1XL2A

Hiv-1 protease in complex with pyrrolidinmethanamine
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title An Old Target Revisited: Two New Privileged Skeletons and an Unexpected Binding Mode For HIV-Protease Inhibitors
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
molecule tags Hydrolase
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2004-09-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xl2A00
1NPWA 3R4BA 5P4ZA 2BPYA 4Y50A 5P04A 3R1GB 5P7QA 4Z50A 2AOJA 2JE4A 1IIQA 5P4UA 2WKZA 5P0QA 3JVWA 3OXCA 4ZSMA 5P5FA 5P1MA 5P5VA 5P43A 1LYBB 5P1XA 2R8NA 3T11A 5P6IA 1MT7A 4DI2A 3LITA 5OZDA 5OYWA 4J1FA 2IEOA 1HVIA 5P70A 4LXMA 5COPA 5P1SA 3UQPA 3QVCA 1KJGA 4YCTA 4YBFA 1B11A 1APUE 4DQBA 5SY2A 5OZRA 3OU1A 2I4VA 5P8BA 4FRIA 3PB5A 1PFZA 5P2CA 1HEFE 1WKRA 1ZAPA 4EJKA 1ODXA 3TPRA 3OHHA 4LXAA 2B7ZA 3NU5A 5P5LA 5P06A 4YD6A 5OZKA 1IVPA 4DFGA 5DPZA 3KFNA 5P7GA 3QRVA 5HDVA 1RQ9A 5P7FA 1K6VA 2O4KA 7HVPA 3EL9A 1T6EX 5OYXA 2OHNA 1SH9A 4XX3A 2P3BA 4Y9WA 1E5OE 4K4QA 5P0IA 4J54A 3VF5A 3G6ZA 1LEEA 5P7RA 5P8IA 3L59A 4B0QA 3D1ZA 3F9QA 2HPEA 5P3YA 1SGUA 4LC7A 5P48A 1QRPE 3KFSA 4EQJA 1HTGA 5P3VA 2NXMA 3OWNA 2I4UA 1M4HA 3OGQA 3ZKMA 5P5UA 1APWE 3INFA 4CPXA 1IZIA 4OBHA 4CPSA 2AZ8A 3SABA 3PSGA 5P7DA 5P5XA 4D89A 1AIDA 4R93A 4LL3A 2Z54A 4EJDA 2OHUA 1HWRA 1AJVA 3I6OA 5P0CA 2HPFA 3OQDA 3LPJA 1J71A 1QBRA 4Q5MA 5P61A 3IVHA 2IGYA 3OHFA 3Q5HA 4H3IA 5HU1A 3H5BA 2AQUA 4OBFA 4TVHA 3L5EA 3S2OA 4J1EA 4Y39A 4J55A 1W5YA 5P64A 5P56A 1QDMA 2FS4A 5P25A 5P18A 3D1XA 1Z1HA 5P67A 3IN3A 5OZMA 4L6BA 2HM1A 4F75A 4XX4A 5P83A 3S53A 2OAHA 4Y38A 3PLDA 3GI4A 4EPJA 3O9BA 1T3RA 2ZJKA 2PC0A 3GGUA 2APRA 3OQKA 1IDBA 4I10A 1GVUA 4FSEA 1DMPA 2XYEA 5P00A 4DV9A 5P3KA 1PPME 1B5FA 3HBOA 1BXOA 4ZSQA 5C9FA 4GJ8A 1SIPA 4HZTA 4Y3AA 5P4FA 2OHRA 2PWCA 5P2RA 2BPZA 2WF3A 1M0BA 4B72A 3EM3A 5P0AA 5P44A 5P1FA 3UF3A 2QZLA 1HIHA 2WEDA 1MT8A 3Q70A 1BXQA 5OZBA 3N4LA 5P1RA 3Q4BA 5OZWA 2PK5A 2ZJJA 1ER8E 5P3SA 5IVQA 4Y44A 2P83A 4F76A 5IS4A 2G1YA 2HS1A 5P87A 4Y3RA 4GMIA 2EWYA 2V11C 2ZHRA 3NU4A 3LHGA 5P46A 5P1JA 2O4NA 3NU3A 4Y36A 4YDFA 3H0BA 4Y3GA 1K6CA 4Y41A 5P6YA 5OZ7A 5OZFA 5P37A 4J0TA 5P5AA 3EKVA 5P4NA 3K5GA 4R5NA 5P4VA 3IXJA 3T7QA 5P8RA 4Y3HA 3QBFA 3FNSA 5P5BA 5P17A 1NPVA 1FEJC 3K5CA 5P0PA 2AZBA 3EKYA 5P6LA 3EM6A 2AOHA 1QS8A 1YX9A 3APPA 3ECGA 5P1YA 4PZXA 4I0GA 1A94A 1M43A 3PI5A 5P20A 5AHAA 2PH8A 4GJ7A 3WZ8A 5DR8A 5P1HA 1HSGA 1IZDA 1K2CA 2B8VA 4Y4TA 1ENTE 2WEAA 1EPQE 2G69A 5P0OA 2VIEA 1WBMA 3NLSA 3KDCA 5P1UA 3QROA 1TCXA 2RENA 1BAIA 2XFKA 1TZSA 4RCFA 2ZHTA 4AA9A 1FKNA 3C9XA 5HDUA 5P3WA 1EPRE 1HXBA 4YD4A 4ZLSA 2V00A 1DP5A 5P8VA 3KFPA 4Y45A 5OZXA 5P2HA 2P4JA 4RVXA 3SA4A 5P7JA 4ZSRA 1EAGA 4DQGA 2QMGA 5P5MA 2BQVA 3NYGA 4PZWA 3RSVA 5P23A 5AH8A 3PM4A 4N00A 4EQ0A 4JP9A 3NR6A 5P6OA 1HEGE 3LIQA 4I0JA 3BC4A 3EC0A 5P0LA 2HC0A 6UPJA 4QJAA 2QI1A 1MSNA 3VLAA 3LIVA 3ZKIA 1A8KA 3LNKA 2ZJIA 5P4CA 4DJWA 5P2KA 4Y48A 3GI5A 2WF0A 3OAGA 4MC6A 3OOTA 1MSMA 5I3WA 3UHLA 3SA3A 2WEBA 1XN2A 1BVGA 2P3DA 3BVAA 3N3IA 3SPKA 2AZ9A 2VIZA 3RTNA 1SMRA 3IXKA 3OAGB 4JPEA 3O9GA 1YG9A 4Y4DA 1A9MA 5P51A 2F3FA 2I4QA 3KM4A 3EKXA 5ISJA 4IVSA 3ZKNA 4TRZA 2VJ6A 4CPQA 5P2QA 4ZE6A 1SGZA 4OBZB 4EJ8A 4B1CA 3BHEA 4DQEA 5P6WA 1KJ4A 2AIDA 2ER9E 1EBZA 2G20A 1FG6C 3RVIA 5OYYA 3VYDA 1JLDA 5P4IA 1AJXA 4YOAA 3K4VC 2R38A 4DJQA 4NPUA 5P7HA 2G24A 5HD0A 2FGUA 4GJDA 3MSLA 5P7BA 4Y5EA 4J0VA 4Y4AA 3AUPA 5P7XA 4Y3ZA 3VYFA 5OYQA 5P3AA 4B77A 3QPJA 1E81E 3D20A 5OZJA 1LV1A 4QGIA 2VIJA 1HTRB 2AOFA 2QNNA 5OYZA 4Y58A 5OZ1A 2QP8A 2AVMA 2UXZA 2PMAA 4YCKA 4FCOA 5B18A 5P6AA 3IA9A 3DM6A 4Y4JA 5OZIA 5HDXA 1EBYA 3QAAA 3LIXA 5P10A 4B1EA 3TPLA 5P4BA 5P5NA 4FGXA 5P1IA 1XN3A 5ISKA 2QZXA 4Q1NA 4Y47A 5P65A 4OD9A 4A4QA 3D91A 5P5TA 4WTUA 1KJ7A 5P2EA 3SLZA 2QI3A 3NXEA 5P0UA 5P5JA 1VIKA 2SAMA 2V0ZC 3OUCA 2QMDA 1W5WA 4Y5PA 5F00A 4RYGA 1UH9A 2G1SA 5P15A 5P4YA 3GGAA 3SA6A 5P1QA 2OHPA 1YTGA 3CYXA 3ER3E 5P38A 5P7TA 3VF7A 5E5JA 5P2AA 3LINA 5P4XA 1LYAA 2G1RA 2Q15A 3SM2A 5P11A 1ZSFA 3OU4A 4YE3A 5P42A 4RZ1A 3RU1A 5P2SA 4Q1WA 3B80A 3UQXA 1AVFA 4Y57A 5OZHA 4I0FA 2ZE1A 3OU4B 4L7JA 4DQHA 1MTBA 5P7MA 2FXDA 1HBVA 2A1EA 3DJKA 3NXNA 3ZLQA 5IVRA 5ER2E 5P5EA 4B1DA 5P5SA 5P77A 3UDRA 5P2DA 5P45A 1E80E 5P6QA 3FX5A 3EMYA 1OD1A 2R43A 4LP9A 4RROA 5P6HA 2QI0A 5P2VA 4JECA 4DJXA 2PSVA 3BXRA 5P4QA 3G70A 1MERA 5P14A 2PYMA 2ZJNA 5P3HA 2Q5KA 2HAHA 2Q3KA 5SY3A 2ZHUA 1EBKC 3DOXA 4L7HA 3OADA 5P0WA 2CEMA 5KOQA 2PQZA 3AIDA 3UDYA 2VA5A 3SM1A 5P4AA 1XE5A 3QN8A 3SFCA 1ZTZA 5P3JA 4Y43A 1U8GA 1N49A 5FIVA 5P5IA 5OZUA 1HRNA 5P4PA 5P6VA 1FIVA 1ZJ7A 3NDUA 2ER0E 1ZPKA 4ACUA 5P3XA 3OADB 3NSHA 3KF0A 1HTFA 5P7LA 2CEJA 1MUIA 5HE7A 2BBBA 3O9DA 2F8GA 5DQ1A 3PCZA 5P3IA 4GJBA 2R9BA 4DPFA 1A30A 1RNEA 5P82A 3VSWA 3ZKSA 1BIMA 2P8HA 4PEPA 5P0GA 4RGHA 3UQWA 5DR1A 5JG1A 1GVVA 1BVEA 4I0IA 5P07A 2HB2A 5P2FA 4WY6A 4ER2E 3S8IA 2FIVA 1VIJA 3FSMA 4Y5NA 1GKTA 3OUDB 5IVTA 1FQ4A 3VSXA 4YDGA 5T4SA 2ZHSA 3NU9A 4KE0A 5HU0A 3GI6A 5P33A 2Q63A 2AZCA 3HVPA 1FFFC 3OXWA 2VA7A 4I0HA 5P7SA 2FDPA 5P8QA 2NNKA 5P1EA 3QI1A 1D4JA 2CENA 2QI4A 5P5YA 3A2OA 3Q6YA 5OZTA 4Y53A 1DPJA 4Y3QA 1HPXA 1META 5P7CA 5P4OA 3EXOA 2QI5A 5P0EA 5BWYA 3HLOA 3URIA 1SDUA 3NWXA 5P85A 3TOGA 3JVYA 2QHYA 3MXEA 3PBZA 1D4KA 3INEA 4D8CA 2NXDA 2F3EA 3I7EA 4R8YA 3UDKA 1CMSA 4TRYA 2QU2A 4DJVA 4DUSA 5KAOA 5P4TA 5P1BA 1YTJA 3IGBA 2QD8A 2O4LA 2VNMA 3KT2A 4DJUA 4GJ6A 2XFJA 4B00A 3TOFA 3OTYA 1CPIA 5P62A 5HTZA 4GJ5A 1Z1RA 2QCIA 5P6CA 3MSKA 5AH7A 5P7ZA 5P5GA 4Y3LA 5OZGA 5P2WA 5P8JA 3L38A 1MPPA 3VV7A 4GJAA 3ZL7A 2NPHA 5CLMA 2NMZA 1FFIC 4J1KA 3CIDA 3R0YA 5P29A 3KN0A 5P2BA 3QRSA 3D3TA 2IKOA 2F3KA 4Q1YA 1B6PA 5OYUA 5P0YA 4CPRA 3ZPUA 4U8WA 5P2TA 5P2YA 5P1GA 4AA8A 1EPNE 4X7IA 1FQ8A 4ZPGA 5P80A 4GZFA 5IVSA 2I0AA 3O9LA 1W51A 3BGBA 8HVPA 2FLEA 1PROA 2QI6A 2QD7A 2ER6E 4YBIA 5P0TA 3S43A 4Y3EA 2AVSA 3PBDA 4U7VA 5P78A 3URLA 2FNSA 4FSLA 2IENA 1IVQA 3O9LB 1BDLA 5P6JA 4CPUA 5F01A 2HIZA 5P1OA 5P8HA 3S43B 1XDHA 4LBTA 4RYCA 1AXAA 2MIPA 3EL4A 5EZZA 5P4EA 1K1TA 3LIYA 3PLLA 4J1IA 5P66A 4R91A 1MRWA 1GNOA 3PWMA 5P1KA 5AH6A 4Y56A 1GVXA 4PPHA 5P8AA 5P31A 1HVCA 3NDXA 5P6XA 1QBSA 4APRE 1EC2A 3CYWA 5HVPA 3K4VA 5KQFA 3URJA 5P0DA 3K5FA 3LZSA 2OHSA 5P7KA 1YM2A 5P3LA 3S7LA 5ENMA 5P8EA 3DUYA 2V13A 3NWQA 1HPSA 3EL1A 5P0XA 3FNTA 1AAQA 5P79A 1TW7A 2G1OA 5P03A 2VS2A 3GGVA 2BKSA 3VV6A 3QP0A 2ZDZA 5OZ6A 5P3TA 2NXLA 4MC2A 4EP3A 4Y5AA 2ZGAA 2ANLA 4EXHA 4DQFA 3DV5A 3T3CA 5DR7A 1BV9A 2V16C 3KT5A 3R2FA 5C9BA 3OQFA 3LPKA 5P12A 3VYEA 2F80A 2AOEA 2BPVA 4R95A 1MVPA 5P4LA 4Y5LA 1BWAA 5KR8A 4HDFA 3GI0A 4GB2A 5DQCA 4Y37A 4FRKA 5EZXA 5P4DA 5IE1A 5AH9A 4AMTA 1PSNA 4PYVA 3K5DA 3UPJA 4RCEA 3NUJA 1ZBGA 5P52A 3HAUA 7UPJA 4Z2ZA 4Y3DA 3SO9A 4Y4WA 3TTPA 4Y3NA 1SMEA 4Q1XA 1SBGA 4NJSA 5ENKA 3EKQA 3VV8A 3PI0A 4WY1A 1TSQA 2V12C 3PGIA 5P69A 3KA2A 1FMBA 5APRE 4K9HA 4DJPA 4FE6A 4I0DA 2VJ9A 4MC1A 5P8UA 3BXSA 3VLBA 2G21A 2WF1A 1KJHA 3CICA 5P1ZA 3MXDA 5P7NA 4ACXA 4J0ZA 4NJTA 2OHLA 3SA8A 4I8ZA 4OBZA 5P2IA 5P8TA 3KYRA 5P7IA 5P16A 1XS7D 1YTIA 1LF2A 4TRWA 5P2ZA 2BB9A 1EPOE 1DAZC 2R3TA 3KMXA 2QI7A 2ZJLA 2OHMA 1FQ7A 4HDPA 4K8SA 3TOHA 3OY4A 5P8LA 1XL5A 5P7YA 1UPJA 3EKTA 4HDBA 2XFIA 4KB9A 4Y4XA 2QMPA 5P3PA 4Y3JA 3CIBA 3S45A 5P3CA 5P7EA 1T7KA 1GNNA 4HVPA 1F7AA 3U7SA 3HVGA 1G2KA 3UDMA 3MSJA 1EC1A 5P76A 3LZYA 3MWSA 5P3NA 1Q9PA 5P0ZA 3DV1A 4LHHA 3OTSA 5P36A 3EL5A 5P5WA 5P86A 1GVTA 4FIVA 4YD3A 5P4RA 4BFBA 1B6MA 5P8DA 5DR3A 3HDKA 4MC9A 3PMUA 3PHVA 5P1PA 3UFLA 3ZKXA 1LYWA 5P6MA 1FMUA 5P88A 2AOIA 2F81A 5KQXA 4RVIA 5P72A 4Z22A 1C6YA 3T7PA 2H6SA 2G22A 5OZ3A 5OZOA 1ZP8A 4PHVA 1BDQA 5P63A 2FMBA 4K4PA 4BFDA 1HSHA 4RCDA 2IGXA 1T6GA 5P3UA 1LYWB 1AM5A 1D4HA 1W5VA 1LS5A 5OZEA 3ER5E 4XKXA 5P8OA 3L3AA 3QRMA 5P19A 4J5JA 3RTHA 2A4FA 2JJJA 3ZKQA 1PSAA 5P0NA 3NDTA 5OZ0A 2ER7E 5P01A 1NPAA 3DK1A 1EC3A 3CKTA 1GNMA 5PEPA 3INDA 1HPVA 5P5DA 2Q64A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1NPW A;  3R4B A;  5P4Z A;  2BPY A;  4Y50 A;  5P04 A;  3R1G B;  5P7Q A;  4Z50 A;  2AOJ A;  2JE4 A;  1IIQ A;  5P4U A;  2WKZ A;  5P0Q A;  3JVW A;  3OXC A;  4ZSM A;  5P5F A;  5P1M A;  5P5V A;  5P43 A;  1LYB B;  5P1X A;  2R8N A;  3T11 A;  5P6I A;  1MT7 A;  4DI2 A;  3LIT A;  5OZD A;  5OYW A;  4J1F A;  2IEO A;  1HVI A;  5P70 A;  4LXM A;  5COP A;  5P1S A;  3UQP A;  3QVC A;  1KJG A;  4YCT A;  4YBF A;  1B11 A;  1APU E;  4DQB A;  5SY2 A;  5OZR A;  3OU1 A;  2I4V A;  5P8B A;  4FRI A;  3PB5 A;  1PFZ A;  5P2C A;  1HEF E;  1WKR A;  1ZAP A;  4EJK A;  1ODX A;  3TPR A;  3OHH A;  4LXA A;  2B7Z A;  3NU5 A;  5P5L A;  5P06 A;  4YD6 A;  5OZK A;  1IVP A;  4DFG A;  5DPZ A;  3KFN A;  5P7G A;  3QRV A;  5HDV A;  1RQ9 A;  5P7F A;  1K6V A;  2O4K A;  7HVP A;  3EL9 A;  1T6E X;  5OYX A;  2OHN A;  1SH9 A;  4XX3 A;  2P3B A;  4Y9W A;  1E5O E;  4K4Q A;  5P0I A;  4J54 A;  3VF5 A;  3G6Z A;  1LEE A;  5P7R A;  5P8I A;  3L59 A;  4B0Q A;  3D1Z A;  3F9Q A;  2HPE A;  5P3Y A;  1SGU A;  4LC7 A;  5P48 A;  1QRP E;  3KFS A;  4EQJ A;  1HTG A;  5P3V A;  2NXM A;  3OWN A;  2I4U A;  1M4H A;  3OGQ A;  3ZKM A;  5P5U A;  1APW E;  3INF A;  4CPX A;  1IZI A;  4OBH A;  4CPS A;  2AZ8 A;  3SAB A;  3PSG A;  5P7D A;  5P5X A;  4D89 A;  1AID A;  4R93 A;  4LL3 A;  2Z54 A;  4EJD A;  2OHU A;  1HWR A;  1AJV A;  3I6O A;  5P0C A;  2HPF A;  3OQD A;  3LPJ A;  1J71 A;  1QBR A;  4Q5M A;  5P61 A;  3IVH A;  2IGY A;  3OHF A;  3Q5H A;  4H3I A;  5HU1 A;  3H5B A;  2AQU A;  4OBF A;  4TVH A;  3L5E A;  3S2O A;  4J1E A;  4Y39 A;  4J55 A;  1W5Y A;  5P64 A;  5P56 A;  1QDM A;  2FS4 A;  5P25 A;  5P18 A;  3D1X A;  1Z1H A;  5P67 A;  3IN3 A;  5OZM A;  4L6B A;  2HM1 A;  4F75 A;  4XX4 A;  5P83 A;  3S53 A;  2OAH A;  4Y38 A;  3PLD A;  3GI4 A;  4EPJ A;  3O9B A;  1T3R A;  2ZJK A;  2PC0 A;  3GGU A;  2APR A;  3OQK A;  1IDB A;  4I10 A;  1GVU A;  4FSE A;  1DMP A;  2XYE A;  5P00 A;  4DV9 A;  5P3K A;  1PPM E;  1B5F A;  3HBO A;  1BXO A;  4ZSQ A;  5C9F A;  4GJ8 A;  1SIP A;  4HZT A;  4Y3A A;  5P4F A;  2OHR A;  2PWC A;  5P2R A;  2BPZ A;  2WF3 A;  1M0B A;  4B72 A;  3EM3 A;  5P0A A;  5P44 A; 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 1JLD A;  5P4I A;  1AJX A;  4YOA A;  3K4V C;  2R38 A;  4DJQ A;  4NPU A;  5P7H A;  2G24 A;  5HD0 A;  2FGU A;  4GJD A;  3MSL A;  5P7B A;  4Y5E A;  4J0V A;  4Y4A A;  3AUP A;  5P7X A;  4Y3Z A;  3VYF A;  5OYQ A;  5P3A A;  4B77 A;  3QPJ A;  1E81 E;  3D20 A;  5OZJ A;  1LV1 A;  4QGI A;  2VIJ A;  1HTR B;  2AOF A;  2QNN A;  5OYZ A;  4Y58 A;  5OZ1 A;  2QP8 A;  2AVM A;  2UXZ A;  2PMA A;  4YCK A;  4FCO A;  5B18 A;  5P6A A;  3IA9 A;  3DM6 A;  4Y4J A;  5OZI A;  5HDX A;  1EBY A;  3QAA A;  3LIX A;  5P10 A;  4B1E A;  3TPL A;  5P4B A;  5P5N A;  4FGX A;  5P1I A;  1XN3 A;  5ISK A;  2QZX A;  4Q1N A;  4Y47 A;  5P65 A;  4OD9 A;  4A4Q A;  3D91 A;  5P5T A;  4WTU A;  1KJ7 A;  5P2E A;  3SLZ A;  2QI3 A;  3NXE A;  5P0U A;  5P5J A;  1VIK A;  2SAM A;  2V0Z C;  3OUC A;  2QMD A;  1W5W A;  4Y5P A;  5F00 A;  4RYG A;  1UH9 A;  2G1S A;  5P15 A;  5P4Y A;  3GGA A;  3SA6 A;  5P1Q A;  2OHP A;  1YTG A;  3CYX A;  3ER3 E;  5P38 A;  5P7T A;  3VF7 A;  5E5J A;  5P2A A;  3LIN A;  5P4X A;  1LYA A;  2G1R A;  2Q15 A;  3SM2 A;  5P11 A;  1ZSF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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