1VIJA

Hiv-1 protease complexed with the inhibitor hoe/bay 793 hexagonal form
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Structure of HOE/BAY 793 complexed to human immunodeficiency virus (HIV-1) protease in two different crystal forms--structure/function relationship and influence of crystal packing.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1vijA00
3HLOA 5P0GA 4L7JA 1DMPA 5HTZA 3QBFA 1APTE 2QZXA 4FM7A 3TNEA 1LYAA 5HU0A 4GB2A 5P2TA 4CPSA 5P8RA 2HM1A 5P6QA 4OD9A 1EBZA 4J5JA 4EXGA 5P77A 3SACA 4KB9A 5P6UA 3OWNA 3NDTA 4YBIA 3LIZA 3OAGB 4B05A 3IGBA 4K4RA 1IZIA 1Z8CA 1J71A 5UPJA 2AVVA 2NMZA 2NMYA 2G1YA 3QP0A 3O9FA 4Z50A 5P5VA 4ER2E 1B6KA 4H3FA 2Q55A 3SA3A 5P5UA 2QU3A 3ZKXA 3I2LA 3EBZA 3BVBA 5DGWA 3B80A 5OZEA 2QNNA 4FLGA 6UPJA 4YA8A 5OZAA 1TW7A 2Q5KA 3LZYA 2AZ9A 4D83A 2WEZA 4YCKA 5DR3A 2QZWA 5P2EA 4JECA 2UXZA 5P2DA 2ZE1A 2ZHSA 2QAKA 2QHCA 4RGHA 4YOAA 2OHPA 1EEDP 1WKRA 5OZJA 3S43A 4N00A 5P50A 1LYAB 2P3DA 5P3JA 2QI6A 2RMPA 5P8JA 5DQ5A 4GIDA 4MC1A 1KJ7A 4OD9B 1BWAA 3G72A 2PH8A 2VJ6A 3PWWA 2WL0A 3LITA 4GJCA 2RENA 1XN3A 2P3CA 1TCWA 3NU5A 1RNEA 2QMDA 5P4TA 1ZPAA 3EL4A 5JG1A 1BXOA 1GNMA 3QRVA 1HIHA 5P5OA 2O4LA 5P1DA 1BV7A 3NLSA 2QHZA 4FRJA 2QMPA 5ISKA 5AH9A 4Y54A 1FKNA 3O9DA 4Y4WA 5OZKA 3PVKA 1E81E 3IAWA 1NSOA 5P00A 2AZBA 3VYFA 1ZJ7A 4HDFA 3TL9A 5P5BA 2IGYA 1U8GA 1FEJC 5P7IA 2G27A 1IIQA 4GJ7A 2R9BA 5P3UA 5P3WA 3PBDA 4PPHA 4APEA 4YCYA 4GJDA 3APPA 1HBVA 3S43B 4DJUA 1XDHA 4QJ6A 4Y43A 4YD7A 4DJYA 1GNNA 4L6BA 3INHA 4E43A 1W5YA 3PSYA 3HD8A 5P7KA 2PSUA 5P51A 4Y4TA 5P1MA 3SA9A 1HVLA 4I0DA 1MT9A 3LPIA 5P05A 4A6CA 1ZTZA 3OQ7A 2R5PA 4ZIPA 3L5FA 1ZSRA 5JODA 3VV8A 1KJ4A 4D8CA 3HAUA 1IVQA 5HDVA 4OBJA 3UDQA 3CICA 5OYTA 5P4CA 5P20A 4RYCA 4Y3XA 3WZ7A 4B78A 3OOZA 5P0UA 5P0JA 5IVRA 5P6SA 3TPLA 1YM4A 1T7KA 3VLAA 1HOSA 2QZKA 5P6MA 1HTEA 2FDDA 1FQXA 1W50A 3I6OA 5DR8A 2NXMA 5E5JA 4JOOA 4PEPA 5OZ9A 4J1FA 5P2QA 3O99A 4BEKA 4I8ZA 3K5DA 4Q1XA 2PH6A 3TTPA 4A6BA 2XFKA 5P6FA 1K1TA 3TOHA 5P11A 4I0ZA 5SXNA 5DQ1A 5P4YA 5OYZA 1DIFA 5P10A 5P5RA 5P15A 2ZJJA 1RL8A 1QBUA 3Q70A 4LXMA 4AZYA 3WZ6A 5P49A 5P3AA 2P8HA 5COPA 4Y57A 5P55A 4Y3DA 4DQEA 5P4RA 5P1WA 1MERA 4I10A 5EZXA 2FIVA 3S2OA 2RKGA 1SDVA 2ZJIA 3SM1A 1AJXA 1K6VA 5DQ4A 4OC6A 5P4JA 3NU4A 5P4SA 5P8DA 1CPIA 1G35A 2J9JA 5P4PA 4CPUA 1HPVA 2R8NA 5P1PA 2V11C 3G70A 1W5WA 4YBFA 3AIDA 2ZJNA 1MTBA 4I0JA 6FIVA 2JXRA 3KFSA 4Q1NA 4HDBA 5P3ZA 2RKFA 5P5QA 3GI5A 3RVIA 1Z1HA 5P1UA 3CMSA 3N4LA 4ZSQA 1QBSA 4EQ0A 2QMFA 4Y3LA 4WY1A 5AGZA 5OZTA 1G0VA 4OBZA 5P0PA 3UPJA 3MSLA 3QROA 3EKTA 4Y50A 2ZJMA 4H3IA 3L5EA 2F81A 3IA9A 2QI4A 2R5QA 3A2OA 3OU1A 5P32A 3UF3A 3URJA 3TPRA 3PGIA 4FSEA 4U7QA 3R2FA 3APRE 1A8KA 3OTYA 5P8MA 2FXEA 4COEA 1C6XA 2FNTA 3SM2A 3ZKNA 5KR0A 1GKTA 2QP8A 3O9BA 4Y3PA 2A1EA 4OC6B 5P7CA 4DPIA 1META 4ER4E 5OYSA 4I8WA 3NDWA 3GW5A 4Y3SA 5P08A 1MESA 4LL3A 4Y4EA 5OZWA 3O9IA 5ER1E 1AXAA 3PI0A 1F7AA 2J9JB 5OZ2A 3EC0A 5P85A 2AZ8A 3FX5A 1YM2A 2R3WA 4DQFA 1XL5A 5P0TA 3Q5HA 3TKGA 5P7XA 2WF0A 1CZIE 1LF2A 5F01A 4DQHA 2BQVA 4XX4A 4FAEA 2B42A 2Z4OA 3QVIA 1HTRB 5P7AA 3VSXA 4XXSA 3S85A 4OBZB 4NKKA 3FIVA 4CPWA 5P1CA 2WF4A 5P72A 2G21A 3Q3TA 3OTSA 1SMRA 4RZ1A 3OU1B 3NUJA 3L5DA 3VFBA 1BBSA 1HSIA 2O4KA 1HVCA 4YDGA 2R43A 2ER0E 2JYSA 2H6SA 4EJDA 2I4UA 1LV1A 4RCFA 4GJ9A 4FRSA 5BWYA 1D4SA 3UDNA 1BWBA 4X7IA 3I25A 2XYFA 4DQCA 4OBFA 3EM4A 4Y3ZA 3R1GB 4UPJA 5P1EA 5OZHA 4KUPA 3VG1A 5P6OA 4PHVA 2AZCA 4Y58A 5KR8A 4GJ8A 4EP3A 4Y5GA 3VLBA 1GVVA 5P7OA 5P5PA 3OHFA 1MT7A 1HEGE 1HTFA 3UDRA 3K4VA 4Y44A 4Y3AA 5P87A 2WECA 5C9BA 2G26A 5P52A 5HCOA 5P3XA 4NJVA 5OZ8A 2V10C 3INFA 5P0BA 5P0MA 4Y38A 3HVGA 3CKPA 3UDPA 4ZSPA 2PMAA 4J0ZA 5P84A 3VCMA 3H0BA 2HC0A 1GVWA 1B6LA 4YOBA 5P67A 3IXJA 1E5OE 1D4LA 5E5KA 3ZOVA 1SBGA 5P6BA 3QAAA 2XFIA 3QRMA 3UDYA 3PB5A 1FQ6A 5P1LA 3TH9A 4Y35A 2Q63A 3PWMA 5P1VA 1M4HA 1QS8A 4LXKA 5P5FA 3S8IA 5P5XA 3OU3A 1MIQA 1FQ4A 3VF5A 5P0LA 1HWRA 3DCKA 3VV7A 5P2RA 4CPXA 5P4EA 1KJHA 2PK6A 3OXXA 5P58A 2AOFA 5P07A 4AA8A 4B00A 2OF0A 1A94A 4GJ5A 5P18A 3ZKIA 1BAIA 5P4FA 4J0VA 3INDA 1W51A 5P6YA 4Y4BA 3FNTA 4I11A 1LF3A 4GJ6A 5P8TA 3UDKA 5P4BA 1TZSA 5HE5A 3UFNA 2Z54A 3G6ZA 5P0WA 5P1OA 2UPJA 2PK5A 2VJ7A 1MTRA 3GI6A 4JPCA 1QRPE 5P17A 1MRXA 3S53A 3MSJA 5EZZA 4J1KA 4LBTA 2ZHTA 1EBKC 5P0NA 1AM5A 5P60A 2ANLA 3OADA 4Q1WA 2ZHUA 3LZUA 3L3AA 1B5FA 5OYRA 3EL1A 4DJRA 2PYMA 1HVSA 2OHKA 4Y5AA 3D20A 1ZBGA 4OBGA 3ZPUA 1Q9PA 4KE1A 3SFCA 4JPEA 3BGCA 2V16C 4I0IA 3UQPA 2BBBA 3JW2A 5KOSA 4FE6A 5P59A 1A9MA 1C6ZA 2EWYA 5P73A 1YTIA 4NJSA 5P5YA 5P44A 2JJJA 1ME6A 3RTNA 2XFJA 2B7FA 3PLDA 4A4QA 1K6PA 4FGXA 1D4HA 1MPPA 5P8LA 3N3IA 3LINA 4ACXA 1FMUA 2QI7A 2NNKA 1MT8A 2WEDA 5P4MA 1IZDA 4DVFA 5P4VA 3MWSA 5P3PA 2QD8A 5P5NA 4BELA 3PSGA 1BDRA 4J0PA 4EHCA 1D4YA 2QI5A 5P4XA 3U71A 1DP5A 4AA9A 8HVPA 4GZFA 4YCTA 3U7SA 5AH7A 5P33A 4CPQA 1PPLE 3UDMA 1LYWA 3OUCA 3SA7A 1ODWA 2VJ9A 3OADB 5J25A 1OEWA 5P09A 1W5XA 1G2KA 1QDMA 4R8YA 5P2UA 4EJ8A 1B5FB 1UH8A 3OUDA 4MC2A 5OZVA 3OQDA 1SGUA 3ZKQA 3QVCA 4EP2A 3OY4A 3OK9A 5P2XA 3VYEA 4Y3NA 1T7IA 2NXDA 3O9LA 5P02A 3LIYA 4QJ2A 3WZ8A 4Y3FA 3ZPSA 1EAGA 4RVJA 2Q64A 5P6VA 2FDPA 3M9FA 4MC9A 1T6EX 5P2AA 3KA2A 4M8XA 4KE0A 1PFZA 3LNKA 1LF4A 2Q11A 1HTGA 3SAAA 2G24A 4HVPA 5P5CA 1SDTA 2NNPA 5OYUA 1YTGA 4CKUA 3NYGA 2RSPA 1YX9A 5P7UA 3PM4A 5P7GA 5OZYA 2A4FA 4Y36A 3INEA 2I1AA 5KOQA 3QS1A 3KN0A 5P06A 3LPKA 4DQGA 3GGXA 5P5HA 1ZAPA 3OGPA 4J0TA 1HEFE 1LYWB 2VA6A 1K6TA 1W6HA 5OZQA 2ZGAA 7UPJA 1PSAA 4Y48A 5P0RA 5P81A 4Y3EA 4FS4A 3L58A 5P6KA 3OUDB 4J17A 4Y3HA 4Y56A 4Y3YA 1C70A 4EWOA 5OYVA 5P28A 3O9LB 1M43A 5P89A 5P0CA 2NR6A 4APRE 4WTUA 1JLDA 3DCRA 2HS1A 5P6EA 4HLAA 6APRE 3NDXA 5P2CA 1M0BA 5P8SA 2IGXA 4Y3WA 2HB4A 5P5KA 3TPPA 5P37A 5P86A 3UDHA 5P1TA 3NXNA 1T6GA 3RSVA 1ZLFA 4RYGA 1SIVA 3OOTA 4ZEAA 3RTHA 3SKFA 2AVOA 5OZPA 2I4VA 5P1BA 2H6TA 3KT2A 5P2NA 5T4SA 3O9HA 2F80A 5P12A 2BB9A 4QJ8A 4YHQA 2B8VA 5P8IA 4LC7A 4Y9WA 2QU2A 3BRAA 3JVWA 5HE7A 5P3VA 3OQFA 4FIVA 3KMYA 5P1IA 4EXHA 3IVHA 5P8UA 5P3FA 7HVPA 2BPWA 3HAWA 2QZLA 3BC4A 2J9KA 4X2LA 1XE6A 5HDZA 3K5GA 3ST5A 1XS7D 1HVIA 3T6IA 1RQ9A 5P0IA 5C9DA 4FM6A 1MSNA 5P68A 1FQ5A 3EM3A 4F74A 2AOEA 5P7MA 1FG8C 4ZLSA 3NU9A 5P7NA 3WSJA 3SLZA 5OYQA 1MUIA 1FF0C 5P6XA 2I4DA 3IVIA 2WKZA 3ER3E 2FDEA 4RRSA 4K9HA 5P0KA 2OHSA 4L7GA 2BPXA 2G22A 1EPOE 4ZPFA 5DR7A 4DI2A 5DGUA 2MIPA 2IEOA 4Y5LA 4Q5MA 5P3EA 5HU1A 4RROA 2HB2A 1HIVA 3ZMGA 5P24A 4OBHA 4FL8A 5P66A 5P7BA 1HHPA 4LHHA 2WHHA 4CPTA 4YD4A 3T7PA 2FS4A 5P31A 2R38A 5P7WA 4NJTA 1MVPA 1NH0A 2QD6A 5P1AA 1XL2A 4FRIA 4ZE6A 3OQAA 3QRSA 3R0YA 3S54A 5P7YA 4J54A 3GGAA 2ZJLA 4Y3JA 5P1JA 4DJVA 3O9EA 1BIMA 3EKXA 3T3CA 5P6IA 2ZHRA 5APRE 2G69A 4Y5NA 5SY2A 5IE1A 2ER9E 2WF3A 5OZOA 3K5FA 2FGUA 5I3VA 1FQ7A 1MRWA 5P6GA 3EL5A 3BUGA 4Y3RA 4Y3QA 2ASIA 5P2VA 1ODYA 1HPSA 4DH6A 3PSUA 2QCIA 1HPXA 2HAHA 5P25A 1C6YA 4J1HA 3TLHA 2AOHA 3HZCA 3QIHA 3R0WA 1EPRE 2G1NA 2QI0A 4HE9A 4Y4JA 4U7VA 3L5BA 3VYDA 5P42A 1GVTA 4I0GA 2UY0A 3VEUA 1RPIA 5P5WA 4TRWA 3PI5A 4YD5A 3KFPA 5P6WA 5P36A 2G20A 4TRYA 2BJUA 3QI1A 4Y37A 1HXBA 4M8YA 4CMSA 1APUE 3T11A 3WB4A 4F76A 4Q1YA 2PYNA 3KMXA 1QBRA 5P2YA 5KR2A 3L5CA 4HDPA 5P6JA 2NPHA 4L7HA 2V0ZC 1ENTE 5OZ4A 2VIZA 2QI1A 5P71A 4OBKA 5P3YA 2WF1A 1FB7A 1K6CA 1HVHA 5P0YA 5P1XA 3FNUA 5I3YA 3RTMA 3D1XA 1N49A 4Y5BA 5OZFA 5P5TA 5ENKA 2Q15A 3CKRA 3S7LA 4FAFA 3PJ6A 3KFRA 5P8FA 2IDWA 5P16A 3KDBA 1EPQE 2OHMA 4BFDA 5P2ZA 2HS2A 4IVTA 3SO9A 5ER2E 1HSGA 3NWQA 1OHRA 5OYXA 3UFLA 2QHYA 3UHLA 5P54A 1AZ5A 4K4QA 3SA4A 3MSKA 5SY3A 1HVJA 5P03A 5OYYA 5P23A 2V00A 5P1YA 3CIBA 5P0OA 3SQFA 3EXOA 3OQKA 5P5ZA 3HDKA 4K4PA 2VNMA 5P3SA 3ZKMA 3URLA 1EC2A 4LP9A 1SGZA 5P6LA 5P4UA 2O4NA 2AOIA 1HPOA 3L59A 4Y5CA 5P22A 5P83A 4B0QA 3SPKA 5P70A 4NPUA 1QBTA 1DW6C 5P7HA 5P1FA 5P82A 5P0DA 1SP5A 1TSQA 2I4QA 5HVPA 5P7QA 5P45A 5KAOA 1BVGA 2AIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HLO A;  5P0G A;  4L7J A;  1DMP A;  5HTZ A;  3QBF A;  1APT E;  2QZX A;  4FM7 A;  3TNE A;  1LYA A;  5HU0 A;  4GB2 A;  5P2T A;  4CPS A;  5P8R A;  2HM1 A;  5P6Q A;  4OD9 A;  1EBZ A;  4J5J A;  4EXG A;  5P77 A;  3SAC A;  4KB9 A;  5P6U A;  3OWN A;  3NDT A;  4YBI A;  3LIZ A;  3OAG B;  4B05 A;  3IGB A;  4K4R A;  1IZI A;  1Z8C A;  1J71 A;  5UPJ A;  2AVV A;  2NMZ A;  2NMY A;  2G1Y A;  3QP0 A;  3O9F A;  4Z50 A;  5P5V A;  4ER2 E;  1B6K A;  4H3F A;  2Q55 A;  3SA3 A;  5P5U A;  2QU3 A;  3ZKX A;  3I2L A;  3EBZ A;  3BVB A;  5DGW A;  3B80 A;  5OZE A;  2QNN A;  4FLG A;  6UPJ A;  4YA8 A;  5OZA A;  1TW7 A;  2Q5K A;  3LZY A;  2AZ9 A;  4D83 A;  2WEZ A;  4YCK A;  5DR3 A;  2QZW A;  5P2E A;  4JEC A;  2UXZ A;  5P2D A;  2ZE1 A;  2ZHS A;  2QAK A;  2QHC A;  4RGH A;  4YOA A;  2OHP A;  1EED P;  1WKR A;  5OZJ A;  3S43 A;  4N00 A;  5P50 A;  1LYA B;  2P3D A;  5P3J A;  2QI6 A;  2RMP A;  5P8J A;  5DQ5 A;  4GID A;  4MC1 A;  1KJ7 A;  4OD9 B;  1BWA A;  3G72 A;  2PH8 A;  2VJ6 A;  3PWW A;  2WL0 A;  3LIT A;  4GJC A;  2REN A;  1XN3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1FLH A;  2PSV A;  4WY6 A;  1KZK A;  3GI0 A;  3VFA A;  1LYB A;  3LHG A;  5P78 A;  2Q54 A;  4R92 A;  4GYE A;  1FIV A;  4Z22 A;  1EPN E;  2BKT A;  1VIJ A;  5P0V A;  4Y4G A;  1IDB A;  5DR0 A;  5P3M A;  1GVU A;  5P5D A;  1BXQ A;  4I0H A;  3T7X A;  4Z2Z A;  5P8A A;  3RSX A;  4EQJ A;  1PPM E;  5HD0 A;  2O40 A;  2FXD A;  1LZQ A;  1FQ8 A;  2WEA A;  3UQU A;  2IKO A;  1D4K A;  5DR4 A;  5P38 A;  5CON A;  2P3B B;  3PBZ A;  4QJ9 A;  1YTH A;  3NXE A;  3SKG A;  5P14 A;  4D85 A;  3H5B A;  3OUB A;  2ZYE A;  4DJX A;  4J0Y A;  5P1R A;  4TVH A;  2CEN A;  5BS4 A;  2G1O A;  1W5V A;  4JP9 A;  5P64 A;  2NTR A;  4YE3 A;  2VIY A;  2OHL A;  5P2J A;  3EKV A;  4FSL A;  3JVY A;  5P34 A;  3UTL A;  1NPA A;  5JFP A;  1A30 A;  1ER8 E;  5P63 A;  3KDD A;  4Y4X A;  4RRN A;  5HCT A;  1HVR A;  2Q3K A;  5KQZ A;  3CID A;  5P3C A;  3ZPT A;  4I12 A;  1KJF A;  3BXR A;  1E80 E;  5P43 A;  3TOF A;  5B18 A;  1PSN A;  1K2C A;  1LYB B;  4RVI A;  4ZSR A;  5OZ7 A;  3DM6 A;  1GVX A;  2HPF A;  4ZPG A;  5P8G A;  5P5I A;  3O9G A;  4GJB A;  5P7E A; 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 3LIV A;  2APR A;  3OXW A;  1UH7 A;  4GMI A;  3IXK A;  2VNN A;  1UPJ A;  1KJG A;  5DQC A;  3DUY A;  5P3B A;  1MEU A;  3KM4 A;  4R93 A;  5P04 A;  3EKP A;  4Y4D A;  1LEE A;  1IZE A;  5P39 A;  2QI3 A;  2VIJ A;  1SME A;  3NU3 A;  3CKT A;  5OZU A;  4DJP A;  2FLE A;  3NR6 A;  4L1A A;  2R3T A;  5P69 A;  5P8O A;  2WJO A;  2P4J A;  4PYV A;  5OZN A;  2ZHV A;  2QD7 A;  5P1G A;  5IS4 A;  4FCO A;  4QJ7 A;  2IQG A;  3D3T A;  1APW E;  5P0A A;  3EMY A;  3IN4 A;  3OU4 B;  5KQF A;  4LAP A;  5P6D A;  5OZ0 A;  2F3F A;  5P7T A;  4NPT A;  5P2H A;  5P3N A;  1T7J A;  1HSH A;  3PEP A;  1BDL A;  5P13 A;  1K2B A;  1RV7 A;  5P8C A;  1IVP A;  4DJO A;  3Q6Y A;  1FMB A;  3F9Q A;  1FFF C;  2HPE A;  5P48 A;  5P01 A;  1BV9 A;  1HXW A;  2B8L A;  4MC6 A;  5P3D A;  1ZPK A;  2AQU A;  3SA8 A;  4Y3T A;  3PLL A;  5P57 A;  3K5C A;  5P8E A;  4EYR A;  3UQX A;  1YT9 A;  3MXD A;  5P7P A;  5P6C A;  3DOX A;  5P8N A;  1WBM A;  5I70 A;  2JE4 A;  1HVK A;  3IN3 A;  3OAG A;  5P2M A;  1PSO E;  5F00 A;  1HII A;  5OZM A;  5PEP A;  5P46 A;  4QLH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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