1W5YA

Hiv-1 protease in complex with fluoro substituted diol-based c2- symmetric inhibitor
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Symmetric Fluoro-Substituted Diol-Based HIV Protease Inhibitors. Ortho-Fluorinated and Meta-Fluorinated P1/P1'-Benzyloxy Side Groups Significantly Improve the Antiviral Activity and Preserve Binding Efficacy
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords POL POLYPROTEIN
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-08-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1w5yA00
4Y3LA 5P4BA 5AH6A 5P7ZA 5OZ1A 1TSQA 2R3WA 1C70A 1MVPA 4YD4A 2FLEA 3EL5A 1LZQA 4ER2E 2B7ZA 3DV5A 1XS7D 4CMSA 3UQXA 3F9QA 4H3GA 4WY6A 4DPIA 3PB5A 2QP8A 5P8MA 4K9HA 3IVIA 2I4DA 3LIYA 1BDRA 3L38A 1A94A 4Y3RA 5P8GA 4Y4TA 5P4HA 1FG6C 3O9DA 2G1NA 4APRE 2AZCA 3OTYA 2R3TA 3UDHA 4CPWA 4Y3MA 2PYMA 1W5WA 2NNKA 2QHCA 3FSMA 5DR7A 3INDA 3IN3A 1B11A 4Y53A 1UH7A 5P2IA 5P37A 5P34A 5P7QA 5P3AA 5P5TA 5P0RA 2NPHA 2AZ8A 3KT5A 2QNPA 3QVCA 2ZJHA 4Z50A 1E5OE 3INFA 4H3FA 5OZ9A 3TH9A 4DJYA 1C6XA 3EKYA 5P2AA 2OHKA 2P8HA 4Y3TA 4HLAA 3DCRA 1FQ6A 5P2RA 3BC4A 4DJQA 1D4LA 4ZPGA 5P2SA 3NWQA 4ZPEA 2RKFA 3FV3A 4KE1A 4H3IA 1TCWA 1Z1RA 4Y4XA 3LIVA 3UFNA 5P8LA 1D4KA 2QZKA 1MTBA 5P3NA 1W5YA 1FQ8A 1BV7A 2VIEA 5P08A 3PI0A 3VV6A 5F00A 5P2YA 2VA7A 4QJ7A 4F73A 6APRE 5OYQA 3TPLA 5P3DA 5P39A 5P0TA 2WEAA 3ZL7A 3SFCA 1CPIA 4F74A 3KDCA 1FEJC 4GIDA 4ZLSA 3R1GB 4JP9A 5P0UA 3IGBA 2I0DA 3D91A 2J9JB 3OXXA 3EKXA 5P2XA 4JECA 4OBJA 2F3KA 5OZJA 4Y4WA 5IVSA 4CP7A 5DGUA 4F75A 3UDKA 4Y3HA 3LHGA 5P4GA 1LV1A 5OZGA 3VF5A 5P15A 5J25A 3FNTA 1EPLE 3SO9A 1C6ZA 3OXVA 3TOGA 5P0EA 3OQDA 3BXRA 1QBSA 3ER5E 4NPUA 5E5KA 5P19A 4J1CA 5P75A 4Y5BA 4Y50A 3NU9A 5P4PA 4YBFA 5OZUA 1JLDA 5OZTA 5P7PA 5ENKA 2AVSA 5P43A 1HIIA 4Y5NA 1OD1A 5DQ4A 4U8WA 1HSIA 1HVKA 4Y5KA 5P67A 5P57A 1ZTZA 5F01A 5OZYA 5P8CA 5HVPA 3PI5A 3H0BA 5JODA 2FMBA 3GI4A 3BUHA 5OYVA 5P7GA 4Y3XA 1G35A 3KT2A 5P60A 3T7PA 3QVIA 5P68A 3VYEA 5P7TA 2P3DA 4A4QA 3S45A 3EM3A 1HPVA 3TKWA 3IXKA 1TSUA 3RU1A 5P2FA 5P6GA 3QAAA 3OADB 4M8YA 5OZXA 5CLMA 5P85A 3CIDA 4UPJA 5P0SA 2AVMA 3I6OA 3LPIA 5P0NA 5P5VA 2OF0A 2O4PA 5P0ZA 3TL9A 1UH9A 3UTLA 4J1KA 4FIVA 1HVRA 3IXJA 2ZHRA 5P5NA 2QI7A 2AOFA 1VIKA 2JE4A 4J54A 1ODYA 1K2BA 2XFJA 1T6EX 3O9HA 4OD9A 1YTJA 3QS1A 4ZE6A 5P1BA 5P4RA 1ODWA 1MRWA 3ZKGA 3PMUA 5P25A 2P3BA 3N3IA 1RV7A 2I0AA 5OZIA 5P7UA 2H6TA 5DPZA 2OAHA 5KQXA 5P78A 5AGZA 5P1UA 4Z4XA 5OZDA 3R2FA 2VIYA 6UPJA 3KDDA 3EL1A 2O4KA 5P5PA 5OZQA 4DQGA 5PEPA 4EQ0A 1FLHA 3UHLA 5P3HA 1J71A 2O40A 4CPTA 5P7WA 3NWXA 4FSLA 1YG9A 1HVSA 5KR8A 2XFKA 4I0JA 1TCXA 5P7BA 5P3OA 4Y3AA 2V13A 1HPSA 2O4LA 2WF3A 4J17A 3JVWA 5P81A 5P1LA 3OQFA 4NPTA 2VIZA 5HTZA 5P6FA 4NJUA 5P5WA 1G0VA 5P27A 4DJWA 5IS4A 4RROA 4Y3DA 2VJ7A 1GNMA 2PK6A 3D20A 5OYRA 4FE6A 5P1EA 2ZJIA 3LINA 1B5FB 1M4HA 4Y5AA 5P0HA 4Y51A 4DQBA 1SGUA 2UY0A 3I8WA 4K4RA 4QJ9A 5HDXA 4MC1A 5P2WA 2HB2A 5P3XA 2Q15A 3INEA 4LC7A 4EJKA 5P46A 1BWAA 4OBFA 1NSOA 5HCTA 5P5AA 3GGUA 3MXEA 4GZFA 4Y58A 1EBWA 3DUYA 5DR0A 5I70A 4QJ6A 5HU1A 4X7IA 5OZEA 4ZSMA 4Y44A 5P2CA 4X2LA 4A6CA 4Y6MA 3PMYA 4RLDA 3IN4A 2AOCA 4BFDA 5P64A 4I12A 5OZ2A 5P05A 5P3BA 1FFIC 1LYAB 5I3WA 2QI5A 3PGIA 4GJDA 3BGCA 4D88A 4DV9A 1Z1HA 1W5XA 5P6LA 3T6IA 1ZLFA 5P2GA 2RKGA 3B7VA 5P4WA 3O9IA 3O9LA 4TVHA 2QK5A 5P7XA 1MESA 3OUBA 1IZDA 2Q63A 5CONA 1XN3A 5P3KA 1OEXA 3NSHA 1N49A 4ZPFA 3OXWA 4OBDA 5OZLA 4GJCA 3NDXA 4JOOA 4S1GA 5P06A 2WF1A 4LXMA 1FG8C 2G27A 4B1CA 1YT9A 3VFBA 1K1TA 1GVVA 5P4ZA 2QNNA 5P6IA 5HD0A 3VLAA 3EM4A 1BXOA 1NPAA 3ZKXA 4YD7A 5P14A 2P3AA 5BS4A 3G6ZA 3EKWA 2RMPA 5P2LA 3RSXA 2ZHVA 3TKGA 4GJBA 2AIDA 2IENA 5P40A 1MPPA 4Y4JA 1Z8CA 5P71A 4Y4UA 5P54A 4AZYA 2HIZA 4GJAA 4D8CA 5OZ8A 1GKTA 3GI5A 3UQUA 1YTIA 3ZKIA 2HC0A 2PWCA 1SIVA 4F76A 3BXSA 4DJXA 2B42A 1XN2A 3SKGA 5P50A 1K6CA 1META 1RPIA 2IGXA 4NJSA 4AA9A 5E5JA 5P6DA 1FGCC 3L5BA 4EP3A 3KN0A 4RYGA 3MSLA 3VG1A 5P1KA 4J55A 1NPWA 2QAKA 2VNMA 3QP0A 2HPEA 5P5ZA 5P7RA 1YM2A 4Y3WA 3ZPTA 3GGVA 4Y57A 3EL0A 5P1NA 3K4VA 5KQZA 4ER4E 5OYXA 3EKVA 3K5GA 4R93A 2Q64A 4Y5PA 2OHMA 5P7VA 3VSWA 5P63A 3UDPA 3UDRA 1KJHA 4Y4DA 4Y3QA 7UPJA 1FB7A 5P0PA 3KDBA 1HVHA 4H1EA 1ENTE 4FRIA 5KOQA 4YE3A 4PEPA 5P0CA 5P4UA 2B8LA 5P84A 2F81A 5OZSA 4EJ8A 2BPZA 5P2HA 3UQWA 5OZFA 4B72A 4YHQA 5BRYA 4QLHA 2PSUA 5P0AA 5P2KA 1G2KA 1SGZA 5P49A 5P04A 4Y4BA 2AVQA 2ER7E 4A6BA 5P11A 5OZNA 2FDDA 2Z4OA 1B6KA 3TNEA 1WKRA 1XE5A 5P6RA 2FIVA 5OZ5A 1YTGA 4WY1A 5P8JA 5P8FA 3BHEA 3RTHA 3D3TA 5P2VA 1FMBA 5P33A 3OTSA 4FRKA 3RSVA 2WF2A 1BWBA 2ASIA 9HVPA 5P69A 5P3IA 4CPRA 2QNQA 3L58A 1HTFA 1LYWB 5P09A 4ACXA 2WF0A 2WJOA 5OZBA 2V10C 3K1WA 3NR6A 4NJVA 2V11C 5OYWA 2AVOA 5P3JA 4GB2A 5P1YA 2AODA 2HPFA 4Y4EA 1HBVA 5AH7A 4EPJA 5P2QA 4EJDA 4B00A 3OWNA 5IVTA 5P8OA 3T7XA 4EQJA 3OU1A 2ZE1A 5P0LA 3VV7A 5P76A 3WSJA 3O9GA 5P5CA 1M0BA 3Q3TA 1PROA 1W50A 5P58A 2QZWA 4Y5EA 5P0KA 1FIVA 4XX3A 5P1PA 2G26A 5P6TA 4U7VA 3NU5A 5P0FA 5P0BA 1KJGA 5P5IA 5P61A 2WHHA 3EM6A 4I0ZA 5P8TA 2WEZA 5P5UA 4YBIA 4Q1WA 1GVXA 3S56A 2QMDA 4M8XA 5P56A 2F8GA 3OGQA 3HAWA 5P77A 2Q11A 3CKRA 4DJOA 2QMFA 5P6CA 2BJUA 2UXZA 5P2ZA 3U7SA 2OHRA 4QGIA 2BKTA 5P6ZA 5P6JA 1YX9A 2AOGA 4J0TA 4Y3NA 5OZOA 6FIVA 2F80A 2NMZA 4YOBA 1D4SA 4CPXA 3PSUA 4MC9A 3WZ6A 5P8SA 3KMYA 5P62A 2QI0A 5P5MA 3QI1A 4Q1XA 1IIQA 5P8PA 4BELA 4Y41A 3DJKA 3SA8A 3JVYA 3AUPA 5FIVA 5OZHA 5P6MA 4J1HA 2UPJA 4FM7A 1G6LA 4L7GA 5P0YA 3WB4A 5P89A 5P65A 4CKUA 3ZPUA 4L7JA 1W51A 3RTMA 3S54A 5OZMA 1HSGA 3QPJA 1TZSA 3Q4BA 3TLHA 5JFUA 1HVJA 1EPRE 3HBOA 5OZ7A 5P1VA 3AIDA 4IVTA 3ZKMA 2PH6A 3FIVA 3KFNA 4YD3A 3PWWA 4Q5MA 3OXCA 3PVKA 1D4IA 2PH8A 4Y3SA 2I4QA 2PWRA 2ZJMA 2QI4A 2Q3KA 4Y3JA 5I3VA 1LS5A 2PQZA 4R5NA 3VF7A 1W6HA 3UDNA 1F34A 3INHA 4ACUA 4OD9B 3PSGA 1MIQA 1W6IA 3DCKA 2P3BB 5P4VA 2R38A 4MC2A 2QMGA 5HDZA 1D4HA 3SAAA 2FDPA 5P0DA 2QD8A 3D1XA 1MEUA 1T7JA 1SBGA 2VNNA 1QRPE 4FAEA 2PYNA 3D1YA 2R5PA 4CPQA 3CMSA 2NR6A 5DQCA 2PMAA 5P83A 3QIHA 4OBKA 3OOTA 3PM4A 1EC0A 3T11A 2NXDA 3B80A 2BPXA 4R91A 3IXOA 1EPME 4HE9A 5P6PA 4Y47A 3DOXA 4GJ6A 4I0EA 4B70A 3L3AA 2VIJA 1ZPAA 5P6XA 4D85A 5OYYA 4Y9WA 5P13A 5P8KA 3APPA 5IVQA 2CEMA 1ME6A 4DJVA 3O9BA 4DQHA 4J1EA 2AOEA 1MSNA 3OU4A 2HS1A 2RSPA 5AHCA 3UQPA 5P1SA 5P3FA 5COKA 5AH8A 4EJLA 5P5JA 1IZIA 3CICA 5P17A 5P4EA 5P3TA 4J5JA 4HVPA 4Y37A 3MSJA 3LNKA 3QRSA 5P1OA 2G94A 2NMYA 4YD5A 5I3YA 5P4KA 1E81E 4Y56A 3L5EA 4I0DA 4HDPA 3PCWA 4K4QA 1EC2A 5P7KA 4Y48A 3HVPA 1BV9A 1VIJA 1GNNA 3RVIA 4EWOA 2BPWA 3N4LA 4J0VA 5P3YA 2V12C 1IZEA 2I4WA 5P10A 1U8GA 3O9LB 3VF3A 5P4AA 3IAWA 2QI1A 3URLA 4RRNA 4FCOA 2IS0A 4Q1YA 1EC1A 5P3LA 2QZLA 1EBYA 1ZBGA 3HLOA 2ZJNA 5P1WA 1UPJA 5C9DA 5P3ZA 4Y45A 5P48A 3G70A 4LXAA 1YM4A 5OZCA 5P0WA 5OYTA 5P0IA 5DQ5A 1AVFA 4IVSA 5P7NA 3VEUA 1BXQA 2R5QA 2ER6E 1HIVA 4LP9A 5P6SA 2QU2A 2G21A 4FRJA 1NPVA 1XE6A 5P72A 3R4BA 4XXSA 5P1HA 1DMPA 1EPPE 2BPVA 1IDBA 3S43B 3NDTA 5OZZA 4FGXA 1AJXA 1IZHA 3SQFA 3VCMA 5P7IA 2HB4A 5P3MA 5P7FA 3UDQA 1GVUA 3NDUA 1LF4A 4ZEAA 1HXWA 4LBTA 5P8NA 2I4UA 5P2DA 2Z54A 3WZ7A 4Y36A 5SY3A 1MERA 5P45A 1AXAA 4Y35A 2V00A 5P22A 2QU3A 2IRZA 5C9BA 3VV8A 4EP2A 3ZKSA 5P87A 1FQ4A 1MT9A 2OHNA 5P4MA 3O9CA 1FMUA 2HAHA 3UDMA 5SZ9A 5KR1A 5P3EA 5P32A 2VJ6A 3S7MA 2A4FA 4EYRA 2OHPA 1SDUA 3PLDA 3S8IA 3NDWA 4TRWA 4CPUA 4FM8A 1RNEA 3UPJA 1LYBA 5HDUA 4J1FA 5P5LA 1E80E 3FNUA 1SMRA 1WBMA 3VLBA 3TOFA 2Q5KA 1BVGA 4D89A 5HE4A 4FSEA 5OZ4A 2WECA 5P5FA 3JW2A 5OYZA 2G1RA 3OUCA 3KA2A 4DI2A 1FKNA 4Y4ZA 5P1CA 4N00A 4D83A 3M9FA 2WL0A 2V0ZC 3VFAA 2O4NA 2A1EA 1QDMA 4DPFA 5P4SA 5P1JA 3UDYA 3NU6A 5P5OA 2JJIA 1K6VA 1SP5A 3OQKA 4FL8A 5DR8A 1DAZC 3QBHA 3CYXA 4R92A 2FDEA 3KF0A 5P8HA 3C9XA 3SA6A 1CMSA 1PSOE 5DQ2A 5ENMA 1TW7A 1XDHA 3UF3A 2AOJA 1DW6C 1HSHA 5P0GA 5P66A 3SA3A 3O99A 5P74A 4DFGA 3QRMA 2Q54A 4XKXA 3PWMA 3VYDA 3K5DA 4Y43A 4BEKA 3HAUA 2VKMA 5P8VA 5P2OA 1RQ9A 5P02A 3SA5A 3NYGA 3LIQA 2XYFA 4R95A 5HU0A 5P7SA 5P20A 3GI6A 1BDQA 2IGYA 2IL2A 2ANLA 2WKZA 4HA5A 1AZ5A 3KM4A 3HDKA 3OU1B 1FQ7A 5P0JA 3VUCA 2F3EA 4OC6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3L A;  5P4B A;  5AH6 A;  5P7Z A;  5OZ1 A;  1TSQ A;  2R3W A;  1C70 A;  1MVP A;  4YD4 A;  2FLE A;  3EL5 A;  1LZQ A;  4ER2 E;  2B7Z A;  3DV5 A;  1XS7 D;  4CMS A;  3UQX A;  3F9Q A;  4H3G A;  4WY6 A;  4DPI A;  3PB5 A;  2QP8 A;  5P8M A;  4K9H A;  3IVI A;  2I4D A;  3LIY A;  1BDR A;  3L38 A;  1A94 A;  4Y3R A;  5P8G A;  4Y4T A;  5P4H A;  1FG6 C;  3O9D A;  2G1N A;  4APR E;  2AZC A;  3OTY A;  2R3T A;  3UDH A;  4CPW A;  4Y3M A;  2PYM A;  1W5W A;  2NNK A;  2QHC A;  3FSM A;  5DR7 A;  3IND A;  3IN3 A;  1B11 A;  4Y53 A;  1UH7 A;  5P2I A;  5P37 A;  5P34 A;  5P7Q A;  5P3A A;  5P5T A;  5P0R A;  2NPH A;  2AZ8 A;  3KT5 A;  2QNP A;  3QVC A;  2ZJH A;  4Z50 A;  1E5O E;  3INF A;  4H3F A;  5OZ9 A;  3TH9 A;  4DJY A;  1C6X A;  3EKY A;  5P2A A;  2OHK A;  2P8H A;  4Y3T A;  4HLA A;  3DCR A;  1FQ6 A;  5P2R A;  3BC4 A;  4DJQ A;  1D4L A;  4ZPG A;  5P2S A;  3NWQ A;  4ZPE A;  2RKF A;  3FV3 A;  4KE1 A;  4H3I A;  1TCW A;  1Z1R A;  4Y4X A;  3LIV A;  3UFN A;  5P8L A;  1D4K A;  2QZK A;  1MTB A;  5P3N A;  1W5Y A;  1FQ8 A;  1BV7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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