1TSQA

Crystal structure of ap2v substrate variant of nc-p1 decamer peptide in complex with v82a/d25n hiv-1 protease mutant
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for coevolution of a human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid-p1 cleavage site with a V82A drug-resistant mutation in viral protease
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pol polyprotein
molecule tags Hydrolase/viral protein
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tsqA00
3CYWA 5AHCA 3DCRA 4Y5BA 5P53A 1QRPE 2OHNA 3BUGA 1HPVA 3PI0A 3K5DA 3LIYA 1GVTA 3ER5E 5P0UA 2NMYA 5P8NA 4HVPA 3EXOA 2R9BA 4K4PA 1FF0C 4FM7A 3OAGA 3ECGA 5P8OA 3KDCA 5P0EA 5P3QA 5P2OA 5OZPA 2OF0A 4ACXA 4Q1WA 1AIDA 1GVUA 2ZHTA 2AZCA 1EAGA 3TPRA 4FAEA 5KOQA 1PSNA 3D91A 1EC1A 3LIZA 2BPYA 2FS4A 5ER1E 2V16C 4ZSQA 1W50A 3K1WA 1MPPA 3PWMA 1B6MA 5DQ2A 1PSOE 3OXCA 5P77A 4J0VA 2QD8A 1M4HA 1TCXA 2NNPA 3OAGB 5P23A 5P7TA 3UDQA 3LZSA 3T7QA 4RZ1A 4B77A 5P4DA 4XX4A 3EKXA 2HAHA 5P4JA 3AIDA 5KR8A 4QJ9A 2BKTA 3UDYA 1B5FA 5P87A 1IIQA 5P51A 2V0ZC 5KQYA 2VNMA 5OZ9A 4I0JA 2OHPA 5P7QA 5P7XA 1ODXA 5P8QA 5P12A 3G70A 5P4NA 1BAIA 4HEGA 2RKFA 3IN4A 2QHZA 5P31A 4EPJA 3LPJA 5E5JA 4DJXA 5P58A 1BDLA 1T3RA 5OZKA 5P1IA 2Q15A 1XE6A 4MC9A 1DIFA 2FIVA 1D4SA 5P5UA 1FKNA 4DUSA 1FQ8A 3PMYA 5P56A 4ER4E 5P3VA 4F75A 1NH0A 5HE7A 1EPPE 5COKA 3D3TA 5OZ0A 5ISJA 5T4SA 4DJYA 3WB5A 1ER8E 1ZSFA 1EPQE 5APRE 2QI0A 5P7RA 4JECA 4DPFA 2HB4A 5OZ5A 4CKUA 2O4PA 5P8HA 2J9KA 1MSMA 3HVGA 4RROA 2ZGAA 3QI1A 2Q63A 1D4HA 5P0VA 5F00A 5P15A 1ZJ7A 1N49A 3ZPSA 3BHEA 2Q64A 3NLSA 1Z1RA 3PLDA 3R0WA 1NPWA 2FLEA 3T11A 5P5OA 4OBHA 1OEWA 5IVSA 2PH6A 1LYWA 2PWCA 1FGCC 3KFRA 5P4ZA 4Y3YA 5P1JA 1FIVA 4R92A 3ZPUA 3QP0A 1E82E 5P0GA 1KJHA 3DCKA 4J17A 5P1TA 2VJ6A 4K9HA 2I4DA 5HCOA 5P1RA 2UY0A 2IEOA 1XS7D 4GJ8A 5P1OA 5P1YA 5P04A 5P1DA 5P2UA 3ZLQA 5P3OA 1EC2A 4OC6A 1FEJC 2WL0A 5P4QA 3PEPA 5P73A 2IS0A 4GJCA 4B1EA 1OD1A 2PC0A 4Y3ZA 4YCYA 3OUAA 3IXJA 3EM3A 4LBTA 3LPKA 5SXNA 3SKFA 3EMYA 3VLAA 1BWBA 2O4KA 2QZKA 5OYYA 2VA5A 1LYWB 5ENMA 3SO9A 1T6GA 1W5VA 3NU4A 4DVFA 5P8IA 4FRJA 2QZXA 2ZJJA 1GVXA 2R5PA 4I0IA 2VS2A 5P0HA 1FQ5A 3JVWA 1GKTA 5P8VA 5COPA 2IL2A 5DPZA 2G1YA 3UF3A 1DW6C 1U8GA 4KE0A 4OC6B 4CP7A 4WY1A 1D4JA 5P47A 5OZFA 2I0AA 1AXAA 5DR1A 5P22A 4LXAA 5P1LA 3M9FA 5P2QA 2G1OA 3PWRA 2AOGA 3RSVA 2NXDA 1IDAA 5OYRA 2BPZA 5AH6A 5P3FA 4Y4TA 5P2YA 4I8WA 1GNOA 5P4KA 5KAOA 3OU1B 1EC3A 5P4FA 5P7MA 4Y5PA 3MWSA 5P67A 4Q5MA 3S2OA 4J1HA 3NDXA 1HVIA 2R43A 5P2XA 4DQCA 4U7VA 3OY4A 4DQEA 3DJKA 3HLOA 5KOSA 1XN3A 3NUJA 5P1ZA 4LP9A 3NR6A 1YX9A 1ZPKA 3TNEA 4Y3GA 1T7IA 5OZBA 1PSAA 2WEAA 2RMPA 1LF3A 2PYNA 1ZAPA 3CIDA 4APEA 4PEPA 2AODA 3O9LA 3OOTA 2BPVA 4Y3XA 5P09A 4I0EA 5P27A 4DQBA 4FIVA 3SLZA 1W5XA 5P57A 1ENTE 2G1SA 1DMPA 3WZ6A 4K4QA 1TCWA 5P2TA 3S7LA 5KR0A 4FL8A 3LNKA 4J5JA 3SA8A 1FG8C 3RTHA 5P2AA 1F7AA 1CMSA 5P0KA 2FDDA 2QI1A 3EM6A 4BFDA 4IVSA 4GJ9A 2VNNA 4YBIA 3FV3A 3L5DA 5P7ZA 3VF5A 3C9XA 2AIDA 3PBZA 5OZAA 1J71A 4B05A 2Q3KA 1HWRA 5P37A 2WF2A 5P3AA 1ODYA 5COOA 5P5GA 4A4QA 4EJKA 4DJWA 5P62A 1AJVA 2AZBA 3VF7A 4YD3A 3OU4B 5P0ZA 5P6NA 4A6BA 5P4LA 1T6EX 4Y58A 4B72A 5P8SA 1MT7A 5P3XA 1BXOA 2V10C 5P4VA 2HIZA 5P0FA 1HIIA 1SP5A 3EKPA 5P6FA 5IVTA 2AOJA 2P3DA 5P26A 1FLHA 3HBOA 4Y5MA 4UPJA 3VUCA 3BUFA 5P7IA 5P6HA 3OWNA 3DOXA 3L5FA 2UXZA 3SACA 1BVGA 4DQGA 3INFA 1HPOA 1W6HA 5P30A 4FLGA 5P1AA 4I11A 2VA7A 3O9GA 3OUDA 1MT8A 4HLAA 3PWWA 2BQVA 3MSLA 3VV8A 3WB4A 1HEFE 1D4KA 2WKZA 4Y5EA 4YBFA 5P5EA 1IDBA 3BXRA 2R3WA 3ZKSA 4Y9WA 3TOFA 3ZPTA 3TL9A 5P71A 4D88A 5P3GA 3UDHA 1EEDP 2I1AA 2AOIA 2QD7A 2I4UA 5OZVA 1K6CA 2O4LA 4Y3HA 5P2FA 4PZWA 5P5KA 2HPFA 5OYWA 5OZRA 3K4VA 3VEUA 1M43A 4J0PA 4D83A 3URIA 4RVJA 5P34A 5P5YA 4B00A 2AOFA 3ZMGA 3L5CA 2IKOA 1IBQA 5P7WA 5BRYA 3R2FA 6APRE 2R38A 5P2DA 5P0SA 4ACUA 1RNEA 3DUYA 5P1EA 4LXKA 2VA6A 4JPEA 5OZDA 3PVKA 2OAHA 1QBSA 1Z1HA 5P4GA 1G6LA 5P6CA 5P82A 1META 5CLMA 4FAFA 5HE5A 2WEDA 5P6KA 5PEPA 5OZIA 3ZKQA 5P83A 3D20A 5P1XA 4BFBA 2G1NA 4RLDA 5P41A 4CPWA 5OYUA 5P2WA 1DAZC 3APPA 4NJSA 5P24A 3KN0A 5P7HA 5OZJA 5HDVA 5KQZA 5P5AA 4RRSA 3UTLA 3SAAA 3I2LA 3UFNA 3OHFA 5P19A 2F81A 4YD5A 5P1KA 2J9JA 5P6SA 2JE4A 1APVE 2WF1A 3KA2A 5P20A 5P75A 5P44A 3SM1A 4A6CA 4N00A 4Y3AA 2FNSA 5P4OA 5P3UA 4TVHA 3TKGA 4APRE 4ZSRA 4WY6A 2CEJA 5P84A 3UDMA 2VIJA 5P6IA 1IZHA 1LYBB 2HS2A 1YT9A 1MEUA 2XFJA 3GI5A 3I7EA 5EZZA 3IA9A 4B78A 2G94A 1SBGA 2WEZA 5P7CA 3LIVA 4DQFA 5P6UA 5P4UA 2ZJNA 1K2BA 4RVXA 1C6ZA 1NSOA 4LHHA 1JLDA 1QBRA 1M0BA 5AH8A 4Y3RA 4LAPA 1HVSA 4H3GA 4Y4GA 1KJGA 2SAMA 3KFSA 1AAQA 3S43B 2G1RA 5P7VA 5HVPA 1WKRA 1A9MA 2PSGA 4J1CA 3UDKA 3FNTA 1YG9A 3EKYA 2FXEA 4HE9A 2B8VA 5EZXA 3OGQA 2QZWA 4TRYA 3LHGA 4EP2A 2I4QA 1OEXA 4MC1A 3D1YA 5DQ1A 4H3IA 5P7KA 5P1SA 2QHYA 2P3CA 4PZXA 2AVQA 5P6OA 3SM2A 1HTEA 2AOEA 2PYMA 1APUE 4NKKA 5P5CA 1C6XA 5P7PA 1K6VA 4Y39A 4DQHA 5P4SA 5P43A 2WF3A 2XYFA 1LYAA 4R8YA 5F01A 5P0RA 5P2JA 2AVMA 5P0PA 4L7JA 4Y3SA 1Z8CA 1B11A 5P4WA 4J1EA 4D85A 1DPJA 4BELA 5P79A 1DP5A 3CKRA 5P0AA 1FFIC 5P6YA 4YCTA 1YM2A 5JFUA 5P29A 1A30A 3CYXA 5P4AA 4EWOA 3SKGA 4IVTA 1UH8A 4HDFA 5E5KA 3FNUA 3RVIA 5P1PA 4DJUA 1LZQA 3VFAA 2OHQA 5P1NA 3PRSA 5OYTA 3FIVA 3B80A 2I4VA 1LYAB 3PBDA 5P64A 4LL3A 4DJPA 4NJVA 1OHRA 5P2EA 4EJLA 5P0QA 4OBKA 2ZYEA 3TPLA 3HW1A 3Q4BA 4GYEA 2BJUA 4GJ7A 4J0TA 2B8LA 5P39A 3TPJA 4F74A 5P0WA 4GJ6A 4J1KA 1B5FB 3H0BA 2APRA 5P4EA 2VKMA 5OZTA 4JPCA 1FQ7A 3PSGA 4CPUA 2I0DA 1NPVA 2ZE1A 1PPLE 5P7GA 3NU9A 3OQFA 3WSJA 4H1EA 4XXSA 2IGXA 5P3EA 3CICA 1ZPAA 1SGZA 3T6IA 5P3MA 3PSYA 5P3DA 4TRWA 5P2RA 2QNQA 5P8CA 2QMPA 3I25A 2QD6A 4FRIA 1BIMA 4QJ7A 2QNPA 2B60A 5P4HA 3QVCA 5P7DA 3ST5A 5P5XA 3O9BA 5DR0A 1A8KA 4Y37A 3UPJA 1T7JA 3ER3E 3NWXA 3RTNA 3R1GB 1GVVA 5P0YA 3IVHA 1BDQA 5P8FA 3IGBA 4FM6A 5P89A 1XN2A 3VYFA 1HSHA 2HM1A 3TKWA 3QVIA 3ZOVA 2B42A 5P66A 5P3BA 4F73A 3QPJA 3TOGA 3VF3A 2IDWA 1HPSA 2G20A 2RKGA 1PFZA 5C9DA 1E80E 1D4LA 2IRZA 4BEKA 4ZSPA 5P1GA 3UDNA 2FMBA 5P8KA 1RL8A 1FMXA 1QDMA 1SH9A 2PSUA 5P3RA 2VIEA 3VYDA 1HPXA 3IXKA 3QRVA 3NDWA 3S85A 2VJ9A 4L1AA 4Y47A 1HIVA 4Y5NA 4DJOA 4Y3TA 2HPEA 4RRNA 4MC6A 4KB9A 4ZPEA 4PHVA 1EPRE 4KUPA 1IZIA 2OHSA 1HTFA 3PHVA 3PMUA 5ENKA 2QI6A 4DJRA 5P0BA 1EBKC 5DGUA 5OYQA 4L7HA 3TH9A 4Y5LA 3R0YA 3OOZA 2QAKA 4B1CA 3OUCA 4DI2A 4Y51A 3L38A 4H3FA 2QHCA 1BBSA 2H6SA 2IGYA 2ZHSA 4AA9A 3QROA 3BGCA 3TLHA 5P4BA 3Q6YA 4L1AB 2Q5KA 3OQAA 3KMXA 3UDJA 2HC0A 3UQPA 5P6PA 5P8TA 5P4CA 1G35A 4ZEAA 2G27A 3F9QA 4YD4A 5OZ2A 2AVVA 3QAAA 5DR3A 2JJJA 5P03A 4GJBA 2Q55A 3S7MA 3BUHA 4M8XA 1K1TA 5P48A 3O99A 3T3CA 3S56A 3EKTA 2AOHA 4AMTA 5P08A 4XKXA 4RCEA 3GGUA 3VV7A 5P8EA 4CMSA 3O9DA 4I0ZA 3BXSA 3OQKA 5P28A 4EP3A 4Z2ZA 3SA5A 3EM4A 4Y5KA 1HOSA 5P54A 1YM4A 1FQ6A 1A94A 4YDFA 1FFFC 5P80A 1RV7A 5P6LA 5P07A 3NUOA 5P00A 5I3VA 1MT9A 5P81A 5P65A 4Y4XA 3K5GA 5AH7A 3TPPA 4YOAA 1EBWA 5P3TA 5BS4A 5P1QA 2Q54A 4Y4WA 1B6KA 3EKWA 3IVIA 2QCIA 4Y5CA 5P68A 4Y38A 5P8DA 1HTRB 3OUBA 4Q1YA 4LC7A 1FQXA 2FGVA 4Y3EA 1EPLE 2Q11A 3O9LB 2NTRA 3APRE 2ZDZA 5OZNA 4Z4XA 4CPQA 2V13A 5P6JA 3URJA 1A8GA 2ANLA 3EL5A 5P5TA 5P5VA 5P32A 4I0GA 5P2LA 5OZWA 2OHTA 4YE3A 4RGHA 3PSUA 5C9BA 5P0CA 5P0TA 5P6BA 2NPHA 1W51A 2P4JA 5P5ZA 2R5QA 2XFKA 3KMYA 3OTSA 7UPJA 4NPTA 4TRZA 5P5DA 2QK5A 2QNNA 5P2CA 1FB7A 3VG1A 4K4RA 1SMRA 2WEBA 5P78A 2NNKA 3L58A 4QJ6A 3LPIA 1HIHA 1XL5A 4HDPA 5P2SA 3CMSA 5OZHA 5P59A 5DQ4A 2OHKA 1APTE 2EWYA 1TSUA 3HAWA 1EBZA 5OZ1A 2ZHUA 5P4YA 4R93A 5KR2A 3PCWA 2BPWA 5I70A 3BRAA 3OXWA 2OHUA 1KJFA 2QP8A 4OD9A 3SA7A 1TQFA 1HSGA 3PGIA 4FCOA 1LS5A 3O9IA 5OZQA 1XE5A 5P7YA 4QJ2A 3LZUA 1BV7A 5P5JA 5P8GA 3VSWA 5P17A 2AZ9A 3GGXA 2JJIA 4B0QA 4GJDA 5BWYA 2WHHA 3PJ6A 5P1MA 4Y41A 2G21A 3EKQA 1HVHA 3RU1A 4CPSA 4GJAA 5P7AA 5OZUA 5IVRA 3OUDB 5OZ7A 2PQZA 3QIHA 5P7FA 1K1UA 5P6MA 1YTJA 3S45A 5ISKA 1MTBA 4OD9B 5P45A 5P7JA 3VCMA 2ZHRA 3PB5A 5B18A 5JG1A 4B70A 1MIQA 2FGUA 2G24A 2P3BA 5OZ3A 5P25A 1ME6A 3S8IA 1LF4A 3ZKIA 3KM4A 3T7XA 3FKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CYW A;  5AHC A;  3DCR A;  4Y5B A;  5P53 A;  1QRP E;  2OHN A;  3BUG A;  1HPV A;  3PI0 A;  3K5D A;  3LIY A;  1GVT A;  3ER5 E;  5P0U A;  2NMY A;  5P8N A;  4HVP A;  3EXO A;  2R9B A;  4K4P A;  1FF0 C;  4FM7 A;  3OAG A;  3ECG A;  5P8O A;  3KDC A;  5P0E A;  5P3Q A;  5P2O A;  5OZP A;  2OF0 A;  4ACX A;  4Q1W A;  1AID A;  1GVU A;  2ZHT A;  2AZC A;  1EAG A;  3TPR A;  4FAE A;  5KOQ A;  1PSN A;  3D91 A;  1EC1 A;  3LIZ A;  2BPY A;  2FS4 A;  5ER1 E;  2V16 C;  4ZSQ A;  1W50 A;  3K1W A;  1MPP A;  3PWM A;  1B6M A;  5DQ2 A;  1PSO E;  3OXC A;  5P77 A;  4J0V A;  2QD8 A;  1M4H A;  1TCX A;  2NNP A;  3OAG B;  5P23 A;  5P7T A;  3UDQ A;  3LZS A;  3T7Q A;  4RZ1 A;  4B77 A;  5P4D A;  4XX4 A;  3EKX A;  2HAH A;  5P4J A;  3AID A;  5KR8 A;  4QJ9 A;  2BKT A;  3UDY A;  1B5F A;  5P87 A;  1IIQ A;  5P51 A;  2V0Z C;  5KQY A;  2VNM A;  5OZ9 A;  4I0J A;  2OHP A;  5P7Q A;  5P7X A;  1ODX A;  5P8Q A;  5P12 A;  3G70 A;  5P4N A;  1BAI A;  4HEG A;  2RKF A;  3IN4 A;  2QHZ A;  5P31 A;  4EPJ A;  3LPJ A;  5E5J A;  4DJX A;  5P58 A;  1BDL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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