1W5XA

Hiv-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based c2- symmetric inhibitor
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Symmetric Fluoro-Substituted Diol-Based HIV Protease Inhibitors. Ortho-Fluorinated and Meta-Fluorinated P1/P1'-Benzyloxy Side Groups Significantly Improve the Antiviral Activity and Preserve Binding Efficacy
pubmed doi rcsb
molecule keywords POL POLYPROTEIN
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w5xA00
2JXRA 2AVOA 1BVEA 1LV1A 5P2JA 3JVWA 1QRPE 1EBWA 1C6XA 4YD7A 1NPWA 5KAOA 3OXWA 2F3FA 5P0CA 1DW6C 4X2LA 2WF3A 5P6QA 4Y38A 1LYBA 3LIYA 4ZPGA 3IVHA 5P5PA 2R8NA 3TKGA 3UDKA 4QJ2A 5BS4A 5P3UA 1HWRA 2QZWA 5P5TA 3KDDA 5P2BA 2V12C 4DPIA 1PPME 5OZSA 3LNKA 1K6VA 5P3IA 2QNPA 5OZJA 1CMSA 2QU2A 5KR1A 3PWWA 4PZXA 5P4CA 3EM3A 3O9BA 1E81E 3VF7A 3QRVA 3ZKIA 1BV9A 4AZYA 5P1XA 5OZPA 1OD1A 4MC2A 5KR2A 1KJFA 2Q55A 3BGCA 1DPJA 1K1UA 1GVUA 5P87A 5P1CA 5P6BA 2Q5KA 4EP3A 3VF3A 4K4PA 3U6AA 4FSLA 1XN3A 5P8MA 1META 5P5AA 3HW1A 4WY1A 4FAEA 5P81A 2J9JB 4RYGA 3S43A 1HSIA 5P3RA 3BUFA 5P85A 1B6JA 5CONA 5P6NA 3OUAA 5JFPA 4QGIA 3IXKA 5HE4A 5P25A 1EAGA 2VJ9A 3R1GB 5DQ4A 4J1FA 1A8KA 1DIFA 1A8GA 4PYVA 5P5IA 1FG6C 3T7XA 4B00A 2AVMA 2FGVA 4J0VA 3BXRA 4CPXA 5P04A 4YHQA 5P1JA 4IVTA 5P0YA 1HTFA 4DJOA 5P0TA 5P5VA 5HU1A 4N00A 5P86A 4AA8A 2FIVA 1IDBA 5OZTA 5P3NA 2V11C 4J0PA 4GJ8A 5OZYA 4EQ0A 3INEA 1K6CA 5P08A 5P58A 3SA6A 4Z4XA 5KR8A 1KJGA 3S7MA 3BVBA 1HIIA 5P4LA 4RRSA 3OQDA 1WKRA 1SMEA 1FF0C 1Z1HA 3TH9A 2VIEA 2ZHSA 4FRKA 3O9GA 3OHHA 5COKA 2P3DA 5P8DA 4U8WA 3UQUA 4DH6A 4Y6MA 5OZ8A 3KDBA 5P82A 5P61A 5P7HA 2O4NA 2QMFA 4J0ZA 5P20A 1QDMA 2WHHA 5P1KA 5P7YA 1ENTE 4Y48A 4ZSRA 3FNSA 1K6PA 1IBQA 2PWRA 1F7AA 5OYZA 2ZHUA 2WECA 4J1CA 4DJRA 1BWBA 4LXAA 5COPA 4GJCA 5P3MA 5P51A 4RCDA 3OK9A 3QBFA 5I3WA 1HRNA 3OUBA 4LP9A 5P3OA 1WBKA 4OBFA 3VEUA 3PLDA 5P42A 5EZXA 2FMBA 4GB2A 4R93A 1FMUA 5KQYA 4Y4XA 3HBOA 3NLSA 5P6JA 3PI5A 3EKPA 1HIVA 3VV7A 3DV1A 4HDBA 2PH6A 1W5YA 2B7ZA 1IZEA 5OYUA 1APWE 3AUPA 4FM6A 2P3BA 5P0HA 3CMSA 1G2KA 2J9KA 2JJJA 4I0JA 5OYSA 5DR0A 2F80A 3UDNA 2QNQA 5P62A 5OZMA 4Y4UA 2WEDA 1PPLE 1TSQA 5P7OA 5P49A 3GGUA 5OZZA 3D1XA 3UFLA 5P0RA 3UQRA 3K5DA 4RCFA 1GNNA 3RTHA 4PPHA 5ISKA 4Y51A 2PC0A 1LF3A 3L38A 4H3FA 1NSOA 4NJTA 5OZ6A 4Y37A 2G1RA 3KT5A 1YM4A 4MC6A 1LYAB 5P4BA 2R5QA 5DQ5A 3IVIA 4A4QA 3NU6A 1UH8A 5DQ1A 5DR8A 4Y3PA 2I1AA 1G6LA 3DV5A 3QVCA 1RPIA 3NXEA 1ODYA 4Y4GA 1HVHA 5P6AA 1SP5A 3OU1A 4HLAA 5P8SA 3PWRA 3U71A 5P7NA 2AVQA 4R5NA 4Y36A 2JYSA 4L7HA 1ODXA 2Z4OA 5ISJA 4Y58A 3ZKQA 1HXWA 4ER4E 4NJVA 5P0AA 5EZZA 3DJKA 2ZHTA 4FM8A 3DUYA 5P1IA 5P8IA 5P0GA 1LZQA 3TNEA 5P27A 4QJ8A 5DQ2A 3EKQA 1BDLA 4I11A 2I4XA 3PRSA 2ER0E 1ZSRA 5P1DA 1ZBGA 1NPVA 2OHTA 3QAAA 2RMPA 5P3CA 3PMYA 1T6EX 4D85A 2IS0A 5P3YA 3EL9A 3KN0A 1BIMA 3TOGA 5P2IA 1EC2A 3L58A 4OBHA 4CKUA 2XFKA 2BPYA 2G1OA 3ZKGA 4Y5PA 4FIVA 4GJBA 2VNMA 4CPRA 1YG9A 3EKXA 5P5FA 3QROA 5OZIA 3NDXA 5P6WA 4Q1WA 2AOFA 1OHRA 3PHVA 3KM4A 3S8IA 5OYTA 3PGIA 5P8PA 5TOLA 3SFCA 2I4DA 4LC7A 3C9XA 3SM1A 4Q1YA 5P75A 5P5EA 1IZHA 4RYCA 4RLDA 4R92A 3LHGA 4Y5CA 4FGXA 4YDFA 5P6MA 4M8XA 4Y5AA 1PFZA 4EQJA 1B6MA 1EPQE 3EC0A 3LPJA 4M8YA 1KJ7A 2P4JA 5BRYA 5AGZA 1TZSA 2PMAA 5P1YA 4J17A 3SACA 3FNUA 4Z50A 3S43B 2O4KA 3UFNA 5OZ5A 3O9FA 3IAWA 2UY0A 2I4UA 4B78A 1GVXA 4OBJA 1ZPAA 3I2LA 3OQAA 4D89A 4QJAA 2QI4A 3QIHA 3PI0A 2VIYA 4B70A 2HPFA 2WJOA 3JW2A 4Q5MA 1B11A 3L59A 1LYWA 1J71A 4BFBA 4GJDA 4RVJA 1SDUA 4DJUA 3QP0A 3URLA 2OHUA 4DJXA 4GJ7A 4Y3FA 1B6LA 5P4DA 3OOZA 1EPNE 1FQ4A 4JOOA 3ZPSA 5P22A 5P3ZA 4ZEAA 1FG8C 5P1HA 1ZAPA 4GYEA 3SLZA 2AOEA 5P4MA 5P7AA 3MXEA 4QLHA 2CEJA 2H6SA 4HVPA 5OZ4A 4LHHA 2RENA 1MT9A 5HDUA 5P7UA 1Z8CA 5P3FA 2NPHA 5P2FA 2XFIA 2QD7A 3EL4A 1EPLE 3OADA 5P38A 4Y5MA 5P5JA 3VYEA 4EXHA 2V16C 3L5FA 5OYXA 5P0IA 4Y3LA 4QJ7A 2QZLA 4ZSMA 4MC1A 4Y56A 3CIDA 2I0DA 3S54A 1QS8A 5P3EA 3TPJA 1G0VA 4FS4A 3OWNA 4DQHA 4J5JA 3INDA 4Y53A 2OHKA 4QJ6A 3MSKA 5P68A 3INHA 5SZ9A 2QI3A 1XL2A 1MUIA 3NWQA 3PBZA 4YD4A 3VSXA 4Y3HA 1HPXA 1T6GA 5P32A 3AIDA 4FAFA 1BDQA 4B0QA 1B6PA 1K6TA 5HDZA 5P4RA 2Q54A 5P4YA 1HVCA 2QI5A 3Q5HA 3O99A 1SDVA 5P0BA 5P3PA 5DR4A 4OBDA 4J0TA 4OBZB 5P0QA 3ZPUA 3DCKA 5OZWA 1PSNA 4UPJA 1LF4A 1ZPKA 4OD9B 3I8WA 4Y3TA 3VUCA 1HSGA 2P3AA 2NTRA 3OQFA 4DI2A 5P4IA 3INFA 3F9QA 1HPOA 5F00A 7UPJA 2WEAA 4Y5BA 2HAHA 3UDMA 4RZ1A 4CPTA 5P37A 5APRE 4OBGA 2V0ZC 2IL2A 4OC6A 5KOQA 3T3CA 3OOTA 5P53A 3GI4A 3L5DA 5OZ0A 3M9FA 4XX4A 5C9BA 4Y4WA 1EEDP 4PEPA 1W51A 2F3KA 1HEFE 5P4XA 2AZBA 5OZEA 5P8EA 5P67A 3VFBA 5P4PA 1ZP8A 1D4KA 4ZLSA 5DR1A 5P7PA 3SQFA 2XFJA 4EXGA 3OU1B 3MWSA 2VIJA 3ER5E 4Y3MA 4K4RA 5P2QA 5P28A 5P71A 5OZNA 5P3XA 2UXZA 3H0BA 4HDPA 5HE5A 3G72A 3SABA 5OYQA 4L1AA 4B1EA 1RV7A 5I70A 1EPOE 2IGYA 3R0WA 1ZLFA 4KB9A 3EBZA 5P0OA 2ZHRA 1HVSA 4J54A 5P1BA 5P3VA 1HPSA 4DJQA 3LIXA 3URIA 1IVQA 2R38A 4Y3NA 4K4QA 1UH7A 5P60A 3O9IA 4KE1A 5P00A 5P66A 3TTPA 5JG1A 5P7LA 3HAWA 1IZIA 3LZSA 1APUE 2CENA 3O9LA 5P1ZA 1VIKA 3G6ZA 1MVPA 4I1CA 5P2ZA 2AOIA 2QNNA 3GGAA 5HU0A 2NXDA 3K4VA 5P5DA 5P2CA 3K5GA 2VS2A 2I4VA 5AHAA 3RTNA 3SA8A 2VKMA 5P2RA 4Y5LA 4Y3GA 5P8LA 3TLHA 4HA5A 1W6IA 2ER9E 2OHSA 5OZ2A 1GKTA 5AH9A 2APRA 2NMZA 2ZJNA 3MSLA 5P6HA 1HBVA 3DK1A 5P2XA 2FDPA 5P5CA 5P7CA 4D8CA 1FKNA 5P6KA 4AUCA 4YDGA 2ZJIA 2QI1A 3I7EA 1FLHA 1TCWA 3PJ6A 5I3VA 4J0YA 4I10A 4CP7A 4A6CA 1MPPA 3NXNA 1LS5A 5P3WA 5P4GA 2ER7E 5OZOA 3RU1A 1HVJA 2R43A 5DQCA 5P2UA 5AHCA 2ZDZA 5IVQA 3KFNA 4X7IA 3DCRA 4HEGA 2VA6A 2UPJA 2IQGA 1LF2A 3PSGA 1D4HA 5P31A 2EWYA 3EKTA 2ANLA 4RGHA 5OZVA 4YOAA 4DQEA 2IKUA 3RTMA 1LYWB 4H3GA 2PK5A 5P0NA 5P4QA 5P7SA 4ER1E 5P70A 5P8OA 1MIQA 2HPEA 5P7KA 5P1RA 1IZDA 3OU4A 2VJ7A 3IXJA 5P74A 3BHEA 5P6SA 5P4WA 1XDHA 5P1SA 3OGQA 3UCBA 3CKTA 4Y5NA 1MSMA 3UQPA 2QK5A 1D4JA 5P2WA 5P5WA 1XL5A 3PVKA 5P0SA 5P7GA 4EHCA 5KQXA 2ASIA 6FIVA 5P54A 2OHLA 4Y3YA 4DJYA 4F74A 8HVPA 5P45A 3HAUA 1PROA 4I0GA 4DQCA 3OADB 2BPZA 2IGXA 4Y47A 3OAGA 4DJWA 5HDXA 4YBIA 2NXMA 3O9AA 3TKWA 5P6YA 1BILA 5P0PA 1IDAA 3VV8A 1RQ9A 2G27A 3OHFA 5P4KA 3ZKMA 5HCTA 4K9HA 5P6DA 3OUCA 5P33A 4Y3EA 4QJ9A 3QRSA 1HVLA 2F81A 2QU3A 3PSYA 3LITA 3LZYA 4YBFA 4DV9A 3PSUA 5OZQA 3EM6A 4S1GA 4B77A 5KR0A 1QBRA 1T3RA 2PH8A 1AXAA 3DM6A 2PWCA 2JE4A 5P88A 5P3HA 2FLEA 3BUHA 3VCMA 5DR3A 2G1NA 1ER8E 3BVAA 5P34A 2ZJHA 1TW7A 5SY2A 4YCTA 2O4PA 4FM7A 5P73A 1FEJC 3APRE 5OZ3A 2AVSA 2QI0A 4H3IA 5P4SA 5P17A 3LIZA 5P83A 5J25A 4U7VA 2IEOA 1YTJA 5P8GA 1ME6A 5I3XA 3OXCA 5P3SA 3TOHA 2PSGA 5E5JA 2B42A 3MSJA 1B5FB 2ZYEA 5P01A 2RKGA 2WF2A 4Y3AA 1FIVA 5P1OA 4TRWA 1Z1RA 4Q1NA 2HS1A 3L5EA 4FRIA 5P3AA 2OF0A 2P3CA 1MT7A 5P6FA 3K4VC 3SPKA 2BKSA 1SH9A 3QBHA 3GI6A 4OC6B 4KUPA 4Z22A 1EC1A 4Y3JA 5P8BA 2Q3KA 3OUDB 4EJLA 2V00A 4I0IA 5P03A 4YCYA 3SA7A 5P1FA 5P7RA 4Y44A 4R91A 5HCOA 2XYFA 4D83A 4J1EA 1LYBB 3VLAA 5P16A 5P8HA 4Y4ZA 3EXOA 2BJUA 4GJ5A 5P7VA 2WEBA 5P06A 1RNEA 5AH7A 4YA8A 1C6ZA 5P12A 2ZJKA 1NH0A 5P23A 5P7BA 1YX9A 5P2SA 4XKXA 3T7PA 3SKGA 3K1WA 4CPWA 5P56A 5OYVA 1UH9A 2WKZA 1SBGA 4J1IA 2F3EA 3O9LB 4TRZA 1U8GA 4H1EA 4K8SA 4Y45A 4BEKA 2QMPA 4B1CA 5P7XA 5P7WA 3NR6A 4FRJA 3LPKA 1ZSFA 3NDTA 2VIZA 2HM1A 3S85A 5P52A 5P0FA 5P1TA 4HDFA 5ENKA 3FNTA 2Q64A 1T7IA 3R0YA 3NU5A 5CLMA 5P5UA 5KQZA 1W5XA 2AQUA 4WY6A 4LBTA 4AMTA 4YD5A 5P6CA 4B1DA 3G70A 5P3LA 2V10C 3B7VA 4PHVA 1APVE 5P5SA 5P4FA 3EM4A 2HIZA 4GJ6A 4JPCA 5P8CA 5P5NA 3OXVA 4PZWA 3H5BA 5P77A 1HTRB 5IVSA 2R5PA 3LZVA 1BDRA 5SXNA 4LL3A 1HPVA 5P5XA 5P63A 2B7FA 5P3TA 5P6ZA 3OQ7A 1K2BA 2AOJA 3NDWA 5OZFA 3D20A 3S2OA 5P0VA 4R8YA 1M43A 3ZOVA 1EC3A 1FQ6A 4L6BA 4EYRA 3EL0A 3KFPA 5P5YA 2AOHA 1XE5A 1MRXA 1K2CA 4XXSA 3PEPA 4Y4AA 5P1EA 4HE9A 3OXXA 4Y57A 3OU4B 1M4HA 4NPTA 1EC0A 4GZFA 2FS4A 4Y9WA 5F01A 1FQXA 2R3WA 5OZ9A 3O9EA 4DUSA 5P1NA 2NR6A 3QVIA 5P7FA 3UQWA 3EL1A 2Q15A 5P8JA 3SA4A 2QZKA 5P7ZA 2I4WA 3ST5A 2OHRA 2QHCA 4ACXA 5P0XA 3WB4A 5P1WA 1EPRE 3VFAA 4CMSA 3KFSA 5P48A 4JECA 2IENA 2XYEA 5P50A 4EP2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JXR A;  2AVO A;  1BVE A;  1LV1 A;  5P2J A;  3JVW A;  1QRP E;  1EBW A;  1C6X A;  4YD7 A;  1NPW A;  5KAO A;  3OXW A;  2F3F A;  5P0C A;  1DW6 C;  4X2L A;  2WF3 A;  5P6Q A;  4Y38 A;  1LYB A;  3LIY A;  4ZPG A;  3IVH A;  5P5P A;  2R8N A;  3TKG A;  3UDK A;  4QJ2 A;  5BS4 A;  5P3U A;  1HWR A;  2QZW A;  5P5T A;  3KDD A;  5P2B A;  2V12 C;  4DPI A;  1PPM E;  5OZS A;  3LNK A;  1K6V A;  5P3I A;  2QNP A;  5OZJ A;  1CMS A;  2QU2 A;  5KR1 A;  3PWW A;  4PZX A;  5P4C A;  3EM3 A;  3O9B A;  1E81 E;  3VF7 A;  3QRV A;  3ZKI A;  1BV9 A;  4AZY A;  5P1X A;  5OZP A;  1OD1 A;  4MC2 A;  5KR2 A;  1KJF A;  2Q55 A;  3BGC A;  1DPJ A;  1K1U A;  1GVU A;  5P87 A;  5P1C A;  5P6B A;  2Q5K A;  4EP3 A;  3VF3 A;  4K4P A;  3U6A A;  4FSL A;  1XN3 A;  5P8M A;  1MET A;  5P5A A;  3HW1 A;  4WY1 A;  4FAE A;  5P81 A;  2J9J B;  4RYG A;  3S43 A;  1HSI A;  5P3R A;  3BUF A;  5P85 A;  1B6J A;  5CON A;  5P6N A;  3OUA A;  5JFP A;  4QGI A;  3IXK A;  5HE4 A;  5P25 A;  1EAG A;  2VJ9 A;  3R1G B;  5DQ4 A;  4J1F A;  1A8K A;  1DIF A;  1A8G A;  4PYV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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