1TCWA

Siv protease complexed with inhibitor sb203386
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWRRPVVTAHIEGQPVEVLLDTGADDSIVTGIELGPHYTPKIVGGIGGFINTKEYKNVKIEVLGKRIKGTIMTGDTPINIFGRNLLTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Human immunodeficiency virus protease ligand specificity conferred by residues outside of the active site cavity.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Simian immunodeficiency virus
molecule keywords SIV PROTEASE
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-06-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tcwA00
5P8IA 5P32A 2QMGA 5P8MA 2J9JA 2FLEA 2P83A 5P2XA 4GJ6A 5P01A 1QBUA 1MT8A 2NNKA 2RMPA 4R93A 1FIVA 2R5QA 5P52A 3K5CA 5P6OA 5P63A 5P5CA 5PEPA 2FNSA 4LXKA 1CZIE 1DAZC 2VNMA 4DJWA 5P1JA 5P47A 3S43A 1KJ4A 3ZPSA 5P84A 3PGIA 5P2FA 2QZWA 5P1BA 3QRSA 5P3CA 2CENA 5P66A 5ER2E 4FLGA 5P5PA 2ZHSA 4DV9A 4RCDA 4ACUA 5P7ZA 3OU4B 5P6DA 3KFPA 4Y48A 2Q11A 4YD5A 2NMZA 4Y5BA 3NDTA 3EM3A 5P1OA 1WKRA 4Y5PA 5I3WA 4RYCA 2ZHVA 3PCWA 3EC0A 5P7WA 5P5MA 5P3SA 1K1UA 2XFIA 1T7IA 1EPNE 1DPJA 4PPHA 1M43A 2VJ9A 3O99A 3AIDA 5P64A 2G1NA 3EL0A 4RZ1A 1EBKC 5P49A 4U7VA 3VV7A 3NYGA 1FKNA 4FS4A 3TPRA 3O9CA 5B18A 1UH8A 2BBBA 3RTHA 3PVKA 5P2NA 5P74A 5P5AA 3LZUA 3VSXA 1WBKA 5OZRA 4OBZA 2OHMA 5P02A 3UDMA 5SXNA 1HVHA 4Y3XA 3EMYA 3PRSA 4I0GA 3UQXA 3VF3A 2ER0E 1MESA 1HIIA 3TPLA 1LF4A 4FE6A 1G2KA 5P8GA 1ZPKA 2FIVA 3LIQA 3NXNA 4R95A 5P44A 3T11A 5P5EA 1MVPA 3VSWA 5P2GA 3DV5A 4A6BA 5P17A 5OZ2A 4FCOA 2RSPA 3OQAA 2OAHA 1LS5A 2QP8A 3MSJA 5P7CA 3KN0A 3O9FA 4Y57A 4B1DA 4B70A 2OHUA 1GVXA 1HBVA 5P85A 4LL3A 5P3WA 5P6PA 4Y3DA 3LPIA 1J71A 3O9LB 4EWOA 1C6XA 5P19A 5P16A 4Y5CA 5P5SA 3EKVA 4Y3YA 3NDXA 4LXAA 3FKTA 4EXGA 3KMYA 3S54A 4BELA 5OYQA 4PEPA 3TNEA 4I0JA 1M0BA 5IVQA 3EKTA 5KQFA 1IDAA 1MSMA 1TQFA 4KB9A 5OZAA 1A30A 4GJBA 1HIHA 5P7DA 3TH9A 4X2LA 4DQHA 4EXHA 3EXOA 3F9QA 3K5DA 3QAAA 4Q5MA 1UPJA 4F74A 3PSYA 2JE4A 2FNTA 4Y4UA 2WEBA 4UPJA 3KDBA 5ISKA 5OYSA 5P6RA 1LYBA 4Y4BA 3EKXA 4Y3JA 1BWAA 4U8WA 2VKMA 3CYXA 4YHQA 3OU3A 3B80A 4M8XA 2VIYA 2NXMA 2AOJA 3RTMA 3UFLA 5P24A 2BPXA 5P68A 4XXSA 3BGCA 2ZGAA 1BIMA 3I2LA 3PWRA 3Q5HA 4AA8A 1YX9A 2HS1A 3QBHA 1IZEA 1XDHA 1XL5A 3OUCA 2PSGA 2A4FA 1G35A 1B6JA 1AZ5A 3PCZA 3R0WA 2QMDA 3IN4A 5P5RA 2B8VA 5OZ7A 5P2YA 5P1QA 5P4LA 5P8DA 3FV3A 5P1AA 4F76A 5P0XA 5P6TA 4I0FA 5CLMA 2I4UA 1EAGA 2BPZA 3EL9A 4J0ZA 4I8ZA 1DW6C 6APRE 3KA2A 2QK5A 3I8WA 3NDUA 4EP2A 4GJ7A 4L7JA 5HVPA 5P7XA 3EM6A 3URJA 3PMYA 3TOFA 1E82E 4YE3A 1EPOE 5HDVA 1LEEA 5P11A 2AIDA 5P70A 5OZIA 2P4JA 1LYAA 3U71A 3SPKA 4YD3A 3S56A 1MTBA 1D4IA 5P2KA 1META 5IE1A 4S1GA 5P3IA 4Y4AA 4NJVA 5P3LA 1MUIA 5P5DA 5P2IA 3S53A 2BKTA 5FIVA 4FRKA 3VV6A 4CPUA 1HVIA 3KT2A 3SACA 4FRJA 4FRSA 4R92A 5P2WA 3SABA 5BWYA 1APUE 5P60A 5P51A 4Y44A 3GW5A 4Y37A 2FDEA 3R2FA 2VA6A 6FIVA 5J25A 4I8WA 5EZZA 3QBFA 3BUFA 4GZFA 4QJ9A 9HVPA 5P1WA 1AIDA 3WZ6A 4Y3WA 4YD4A 2I4XA 5P82A 2PK6A 2G20A 3UFNA 3ZKGA 3FNUA 4FSEA 4NJTA 2HPEA 3OUDB 4Y51A 5P5LA 3R0YA 5P4ZA 5P0HA 4KUPA 5P23A 1QS8A 5P5OA 2QAKA 3KYRA 1ZJ7A 2AZ8A 4HEGA 3KM4A 5P6IA 5P86A 3HLOA 4XX4A 3UQUA 4YA8A 1HXWA 5I70A 3DM6A 5I3XA 5OZKA 3UDKA 4ZPGA 5P0GA 2P3BA 1OEXA 5P2BA 2Q55A 5DQ5A 4IVTA 1IVPA 3IXJA 2F8GA 2IGYA 1GKTA 5JFPA 4K9HA 5P1MA 4D88A 2R5PA 2R3WA 3INHA 1KJGA 5OZUA 2OHQA 3GGUA 4ZSPA 2HAHA 5P7AA 1K2CA 5P0RA 2NMYA 2HM1A 2PWRA 2Q63A 3QPJA 4Y3PA 4YOBA 5P4PA 5COKA 5P6QA 4AMTA 4J0PA 3G72A 2HPFA 4QJ2A 3NWQA 3IA9A 1D4LA 3OTYA 3PI0A 3UDQA 2QU2A 2ZJKA 3UDRA 1E5OE 3QN8A 5P3NA 3FSMA 3VFBA 2I4VA 4OBFA 2G24A 3K4VC 5IS4A 2PH8A 3SFCA 1XE5A 3NU5A 1ENTE 2F81A 4GJDA 4DJPA 5P3GA 1BV9A 5P4UA 4GJ8A 4Y5AA 3DOXA 5OZGA 4I0EA 1T6EX 5P3HA 4LAPA 2P3BB 4HDBA 5KOQA 5P80A 3IVIA 1W5VA 4RRSA 5HCOA 5P1DA 5UPJA 1ME6A 3Q4BA 4PYVA 4LC7A 2ZDZA 5P8KA 3NXEA 2BPWA 5P1XA 5P3RA 5OZSA 2QI0A 5P3ZA 4I10A 4Y3ZA 1Q9PA 2IGXA 3SA3A 1TSQA 1AM5A 4Y56A 3MSLA 3VG1A 5P6WA 2BJUA 3SM2A 3OQKA 4XX3A 3ZOVA 2V16C 3QP0A 4CP7A 3OTSA 3JW2A 5OZ1A 5P2EA 5P4WA 5P12A 2G1SA 3QS1A 2V11C 4YDFA 3UCBA 5HCTA 1WBMA 1KJHA 3RU1A 4RCEA 4GYEA 3PWWA 5P6CA 4DJRA 1BAIA 1KZKA 4XKXA 5OZDA 2HC0A 5P8AA 2O4LA 3IGBA 4Y3MA 2FGUA 2AVMA 3INFA 5P5BA 4Z2ZA 5P4OA 5DR0A 5P1LA 2R43A 2SAMA 4Y3NA 5P5VA 4FRIA 1EC0A 2AOIA 4I12A 3DCKA 4YD7A 5OYVA 5C9DA 2R38A 5P6AA 5P41A 5P7VA 2FXEA 3L5FA 5APRE 5P6MA 1W5WA 2P8HA 5P4MA 1NH0A 4I0HA 2IKUA 4DQCA 3LNKA 1YT9A 3N4LA 2IRZA 4I0DA 1HXBA 4Y4GA 4Z4XA 4E43A 5OYRA 4Y3GA 5P27A 2B7FA 3MWSA 3NR6A 5P87A 5P8LA 3VYEA 3VLAA 2BB9A 2BKSA 1K2BA 5P06A 5TOLA 2HB3A 3BXRA 4AA9A 3LIXA 2ER9E 4RROA 2OHNA 3INEA 5HDXA 3G6ZA 5DR8A 5SY3A 4TRYA 1A8GA 4Y4WA 2V0ZC 3G70A 5P4FA 4J1HA 5P22A 4FM7A 3Q3TA 5P7KA 3INDA 5P67A 3O9LA 1K6CA 4COEA 3TLHA 5P1UA 5KOSA 3R1GB 3MXEA 2I0DA 3D3TA 3PI5A 2QI3A 2R3TA 5P3KA 4Y3QA 5P09A 1IBQA 2VA5A 5P78A 4D83A 4FIVA 1HEGE 5P2DA 3OHHA 3PSGA 1BVEA 1MSNA 3NUOA 2ER6E 5P7PA 5OYWA 5AH7A 2XFJA 5P71A 4FSLA 5P3UA 4Y45A 3VYDA 3KT5A 5P26A 3BRAA 3DJKA 3K5FA 4Y43A 1IVQA 5P77A 3T3CA 5I3YA 1GNMA 4Q1NA 1HPXA 4GB2A 3QI1A 5P58A 5P4GA 5P2QA 4OD9A 5P1EA 3HVGA 4CPWA 4D8CA 4F75A 2HB2A 5P2TA 2JXRA 2P3CA 4HDFA 2IQGA 1FMUA 3WZ8A 4Q1YA 1OHRA 5JFUA 5P2LA 4J0VA 3CKPA 5P72A 5CONA 5DPZA 5P8JA 2QI6A 3FIVA 5P7UA 1APVE 3NUJA 5P7EA 4DJVA 5P69A 2QI4A 5P2JA 3NDWA 5P25A 3L3AA 1GNOA 4B72A 5P88A 5P3OA 2QI5A 5OZMA 3GGXA 5P0KA 1M4HA 4D85A 5OZPA 1LF3A 4Y41A 1HVCA 4CPQA 3IXKA 1VIKA 4QJ8A 1LYWB 5OYXA 2QHCA 1FMBA 1SGUA 2WKZA 1BDQA 1NSOA 5P0EA 2IL2A 4L6BA 3T7XA 3PMUA 2QI1A 1KJ7A 3S7MA 4FAEA 5P4EA 2A1EA 2JYSA 3NU9A 2OHTA 4R91A 5P36A 4GJ5A 3UQPA 5P34A 5OYZA 2O4KA 4YBIA 3EBZA 3OOZA 5P1NA 1PSAA 3URLA 4RLDA 2QD6A 1TSUA 3L58A 1SMEA 4NPUA 4OD9B 3SQFA 4H3FA 5AH8A 5P8UA 1W6HA 4HA5A 5P20A 4GIDA 4L1AB 5T4SA 4Y3AA 3ZKNA 3EKYA 2Q64A 5DQCA 3UDYA 5P35A 4BFBA 5OZEA 2Q15A 5OZ0A 2UY0A 4CKUA 4YCKA 5P1CA 2ZJLA 5P2VA 3K5GA 4Y4XA 4IVSA 5OZHA 4ZEAA 4EHCA 5DR3A 1BDRA 3U6AA 5DR7A 1EPPE 3CICA 3QROA 2ZHTA 1AAQA 4J5JA 4I1CA 3BUHA 5P7RA 4DVFA 4K4QA 5P1PA 3LINA 1C6YA 3O9DA 3BC4A 3PSUA 5OZZA 2IEOA 4Y50A 5P4DA 3NLSA 4Y4ZA 3LPKA 2ASIA 3OOTA 5P7IA 5P8EA 2XYEA 2R9BA 5P4IA 3UDJA 3PM4A 4ZLSA 5P55A 5HE7A 5P8HA 5P81A 2G1RA 5P5NA 5P03A 5P8FA 2PMAA 4Y5EA 5P1GA 5P4VA 3BVBA 1G6LA 1BXQA 4M8YA 3S8IA 3T6IA 1ODXA 4Y3FA 1T3RA 4B0QA 3PLDA 3NU6A 5P1TA 3OUDA 2G22A 5HU1A 1FB7A 3NWXA 4J54A 4TVHA 4D89A 1U8GA 3L5EA 2UXZA 5P6KA 5BS4A 2FGVA 3ER3E 3AUPA 1ZP8A 3OHFA 3CKTA 3L59A 1Z1RA 4Y5KA 3WB5A 5P2CA 5P0BA 5P3MA 3ER5E 1MRXA 1T7KA 3NU4A 5OZFA 5P6EA 4PZXA 3ZKIA 1BVGA 4FM6A 4Y4EA 5C9BA 2Q5KA 5P0LA 2AOFA 4LBTA 6UPJA 5P53A 2VS2A 1KJFA 5P4AA 2NNPA 4FAFA 4L7GA 4A4QA 3EL4A 2FXDA 3CIBA 2QU3A 3OK9A 4L7HA 1RL8A 2F80A 2UPJA 3KFSA 4Y38A 4YOAA 5DQ1A 1B6LA 4K4RA 2PSVA 1SDVA 1ODYA 5P0JA 3EKPA 5P56A 3TOGA 1MPPA 1HVJA 4EJDA 5P4CA 5P5IA 3UQWA 5P1KA 3WB4A 2FMBA 3H0BA 3SO9A 5IVSA 3PWMA 5P38A 4QLHA 2QNNA 3JVWA 1HHPA 4J1FA 3IVHA 5OZ6A 3RSVA 2QNPA 1FQ4A 3OXCA 4GJ9A 5P7LA 2JJIA 3URIA 3LPJA 5P5HA 5KR0A 1E81E 2EWYA 3SA8A 3TTPA 1NPVA 3D1YA 3SKGA 4Y5MA 3EL1A 1XE6A 5P7TA 2PK5A 5P76A 3HAWA 5P3YA 5P1VA 5P3VA 5P0PA 4GMIA 1K1TA 1HOSA 1Z1HA 2PWCA 5P6HA 1RQ9A 4GJCA 2ZE1A 1D4YA 4DUSA 5P62A 2P3AA 5P65A 2NXDA 1FG8C 3T7QA 3LITA 1YTHA 5P7YA 1HSGA 2G69A 5P6VA 5P8RA 5P57A 3BXSA 5P05A 1LZQA 1SP5A 3L38A 4U7QA 2B60A 4J1IA 1DIFA 2AVSA 5E5JA 3UDHA 5P3EA 2AQUA 5P0OA 4AUCA 3O9EA 4PHVA 4EJLA 5P6XA 1XN3A 1PPKE 3T7PA 3L5BA 5P4JA 4OC6B 3SA9A 5P0ZA 1Z8CA 2F3KA 4JPCA 5OYTA 3NU3A 4J1KA 3ST5A 5KQZA 2RKGA 2WEZA 3RSXA 1OEWA 1NPAA 3D91A 4Y6MA 1HEFE 5IVRA 1FQ7A 4Y4DA 3KDCA 2PYMA 2WECA 5ENKA 2NPHA 3SA4A 5P4YA 5P45A 1W5XA 5I3VA 1PPLE 3VF7A 3OU1B 3IXOA 2NR6A 4CMSA 3APRE 3PEPA 2BPYA 5COPA 2VJ6A 5OZQA 1BWBA 2I4WA 3ZKSA 3OUBA 3HAUA 5P0QA 4YD6A 5P4NA 4DJQA 5P5KA 3BGBA 2PSUA 1D4HA 1T6GA 5P4BA 1F34A 5P48A 5ENMA 2QNQA 2AODA 2HIZA 2G27A 5KAOA 4J17A 5P7FA 1MERA 3OADB 1GVTA 2B42A 1LV1A 1FFIC 3OWNA 5OZNA 3OXXA 4Q1XA 5P4XA 3GGAA 4DFGA 3NSHA 2IS0A 5P79A 3OAGB 5DGWA 5P4SA 1TCXA 4ZPEA 3D1XA 5P6NA 3IAWA 4N00A 3TOHA 5P0TA 3ZL7A 1HVLA 4EQJA 1F7AA 1SDTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8I A;  5P32 A;  2QMG A;  5P8M A;  2J9J A;  2FLE A;  2P83 A;  5P2X A;  4GJ6 A;  5P01 A;  1QBU A;  1MT8 A;  2NNK A;  2RMP A;  4R93 A;  1FIV A;  2R5Q A;  5P52 A;  3K5C A;  5P6O A;  5P63 A;  5P5C A;  5PEP A;  2FNS A;  4LXK A;  1CZI E;  1DAZ C;  2VNM A;  4DJW A;  5P1J A;  5P47 A;  3S43 A;  1KJ4 A;  3ZPS A;  5P84 A;  3PGI A;  5P2F A;  2QZW A;  5P1B A;  3QRS A;  5P3C A;  2CEN A;  5P66 A;  5ER2 E;  4FLG A;  5P5P A;  2ZHS A;  4DV9 A;  4RCD A;  4ACU A;  5P7Z A;  3OU4 B;  5P6D A;  3KFP A;  4Y48 A;  2Q11 A;  4YD5 A;  2NMZ A;  4Y5B A;  3NDT A;  3EM3 A;  5P1O A;  1WKR A;  4Y5P A;  5I3W A;  4RYC A;  2ZHV A;  3PCW A;  3EC0 A;  5P7W A;  5P5M A;  5P3S A;  1K1U A;  2XFI A;  1T7I A;  1EPN E;  1DPJ A;  4PPH A;  1M43 A;  2VJ9 A;  3O99 A;  3AID A;  5P64 A;  2G1N A;  3EL0 A;  4RZ1 A;  1EBK C;  5P49 A;  4U7V A;  3VV7 A;  3NYG A;  1FKN A;  4FS4 A;  3TPR A;  3O9C A;  5B18 A;  1UH8 A;  2BBB A;  3RTH A;  3PVK A;  5P2N A;  5P74 A;  5P5A A;  3LZU A;  3VSX A;  1WBK A;  5OZR A;  4OBZ A;  2OHM A;  5P02 A;  3UDM A;  5SXN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LYB B;  1K6V A;  5P2Z A;  1GVW A;  2AOG A;  5COO A;  4NJS A;  3HDK A;  4I0Z A;  5OZT A;  2AOH A;  1ZSR A;  5DR1 A;  1RNE A;  5P59 A;  4ZSM A;  2REN A;  4HVP A;  2V12 C;  4Y58 A;  1HIV A;  5P8V A;  1K6P A;  4NJU A;  4OC6 A;  3ECG A;  3PBD A;  2ER7 E;  1HRN A;  1E80 E;  4OBJ A;  2B7Z A;  4RVJ A;  4I11 A;  4MC9 A;  3LZS A;  4B1E A;  1C70 A;  2XFK A;  5P2U A;  3HW1 A;  1QDM A;  3UHL A;  2QD8 A;  3D1Z A;  5P37 A;  4ACX A;  4Y4J A;  3PLL A;  4H3G A;  5P3X A;  1SMR A;  4HLA A;  1EPL E;  2QZX A;  3CKR A;  2I4Q A;  4NPT A;  3VF5 A;  1YTI A;  5P3J A;  3OU1 A;  4WTU A;  5HE4 A;  5P7Q A;  5P1Y A;  3OQD A;  4LHH A;  3OXV A;  1EED P;  4K4P A;  1BV7 A;  5SY2 A;  5P0I A;  1HSH A;  4Y3R A;  1XN2 A;  1N49 A;  5P4T A;  5P3Q A;  2ZJM A;  2FDP A;  5P8O A;  2QMF A;  1GVV A;  4EP3 A;  2VIE A;  4Y36 A;  4Y47 A;  4JEC A;  1YTG A;  1ZAP A;  5P40 A;  1LYA B;  1YM4 A;  3RVI A;  5OZ9 A;  3OAD A;  3DCR A;  2G94 A;  3TPJ A;  5AHB A;  4JOO A;  5OZX A;  1YG9 A;  5P29 A;  5EZX A;  1PRO A;  1B6K A;  3WSJ A;  5P15 A;  3GI6 A;  1QBS A;  3SA5 A;  5AH6 A;  3OAG A;  1PPM E;  1W50 A;  3BUG A;  3ZMG A;  5OZO A;  5HD0 A;  5P3A A;  2QD7 A;  4DJX A;  4J0Y A;  5P7B A;  1ER8 E;  4K8S A;  1EBZ A;  5F00 A;  5OZ4 A;  3S7L A;  1MIQ A;  2QHZ A;  3UDP A;  3I6O A;  4FGX A;  3I7E A;  4Y5G A;  4CPX A;  4Z22 A;  3JVY A;  4PZW A;  4RVX A;  2P3D A;  5OZJ A;  5P4R A;  1SH9 A;  5P2S A;  4Y3T A;  1AJV A;  5OYU A;  3FX5 A;  5P2M A;  2VNN A;  3PBZ A;  4WY6 A;  4X7I A;  3SM1 A;  3TPP A;  3O9G A;  4DH6 A;  2AOC A;  1TCW A;  3I25 A;  1EPM E;  3HZC A;  2V00 A;  2ZJN A;  1B6M A;  3O9I A;  4CPS A;  2J9K A;  2QZK A;  3LZV A;  1QBT A;  4TRW A;  1HPS A;  2QI7 A;  1IZI A;  2WL0 A;  5P0C A;  3QRV A;  1TZS A;  2OHL A;  4CPR A;  5P0Y A;  1PSO E;  1A8K A;  4B1C A;  1HWR A;  4J1E A;  5P0W A;  5P2H A;  4MC6 A;  3BVA A;  3MSK A;  3DK1 A;  5P5Q A;  1D4K A;  4Y5N A;  3S45 A;  5P13 A;  3K4V A;  4EPJ A;  5AHC A;  3CYW A;  3IN3 A;  4B00 A;  5P18 A;  5DGU A;  5HE5 A;  1HTE A;  5P8Q A;  1A9M A;  4GJA A;  1T7J A;  5P7N A;  3GGV A;  2QMP A;  5OZC A;  4Y3H A;  1HTR B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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