 5P78A 4YCKA 4YCYA 1KJHA 4MC9A 1QRPE 1NSOA 3U6AA 2HS1A 1EPNE 4A6CA 5P53A 3GGAA 4DQEA 3ER5E 3LIZA 1PSAA 5IVQA 5P5LA 3RTHA 5P84A 5P51A 5P1ZA 2WJOA 2R3WA 5P8EA 2FS4A 5P3BA 4LXKA 3EL0A 5PEPA 5P2NA 3KF0A 1T7IA 2FNSA 3HAUA 1FQ5A 4APEA 4FS4A 1FLHA 1HTGA 1WBMA 3GGXA 4L7HA 5P0VA 1A8KA 4OD9B 3VYFA 1BVGA 3OHHA 3IVIA 5BS4A 3O9CA 5P6IA 5P54A 5P0JA 4Y39A 3VUCA 5P3UA 1LYBA 2ZHUA 3QI1A 3SA5A 5P09A 1CMSA 2QMPA 1K1UA 4B72A 1A30A 2O40A 5HD0A 1GVUA 2Z4OA 3L3AA 3PMYA 3I8WA 4D89A 5P8GA 3OUDB 3OY4A 3QN8A 5P80A 3UDQA 5P2OA 1IZEA 3S7MA 5P7TA 4S1GA 4EJDA 2PYNA 5P2SA 5P5MA 1GVXA 2R8NA 4Y3WA 4ZE6A 5OZVA 5P8NA 3BGBA 3PEPA 5P15A 1MT8A 3ZOVA 1RNEA 5P5WA 3KFPA 4LC7A 5P42A 5P3GA 2V00A 4GJ7A 5P13A 4Y6MA 3IN3A 4MC6A 1M43A 5P71A 3WZ7A 1EC3A 2UXZA 5DR4A 1YM4A 3HDKA 4FM8A 3L5DA 5P4GA 2BPZA 3FNTA 5P1TA 2I1AA 3OUCA 4UPJA 3S85A 1BV9A 3UQPA 3LIXA 4EJKA 5P3SA 5P5DA 5P5UA 3PI0A 1SH9A 3T3CA 5AH8A 3L5BA 2G1YA 2G27A 3OUAA 5UPJA 3PRSA 3CKTA 5P4UA 3KN0A 5P3EA 2OAHA 4EXHA 2I4DA 4I0EA 5P02A 3UDPA 3NUJA 2FGUA 2VIYA 4I12A 7UPJA 2FDEA 2G69A 2ER6E 5P89A 1BV7A 5P07A 1EPOE 4Y3HA 4OD9A 3TOHA 2PK6A 1XS7D 5HU0A 1IVPA 7HVPA 2WHHA 3PCZA 5P2UA 2G94A 2B8LA 5P38A 3QBHA 5P7AA 5P4EA 5P67A 1W6HA 3QRSA 4DQBA 3UDYA 2Q55A 3IA9A 4CPTA 5OZBA 3PSGA 4CPWA 3NU4A 5P62A 2CEJA 2WF4A 5P5TA 1E82E 4CP7A 3OUDA 5OZAA 1SGUA 2V11C 5P1JA 2IQGA 3VLBA 2G20A 5P46A 3SA6A 2ER7E 1G6LA 4FCOA 1W5WA 5P7IA 2QAKA 5P8AA 3U7SA 3OTYA 5ER1E 5P6DA 5B18A 3I2LA 3NLSA 3O99A 5DR7A 4CKUA 4I1CA 5OZTA 4OBGA 3T7PA 4PZWA 4Y3XA 4YD5A 1XDHA 4FE6A 5P66A 4J54A 4WTUA 1EPME 4PHVA 3HW1A 1D4JA 2R3TA 3GGVA 3OQAA 5P5FA 5P3WA 5P6FA 1BDLA 2FDDA 4Y3PA 2HPEA 1PSOE 3AUPA 5P7QA 5P5IA 5P45A 1RQ9A 4Y3FA 4DFGA 2NMZA 1M0BA 4L1AB 4OBKA 4YDFA 3NXEA 1QBTA 5P70A 4OC6A 3TH9A 2ZJLA 1LF4A 5P3QA 1FEJC 5P6CA 4ACUA 2P3CA 1XN2A 2QZLA 5P14A 1HTRB 4U7QA 3ZKXA 1LYWB 1UH7A 3PWWA 2WEAA 5P3MA 1ZSRA 3QAAA 2WL0A 2HM1A 1HPXA 1XL5A 2VA7A 3LIVA 1AAQA 5P6NA 4B1DA 3VG1A 1BVEA 5P0QA 4Y3MA 4Y4UA 5DR0A 1FF0C 5DR3A 3PWRA 1SDUA 2JE4A 4DQGA 4R91A 5P01A 3SABA 4Y3RA 1D4HA 2BB9A 1B5FB 5P08A 3PM4A 3JVWA 5P2AA 3INDA 1HEGE 4PZXA 5P1HA 1N49A 3EMYA 3AIDA 5P0WA 5P43A 1HSGA 5IVSA 2B60A 5P2TA 5P1YA 3TPJA 2BPVA 4Y3SA 3OQKA 5OZ0A 5P5GA 4PYVA 3SM1A 4FIVA 3ZLQA 5P30A 1IDAA 3UQXA 5P7CA 1SDTA 5P4SA 4JP9A 1QBRA 4EQJA 3NDWA 2Q64A 2O4KA 1EPLE 1TW7A 4K4PA 2VJ9A 3UFLA 5P7ZA 2OHTA 1F34A 2OHQA 1EBWA 3ER3E 2VIJA 3C9XA 5P6RA 3CYXA 3I6OA 2BKTA 4E43A 3TTPA 1UH9A 5P3TA 1KZKA 4CPSA 3OQFA 5P83A 5P8UA 1KJFA 3ST5A 2IGXA 2QZKA 5C9BA 4RLDA 2IRZA 4Y5BA 5P8IA 1TSQA 5P4HA 4L7GA 5P59A 2AIDA 5P0DA 1FQ7A 3BHEA 1NH0A 2AOIA 3MSKA 5P6KA 3D1XA 4JPCA 4I8WA 4NJUA 3UDNA 3D20A 4Y5CA 3RTMA 5P7BA 2PSVA 2O4NA 4TRYA 5P8OA 5P4JA 1MTRA 5P7EA 9HVPA 5HDVA 2FDPA 1EPRE 3S54A 1GVWA 1GNNA 3GW5A 1EBYA 5P0KA 4DV9A 3WB4A 5P4TA 5P7KA 4PPHA 2BQVA 3DOXA 2Q15A 5AH7A 3RTNA 1ODWA 4GJ9A 3OXXA 1GNMA 1SIVA 3OWNA 2OHSA 4AUCA 1MSNA 2QMGA 4J1KA 4JOOA 2QP8A 3KDDA 1B11A 2F3KA 3NU6A 4R95A 5OZ1A 3INFA 5P04A 3VSXA 5C9DA 1A94A 1T7JA 2QU2A 2H6TA 5P1XA 3MSLA 3VFBA 5P3NA 1FFIC 4R5NA 2QI5A 5ISJA 1MUIA 5OYRA 2FIVA 4I0IA 4LAPA 3T7XA 5I70A 1ODXA 5P3YA 2APRA 5OZEA 5P8PA 1EAGA 3NWXA 5P6UA 5P4YA 2AOJA 1W6IA 1YTGA 4Y3YA 1A9MA 1QDMA 2XYFA 1K6CA 4Y43A 2QMDA 5P5ZA 5JG1A 5P7SA 2QNNA 3I7EA 1GKTA 3EKQA 3URIA 1YTHA 5OZJA 3UDJA 1BDQA 4GB2A 3TPPA 3CMSA 5HTZA 3O9GA 2AVVA 4IVSA 5I3VA 4EWOA 1AJXA 1APVE 4ZEAA 1HEFE 2FLEA 4H3IA 4J1EA 3WSJA 3IXKA 4B00A 4HLAA 1T6EX 3EL5A 4RRSA 5DQ2A 5P0HA 4OBFA 2I4UA 3LZSA 2PWRA 5OZPA 1AIDA 1CPIA 1T3RA 3ZKIA 5P2HA 5P2DA 5P7NA 4Y3QA 2I4WA 2OHRA 4YBIA 5P36A 2H6SA 4YD7A 1LYBB 2BBBA 4A4QA 4D83A 5P77A 4FRJA 3WZ8A 4Y5KA 5P40A 1MESA 5P0EA 1W5VA 2Q54A 1FKNA 1EBKC 4EJ8A 3RSVA 1C6YA 3UQRA 5P2RA 1D4SA 5P3OA 4Y4EA 5BWYA 5KQXA 5P3DA 3DUYA 1D4YA 3S53A 1E80E 2BKSA 3KT5A 3FV3A 4I8ZA 2AOCA 2WF2A 5P69A 2AOEA 2V0ZC 4Y3DA 5P7DA 2NXMA 5P75A 1MT9A 4HZTA 2AODA 3OHFA 1DMPA 5OZCA 1KJGA 5P0NA 2PMAA 5HDZA 2PSGA 2OHKA 2RKGA 4DJOA 5P81A 3U71A 4GJAA 5P7XA 3NU5A 3L5CA 2OHMA 5P33A 3KMXA 2AVOA 3K4VC 1WBKA 4NPUA 3T11A 1ME6A 5P7FA 5P60A 4I10A 4Y4TA 2VJ7A 5P0YA 5P3KA 2QI6A 1BILA 5P3PA 1BDRA 1HRNA 5P3LA 5P00A 4KB9A 1C6ZA 5P1KA 3SM2A 3URJA 4NJVA 2WEZA 3Q5HA 2PK5A 3OQ7A 2NNKA 5P4VA 3O9EA 2QHCA 2NXDA 2O4SA 4APRE 3GI0A 3EKTA 4CPQA 3ZPSA 4N00A 5P0SA 3VYDA 5OYVA 3RU1A 5APRE 4I0HA 5I3XA 1MEUA 4LXAA 5OZWA 1YM2A 3OAGB 2MIPA 2P8HA 4YD4A 4HVPA 4Y4BA 5P8MA 3VYEA 2F8GA 3R0YA 2OF0A 1LS5A 4Y54A 1GVTA 5P6BA 3KMYA 4F76A 5HVPA 1FG6C 5P58A 5P26A 3D1YA 2I4XA 1FB7A 1K6VA 4Z50A 3F9QA 2XFIA 3SA8A 5P6VA 4QJ9A 4RROA 5HCTA 3S45A 1AZ5A 3R4BA 5OYYA 5KR1A 2G1SA 5P88A 5P6OA 5P7WA 3SQFA 2AZ8A 3UQUA 5P55A 5P4LA 1HPVA 1IIQA 1QBUA 3VSWA 4FLGA 3O9FA 3NDXA 3LNKA 1W5XA 4B77A 3KDCA 3BVAA 1XL2A 1K2CA 4EYRA 1UH8A 5P4OA 3LIYA 5P8TA 4QLHA 4Q1NA 3QPJA 1HVKA 3PCWA 1BWBA 2HAHA 1D4KA 2V12C 3SA3A 5P87A 1BBSA 4OC6B 2RKFA 4GJ6A 3QRVA 2ZJHA 1EC2A 1W51A 1HSIA 5P7UA 2BJUA 3B80A 5I3WA 3BUGA 5P2CA 4Y48A 1ER8E 5E5KA 5HU1A 5SY2A 3FKTA 1XN3A 4OBZA 1LYAB 5P6XA 2Q5KA 1MTBA 5P86A 1B6PA 1K6TA 2F3FA 2HB3A 1BXOA 1HBVA 4AZYA 3HLOA 5P8VA 1K1TA 4GMIA 5P20A 3SFCA 4OBJA 2BPXA 2B42A 5AHCA 3UCBA 1YTIA 1LF2A 5P49A 3KFRA 5KR2A 4HDFA 5OZSA 1ENTE 1KJ4A 5P1MA 5P6SA 5P4BA 4FRIA 3OAGA 5P2YA 3CIDA 3IAWA 2QI0A 3K1WA 4YA8A 4AMTA 4KUPA 5P24A 2P4JA 3NR6A 2VJ6A 5P61A 4ZPGA 5P4RA 2ZE1A 3K5CA 3UQWA 4X7IA 5COPA 2R38A 1HVCA 5DQCA 5P0IA 3QP0A 3D3TA 3MXDA 4K4RA 2ZGAA 3GI6A 1HVSA 4Y5LA 3OTSA 4Z4XA 4NKKA 4DPIA 2ZJMA 3IN4A 3APRE 5I3YA 4RVIA 4Y36A 1IBQA 5COOA 5OZKA 4H3FA 3R2FA 4YOAA 2IDWA 4B1CA 2XFKA 3LPJA 3SA4A 2P83A 3OXVA 3UDMA 3EBZA 5DGUA 2V10C 2FGVA 3BVBA 5OYUA 2Z54A 5P57A 4Y41A 5KQYA 4BFBA 5KOSA 2QNPA 5OZ8A 2EWYA 4DI2A 1EPQE 3PBZA 4Q1XA 2AZCA 2P3AA 2ZHSA 5P79A 3VV8A 1LYAA 5P5XA 5DR8A 6FIVA 1RV7A 2ER9E 2ZHVA 4XX4A 4B70A 5P2GA 2QI7A 3VV6A 4DJPA 4F73A 4Y44A 4ZSQA 5P0UA 5P18A 2AVSA 4ZPEA 5P2QA 2ZYEA 2WECA 3K5GA 4LXMA 2O4PA 5P56A 1E81E 3K5DA 2VA6A 1ZAPA 4D85A 3HD8A 4DJXA 3Q4BA 5P1QA 1HIIA 5P1EA 5P82A 1YG9A 2VNNA 2PH6A 2G1RA 3O9LB 4L6BA 5P2BA 3K4VA 4LHHA 5P5HA 1XE5A 5AGZA 2BPWA 2OHPA 5AHAA 2AZBA 5P7RA 3TPRA 4YOBA 5P2KA 1RPIA 3L59A 2R5QA 2XFJA 5P25A 3ZKSA 5EZXA 3I25A 3NYGA 1HVJA 6APRE 3EC0A 5P1WA 1B6MA 1SBGA 3S43A 1PPKE 2QI4A 4U8WA 3PB5A 2I0AA 3ZKGA 2QNQA 4RYCA 3IVHA 5P8BA 4H1EA 5P0BA 2WEDA 4U7VA 2ER0E 4IVTA 5P2ZA 5IE1A 1YTJA 3N3IA 1J71A 2G24A 2VA5A 4Y4JA 5CONA 3S56A 1VIJA 2A1EA 4Y4WA 2QHZA 3LITA 2F81A 1EC0A 5P4NA 4COEA 4EQ0A 4FGXA 2BPYA 3N4LA 2ZDZA 3EM4A 5P32A 4LL3A 3NUOA 5P37A 3OOZA 5P1IA 5P7GA 4ZIPA 3VEUA 4YHQA 5OZ3A 5TOLA 4Y3ZA 4Y56A 3HVGA 2HS2A 2UPJA 4OBHA 5P0RA 2HB2A 1B6KA 3CICA 5P6MA 4HA5A 5P8QA 1B6LA 5P8CA 3LPIA 5P4PA 5P4KA 5P5BA 2ZJIA 4R92A 3KYRA 5P4FA 5P3VA 1HVHA 2RSPA 5P72A 2J9JB 3OGQA 4K8SA 1D4IA 4MC2A 3EM3A 2I4VA 2JYSA 2PSUA 3D91A 3CKPA 3LZUA 3UDKA 4OBDA 2QD7A 5P5SA 3H5BA 3EL4A 3INHA 4LP9A 4FSLA 1TQFA 2Q3KA 2JJJA 3O9LA 2ZJKA 4JPEA 1G2KA 8HVPA 1FG8C 5JFPA 5JFUA 1BXQA 2OHNA 4I11A 3KM4A 4GJ5A 5P12A 5P73A 1MSMA 4EXGA 5P44A 5P5KA 2NMYA 2IL2A 3SO9A 5P6EA 3OU4A 1OEXA 2NXLA 1PROA 4RZ1A 1HHPA 3OK9A 5T4SA 4JECA 5P19A 1HVIA 3MSJA 2ASIA 5P31A 1D4LA 4Y5GA 3PMUA 4XKXA 4H3GA 4L7JA 3PSUA 3L38A 4Y9WA 1T7KA 2NPHA 4R93A 1YT9A 2G22A 2VIEA 4Y5NA 2QI3A 3O9HA 5HDXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VLA A;  4CPU A;  1AJV A;  3EXO A;  5P1B A;  4B05 A;  5P2E A;  1MER A;  4RVJ A;  1MT7 A;  3EKY A;  4ZSM A;  2QU3 A;  4ER1 E;  5AH9 A;  5P7O A;  5P2L A;  5IVT A;  3DCR A;  3NWQ A;  5E5J A;  5P3Z A;  3S7L A;  4A6B A;  2NR6 A;  5P78 A;  4YCK A;  4YCY A;  1KJH A;  4MC9 A;  1QRP E;  1NSO A;  3U6A A;  2HS1 A;  1EPN E;  4A6C A;  5P53 A;  3GGA A;  4DQE A;  3ER5 E;  3LIZ A;  1PSA A;  5IVQ A;  5P5L A;  3RTH A;  5P84 A;  5P51 A;  5P1Z A;  2WJO A;  2R3W A;  5P8E A;  2FS4 A;  5P3B A;  4LXK A;  3EL0 A;  5PEP A;  5P2N A;  3KF0 A;  1T7I A;  2FNS A;  3HAU A;  1FQ5 A;  4APE A;  4FS4 A;  1FLH A;  1HTG A;  1WBM A;  3GGX A;  4L7H A;  5P0V A;  1A8K A;  4OD9 B;  3VYF A;  1BVG A;  3OHH A;  3IVI A;  5BS4 A;  3O9C A;  5P6I A;  5P54 A;  5P0J A;  4Y39 A;  3VUC A;  5P3U A;  1LYB A;  2ZHU A;  3QI1 A;  3SA5 A;  5P09 A;  1CMS A;  2QMP A;  1K1U A;  4B72 A;  1A30 A;  2O40 A;  5HD0 A;  1GVU A;  2Z4O A;  3L3A A;  3PMY A;  3I8W A;  4D89 A;  5P8G A;  3OUD B;  3OY4 A;  3QN8 A;  5P80 A;  3UDQ A;  5P2O A;  1IZE A;  3S7M A;  5P7T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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