1UPJA

Hiv-1 protease complex with u095438 [3-[1-(4-bromophenyl) isobutyl]-4-hydroxycoumarin
Total Genus 13
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
13
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure-based design of novel HIV protease inhibitors: carboxamide-containing 4-hydroxycoumarins and 4-hydroxy-2-pyrones as potent nonpeptidic inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Hydrolase (acid protease)
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 13
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1996-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1upjA00
2XFIA 5P71A 5P1OA 3DK1A 3Q5HA 5P1XA 5P7ZA 5P56A 2AVSA 1NPAA 5P41A 3QP0A 4GZFA 3EL4A 2QD6A 4WY1A 4HEGA 3BUHA 1E82E 5P4FA 4Y4GA 1B5FB 1ME6A 4Y38A 3NDXA 5P3XA 5P7KA 3WB5A 3K5GA 1T7KA 3FKTA 4BFDA 1HOSA 3PB5A 4Y4XA 3UQRA 3OHHA 3BHEA 4Y35A 5IVTA 3PHVA 5CLMA 4B0QA 4ZIPA 3G72A 1DMPA 5COKA 4H3GA 4QJ9A 2QI7A 3EMYA 4X2LA 5KQFA 1ODYA 4EP3A 1GVXA 5P01A 2BPVA 2ZGAA 3T3CA 1QBTA 3OU4A 1LF3A 4J0ZA 5P4AA 3OUDB 2P8HA 5TOLA 1MERA 4GJ7A 3NWQA 5P28A 1ZSFA 1APVE 4YBIA 5P6PA 5P61A 2PSUA 4Y5LA 3KDCA 5P6HA 3PI0A 3IN3A 1ZJ7A 2I0AA 3UDNA 1EBKC 1QS8A 4GJDA 2F3FA 3EM6A 5ENKA 5P1GA 5P26A 5P23A 5P0QA 3G6ZA 5P2AA 5P68A 1HHPA 5OZUA 2BKTA 3INEA 5KQZA 3OU1B 1ZTZA 5OZPA 2P3AA 3O9LB 3DV5A 5I3YA 3KYRA 3GGVA 3LNKA 5P4JA 1F34A 5P2LA 5P4SA 1AXAA 3OXVA 1MTRA 5HVPA 3EKYA 1TSQA 4EWOA 1BV7A 1TQFA 4HA5A 3KFRA 5AH8A 2ZJIA 3ZKGA 4RCDA 4Q1YA 4TRZA 3NSHA 1A8GA 3PWRA 2AOFA 5P40A 1LYAA 1AIDA 1AVFA 5P6FA 3NU3A 1J71A 5P85A 1HVSA 3KT5A 2WF3A 5KR2A 2XFJA 5P5SA 5P6DA 4Y54A 2NR6A 5HCTA 1FEJC 2NMZA 4NJSA 2IRZA 2CEJA 3EKVA 4R91A 5P45A 2PC0A 4Q1XA 3ZKIA 4L1AA 4FS4A 3RSXA 4QJ8A 4Y3DA 3EM4A 5P54A 4Y58A 5P1UA 5P74A 5DGUA 5P3GA 5P0PA 3NLSA 4FSLA 5P3JA 3GI4A 2RMPA 3S43B 5HDVA 5P44A 1EC3A 1GVTA 4XKXA 3SKFA 3EC0A 3QVIA 3N4LA 9HVPA 1IBQA 5P33A 3ST5A 3INFA 4B70A 2OHPA 2AVOA 4R8YA 4YD4A 5P3DA 3PBDA 1APUE 5P3PA 2WL0A 4L6BA 5P2MA 2ZJKA 3U7SA 3DV1A 1EBWA 1SP5A 3MXDA 4Y4DA 1N49A 4Y4JA 6UPJA 5P59A 4YCTA 5P4NA 3EKPA 2QZLA 2QHYA 5P6QA 4OD9B 2IGYA 5OZ4A 3U6AA 2QI1A 5P7MA 5JFPA 3QIHA 5HU0A 1GVWA 3OQAA 5P4DA 1KJ7A 3ZOVA 5P05A 4RCEA 5EZXA 3VSWA 3TPLA 1U8GA 1PPKE 1MPPA 5P7OA 4ZPEA 1AJVA 2FNTA 4A4QA 2FIVA 5P36A 3PSUA 2Q63A 5P8RA 1K1UA 1FIVA 3KA2A 3IGBA 4ZPFA 3HVGA 4Y3LA 4DVFA 1LV1A 1WBKA 3IN4A 3FV3A 3I8WA 5OYVA 4R92A 2I4DA 5P6SA 3BXRA 4MC6A 3T7XA 3TOHA 1LYBB 3ER5E 2XYEA 5P0IA 3O9IA 1FQ5A 3VUCA 3S45A 5P88A 2P4JA 4Y5PA 1EAGA 2JYSA 2G21A 5SY3A 5P7SA 3B80A 5P7QA 1BVEA 3PLDA 5P46A 2G1RA 5DR0A 3NU5A 1E5OE 5P0VA 2F3EA 5KOQA 2I4UA 1HTEA 5P87A 1CMSA 2AIDA 5P65A 3UFLA 3DOXA 5OZOA 5P48A 5KOSA 1KJGA 3UF3A 5P4KA 1TW7A 1VIJA 2VJ7A 1IDAA 3R4BA 3KF0A 5P70A 5OYXA 1SDVA 3CIDA 4HZTA 5P6LA 3URIA 5HTZA 3QRSA 5P2CA 2QMPA 3RTHA 4LAPA 4RRNA 3ZKQA 2QAKA 1SH9A 4OBZB 4B1CA 3GI6A 3RU1A 1K6PA 2VA5A 5OZ3A 2WF1A 5P08A 3D1YA 4R93A 3OADB 4LC7A 4BFBA 3PJ6A 1UH9A 1DW6C 5P2WA 4PEPA 2IL2A 5P2NA 4AA8A 4J0PA 4Y3FA 1G35A 3D91A 1RV7A 5P11A 1MSNA 4OBDA 5P4BA 3KFPA 3UTLA 3SA9A 3EXOA 5P5NA 4ACXA 4CMSA 1FG6C 3ZL7A 2JE4A 1HVIA 5ER1E 4I0ZA 4I12A 4L7GA 5DR7A 1OEWA 4FM6A 3S8IA 1MT9A 2OHTA 5P31A 3Q70A 4I0HA 5P3BA 2V11C 5P52A 3EKXA 3GGUA 4J5JA 3VEUA 4D88A 3OAGB 4NPTA 3L5DA 5P8UA 3RSVA 2ZJLA 4QLHA 4J0VA 4FRKA 2VA7A 3SA4A 5P2QA 5P03A 2JJJA 5OZ0A 4DUSA 4CPQA 4DPIA 5P27A 5P5WA 5P6UA 2G22A 3LIYA 5AGZA 2AVQA 1EC0A 4KE1A 5P24A 3ZPSA 1M0BA 5T4SA 1HBVA 5P2TA 2SAMA 5P1HA 3TPPA 4WTUA 2FS4A 6FIVA 3I6OA 1ZPKA 2ZHTA 3N3IA 5OYRA 2ER0E 4ZPGA 5P6YA 4YCYA 5P8QA 2ZDZA 1APWE 1EC2A 3S85A 4J1IA 5P7EA 4F75A 1HSHA 2ER9E 5P0UA 2QP8A 5P50A 1QDMA 3NU6A 5P2HA 4E43A 2PSVA 5P8PA 1EBYA 3JVWA 3T6IA 3EL5A 1XE6A 3IVIA 3HLOA 5P1BA 2P3BA 2NXMA 4GIDA 2AOGA 4ZLSA 2PK6A 3WZ8A 4QJ6A 5OZIA 4Y9WA 4CPWA 1LF2A 1YM4A 4H1EA 3DUYA 1SIVA 1LYWA 5P8GA 5JFUA 5HDXA 4UPJA 5AHBA 1SMEA 1T6GA 1ZSRA 5P3MA 3PWWA 5OYWA 3TKGA 5P8VA 2WEAA 4J54A 5HCOA 4QGIA 3NU9A 2FGVA 5P62A 3VV8A 1K2BA 4ZSMA 3EM3A 5P0FA 5P0TA 5C9FA 5P17A 1GNMA 4DFGA 4J17A 3ZKXA 4K4PA 3EKTA 5P6KA 5OZNA 4YHQA 2BPXA 3UCBA 2F80A 2B7ZA 4K4RA 3K4VA 5P5PA 4QJ7A 2OF0A 1Z8CA 4RYCA 4B1EA 3FX5A 1D4HA 1B5FA 2IGXA 5P14A 5P5MA 3CKTA 3UQXA 5P69A 3UDMA 4I0FA 5P3RA 3PI5A 5P30A 5P3LA 3PWMA 3OUAA 4I0IA 4I0DA 3VLAA 3ZLQA 5BRYA 4Y56A 1IDBA 1MVPA 2BPYA 2ZYEA 4ER1E 3OOZA 3LZSA 3UDRA 5P75A 3OUCA 5P8BA 4EXGA 2WHHA 4OBKA 5APRE 5P7CA 2QI6A 3OUDA 5P3YA 3VYDA 3TPJA 5OYUA 5OYSA 3L38A 4B05A 3SAAA 3LPKA 5P1IA 3K5DA 1HTFA 4I0JA 5OZCA 3OY4A 3NYGA 2ER7E 4EJDA 2QCIA 5P80A 2F8GA 1A30A 2O4PA 1DIFA 4NJVA 1C70A 5P76A 4Y57A 3T7QA 5P1CA 5P13A 5P7AA 5P7XA 2PH8A 1MIQA 5P1TA 5P07A 4APRE 3TTPA 3OUBA 5P8FA 5P2OA 5P5DA 3OU1A 1FFFC 1D4YA 3KMYA 5P5HA 2PMAA 1EPLE 5P55A 5P5LA 3O9LA 5P89A 4JOOA 2HB3A 4OC6A 1SDUA 2QU3A 2R9BA 3CYWA 4DPFA 3MSKA 2Q64A 1KJHA 1FF0C 1PPLE 4GB2A 3O9FA 4LHHA 5P6IA 1DAZC 4RGHA 2BQVA 1K1TA 4CPUA 4MC2A 4Y39A 1EBZA 2FGUA 5OZQA 4Y4WA 1HWRA 3QVCA 5P5CA 5KR1A 4RRSA 4J1HA 2VS2A 5P84A 2CEMA 3S7MA 3PRSA 1W5VA 4LBTA 3R0WA 4RVIA 1BXQA 2P83A 2FNSA 3VF3A 3T11A 2PYNA 3IVHA 5P6WA 2WF4A 3INDA 5IE1A 5HE5A 3ZKMA 2OHUA 2B8LA 4NPUA 3IAWA 2A4FA 5P6MA 5OZFA 3APRE 4EJLA 1B6MA 5P3QA 5E5KA 5P78A 5P0GA 1AZ5A 3NWXA 5P7JA 3KM4A 1SBGA 5P18A 3I7EA 3A2OA 3VF7A 1BDRA 3O9DA 1OD1A 3OOTA 3EKQA 5OZWA 2IDWA 5P1PA 4GJCA 2G24A 4XXSA 5P7HA 4OD9A 2QZXA 1XL5A 5P2FA 2ZJMA 5OZYA 4A6BA 5P1JA 2AZ8A 2OHKA 4GJ5A 1FMUA 4J55A 1PSNA 3OQFA 1ZP8A 1FMXA 3NU4A 5P72A 4Y5BA 5P8EA 1IIQA 1BVGA 4YDFA 3GI0A 4EHCA 5OZMA 1AAQA 3TH9A 3M9FA 1W50A 5P29A 4OBJA 5P8KA 4GJAA 4I11A 4RZ1A 4HVPA 4YOBA 5AHAA 1QBRA 5P4GA 4APEA 1HPXA 2AOCA 3U71A 1FLHA 5HU1A 3UDKA 5P4UA 5F01A 3FNUA 2QD8A 3O9AA 1QRPE 5P8NA 5P5VA 1EPRE 3SA5A 5P6GA 3JVYA 3L5EA 3PMUA 4EPJA 2HPEA 3LINA 3HD8A 3R0YA 3SM1A 1DPJA 1A94A 5P2DA 2AQUA 5P6NA 4XX3A 4Y3GA 4Y5EA 4CPRA 4FAFA 1LZQA 5P1WA 5P37A 2B42A 5OYYA 4I0GA 5P7RA 4FLGA 1BWBA 5DGWA 1G6LA 4D8CA 3WZ7A 1AJXA 4J1KA 4U8WA 4GJ9A 3SFCA 3EL0A 1MESA 3L3AA 3LIXA 3SACA 3NXNA 4Q1WA 4OBZA 1AM5A 3DJKA 1HIHA 2J9JB 4Y3AA 3FSMA 4Y53A 1D4JA 4Y5NA 5ER2E 4PZWA 5P1DA 2BJUA 1MRWA 5P7NA 2FLEA 5I3WA 1BILA 2R3WA 1ZPAA 3OADA 2H6TA 1PROA 5P0HA 1E81E 4KE0A 5OZRA 4QJAA 4IVSA 1BIMA 2B8VA 4B77A 4FSEA 4KB9A 4EP2A 4DQGA 3SA8A 2VJ9A 4Y3SA 4L7JA 4RLDA 2NPHA 3CMSA 2NNKA 1RNEA 5KQYA 3MXEA 1BXOA 3GI5A 5IVQA 4BELA 5P8TA 1IZIA 2HS2A 3SM2A 4Y6MA 2WECA 3FNTA 3QRMA 5OZ8A 4HDPA 5P2UA 4YE3A 4FCOA 4Y45A 1GVUA 8HVPA 3OAGA 1MUIA 1E80E 1A8KA 4JP9A 5P73A 5HE4A 5P12A 2QI0A 5OZ7A 3QS1A 3CKPA 1EC1A 1W5XA 3TLHA 4TVHA 5BS4A 3TOFA 1HEGE 4Y3EA 5F00A 3NXEA 2WEZA 5DQ2A 2NMYA 2NXDA 5E5JA 5C9DA 3BVAA 1NH0A 4YOAA 1HVRA 4U7VA 3BXSA 5P7LA 5I3VA 4PHVA 2BPWA 5OYZA 5P8LA 5P5EA 4YCKA 3S2OA 4FM8A 2V10C 3GW5A 1HPSA 5P4RA 5P5ZA 3SO9A 5P4VA 2QU2A 4Y41A 2A1EA 2BBBA 2OHQA 5OZJA 7UPJA 2ZE1A 5P6XA 4GYEA 5P39A 5P4OA 1HXWA 2UPJA 3I2LA 4RCFA 1YM2A 1HIIA 4MC1A 2OHRA 3OXXA 2O40A 3UPJA 3LITA 4DJRA 1EEDP 2Q55A 1G0VA 5P3UA 1UPJA 5P5IA 4JPEA 5OZSA 1XE5A 4Y3ZA 4FRJA 3UQWA 5KR0A 1YTIA 3VV6A 3F9QA 1XL2A 5P2EA 4YBFA 5P8OA 3PEPA 5OZ5A 4DJVA 4GJ6A 3UQUA 4Y3YA 1IVQA 1XN3A 2HB2A 5AHCA 3UFNA 2Z4OA 5P4LA 4EYRA 3LIZA 1MSMA 5C9BA 5AH9A 2QHZA 2APRA 4OBHA 5P51A 2QMFA 2VJ6A 5P3OA 3KN0A 3SKGA 2G94A 5P7YA 1ODXA 4F74A 5P4WA 5P3FA 4LXKA 4WY6A 3HVPA 5P1ZA 2R5PA 1HTGA 2F81A 1WBMA 4PZXA 2AVMA 2WEBA 5P4ZA 5P0CA 5P3ZA 3BC4A 3BUGA 5P57A 1HVJA 3C9XA 5OZHA 5P6OA 1FQXA 2PQZA 3EBZA 2QNQA 1ENTE 2OHLA 4AMTA 4Y50A 4I0EA 1HIVA 5OZXA 1YTJA 5P1SA 1META 5HD0A 3KDBA 2V16C 5P10A 5P6CA 2PSGA 5OZ9A 5P8MA 5UPJA 5P1YA 3HDKA 6APRE 5OZKA 1KJ4A 2QK5A 3ZMGA 5P2RA 2O4KA 4YA8A 2BKSA 4K4QA 2R8NA 4GJ8A 4DJPA 1OEXA 4J1CA 5P5QA 4YDGA 1KZKA 4X7IA 5P3EA 2RKFA 5P8HA 3MWSA 4Y5GA 5OZEA 2VNMA 1C6ZA 5P1MA 3IXOA 3UHLA 3MSJA 4D89A 4DJWA 4M8YA 5P8CA 2AZBA 4I8WA 3LPIA 5P3TA 5OZGA 3QI1A 4TRYA 2NNPA 2P3DA 5P0XA 2I4VA 5P0AA 5P1VA 4R95A 3Q6YA 5P5YA 2FDEA 5P53A 3VFAA 3ZKNA 2ER6E 2IS0A 4J0YA 5P1LA 3S56A 5OYQA 5P5GA 5P5FA 3WSJA 5IVRA 1T6EX 3O9EA 2ASIA 5P04A 4K9HA 5J25A 4L7HA 1MT7A 3FIVA 5PEPA 4Y37A 5P6VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XFI A;  5P71 A;  5P1O A;  3DK1 A;  3Q5H A;  5P1X A;  5P7Z A;  5P56 A;  2AVS A;  1NPA A;  5P41 A;  3QP0 A;  4GZF A;  3EL4 A;  2QD6 A;  4WY1 A;  4HEG A;  3BUH A;  1E82 E;  5P4F A;  4Y4G A;  1B5F B;  1ME6 A;  4Y38 A;  3NDX A;  5P3X A;  5P7K A;  3WB5 A;  3K5G A;  1T7K A;  3FKT A;  4BFD A;  1HOS A;  3PB5 A;  4Y4X A;  3UQR A;  3OHH A;  3BHE A;  4Y35 A;  5IVT A;  3PHV A;  5CLM A;  4B0Q A;  4ZIP A;  3G72 A;  1DMP A;  5COK A;  4H3G A;  4QJ9 A;  2QI7 A;  3EMY A;  4X2L A;  5KQF A;  1ODY A;  4EP3 A;  1GVX A;  5P01 A;  2BPV A;  2ZGA A;  3T3C A;  1QBT A;  3OU4 A;  1LF3 A;  4J0Z A;  5P4A A;  3OUD B;  2P8H A;  5TOL A;  1MER A;  4GJ7 A;  3NWQ A;  5P28 A;  1ZSF A;  1APV E;  4YBI A;  5P6P A;  5P61 A;  2PSU A;  4Y5L A;  3KDC A;  5P6H A;  3PI0 A;  3IN3 A;  1ZJ7 A;  2I0A A;  3UDN A;  1EBK C;  1QS8 A;  4GJD A;  2F3F A;  3EM6 A;  5ENK A;  5P1G A;  5P26 A;  5P23 A;  5P0Q A;  3G6Z A;  5P2A A;  5P68 A;  1HHP A;  5OZU A;  2BKT A;  3INE A;  5KQZ A;  3OU1 B;  1ZTZ A;  5OZP A;  2P3A A;  3O9L B;  3DV5 A;  5I3Y A;  3KYR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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