1T7IA

The structural and thermodynamic basis for the binding of tmc114, a next-generation hiv-1 protease inhibitor.
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Discovery and selection of TMC114, a next generation HIV-1 protease inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol Polyprotein
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1t7iA00
3S2OA 5JG1A 3UQWA 4DUSA 4YHQA 2FLEA 1QDMA 1T7KA 4A4QA 3EM3A 3QRVA 2VJ7A 4NKKA 3H0BA 3QVCA 1AAQA 4I0ZA 1ENTE 2R8NA 2AOFA 2BPZA 5HE4A 4Q1YA 1LYBB 1K6TA 4YCTA 1G2KA 5P4YA 3VF5A 1BAIA 3K4VA 1PSNA 4PEPA 4CP7A 1K1UA 2VNMA 4PZWA 1QBUA 3QPJA 5F01A 3EL5A 4NJUA 3DOXA 5P1VA 3SA7A 4Y3RA 5P2GA 5P8TA 5P8GA 5P72A 1TQFA 1ZP8A 4XXSA 5P0UA 3LIVA 5P4WA 5AH6A 5P4UA 5P2IA 3FX5A 2ZE1A 4Y5LA 3VFAA 3QI1A 4PZXA 2IRZA 1M0BA 1DIFA 5P4QA 3O9HA 4LHHA 5OZDA 1G0VA 2QCIA 5P7MA 3PMYA 5OZOA 5P2CA 5P49A 5ER2E 5P1DA 5P66A 3VCMA 4I8ZA 3DCRA 4GJ5A 4FGXA 5P82A 2EWYA 3A2OA 2QHYA 3EL0A 2A4FA 2PH6A 3OWNA 3WB5A 3WSJA 5P29A 5DPZA 4Y3YA 5P51A 3I8WA 1ME6A 3Q70A 3BUGA 5P2HA 4DJUA 5P1JA 1EBZA 5C9BA 5P63A 5P7GA 3KT5A 5P0KA 5P79A 3UDJA 1OHRA 4Y4XA 3ZKIA 1QBSA 1BWAA 1NH0A 1M43A 1OEXA 2FNSA 5E5JA 3OUCA 5DR7A 3T7XA 1K6PA 2P3AA 5P8RA 2NPHA 4F76A 4YD4A 5P7LA 3OQ7A 3TKWA 5OYRA 3SO9A 4RVXA 3T7PA 1F7AA 5P5FA 3S7MA 2ER6E 5P6YA 1W5XA 1T7JA 3O9CA 3QRSA 3EKTA 1HWRA 1B6KA 3S56A 3PMUA 5P75A 5KQFA 4YBFA 4D83A 6APRE 5P7TA 4DI2A 3VUCA 4EXHA 4F75A 4ZIPA 3IVIA 4D8CA 4H3IA 2V00A 5DR0A 4EHCA 1FFFC 1ZBGA 2WEAA 5P2RA 3IXKA 4BELA 4DPFA 4J0VA 4U7QA 1DW6C 1FMXA 2NXDA 4Y3XA 2VNNA 2XFIA 2H6TA 5P6EA 3QRMA 1HIIA 2OF0A 2WF1A 5BS4A 5P4RA 5P46A 2QAKA 1EPME 4J0TA 3FNUA 2R3WA 5P3GA 1LYAB 3ZLQA 2QMFA 4Y5GA 5E5KA 5BRYA 5P7PA 1GNNA 2BQVA 5J25A 3UDMA 3HZCA 3BVAA 1HSHA 5P1AA 5AH7A 4R91A 3L5FA 5OYWA 4Y3JA 3N3IA 4JPEA 4I0JA 5IVQA 3O9LB 1UH7A 1NSOA 4CPSA 5P1NA 4QJ9A 5OZCA 5P3FA 3PI5A 1YTHA 1MRWA 5OZRA 3QBHA 3TPLA 3RU1A 1SDVA 4YD6A 2HM1A 1META 4Y48A 1VIKA 3URLA 1Z8CA 3BVBA 2V10C 4B77A 4DFGA 3IVHA 4D88A 2WF2A 2R38A 4Y4DA 5P8PA 5AHCA 5OYXA 4AA9A 1TSUA 2ZDZA 2OHPA 1FGCC 5P0ZA 2QZLA 2BPVA 2A1EA 2O4KA 1LZQA 1GVUA 2AZ8A 5P3NA 1SIPA 5OZ5A 3PWRA 2UPJA 3PLDA 3JVWA 4OBGA 3R0YA 3TOGA 4HDBA 1UH8A 5P41A 2PSVA 1FMUA 2VIEA 2IQGA 5KOSA 4MC1A 3HBOA 2PQZA 1EPRE 3SKFA 1AJVA 4J17A 3DV1A 5OZZA 3OOTA 4LXMA 4A6BA 3G72A 2AOIA 3EM6A 2BPXA 4X2LA 1LYAA 4ZSMA 1OEWA 2OAHA 2RKFA 5P84A 3PCZA 5P3DA 4ZSQA 3Q3TA 3VF3A 5P4SA 5C9DA 3ZMGA 1KJ7A 2BPYA 5P8OA 4TRYA 4QLHA 5P68A 1FQ8A 5P71A 4B1DA 3QVIA 4PYVA 1EC3A 2O4PA 3O9LA 1A94A 2G1OA 3CYXA 4YD7A 2HIZA 5P88A 5P48A 5P3RA 3RTNA 1OD1A 1B6MA 3NLSA 1K2CA 3OXVA 3GI5A 1HSGA 4Y3SA 3OTSA 4I10A 5P8BA 1LV1A 5P57A 1FFIC 1U8GA 3PBZA 3INEA 4B05A 1IVQA 5OZYA 3I2LA 1T3RA 3OU3A 4Q1WA 5P64A 4KUPA 4Q5MA 3Q6YA 5P7QA 4TRWA 1IDBA 2AIDA 4OC6B 4Y3WA 4R8YA 5FIVA 3OAGA 5P0MA 4GMIA 4Y3TA 4FM6A 3UDPA 5P5RA 2Q5KA 2B60A 2VA6A 3CICA 5OZEA 1K2BA 2IS0A 5P61A 3UQPA 5DR3A 5KR0A 4BFBA 5P7IA 3NDWA 3VG1A 5OYSA 2OHSA 4ACUA 1BXOA 4QJ7A 1G6LA 3DV5A 4DJYA 5P24A 3KM4A 5P7NA 4EJDA 5OZXA 3OUBA 4I11A 4A6CA 5P35A 2I4QA 3BGBA 4FRJA 5P78A 4J1KA 2BB9A 4KB9A 5DQCA 5P0EA 4H3FA 3C9XA 1XN3A 4YBIA 5P1PA 3PB5A 4Y5NA 3RTHA 4QJ6A 1EC1A 2AOCA 5AH8A 3APPA 3MSLA 3IN4A 3UCBA 4ZE6A 2NNPA 5P7JA 1RV7A 5P39A 2CENA 4DQBA 4DJVA 2PSGA 5P85A 5P0DA 2ZHSA 4IVTA 3QN8A 1NPWA 1W5YA 3BRAA 3QS1A 1YT9A 2ZJLA 4EXGA 3SA8A 2QZKA 4FM8A 4K4PA 5P4EA 5P7RA 1FQ4A 5KAOA 1BVEA 1TZSA 1IIQA 5P5ZA 5P8NA 4WY1A 1ZSFA 2VA7A 3VYFA 4OC6A 3O9FA 4YCYA 1MT8A 1HVJA 5P40A 2Z4OA 3CMSA 5P04A 2WL0A 4CKUA 4DQCA 4EWOA 4Y3FA 5P3CA 2IKUA 4L7HA 5P4KA 4DQFA 2FGVA 1SMEA 4L7JA 5I3VA 5P3SA 5P52A 3BXRA 3NWXA 2ZGAA 3TH9A 4J0PA 3OXWA 3HLOA 5P32A 5P6TA 5P6MA 3S8IA 3OUAA 1IZEA 1EPOE 2ANLA 4Y47A 2QNQA 2WF4A 1HXBA 1BIMA 5P14A 1B6PA 4ZEAA 4LAPA 3NXNA 2APRA 3HVPA 5OZVA 5P6LA 5P8LA 1HEGE 1MPPA 3L59A 4J1HA 4HEGA 1XE6A 1NPAA 5P7DA 3ZKXA 5P62A 4Y37A 4M8XA 1D4YA 5P0LA 3VV8A 5OYVA 4BEKA 1D4HA 3L5CA 5P5EA 4FAEA 4Y4ZA 3OQFA 1ZPAA 5OZ6A 5P23A 1D4SA 5P6FA 3SA5A 2AVQA 3SFCA 1HSIA 5P42A 4CPXA 1C70A 2QU3A 2QNPA 2J9KA 5P7EA 5P2OA 2NR6A 2Q64A 5P31A 3PGIA 5OYZA 1UPJA 5P2ZA 3KFNA 3QAAA 1WBKA 3OUDA 2I0AA 5P2WA 1BDQA 3LPJA 5OZ4A 5P4HA 5P6IA 4AA8A 4EQJA 1A8KA 3APRE 1ZSRA 4GYEA 3EM4A 3HVGA 5OZKA 1KJGA 1XS7D 3BXSA 2P8HA 5DQ2A 4L1AB 5P4NA 5P3JA 5P1TA 4S1GA 3LINA 3GI0A 3TLHA 2B8LA 3IA9A 4YD5A 2XYFA 3PBDA 5P06A 5TOLA 4I0IA 5P00A 3ER3E 1T6EX 4AMTA 2G22A 3FSMA 3KA2A 2ASIA 3LZVA 2NTRA 3BGCA 1DMPA 2BBBA 3EKQA 2QI0A 4J54A 2ER7E 4Y4EA 1MRXA 3PRSA 5P1EA 3DJKA 2Q55A 2WF3A 3PSUA 3SPKA 2UY0A 3KFPA 2V13A 2IKOA 2FNTA 2XFKA 5P50A 4HDFA 5P80A 5P5AA 5KQXA 4RRSA 2QD8A 4Y36A 5P2BA 1XN2A 2ZJJA 2NXMA 3LZUA 5ISJA 2ZYEA 1HPOA 5P8VA 1KZKA 5P1CA 3VSWA 5P3QA 3SKGA 2F3EA 2QI1A 4Y3GA 2H6SA 4EJLA 2HAHA 5P0OA 4BFDA 5P6VA 5P3YA 4D89A 3PWWA 1MTRA 3DUYA 2CEJA 2F3FA 1YTJA 5P0XA 2B42A 1M4HA 5P2UA 3BUHA 4PPHA 4JPCA 3GGVA 4COEA 5HE5A 2VIYA 5P1FA 1FQ5A 5P0VA 3UDKA 3LIYA 5OZQA 4GJ6A 4B78A 4L1AA 5OZFA 1HTGA 3NU6A 4LC7A 5KR2A 5P0YA 4FRKA 4PHVA 5OYUA 1FMBA 1QBRA 4Y50A 5DQ1A 3NWQA 3H5BA 5P8MA 8HVPA 2P4JA 5OZTA 4YD3A 3U71A 2RKGA 3L5DA 1SDUA 1BDLA 3KMYA 4I0DA 3LPIA 5P7OA 4ER2E 4Y44A 2P3BB 5P69A 5P7FA 2FIVA 4GJBA 1FB7A 3I6OA 3UHLA 5P33A 5P3EA 3LPKA 1FG6C 5P3KA 3T6IA 3WZ6A 2AOEA 5P1LA 2CEMA 5P8JA 3SACA 3UTLA 5P12A 5P4VA 4J1CA 2F3KA 3KT2A 5IVTA 4K9HA 5P53A 3KFRA 4KE0A 5OZNA 3TPPA 3OXCA 5P6QA 1E82E 4Z2ZA 1EPLE 2JXRA 2ZJKA 5EZXA 2HB3A 2OHMA 1GVXA 1KJ4A 5P0NA 5P5QA 4Q1XA 2FXDA 4N00A 4TRZA 2AOHA 2UXZA 2HS1A 4Y3HA 4Y54A 3INDA 3URJA 2PK5A 5P55A 5P6OA 5P07A 5P7YA 5P05A 2AVSA 5OZ1A 2AODA 3S7LA 2ZJMA 5P08A 4R92A 5P76A 3S54A 1MERA 5OZLA 5P4AA 1XDHA 4QJ8A 2QK5A 1BWBA 5P03A 2B7ZA 3LZSA 3OQDA 5P5XA 4H3GA 5P5DA 1ZPKA 4DJRA 4XKXA 3K5FA 5BWYA 4APEA 4QGIA 4B1EA 5P17A 1MVPA 3EMYA 3VV7A 2NMZA 3NYGA 3CKRA 4Y3EA 3WZ7A 4Y3LA 2P3BA 2I4WA 5P87A 1QBTA 1LYWA 3OAGB 3T7QA 1HVLA 4LXKA 1ZTZA 4DQGA 1EC0A 4OBKA 4NPTA 5PEPA 4EP3A 2OHTA 3GGAA 1XL5A 2FMBA 5P6JA 5P1GA 1C6ZA 1Q9PA 1ODXA 5P2JA 5P3WA 4FCOA 3SLZA 2HB2A 3R4BA 5P0SA 4ER1E 5P5IA 1FF0C 3KF0A 7HVPA 4Z4XA 2AQUA 4Z22A 2R3TA 3UFNA 5ENKA 3O9AA 5P2KA 5OZHA 5P4CA 4CPTA 4Y5MA 3U7SA 3SA6A 5P0RA 2J9JA 5P3PA 1IVPA 2MIPA 3PVKA 5P13A 3FIVA 2G21A 3LIQA 4R95A 5P1WA 2PYMA 1HRNA 1Z1RA 4KE1A 1JLDA 4NJSA 5P8FA 1UH9A 5P2NA 1B6JA 5COPA 1VIJA 4ZPEA 3ZKSA 1TSQA 1BDRA 4ZSPA 5P70A 4F73A 2IGXA 1Z1HA 1XL2A 1TCXA 1W6HA 1MESA 3INHA 5ISKA 4WTUA 5P1BA 1KJFA 2O4LA 5P7ZA 3MWSA 3VEUA 1EC2A 2QD7A 1EPNE 5CLMA 4FSEA 2BKTA 3PCWA 4DV9A 5P7KA 2WJOA 4GZFA 4J5JA 4L7GA 3ZKNA 5OZ9A 5OZUA 2VA5A 5P7UA 5P5GA 2ZHTA 3EKPA 5P7VA 5P0IA 3L5EA 4Y4AA 1N49A 4I1CA 1PFZA 1AIDA 1GNOA 4DJOA 1GVTA 3HW1A 4OBDA 1B6LA 2BJUA 4Y4GA 1EPQE 2PYNA 4DH6A 5P6BA 4FE6A 3PHVA 5P4GA 5I3YA 3EKXA 3EKVA 4GJCA 3OY4A 5DQ4A 3ZPSA 4HZTA 3I7EA 3FNTA 4ACXA 1YM2A 3NDUA 1HVCA 1MIQA 2B8VA 2F8GA 3S53A 5P43A 5OZJA 2G20A 3PLLA 4OBZB 1IZDA 4F74A 2Q54A 5P20A 1FLHA 5KR8A 5AH9A 2VS2A 5P0HA 5P6CA 2HPEA 3S85A 5P3OA 1CZIE 3LIXA 4DQHA 5P0FA 3UDQA 4R5NA 4X7IA 2ZJHA 2OHQA 3HDKA 2G1SA 5P5HA 5P74A 5P27A 4I0HA 4YCKA 5P6ZA 3T11A 3L5BA 1QS8A 5P5OA 1MTBA 4H3JA 4JECA 3UF3A 1RPIA 4CMSA 5IS4A 3OHFA 2R5QA 4R93A 2ER0E 2FDEA 3NU5A 2PMAA 3K4VC 5OZ0A 3NUJA 5HTZA 5P7XA 1HHPA 3QIHA 5P4IA 5HU0A 2P3DA 5P3VA 2WEBA 3K5DA 1A30A 4RCEA 1D4IA 4DVFA 3S45A 1GVVA 3OUDB 5P3MA 4RCDA 3UDHA 2G26A 2ER9E 3JW2A 4FIVA 1K1TA 3OHHA 2ZJNA 3UQRA 5JFPA 4Y58A 2ZHVA 4Y5PA 5P8SA 3PSGA 4AUCA 4CPUA 2R9BA 5I70A 3OQKA 9HVPA 2XYEA 4J0ZA 4Y3ZA 5P54A 3TPRA 5COOA 2G27A 4Y35A 2G1RA 2QHZA 3AIDA 3RSXA 1SH9A 2HB4A 4EQ0A 5SXNA 1PSOE 5P60A 5P8EA 3L3AA 3PJ6A 5APRE 3TL9A 1SBGA 2OHRA 4OBZA 2Q3KA 4GJ8A 1MUIA 5P73A 5P3HA 1RQ9A 5P1YA 5P16A 5P2MA 1B5FB 4B00A 5P0PA 3KMXA 5OZAA 3FV3A 5DGWA 1ZAPA 2Q11A 5P6AA 5P30A 5P4BA 3N4LA 3EL9A 3O9IA 1ER8E 3Q5HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3S2O A;  5JG1 A;  3UQW A;  4DUS A;  4YHQ A;  2FLE A;  1QDM A;  1T7K A;  4A4Q A;  3EM3 A;  3QRV A;  2VJ7 A;  4NKK A;  3H0B A;  3QVC A;  1AAQ A;  4I0Z A;  1ENT E;  2R8N A;  2AOF A;  2BPZ A;  5HE4 A;  4Q1Y A;  1LYB B;  1K6T A;  4YCT A;  1G2K A;  5P4Y A;  3VF5 A;  1BAI A;  3K4V A;  1PSN A;  4PEP A;  4CP7 A;  1K1U A;  2VNM A;  4PZW A;  1QBU A;  3QPJ A;  5F01 A;  3EL5 A;  4NJU A;  3DOX A;  5P1V A;  3SA7 A;  4Y3R A;  5P2G A;  5P8T A;  5P8G A;  5P72 A;  1TQF A;  1ZP8 A;  4XXS A;  5P0U A;  3LIV A;  5P4W A;  5AH6 A;  5P4U A;  5P2I A;  3FX5 A;  2ZE1 A;  4Y5L A;  3VFA A;  3QI1 A;  4PZX A;  2IRZ A;  1M0B A;  1DIF A;  5P4Q A;  3O9H A;  4LHH A;  5OZD A;  1G0V A;  2QCI A;  5P7M A;  3PMY A;  5OZO A;  5P2C A;  5P49 A;  5ER2 E;  5P1D A;  5P66 A;  3VCM A;  4I8Z A;  3DCR A;  4GJ5 A;  4FGX A;  5P82 A;  2EWY A;  3A2O A;  2QHY A;  3EL0 A;  2A4F A;  2PH6 A;  3OWN A;  3WB5 A;  3WSJ A;  5P29 A;  5DPZ A;  4Y3Y A;  5P51 A;  3I8W A;  1ME6 A;  3Q70 A;  3BUG A;  5P2H A;  4DJU A;  5P1J A;  1EBZ A;  5C9B A;  5P63 A;  5P7G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1AZ5 A;  4J1E A;  1CMS A;  5ENM A;  5P1S A;  5P81 A;  5P6S A;  2QI4 A;  3VLA A;  5P1Q A;  2NNK A;  3OU4 A;  1EPP E;  2QI3 A;  4Y4J A;  1KJH A;  2JJJ A;  3PI0 A;  1EED P;  2AVM A;  5HD0 A;  5P7H A;  3LHG A;  3QRO A;  3SAA A;  2F81 A;  3PEP A;  1BV7 A;  5ER1 E;  5IVS A;  3I25 A;  1HVK A;  2FDP A;  4FL8 A;  4WY6 A;  5OZ7 A;  5P77 A;  5P8H A;  4Z50 A;  3SM1 A;  1T7I A;  3DCK A;  3GW5 A;  4YE3 A;  1E5O E;  4Y4B A;  3MSJ A;  5T4S A;  1YTI A;  4GJ9 A;  4ZLS A;  1EAG A;  1MSM A;  5P15 A;  4RRO A;  1E80 E;  1HVI A;  3UDR A;  1K6C A;  3CIB A;  3R1G B;  1QRP E;  1APT E;  5OZ8 A;  3VYE A;  2NXL A;  4Y56 A;  4HA5 A;  2PWR A;  1HVR A;  3ER5 E;  5HCO A;  5JFU A;  4Y5A A;  5P4J A;  1ODY A;  1C6X A;  3O9E A;  1LS5 A;  5P2L A;  3TTP A;  5DGU A;  4D85 A;  2AZC A;  1FG8 C;  5I3W A;  3BUF A;  3NDT A;  2V12 C;  1TW7 A;  2G94 A;  2G1Y A;  4Y43 A;  3LZY A;  2PWC A;  2RMP A;  1HPS A;  1TCW A;  5P5S A;  3KDD A;  1ODW A;  1EBY A;  5P7W A;  2PSU A;  3B80 A;  1BBS A;  1BV9 A;  5P5L A;  3URI A;  2AZ9 A;  4NPU A;  3T3C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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