1T7JA

Crystal structure of inhibitor amprenavir in complex with a multi-drug resistant variant of hiv-1 protease (l63p/v82t/i84v)
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Discovery and selection of TMC114, a next generation HIV-1 protease inhibitor
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords Pol Polyprotein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1t7jA00
1APTE 4XKXA 1MT7A 1TW7A 5F01A 1AAQA 5P4DA 2QHCA 1EBZA 3O9IA 1HIIA 2I1AA 3NDXA 5P4UA 5P1BA 5P7CA 1AXAA 2R3TA 2ZJKA 1GVTA 4Y3ZA 5P3QA 3O9DA 3L5DA 4CPUA 4EXGA 1SP5A 2ZGAA 3OTSA 1YM4A 4Y3AA 4YHQA 4YD6A 3T11A 1XN3A 1W5YA 3NYGA 2I4VA 4Y45A 3OU4B 4YD3A 3QN8A 4I0ZA 4BFDA 5P67A 3FIVA 3Q70A 1D4JA 5P4CA 5P32A 4Z50A 4AA9A 3SFCA 1ZAPA 3IXJA 5P82A 4YD7A 4J5JA 3OQKA 5ER2E 4Y51A 3ZL7A 4Y50A 4YCYA 2G1SA 2WHHA 3GGVA 5P84A 4CPRA 4XX3A 5P87A 2Q55A 3NDWA 3O9GA 5P6IA 2QNNA 3PLLA 3PSUA 5P6LA 4F75A 5P3IA 5P07A 2I4XA 4RLDA 5P7NA 4PPHA 3BGBA 2Q11A 7HVPA 4K8SA 2BQVA 4I12A 4Y9WA 1FQ7A 5KR2A 3PGIA 2NMYA 5P5ZA 4Y3TA 3TPRA 1TSQA 4YBIA 1TQFA 4Y58A 3EM6A 4LXKA 1KJHA 2O4PA 4I11A 4DQCA 3GGXA 5P3HA 3T7XA 4Y44A 3KMYA 1META 1T6EX 2WF0A 3BVAA 2WECA 5P29A 4GYEA 5P6GA 3PMYA 4DJOA 3DCKA 4A6CA 5P10A 5P4AA 2J9JB 1VIKA 3EL0A 1B6JA 3OQFA 5P7YA 3L5FA 3SA7A 3KDDA 1KJGA 5OZ0A 5I3WA 5P4QA 3O99A 5P86A 4NPTA 3VV8A 2PWCA 3QRSA 4Y3SA 1W5VA 3QVIA 5P2FA 1Q9PA 3TL9A 1DW6C 5OZHA 5TOLA 1MIQA 5P68A 1SDUA 5P1XA 5P85A 5P2UA 3H0BA 2V11C 3LIZA 5P1EA 3EKYA 5OZVA 4AZYA 5DQ1A 2I4QA 5P8TA 4Y4TA 5P2AA 3WB5A 2AVSA 4JPCA 3VEUA 4Y4XA 4I0IA 1EBWA 3R0YA 1DPJA 4OBZA 5P2XA 5P0KA 3A2OA 4CPQA 1XN2A 3NXNA 5P4WA 2B8LA 3HAUA 3SKGA 5P0DA 1A94A 1RL8A 3KA2A 4ZPGA 1EPNE 4J1IA 5AGZA 4YA8A 4ER1E 1E81E 2H6TA 2PYNA 2B60A 4FAFA 1ODXA 4LAPA 1AVFA 2R38A 2BPYA 2O4LA 3TKGA 3GI4A 5P6SA 4NJSA 3RSXA 2OHRA 2WF4A 5P1GA 5P8RA 4Y3XA 5P3JA 2PSGA 4MC1A 5P04A 2NTRA 4QJ8A 2CEJA 5P1VA 5P18A 5IVRA 2HS1A 3EKTA 5P5BA 5P11A 2XFIA 1XDHA 3GI6A 1NPVA 4A4QA 4RVIA 1SIVA 3O9BA 4APRE 5P20A 1IBQA 3LHGA 3LZYA 1MRWA 5OZBA 1IDAA 3RSVA 4KE1A 3IN4A 1C6XA 3IAWA 2QI7A 3PWRA 4Y3JA 1IIQA 3OQ7A 3VYFA 2VA6A 3BXRA 3TKWA 1QBUA 4GJ9A 5P7GA 1FMBA 1HTEA 5OYUA 1HVCA 2FLEA 4FRSA 2IGXA 5OZIA 4GJ8A 4U7QA 5P30A 4Y5CA 5OZJA 4M8YA 3O9AA 5P5WA 3SA9A 4NJUA 4RRSA 5OZKA 3U6AA 5OYZA 1EPOE 2FS4A 4Y54A 1KJFA 3LINA 1QBRA 4JPEA 3I6OA 5OYYA 1LEEA 2Q3KA 5P2DA 1YTIA 2QZWA 1AJVA 3UDRA 3TH9A 2JJIA 2FXEA 1DP5A 2IEOA 3KMXA 4ACUA 5P16A 5P5QA 2BKSA 5P25A 5P4ZA 5PEPA 5OZ6A 3PRSA 5P7SA 5P5UA 2B7FA 3QRMA 3RVIA 3OUDB 2QI0A 5P2EA 3SM1A 4GJDA 3L5BA 4J54A 3WZ7A 2OHSA 2P8HA 5P44A 2WF2A 4YOAA 5P3PA 5P6VA 5OZ7A 3D91A 5P2RA 5P4EA 2BPVA 3R2FA 5P63A 5J25A 5I3XA 4WY1A 5P7OA 1ZTZA 3ZKSA 5P6PA 3KDBA 3K5DA 4PYVA 1EPME 3D1YA 5P61A 2QHZA 1HVIA 3ST5A 4RCEA 5P7HA 3JVYA 3S7MA 5P55A 3TOFA 4I0HA 1LF3A 3LIVA 5P40A 5P47A 4DJWA 3QI1A 1IDBA 3HAWA 3K1WA 2FMBA 5OZ9A 4JECA 2WF1A 3UHLA 5P0WA 2WEAA 4B1DA 2PSVA 5P5YA 4KUPA 4FGXA 4HA5A 5SY3A 1U8GA 4TRWA 3ZOVA 2R8NA 5P3ZA 3KFNA 1OEWA 3UDQA 4I0FA 3INFA 5P3RA 5P4SA 3CKTA 4UPJA 5HE4A 3D3TA 5P12A 2IKUA 1FQ8A 5P3UA 5HU1A 4I0EA 5P7JA 2G1OA 1HPOA 3K5FA 5P6XA 1WBKA 3OAGB 2PMAA 3K4VA 3PJ6A 1FQ5A 2IRZA 5OZQA 5P4XA 4LL3A 3VF7A 4K9HA 1FB7A 4Y5NA 2BJUA 4CPWA 4MC9A 3NUOA 3I8WA 4FCOA 1QDMA 2PK6A 3UDNA 5IS4A 3ER3E 3TOGA 2OF0A 4QJ2A 4FL8A 4HEGA 4Y5PA 2VS2A 2F3KA 1K2BA 1HBVA 2Q15A 5P0HA 5BRYA 3RU1A 3UQXA 3LITA 3PB5A 1HSGA 4H3JA 4B1CA 5P8JA 5P5TA 5P7MA 5P0CA 5P5LA 2Z54A 1HTFA 5SY2A 3I25A 1HTRB 4Y4BA 1D4LA 1K6TA 1BVEA 2OHKA 3UCBA 5OZWA 1G2KA 2BPXA 1HTGA 5OZ8A 1FQ4A 5ENKA 5P88A 5P37A 2OHUA 3LPJA 4D83A 5OYXA 1MSNA 2AVVA 2AOJA 5OZ1A 2NMZA 2ZJLA 4FRKA 3G70A 4Y3QA 3VLBA 1OD1A 1W6HA 1D4KA 1UPJA 4DV9A 3OWNA 1YG9A 1BIMA 3SO9A 3KM4A 2AOIA 3BVBA 3EL9A 1ZBGA 5P42A 1T7IA 4CPXA 5P33A 5P8VA 3VF5A 5P3BA 5P5IA 4J1HA 2V0ZC 5P70A 5APRE 3SA4A 2AOHA 5P2CA 4Y43A 2ZJJA 5BWYA 4KE0A 5P6FA 5P0AA 2HM1A 3PWMA 5P5FA 3NWXA 4Y4EA 4EXHA 5P75A 5P36A 1GNNA 1ZPAA 5P6OA 3S56A 3O9EA 5HDVA 4Y3EA 2XFKA 5AH9A 3D1ZA 4Z4XA 5P08A 3DCRA 1F7AA 4ZPFA 2QMFA 5P6QA 2V00A 5ENMA 5P2BA 4BEKA 1EC0A 3OTYA 5P23A 2QMGA 3MSLA 3QVCA 5P4VA 5HE5A 5DQ5A 4J0ZA 1GNOA 1Z1HA 2R5QA 1QBTA 5COKA 4RYGA 2F3FA 4R91A 2NNKA 2VIZA 2BB9A 4L6BA 3IGBA 1K1TA 5P02A 4Y4GA 4A6BA 5P4LA 3QS1A 1B6PA 4J1CA 3CICA 5P3DA 1BWBA 2HC0A 3UFLA 5HD0A 4ZSMA 5IVTA 1D4IA 3CYXA 5P74A 3EKQA 1VIJA 4YE3A 4DQBA 2JE4A 3S54A 4Y41A 4D85A 5I3VA 5P1QA 1GVWA 3OGQA 2QNPA 3HVPA 4JP9A 5P1TA 3VV7A 2F80A 3EC0A 3EKPA 4HVPA 4EQ0A 4FS4A 5P7RA 2QI5A 5P4MA 1OHRA 3WZ6A 3CKPA 2ASIA 1BAIA 4Y5BA 4ZSRA 1W50A 4H1EA 4H3IA 5P0PA 4ZLSA 1XL2A 2NXLA 5OZXA 4K4RA 5OZAA 2XYFA 2OHTA 3UQPA 2AVMA 1IZIA 3KYRA 1K6VA 3S85A 1KJ7A 1LV1A 5P0OA 3ECGA 5P66A 2QI1A 5P58A 4DPIA 5ISKA 5P8AA 3GI0A 5E5JA 5P2VA 4E43A 1BV9A 4ACXA 5P6YA 6FIVA 3NWQA 3O9FA 2RKFA 2RSPA 5P8MA 2Q54A 4EJKA 3OGPA 3TPLA 3LIXA 1EPRE 5KQFA 4J0PA 3T3CA 4Y5AA 5P8FA 1IZDA 3CKRA 5AHBA 5P0JA 1TSUA 2AOEA 5P5NA 4GZFA 5AHAA 4R93A 5P13A 5P24A 2VKMA 4DQHA 4IVSA 3QPJA 5P7IA 1C70A 1A9MA 5P1RA 5E5KA 2CENA 3OOZA 3L5CA 5DR7A 4OBHA 4I8WA 3B80A 4EP3A 5P2WA 1FMXA 1HEFE 4Y3MA 4Q1YA 2PYMA 2IQGA 5P01A 2ZJNA 3UDPA 2QU2A 2QK5A 4YD5A 2P83A 2ZE1A 2OHQA 4OBZB 4F76A 3U71A 5EZZA 4QJAA 4Y4DA 2WJOA 3UDYA 5P2KA 4NJVA 1A30A 2NR6A 5P6UA 3URJA 4Y3NA 1LYAB 3AUPA 3VLAA 4FRIA 3F9QA 1ODWA 3TLHA 4M8XA 5IE1A 1RPIA 1TZSA 5DR8A 5P7XA 3K5CA 3NR6A 3R4BA 2UPJA 3MSKA 4WTUA 4CPSA 2G69A 1B6MA 5P2MA 4EPJA 5HDUA 5OYRA 5P6MA 1LS5A 2FIVA 2AZ8A 3SABA 1SMEA 1TCXA 2F81A 5P1HA 3INHA 2EWYA 2G22A 5P5GA 3SACA 3EBZA 4F74A 5OZ3A 1D4YA 4NKKA 4FM8A 5P0UA 1APVE 2QHYA 4DPFA 3LZSA 1ZLFA 3RTNA 4DJPA 2ZJIA 2JJJA 5P77A 5P1CA 5P71A 1LYAA 1ENTE 3FNSA 2RMPA 3BXSA 2PQZA 5P5SA 1HVHA 1NPAA 5P73A 2R43A 2B42A 3NU6A 1FQXA 3EXOA 5P8LA 3ZPSA 3OXVA 3G72A 1B6KA 5P80A 3APPA 3BC4A 1C6ZA 3OXCA 5JFUA 1BDQA 5P3TA 4S1GA 5HTZA 4HDBA 3SA3A 4B78A 1YTJA 5P6NA 4H3GA 5P6BA 5P79A 3OK9A 4U7VA 4Q1WA 5OZEA 1LYBB 4B70A 5P6WA 5P0XA 3IVHA 5P1LA 1M43A 4MC2A 4RGHA 4ER2E 2I4UA 2V10C 3CYWA 4B00A 3UDMA 3TPJA 2QD7A 4QJ6A 5P0GA 1M0BA 4TRYA 3PVKA 2AZ9A 5P05A 4I8ZA 5DGWA 5P4BA 3I2LA 4EYRA 2OHMA 2ZJHA 1XS7D 5P2OA 1ZJ7A 2G27A 5P22A 5P0VA 5P51A 1SDVA 3OUCA 5P4IA 3SPKA 5DR4A 3ZKQA 5OYTA 5P7QA 2FNTA 4BFBA 5P2SA 4PZWA 3OXXA 1RNEA 3PLDA 5HE7A 1LYBA 5P31A 2FGUA 4FM6A 4EP2A 5P8UA 2V13A 3SLZA 1NH0A 5P65A 4L7GA 4DH6A 2MIPA 3BUGA 2QI6A 5P38A 1PFZA 2AVOA 5P7FA 3PEPA 1SDTA 3UDJA 1T7JA 4HLAA 2IGYA 5P59A 3KN0A 5P5KA 4FIVA 1ODYA 4YDGA 3ZKGA 1ME6A 3L38A 3M9FA 1BDLA 3URIA 1FG8C 1FEJC 3IA9A 5JG1A 1YTHA 2AOFA 2NNPA 3OU3A 4H3FA 5P46A 5P1WA 4WY6A 4HE9A 3WZ8A 4GMIA 3ZPUA 3OU1A 4LP9A 1MPPA 3VFAA 1D4HA 8HVPA 3DM6A 3MXDA 5OZ4A 3SAAA 5OZRA 1W51A 3ZMGA 9HVPA 4KB9A 2FDDA 5P89A 5DR1A 5P6DA 4GJBA 5P4HA 2FDPA 4Y47A 4Y57A 5OZNA 5P2YA 5AH6A 4D88A 2O4SA 4I0DA 3NDTA 1LF2A 5P41A 1HSIA 1ER8E 1BDRA 4RVJA 5OZOA 3WSJA 1SMRA 1MT8A 1FLHA 4Y4WA 1PSAA 5P27A 3TTPA 1FKNA 4GIDA 2OHNA 1LYWB 4Y38A 3QROA 3QAAA 4Y3WA 3MXEA 3PI0A 5KR8A 2HPEA 4GB2A 1MRXA 5P19A 5P4NA 3AIDA 5P60A 2R3WA 2QAKA 5P4FA 1B6LA 3GW5A 4QJ9A 2ER0E 4OC6A 3OXWA 2QU3A 5OYWA 4Y5EA 5OZLA 5P8DA 5P1DA 4DJRA 5P1MA 5P8HA 1G35A 2APRA 1G6LA 5P3GA 5P69A 5P6RA 4FAEA 2PH8A 4JOOA 5P39A 5P2NA 1BV7A 1EAGA 1AZ5A 5HCOA 3DJKA 1WBMA 4K4QA 5P0QA 5P1AA 1YTGA 5P3FA 5P4JA 2ZHTA 4I0GA 5BS4A 1LYWA 3KFRA 5JODA 5P5HA 1E82E 4Q1NA 4K4PA 4PZXA 5P7EA 1SGUA 3PSYA 3OHFA 3UFNA 2UXZA 5OZUA 2PH6A 2F3EA 5P4TA 2G21A 4DJYA 4BELA 2HB2A 5P34A 4GJAA 3VCMA 1PSNA 2QCIA 4I10A 4Y3LA 5KQYA 5P72A 5I3YA 3B7VA 3OY4A 1KJ4A 3TNEA 3UF3A 3SA6A 4Z22A 3Q6YA 1C6YA 5P1KA 3JW2A 5P8QA 1IZEA 3ZKIA 2A1EA 4J17A 3VF3A 2VIEA 3T6IA 5P1SA 2FDEA 2P3AA 5P8CA 3KF0A 4Y48A 3SA8A 4CMSA 5OZGA 2NXDA 5P57A 1HVLA 4LXMA 2RENA 3GI5A 4L1AB 5P0FA 4B1EA 1MEUA 3QIHA 1WKRA 1MSMA 2JYSA 5CLMA 5KQZA 2AZBA 5P0EA 2HS2A 4TVGA 5P03A 4RRNA 2I4DA 4Y5GA 1HRNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1APT E;  4XKX A;  1MT7 A;  1TW7 A;  5F01 A;  1AAQ A;  5P4D A;  2QHC A;  1EBZ A;  3O9I A;  1HII A;  2I1A A;  3NDX A;  5P4U A;  5P1B A;  5P7C A;  1AXA A;  2R3T A;  2ZJK A;  1GVT A;  4Y3Z A;  5P3Q A;  3O9D A;  3L5D A;  4CPU A;  4EXG A;  1SP5 A;  2ZGA A;  3OTS A;  1YM4 A;  4Y3A A;  4YHQ A;  4YD6 A;  3T11 A;  1XN3 A;  1W5Y A;  3NYG A;  2I4V A;  4Y45 A;  3OU4 B;  4YD3 A;  3QN8 A;  4I0Z A;  4BFD A;  5P67 A;  3FIV A;  3Q70 A;  1D4J A;  5P4C A;  5P32 A;  4Z50 A;  4AA9 A;  3SFC A;  1ZAP A;  3IXJ A;  5P82 A;  4YD7 A;  4J5J A;  3OQK A;  5ER2 E;  4Y51 A;  3ZL7 A;  4Y50 A;  4YCY A;  2G1S A;  2WHH A;  3GGV A;  5P84 A;  4CPR A;  4XX3 A;  5P87 A;  2Q55 A;  3NDW A;  3O9G A;  5P6I A;  2QNN A;  3PLL A;  3PSU A;  5P6L A;  4F75 A;  5P3I A;  5P07 A;  2I4X A;  4RLD A;  5P7N A;  4PPH A;  3BGB A;  2Q11 A;  7HVP A;  4K8S A;  2BQV A;  4I12 A;  4Y9W A;  1FQ7 A;  5KR2 A;  3PGI A;  2NMY A;  5P5Z A;  4Y3T A;  3TPR A;  1TSQ A;  4YBI A;  1TQF A;  4Y58 A;  3EM6 A;  4LXK A;  1KJH A;  2O4P A;  4I11 A;  4DQC A;  3GGX A;  5P3H A;  3T7X A;  4Y44 A;  3KMY A;  1MET A;  1T6E X;  2WF0 A;  3BVA A;  2WEC A;  5P29 A;  4GYE A;  5P6G A;  3PMY A;  4DJO A;  3DCK A;  4A6C A;  5P10 A;  5P4A A;  2J9J B;  1VIK A;  3EL0 A;  1B6J A;  3OQF A;  5P7Y A;  3L5F A;  3SA7 A;  3KDD A;  1KJG A;  5OZ0 A;  5I3W A;  5P4Q A;  3O99 A;  5P86 A;  4NPT A;  3VV8 A;  2PWC A;  3QRS A;  4Y3S A;  1W5V A;  3QVI A;  5P2F A;  1Q9P A;  3TL9 A;  1DW6 C;  5OZH A;  5TOL A;  1MIQ A;  5P68 A;  1SDU A;  5P1X A;  5P85 A;  5P2U A;  3H0B A;  2V11 C;  3LIZ A;  5P1E A;  3EKY A;  5OZV A;  4AZY A;  5DQ1 A;  2I4Q A;  5P8T A;  4Y4T A;  5P2A A;  3WB5 A;  2AVS A;  4JPC A;  3VEU A;  4Y4X A;  4I0I A;  1EBW A;  3R0Y A;  1DPJ A;  4OBZ A;  5P2X A;  5P0K A;  3A2O A;  4CPQ A;  1XN2 A;  3NXN A;  5P4W A;  2B8L A;  3HAU A;  3SKG A;  5P0D A;  1A94 A;  1RL8 A;  3KA2 A;  4ZPG A;  1EPN E;  4J1I A;  5AGZ A;  4YA8 A;  4ER1 E;  1E81 E;  2H6T A;  2PYN A;  2B60 A;  4FAF A;  1ODX A;  4LAP A;  1AVF A;  2R38 A;  2BPY A;  2O4L A;  3TKG A;  3GI4 A;  5P6S A;  4NJS A;  3RSX A;  2OHR A;  2WF4 A;  5P1G A; 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 2QI1 A;  5P58 A;  4DPI A;  5ISK A;  5P8A A;  3GI0 A;  5E5J A;  5P2V A;  4E43 A;  1BV9 A;  4ACX A;  5P6Y A;  6FIV A;  3NWQ A;  3O9F A;  2RKF A;  2RSP A;  5P8M A;  2Q54 A;  4EJK A;  3OGP A;  3TPL A;  3LIX A;  1EPR E;  5KQF A;  4J0P A;  3T3C A;  4Y5A A;  5P8F A;  1IZD A;  3CKR A;  5AHB A;  5P0J A;  1TSU A;  2AOE A;  5P5N A;  4GZF A;  5AHA A;  4R93 A;  5P13 A;  5P24 A;  2VKM A;  4DQH A;  4IVS A;  3QPJ A;  5P7I A;  1C70 A;  1A9M A;  5P1R A;  5E5K A;  2CEN A;  3OOZ A;  3L5C A;  5DR7 A;  4OBH A;  4I8W A;  3B80 A;  4EP3 A;  5P2W A;  1FMX A;  1HEF E;  4Y3M A;  4Q1Y A;  2PYM A;  2IQG A;  5P01 A;  2ZJN A;  3UDP A;  2QU2 A;  2QK5 A;  4YD5 A;  2P83 A;  2ZE1 A;  2OHQ A;  4OBZ B;  4F76 A;  3U71 A;  5EZZ A;  4QJA A;  4Y4D A;  2WJO A;  3UDY A;  5P2K A;  4NJV A;  1A30 A;  2NR6 A;  5P6U A;  3URJ A;  4Y3N A;  1LYA B;  3AUP A;  3VLA A;  4FRI A;  3F9Q A;  1ODW A;  3TLH A;  4M8X A;  5IE1 A;  1RPI A;  1TZS A;  5DR8 A;  5P7X A;  3K5C A;  3NR6 A;  3R4B A;  2UPJ A;  3MSK A;  4WTU A;  4CPS A;  2G69 A;  1B6M A;  5P2M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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