1VIKA

Hiv-1 protease complexed with the inhibitor hoe/bay 793 orthorhombic form
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of HOE/BAY 793 complexed to human immunodeficiency virus (HIV-1) protease in two different crystal forms--structure/function relationship and influence of crystal packing.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
molecule tags Aspartyl protease
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1997-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1vikA00
5OZIA 5P0PA 2Q54A 1J71A 4Q1NA 5P6KA 1K6VA 1MT8A 4FAFA 1XN2A 3DJKA 4J1EA 2BJUA 3ST5A 1A8GA 4J5JA 5P8DA 5IVRA 4OBFA 1BILA 3LNKA 1QDMA 2QI4A 3R0WA 4ZSQA 3H5BA 4B78A 5P58A 5OZHA 3SA5A 2R8NA 2OHSA 4R93A 4B05A 1IBQA 3VUCA 4J17A 2ZJHA 5C9BA 5P32A 2Q55A 3TPLA 1FQ8A 5P3MA 5P3CA 4ACXA 1HBVA 1TSQA 5P7QA 5P7GA 5P3WA 3LZVA 3OU4A 2NMZA 2HB3A 2QHYA 5P6RA 5OZ9A 4EHCA 4Y35A 3MSLA 4FS4A 4B1CA 2AQUA 3Q3TA 3NUOA 2AOIA 4RVXA 5P3OA 1T6EX 4L6BA 4ZSPA 5P2KA 5P5TA 2OHRA 5APRE 1ZBGA 4XX4A 5P0QA 3CIBA 4DJQA 2P8HA 1JLDA 5P1AA 3S53A 5I70A 5P3LA 2JJJA 1TW7A 3DCKA 3MSKA 4JECA 2WF2A 4NKKA 5P13A 4Y3EA 5P2YA 2PSGA 5AHBA 5P7HA 5OZ7A 4YDGA 6APRE 5P4LA 4LAPA 3L59A 5P1SA 4MC1A 5P3FA 3INEA 3L3AA 4Y5MA 4RZ1A 2IS0A 2FXEA 2QD8A 5P8UA 4Y5NA 7UPJA 5P0AA 3NDWA 2QI3A 4GYEA 1K1TA 2AVOA 4ZIPA 4FIVA 5OZSA 2VIJA 2APRA 4B77A 3UDRA 5P12A 5KR2A 4X7IA 1E80E 2QD7A 3PWMA 4HEGA 5AH9A 1RV7A 5P1MA 5P0XA 1EC1A 2ZDZA 3K1WA 1AJXA 3OADA 2V16C 3O9BA 1HTFA 1SDUA 5P3NA 2ZJLA 5ISJA 2IKUA 2Q5KA 5P14A 5P7JA 6FIVA 5P5PA 3NDXA 3T11A 5P63A 3VYFA 3SFCA 1APWE 3IXKA 1PPLE 5OZNA 1Z1RA 5P52A 5P15A 1N49A 4H3JA 4YBFA 5P3EA 4FAEA 4GJ8A 5CLMA 1XL5A 4XXSA 2P3AA 5P68A 1FG6C 4OBDA 1XS7D 4I0DA 5P4ZA 5P5MA 1HVLA 3QVCA 2VJ9A 4EPJA 1PSNA 2ZJKA 5P81A 3RTNA 5P03A 5P11A 1HTEA 4LBTA 3ZOVA 4Y3HA 5P7KA 4KE0A 3UDMA 1TCXA 2WHHA 5DQ4A 4I0GA 1MSMA 3APPA 2VS2A 1SGZA 1A9MA 2F81A 3MXDA 5P5FA 3PI0A 3RVIA 2QHZA 3O9LA 3BUHA 5P4WA 5P8CA 1B6LA 1T3RA 1BV9A 5HDXA 5KOSA 2OHPA 4J0VA 1PPME 2B8LA 4GZFA 4DQEA 3UDNA 2G69A 3T7PA 3ZKXA 4U8WA 3IXJA 2F8GA 1HVSA 3VLBA 5P4JA 4LP9A 3EKTA 4GJ9A 4BEKA 2I4QA 5P2LA 4FM8A 3ZKMA 1D4YA 1OD1A 3L38A 3GGUA 3GGAA 1YX9A 3G72A 4MC9A 4R95A 1GVXA 4Y3ZA 3CKRA 5UPJA 4RLDA 1W51A 3ZLQA 4R5NA 3QRMA 3PHVA 2PWCA 5JFUA 5AH8A 3O9GA 3QP0A 5P1OA 1LV1A 3BUFA 1AAQA 3INFA 3Q70A 4K4PA 2Q63A 3NWXA 2R9BA 3OXCA 2MIPA 1WKRA 2O4NA 1FFFC 1GVTA 5P0TA 5P7ZA 5P2HA 3NDTA 3URIA 5P3BA 5P37A 4B0QA 5P7PA 5P7IA 2QMGA 1Z8CA 3KT2A 1GVVA 2BKTA 1K1UA 4YOBA 3QS1A 5P1LA 1ODWA 4LXAA 1BWAA 3IN3A 4PEPA 2VNMA 3SPKA 1W5WA 3BUGA 4EQJA 2R5PA 3OXVA 4QJ6A 3CYXA 3O9EA 4Y4ZA 4BFDA 4L7JA 4RYCA 1QBSA 1A94A 4OBZB 2HS2A 2VNNA 3GI0A 4TRWA 5HVPA 5P1GA 4Y43A 4I12A 4RGHA 4FGXA 3IVHA 3B7VA 4Q1WA 4YCTA 3UFLA 3APRE 5P71A 4WTUA 3OUDB 3KF0A 5P56A 5SY3A 1EPNE 4FRJA 2F3KA 4APRE 4J1CA 5P49A 5P4PA 1ODXA 3UPJA 2I4DA 1CZIE 4Z2ZA 4EP2A 5P29A 3EM3A 2AVQA 1BDLA 5P2WA 3VG1A 1F7AA 2R43A 4FLGA 2ASIA 3KT5A 2BPWA 4GB2A 4QJ9A 2VKMA 1BIMA 3OHFA 5P25A 3CICA 5P02A 3QPJA 3PVKA 2IGYA 1EC0A 3R1GB 1YTJA 3EKYA 3B80A 4FM6A 5P4DA 5P7AA 5P57A 5OZQA 5DR3A 3PMUA 3LINA 4TVGA 4EJKA 2OF0A 1C6YA 5HD0A 4GJAA 5P0VA 5P16A 4Y4DA 5OZLA 1EBZA 3EM4A 4CMSA 5OZFA 3UQXA 3N3IA 2FS4A 3ZPTA 4HDPA 2PYNA 3NR6A 3EL1A 1C6ZA 1G6LA 3SQFA 3NXEA 1HPSA 5E5JA 1IDBA 3HW1A 5P0NA 2F3EA 4RCEA 4QJAA 3Q4BA 4Y41A 5P5ZA 3OAGA 3R4BA 1NPAA 4PYVA 3ZMGA 4I0JA 4NJVA 4YCYA 4Y5KA 3EKVA 4K9HA 5J25A 5P1PA 2P3CA 4YD4A 4FRIA 5P86A 2P3BA 5P0EA 1VIKA 2HS1A 2OHUA 4Y39A 1QBTA 2PYMA 5HU0A 4Y5PA 4Y3SA 4YOAA 5P46A 4RRSA 5KR8A 1YM4A 5P1HA 3HAWA 2QNPA 3OU4B 3PWRA 4A4QA 3OOZA 1MRXA 3Q6YA 5P6CA 3BGCA 2OHNA 5P7VA 5P5RA 5IVTA 5COKA 4GJBA 1M4HA 2AVVA 1YTIA 5P2XA 1BXOA 3INDA 4L7HA 2RKGA 5P4GA 4Y3YA 2O4KA 4Y3TA 4ER2E 5P6DA 4ER1E 3K5FA 5P3SA 4EYRA 4NJSA 2QI0A 4Y56A 4H3FA 3WZ6A 2O40A 5P45A 2G20A 2HIZA 5P6XA 5FIVA 5P5HA 5P6OA 5P8KA 5P8VA 1ZP8A 2G1NA 4M8YA 4OBGA 3D3TA 3QAAA 1FQ7A 4DV9A 4I8WA 2RENA 4LXMA 4X2LA 4NPTA 4KB9A 3QRSA 4EXGA 3KFRA 5DQCA 3URLA 1XE5A 1MT9A 1HPVA 2QZWA 3MWSA 1YT9A 3OUDA 2HPEA 5OYSA 3VLAA 2QU3A 5DR4A 1OEWA 3OU3A 3OTSA 1HWRA 2JXRA 4HDFA 2OHTA 3QROA 3BVAA 3VCMA 1HVKA 3LIYA 5OZKA 5P5VA 5P55A 5KR0A 3VV8A 5C9DA 2IENA 3O9CA 3OADB 2UY0A 1RNEA 2JJIA 2IEOA 4DQHA 2ANLA 3EMYA 3UQPA 5DQ1A 1EBYA 1FF0C 5ISKA 5P3PA 3SO9A 2XYFA 1APVE 2Z4OA 4Y5CA 2NMYA 2WF1A 5P1ZA 4OD9A 2AZCA 5IVQA 5P8SA 4Y53A 3SKGA 5P5SA 1HVHA 1HIVA 1MUIA 5P8QA 1FFIC 3PSUA 5HE5A 4HZTA 4ER4E 2QZXA 4Y5GA 1K2CA 6UPJA 4I10A 3SLZA 1ZSFA 4LHHA 3EL9A 1D4SA 2G27A 5P34A 3M9FA 5OZXA 3OUCA 4YD6A 1ZTZA 1SBGA 1ZPAA 5P7MA 2UPJA 5P8FA 5P67A 4Y50A 5P0YA 5P0SA 2PH8A 3GGXA 3D91A 4Y3FA 4ZEAA 3RSXA 2P3DA 3NU3A 2BPZA 4DFGA 1C70A 2V11C 1SMEA 2XFIA 1MIQA 3O9LB 4DJWA 4Y9WA 2XYEA 4Y4UA 4Y57A 1DAZC 2B42A 1M0BA 5F00A 5P27A 2O4LA 5P36A 3LITA 3KDDA 2QZKA 4Y3PA 1OHRA 5OZOA 2HB4A 5P35A 1KJGA 3VF3A 1HXWA 4Y38A 3GW5A 3OQFA 3D1ZA 2I4WA 2V0ZC 5P7LA 4B00A 4F74A 4GJCA 5P5GA 4S1GA 4CPRA 1D4LA 3PJ6A 5P2DA 1NPVA 1GNNA 5P74A 3ZL7A 1HVRA 5P3VA 2HB2A 3DK1A 5P4RA 4I1CA 5P30A 3S7MA 5P1IA 3LIXA 2ZJMA 4E43A 5KQFA 3VF5A 3KA2A 4CPXA 1AZ5A 5P1CA 3PRSA 5OZJA 4BFBA 3QBHA 3S45A 1K6CA 3TKGA 1ENTE 1YTGA 5P33A 5KAOA 3KM4A 3PSGA 1IIQA 2H6SA 2ZHUA 3IAWA 1EPRE 4Y3NA 2G21A 4Y48A 2FDEA 3T7QA 3TH9A 3C9XA 4NJUA 5P3XA 5P1QA 5P61A 2QMPA 2NTRA 4YBIA 5P2OA 4Y4GA 2FMBA 5OZ2A 4ZPEA 5P5NA 5KR1A 5P2RA 4JPCA 4Y44A 2BPXA 3CIDA 5P6PA 2FDDA 5OZ0A 1HTGA 1YM2A 4A6CA 1A30A 1XE6A 2AODA 4DJVA 4DQCA 2IRZA 3D20A 5P0WA 4FRSA 3L5BA 2HPFA 4DH6A 5P6HA 4DJRA 3FIVA 2I4VA 3LIQA 3CYWA 2B7ZA 5P8AA 5P44A 5P2MA 5DR1A 1NPWA 3FSMA 2QI1A 1HPOA 4CKUA 4FM7A 7HVPA 5P5WA 5F01A 5P2IA 2G1OA 2RMPA 5P5YA 5P2ZA 5OZGA 5TOLA 5P3YA 4ZLSA 5P3ZA 2Q3KA 1XL2A 3UTLA 1HVIA 2XFJA 5ENMA 2ER9E 5COOA 5P28A 2NXLA 5OYYA 2I0AA 2FGVA 5DQ5A 4QJ2A 4COEA 5I3WA 2PH6A 5P8GA 5P7FA 4B72A 4KE1A 3VV6A 1WBMA 1C6XA 5P20A 3L58A 4Y47A 5P06A 3T6IA 1IZIA 5P01A 4Y4XA 3SA6A 3LZSA 5P7SA 2AZBA 2FDPA 1IVPA 1ZPKA 3PI5A 5ENKA 5HCTA 5OZUA 1T7KA 5P0UA 2I4XA 4TRZA 1HSHA 2OHMA 3VFBA 3N4LA 1EBKC 3L5CA 1SH9A 1UPJA 3PWWA 5P23A 5OZRA 3NXNA 1MEUA 3HZCA 2AOJA 2WJOA 5DGUA 1PPKE 5P3JA 3OAGB 4J1HA 3VFAA 5P08A 1KJ4A 3UQUA 1KJHA 4FCOA 4RVJA 4CPWA 2P3BB 1EC3A 3OQKA 3WSJA 5HU1A 3Q5HA 3TL9A 1EEDP 3T7XA 3FNTA 3U6AA 1EPME 4D8CA 1XN3A 5OZ4A 1HXBA 3TPPA 5OYQA 3EKWA 5P4IA 5P42A 4I0ZA 4FL8A 2QK5A 4RCFA 3AIDA 2A1EA 4EJDA 5P64A 3OU1A 1W6HA 3EM6A 1TCWA 3NU9A 5COPA 5P3AA 2O4PA 3GGVA 5P51A 1HEGE 2JE4A 4YD7A 2VA5A 2IQGA 4Z22A 5P1FA 2ER6E 3UDYA 5AH7A 2G22A 4J55A 5P0CA 3PBDA 5P0DA 3OUAA 4HVPA 3NU5A 2H6TA 3PCZA 5P75A 1DP5A 1TQFA 3DOXA 3G70A 3ER3E 4Y3LA 1LF3A 3HD8A 5P8RA 3QBFA 4Y45A 5E5KA 4HA5A 5P6UA 4EP3A 5HDVA 2BQVA 4HLAA 2OAHA 5P4MA 1BVGA 5P1BA 3U7SA 2NNKA 1EPOE 5P0JA 5P5BA 4RVIA 4PZWA 3WZ7A 5P4KA 5OZ5A 3OK9A 5P1JA 5P0ZA 1IZDA 1FQXA 5P0LA 3OXXA 2BPYA 3NYGA 2WEDA 3QVIA 3RSVA 1QBRA 2BKSA 3L5FA 2NPHA 4H3IA 2AVSA 1MRWA 4GJDA 1E82E 4MC2A 2EWYA 2I4UA 4Y3DA 3OWNA 4NPUA 2AOFA 5P76A 5P6GA 3WB4A 3WB5A 4EJLA 2FLEA 5SXNA 5EZZA 1FMUA 1GVUA 5P4YA 1NH0A 3FNSA 5OYXA 4DI2A 4OD9B 3GI6A 4I0EA 4J0ZA 3CKTA 3ZKQA 2QMDA 3OXWA 4YA8A 5P41A 3O99A 3OQAA 4Q5MA 5P2QA 1YG9A 4I8ZA 5P0HA 2ZGAA 3HLOA 3CKPA 3S7LA 3EC0A 2AOHA 2HC0A 4Y4TA 5P2UA 1FMBA 3FKTA 1OEXA 3NLSA 5P1NA 4DJOA 3SA4A 1AXAA 3ER5E 4B1EA 3PM4A 4ZSRA 5P5AA 5OZMA 3JW2A 2P4JA 4LC7A 3INHA 4OBKA 5T4SA 2O4SA 3JVWA 1SIPA 3UDJA 5P8TA 4LL3A 5AH6A 3VF7A 1E5OE 5P5IA 2NXDA 4Y3QA 1SDVA 5P38A 4UPJA 4OBJA 5P4EA 2QI7A 3VYEA 4DQGA 1BDQA 2ER7E 5P0BA 2PC0A 5P6FA 4AA9A 3OUBA 2RKFA 2QZLA 3TPJA 3BC4A 3PB5A 5P3GA 1BDRA 5P8MA 3A2OA 2A4FA 4AMTA 5P09A 3EKXA 3VSWA 5OZCA 4D85A 2WECA 4PPHA 3VEUA 5OZAA 2RSPA 3OHHA 5P7CA 1UH9A 4I0IA 5C9FA 1HEFE 4YE3A 5P6NA 2Q64A 1B5FB 3KYRA 5P87A 4YD3A 4DJYA 1HPXA 1QBUA 2NXMA 3SA9A 3O9FA 1META 3QN8A 4K4QA 4F73A 5P4VA 4JOOA 3SA8A 3QRVA 5P4XA 5I3VA 3HDKA 1LEEA 3PLLA 5P89A 2JYSA 3PBZA 5P8OA 5P7TA 2F3FA 2AOEA 3UDKA 5P7XA 4RROA 3PGIA 4WY6A 2V13A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZI A;  5P0P A;  2Q54 A;  1J71 A;  4Q1N A;  5P6K A;  1K6V A;  1MT8 A;  4FAF A;  1XN2 A;  3DJK A;  4J1E A;  2BJU A;  3ST5 A;  1A8G A;  4J5J A;  5P8D A;  5IVR A;  4OBF A;  1BIL A;  3LNK A;  1QDM A;  2QI4 A;  3R0W A;  4ZSQ A;  3H5B A;  4B78 A;  5P58 A;  5OZH A;  3SA5 A;  2R8N A;  2OHS A;  4R93 A;  4B05 A;  1IBQ A;  3VUC A;  4J17 A;  2ZJH A;  5C9B A;  5P32 A;  2Q55 A;  3TPL A;  1FQ8 A;  5P3M A;  5P3C A;  4ACX A;  1HBV A;  1TSQ A;  5P7Q A;  5P7G A;  5P3W A;  3LZV A;  3OU4 A;  2NMZ A;  2HB3 A;  2QHY A;  5P6R A;  5OZ9 A;  4EHC A;  4Y35 A;  3MSL A;  4FS4 A;  4B1C A;  2AQU A;  3Q3T A;  3NUO A;  2AOI A;  4RVX A;  5P3O A;  1T6E X;  4L6B A;  4ZSP A;  5P2K A;  5P5T A;  2OHR A;  5APR E;  1ZBG A;  4XX4 A;  5P0Q A;  3CIB A;  4DJQ A;  2P8H A;  1JLD A;  5P1A A;  3S53 A;  5I70 A;  5P3L A;  2JJJ A;  1TW7 A;  3DCK A;  3MSK A;  4JEC A;  2WF2 A;  4NKK A;  5P13 A;  4Y3E A;  5P2Y A;  2PSG A;  5AHB A;  5P7H A;  5OZ7 A;  4YDG A;  6APR E;  5P4L A;  4LAP A;  3L59 A;  5P1S A;  4MC1 A;  5P3F A;  3INE A;  3L3A A;  4Y5M A;  4RZ1 A;  2IS0 A;  2FXE A;  2QD8 A;  5P8U A;  4Y5N A;  7UPJ A;  5P0A A;  3NDW A;  2QI3 A;  4GYE A;  1K1T A;  2AVO A;  4ZIP A;  4FIV A;  5OZS A;  2VIJ A;  2APR A;  4B77 A;  3UDR A;  5P12 A;  5KR2 A;  4X7I A;  1E80 E;  2QD7 A;  3PWM A;  4HEG A;  5AH9 A;  1RV7 A;  5P1M A;  5P0X A;  1EC1 A;  2ZDZ A;  3K1W A;  1AJX A;  3OAD A;  2V16 C;  3O9B A;  1HTF A;  1SDU A;  5P3N A;  2ZJL A;  5ISJ A;  2IKU A;  2Q5K A;  5P14 A;  5P7J A;  6FIV A;  5P5P A;  3NDX A;  3T11 A;  5P63 A;  3VYF A;  3SFC A;  1APW E;  3IXK A;  1PPL E;  5OZN A;  1Z1R A;  5P52 A;  5P15 A;  1N49 A;  4H3J A;  4YBF A;  5P3E A;  4FAE A;  4GJ8 A;  5CLM A;  1XL5 A;  4XXS A;  2P3A A;  5P68 A;  1FG6 C;  4OBD A;  1XS7 D;  4I0D A;  5P4Z A;  5P5M A;  1HVL A;  3QVC A;  2VJ9 A;  4EPJ A;  1PSN A;  2ZJK A;  5P81 A;  3RTN A;  5P03 A;  5P11 A;  1HTE A;  4LBT A;  3ZOV A;  4Y3H A;  5P7K A;  4KE0 A;  3UDM A;  1TCX A;  2WHH A;  5DQ4 A;  4I0G A;  1MSM A;  3APP A;  2VS2 A;  1SGZ A;  1A9M A;  2F81 A;  3MXD A;  5P5F A;  3PI0 A;  3RVI A;  2QHZ A;  3O9L A;  3BUH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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