1U8GA

Crystal structure of a hiv-1 protease in complex with peptidomimetic inhibitor ki2-phe-glu-glu-nh2
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Inhibitor binding at the protein interface in crystals of a HIV-1 protease complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1u8gA00
4Y47A 5P6ZA 2R9BA 3MWSA 5P5CA 5P2CA 3UQUA 2I4QA 3UQPA 4Y44A 4Y4BA 5P7WA 2QI0A 5DR7A 1BAIA 3LZUA 4YCKA 1RL8A 3LZSA 5P4GA 3ZPUA 4I10A 5I3XA 3JW2A 1MTRA 2FS4A 3EM4A 3PGIA 5DQ4A 3OUDA 5ENKA 4EXGA 4YD4A 5P6WA 3SM1A 4GIDA 4DJYA 1K2BA 5P7EA 5OZGA 5P73A 3PI0A 5HE5A 5P6CA 1D4HA 4KB9A 4DVFA 1EBZA 3ST5A 4F74A 1F34A 3BHEA 3S43B 2QU2A 5P6QA 1RQ9A 3NU9A 5P82A 4Y6MA 5P0CA 5P1UA 3QBFA 4J0PA 2QNQA 5F01A 5P7PA 5P77A 5KAOA 7HVPA 2WF4A 2QMDA 1ZSRA 4LXAA 3GW5A 1SDUA 4Y3MA 4YOBA 5P7QA 4EQJA 5DR8A 5IVQA 5OZ4A 3EKQA 1YT9A 2FMBA 3EKYA 5B18A 3HDKA 5UPJA 3PSYA 3VFBA 4Y9WA 5OZNA 1B6JA 4RRNA 2IGXA 3QRSA 4J1IA 3KDBA 3OUCA 4I0FA 4IVSA 5CONA 5P6VA 4YA8A 1VIJA 1N49A 4YBFA 5AHAA 1LYBA 4B00A 2IKUA 1XS7D 1Q9PA 4YE3A 3KYRA 4EQ0A 5OZTA 1EBWA 2IGYA 2VIZA 1HXBA 2QI6A 1B6MA 1ZTZA 1D4YA 2PWCA 3S53A 1UH9A 3EM6A 3DM6A 1AM5A 2WEZA 2JJJA 5KR1A 1ZAPA 5P2EA 4J0VA 3OXWA 5P02A 5SY2A 2ER6E 5P3LA 1FG6C 4YHQA 3INEA 3B80A 2BPZA 5P8BA 1IIQA 5P74A 4B1DA 2PSUA 5P6RA 3NDXA 2QHYA 5P1FA 3S56A 1BV9A 5P6YA 5P46A 4Z2ZA 3T7XA 3I6OA 2HIZA 4K8SA 1OEXA 5P81A 3PSGA 5P4FA 3OHFA 3ZL7A 3SA6A 5P60A 4MC9A 6APRE 2ZJJA 4YOAA 5OZAA 2IL2A 3SA8A 1XE6A 3QBHA 5P56A 3IXJA 4IVTA 2QZWA 5OZHA 1IZDA 5OYTA 3GGXA 5P6PA 4KE1A 5P7NA 5P68A 5OZPA 4AA9A 5P1AA 4GJ9A 5P7DA 3TKGA 5P6FA 2ANLA 3UDJA 5OZIA 3OU1A 4D8CA 2UY0A 3LPIA 5HU0A 3MSKA 2JE4A 3PLDA 3FNTA 4PHVA 5OZWA 4L7JA 2G20A 3TPJA 5P4OA 1Z1RA 1A30A 5OYUA 5OZUA 4EJDA 2OF0A 2VA5A 5P8FA 3BUFA 2H6SA 4NPUA 5P4CA 5OZ3A 5P5KA 5ENMA 5I3YA 4DQCA 1GVTA 4NJVA 3FNSA 1B5FB 2O4NA 5P3CA 3UQWA 2WJOA 1KJ7A 3JVYA 5P8PA 1PROA 1TCWA 5P62A 4J1FA 4Y3DA 4Y38A 4DQBA 4Y35A 2FLEA 4FM7A 3CYXA 3S7LA 5P5BA 2HB3A 1EPRE 1EC0A 3FX5A 3OU4A 4Y4DA 2VNMA 5P6MA 5OZ2A 5P7RA 4QJ9A 2PC0A 2QAKA 5OZRA 5P2HA 2WEDA 4Q1WA 2IENA 1TZSA 5OZSA 2VJ6A 3D1ZA 3PHVA 3OU1B 5P8RA 4PZXA 4AA8A 3QP0A 5JFPA 2I0AA 4H3FA 3R2FA 5P8OA 4HDPA 1U8GA 3KFPA 5P2IA 4OBZB 3DCRA 2G69A 2OHLA 5P5UA 4EP2A 2OHKA 1GNOA 5ISJA 4GJBA 1ZSFA 5P07A 3UFNA 5P7IA 3GGAA 5AHBA 5DPZA 4OBJA 4I0ZA 4PEPA 4RLDA 5P6GA 2VJ7A 1C6ZA 3HBOA 3NXNA 4B78A 3T3CA 1BDQA 2BPXA 2V00A 4DJQA 3UDQA 5P14A 3OADA 3VCMA 3K5CA 4NJSA 3L5EA 3ZKXA 1HVIA 5P6UA 1W6IA 4RGHA 1HPSA 3VLAA 4DJXA 2QCIA 5P0DA 1W5XA 3OU4B 5P0QA 3PCZA 1IZEA 1YX9A 4QJ8A 5P0RA 2J9JA 1EC3A 5HCTA 4Y36A 4Q1XA 1SDVA 4Y5CA 5P75A 5P3BA 5P3DA 4Y48A 5P1NA 5P4QA 4AUCA 4FRSA 3HLOA 5C9DA 1HTFA 1MT8A 6UPJA 4FSLA 5T4SA 2I1AA 5FIVA 3PI5A 2R43A 2H6TA 1SDTA 3IA9A 1UPJA 5P8TA 3OUAA 5OZCA 2XYFA 4LXMA 3PMUA 4TRZA 1EBKC 5DQCA 3BUGA 2WKZA 1MUIA 5COPA 3KN0A 5P6HA 3OADB 3I8WA 1EPQE 5P3RA 3L3AA 3O9DA 3LPJA 3NSHA 5COKA 2VIJA 1HVKA 4Y5MA 4B1CA 1EAGA 5P5IA 4CPRA 5P5XA 4ACUA 3GI6A 4Y58A 5P3SA 4Y54A 1FMXA 3PJ6A 1BDRA 2JYSA 3WZ7A 4J1HA 1AAQA 3QRVA 2NXLA 5P76A 3OGPA 3LITA 4CPUA 1NPVA 5OZ0A 2IEOA 2JJIA 4A6CA 1HEFE 4NJUA 5P4TA 4Y5GA 1DMPA 3OXCA 2RMPA 2AVOA 5P3EA 4Y4ZA 5KQYA 2A4FA 5EZZA 3LNKA 2A1EA 2Q5KA 1AJVA 3U6AA 2BKTA 1FQ4A 4HZTA 1C6YA 2ZDZA 4OBDA 5P7UA 1FKNA 5P0BA 4RVXA 3RTNA 5KOQA 3EKWA 1EPPE 1A8KA 1DIFA 4Y37A 5AHCA 5DQ2A 4Y3FA 2HM1A 1GVVA 4R92A 5P25A 1RNEA 2R3TA 3INFA 5P23A 3SKFA 5P0WA 3PWRA 4L7GA 2UXZA 2QMGA 4RCDA 3EKPA 5HDXA 3H0BA 4Y5AA 2V13A 2Z54A 3K5FA 2R8NA 4OC6B 2V12C 3OAGA 1HVRA 5P6TA 2HS2A 3EKVA 2Q3KA 5P1YA 5P52A 4CKUA 2XFKA 3KFNA 4ZSPA 5KQFA 3IN4A 4NPTA 3ZKMA 3ER5E 5P36A 2PK6A 4Y43A 2WEBA 5P2YA 3GGVA 3WB5A 5HTZA 5P42A 4QLHA 3PLLA 1G0VA 5P3PA 5E5JA 4D89A 5P5FA 5HE4A 2EWYA 5P55A 2NNPA 5P4MA 2PMAA 4PPHA 3UDHA 4ZPFA 2G1OA 4RVIA 3UDRA 2PYMA 4HVPA 4QJ6A 5P09A 5KOSA 3PBDA 4Y4XA 4Y3HA 5P2GA 1HIIA 3I2LA 3GI4A 3OTSA 1LF4A 3LIXA 5P1JA 1GVUA 5P2RA 3S43A 3I25A 1C6XA 5P0IA 4KE0A 5P3QA 1QRPE 3UQRA 2B7FA 4K4PA 1BWBA 5HDZA 5P7MA 3L5FA 4FRIA 5P0VA 2OHRA 4GJ5A 2QZKA 5OYYA 3PRSA 1QBTA 3IVIA 2QHZA 3WB4A 2HPEA 4EYRA 4OD9B 4DJVA 3D1XA 4I0DA 5P7LA 3LIQA 3VYEA 4Y3AA 4RZ1A 2IQGA 1HTRB 1GNNA 2R3WA 2WHHA 5P1WA 5P78A 4DV9A 1MTBA 5P34A 3A2OA 2R5PA 5P6IA 3NUOA 1SIPA 5P1LA 3OTYA 5P0YA 5P79A 5AH8A 1BXOA 4PZWA 1G35A 1HBVA 5P0MA 2OHPA 2CEMA 3CKRA 3BXRA 5P8DA 4DUSA 1A8GA 5P4WA 3ECGA 5KR2A 4L7HA 1YM2A 3EL9A 3VV6A 5P40A 4R95A 3NU6A 3IN3A 1HHPA 3C9XA 4HE9A 5P13A 4DPIA 5DR4A 5P5QA 1W5YA 1KZKA 3JVWA 3QS1A 4MC1A 5DR3A 4B70A 4FS4A 1ZLFA 4QJ2A 3MSJA 5P8VA 5P54A 4KUPA 4DQEA 2V11C 3APPA 2WEAA 5P5ZA 4DQGA 4D88A 2FXEA 4I0JA 2AVMA 1M0BA 3D3TA 2PWRA 2RKFA 2NXDA 3O9HA 4DJPA 5P1CA 4ZPEA 1HTEA 5P1XA 5P4HA 5P5OA 5P3WA 5P5WA 3OQFA 5P2KA 4BFBA 3O9IA 5P1IA 3EM3A 3T6IA 5JODA 5ISKA 4HA5A 5P86A 3UDYA 3OU3A 3BC4A 3CKTA 3QAAA 4FIVA 1VIKA 5P0UA 5P59A 3TH9A 3IAWA 2BBBA 5OZJA 3R1GB 2PQZA 4FRKA 5P2MA 3PBZA 1YTHA 1PPKE 2ZHRA 1YG9A 4Y5LA 3VF5A 4RYGA 5P8EA 3HW1A 3G72A 2Q55A 5P5NA 4LP9A 4R91A 1BWAA 4BFDA 5HU1A 1NH0A 3KDCA 5BWYA 1BVEA 2WL0A 2FGVA 1BBSA 3OWNA 3Q6YA 5P05A 2APRA 3O9GA 4GJAA 2I4UA 3UTLA 1LEEA 4APEA 2VIEA 3UDMA 1APVE 3WSJA 1W6HA 2AVQA 1B5FA 3HZCA 2QD8A 4FM6A 2IS0A 5P1OA 3TNEA 1ZPKA 3Q5HA 1AVFA 3LPKA 4ER2E 2QHCA 4Y3PA 5P5HA 5P72A 1GVWA 5P88A 4R93A 1META 2WF3A 5P45A 4PYVA 3ZLQA 5KQXA 5P63A 1FMUA 1MT7A 1T7IA 3L58A 3DV1A 4GJDA 4Y3WA 3KM4A 1NPWA 3INHA 4GYEA 5OZQA 3UCBA 1EPME 4Y50A 4H1EA 4OBZA 2NPHA 1K6VA 4D83A 3PMYA 1TCXA 2HPFA 4FE6A 5P26A 4Y3NA 2PH8A 4Y5KA 3ZMGA 5P8NA 1UH8A 1BVGA 1WKRA 2QNPA 1BDLA 5DGUA 3ZKNA 5P01A 1NSOA 5P6LA 5P6BA 4AMTA 5P0NA 1QBUA 5P49A 1QBSA 4J17A 2ZYEA 1BV7A 2P3CA 3KMXA 1YTJA 3TPPA 3BGCA 1DAZC 2Q64A 5P20A 5P0LA 4GMIA 4JPEA 4I0IA 1LYAA 5P6EA 4CPTA 1ZJ7A 5P7KA 5P5GA 2QNNA 2HS1A 5HD0A 3WZ6A 5P12A 3LIZA 3QROA 3EXOA 3G6ZA 4XX4A 1WBMA 3L59A 2G27A 5P85A 1WBKA 3PWMA 4DFGA 3UF3A 5P1VA 3QN8A 5P7OA 5P3OA 3K5DA 1QDMA 5OZ1A 5P2OA 1SMRA 5P39A 2FIVA 5P0GA 1ODYA 2XFJA 2QD6A 4EP3A 3UHLA 2AOGA 3OOZA 4YD7A 4Y3YA 5P65A 5IE1A 3NR6A 3O9AA 5P70A 5OZKA 2FNSA 2ZJKA 2AIDA 2ER9E 1AIDA 5P4AA 3DOXA 4TRWA 3BGBA 2ZE1A 2VS2A 5P8KA 3PSUA 5P6OA 3OQAA 3K4VC 3CKPA 4I0GA 3RSVA 5P47A 2G24A 5P0JA 2ZHSA 2G22A 2ZJIA 3UFLA 2J9KA 2VA6A 3DJKA 5P66A 5P6DA 5P08A 3VUCA 2OHUA 1LYAB 3OQ7A 5HCOA 3ZKGA 5P1QA 3NWXA 3NYGA 1SP5A 3QIHA 3DCKA 2QK5A 5P80A 4DJWA 2B7ZA 4MC6A 2AQUA 2RSPA 3FKTA 5P6JA 2AOHA 4J54A 4DQHA 1FGCC 1ENTE 5P16A 2WF2A 3EKTA 2BPWA 5BS4A 2VKMA 1HIVA 1MERA 2AODA 3U71A 4J55A 4FRJA 4Z50A 5P5VA 4J5JA 1BIMA 1W5WA 4Y3ZA 2G94A 3IVHA 1MSNA 3L5CA 4YCTA 4ZSMA 1FQ5A 4B05A 5P8QA 5P3GA 2ZJHA 4B77A 5P4RA 1EPLE 5P22A 5OZZA 5P7HA 5DQ5A 1SGZA 3KMYA 3SAAA 1XN2A 3TOHA 4L1AB 5P0PA 4OC6A 1K2CA 3U7SA 5P7TA 3HVPA 5P2DA 2AOIA 4EJKA 3GI0A 2P8HA 3I7EA 5P2BA 2P4JA 5OYZA 3KFSA 3K5GA 4R5NA 5OZEA 1HXWA 1FFIC 5P2JA 5P84A 3ZOVA 4Y4GA 1ZPAA 5P7ZA 3UQXA 1EPNE 4I11A 3OHHA 2BPYA 1MRXA 2OHNA 3KA2A 3O9CA 1MT9A 3CICA 5OYXA 4DJUA 3GGUA 2QZLA 3QVCA 1IDBA 4Y5PA 5P48A 3K1WA 1PFZA 3BVAA 5I3WA 2R38A 3B7VA 3VYFA 3PEPA 2NMZA 5P00A 3VV8A 1NPAA 4WY6A 3N3IA 4J1KA 3PVKA 2F8GA 3S54A 5P5LA 4ZIPA 1SBGA 2V16C 4RROA 2QI5A 4A4QA 2QP8A 5OZXA 2QZXA 5P53A 3BRAA 5P8JA 5P69A 4I0HA 3QRMA 2XYEA 4TVHA 2F3KA 4Y3XA 4EJLA 3VEUA 4N00A 5P28A 4XKXA 1HPOA 4GJ8A 5P3YA 1MRWA 5OZ6A 1APUE 4LAPA 2F81A 9HVPA 4Y3RA 3PB5A 5P31A 2Q15A 1K1UA 5P6SA 1D4IA 5EZXA 1T3RA 1FQXA 2O4KA 5SZ9A 4OD9A 2F3FA 3S85A 2BQVA 1HVJA 4U7VA 5OYWA 1SGUA 5P4ZA 2HB4A 3D20A 5P0XA 5P8GA 1HIHA 3R4BA 1T7JA 5HDUA 5P50A 3UDPA 2BPVA 3L38A 1HPXA 3VSXA 4I8ZA 5AH6A 5P58A 3SA9A 2VJ9A 1K6TA 5P4VA 1T6EX 4I8WA 3VF7A 1E5OE 5P89A 2I0DA 2AVVA 5C9FA 4Y45A 3OXVA 2ZHVA 3NU4A 2AZ8A 4Y3EA 5P4LA 5P2XA 4LBTA 4I1CA 2AVSA 2UPJA 5P8LA 4ER1E 5OZ8A 5TOLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y47 A;  5P6Z A;  2R9B A;  3MWS A;  5P5C A;  5P2C A;  3UQU A;  2I4Q A;  3UQP A;  4Y44 A;  4Y4B A;  5P7W A;  2QI0 A;  5DR7 A;  1BAI A;  3LZU A;  4YCK A;  1RL8 A;  3LZS A;  5P4G A;  3ZPU A;  4I10 A;  5I3X A;  3JW2 A;  1MTR A;  2FS4 A;  3EM4 A;  3PGI A;  5DQ4 A;  3OUD A;  5ENK A;  4EXG A;  4YD4 A;  5P6W A;  3SM1 A;  4GID A;  4DJY A;  1K2B A;  5P7E A;  5OZG A;  5P73 A;  3PI0 A;  5HE5 A;  5P6C A;  1D4H A;  4KB9 A;  4DVF A;  1EBZ A;  3ST5 A;  4F74 A;  1F34 A;  3BHE A;  3S43 B;  2QU2 A;  5P6Q A;  1RQ9 A;  3NU9 A;  5P82 A;  4Y6M A;  5P0C A;  5P1U A;  3QBF A;  4J0P A;  2QNQ A;  5F01 A;  5P7P A;  5P77 A;  5KAO A;  7HVP A;  2WF4 A;  2QMD A;  1ZSR A;  4LXA A;  3GW5 A;  1SDU A;  4Y3M A;  4YOB A;  5P7Q A;  4EQJ A;  5DR8 A;  5IVQ A;  5OZ4 A;  3EKQ A;  1YT9 A;  2FMB A;  3EKY A;  5B18 A;  3HDK A;  5UPJ A;  3PSY A;  3VFB A;  4Y9W A;  5OZN A;  1B6J A;  4RRN A;  2IGX A;  3QRS A;  4J1I A;  3KDB A;  3OUC A;  4I0F A;  4IVS A;  5CON A;  5P6V A;  4YA8 A;  1VIJ A;  1N49 A;  4YBF A;  5AHA A;  1LYB A;  4B00 A;  2IKU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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