1XN2A

New substrate binding pockets for beta-secretase.
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural locations and functional roles of new subsites S5, S6, and S7 in memapsin 2 (beta-secretase).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 102
structure length 389
sequence length 389
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2004-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xn2A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xn2A02
5P2IA 5P7FA 3KMYA 4HE9A 2Z54A 4TRZA 5OZWA 2G22A 5P7JA 5P8HA 3LPIA 3DV1A 5P8BA 3PSGA 5P0EA 3BUGA 3VF3A 2QK5A 3UF3A 1B11A 3QROA 3T7QA 5P0MA 1UH9A 4FL8A 5P6YA 4YD7A 3DJKA 3S43B 1TQFA 3APPA 4EQ0A 1J71A 5P5RA 3I7EA 5OZLA 1ODYA 5P8CA 4COEA 5KOSA 5P2TA 5P34A 5P0SA 4J1FA 2O4KA 1YT9A 3OUCA 3KDDA 4HA5A 2QNPA 5OZ0A 2WF4A 5P03A 4ZLSA 3EMYA 3KFRA 4DQHA 1XE6A 4LP9A 1GVXA 3LIVA 2ZGAA 3LZVA 5P2NA 5P4HA 3D1ZA 2WF0A 2NMYA 3JVWA 5AH8A 2HB2A 1SGUA 3NDUA 1N49A 4MC9A 5P01A 3VV7A 3OHHA 3FKTA 5P8QA 2BPZA 2FGVA 1NH0A 1T7JA 5UPJA 1GVTA 1OHRA 5P80A 1YM2A 2JYSA 1META 4X2LA 4F73A 4I0JA 2PYMA 3CIBA 2I4QA 4Z50A 3PSYA 3O9BA 4CPRA 4YD3A 2AOIA 5P5VA 3SA7A 2QHCA 4LXAA 1A8GA 3WZ6A 4Y3XA 5P38A 5P87A 2QI4A 4DQFA 2G24A 4Y3QA 4U7VA 2UXZA 3FSMA 1C70A 5P19A 4PZXA 5P5CA 1FG8C 1AJVA 5KR2A 4B05A 1FMBA 4B1CA 3I2LA 2WHHA 1LYBB 5P6KA 2IL2A 4L6BA 4S1GA 1B6PA 3T11A 3IGBA 2VJ6A 3TOFA 3APRE 2G21A 4Y5AA 2WF1A 2AOCA 5P8IA 1HIHA 1OEWA 1FB7A 4YA8A 1WKRA 3NLSA 4B1DA 5P25A 2WEBA 5P1HA 2QD8A 3SA9A 5P0IA 3PI0A 3ZKIA 1MERA 1MT8A 5P0DA 2VA6A 3AUPA 4DV9A 5P5HA 3NU5A 5I3XA 5P65A 5P6VA 2Q63A 5P2WA 5P4PA 5P3SA 1W5XA 5AHBA 5SXNA 4EP2A 5OZZA 2BPXA 7UPJA 5P7XA 1W5YA 5P71A 5P3EA 1AXAA 3NDWA 1B6JA 5COPA 1TSUA 5P8GA 2CEMA 5P3HA 5P79A 3UPJA 3DCKA 5P83A 5P2EA 4EJKA 1MRWA 1XL5A 1ZTZA 5P0BA 3KT2A 1K6VA 4DH6A 4K4QA 1D4JA 4GJAA 3IVHA 1SMRA 2P3CA 1GNNA 3OWNA 5P7KA 6APRE 4I10A 3UHLA 4OD9A 5OYWA 5P1NA 1ZAPA 3FX5A 2P3DA 3NU3A 5P33A 1HVCA 2PK6A 2Q11A 1DIFA 2PC0A 3S54A 1HSIA 2AOFA 3EL0A 1BILA 2QD6A 1K2CA 2HS1A 1FGCC 1QBUA 5HDZA 1E5OE 3TL9A 3IN4A 4HLAA 3INEA 3CYXA 1QBSA 5OZ5A 5P0TA 3OU4A 2FXEA 3F9QA 3HW1A 5P5EA 2O4PA 3G6ZA 4GJCA 3DK1A 4DPFA 5OZ2A 4YD5A 2IKOA 2F80A 5PEPA 3OXCA 4DJPA 2F8GA 5B18A 1PSOE 5P6CA 3KA2A 9HVPA 4GJBA 4ZPEA 4OBZB 3BXSA 5P7AA 3OXWA 1M4HA 5P6NA 3UDJA 3HAUA 4JPCA 4RGHA 3WZ7A 5P6EA 5DR3A 5P47A 2ANLA 4OBKA 1BV7A 2QHZA 1BV9A 5P3MA 5P5PA 4EJ8A 4CP7A 1TW7A 3NXNA 3L3AA 2WF3A 2HAHA 5BWYA 5P6HA 1EPQE 1CZIE 3T7PA 5DR1A 1ZPKA 3EL9A 4AZYA 2I1AA 4CPWA 1FF0C 4DQBA 1EPRE 3M9FA 2NPHA 3SPKA 3Q6YA 4Y3WA 3HVGA 5P3VA 5P5ZA 5P05A 3OOTA 5P13A 2OHSA 4GB2A 5P77A 4Y5CA 3KDBA 4Y4WA 3TTPA 3RSVA 5P0FA 4Y4AA 5P82A 4Y5BA 3NU9A 4GJ6A 5P4JA 1SIPA 3QPJA 4Y3JA 1LF4A 5OZIA 3ST5A 1EBZA 5HCOA 5P2ZA 4EPJA 4YE3A 4R92A 3D1XA 5OZ4A 5P7LA 3OQDA 3N4LA 2IKUA 5HE7A 2O4LA 1HVKA 3GI0A 5OZGA 4Y39A 4ACUA 3FV3A 5P37A 4CPSA 3PJ6A 3D91A 2FNSA 3GI5A 4WY1A 4Y3PA 3NU4A 1HVIA 2BKTA 4OBFA 4BFDA 1ODXA 2IENA 3O99A 3HZCA 3EKQA 4BFBA 4LXMA 5AHCA 4QJAA 1YX9A 5OZJA 5DGUA 5P1KA 5P5QA 3SM2A 1XE5A 1F34A 2ZJHA 5P0RA 4YDFA 5P3UA 5P61A 2HC0A 4I8WA 4NJVA 1EBKC 1IDAA 2AZ8A 1HTGA 3TPLA 4HVPA 5P3CA 3PI5A 4B78A 3URIA 3U7SA 3VYDA 5OYVA 5P5JA 5OZOA 2BQVA 3TOGA 2FGUA 5P7NA 3CKPA 5P4VA 3KMXA 3GI4A 5DPZA 5P02A 5P3GA 4D89A 3K5GA 4Y4XA 4APRE 4UPJA 4Y3ZA 5APRE 5OZUA 3ZPSA 5KR0A 2IGYA 3VLBA 3CICA 5P31A 1MIQA 5P3XA 2P8HA 3UDQA 2H6TA 4ZSMA 3QI1A 2A1EA 4DVFA 1K1UA 1HPOA 1LF3A 2R43A 2XFKA 3L38A 5P32A 3DOXA 2OHQA 3UDHA 3VFBA 3HAWA 3O9HA 2I4VA 5OZ6A 3SABA 4MC1A 5P7BA 5P6TA 4K8SA 3CMSA 4OC6A 1HOSA 2HIZA 3S7LA 3DM6A 1PSAA 4EP3A 5HU1A 5P12A 3EKVA 4FSLA 1A9MA 5OYSA 2ZE1A 3OU1A 2V0ZC 3O9AA 2QU2A 1BAIA 1GVWA 2QAKA 1W5WA 1HTRB 5P3FA 1MRXA 2BB9A 5P16A 5P5SA 5P4YA 5P7SA 4B1EA 3GW5A 2V00A 4YCYA 3AIDA 3QRMA 3N3IA 3BUHA 1APWE 3ZKMA 3GGVA 4IVSA 5SY3A 5P7GA 5C9DA 2OF0A 3O9EA 4X7IA 5DQ1A 1QS8A 3Q70A 5P81A 3IXJA 4YD4A 1G0VA 5P1RA 5P4SA 2OAHA 1IVPA 1BWBA 4DJRA 5IVSA 5P4WA 2VNMA 3LITA 3URJA 1IVQA 4Y37A 4NJTA 2G69A 2F3EA 2NR6A 3UDPA 5P6OA 4EWOA 1B6LA 3VSWA 3WB5A 4YHQA 1FFIC 5HU0A 5P5NA 5EZXA 3SKGA 3WSJA 3TKWA 2R5QA 5IVTA 5P8MA 4KB9A 5P6LA 2I4DA 5OZ8A 2R9BA 3NDTA 2G1OA 5KR8A 5KOQA 5P30A 3TNEA 2IRZA 2QI0A 5F01A 5P2MA 1KZKA 1PSNA 3OGPA 3ZL7A 4LXKA 1LF2A 3ER3E 3QRSA 3PWMA 2AVVA 1FQ7A 2ZJIA 3EM3A 5TOLA 3NDXA 3RTHA 4EHCA 1TZSA 5P84A 4GMIA 5P7RA 1FMXA 2PH6A 5P36A 2VA5A 1RL8A 5P4QA 2JE4A 4WY6A 3MSKA 4Y5LA 1KJFA 3PBDA 4PPHA 3ZKGA 3UFLA 3QBFA 5P0JA 4EJLA 1QBRA 2QP8A 2JXRA 2AVQA 5P4IA 5HDVA 1LV1A 4I0IA 5P8PA 4PYVA 4DJYA 1MTBA 3NYGA 5IVQA 3SQFA 3UCBA 4EXHA 5P1EA 1T3RA 3S56A 4PHVA 1E80E 3K1WA 3T3CA 4QJ9A 4QJ2A 4DJWA 2XFJA 5P41A 2P3BB 3SO9A 1D4HA 5P15A 4DJVA 4KE1A 4YBFA 8HVPA 1EPPE 2IQGA 4KE0A 1T6EX 2P4JA 3HBOA 2V13A 4I0FA 1BXOA 4M8XA 2VIYA 2CENA 1BIMA 3KM4A 3LPJA 5P1AA 4XX4A 1KJ7A 2VJ9A 1E81E 4D88A 3VFAA 3UQWA 4DQCA 5P6RA 5I3WA 3OHFA 1BDLA 2QI5A 2WJOA 5P7QA 3PCWA 1W6IA 2VKMA 4J0YA 3OUDB 1YG9A 4GJ7A 1W5VA 3MXDA 3UDRA 3SA6A 4RCDA 1RQ9A 3OUAA 3UTLA 5P57A 3O9GA 5AH7A 2AZCA 3Q5HA 4J1HA 2V16C 4NPTA 2PK5A 5P40A 5P8JA 3B7VA 4MC2A 5P2OA 1OEXA 4F76A 3OQKA 5P1DA 4RZ1A 3OQ7A 2RMPA 4R8YA 3TOHA 3OAGA 5P2VA 5BRYA 5P2HA 4RCEA 5P1IA 3FNUA 4NJUA 3CKRA 1K2BA 2VNNA 5P0LA 4Y5MA 3ECGA 4DQEA 3UDNA 3JVYA 1D4SA 5P88A 5P7IA 5P89A 4FLGA 3UQPA 4Y3LA 4RRNA 4Y51A 3Q4BA 3OADA 2AVSA 3PB5A 5OZPA 1FKNA 3ER5E 3BGCA 3LINA 4J0TA 5P0AA 5P7PA 1ME6A 2IGXA 4J0ZA 4Y5PA 2QMDA 3ZPTA 1MVPA 3PWRA 4Y9WA 5P0GA 4DUSA 5P2BA 5P1MA 4L1AB 1ZPAA 1GKTA 3L5DA 3NUJA 5CLMA 3TPPA 3L5BA 1HPVA 2BPYA 1EPNE 5P68A 2ZJMA 1ZSFA 1EC3A 3CIDA 3KF0A 3ZMGA 4H1EA 4I12A 4RYGA 3LIYA 5IE1A 1JLDA 2P3AA 2VIJA 3O9LA 1FQXA 5HD0A 1G2KA 3D3TA 5JG1A 5DR7A 2G27A 4FAEA 2F81A 1FLHA 2OHTA 5P86A 3IAWA 2J9JA 3EKWA 5P3BA 2O4SA 1LYWB 3SA5A 1HIVA 5P4LA 3OTYA 5P5KA 3G72A 4Y3DA 1C6YA 1HRNA 5P4FA 3L5FA 5OZCA 5P3PA 4FRIA 5P1FA 1MT9A 5P6ZA 3EXOA 4Y44A 1EBYA 2B8VA 5P0VA 5P1GA 5HTZA 3TKGA 3VV6A 3RVIA 2ZHSA 5P8UA 2PMAA 2ZDZA 4TRYA 3EL4A 5P0CA 1LYAB 5E5KA 4RVIA 4DFGA 3L5CA 2G26A 4MC6A 1MSMA 4GJ8A 5P35A 4ER2E 1BBSA 2AIDA 4EQJA 3QAAA 5P09A 5OZVA 1ODWA 4I0ZA 4J0PA 5P2JA 3LIQA 4Q1NA 5ER2E 2RKFA 3LZSA 2J9KA 1QDMA 1FIVA 5P17A 5P4NA 4Q1YA 5P24A 2NNPA 3VLAA 2WL0A 2ZJKA 5OZXA 5P5IA 1BWAA 4FM6A 2PWRA 5P8OA 5P54A 3I25A 4Y5KA 1CPIA 3IN3A 1PPKE 5P2FA 2WECA 5BS4A 4Y4TA 1FQ5A 3NUOA 1LEEA 2UY0A 1MSNA 3TH9A 4CMSA 4QJ8A 5P6PA 5P20A 5P5TA 1IZIA 1FQ8A 3U71A 4K4RA 1EPOE 2XYFA 5P43A 3INDA 4ER1E 4ZSPA 2APRA 3UQRA 3NWQA 1EEDP 1ZJ7A 4IVTA 3BC4A 1B5FA 4FRSA 5P8VA 5P10A 5P1WA 5P62A 5OZ7A 2V10C 4R93A 2OHNA 4I0GA 2O4NA 3QP0A 2RKGA 3VUCA 3PWWA 1HWRA 3BGBA 4Y36A 1GVUA 1CMSA 5P0OA 5P4GA 3MWSA 5I3VA 4ZE6A 4YDGA 5P7DA 5P3LA 2B7ZA 4Y35A 1OD1A 2B8LA 4RVJA 3HD8A 5OYZA 1FG6C 4FE6A 5P52A 3R0WA 5P4RA 5KQXA 5P55A 5P0WA 3S43A 2OHMA 4HEGA 3C9XA 3EBZA 1HXWA 3WZ8A 3BUFA 5P48A 2AODA 3BVAA 2WEAA 2QU3A 5OZTA 5P2UA 5OYRA 1KJ4A 3O9IA 2AZ9A 1BDRA 3D1YA 4I0EA 3WB4A 4FAFA 1HVLA 2QCIA 2FDDA 2WEDA 1HIIA 5P2SA 5P00A 4J0VA 3PMYA 1ENTE 4Y5EA 1PPLE 5OYTA 3G70A 4BELA 4DJOA 4Y3AA 2BBBA 2B60A 1SDVA 3O9FA 5AGZA 2FIVA 3GGXA 5P42A 1IDBA 4H3FA 1FMUA 2RSPA 3S8IA 4J1KA 4L7JA 4A6BA 1BVEA 5P6DA 4FSEA 4FGXA 3S2OA 1EC2A 3S53A 4I1CA 1MPPA 5KQZA 5P7VA 5ISKA 1EPLE 3D20A 5P4DA 3ZKXA 1B6MA 2NXMA 2VIEA 2G1NA 1LYBA 5P7MA 1D4LA 1Q9PA 2R8NA 3NR6A 3KFSA 4GJDA 4Y4GA 3OQFA 4Y47A 2PH8A 4ACXA 5P0QA 2ER9E 4WTUA 5OYUA 5P3KA 1HXBA 3OXXA 3HLOA 3L59A 5P2AA 5P4AA 5P5GA 2V11C 1E82E 5P74A 2AQUA 4Y48A 3EKTA 5P0HA 4CPTA 2QMFA 5P26A 4Q5MA 5P0KA 5IS4A 4JOOA 1PPME 5OZQA 1RV7A 2P83A 4Y56A 4GJ5A 4GYEA 2QNNA 1MTRA 3IVIA 4RLDA 4RVXA 5P27A 2WF2A 5P29A 4TVGA 3R0YA 3NU6A 2VS2A 5AHAA 5HE5A 4OD9B 3UDKA 4B0QA 5KR1A 1HVSA 5P5XA 4YOAA 3SA8A 3R1GB 4J1EA 5P2RA 4AA9A 4RYCA 4L7GA 3T7XA 1UH7A 2F3FA 1M0BA 3OGQA 5P73A 4XXSA 1HEGE 5P3OA 4B72A 2ZYEA 3O9DA 5P1VA 5P0YA 5P4OA 3PVKA 5P8AA 3GGAA 2BPVA 3OU4B 1BVGA 4GJ9A 1MUIA 1TSQA 4RRSA 5DR4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2I A;  5P7F A;  3KMY A;  4HE9 A;  2Z54 A;  4TRZ A;  5OZW A;  2G22 A;  5P7J A;  5P8H A;  3LPI A;  3DV1 A;  5P8B A;  3PSG A;  5P0E A;  3BUG A;  3VF3 A;  2QK5 A;  3UF3 A;  1B11 A;  3QRO A;  3T7Q A;  5P0M A;  1UH9 A;  4FL8 A;  5P6Y A;  4YD7 A;  3DJK A;  3S43 B;  1TQF A;  3APP A;  4EQ0 A;  1J71 A;  5P5R A;  3I7E A;  5OZL A;  1ODY A;  5P8C A;  4COE A;  5KOS A;  5P2T A;  5P34 A;  5P0S A;  4J1F A;  2O4K A;  1YT9 A;  3OUC A;  3KDD A;  4HA5 A;  2QNP A;  5OZ0 A;  2WF4 A;  5P03 A;  4ZLS A;  3EMY A;  3KFR A;  4DQH A;  1XE6 A;  4LP9 A;  1GVX A;  3LIV A;  2ZGA A;  3LZV A;  5P2N A;  5P4H A;  3D1Z A;  2WF0 A;  2NMY A;  3JVW A;  5AH8 A;  2HB2 A;  1SGU A;  3NDU A;  1N49 A;  4MC9 A;  5P01 A;  3VV7 A;  3OHH A;  3FKT A;  5P8Q A;  2BPZ A;  2FGV A;  1NH0 A;  1T7J A;  5UPJ A;  1GVT A;  1OHR A;  5P80 A;  1YM2 A;  2JYS A;  1MET A;  4X2L A;  4F73 A;  4I0J A;  2PYM A;  3CIB A;  2I4Q A;  4Z50 A;  3PSY A;  3O9B A;  4CPR A;  4YD3 A;  2AOI A;  5P5V A;  3SA7 A;  2QHC A;  4LXA A;  1A8G A;  3WZ6 A;  4Y3X A;  5P38 A;  5P87 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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