1T7KA

Crystal structure of hiv protease complexed with arylsulfonamide azacyclic urea
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and Antiviral Activity of P1' Arylsulfonamide Azacyclic Urea HIV Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein [Contains: Protease (Retropepsin)]
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-05-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1t7kA00
3Q5HA 3DV1A 5OZ0A 4RVIA 5OZCA 5P1FA 1APUE 5OYZA 3JVWA 2JJJA 3VV6A 3TPJA 1BXQA 5P6IA 5P6XA 5P1ZA 2G1SA 5P2UA 5P2BA 3T3CA 3NDXA 3ER3E 3A2OA 3OU1B 2PQZA 5P0KA 5P31A 3OUBA 1YTHA 5OZSA 2BB9A 1PSOE 2O4KA 3EKTA 2QHYA 3QROA 4Y51A 5HTZA 1W5WA 2ER9E 1Z8CA 2XYFA 1EAGA 5P2YA 4GIDA 2IL2A 2QD7A 3ZPTA 3M9FA 5P84A 1APTE 3TKGA 3O9GA 2ER0E 3ZKQA 3HBOA 1XL5A 5P4MA 5P81A 2I4UA 4RVJA 5P71A 5P1NA 1ODXA 3T6IA 5P5TA 3LZVA 5P3ZA 1HXWA 3SKGA 2G20A 1CZIE 4K4RA 3RU1A 3APRE 5P6BA 6APRE 2PK5A 5P3NA 3T7XA 2RKFA 4BFDA 4H3FA 4Y3PA 5OZOA 1HPOA 2CEJA 4FAEA 5P60A 4PPHA 5P7BA 2QP8A 5P34A 5P5RA 2I4XA 1HIVA 4YBFA 2WF0A 5P55A 4RCEA 3MWSA 2AQUA 5P1OA 5KQFA 1IZHA 1F34A 3WZ7A 2VA6A 3URJA 2ZE1A 4HVPA 3LZUA 4EQJA 4DUSA 5JG1A 2HB3A 1K6PA 3PCWA 5P4QA 2QMFA 3NYGA 4Y56A 4Y9WA 5P82A 5OYVA 4M8YA 5OYUA 4DJUA 1WBMA 5P5IA 1HIIA 3EL9A 5P8LA 3URLA 4D85A 4B1DA 2A4FA 1META 2HB4A 3DUYA 2P3DA 5P3AA 5P06A 4QGIA 5P4LA 1BV9A 3VFBA 5P3CA 5ENKA 3EKWA 1ZPKA 1KJGA 4LXKA 5OZ9A 2AVSA 5IVRA 2NXMA 2QHCA 4TRZA 3OU1A 1K1TA 3R0WA 5P49A 4EP3A 4CPTA 3NWQA 4CPQA 4TRWA 1C70A 4DPIA 3UFNA 5OZ5A 3D1ZA 3BC4A 1ER8E 3CYXA 2R3WA 5AGZA 5P2OA 5P0EA 3VF5A 3OUCA 2AOEA 1B11A 2JYSA 4D83A 1W5VA 3O9AA 2P3BB 4I0GA 4J0PA 3KF0A 4B70A 3PCZA 1ME6A 3IXKA 3BUHA 5P4WA 3HAWA 5P70A 4J55A 3OQKA 4I10A 1FG6C 4L7HA 1B6LA 4Y5NA 5IE1A 1B6MA 4GJAA 1D4YA 5P86A 5COPA 5P5UA 2PWRA 2ZJIA 1ZBGA 3OHFA 3GI0A 3BGBA 2ANLA 5P1AA 2ASIA 5P6MA 2QAKA 2RSPA 3SM1A 5P88A 5OZXA 5P75A 3VFAA 1BDLA 3S53A 2V10C 5DR1A 4Y5EA 4FRSA 5P6YA 4FM7A 4PZXA 2QI6A 1E81E 3OUAA 1ZJ7A 5OZKA 2V11C 2PC0A 4B72A 4HA5A 1YX9A 5OZVA 5KOSA 4H3JA 2R5QA 5P0YA 1HTRB 5P0CA 1DPJA 5P2GA 4Y3LA 3ZKSA 5OZNA 4Y3FA 4PZWA 3IXJA 3OY4A 1IVPA 1HEFE 5DR7A 5OZHA 3SA8A 4Y44A 1EPPE 5P57A 3SLZA 1MT8A 3GGXA 1EBZA 1MEUA 3HVGA 3JW2A 5F00A 1D4SA 5P1CA 3OADA 5AHCA 5AH8A 1FMBA 3HDKA 3NU9A 1HSHA 3SABA 1NPVA 5P7EA 4LL3A 1HVIA 5P0BA 4CPUA 3ER5E 4I0ZA 4YCYA 4MC2A 4OBGA 2ZHVA 3LIVA 3CYWA 5P4DA 4XXSA 1HBVA 2IKOA 1HVCA 3URIA 5HE7A 5DPZA 2P3BA 5P3FA 1LYAB 1YM4A 1K2BA 4J5JA 1A94A 5P66A 2V12C 3CKPA 4Y48A 1PPKE 4ACXA 4FSLA 1E80E 4RROA 3KM4A 3GGVA 2BQVA 2FS4A 5P65A 2VS2A 4PYVA 4Y3GA 5OZ3A 3HZCA 4ZPFA 5P2ZA 2O4PA 4OBFA 4ZSQA 3FV3A 5P5MA 4RYGA 2G21A 4J1HA 1TZSA 4KB9A 4Y3EA 2RMPA 2BPVA 4R92A 1DIFA 5HE4A 5P4SA 3S2OA 5SY2A 4APRE 1EPRE 5KQZA 2H6TA 3I6OA 4JP9A 2Q5KA 4JPCA 4X2LA 1T3RA 1A8GA 5SZ9A 2OAHA 1VIKA 5P72A 4Y4UA 4N00A 5P19A 1MERA 5KOQA 4JECA 3CMSA 1Z1HA 4J1EA 3RSXA 2QNPA 5P4UA 4RRSA 2WKZA 2F81A 5B18A 3VSWA 5P0HA 1HVHA 1IZIA 1M4HA 3QBHA 4R91A 4NKKA 4J1CA 3EC0A 3QS1A 1NPAA 5P7XA 3DV5A 2G22A 5P6OA 2ER6E 3UDKA 4TRYA 4U7VA 5P4YA 2VJ6A 4Q1XA 3KFPA 4Q1WA 1IIQA 3BRAA 4U8WA 5P1MA 5DR0A 4Y4DA 5HCOA 1HOSA 4Y3NA 3BVAA 5P40A 5P7UA 5P0UA 5P4HA 2NNPA 4A4QA 1SIVA 1IZEA 3O9LB 3INFA 4GYEA 1BAIA 4COEA 5AH9A 4AUCA 5OZUA 1AXAA 2A1EA 1BV7A 1LF2A 1MIQA 2IRZA 1LF3A 4XKXA 2B60A 1EPNE 3QPJA 5SXNA 5P77A 1ZTZA 5P20A 4QJ7A 5P3MA 5P6DA 5P2LA 5KR8A 4GJCA 4Y47A 2QI5A 4OBHA 4Y4JA 5P79A 4ZIPA 5P8RA 2Q3KA 3K5GA 1EC2A 3LPJA 5P2WA 5P1KA 3ZKMA 1DW6C 3SQFA 4HEGA 3S7LA 4DFGA 5DQ4A 2NMYA 3GI5A 4DJPA 5OZPA 5P1LA 1BDRA 3Q6YA 4TVGA 1SMEA 4KE0A 3OUDA 1EBYA 5P0JA 5P1PA 2QI1A 3PB5A 3O9DA 5P4GA 2BJUA 5OZJA 2R8NA 4MC1A 4R93A 4DQHA 3KFRA 2V0ZC 2Z54A 3PJ6A 5P8VA 4HZTA 4MC6A 2ZHTA 5P08A 3FNTA 5P1SA 4Y37A 4CPSA 4Q1NA 5P1XA 4TVHA 1HPXA 3UDPA 5P44A 5BRYA 1LS5A 2IQGA 4YOAA 1XE6A 2PH8A 4QJ9A 1W6HA 1HHPA 3LNKA 3EKYA 2OHSA 5P53A 4YD7A 4Y3QA 4FS4A 1LYBB 5P00A 3UHLA 3OQAA 2QI3A 4YCKA 2SAMA 2OF0A 1XN2A 3PM4A 3OWNA 3ECGA 2AOCA 3LPIA 5P2HA 5P4VA 4HDFA 5KR1A 5OZTA 3BHEA 2NMZA 4I0JA 2V16C 5P26A 5P3YA 1BVGA 3IA9A 1HVSA 4YBIA 5TOLA 5P0WA 1LYWB 4Y3ZA 5P2IA 1D4IA 2AVOA 5OYWA 4Y54A 4FRIA 1W50A 2FXDA 5P8UA 5P83A 3OXXA 5I3XA 3LINA 1GNMA 1GVVA 2PK6A 5P29A 5P3TA 4DQFA 1HSGA 5P2KA 2ZJHA 4OD9B 4ZE6A 3O9IA 1C6XA 1TSUA 5P3LA 5KR0A 4GJ6A 3L5CA 4Y5PA 1HWRA 3WZ8A 4FRKA 4B0QA 1XS7D 4BEKA 3EM6A 5P10A 3APPA 2UXZA 3OXCA 2J9JA 5HCTA 3NDWA 3KDBA 5P3XA 1EC0A 5P68A 5J25A 3INHA 4QJ6A 1C6YA 1RL8A 2AOHA 1XL2A 1ODYA 2VIJA 5P6VA 2FGVA 4RGHA 4B1EA 4YDGA 5P2EA 3NLSA 3Q70A 5P8FA 2G1RA 5P7NA 1YG9A 3UQRA 1ZSRA 5P7AA 3R0YA 3PHVA 5P2SA 3D91A 2XYEA 5P4CA 1ENTE 3GGUA 1B5FB 3D1XA 1LYBA 4RCDA 1XN3A 1J71A 2OHRA 1D4HA 5OYYA 2IGYA 2VKMA 3PWWA 4ZPEA 1KJ4A 3PLLA 3DCKA 3UQUA 5OZEA 1TCWA 5OZYA 1RQ9A 4B78A 2JXRA 5P7CA 2HIZA 4J1FA 3INEA 5P5ZA 3K5CA 3LIQA 4KE1A 4EHCA 2B7FA 2O4LA 5P7YA 3UTLA 1G0VA 3FSMA 4J0VA 1FFFC 5HDVA 2Z4OA 4Y4TA 5OZ1A 2AOGA 1K6VA 4OBDA 3OOZA 2G1YA 4F75A 4EQ0A 2FDDA 5P1TA 3NUOA 5OZQA 2R38A 3SA4A 1SDTA 2AZCA 3QIHA 5P2FA 4DQCA 1SGUA 4A6BA 3QRSA 5P24A 4ER4E 1HVJA 4B00A 1FIVA 5IVQA 5P42A 2WF3A 1FG8C 1BILA 5P3IA 3ZKIA 5P89A 2QMDA 4QJ8A 3LZYA 1PSNA 1GVUA 1EPQE 2HM1A 2IS0A 1GVTA 4I0DA 5P1QA 3BXRA 5P7SA 5P51A 3TOHA 5I3WA 3OQFA 4OC6B 1GVWA 3BVBA 4Y57A 2BPXA 3UQWA 3L5BA 5P38A 3O9EA 1PROA 2VJ9A 4FGXA 4Y5GA 3R4BA 3RTHA 5P8MA 5P8DA 5P0PA 4Y5KA 4Y3TA 3IVHA 2V00A 5P6FA 1GNNA 3AIDA 2APRA 4GMIA 1TCXA 4WY6A 3LPKA 4YD5A 5P5HA 3U6AA 3QAAA 3QI1A 5ENMA 4E43A 3RVIA 1AM5A 4YCTA 5P5DA 4Y53A 2FNSA 2CEMA 3PWMA 5OZWA 3IN3A 5P4JA 5P7MA 2HS1A 3K4VA 3GI4A 2O4SA 1BXOA 3TTPA 4OBJA 4K9HA 3SKFA 1AZ5A 3HLOA 5P6HA 5JODA 5OYSA 5KAOA 5P0QA 2IGXA 5P4FA 3UQXA 5P8TA 5IVTA 2PWCA 1PPME 5P3OA 3Q3TA 2P3AA 5P5FA 1BWBA 1GVXA 3TPRA 3DJKA 1GKTA 3B7VA 1SMRA 3IVIA 2OHTA 3KN0A 4L7GA 3F9QA 5P7GA 1NPWA 5P8KA 2HB2A 3FNSA 3UFLA 1T7KA 3LITA 3QVIA 2WEDA 3UDMA 3WB4A 4NJSA 2J9KA 5P18A 2G27A 2V13A 3VYFA 2R43A 1YT9A 2I1AA 5HDZA 1FFIC 5P1BA 5E5KA 5P3SA 1B6JA 1SBGA 3RTMA 5P09A 3EKXA 2PYNA 4YE3A 3PLDA 1FQXA 1A30A 1G35A 2B42A 4A6CA 4QJ2A 2OHQA 5OZ6A 3OAGB 5HU1A 1AJXA 3VEUA 1HTGA 5P32A 3L5EA 1B6KA 5P8OA 2QU3A 5P8AA 3K5DA 1UH7A 3RSVA 5P02A 1K1UA 5FIVA 2BKTA 4R8YA 5P59A 5P2RA 4FM6A 5P8SA 4ZEAA 3VF3A 5SY3A 5P5WA 4MC9A 3ST5A 4R95A 5P36A 5P56A 1TSQA 5P7WA 3TOFA 5P5QA 3OXWA 5OZGA 1WKRA 1FKNA 5P4RA 4EJ8A 1UH9A 1YM2A 5P16A 4OBZB 1IDBA 3ZMGA 4ER2E 1ZSFA 3T7PA 1RPIA 4Z50A 3KFNA 4I8ZA 3OQ7A 4GJDA 5P4KA 4F76A 1ZP8A 2PH6A 5P37A 5P4ZA 1M43A 3UDNA 4LP9A 4DQBA 4J1IA 5P17A 1T7JA 1A9MA 1HXBA 3H0BA 3NWXA 1T6EX 2PYMA 2I4WA 4LC7A 4Y3YA 1T7IA 5P3PA 3TNEA 2BBBA 2WJOA 5P74A 5P76A 3IGBA 1K6TA 4EXGA 4LBTA 2WEAA 2JE4A 2RENA 3D1YA 4Y39A 3CIDA 1EC1A 5P6RA 2PSGA 4FCOA 5DQ1A 2FDEA 2VNMA 4ZSRA 1W5YA 3DCRA 4JOOA 1HVRA 5P6LA 5HU0A 3PBDA 5P7DA 5P8QA 5EZXA 1HVLA 2QZWA 2AZBA 3KMXA 5P33A 3I25A 1FF0C 3FX5A 3AUPA 5P46A 4FM8A 5P4EA 5P0MA 2WL0A 3EL4A 5P8BA 2Q11A 4Y3SA 1QDMA 5OYQA 2FNTA 1W6IA 3DK1A 4FE6A 3OQDA 3S8IA 4YOBA 5P6WA 4CPRA 5DQ5A 4AZYA 1BDQA 2UY0A 4I0FA 4EPJA 2F3KA 5P7RA 5DR3A 3L5FA 3FNUA 3ZKXA 3QRMA 5DR8A 3PRSA 1LYAA 5F01A 5HE5A 2AOJA 3T7QA 3K5FA 1APWE 5AHAA 3N4LA 2AOFA 4LXAA 3NU4A 3CIBA 4ER1E 4F73A 4Y4XA 3TL9A 2O4NA 3ZKNA 3SA9A 5OZ8A 4EJKA 2HPFA 3QRVA 1YTIA 3PGIA 4Y3WA 1HPSA 4X7IA 5OZ4A 4I8WA 5P6JA 5P67A 3SA3A 5P7TA 5P0GA 3NDUA 5P54A 5P87A 2ZHUA 2P83A 3UDQA 2FIVA 1E82E 3TKWA 2G1OA 5DQCA 1MT7A 3FKTA 3L38A 3L58A 1W5XA 2B8LA 2PSVA 3EKPA 2G69A 2QZXA 5ISKA 1MSNA 2XFIA 2OHUA 5P5EA 2NNKA 2WF1A 3HW1A 4YA8A 5E5JA 3OOTA 3TOGA 3PI5A 4H3IA 4CPXA 3KDCA 4Y45A 2QZLA 3VV8A 2UPJA 3HD8A 1QRPE 4CP7A 3VYDA 5P6NA 4QLHA 4BFBA 2P8HA 3ZPSA 5DGUA 4Z4XA 3SA5A 2B8VA 4B05A 5P0OA 5P5XA 1ODWA 3G6ZA 4J1KA 5P0IA 5I3VA 2G1NA 3BUFA 1EBWA 4HDPA 4DJOA 3T11A 3D20A 5C9BA 3I2LA 1OEXA 2QCIA 1ZPAA 2F3EA 3GGAA 4GJBA 5P5PA 3EKQA 7HVPA 1TQFA 2FLEA 5OZIA 5P0SA 4CKUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q5H A;  3DV1 A;  5OZ0 A;  4RVI A;  5OZC A;  5P1F A;  1APU E;  5OYZ A;  3JVW A;  2JJJ A;  3VV6 A;  3TPJ A;  1BXQ A;  5P6I A;  5P6X A;  5P1Z A;  2G1S A;  5P2U A;  5P2B A;  3T3C A;  3NDX A;  3ER3 E;  3A2O A;  3OU1 B;  2PQZ A;  5P0K A;  5P31 A;  3OUB A;  1YTH A;  5OZS A;  2BB9 A;  1PSO E;  2O4K A;  3EKT A;  2QHY A;  3QRO A;  4Y51 A;  5HTZ A;  1W5W A;  2ER9 E;  1Z8C A;  2XYF A;  1EAG A;  5P2Y A;  4GID A;  2IL2 A;  2QD7 A;  3ZPT A;  3M9F A;  5P84 A;  1APT E;  3TKG A;  3O9G A;  2ER0 E;  3ZKQ A;  3HBO A;  1XL5 A;  5P4M A;  5P81 A;  2I4U A;  4RVJ A;  5P71 A;  5P1N A;  1ODX A;  3T6I A;  5P5T A;  3LZV A;  5P3Z A;  1HXW A;  3SKG A;  2G20 A;  1CZI E;  4K4R A;  3RU1 A;  3APR E;  5P6B A;  6APR E;  2PK5 A;  5P3N A;  3T7X A;  2RKF A;  4BFD A;  4H3F A;  4Y3P A;  5OZO A;  1HPO A;  2CEJ A;  4FAE A;  5P60 A;  4PPH A;  5P7B A;  2QP8 A;  5P34 A;  5P5R A;  2I4X A;  1HIV A;  4YBF A;  2WF0 A;  5P55 A;  4RCE A;  3MWS A;  2AQU A;  5P1O A;  5KQF A;  1IZH A;  1F34 A;  3WZ7 A;  2VA6 A;  3URJ A;  2ZE1 A;  4HVP A;  3LZU A; 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 3PLL A;  3DCK A;  3UQU A;  5OZE A;  1TCW A;  5OZY A;  1RQ9 A;  4B78 A;  2JXR A;  5P7C A;  2HIZ A;  4J1F A;  3INE A;  5P5Z A;  3K5C A;  3LIQ A;  4KE1 A;  4EHC A;  2B7F A;  2O4L A;  5P7Y A;  3UTL A;  1G0V A;  3FSM A;  4J0V A;  1FFF C;  5HDV A;  2Z4O A;  4Y4T A;  5OZ1 A;  2AOG A;  1K6V A;  4OBD A;  3OOZ A;  2G1Y A;  4F75 A;  4EQ0 A;  2FDD A;  5P1T A;  3NUO A;  5OZQ A;  2R38 A;  3SA4 A;  1SDT A;  2AZC A;  3QIH A;  5P2F A;  4DQC A;  1SGU A;  4A6B A;  3QRS A;  5P24 A;  4ER4 E;  1HVJ A;  4B00 A;  1FIV A;  5IVQ A;  5P42 A;  2WF3 A;  1FG8 C;  1BIL A;  5P3I A;  3ZKI A;  5P89 A;  2QMD A;  4QJ8 A;  3LZY A;  1PSN A;  1GVU A;  1EPQ E;  2HM1 A;  2IS0 A;  1GVT A;  4I0D A;  5P1Q A;  3BXR A;  5P7S A;  5P51 A;  3TOH A;  5I3W A;  3OQF A;  4OC6 B;  1GVW A;  3BVB A;  4Y57 A;  2BPX A;  3UQW A;  3L5B A;  5P38 A;  3O9E A;  1PRO A;  2VJ9 A;  4FGX A;  4Y5G A;  3R4B A;  3RTH A;  5P8M A;  5P8D A;  5P0P A;  4Y5K A;  4Y3T A;  3IVH A;  2V00 A;  5P6F A;  1GNN A;  3AID A;  2APR A;  4GMI A;  1TCX A;  4WY6 A;  3LPK A;  4YD5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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