1W5WA

Hiv-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based c2- symmetric inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Symmetric Fluoro-Substituted Diol-Based HIV Protease Inhibitors. Ortho-Fluorinated and Meta-Fluorinated P1/P1'-Benzyloxy Side Groups Significantly Improve the Antiviral Activity and Preserve Binding Efficacy
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w5wA00
3UDMA 5P2HA 5P17A 3L59A 1C6YA 1PPKE 5COKA 3LIQA 3PGIA 5OZ5A 3APPA 3TOHA 4Z50A 2I4WA 4ZSQA 4DV9A 3OQAA 4LAPA 1E80E 3NDUA 2IDWA 5P0WA 1EPNE 2HPEA 2PH6A 5P28A 5P5WA 2O4LA 1F7AA 3ZKIA 1ZSRA 3TLHA 3EKTA 1B6PA 1ZPAA 1T7JA 2HM1A 3CKPA 1B5FA 2ZYEA 5P0JA 4DQHA 5HDVA 1APUE 1M4HA 3UF3A 3PWMA 5DR3A 4R8YA 2AODA 2SAMA 2AOFA 5P3ZA 3VV7A 5OZMA 3NDXA 4L7GA 5P3AA 4MC1A 4I0ZA 2PQZA 2BPXA 2FDDA 2ZGAA 5P1UA 1BAIA 4L1AB 3VF7A 5P89A 5P76A 1BVGA 5OZDA 4D88A 1PFZA 4QJAA 1RL8A 4K4QA 4U7VA 1LYAB 1YTGA 4DUSA 2I4UA 2R8NA 5OYZA 2FIVA 5P0HA 4AA9A 2PSUA 5DR7A 5P87A 4JP9A 2NMZA 2NMYA 1ME6A 4DVFA 2O4KA 2WEZA 1HRNA 1MUIA 2O4NA 4FRJA 3U71A 3OHFA 4YCTA 3OU1B 2NNPA 5P5MA 1YT9A 5OZ6A 2WJOA 2WECA 4AZYA 4CPTA 4Y41A 1FQ5A 2QHZA 5P4LA 5P3CA 3ZOVA 1TSQA 2ZHVA 2G1RA 4FSLA 5P6RA 5P5XA 4F75A 1XL2A 2ZJLA 3PCZA 2P8HA 1NSOA 1UH7A 3I25A 5AGZA 3BUGA 4APRE 1AXAA 2OHLA 2RENA 2FLEA 2B42A 1DP5A 4DJVA 3NLSA 3VF5A 5P2QA 3DOXA 3LIVA 5P7BA 5OZNA 1K6VA 5P2WA 4B05A 4EQ0A 5DQCA 2HAHA 2ZHUA 3VSWA 4BFDA 4J17A 5P0XA 5P7GA 2QNNA 4QLHA 3L3AA 5P4UA 1QBUA 3KMYA 1HTFA 2UPJA 3EL5A 3NWQA 2FXEA 2R5PA 2G27A 3PMUA 4J1CA 3UQXA 4H3JA 3OU4A 2BBBA 5P14A 3FNUA 5P13A 4CPQA 3IXKA 3R0WA 3OK9A 4Y3ZA 3UHLA 3LZVA 5P5TA 1IZEA 1XDHA 3UFNA 3Q3TA 4Y47A 3OTSA 2Q5KA 4K4PA 2QD7A 5P1SA 2RKFA 2PMAA 1FQXA 3K4VC 2QMPA 5P29A 5P5DA 2I4XA 4DJPA 2VA6A 2WKZA 4Y3NA 4LBTA 2P3AA 3D20A 3G6ZA 3NYGA 5AHAA 5P2YA 4RRNA 5P5QA 5KOQA 2VIJA 3QI1A 5P4PA 4JPCA 3NDTA 4J1FA 1TCXA 1YM2A 2V12C 5P55A 5P5NA 5P4TA 3OUCA 5P65A 1CPIA 5P46A 5SY2A 2JXRA 1NPWA 1B6JA 5HCTA 4HDBA 3TPRA 4LXAA 5P4NA 4B0QA 2HB3A 2J9JA 5P6CA 2EWYA 5P8IA 1FEJC 5CONA 2PK6A 3INEA 4OC6A 3QIHA 5JFUA 4ER1E 4Y4XA 4Y4ZA 3NU3A 5P7TA 3ZL7A 5P6XA 4LP9A 4CP7A 5P4DA 1MERA 2ZJNA 3OUDB 3SO9A 4YCKA 4DI2A 5OZ9A 1EAGA 1PPME 5OYSA 1EPRE 2QMDA 5P43A 5P59A 3ZMGA 1FB7A 5P5FA 1W50A 4YD3A 1K6TA 1ZJ7A 5OZKA 3TPLA 4YOBA 1FQ8A 2ASIA 3R1GB 2F3KA 5DQ5A 4Y38A 3HZCA 5HDXA 3APRE 3SKGA 4YE3A 1LYBA 1K6PA 1DMPA 1SDVA 4Y48A 1SDTA 5P79A 4EXHA 5P69A 5P6AA 3CYWA 2V0ZC 4R95A 3O9EA 2XFKA 3PSGA 2AOEA 5P3JA 3BC4A 4UPJA 2WF2A 4ER2E 4JECA 5P1PA 2O4PA 1A9MA 4N00A 4Q1NA 2AVVA 3SABA 4GJAA 1HVSA 3ZLQA 4H3IA 5ENKA 3KDDA 1AZ5A 3D91A 9HVPA 3MSLA 5P3GA 5P45A 4TVGA 5P4JA 5P22A 5OZUA 3NU4A 3H0BA 5KQFA 1DIFA 4Y3WA 3TL9A 2V10C 5P0FA 1D4JA 3EKYA 3S56A 3OXCA 5P3BA 3NU5A 4TVHA 4DJXA 4HZTA 3WZ8A 2BPYA 3QBHA 4I1CA 2AOJA 5J25A 2AOIA 2FXDA 5P0UA 3CYXA 1IZDA 1FMBA 4Y4AA 3LIYA 1DW6C 5P1WA 1OHRA 3GI5A 3INFA 1QBRA 5P6UA 4ACXA 5ER1E 2A4FA 5P8AA 3ZKNA 4ZE6A 4YD7A 5IVTA 5P1DA 5HDUA 1HVJA 1IIQA 3UQWA 3QAAA 4DQCA 3TOGA 2OHQA 3LPIA 4Y3QA 3HLOA 5P3SA 1AVFA 1BDLA 2IQGA 3T7PA 3IA9A 4ZPEA 5P2GA 1J71A 3OADA 4DJRA 3FV3A 1HVKA 2HPFA 1FFFC 1G2KA 4Y3DA 5AHBA 3RVIA 3CICA 4Y5PA 3NWXA 1T6GA 4Y3GA 1GKTA 2XYFA 4I0EA 5P58A 4Y3MA 5TOLA 5P1HA 5P4OA 4EP2A 3I6OA 3ZKGA 5P4MA 4CPXA 3L58A 4GJ9A 5KQYA 3ZKMA 2PC0A 3L5EA 3QRVA 1APVE 1XN2A 3UDRA 4Y4WA 4LHHA 5P1JA 1W6HA 1ZPKA 5P0DA 5P3TA 3BVAA 5P39A 5P7FA 4ZSMA 5APRE 3IVIA 2V13A 4PZWA 1HBVA 5OZYA 3O9GA 4HA5A 5OZ0A 4DQGA 4X7IA 4GJ5A 1FG6C 5P6GA 2P3CA 1FMXA 1K1TA 2AZ8A 1YTIA 3INDA 5E5KA 3O9BA 3HD8A 1GNOA 3EC0A 5P2VA 4Y4UA 1VIKA 1OEXA 1HHPA 3NXEA 5HE4A 4KE1A 3EKVA 2A1EA 3LIXA 1WBMA 1D4IA 5P0YA 5P38A 4Y45A 5P3MA 4B77A 1ODYA 3BGBA 4JOOA 5P1GA 1LZQA 3BHEA 1RV7A 5OZFA 3DCRA 2RMPA 3UDKA 1EBKC 3QBFA 4HEGA 5P8BA 2I0AA 5P67A 4Y5EA 4FL8A 1EPPE 5P07A 3URIA 4J54A 5OZJA 5P8MA 2QAKA 3FNSA 1IZIA 5P1RA 5P2LA 1D4YA 5OYVA 3VEUA 1BV9A 2I4DA 5P8HA 3VYFA 3O9LB 5P6ZA 2CEMA 1CMSA 5P50A 1FFIC 4Y39A 4COEA 5OZAA 5P47A 1MESA 1AJVA 3PMYA 1EPQE 5P7PA 3EL9A 4CKUA 5P1TA 4YD4A 1SMRA 5P4YA 1EPLE 4GJ7A 5P88A 2G1SA 5P72A 2B7FA 3DJKA 4R91A 3VCMA 1W5YA 5P1NA 3NU9A 5P0CA 3HVGA 4Y3JA 3L5CA 3QN8A 4FSEA 4WY1A 5P7CA 2I4VA 5ER2E 5C9BA 5AHCA 5HDZA 5DR4A 2PK5A 2WEAA 2OAHA 2P3DA 5P5HA 1K2BA 5P6JA 4EJLA 5P7AA 5P7SA 3O9AA 5P7JA 3MXEA 1LYWB 2OHMA 3INHA 3PRSA 3LZUA 4J1EA 4Y35A 5P12A 5P0SA 4M8XA 1DAZC 2B8LA 5P0MA 5P33A 5P4EA 1K2CA 4I0DA 3CIDA 4Q1XA 2G1OA 5DQ1A 4LC7A 1D4HA 5P0ZA 4J0PA 5P24A 4KUPA 3DV1A 3OQKA 5P7RA 1RQ9A 4RROA 4GB2A 4QJ9A 3JVWA 4NKKA 3NUOA 3KT2A 2OHPA 4RZ1A 3OU3A 2ZJIA 5P6DA 5P23A 5P2SA 1HSIA 1KJGA 3ER5E 2G22A 3BRAA 3A2OA 3DK1A 2P4JA 4B1CA 3O9IA 1C6ZA 5EZXA 5P0RA 3LZSA 3S7MA 3OHHA 3SA9A 2G69A 3AUPA 5P8OA 4A6BA 2ZHRA 1GVTA 3SKFA 4J0TA 5OZ2A 3UQRA 5I3XA 5P5IA 2MIPA 5P2MA 4QJ8A 5P8NA 1HSGA 3KT5A 4XX4A 4EWOA 4PZXA 3KDCA 5P5OA 3UFLA 4LXKA 3VUCA 2ZJHA 5P7HA 2HIZA 5P11A 3BGCA 1HOSA 4LXMA 4EQJA 4NJVA 4Y5LA 2QCIA 3EL1A 2BPVA 1LF4A 3R4BA 2AVMA 5P7OA 4FS4A 3VV8A 2VNNA 5P8LA 5P1OA 4D85A 4Y3PA 4D8CA 1KJ4A 3Q6YA 5P77A 2Q15A 2ER9E 5P8RA 2PH8A 5P78A 4Y44A 4GJ6A 4I0JA 1W6IA 3QRSA 4TRZA 4U7QA 4Y3FA 4ZSRA 4U8WA 1QDMA 4B00A 3BXRA 4RYGA 5P1LA 1IVQA 4J55A 3OUDA 4TRYA 1KJ7A 2NXDA 2JE4A 1HVIA 1FKNA 2G20A 4Y3YA 3PB5A 3LNKA 4A6CA 4ZEAA 5P1YA 3VSXA 4DPFA 2NNKA 3S43B 3LPJA 1MEUA 1IVPA 1D4SA 5P8VA 5P6NA 1HVRA 4FE6A 5P6MA 1F34A 3EMYA 4GJ8A 5OZOA 4HLAA 3ZPTA 3L5BA 4K8SA 5P35A 1HIHA 3PLLA 2JJJA 2QNQA 3LHGA 2IGXA 1SBGA 3NXNA 5DQ2A 5P1XA 3ZKSA 1HXBA 2NTRA 3OOTA 3I7EA 4NPTA 3ZPUA 1RPIA 1G35A 4YBIA 1PPLE 4EPJA 1GVWA 1SIVA 1ZLFA 5P63A 3K5CA 4XX3A 1MIQA 1APTE 1MSMA 5P2BA 1BV7A 3BVBA 3F9QA 1LS5A 1BIMA 4Z2ZA 2R5QA 1QBTA 5P4GA 4Y5GA 2AZCA 4EP3A 1QRPE 5P53A 4FLGA 1OD1A 2IENA 4Y43A 2QU2A 4BELA 4DQFA 3TPJA 4DJWA 1AM5A 2V16C 4FRIA 5P8CA 4HDPA 5P19A 2APRA 4RLDA 4GJDA 5P8FA 4DFGA 1A8GA 1NPAA 4R93A 4ER4E 3O9HA 5I3VA 1N49A 5BWYA 3RTHA 5P4FA 3EXOA 5P0GA 2VJ9A 1BXQA 3IXJA 4FM7A 2XYEA 5P04A 4YHQA 2AOGA 1HPXA 5P5ZA 3OWNA 3KYRA 1ZAPA 4RCFA 1G0VA 3K4VA 2FDEA 4Y4DA 2WL0A 5KR1A 2ZHTA 5KAOA 6UPJA 5DR0A 4EJDA 3UDYA 3HAUA 3O9CA 2PSGA 1FGCC 5P09A 5P4KA 2BPWA 2IL2A 3EM4A 5P54A 4WTUA 4MC6A 5P3XA 4RYCA 5FIVA 4B1EA 3CKRA 1SIPA 7UPJA 5OZEA 5P3QA 5P61A 5P36A 2PWCA 3OTYA 3PBDA 2VIEA 4PPHA 4QJ7A 5KR8A 5B18A 5P6FA 2Q63A 1BILA 5P5PA 2ZJJA 2CENA 4OBDA 1M0BA 5P7EA 5P8DA 3S53A 3M9FA 5P6KA 4DH6A 5P48A 3UPJA 4DJOA 4IVTA 2UY0A 3K1WA 5P5CA 3L38A 2PSVA 5P1QA 4J1KA 1B6MA 3OGQA 2F80A 3UDQA 1HPOA 2Z54A 5P74A 5SXNA 4L7HA 4Y51A 3S8IA 3DV5A 1FQ4A 4X2LA 5P82A 4Q1WA 3KFSA 1WKRA 3SPKA 4J5JA 5P06A 3KDBA 1W5VA 3QVCA 3PWRA 3H5BA 5AH8A 4Y4GA 1TZSA 2IEOA 4Y3SA 3LITA 1KZKA 4RRSA 5P03A 5P34A 4OBGA 1T7KA 5P66A 2AZBA 4YBFA 3GGAA 5P1CA 3TTPA 3UQUA 5P51A 5P4HA 3KFPA 3MSKA 3O9LA 5P2XA 3ZKQA 4I8WA 2G26A 3GGUA 5P5AA 4Y53A 3I8WA 1META 3QP0A 3NSHA 5IE1A 1FMUA 5P27A 2FNSA 5P85A 5P6BA 3HBOA 5OYUA 5JG1A 5P5EA 2FDPA 1XN3A 5P5KA 1OEWA 1IDBA 2QI5A 5DPZA 3IVHA 2QD8A 2QZLA 3O9DA 5KQZA 3IN3A 4ZLSA 1AJXA 2WF1A 5P60A 1LYWA 4I12A 5P40A 2RKGA 3KMXA 3OQ7A 8HVPA 3KFRA 5P2AA 2BB9A 2OHTA 3PBZA 3RSXA 4OBFA 5P1FA 5P08A 1FF0C 1BDQA 3VLBA 2PWRA 4Y6MA 1HVLA 3BUHA 5HE5A 2ZJMA 2QZXA 2VIZA 4YOAA 6APRE 4AUCA 2QI3A 4L6BA 1GNMA 1W5XA 4HE9A 5P6OA 3VYDA 3GGXA 2B7ZA 3G70A 3HVPA 4Y4EA 5P52A 5P83A 3OOZA 5P32A 2BJUA 4GMIA 1FIVA 5P5YA 5P42A 3R2FA 1HVHA 2BKSA 4B78A 1HEGE 3FX5A 4I8ZA 1Q9PA 1A8KA 3OXVA 2BPZA 2OHNA 5DQ4A 1XE5A 5P02A 4RVJA 5P2EA 4Y4TA 1IDAA 2QI7A 5OYYA 5P2UA 3VFBA 2QK5A 4YDFA 4GYEA 3N4LA 4DJQA 6FIVA 4RGHA 4WY6A 1E82E 2VJ7A 2F8GA 3U6AA 3DM6A 3PVKA 1FLHA 1B6LA 5P8UA 5P1AA 5P6WA 1PSNA 4FIVA 5P5RA 3VF3A 3TOFA 2G1YA 4Q1YA 1SGZA 1T6EX 4ZIPA 2PYMA 2AVQA 1HTGA 1MT9A 5DR8A 5P4SA 3BXSA 1MRWA 5P0OA 5PEPA 2VIYA 3TNEA 4I0GA 3SA7A 2G94A 3L5DA 5P8KA 4HDFA 5P4VA 5P6EA 1T7IA 5P6PA 5P7IA 2R9BA 1KJFA 1XE6A 5P70A 4DQBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDM A;  5P2H A;  5P17 A;  3L59 A;  1C6Y A;  1PPK E;  5COK A;  3LIQ A;  3PGI A;  5OZ5 A;  3APP A;  3TOH A;  4Z50 A;  2I4W A;  4ZSQ A;  4DV9 A;  3OQA A;  4LAP A;  1E80 E;  3NDU A;  2IDW A;  5P0W A;  1EPN E;  2HPE A;  2PH6 A;  5P28 A;  5P5W A;  2O4L A;  1F7A A;  3ZKI A;  1ZSR A;  3TLH A;  3EKT A;  1B6P A;  1ZPA A;  1T7J A;  2HM1 A;  3CKP A;  1B5F A;  2ZYE A;  5P0J A;  4DQH A;  5HDV A;  1APU E;  1M4H A;  3UF3 A;  3PWM A;  5DR3 A;  4R8Y A;  2AOD A;  2SAM A;  2AOF A;  5P3Z A;  3VV7 A;  5OZM A;  3NDX A;  4L7G A;  5P3A A;  4MC1 A;  4I0Z A;  2PQZ A;  2BPX A;  2FDD A;  2ZGA A;  5P1U A;  1BAI A;  4L1A B;  3VF7 A;  5P89 A;  5P76 A;  1BVG A;  5OZD A;  4D88 A;  1PFZ A;  4QJA A;  1RL8 A;  4K4Q A;  4U7V A;  1LYA B;  1YTG A;  4DUS A;  2I4U A;  2R8N A;  5OYZ A;  2FIV A;  5P0H A;  4AA9 A;  2PSU A;  5DR7 A;  5P87 A;  4JP9 A;  2NMZ A;  2NMY A;  1ME6 A;  4DVF A;  2O4K A;  2WEZ A;  1HRN A;  1MUI A;  2O4N A;  4FRJ A;  3U71 A;  3OHF A;  4YCT A;  3OU1 B;  2NNP A;  5P5M A;  1YT9 A;  5OZ6 A;  2WJO A;  2WEC A;  4AZY A;  4CPT A;  4Y41 A;  1FQ5 A;  2QHZ A;  5P4L A;  5P3C A;  3ZOV A;  1TSQ A;  2ZHV A;  2G1R A;  4FSL A;  5P6R A;  5P5X A;  4F75 A;  1XL2 A;  2ZJL A;  3PCZ A;  2P8H A;  1NSO A;  1UH7 A;  3I25 A;  5AGZ A;  3BUG A;  4APR E;  1AXA A;  2OHL A;  2REN A;  2FLE A;  2B42 A;  1DP5 A;  4DJV A;  3NLS A;  3VF5 A;  5P2Q A;  3DOX A;  3LIV A;  5P7B A;  5OZN A;  1K6V A;  5P2W A;  4B05 A;  4EQ0 A;  5DQC A;  2HAH A;  2ZHU A;  3VSW A;  4BFD A;  4J17 A;  5P0X A;  5P7G A;  2QNN A;  4QLH A;  3L3A A;  5P4U A;  1QBU A;  3KMY A;  1HTF A;  2UPJ A;  3EL5 A;  3NWQ A;  2FXE A;  2R5P A;  2G27 A;  3PMU A;  4J1C A;  3UQX A;  4H3J A;  3OU4 A;  2BBB A;  5P14 A;  3FNU A;  5P13 A;  4CPQ A;  3IXK A;  3R0W A;  3OK9 A;  4Y3Z A;  3UHL A;  3LZV A;  5P5T A;  1IZE A;  1XDH A;  3UFN A;  3Q3T A;  4Y47 A;  3OTS A;  2Q5K A;  4K4P A;  2QD7 A;  5P1S A;  2RKF A;  2PMA A;  1FQX A;  3K4V C;  2QMP A;  5P29 A;  5P5D A;  2I4X A;  4DJP A;  2VA6 A;  2WKZ A;  4Y3N A;  4LBT A;  2P3A A;  3D20 A;  3G6Z A;  3NYG A;  5AHA A;  5P2Y A;  4RRN A;  5P5Q A;  5KOQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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