1T3RA

Hiv protease wild-type in complex with tmc114 inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery and selection of TMC114, a next generation HIV-1 protease inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords protease RETROPEPSIN
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1t3rA00
5P2LA 3SABA 5P4TA 2QD8A 1HEFE 5AH8A 5P6WA 3T6IA 3EM3A 3IN3A 3O9FA 4ZPEA 3BXSA 2ZE1A 3OQAA 1EC0A 1JLDA 3VCMA 1AAQA 5P57A 1D4HA 1T6GA 3JW2A 4BFDA 4Z4XA 4KE0A 4RGHA 2AOIA 3LZSA 3MSLA 5P7XA 4CMSA 4GB2A 3ZMGA 1IBQA 3A2OA 3OY4A 2VS2A 4Y3EA 1MERA 1HTRB 4LL3A 4I8WA 4J1IA 1FLHA 5P55A 2NNPA 2QI6A 3ZKQA 3ZKIA 4B1DA 1HTEA 3NLSA 1IZDA 2BPXA 2PC0A 1EEDP 3SLZA 2XFKA 1QBSA 5P0BA 3IVIA 4J54A 7HVPA 3NSHA 3U6AA 5P11A 4Y4AA 2F3EA 5P59A 3EBZA 1SMEA 5P74A 2QD6A 3NWXA 3IGBA 1OEWA 5P2YA 3HDKA 2WEAA 2NTRA 1PPME 5OZQA 5P0EA 5P7NA 4Y4EA 5P1RA 2QNPA 5P5VA 5P3FA 5P5ZA 5KOSA 4LC7A 3RTHA 3U71A 1BIMA 4KE1A 5F01A 2HC0A 5P4DA 1LS5A 2G69A 1DPJA 3RVIA 5C9DA 1HBVA 4Y56A 9HVPA 3LINA 5JODA 4YCKA 5KR1A 5F00A 1HVSA 2VA5A 5P4OA 1NH0A 5P4UA 3VF3A 5P0JA 2QI7A 1PSAA 3BVBA 1UPJA 5JFUA 4Y5MA 1E80E 2G24A 1D4SA 4FIVA 1C6XA 5OZKA 5P17A 3SAAA 1DAZC 4S1GA 3OGQA 5P12A 3SFCA 5P1CA 4X7IA 3CKRA 4Y50A 5BRYA 1CZIE 4NJSA 5P60A 1IVPA 3EL5A 2QZXA 3MXDA 5P3XA 4K9HA 3KDBA 4L1AB 2B42A 1KJ7A 2I4QA 3EXOA 2JJJA 2G1NA 3H0BA 5P2ZA 5P2TA 4D89A 2FXDA 3ZOVA 4GIDA 5DQ1A 4MC1A 3VV7A 4F74A 3OK9A 4L7GA 5P7SA 5P87A 4A6BA 2PWRA 4RCEA 1U8GA 3JVWA 1BVGA 1ER8E 2G21A 3FNUA 3BUFA 2A1EA 4R8YA 5P70A 3O9LB 3UDHA 3S45A 1BWBA 3NU3A 5P39A 1XS7D 5P1WA 5P3KA 2JYSA 1M4HA 8HVPA 1PPKE 4NPUA 2AZ8A 5P84A 3BC4A 5OZLA 4ZSPA 5P34A 4Y4XA 3Q6YA 4OBZA 4Y57A 3KMYA 4J0ZA 4OBJA 4Y4JA 1XL5A 4YCTA 3HD8A 3T7XA 1EAGA 4YD3A 1C6YA 1HVJA 3INEA 2NPHA 4J17A 5AH9A 5P58A 3AUPA 5P4CA 3UQRA 3OAGB 2AIDA 5OZ9A 1FB7A 3PVKA 4Y5LA 3D91A 3D1YA 4K4QA 5P6OA 4A4QA 4H3FA 5OYYA 4FSLA 4DJUA 1MIQA 4Y5PA 4J0VA 4GJDA 2RKGA 1AIDA 2ZHTA 5P1IA 4LP9A 5HDZA 3KT2A 1G0VA 2FNTA 4RRNA 3GGAA 5P7IA 1MESA 5OZ5A 5OZZA 3O9LA 3PWRA 1EBWA 3TNEA 3KDDA 3PSYA 3T3CA 3PEPA 2BPYA 4PPHA 1FMBA 1YTIA 3OU1B 3GI6A 4B1EA 4AA9A 3NXEA 3OXCA 5OZ8A 4F76A 3KDCA 3VYEA 5OZEA 4NJUA 4OD9B 1LYWB 2ZHRA 5P4LA 1FMUA 5P75A 3CMSA 4Y3SA 3GI0A 2ZHUA 5BWYA 5P1QA 3WSJA 5P24A 2WF0A 2PQZA 1ZTZA 3IA9A 3Q3TA 4Y3LA 5P5WA 3NDUA 3KN0A 1K6PA 3Q4BA 4NJTA 1HTFA 1K2CA 2V11C 5P5BA 3OAGA 5I3WA 5P44A 4OC6B 5AGZA 1BVEA 4YCYA 2OHKA 1IDAA 5P56A 5P3IA 5P1ZA 2VNMA 5P4FA 4Y3YA 5P0LA 5P2MA 5OZAA 2I4VA 2B8LA 1N49A 1FQXA 5P3LA 5P6QA 3LITA 5P7EA 3B7VA 5P8AA 2B7ZA 3RTMA 5P7WA 2QK5A 4TVGA 4Q5MA 5P8TA 3KFSA 3SM2A 5P54A 1B5FB 4Y5NA 5HDXA 4IVSA 2B8VA 3PLDA 4Y5BA 4Y4GA 5P6AA 4DH6A 2OHSA 2FS4A 2WF1A 5P4EA 2VJ6A 4EJDA 5P2JA 4OD9A 2IENA 3PM4A 1LYWA 3N3IA 3TL9A 4M8XA 2BBBA 5DPZA 2OF0A 4DQHA 5HU0A 3C9XA 5P4BA 2R5PA 1GVUA 1EC3A 1QBTA 5P1GA 2FIVA 1C6ZA 2BB9A 3O9EA 5P4AA 1TW7A 2PMAA 5J25A 5OYVA 4Y3GA 3TLHA 4CPWA 3OXVA 5P30A 2FLEA 4LXMA 1TSQA 2WF3A 4EHCA 2BPZA 3QRSA 4ER2E 1XN3A 5KQXA 2G94A 4RVJA 4DPFA 3QVCA 2Q63A 5P62A 3LZVA 2ANLA 1B5FA 4Y38A 1HVKA 3NYGA 5P31A 2G1RA 5IS4A 5TOLA 5I3XA 2FDPA 2ZJMA 3DV5A 5P0MA 5P7BA 4IVTA 3EM6A 1T7KA 5P80A 5DGUA 3K5DA 4Y3PA 5P2RA 5OZ6A 4L6BA 5P2WA 5P2KA 5HCOA 3HBOA 5SZ9A 3FNSA 4Y44A 5P05A 5P6YA 2WF2A 4YOAA 2WEBA 1XE6A 4ACXA 4EPJA 4Z2ZA 3KMXA 5P8NA 1PSOE 3LIYA 1ODXA 5P65A 1HVRA 4Y39A 1LZQA 5DR7A 3QN8A 1HIVA 1IZHA 2QAKA 3FX5A 5P53A 3I25A 4DVFA 2G20A 5P03A 5P0AA 2HB3A 3KF0A 2O4LA 5APRE 3EL4A 2P8HA 4D85A 1GNOA 3Q5HA 2QZKA 2WEZA 3KFRA 5PEPA 4D83A 5P7LA 5ER2E 4B05A 3F9QA 2H6SA 4CPTA 3OHFA 3DCRA 4I10A 5P3HA 2FGUA 5P2GA 3VFBA 4EQ0A 2R43A 4ZE6A 2Q64A 1EPOE 4I0ZA 1APTE 3K4VA 4DQEA 5P13A 4YD7A 4Z22A 5P77A 2R5QA 5P64A 2QMPA 3UDJA 3VEUA 2G27A 2OHQA 5P5XA 3O9IA 1WBMA 3R2FA 5P33A 5P3YA 5P0QA 5P4HA 5P1JA 5P7PA 1NPVA 2QI4A 3UDRA 3MWSA 4R92A 2QHCA 2AVVA 3S8IA 1G2KA 2CENA 5P46A 5P5UA 5OZRA 1D4LA 1E81E 1B6JA 2AVQA 3OUCA 4AUCA 1HXWA 3PCWA 3NDXA 5P4IA 3I7EA 5HE7A 3LPJA 3KM4A 2ER6E 2I4WA 2OHLA 2HAHA 4Y3QA 5OZJA 3T11A 4X2LA 4J1KA 2NNKA 3NU6A 5P0XA 3UFNA 1K2BA 4QJ8A 3TPJA 5P4XA 3NU5A 5P5FA 3PLLA 3QPJA 5P8LA 3VF7A 4DFGA 1GVVA 3K4VC 2P3AA 2P3DA 3PMUA 2OHTA 3VYDA 4QJAA 5P5DA 1FIVA 3TPPA 2ZGAA 5P43A 1A30A 5P78A 4Y4TA 1RPIA 5DR3A 2ZJIA 2BJUA 2VA7A 1YTGA 4Y9WA 2PSUA 5KQZA 3LHGA 3L5DA 5IVQA 5ER1E 4Y3RA 7UPJA 1GVXA 2IS0A 4I0EA 5OYUA 5P6JA 5P5QA 5AHAA 5P42A 2UXZA 3SA5A 4ZPGA 3L5CA 5I3YA 2HS2A 5P02A 1MTRA 3MXEA 5P76A 4I0GA 1HTGA 3G72A 2G1SA 5P38A 3L5BA 1EPLE 5OYZA 3K1WA 3BXRA 5P2HA 5P8HA 2QI1A 3N4LA 3LIZA 3S85A 4WY6A 5P0NA 5EZZA 5P48A 5KR8A 2G1YA 2OHUA 5P5JA 2F3FA 5P29A 5P23A 4FE6A 2VJ7A 3O9DA 4AA8A 1LF2A 5OZYA 5P0GA 1TZSA 4RRSA 1MT8A 1Q9PA 5P6FA 3ER3E 5P5KA 5P49A 3EC0A 5HU1A 3I2LA 5SXNA 3O9GA 4Y41A 5P3BA 5P06A 3SA8A 5SY3A 2I4UA 5P07A 5OZDA 3QP0A 5P7JA 3UQPA 1W5YA 1ZPKA 3QAAA 4GJAA 5CLMA 5P0PA 5P6LA 5P2NA 5HDVA 1RV7A 4OBGA 2I4DA 5P63A 5P8MA 1ZAPA 5P82A 3GI4A 4FL8A 4H1EA 4WY1A 5P5RA 3EKVA 4DJPA 3PI5A 4EP2A 4K4PA 1NPWA 1SDVA 5P0FA 1W50A 1SBGA 3HLOA 1BILA 3L58A 4F75A 5P1FA 3EKWA 3UDMA 5OZ2A 5P6CA 1EBZA 2ZYEA 4DQGA 4J1HA 3TKGA 1DW6C 4ER4E 3NDWA 2VKMA 2BQVA 4OBZB 5OZOA 3CIDA 5P7TA 5P2IA 5P0KA 4YHQA 5P41A 5OZVA 5P5IA 3VSWA 4OBKA 4Y3ZA 5OYSA 5P6NA 5P2FA 4RZ1A 3BUHA 3UQWA 5P2QA 5DQCA 2WKZA 5OYXA 3UDKA 1BAIA 5P1OA 2BPVA 2MIPA 1CPIA 4YOBA 4K4RA 1KZKA 4DJXA 5P22A 1SP5A 1EPRE 5COOA 4DQCA 3UDPA 3I8WA 3PHVA 4DQFA 2VIYA 1ZBGA 5AHCA 3KT5A 5P5GA 3OOTA 1HWRA 2QP8A 4JOOA 2HIZA 3TKWA 1PFZA 3ZPSA 4Y47A 1C70A 5KR0A 5P32A 5OZHA 2XYEA 1BDLA 5OZ1A 4RCDA 5P6EA 3LPKA 1PROA 2J9JB 5P3NA 2B60A 1EC2A 5P4RA 4ZSMA 5P3TA 2IGYA 3L5EA 1QRPE 3RU1A 5IVRA 4J55A 5P6ZA 1GKTA 2PWCA 5KQFA 5P7DA 5P2VA 5P79A 5P83A 1BXOA 2G1OA 4ZLSA 2BKSA 5OZCA 3M9FA 3GI5A 5P6KA 3NDTA 1GVWA 5P7MA 4FSEA 5P26A 4GJ8A 5P0CA 5P1YA 1K6CA 4Y53A 5P7OA 4Y51A 3QBHA 2IGXA 5P3QA 3VV8A 2WECA 2AOGA 2ZJNA 1ZSFA 4FRJA 1RL8A 5P7VA 4ZIPA 3OGPA 5HE4A 3SQFA 3LNKA 1SGZA 4QGIA 5P7RA 1YM4A 1HHPA 2OAHA 1FG8C 3IVHA 5OYTA 1SIVA 3PSGA 4DJOA 3G70A 4RROA 4B72A 4EJLA 5P8DA 5P2CA 4Y3AA 4QJ6A 5P5SA 5P7KA 2J9JA 3FSMA 4J1EA 3URIA 4I0FA 5P1XA 5P5YA 5P6VA 4DV9A 2QI3A 3S2OA 4YBFA 4J5JA 1ODYA 2NXDA 2PSVA 4DUSA 3BVAA 3CICA 5HVPA 5P5AA 1HPVA 5P25A 5I70A 5P6MA 5BS4A 5OZSA 1EPPE 4J0PA 3SA4A 4YE3A 3FIVA 1VIJA 5P3DA 3UDNA 4I0HA 1EC1A 4NKKA 2A4FA 5I3VA 3ECGA 5P4SA 3TPLA 5P6TA 5P0YA 4Y5KA 1B6KA 1FQ5A 1FQ4A 1HPXA 3QROA 4YBIA 3UQUA 2AZ9A 4B78A 1XN2A 2PYMA 3UPJA 1D4IA 2AOFA 3MSJA 2NXMA 5P1BA 3VLBA 1SDUA 3RSVA 3S7LA 1HSIA 2VNNA 2R9BA 5AH7A 4OBDA 4GJ5A 4D88A 2OHPA 1W51A 3O99A 5P1LA 2NMZA 2G26A 4OBFA 4QLHA 1F7AA 5P37A 2FXEA 4EQJA 3DK1A 3KA2A 1SMRA 3L38A 4Y54A 5JFPA 4FAFA 1DIFA 2IKUA 5P67A 3DV1A 1G35A 4AMTA 4EYRA 2QU3A 5P8GA 4L7JA 4I0JA 4LXKA 5ENKA 3S43B 5P3EA 2RSPA 2UY0A 3D1ZA 1QDMA 4TRZA 5ISJA 3HVGA 1HPOA 2OHNA 5P27A 1WKRA 4LXAA 4QJ2A 5P20A 2AODA 5P0VA 2WL0A 3OTSA 3SPKA 3ZLQA 5P0IA 3GW5A 1W6IA 4BELA 5DR1A 3NR6A 4Y37A 3URJA 2VA6A 3NWQA 5P45A 1NPAA 5P8IA 2V13A 4ZEAA 1HRNA 4Y4BA 2P83A 1XL2A 1AXAA 1ODWA 5JG1A 3VG1A 3Q70A 5P66A 3EMYA 4YDGA 3LPIA 5P2XA 3S7MA 1BDRA 5OZXA 1LF4A 3IXKA 3TH9A 4GJ6A 5P0WA 3MSKA 4A6CA 4HA5A 2NR6A 1UH8A 5SY2A 4B70A 1EPNE 1TSUA 4YD4A 3WB5A 5P2UA 3QIHA 1IZEA 4FCOA 3S43A 4R95A 3R4BA 4XKXA 2CEMA 5P47A 3DCKA 1KJ4A 4CKUA 4FLGA 5P3WA 6UPJA 5OZPA 3EM4A 1NSOA 3OU4B 3L5FA 4R91A 1MSMA 3OUDA 5COPA 2RKFA 5P2SA 3S53A 2V00A 3INHA 3VUCA 2Q55A 4I8ZA 1W5XA 4I0DA 3D3TA 1ZLFA 3FV3A 4H3IA 4TRWA 2QHYA 2P3BB 3ZKXA 1ZJ7A 3CYWA 4TRYA 5P6HA 5HCTA 3OHHA 4U7VA 3BUGA 3DJKA 3NUJA 1IIQA 4Y35A 1HEGE 4CP7A 1HVCA 2AOCA 4ZPFA 2QHZA 4COEA 5P19A 3INFA 4JP9A 5P8EA 1D4KA 3WB4A 2I1AA 1A9MA 1PPLE 5P4NA 1LYAA 4I11A 2AZCA 1YTJA 2AVOA 5P3SA 4Y3JA 4PYVA 5P1AA 5P68A 2IRZA 5P2BA 2F8GA 2R3WA 3G6ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2L A;  3SAB A;  5P4T A;  2QD8 A;  1HEF E;  5AH8 A;  5P6W A;  3T6I A;  3EM3 A;  3IN3 A;  3O9F A;  4ZPE A;  3BXS A;  2ZE1 A;  3OQA A;  1EC0 A;  1JLD A;  3VCM A;  1AAQ A;  5P57 A;  1D4H A;  1T6G A;  3JW2 A;  4BFD A;  4Z4X A;  4KE0 A;  4RGH A;  2AOI A;  3LZS A;  3MSL A;  5P7X A;  4CMS A;  4GB2 A;  3ZMG A;  1IBQ A;  3A2O A;  3OY4 A;  2VS2 A;  4Y3E A;  1MER A;  1HTR B;  4LL3 A;  4I8W A;  4J1I A;  1FLH A;  5P55 A;  2NNP A;  2QI6 A;  3ZKQ A;  3ZKI A;  4B1D A;  1HTE A;  3NLS A;  1IZD A;  2BPX A;  2PC0 A;  1EED P;  3SLZ A;  2XFK A;  1QBS A;  5P0B A;  3IVI A;  4J54 A;  7HVP A;  3NSH A;  3U6A A;  5P11 A;  4Y4A A;  2F3E A;  5P59 A;  3EBZ A;  1SME A;  5P74 A;  2QD6 A;  3NWX A;  3IGB A;  1OEW A;  5P2Y A;  3HDK A;  2WEA A;  2NTR A;  1PPM E;  5OZQ A;  5P0E A;  5P7N A;  4Y4E A;  5P1R A;  2QNP A;  5P5V A;  5P3F A;  5P5Z A;  5KOS A;  4LC7 A;  3RTH A;  3U71 A;  1BIM A;  4KE1 A;  5F01 A;  2HC0 A;  5P4D A;  1LS5 A;  2G69 A;  1DPJ A;  3RVI A;  5C9D A;  1HBV A;  4Y56 A;  9HVP A;  3LIN A;  5JOD A;  4YCK A;  5KR1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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