1VIKA

Hiv-1 protease complexed with the inhibitor hoe/bay 793 orthorhombic form
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of HOE/BAY 793 complexed to human immunodeficiency virus (HIV-1) protease in two different crystal forms--structure/function relationship and influence of crystal packing.
pubmed doi rcsb
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1vikA00
4GJAA 4Y3MA 5CONA 5P8OA 4F74A 3QP0A 1PPME 3OUBA 5OZSA 1HRNA 3PM4A 3LIQA 1AXAA 3PGIA 1HVLA 2XFJA 1LYBA 5P01A 5P80A 3URJA 5P5KA 2BPWA 1EBWA 1T7KA 4H3IA 2P8HA 5OYUA 3NDTA 3IVHA 4Y3TA 3OQAA 5P0EA 4RYCA 4ZEAA 4Y5KA 1QS8A 1FQ7A 1QDMA 4J1FA 4LC7A 5P25A 3S7LA 5J25A 1OD1A 1MVPA 3EL4A 3OU3A 2QI1A 4FL8A 2P3DA 5P3BA 2QNQA 4MC1A 5P2UA 5P06A 1K6PA 1DMPA 3RSXA 3LINA 3IAWA 3T6IA 2CEJA 4B70A 2QHYA 4HEGA 2I0DA 1XS7D 1C6YA 3VG1A 1EBYA 2AODA 4TRWA 5SY2A 3PSUA 4J1CA 4F76A 3MXEA 2HPFA 4EPJA 3KT2A 2VJ9A 5OYYA 4R93A 3SKGA 3VYFA 1BVEA 3ECGA 4NPUA 4I12A 1YX9A 1MERA 2FDPA 1FB7A 2QZKA 1IVPA 1T7JA 4Y4XA 3OU4A 3S43A 4NKKA 5T4SA 2PK5A 3URLA 3CIBA 3K5CA 1MTRA 5OZJA 2G26A 4Y53A 3WB5A 2NXMA 3L5DA 1KJ4A 3FKTA 2A1EA 2ER6E 2ZJIA 5I3WA 3NU3A 4J17A 5P1LA 2VA7A 3R2FA 2FGVA 4DH6A 3D1YA 5P2WA 4RGHA 2XYFA 5P8PA 5P3UA 5P0OA 5OZ2A 5P7WA 2G1SA 5P6HA 1F7AA 3OUDB 2AVOA 5P05A 2ER0E 4EP3A 4CPWA 1GNOA 3UDYA 5P2CA 3VUCA 5P3HA 5AHBA 5P1OA 5P6YA 1W6IA 5P4XA 4JOOA 3EL0A 4MC9A 4L7JA 4AMTA 1Q9PA 2QMFA 3BUGA 3U7SA 1RQ9A 4GB2A 5P39A 4Y3GA 1XN3A 4ZSPA 5P48A 2CEMA 2P3BA 4YBFA 1MEUA 5SZ9A 4CPUA 1IZDA 2G20A 2HPEA 3INFA 4CMSA 1LYAB 4ZPGA 4EXGA 4AA8A 5P26A 1A94A 1LF3A 5P1BA 4R92A 1HPVA 3TL9A 4AZYA 4OBHA 4Y3LA 2AQUA 5P2DA 5P8MA 3EKYA 4YD6A 2WECA 2QD8A 3LIXA 4Q1XA 4BFBA 4GJ6A 3OQ7A 5P41A 4KB9A 5P7FA 5P6AA 5P55A 5P6UA 3QVCA 3VEUA 1M4HA 2BBBA 3I8WA 3BGBA 4JP9A 3OUCA 2AOJA 4Y39A 2IENA 5P6MA 3SA8A 1TSUA 4B78A 3T7XA 4OBFA 5P38A 1HWRA 5P32A 2F80A 4M8XA 4Y3WA 5P7VA 5P6RA 2OAHA 3JW2A 2WHHA 5OZGA 5P1CA 2IRZA 2J9JA 4TVHA 3OHHA 5P5JA 5DR4A 5DR7A 5P4PA 1LYBB 1KJGA 4J54A 1HSHA 5OYRA 1J71A 1QRPE 2PC0A 4Y4AA 1AM5A 5P07A 5P73A 4LL3A 2F3KA 5P3YA 3SACA 5P0UA 1RPIA 1HSIA 2QMGA 3ER5E 5P19A 1HPOA 5P8AA 5OZFA 1ZJ7A 5P62A 1EBZA 3PLDA 3HLOA 2ANLA 2O4LA 2V00A 2HB2A 5P1PA 1ZLFA 3TTPA 2HC0A 5DR3A 4I0HA 3K4VA 5P4SA 5F00A 2VA5A 3U6AA 5P7UA 4I11A 2XYEA 5OZHA 2PH8A 3RTHA 4GMIA 3PB5A 5P0AA 3UQXA 1ZBGA 5P5LA 4YA8A 5HCTA 4B05A 5IVSA 1NH0A 4M8YA 3OY4A 3ZLQA 1A30A 5P61A 3PI0A 3UF3A 1BVGA 1FQ8A 1W5XA 5HDZA 3OU1A 5P6BA 5P86A 3K5DA 2AZCA 5P4WA 3ZKGA 5P0GA 4R5NA 5DR8A 4GJ9A 3EKQA 4RLDA 1EC1A 2Q5KA 1MRWA 4EJKA 3FNUA 1HPSA 4HDPA 3B7VA 5P4NA 1BV7A 3OU4B 3S43B 3CKTA 3CIDA 4B77A 4Y47A 5KOSA 5P6TA 4J0TA 1C6XA 5P3CA 4U7QA 1BWAA 5P5MA 3MSJA 1YT9A 4F73A 4FE6A 3EKWA 4J55A 3N3IA 1ER8E 1HVJA 5P4BA 5P1WA 2ZHVA 1FMUA 1JLDA 3HD8A 4ZPEA 2AOFA 2RSPA 3BUFA 5P4CA 5P69A 3GI6A 5P4QA 1HOSA 5P1RA 3UQRA 4OBKA 5P2SA 3EKTA 4Y35A 1APTE 1E81E 5DQ5A 3PMUA 2VA6A 4Y4BA 4Y54A 5P1UA 2G94A 4L6BA 4Y3QA 1ZPKA 4JECA 5P14A 2VNNA 5P5FA 5B18A 5P6QA 1A8GA 2VKMA 6FIVA 3EM4A 4WY1A 5P0FA 3SABA 1XN2A 3NWQA 5P7YA 4X7IA 2P3BB 5OZZA 5P75A 4EJLA 3GGUA 4BELA 5P8BA 3OADA 1FQ4A 5OYVA 1LF2A 5P71A 5P0XA 3OQFA 1N49A 1MTBA 4Y43A 5P20A 5P4RA 4J0VA 3INDA 4Y4GA 3DK1A 4DJQA 3PHVA 5P5WA 1XE6A 3QVIA 5P3AA 2MIPA 5P0QA 3OTYA 4D89A 5P64A 1HVIA 4ER2E 3KMXA 5KQFA 4FSEA 5P18A 3BHEA 1QBRA 5P02A 3WZ6A 1OEXA 4Y4ZA 5P13A 1W51A 2BPVA 3NU6A 4GJBA 4H1EA 3DOXA 4Y5GA 2PYNA 3O99A 2F81A 3LZYA 1D4JA 3PBDA 3K5FA 2P3CA 3MSKA 5P27A 3IGBA 3OTSA 3GGVA 2J9JB 4Y6MA 4EWOA 3OUAA 4DQCA 3DCRA 3KFPA 5P5CA 3PWWA 4I0ZA 5P78A 3ZL7A 1E5OE 2AZBA 3EKVA 1FMXA 5FIVA 3ST5A 5DQ2A 1BIMA 3PCWA 3QIHA 3CYXA 5JFPA 4RVIA 4A4QA 1VIKA 5P0MA 5P1AA 5P29A 3FSMA 5P0BA 3BXSA 1PPKE 3UHLA 2Q63A 5P0YA 2Q11A 2IQGA 4Y37A 5P83A 1ODWA 4YCYA 3SO9A 2BB9A 3O9AA 1EPME 5P1QA 5P0LA 4QJ2A 4DJXA 5P17A 5P5EA 2OHSA 5HE4A 4GJDA 5P7BA 3NWXA 3DM6A 3DV1A 2ZHSA 4TRYA 5P0WA 5P23A 5I3YA 4YDFA 3SFCA 5CLMA 3PVKA 5P8UA 3EKPA 3ZKNA 5HTZA 4R91A 5OZ5A 5OZWA 4GYEA 1ZPAA 2HB3A 3OU1B 1HEGE 3T11A 4H3JA 5OYWA 3LIVA 5P4JA 2VIEA 5E5KA 5IVRA 5P8NA 2O40A 1BBSA 2OHQA 3H0BA 3HVPA 3VFAA 1T6GA 4B1DA 2PWCA 3K1WA 3SPKA 4DQFA 4DQEA 1YM2A 3LPKA 3EBZA 3D20A 4Y45A 3PWRA 5P44A 3FNTA 4KE1A 5P0SA 4CP7A 6APRE 2Q55A 5P4GA 3S45A 5P0DA 1EAGA 2QAKA 3S56A 4EXHA 5P2IA 4QJ7A 3N4LA 1AVFA 2WEZA 1KJ7A 5P3KA 5P5IA 5BWYA 2Q3KA 5P15A 1B6MA 5P6DA 1G6LA 5P4UA 3QS1A 5P60A 4Q1WA 2AVQA 2APRA 4D83A 1FEJC 5OZRA 3UDRA 3KDCA 5JFUA 1HSGA 4YCKA 1E82E 3SKFA 1HXBA 2ZJKA 1ZTZA 2ZHRA 2JXRA 4QJ9A 2B8LA 5P2BA 4ACXA 1MT8A 2WEDA 3QBFA 3FX5A 4NJVA 1A8KA 1YTHA 4HZTA 5AH8A 1DPJA 1QBSA 2O4NA 1UPJA 3I2LA 5P51A 4DJRA 5P7LA 3APRE 4FIVA 2ER9E 5P3DA 2VJ6A 2FXEA 5P5TA 3H5BA 2FDDA 5P1NA 5P2GA 3QRVA 3S7MA 3S53A 3TH9A 3CKPA 3VV6A 5P1JA 3OADB 1OEWA 4FM6A 5P4LA 3VSXA 3Q5HA 1D4IA 2RENA 5P2JA 2B60A 5I3XA 5DQCA 5P2QA 3LNKA 3UQUA 4N00A 7HVPA 2R5QA 5P6LA 2ER7E 1GVTA 2ZJNA 4OC6A 1IBQA 4FRSA 4Z4XA 1SIPA 3IA9A 5P4IA 1HEFE 4Y9WA 1QBTA 3DUYA 2AOCA 3INHA 5DQ1A 5P10A 5KQXA 5P8SA 1M0BA 2ASIA 2XFKA 5P5DA 3ZKQA 2I4XA 2PH6A 5P0CA 4B00A 3EXOA 4H3FA 5P6KA 3INEA 2I0AA 3SA6A 5P1XA 1FFIC 2ZGAA 5P3XA 2BJUA 1BDRA 1D4KA 2WF2A 5E5JA 3ZMGA 1FF0C 3LZUA 2Q15A 2JE4A 3D1XA 3MSLA 5HDVA 5P42A 5P79A 2Z54A 5P5QA 5P7PA 2HAHA 5P3GA 5P57A 1PSOE 5P8QA 5OYQA 2G1YA 2SAMA 4QLHA 4DJPA 3VV8A 5P8CA 1T7IA 5KR8A 3Q4BA 4FRKA 2O4KA 2AOGA 5P50A 5P8DA 3WZ8A 7UPJA 2ZJHA 5P0RA 1W6HA 3NXNA 2QI3A 1WBKA 5P2AA 5ISKA 4NJSA 4JPCA 1YTIA 4KUPA 3ER3E 4FM8A 3CYWA 5KOQA 4XKXA 2F3EA 5BS4A 5P5XA 1SMEA 1SGUA 3EL9A 5P2YA 5P30A 3HBOA 1UH8A 3Q6YA 1G35A 1YTJA 4Y3PA 4ZSQA 1IZHA 4XXSA 1NPAA 3EL5A 4CKUA 3PLLA 2BPYA 1Z1RA 2JYSA 1U8GA 5P0JA 3R0YA 4OBJA 5P2HA 5P7CA 5OZEA 1K2BA 5P4AA 2BPZA 4LP9A 4WTUA 1T3RA 5OZXA 2OF0A 5P1EA 3S54A 1TW7A 3NDUA 1W50A 5P4ZA 4Y5MA 1PFZA 5P3JA 1GVUA 3S8IA 3EKXA 3IXKA 3Q70A 3A2OA 4GJCA 5HD0A 2NR6A 5P5BA 4YD5A 1LS5A 3WSJA 3LITA 2PSGA 1IDBA 5P74A 1EPQE 3VYDA 3EMYA 3OXCA 4LXKA 1ZSFA 5P5HA 2CENA 3TOHA 4Y4TA 5OZNA 5P6OA 2FXDA 4J1HA 5P6XA 3VF7A 4YDGA 4LAPA 4OBZA 3ZPTA 3TOGA 2AVVA 5P8LA 1HTEA 3O9GA 2QI6A 3I25A 1BDQA 3PEPA 5P6FA 2FNSA 2QI0A 5P54A 1TCXA 5P0PA 2WF4A 3I6OA 5P7HA 2OHTA 4FLGA 5P2OA 4Y5EA 4Z22A 3LPIA 5HDXA 3TNEA 5P63A 3SA3A 4I8WA 4QGIA 2V12C 5P5AA 2P3AA 5P6WA 1META 4K4RA 5OZTA 4Y50A 3I7EA 3HAUA 5OZ7A 5OZAA 5P6JA 4J0YA 5P3VA 3FNSA 4Y5BA 5P56A 2OHLA 3L59A 3NU9A 5OYTA 2XFIA 5I70A 5HDUA 5OYZA 1MESA 2O4PA 3UTLA 5P1KA 4RRSA 4DJUA 2R3WA 1XL5A 4DQBA 4DUSA 3ZKIA 3U71A 3UQWA 4Y4WA 2R5PA 4Y56A 5P4TA 1OHRA 2AVMA 5P7MA 4I0EA 3SM2A 3DJKA 3UDHA 4OC6B 1IZIA 1MSMA 5UPJA 3R1GB 4Y38A 2QHCA 4RROA 5P8IA 1HTRB 4D8CA 1DAZC 1HXWA 3HZCA 3ZPSA 3SA4A 2NMYA 1MIQA 4IVTA 3K4VC 1NPWA 4YCTA 2PYMA 4DJOA 1FQ6A 1PSNA 3KDDA 3O9DA 4YOAA 4RVXA 1D4SA 1EPPE 2I4QA 3NUJA 3GI0A 1HIVA 3DV5A 2UPJA 4HLAA 4QJ8A 2VIJA 5PEPA 2H6TA 5OZDA 5P46A 2R9BA 4FCOA 5P4VA 4R95A 2VS2A 3CICA 4CPXA 5P5GA 4EYRA 5P6GA 1BDLA 4H3GA 4J0PA 5P1HA 4JPEA 5OYSA 2QNPA 1CMSA 5P1GA 5P7QA 3ZKMA 3TKWA 4YE3A 5P77A 4YD3A 3NLSA 4ER1E 5P87A 5P5YA 2B7FA 5P5ZA 2QMDA 1SDTA 5HE5A 3QRMA 5P2RA 3RSVA 4U7VA 1ENTE 2NPHA 4OBDA 4PZXA 3VYEA 4APRE 1Z8CA 2ZE1A 2OHPA 1G0VA 1GNNA 5BRYA 1YM4A 3D91A 5P16A 3G70A 2FNTA 3IXOA 2Z4OA 1YG9A 4B1EA 2G1RA 1AZ5A 5OZ4A 3R0WA 1MUIA 2QI4A 5P2ZA 4D85A 2BKTA 2FGUA 5P8EA 4Y41A 1DIFA 5C9BA 5P1TA 1EPRE 4MC6A 2WJOA 1SGZA 4YHQA 5OZOA 5P45A 3G6ZA 5KR2A 2AOEA 4DI2A 5ENKA 4DQGA 2NNPA 1IVQA 3SLZA 3GGXA 1IDAA 5P1VA 3LPJA 3NYGA 4HE9A 2VNMA 3PSGA 3R4BA 1K1UA 5P85A 3O9FA 4DQHA 2RMPA 4RZ1A 4Y5CA 4I0DA 4GJ5A 5OZPA 2AOHA 4NJUA 4Q5MA 5P3IA 1FLHA 4KE0A 2NXLA 4OBZB 3IN4A 3QRSA 5P3MA 5OZYA 5P3QA 5AH7A 2IDWA 2OHMA 5AH6A 4RCEA 1D4YA 1C70A 1HVSA 1ODYA 2QP8A 2G22A 3SA9A 5P49A 3BVBA 1EC3A 1XL2A 1W5YA 4A6BA 3O9CA 4FRIA 1RL8A 4A6CA 1GVVA 3L5CA 5P3WA 4HDFA 3NSHA 5P3SA 5P6EA 3TKGA 1EBKC 4K9HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJA A;  4Y3M A;  5CON A;  5P8O A;  4F74 A;  3QP0 A;  1PPM E;  3OUB A;  5OZS A;  1HRN A;  3PM4 A;  3LIQ A;  1AXA A;  3PGI A;  1HVL A;  2XFJ A;  1LYB A;  5P01 A;  5P80 A;  3URJ A;  5P5K A;  2BPW A;  1EBW A;  1T7K A;  4H3I A;  2P8H A;  5OYU A;  3NDT A;  3IVH A;  4Y3T A;  3OQA A;  5P0E A;  4RYC A;  4ZEA A;  4Y5K A;  1QS8 A;  1FQ7 A;  1QDM A;  4J1F A;  4LC7 A;  5P25 A;  3S7L A;  5J25 A;  1OD1 A;  1MVP A;  3EL4 A;  3OU3 A;  2QI1 A;  4FL8 A;  2P3D A;  5P3B A;  2QNQ A;  4MC1 A;  5P2U A;  5P06 A;  1K6P A;  1DMP A;  3RSX A;  3LIN A;  3IAW A;  3T6I A;  2CEJ A;  4B70 A;  2QHY A;  4HEG A;  2I0D A;  1XS7 D;  1C6Y A;  3VG1 A;  1EBY A;  2AOD A;  4TRW A;  5SY2 A;  3PSU A;  4J1C A;  4F76 A;  3MXE A;  2HPF A;  4EPJ A;  3KT2 A;  2VJ9 A;  5OYY A;  4R93 A;  3SKG A;  3VYF A;  1BVE A;  3ECG A;  4NPU A;  4I12 A;  1YX9 A;  1MER A;  2FDP A;  1FB7 A;  2QZK A;  1IVP A;  1T7J A;  4Y4X A;  3OU4 A;  3S43 A;  4NKK A;  5T4S A;  2PK5 A;  3URL A;  3CIB A;  3K5C A;  1MTR A;  5OZJ A;  2G26 A;  4Y53 A;  3WB5 A;  2NXM A;  3L5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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