1TSUA

Crystal structure of decamer ncp1 substrate peptide in complex with wild-type d25n hiv-1 protease variant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structural basis for coevolution of a human immunodeficiency virus type 1 nucleocapsid-p1 cleavage site with a V82A drug-resistant mutation in viral protease
pubmed doi rcsb
molecule tags Viral protein/hydrolase
molecule keywords Pol polyprotein
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1tsuA00
2IENA 5P3GA 5OZQA 4LP9A 2FDPA 3TLHA 5JG1A 2VA6A 2VIEA 4RVJA 3OAGB 3PLDA 5P06A 2WHHA 2XFJA 5DQ5A 5P15A 5P0EA 5P1DA 3WZ8A 1EPOE 2PWRA 1YG9A 1F34A 5P5ZA 5P5HA 1E82E 1NH0A 3GGVA 2I4QA 1B6MA 2H6TA 4Y4UA 5CLMA 2AOFA 5P22A 3SPKA 3LHGA 3S53A 2IEOA 3VLBA 5DPZA 3OUBA 1BVGA 4HDPA 5F00A 1ZSRA 4ZSMA 1XS7D 3GGAA 3I6OA 2BPYA 3NYGA 5P6JA 3TPRA 3EM3A 2I4WA 5OZVA 4J0VA 3R2FA 5P2EA 1HTGA 3OAGA 3NDWA 3SO9A 4DJWA 5HCOA 5P3ZA 5P7EA 2OHRA 4B77A 2QAKA 1MSNA 4I0DA 3LPKA 4D8CA 5BRYA 5P8EA 2QI4A 4FRJA 2V11C 3JVYA 3K5FA 5P3IA 5OZTA 2HB4A 2AZBA 1RPIA 2Q5KA 2PH8A 5BS4A 3UQPA 5KOSA 2O4SA 5P6LA 1M43A 3VYFA 5P1BA 5P6SA 3S2OA 5B18A 5P3RA 4YCYA 2MIPA 5P09A 3ZPSA 5P18A 4Y5AA 3LINA 2PWCA 4B72A 4NPUA 2WF2A 2ZYEA 5P7VA 3URLA 5P7YA 1SH9A 4FRSA 1HHPA 4Y3MA 5OYZA 1HEGE 3OHFA 4B1EA 1XN2A 1BIMA 3KT2A 4Y53A 5P4TA 2F8GA 4Y4DA 1CPIA 2RKGA 4R91A 2FGUA 4YBIA 5OZ9A 2Z54A 3GI0A 5P2JA 1QRPE 3PI5A 5HU0A 4RRSA 2PYNA 5P5NA 1YX9A 5P3SA 5P5MA 5AHCA 4HA5A 1HOSA 5AHBA 3GI5A 1LEEA 1XE5A 4I0EA 5P6ZA 3SKGA 3O9DA 4GJ7A 4AA9A 2SAMA 1IZEA 1YM2A 3ZPTA 2AVSA 1SP5A 3HZCA 5OYXA 5P5GA 4I8WA 5P72A 4DQCA 3BXRA 1TW7A 2O4PA 4ZSQA 2PSGA 3NU4A 5P0SA 3UTLA 2RENA 2AIDA 5P1AA 4EHCA 5P29A 5ENKA 5OZ0A 2O4LA 5P3CA 4DUSA 4L6BA 1TSQA 4Y5CA 4DQGA 5P24A 3QPJA 1FKNA 2F3FA 5P3HA 4N00A 4CPRA 4GJAA 1LF3A 4QJ7A 4FLGA 1T7IA 5P1PA 2R43A 4TRWA 1HVSA 1HWRA 1HSGA 5DR7A 2I0DA 2O4NA 4Q1WA 4OBKA 3OU4B 1XN3A 5P5PA 1FMXA 3BHEA 2OHUA 2ZHTA 3OWNA 3NXNA 5P11A 1AAQA 3KF0A 1TSUA 3VEUA 5P44A 1FG6C 4UPJA 5P33A 2I4XA 3N3IA 5P43A 3OGQA 4Y4WA 5OZOA 5P3BA 4Y3SA 2O40A 5P3TA 5P0UA 5P1UA 3OGPA 1PPME 5P2AA 5P4WA 5P3JA 1ZBGA 5P8UA 4M8YA 3LNKA 1E81E 4Q5MA 1GVVA 2BJUA 3EKWA 4YDFA 2G24A 3VF3A 5P2MA 3SLZA 3KMYA 1MT7A 3OU4A 1C6YA 3LZSA 3EMYA 4H1EA 4OBDA 5P7IA 3CYXA 1PROA 1G2KA 3KFRA 4WY1A 3KYRA 1G6LA 2VA7A 5P6GA 1D4HA 4BFBA 2V13A 5P01A 3H0BA 4L1AB 5P04A 3VV7A 1Z1HA 3CICA 1IZDA 1EC0A 5P0DA 3DCRA 4GJDA 1K6CA 2Q63A 3L5DA 3SACA 5P6YA 2G1OA 2FDDA 3IA9A 3IAWA 5P7MA 5P84A 3SA7A 5P7TA 2Q15A 5OYRA 5OYYA 5P1TA 1D4LA 4FSLA 1T6GA 2QZWA 4Y3FA 1DMPA 2I0AA 3PCZA 5P7AA 2Q54A 2ZJMA 5JFUA 4I0GA 4EJ8A 4EP3A 1D4YA 2ASIA 5P6EA 3JW2A 1DIFA 2QI7A 3ER3E 5P5LA 5OZ3A 1HVLA 5P81A 5P0KA 5P58A 3JVWA 3L5BA 4L1AA 3CMSA 4B1CA 4Y3YA 4JP9A 4EJDA 5HVPA 2AZ8A 2BKSA 2NTRA 3UHLA 5P1SA 4Y3ZA 1D4IA 1SDTA 2XFIA 5FIVA 4CPTA 1BDRA 3QBHA 3VV6A 5KR2A 4OC6B 4YD7A 5P8LA 3NR6A 2NPHA 4TVHA 1MVPA 2JE4A 2B7ZA 5APRE 4PPHA 4DQFA 1NPAA 4YBFA 1NPWA 3CYWA 5P1EA 3RTMA 2J9JB 3EKPA 1CZIE 5JFPA 5BWYA 5P02A 3BGBA 5P7NA 2B8VA 2IRZA 1QBTA 5P38A 3UDQA 4Y3GA 3O9IA 5P7PA 3HAWA 5P2YA 5OZ7A 5P32A 4JECA 4B1DA 2HS1A 1XL2A 4AZYA 5P53A 4CPSA 4TRYA 3BGCA 3DUYA 1YTHA 3DV1A 3OXXA 2QNPA 5P6NA 5KR0A 4LC7A 4Y9WA 5OZHA 2J9JA 5DR1A 5P1XA 1N49A 5OZAA 5P10A 5TOLA 5OZLA 5P0OA 4EQ0A 4U7QA 1W51A 5P34A 2G20A 4YD6A 3DK1A 3O99A 4Y3LA 5P2FA 5T4SA 4I10A 3QRSA 2NNPA 5P35A 5P8VA 4KB9A 4LL3A 2I4UA 5P31A 3S56A 3OTYA 5P3XA 5OYTA 2P3CA 1MERA 3UDYA 5P4SA 4DH6A 4EJKA 2R9BA 5P3KA 4PZXA 5OZDA 5P0MA 2AVMA 4Y5BA 2NNKA 1PFZA 1ZPAA 4Y3EA 1YTIA 4RGHA 3SFCA 1FQ8A 3ZOVA 4OBHA 1FEJC 3AUPA 5P8SA 4HVPA 1EBWA 3FNSA 4EXHA 1E5OE 3QRVA 2CEJA 2PH6A 5DGWA 3OADB 3NDUA 1FF0C 1PPLE 1E80E 2B7FA 5P4XA 3TPJA 5P36A 1B6LA 3BXSA 4RVIA 5HE4A 1MT9A 3PWWA 4EYRA 4H3FA 5UPJA 3IXOA 4ER1E 5HU1A 5P5SA 1GVWA 1HIHA 3O9LA 3PM4A 1EPPE 3OOZA 5P46A 3QS1A 3TL9A 2ZHUA 5P3EA 3VG1A 2AOEA 3CIBA 1HPVA 2JYSA 3TPLA 5P7QA 1M0BA 1FQ7A 3APRE 1HBVA 5P3QA 3GW5A 5DR0A 4Z22A 3TOHA 3HAUA 5P6PA 1XL5A 4Y39A 4GMIA 3OADA 2ZGAA 4Y3QA 3PRSA 5P2IA 6UPJA 4XKXA 1HVCA 1K6PA 5P8DA 1HVRA 5P5OA 2OF0A 2FXEA 4RRNA 2F81A 4Z4XA 5DQ1A 2QMFA 3QAAA 3HBOA 4DV9A 2NMYA 4HDFA 1ZP8A 3A2OA 3INDA 3O9HA 5P16A 2QI0A 4YD4A 2H6SA 5P6KA 5P1IA 5P4LA 5P6OA 6APRE 4FL8A 3ZKGA 3LITA 5ISJA 2AODA 5P2SA 1B11A 3R4BA 4QJ6A 4MC9A 3UPJA 5P4IA 5OZNA 5OZBA 5P1YA 4I0ZA 5P7SA 2OHPA 5OZJA 5P4NA 3UQUA 2FIVA 4TRZA 3O9GA 5P0GA 2VA5A 2NMZA 5P4JA 5P85A 3S7MA 3OXWA 1META 3QN8A 4LXMA 4ZPGA 5P1HA 4YD5A 2V00A 2B60A 5P2WA 3EKVA 4ZEAA 5I3YA 3PMUA 5P0PA 1VIKA 1W5VA 5SY2A 5P1QA 4LXAA 1UPJA 2R3WA 5COPA 2I1AA 2BKTA 2G94A 1ER8E 2Q64A 3ZKNA 2FXDA 3BRAA 3LZYA 2FS4A 5SXNA 2G27A 1DAZC 5OZKA 4CPUA 5OZ1A 4Y5KA 4K9HA 4Y4ZA 3D3TA 2JXRA 5P6MA 3OTSA 4OBJA 3KFSA 1SMEA 2BPWA 1IVQA 3TOGA 5P0JA 5P75A 3VYDA 5P74A 3NDXA 3UDPA 4BELA 2OHKA 2QMGA 3DOXA 3L38A 2QI5A 1TCXA 1TQFA 3F9QA 3NU6A 3RVIA 4E43A 5DR3A 3LIVA 4HE9A 3OXVA 3INEA 2BBBA 1AJVA 4Y3RA 4H3GA 2G1NA 5P8GA 3MXDA 2OHSA 4MC1A 1ENTE 2QHYA 5P5QA 1RL8A 2FGVA 5IVRA 2QHZA 3LIXA 4R5NA 3RU1A 4KE0A 3SA9A 3G70A 2AOCA 2OHQA 2XYEA 3TH9A 5OZUA 1EBYA 3RTNA 3WB4A 2R5PA 4Y3DA 4YOAA 2IGYA 3WZ6A 1LZQA 4HDBA 1SGZA 3S45A 3NWXA 4AUCA 5P3NA 1HXBA 3UCBA 1BV7A 3D1YA 4OD9B 1KJHA 3PMYA 1FFFC 2QU3A 4NKKA 3EL9A 5P6VA 2HIZA 4RLDA 5OYWA 3TPPA 4A4QA 3RSVA 5SZ9A 3EM4A 4I0FA 2IQGA 3T7PA 3OXCA 2NXDA 3UQXA 2VNNA 5P4OA 4L7HA 5P8NA 5P3PA 1QBRA 5P0FA 3BVBA 4CPWA 2I4VA 5P5YA 5P7FA 3SM2A 2G21A 4PEPA 4QJ2A 2WEZA 1HSIA 2R8NA 3OQKA 1Z1RA 2UY0A 4GJ8A 3DV5A 5P2UA 5P8RA 3CIDA 3SA8A 4A6CA 4DFGA 3NUOA 4OD9A 4K4PA 5P17A 5P7KA 3IXJA 5KR8A 1TZSA 2APRA 2XFKA 5ER2E 1W6HA 3OOTA 4Y54A 4GZFA 4Y3TA 5OZWA 5P00A 1TCWA 5E5KA 1PPKE 3HVGA 4B00A 3ST5A 4F75A 3FV3A 4D88A 5P3FA 4ZPFA 5P7LA 5P4MA 5HDZA 1ZAPA 2RMPA 3IN3A 5OYVA 3INFA 4U7VA 3VV8A 3IN4A 4YD3A 1BDLA 2PYMA 5P1KA 5P0HA 5P1GA 3L59A 4BEKA 1W5XA 2QD8A 3UFLA 1GNMA 4Y5NA 1AIDA 3WB5A 4DVFA 3K5GA 5P76A 3OUCA 5OZSA 5AGZA 3VSWA 4GJCA 5P8OA 4APEA 4Y50A 2AVVA 4YCTA 3S8IA 4R95A 5P4FA 5P1MA 1AM5A 4S1GA 1HXWA 3U71A 4QJ9A 4J1KA 1DPJA 5KQFA 5P6DA 3RTHA 1KJGA 3FKTA 1BXOA 3URIA 3QVIA 3L5CA 2AOIA 1GNOA 5P68A 4J54A 4DJVA 1B6KA 3B7VA 5P82A 1A8KA 3NU5A 5P1JA 3PVKA 5P5CA 3LZVA 2QHCA 1HRNA 4Q1YA 5P7UA 2B8LA 3KFPA 3MSJA 2ZJIA 3OY4A 3I25A 1APVE 5P63A 4DJOA 2QNNA 1CMSA 4Y5EA 5P4QA 4EXGA 3CKTA 5AH7A 1GVTA 5P0WA 5P1OA 4DPIA 1GNNA 3VCMA 3ZKXA 4I8ZA 1T7KA 1LV1A 3MSLA 3NSHA 3U6AA 3BUGA 5J25A 2VJ7A 3OU1B 5P60A 5HDVA 5P6HA 5P6RA 4EJLA 1BBSA 3I8WA 5P71A 4RVXA 1IZIA 2WF4A 5OZ4A 4Z50A 5HE7A 5P5AA 1YT9A 2CENA 4HEGA 3IVHA 2PK6A 5ISKA 1HPXA 4F74A 1D4SA 5P56A 5P52A 5P8HA 4Y48A 3SA5A 3ZKQA 2Z4OA 5P80A 4J0PA 4R92A 1MRWA 2JJIA 3PI0A 4IVSA 3U7SA 4EP2A 5P05A 5CONA 2AOHA 2QNQA 4WY6A 1ME6A 5P5JA 4Y56A 5P6XA 6FIVA 5EZZA 5OZ6A 4FM7A 1FQ5A 4NJVA 1FQ6A 2OAHA 3OU1A 4Y51A 5P54A 5P51A 3QIHA 4APRE 1UH8A 5P27A 2WF3A 5P4ZA 3T11A 2FDEA 3Q5HA 5DR8A 1HEFE 5OZIA 4J1HA 5P2VA 4QJAA 3MSKA 4RZ1A 2PSVA 3EM6A 5OZXA 3GGXA 3OQFA 3AIDA 4FAFA 3QVCA 5P19A 5AH9A 2G22A 1W50A 3PHVA 4FS4A 1APWE 4Y5LA 4DJQA 4DQBA 1EAGA 3QI1A 4Y5GA 3KM4A 1MTBA 1Q9PA 2ER0E 3LPJA 2IL2A 2WEAA 5P4GA 3L5FA 4Y57A 4FGXA 4XXSA 5P8FA 1EPLE 4RROA 3R0WA 4CKUA 1MSMA 5P3MA 3C9XA 3IXKA 3FX5A 5P3AA 1YTJA 4CPQA 3SQFA 5AH6A 1EEDP 2AOGA 3UDKA 1LF4A 5COOA 2F3KA 3OU3A 5I3VA 4FRKA 1ODYA 2P4JA 3T6IA 1T6EX 1SDUA 5P83A 1GVXA 4ACXA 5IVQA 4FM6A 2HC0A 4Y3JA 1IZHA 1HVKA 5I70A 2PC0A 5P89A 3LZUA 3O9LB 5P5WA 2PSUA 1FG8C 5P0IA 2F3EA 1MEUA 5P8TA 3ECGA 3KA2A 2ZHVA 1BXQA 9HVPA 5P7XA 2VJ6A 3EXOA 5P20A 2F80A 5P61A 3L3AA 4DJUA 4Y4GA 3PGIA 5P5RA 4OBGA 5P1VA 5HE5A 1JLDA 1QS8A 3B80A 3UQWA 5P6QA 1XE6A 4J55A 1C6ZA 2AVQA 4J1EA 2AZCA 1HTEA 4R8YA 5P6BA 5AHAA 5P23A 5P4UA 4GB2A 3PJ6A 1WBMA 4Y3NA 3MWSA 1HIVA 5P0BA 2G69A 3KMXA 4ZSRA 4Y5MA 5OZFA 1BDQA 2CEMA 4J1CA 1MT8A 2QZXA 3FIVA 4ZIPA 2ZJLA 3INHA 4Y6MA 1LF2A 5ER1E 3EKYA 1QBSA 2ZJKA 4Y44A 1B5FA 2QZLA 3S85A 5P6TA 1BAIA 5P0RA 5P67A 1KJ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2IEN A;  5P3G A;  5OZQ A;  4LP9 A;  2FDP A;  3TLH A;  5JG1 A;  2VA6 A;  2VIE A;  4RVJ A;  3OAG B;  3PLD A;  5P06 A;  2WHH A;  2XFJ A;  5DQ5 A;  5P15 A;  5P0E A;  5P1D A;  3WZ8 A;  1EPO E;  2PWR A;  1YG9 A;  1F34 A;  5P5Z A;  5P5H A;  1E82 E;  1NH0 A;  3GGV A;  2I4Q A;  1B6M A;  2H6T A;  4Y4U A;  5CLM A;  2AOF A;  5P22 A;  3SPK A;  3LHG A;  3S53 A;  2IEO A;  3VLB A;  5DPZ A;  3OUB A;  1BVG A;  4HDP A;  5F00 A;  1ZSR A;  4ZSM A;  1XS7 D;  3GGA A;  3I6O A;  2BPY A;  3NYG A;  5P6J A;  3TPR A;  3EM3 A;  2I4W A;  5OZV A;  4J0V A;  3R2F A;  5P2E A;  1HTG A;  3OAG A;  3NDW A;  3SO9 A;  4DJW A;  5HCO A;  5P3Z A;  5P7E A;  2OHR A;  4B77 A;  2QAK A;  1MSN A;  4I0D A;  3LPK A;  4D8C A;  5BRY A;  5P8E A;  2QI4 A;  4FRJ A;  2V11 C;  3JVY A;  3K5F A;  5P3I A;  5OZT A;  2HB4 A;  2AZB A;  1RPI A;  2Q5K A;  2PH8 A;  5BS4 A;  3UQP A;  5KOS A;  2O4S A;  5P6L A;  1M43 A;  3VYF A;  5P1B A;  5P6S A;  3S2O A;  5B18 A;  5P3R A;  4YCY A;  2MIP A;  5P09 A;  3ZPS A;  5P18 A;  4Y5A A;  3LIN A;  2PWC A;  4B72 A;  4NPU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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