1W5VA

Hiv-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based c2- symmetric inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Symmetric Fluoro-Substituted Diol-Based HIV Protease Inhibitors. Ortho-Fluorinated and Meta-Fluorinated P1/P1'-Benzyloxy Side Groups Significantly Improve the Antiviral Activity and Preserve Binding Efficacy
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w5vA00
5I3VA 1MT9A 5P1NA 4DQFA 2H6TA 5P3LA 3TL9A 3ST5A 4Y5LA 1ENTE 1SDUA 2B7FA 5OZKA 5P0OA 2Q64A 2RENA 4L1AA 1J71A 4BEKA 5OZHA 1K6CA 4EYRA 1BILA 4H3GA 2G1SA 1K2BA 5OZDA 5OYSA 2FNSA 5P6VA 3D1YA 3SAAA 4Y4EA 5P1BA 2NPHA 3UDRA 1K1TA 5P5BA 1FQ5A 4H3FA 1HXBA 5P1WA 5P77A 3Q6YA 4HDFA 2OAHA 2IGYA 3LIVA 1PPME 3DCRA 1DIFA 2AZ8A 5P1FA 1FMBA 5P5IA 4FM6A 3UDJA 4JPCA 2AODA 1PPKE 5P3AA 5P7WA 1EPPE 3FSMA 1HVSA 5P82A 5JFUA 2V0ZC 4DI2A 5P63A 3VF3A 2VNMA 3HBOA 1DP5A 3G70A 5OYXA 3O9BA 2ZHRA 4GJBA 2B8LA 3R2FA 3UDQA 4R5NA 3NU9A 2P3AA 1ZTZA 1HTRB 5P8TA 4FCOA 5P5LA 3CICA 3OGPA 3UQXA 4DJOA 5I3YA 2Q54A 5P0NA 2G24A 4Y5MA 5P2RA 3N4LA 3VF7A 1BDLA 3OXXA 2PC0A 2V16C 1HRNA 4YD4A 1IBQA 3URIA 3BC4A 3NLSA 5P18A 3EM6A 3KFNA 5P2IA 2V12C 1KJ4A 5P0IA 1BV7A 5P7SA 3NSHA 1HBVA 5OZEA 5P7RA 5P3OA 1Z1RA 1CPIA 3SPKA 5OZFA 5P3MA 5P13A 2I4VA 2O40A 4EPJA 5P2LA 1YTGA 5OYTA 2BQVA 1IVQA 5P3YA 5P6ZA 3KF0A 4R93A 4YOAA 4OBKA 4Y4GA 2P8HA 5P4JA 5P4VA 3GGUA 3DUYA 4F75A 3PLDA 4NJSA 2QD7A 5P7HA 1UH8A 4EJKA 5P26A 1RPIA 3NUOA 5P3FA 5OZSA 2I0DA 1XDHA 1OEWA 4OBZA 1HSHA 2WKZA 5P7IA 3GI0A 4JECA 2I4DA 2IL2A 5DQCA 3SM2A 4N00A 1KJFA 2I4XA 5HD0A 2WF1A 2WF3A 3MWSA 1ZP8A 1SDTA 1EPNE 5ENKA 3Q3TA 2QZXA 5P66A 5P8FA 2IRZA 2IEOA 3FNSA 3L5CA 3LIQA 1HHPA 3LITA 2QNNA 4I1CA 3U6AA 3NYGA 1MTBA 4MC1A 3ZOVA 1FQ7A 5P14A 3AIDA 5OZ2A 3S43A 2BPZA 3VUCA 4KUPA 4OD9A 5AHAA 4AZYA 3CKPA 2BB9A 3D1ZA 5P00A 3H0BA 4Y3FA 5DQ5A 4TRZA 5P5NA 4GIDA 3WZ8A 3G72A 1W5YA 3OXVA 5P81A 3OOTA 4L7GA 5P7XA 3C9XA 2WF4A 4RYGA 2BPVA 2VIYA 2G22A 5P5ZA 3T3CA 3NDUA 5P0YA 5P22A 1MT8A 3TOFA 1C70A 5P40A 2R3WA 4AA9A 5P7LA 3NXNA 4RYCA 2ZJLA 3O99A 3BXSA 1LEEA 1HVJA 1HPVA 5P85A 5P4MA 5P3VA 1AIDA 5OZ5A 5I3WA 1HTGA 3ER5E 4OBHA 5OZ7A 4Y51A 2BPYA 3BUHA 5P15A 5OZ8A 2QNPA 5P7PA 4FRJA 1G6LA 2XFIA 2PSGA 2QI3A 3NDTA 2RKGA 4QJAA 5P2BA 2HPFA 2NNKA 3WZ6A 1C6YA 4ZSMA 5P80A 1IVPA 5P4PA 5DR1A 5DR8A 1GVTA 4I0HA 1VIKA 1QS8A 1Z8CA 1NPAA 5EZXA 3CIDA 5F00A 5P72A 3UTLA 1MUIA 4KE0A 3UHLA 2B8VA 3IAWA 2QZLA 1B6LA 4I0JA 3TPJA 2P3DA 2QU3A 4I0ZA 3R0WA 3MSJA 5P39A 4Y3WA 3PBDA 3BGCA 2HS1A 5P0PA 4ZPGA 1HWRA 5OZUA 2FDEA 1M43A 3OU4B 2PWRA 4L1AB 1BWAA 3INEA 4TRWA 5HVPA 1APUE 3QAAA 4Y53A 5P7AA 5P6TA 1HPOA 4Y4JA 4Y57A 4EP3A 5P3ZA 4Y35A 1SBGA 1EPQE 3R4BA 4K9HA 4COEA 4DQHA 5P58A 3VEUA 1LF2A 1TSQA 5P8NA 3KDDA 3CKTA 3IVIA 3VYEA 5EZZA 3ZKQA 4TRYA 5P1TA 4Q1NA 1LYWA 1BDRA 1APWE 5TOLA 2HPEA 1RNEA 3VFBA 3OAGB 2AIDA 4DPIA 4Y3JA 4Q1YA 1WKRA 4B00A 2CEJA 5ISKA 3LPKA 4Y45A 4Y54A 2XFKA 3H5BA 5P6WA 1OHRA 5COPA 3VV8A 2FMBA 5P75A 5P5TA 4EHCA 4GJ7A 5I3XA 5AH9A 5P4OA 5P5QA 1G0VA 1IDBA 2VJ9A 5P44A 5P6AA 5ISJA 5P6RA 2SAMA 4XX3A 4OC6A 4WTUA 6FIVA 5P6LA 2A4FA 5P8LA 3SABA 3VV6A 5P5DA 2Z4OA 3URJA 2WEAA 5P8CA 3EL0A 3T11A 3R0YA 5P6QA 3OADB 3APPA 5OZGA 4U8WA 1BAIA 4D88A 2VIJA 5P0MA 5P0KA 3OQFA 5P6FA 1W51A 4BFDA 4CMSA 1E82E 2WECA 5P2GA 5P3WA 2O4LA 5P52A 4Z50A 3FNTA 4ZEAA 2G27A 5P64A 1A94A 5P7FA 2APRA 5IVTA 4DJXA 3ZPUA 5P6CA 4CPUA 5P68A 5P86A 2HB3A 2AOGA 1ZAPA 2ZHVA 2QMDA 5BRYA 1BBSA 4NJUA 1E5OE 5P84A 1K6PA 1GNOA 3IXOA 1GVUA 3WB5A 5P4AA 1D4YA 5P2CA 3L5FA 4D83A 4YCKA 5P3EA 1KJHA 4FGXA 2EWYA 3JVYA 1A8KA 2NMZA 5OZCA 2BPXA 4Y3EA 3PEPA 2FLEA 5P0CA 3RTNA 1KJGA 3HD8A 2JJJA 3T7XA 5FIVA 5P5MA 4DQCA 1DPJA 3K4VA 2Q55A 3KMXA 4PZXA 3PGIA 2IGXA 3UQUA 5JG1A 5P0EA 3UDHA 4A6BA 3ZPSA 4Y4TA 3OUAA 2P3CA 1YM4A 2ZJNA 5P3BA 4Y58A 4LAPA 3VG1A 5P60A 3S43B 4LXKA 3TOGA 3UFLA 5P3IA 4DJUA 5P1LA 5P8AA 5DPZA 2G1OA 3S7LA 3DV1A 3UDNA 1MPPA 2QHYA 3SO9A 2WF2A 4J0VA 3UQPA 1B5FA 4FE6A 1BXOA 2QZKA 1XL2A 2Z54A 2AVMA 2IDWA 5P3PA 5P2XA 4KE1A 3NDWA 1QBTA 3SQFA 3CIBA 1VIJA 3OOZA 1SIVA 7UPJA 1TCWA 4RVIA 1PFZA 5OZLA 1YT9A 4GJAA 1EAGA 1EC2A 5AHBA 4FM7A 4Y3NA 5P4HA 1TW7A 4A4QA 3CMSA 4MC2A 4DVFA 3OU1A 5P47A 5P6UA 1FMXA 3OUCA 4B78A 4I0IA 2PQZA 1KZKA 2F3FA 4S1GA 5OZAA 3PSYA 5KR2A 2ASIA 4Q1WA 5P0JA 3TKWA 4ER1E 2HB4A 3NXEA 2ER0E 5P46A 4D85A 5P51A 4JP9A 1HVRA 2AOFA 3NWQA 5OZPA 5P1KA 5C9BA 1AJVA 2PH6A 3N3IA 5DQ4A 1IZIA 5P2TA 1XL5A 5J25A 1NPVA 2AVVA 2ANLA 1W5VA 3D91A 3LZUA 5KOQA 3O9LA 5P8QA 1IZEA 2F80A 3IVHA 5KR0A 5P70A 5DR7A 2I0AA 5APRE 5AH7A 3RTMA 5DQ2A 3KYRA 3OTSA 1B6PA 5P4SA 3MSKA 9HVPA 3ZKGA 5P5EA 5P1YA 5P1JA 3RSXA 5E5JA 5P5XA 5P2NA 5P2YA 2B60A 5P2AA 3LHGA 7HVPA 5P56A 1FB7A 3QS1A 3EKYA 5P41A 5P2DA 5P5YA 2VIZA 4Z2ZA 5HU0A 5P28A 3EL9A 5KQXA 3EC0A 1IIQA 4QJ8A 5P2ZA 4Y47A 2OHLA 1FQ8A 5P3QA 1E80E 5P5RA 4UPJA 5SY2A 4TVGA 5P2MA 4Y6MA 1HIIA 3PWRA 5P1GA 4NKKA 1HVHA 2R43A 5P24A 3PM4A 3K5DA 1MEUA 3OQKA 1PPLE 5IVSA 2PWCA 3I6OA 3B80A 5P5KA 2CENA 2O4PA 5P3DA 5P54A 4R8YA 4RVXA 4J0ZA 4I0EA 4Y3YA 4J1HA 5P4XA 3QPJA 3LZVA 4M8YA 4NJVA 4CPWA 5P8UA 3NU6A 2R3TA 3HDKA 5P7QA 2Q63A 1MT7A 4R91A 5P08A 1RQ9A 1FGCC 2PYNA 3GGAA 3OUDB 3Q5HA 4GJCA 5HCTA 2BKTA 3EKQA 1HPSA 5P6BA 5OZRA 4CPQA 2J9JA 5P4GA 4FRSA 1BVEA 1QBRA 4B1CA 1TQFA 5OYRA 2ER7E 5P6KA 5P4EA 5P29A 4ZLSA 3NWXA 1T7JA 3LZSA 4PHVA 5P3XA 4HEGA 2OHMA 5OZ3A 5P3RA 3I25A 1BXQA 4J0YA 3TH9A 5OZIA 2IQGA 3BVBA 5ER2E 5P8PA 2FIVA 3CYWA 4RLDA 4Y48A 2BJUA 3KN0A 3AUPA 5PEPA 1SGUA 1LS5A 3G6ZA 1K1UA 5P6MA 2OHPA 5P4RA 4B1EA 3D3TA 4EJDA 2H6SA 5P4YA 5BWYA 3ZKNA 3A2OA 1ME6A 3TTPA 3ZL7A 3HZCA 3K5GA 1META 3FNUA 4ACUA 2QU2A 5JFPA 3ZKXA 3NDXA 5P69A 5P25A 1HVIA 3KA2A 4YDFA 5P2EA 1ZLFA 1MRXA 4IVSA 4Y3TA 2RKFA 5OZNA 1HEFE 4RZ1A 2ZE1A 1MERA 2FXEA 3L5DA 5IVRA 4R95A 1LYAA 4WY6A 2OHTA 3OWNA 5B18A 3QROA 2IENA 5P06A 4Y3SA 1JLDA 1ODYA 1D4SA 4J17A 4ZPFA 5P4NA 1FF0C 2NMYA 5P02A 5T4SA 4FL8A 5P6IA 3JW2A 3PSUA 1TCXA 5P7DA 1HVCA 1EBZA 2QAKA 5P0ZA 3LZYA 3OQDA 5P6JA 2FGUA 3TPRA 5P07A 4Y5PA 3OUBA 3KFRA 3UQWA 2IS0A 3VLAA 5P2VA 4DJPA 4Y4WA 1XN2A 4GJDA 5P32A 4Y56A 2G20A 4EXGA 5P1CA 1HTFA 4D89A 3LIXA 3L59A 1XN3A 1HXWA 5OZ4A 2O4NA 4YBIA 5P49A 5KQFA 2ER9E 3S7MA 5P7BA 4HDBA 1IZDA 4Y37A 2IKUA 4RRNA 4Q5MA 1HEGE 3OHFA 5P8IA 2I4QA 4DUSA 5ER1E 5P3UA 3OXCA 4XX4A 4YD6A 5OZXA 4Y41A 2VIEA 2AVSA 1YTJA 5P33A 5P48A 1BV9A 3BHEA 3GGVA 4B0QA 5P6XA 3TKGA 3UQRA 3HVPA 3S2OA 5P7EA 5OYYA 3SA5A 2JE4A 1AVFA 5HE7A 4FM8A 3I7EA 3INFA 5P4IA 5P04A 2V13A 2QD6A 3DM6A 3L38A 4Y38A 3SA7A 4GZFA 1W5WA 1FG8C 4FLGA 3UF3A 1NH0A 2G94A 3EKVA 3LPJA 3KM4A 3OK9A 3VFAA 3JVWA 2BPWA 2NR6A 3EKPA 5OYWA 2QNQA 5OYUA 1DAZC 2QMFA 2WEDA 2QK5A 3Q70A 2HC0A 1GVWA 5P7TA 3OY4A 3L3AA 4Y44A 5P6SA 3S85A 2AOHA 4OBDA 3L5BA 4J55A 4DQBA 1TSUA 5P6HA 2UY0A 4J1EA 4ER4E 3L58A 4Y4UA 1IDAA 2FDPA 5P89A 3K4VC 1PSNA 1PSOE 2R38A 1RL8A 2OHUA 1IZHA 3EXOA 3KDBA 5P0VA 3SACA 3ZMGA 4Y4ZA 5P8KA 3SA8A 3HW1A 1SMRA 5P4QA 5P5UA 4LXAA 1MVPA 3IXJA 3FKTA 4EJ8A 2QI5A 4FS4A 1EPME 5P34A 4Y5GA 2JJIA 2QMPA 5P4DA 4ZSQA 5P79A 1T6GA 4E43A 2PK5A 4I0DA 5P2OA 2G1NA 4H3JA 5P0GA 5P0DA 4A6CA 5P4WA 5P8RA 5P0SA 1EC1A 5P3NA 4J0PA 2Q5KA 4HDPA 4K4QA 1MIQA 5P4LA 5P7MA 4DJVA 1A9MA 3LNKA 4CPSA 5IVQA 3VSXA 1FQ4A 4B1DA 4LC7A 2P83A 3KFPA 3T7PA 1GVXA 4OBZB 3D20A 3RSVA 2QMGA 5KR8A 4X7IA 1U8GA 4EWOA 5OZBA 5OZ6A 1FKNA 1MESA 4EJLA 4DJWA 5P37A 3SA3A 4LBTA 4GB2A 1OD1A 1T7IA 5P43A 1HOSA 4I8WA 4LXMA 3ZKSA 2PSUA 3FX5A 5P7JA 5OZOA 5P5FA 3F9QA 5P0TA 1ZJ7A 4PYVA 4Y9WA 1APTE 5P2HA 4RVJA 2OHRA 5P1IA 3OU3A 2HM1A 4ZSRA 1FFIC 3PI5A 2FXDA 5P2JA 4OD9B 2ZJIA 5P3TA 5P1ZA 1UH9A 4B70A 5P3HA 4DJYA 5P0UA 4OBGA 4Y5EA 5P2QA 5P6OA 1M4HA 5P5WA 2QHCA 5P7YA 2ZJKA 5OZQA 2WL0A 1EC0A 3EKTA 1B6JA 3TPLA 2NXMA 5DGUA 2FS4A 5P1MA 2OHSA 5P2WA 1DW6C 3K1WA 5COKA 4I10A 5P6GA 5P1UA 4Q1XA 4B05A 5P27A 5COOA 1LV1A 1MSMA 5SZ9A 1EBKC 2QI0A 2OF0A 3NR6A 4DJQA 5P0XA 4YE3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5I3V A;  1MT9 A;  5P1N A;  4DQF A;  2H6T A;  5P3L A;  3TL9 A;  3ST5 A;  4Y5L A;  1ENT E;  1SDU A;  2B7F A;  5OZK A;  5P0O A;  2Q64 A;  2REN A;  4L1A A;  1J71 A;  4BEK A;  5OZH A;  1K6C A;  4EYR A;  1BIL A;  4H3G A;  2G1S A;  1K2B A;  5OZD A;  5OYS A;  2FNS A;  5P6V A;  3D1Y A;  3SAA A;  4Y4E A;  5P1B A;  2NPH A;  3UDR A;  1K1T A;  5P5B A;  1FQ5 A;  4H3F A;  1HXB A;  5P1W A;  5P77 A;  3Q6Y A;  4HDF A;  2OAH A;  2IGY A;  3LIV A;  1PPM E;  3DCR A;  1DIF A;  2AZ8 A;  5P1F A;  1FMB A;  5P5I A;  4FM6 A;  3UDJ A;  4JPC A;  2AOD A;  1PPK E;  5P3A A;  5P7W A;  1EPP E;  3FSM A;  1HVS A;  5P82 A;  5JFU A;  2V0Z C;  4DI2 A;  5P63 A;  3VF3 A;  2VNM A;  3HBO A;  1DP5 A;  3G70 A;  5OYX A;  3O9B A;  2ZHR A;  4GJB A;  2B8L A;  3R2F A;  3UDQ A;  4R5N A;  3NU9 A;  2P3A A;  1ZTZ A;  1HTR B;  5P8T A;  4FCO A;  5P5L A;  3CIC A;  3OGP A;  3UQX A;  4DJO A;  5I3Y A;  2Q54 A;  5P0N A;  2G24 A;  4Y5M A;  5P2R A;  3N4L A;  3VF7 A;  1BDL A;  3OXX A;  2PC0 A;  2V16 C;  1HRN A;  4YD4 A;  1IBQ A;  3URI A;  3BC4 A;  3NLS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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