1VIJA

Hiv-1 protease complexed with the inhibitor hoe/bay 793 hexagonal form
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of HOE/BAY 793 complexed to human immunodeficiency virus (HIV-1) protease in two different crystal forms--structure/function relationship and influence of crystal packing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1vijA00
5P6LA 3LIZA 4OD9B 3L3AA 4GB2A 2WF0A 4OBZA 1BV7A 2WF2A 1HVIA 4LHHA 5OZPA 5P1CA 3SA8A 4COEA 3UDYA 3OHHA 3HVPA 5P3RA 1ZTZA 3SLZA 5P0EA 1E80E 3NUOA 3OQ7A 5P4AA 2FDEA 4DJXA 4R93A 1GNOA 1YTIA 5JFUA 5P74A 3VG1A 5EZXA 3OU1A 1IDAA 3EL1A 1HWRA 1ODWA 3NDTA 5P29A 1SBGA 3ZOVA 3BGBA 4NPTA 5P2YA 1FF0C 5IVRA 1BV9A 2B42A 1QBUA 5P5ZA 2PH6A 2I4XA 4Y45A 5KR8A 4TRYA 5P7RA 4B78A 3L5DA 2HB2A 2F3KA 2AQUA 5P1AA 3OAGB 5P76A 4F75A 4DVFA 2PSUA 3OU3A 3FX5A 1U8GA 1GVWA 4Y3LA 1EPNE 4Y3WA 4OBHA 4DQBA 1IVPA 3INDA 3JW2A 2B60A 4HZTA 5P05A 2VIEA 5P4PA 1M0BA 5P62A 1D4HA 3GI6A 4J1HA 5OZ5A 4I8ZA 3URLA 3IA9A 2Q3KA 5P6KA 2BBBA 3T7XA 4Y3HA 1EPQE 1Z1RA 3OUAA 2FXDA 3NYGA 4Y3NA 3HBOA 2HAHA 2JE4A 1PPLE 1EBYA 2QI1A 3K5DA 4L1AB 4Y47A 3Q4BA 4Y5KA 5P8HA 1HPVA 4J0ZA 1OD1A 1A8GA 4OC6B 2IENA 5OZAA 5P8CA 5P0NA 5P37A 5P7BA 5P2XA 3HAWA 5P1BA 1W51A 5P6VA 3EL0A 4Y5PA 2BKTA 3B7VA 4YCKA 2IL2A 3OTYA 4Y5BA 4ZE6A 3GGVA 1SIPA 4DJWA 3U7SA 1HTFA 4Y3XA 5P6XA 2QI3A 2OHNA 5P6PA 2V00A 3HAUA 1HSGA 4YD3A 4HDPA 5P0VA 1UPJA 5P0PA 1RV7A 1Z8CA 4GJCA 2NR6A 2SAMA 5P1XA 5P1KA 5P59A 5P3CA 1APUE 5P51A 3MXEA 4R5NA 5P2DA 1SH9A 2XYFA 5P88A 5P3YA 5P8PA 3APRE 4Y35A 3LZYA 4Y4BA 3NU5A 2AZCA 3UFNA 5OZWA 1BAIA 2PSVA 5P1LA 5AH9A 5P7ZA 1J71A 2R5PA 1EC3A 4YD6A 4FS4A 1IDBA 3NUJA 4OBZB 4QJ6A 5P1IA 3EBZA 2HS2A 4UPJA 1YTHA 2F3EA 2V12C 3S54A 1SGUA 3SA6A 2PYNA 5FIVA 5P48A 1ZSFA 4FGXA 4ZSMA 3CMSA 2F3FA 5OZFA 1MRXA 1D4KA 5P8EA 3O9GA 2CENA 1AM5A 5P87A 1K6PA 4QJ2A 4Y3QA 3O9EA 5P73A 5P4EA 5P5BA 5HDXA 3HVGA 3G6ZA 3SA5A 4J0TA 5P1DA 2G24A 3INHA 3KFNA 1APTE 3OU1B 4XKXA 5P7OA 2QP8A 4J0PA 5P5RA 2PMAA 5P0GA 5P25A 4Y50A 1QDMA 4TRZA 2UPJA 2AOFA 5P3DA 3CYWA 3T7PA 4ZSQA 5P1GA 1OHRA 5P80A 3PWRA 5P66A 3OUCA 3O9IA 3UHLA 3LHGA 4RYCA 4CMSA 2QD7A 1TQFA 1KJHA 4ZEAA 3NR6A 4BFDA 4EXGA 1HIHA 2O40A 1K6TA 3HLOA 5COKA 2RSPA 3FV3A 4QGIA 3LZUA 2B7ZA 5AHCA 2WEBA 5P7HA 5P27A 5P55A 1ZBGA 2VIYA 5OZYA 3IXOA 4Y3JA 5P41A 4B0QA 5BS4A 2VIZA 1ODYA 1LS5A 4A4QA 5P0BA 4Y3PA 1T7IA 2RENA 3QROA 4YHQA 5IVSA 2QI6A 2RMPA 4FL8A 3OGPA 3KN0A 5P3VA 5OZMA 3RTHA 5C9DA 3SA7A 4FIVA 5P16A 4Z50A 2R3WA 5P65A 1PPME 3APPA 3EL9A 2P3BA 3KF0A 1PFZA 4Y51A 2IKUA 1HXBA 1XN3A 3CIBA 4HDFA 1APWE 1SMEA 3KMXA 5P3ZA 2PQZA 3INFA 5P5LA 2B8LA 5P8FA 1T6GA 3DM6A 4D8CA 4EP3A 5P5VA 3SA4A 4FRKA 5P0RA 5P2FA 4Y36A 1FQ4A 2O4KA 2AOIA 3O9CA 3S56A 1TW7A 1FQ6A 3U6AA 4Y4DA 3S7LA 3SA3A 1EC1A 3HW1A 1M43A 3ER5E 5KR1A 3K4VC 2AOEA 3Q5HA 1K6CA 3DV1A 5HDZA 2WL0A 1KJGA 5ER1E 5KOSA 5UPJA 3UQWA 2ZHVA 5KQFA 4H3GA 4FAEA 2Q63A 3D3TA 3PMUA 1HVRA 2F81A 4K4QA 1EBZA 5OZJA 1AVFA 4LBTA 3ZKMA 5DR4A 5OZTA 4N00A 5P7NA 1D4SA 2I4DA 1FFIC 2ER0E 2AVMA 3QBFA 5P4VA 3JVYA 5P82A 5P8OA 3BUGA 2IQGA 1LF2A 3BC4A 5P1VA 3EKXA 4Y4WA 5JFPA 4FE6A 3L5BA 4B1EA 5P8AA 4AA9A 5P35A 5P2AA 1G2KA 3TOHA 3SABA 3S2OA 1W50A 3CYXA 1LYBA 1C70A 3D20A 3L5CA 4Y5AA 2BQVA 4LXAA 5P3PA 2O4LA 1EAGA 5P2SA 1W5XA 3QRMA 2ZHRA 1XE5A 4FAFA 1MERA 4GJ8A 4JPCA 3WZ6A 5P52A 4Y4JA 1K6VA 5P3XA 5APRE 5P7CA 5P5SA 3T7QA 2ZHTA 2AVSA 4MC1A 2G1YA 1M4HA 2QZKA 4HE9A 4DJYA 3OU4A 3I2LA 1HVKA 3O9FA 4MC9A 3L59A 5P7PA 2G21A 4FSEA 6APRE 2QHYA 5P42A 4R95A 5P53A 4NJVA 1META 3GGAA 5P22A 3VUCA 5P3HA 2B8VA 1ENTE 5COPA 5P2OA 5P0DA 4HLAA 5P8UA 4DPFA 1BWBA 5P6TA 2VIJA 1K2BA 5P0YA 3IN3A 1HIVA 2Z54A 2ZJIA 1MT9A 1W5VA 3PEPA 5P8TA 3S53A 5P0OA 5P43A 2I0DA 2WF4A 3GI5A 2NNPA 4K9HA 5P3QA 5P7UA 5P0IA 3UQUA 4RVIA 5JG1A 1B6LA 5P7SA 4XXSA 4S1GA 5OZ9A 4DQHA 2G69A 5P7AA 2PSGA 4RRSA 4U8WA 1FQ8A 2F8GA 4X2LA 5P39A 5I3VA 5P2NA 2R8NA 1QBTA 3L38A 5P1JA 3NU9A 2ANLA 3DOXA 3O9BA 5P2RA 2Q11A 3PBZA 4Y41A 5P5FA 4CPWA 1AJVA 4J54A 1A8KA 1MSNA 3TPLA 4WY6A 2OF0A 5P6DA 3DV5A 4I0JA 4FRSA 1FEJC 3NU6A 3BHEA 2OHUA 5OYVA 4I0HA 5P2ZA 5OZ8A 5OZQA 4EP2A 4BELA 1EEDP 4BFBA 3BUHA 4DFGA 5OYYA 5AHAA 2AZBA 5P5YA 4I0ZA 2MIPA 2ZJHA 2ER7E 4EJKA 1FGCC 3NU3A 5P3TA 4Y4UA 3PI5A 3QPJA 2QI5A 1HPSA 2J9JA 4Q5MA 5P4CA 1F34A 5DQ4A 1QS8A 1ZAPA 4Y5CA 1PSOE 5F01A 1EBKC 1W6HA 1K1UA 4QLHA 4Y53A 5P1ZA 1YG9A 5P4KA 3VV6A 5ENKA 5F00A 3OADA 1RL8A 4I12A 5P4SA 5AH6A 1C6XA 3PRSA 3UQXA 1FQXA 5SXNA 5P07A 5P1HA 2G1OA 3ZKGA 4EYRA 4XX4A 5P3MA 5HE7A 3VCMA 2G22A 4QJ9A 1IZDA 3OUDB 1A9MA 4YDGA 3VF5A 2OHQA 5P03A 5OYRA 1FG8C 2QAKA 2FDDA 2NMYA 3SKFA 4Y37A 2AODA 5P5WA 5P6YA 4NJTA 4OBDA 2AZ8A 3ZKQA 3SA9A 5P12A 5P3BA 5P8GA 2ZJNA 2V16C 5P69A 4CPSA 4J1CA 5AHBA 5P7JA 2Q64A 2NNKA 5P68A 1MIQA 2VKMA 5P2LA 5P3FA 5P26A 4R91A 1EPOE 1OEXA 2BB9A 3PCWA 4ZPEA 2QU3A 3OU4B 5P7IA 2PK6A 5P5GA 3OXCA 2HPEA 2R43A 3EM6A 5P7QA 2P4JA 5P89A 2JYSA 5BRYA 4ZPFA 4Y5GA 4YCTA 3R1GB 4Q1XA 3ST5A 4GJBA 5P3OA 5P0TA 1W5YA 2FMBA 4A6BA 3L5FA 5P0HA 3UTLA 3VFBA 4QJ7A 5P7XA 5P4JA 4I0DA 4A6CA 1FMUA 2NXMA 5P4DA 5P40A 5KAOA 1N49A 2P83A 5P50A 1TCXA 3TPJA 3EKYA 3INEA 4ZSPA 2I4QA 2NTRA 1G0VA 4Y4XA 3OK9A 3TLHA 5IVTA 3PSUA 5P4GA 3ECGA 3GGUA 1CZIE 5OZ6A 2VA6A 4RVXA 1SIVA 4GJ6A 3KFPA 3O9AA 1IZIA 5P6FA 3GGXA 4YOAA 5P5DA 5HTZA 5P1OA 1ODXA 3VF3A 1HVLA 5P34A 3RSXA 4FCOA 2QD6A 3NXNA 5P1MA 4JP9A 1HHPA 3LIYA 1IIQA 1LYWB 5P4FA 5ISKA 4FSLA 5P08A 3KT2A 5DQ2A 3KM4A 3LZVA 5P19A 8HVPA 3AIDA 1BDRA 1HBVA 5HE4A 3O9LA 5P38A 3IVIA 4PZXA 3VYDA 5P09A 5P8LA 2IGYA 4YDFA 2CEJA 1YM2A 2QU2A 5OYWA 5P60A 1FIVA 1QBRA 5P7DA 5OZ4A 1HSIA 5P0QA 5P5TA 6FIVA 3U71A 4B1CA 5P32A 3D91A 2IRZA 2J9JB 5P5KA 1E5OE 4YD4A 4J17A 1EPRE 3URIA 4U7VA 4Y3FA 2Q5KA 5P0KA 2I0AA 5P6RA 4AZYA 3QRVA 2BPVA 4Q1WA 3UF3A 5I3YA 2NXDA 3OADB 2P3DA 4JOOA 5P3EA 2OAHA 2XFIA 3URJA 5P81A 5P6OA 1OEWA 4PYVA 2NPHA 5P67A 3IVHA 2WEDA 4FRJA 3LZSA 1G6LA 2Q55A 5P8NA 3UDKA 3KFSA 4OBGA 1BVGA 5P4ZA 2AOHA 3RU1A 4DJQA 4Y3GA 5P24A 1ZLFA 2ZJKA 1EPME 2CEMA 1HRNA 4DUSA 5OZXA 3K4VA 5EZZA 2A1EA 1BDQA 5P5EA 1PPKE 4EJ8A 1GNNA 3OXWA 3CICA 5P0AA 3PHVA 1T6EX 3A2OA 4EXHA 5DQCA 5P4UA 3SPKA 4FM7A 1LV1A 3C9XA 3QRSA 4LC7A 1EBWA 2QMFA 5P1EA 3SKGA 2WHHA 1KZKA 3EL4A 3VSWA 3D1XA 5P5JA 1FMBA 3I25A 3BVBA 5AGZA 3ZMGA 3UDRA 3TOFA 5P5IA 3PI0A 4B72A 1QBSA 5DR7A 5P1RA 4GZFA 4Y6MA 3ZKXA 5P4NA 1YTJA 3EM4A 4L7JA 5P36A 1FMXA 3NLSA 4GJAA 5P2IA 5ENMA 4Y58A 5P86A 5OZ2A 3JVWA 2I4UA 1NPWA 5P1FA 2JJIA 4U7QA 3WB5A 2AVQA 4DV9A 1YTGA 1SDVA 2BPWA 4Y3AA 4H3JA 2WEAA 5P01A 5P10A 2JJJA 5P3GA 1CMSA 5P3IA 3TKGA 2PC0A 2ASIA 2ZJJA 5P4YA 5OZ3A 5P2BA 4XX3A 3SM1A 3HDKA 3O9HA 5PEPA 1TCWA 1WKRA 3PJ6A 5P4MA 3G72A 5I70A 5P0UA 5P75A 5DPZA 1C6YA 4PEPA 1MESA 1AIDA 4LL3A 5P3LA 3GW5A 5OZBA 2XFJA 5AH8A 2IS0A 1A30A 3I6OA 2HPFA 3BXSA 4YOBA 2QNPA 3KDDA 4Y5EA 5P18A 4CPRA 2QD8A 2QNQA 4HA5A 5P3AA 2IDWA 3O9LB 1ER8E 3LINA 3RSVA 4WY1A 4GYEA 5P6GA 3FSMA 5BWYA 2HC0A 5P7MA 2OHPA 2F80A 4TRWA 2H6SA 5P7LA 3UQRA 1NPVA 4J0YA 2H6TA 3GI4A 4Y3RA 5HD0A 1SGZA 2I4VA 1B6PA 3OQFA 5P5HA 2A4FA 2FS4A 3CKPA 2P3CA 4NPUA 2Q54A 5P2HA 3VV8A 5P7EA 2VNMA 4L7GA 2G1NA 5P5UA 4AMTA 4F74A 5SZ9A 4LAPA 1ZSRA 2O4PA 3T11A 7UPJA 5P5CA 1DAZC 5P72A 1LF4A 3OQDA 4R8YA 3OWNA 3Q6YA 5P1WA 4HVPA 5P44A 5OZGA 4KE0A 3ZL7A 5P4IA 5OZHA 4LP9A 2VA5A 5P2GA 3EC0A 2UXZA 3UDMA 2AOGA 3IXJA 5P5QA 2WKZA 3EKQA 1TSUA 2ZHUA 4Y3EA 5P8SA 4L6BA 1UH9A 3ZKNA 1W5WA 5JODA 5TOLA 3WSJA 5HCTA 3KDCA 3CKTA 1MRWA 5P3SA 3WB4A 4EQJA 2RKFA 3T6IA 4K8SA 3S43A 4DJUA 5P8MA 5AH7A 3K1WA 3R0YA 1HEFE 3FNTA 2HM1A 4R92A 5P0CA 3LPIA 2PH8A 2VS2A 5HVPA 3PLDA 4CKUA 4RCDA 5OZLA 5P8JA 1CPIA 2QMDA 2O4SA 4PHVA 1MT8A 3PGIA 1LYAA 3TNEA 4DH6A 1HTEA 1ZPKA 5COOA 5I3WA 1LEEA 5P2JA 2UY0A 1XN2A 5P7TA 5P3UA 5P8KA 3PCZA 5P28A 2P3BB 4I0FA 2ER9E 1FQ5A 5HU0A 1GVXA 4B1DA 3HZCA 4L1AA 5P6SA 4ACXA 1GVVA 5OZNA 1IVQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6L A;  3LIZ A;  4OD9 B;  3L3A A;  4GB2 A;  2WF0 A;  4OBZ A;  1BV7 A;  2WF2 A;  1HVI A;  4LHH A;  5OZP A;  5P1C A;  3SA8 A;  4COE A;  3UDY A;  3OHH A;  3HVP A;  5P3R A;  1ZTZ A;  3SLZ A;  5P0E A;  1E80 E;  3NUO A;  3OQ7 A;  5P4A A;  2FDE A;  4DJX A;  4R93 A;  1GNO A;  1YTI A;  5JFU A;  5P74 A;  3VG1 A;  5EZX A;  3OU1 A;  1IDA A;  3EL1 A;  1HWR A;  1ODW A;  3NDT A;  5P29 A;  1SBG A;  3ZOV A;  3BGB A;  4NPT A;  5P2Y A;  1FF0 C;  5IVR A;  1BV9 A;  2B42 A;  1QBU A;  5P5Z A;  2PH6 A;  2I4X A;  4Y45 A;  5KR8 A;  4TRY A;  5P7R A;  4B78 A;  3L5D A;  2HB2 A;  2F3K A;  2AQU A;  5P1A A;  3OAG B;  5P76 A;  4F75 A;  4DVF A;  2PSU A;  3OU3 A;  3FX5 A;  1U8G A;  1GVW A;  4Y3L A;  1EPN E;  4Y3W A;  4OBH A;  4DQB A;  1IVP A;  3IND A;  3JW2 A;  2B60 A;  4HZT A;  5P05 A;  2VIE A;  5P4P A;  1M0B A;  5P62 A;  1D4H A;  3GI6 A;  4J1H A;  5OZ5 A;  4I8Z A;  3URL A;  3IA9 A;  2Q3K A;  5P6K A;  2BBB A;  3T7X A;  4Y3H A;  1EPQ E;  1Z1R A;  3OUA A;  2FXD A;  3NYG A;  4Y3N A;  3HBO A;  2HAH A;  2JE4 A;  1PPL E;  1EBY A;  2QI1 A;  3K5D A;  4L1A B;  4Y47 A;  3Q4B A;  4Y5K A;  5P8H A;  1HPV A;  4J0Z A;  1OD1 A;  1A8G A;  4OC6 B;  2IEN A;  5OZA A;  5P8C A;  5P0N A;  5P37 A;  5P7B A;  5P2X A;  3HAW A;  5P1B A;  1W51 A;  5P6V A;  3EL0 A;  4Y5P A;  2BKT A;  3B7V A;  4YCK A;  2IL2 A;  3OTY A;  4Y5B A;  4ZE6 A;  3GGV A;  1SIP A;  4DJW A;  3U7S A;  1HTF A;  4Y3X A;  5P6X A;  2QI3 A;  2OHN A;  5P6P A;  2V00 A;  3HAU A;  1HSG A;  4YD3 A;  4HDP A;  5P0V A;  1UPJ A;  5P0P A;  1RV7 A;  1Z8C A;  4GJC A;  2NR6 A;  2SAM A;  5P1X A;  5P1K A;  5P59 A;  5P3C A;  1APU E;  5P51 A;  3MXE A;  4R5N A;  5P2D A;  1SH9 A;  2XYF A;  5P88 A;  5P3Y A;  5P8P A;  3APR E;  4Y35 A;  3LZY A;  4Y4B A;  3NU5 A;  2AZC A;  3UFN A;  5OZW A;  1BAI A;  2PSV A;  5P1L A;  5AH9 A;  5P7Z A;  1J71 A;  2R5P A;  1EC3 A;  4YD6 A;  4FS4 A;  1IDB A;  3NUJ A;  4OBZ B;  4QJ6 A;  5P1I A;  3EBZ A;  2HS2 A;  4UPJ A;  1YTH A;  2F3E A;  2V12 C;  3S54 A;  1SGU A;  3SA6 A;  2PYN A;  5FIV A;  5P48 A;  1ZSF A;  4FGX A;  4ZSM A;  3CMS A;  2F3F A;  5OZF A;  1MRX A;  1D4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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