1XS7D

Crystal structure of a cycloamide-urethane-derived novel inhibitor bound to human brain memapsin 2 (beta-secretase).
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
389
structure length
389
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-based design of cycloamide-urethane-derived novel inhibitors of human brain memapsin 2 (beta-secretase).
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 93
structure length 389
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2004-10-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
D PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xs7D01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1xs7D02
1QBUA 2P83A 3LIYA 3VYDA 5P5YA 3N4LA 1IZIA 5P6OA 4OD9A 2P3AA 1LYBB 3K5CA 4Y5BA 4CPQA 2APRA 5P5QA 4FSLA 3DV5A 2PYMA 3ZKMA 3VEUA 5P46A 3KT2A 2ZHUA 5P31A 5P58A 3EL9A 3OAGA 4F76A 2H6TA 1HPVA 4Y3AA 4M8YA 2AVOA 2AZCA 4AUCA 4HLAA 1HVCA 3PI5A 2OHRA 3O9DA 5P1HA 3HLOA 1FGCC 1E82E 3S56A 5OZ6A 5P1VA 2V13A 5P43A 4NPTA 1HHPA 3EKQA 2QZXA 3HVGA 5OZ1A 2QD7A 4ACUA 4DPFA 3QS1A 2R8NA 4B77A 1DIFA 2HB4A 2NNPA 1T7KA 4RRSA 3KA2A 5P00A 2AVVA 3URIA 4DPIA 1D4KA 3DCKA 5P75A 5P6VA 1TZSA 4YCKA 5AHAA 1BDQA 3PWMA 1LYWB 4PEPA 3SACA 3UDJA 3UDPA 5OYWA 5P0VA 4CPTA 1BVGA 5P4MA 3ER5E 2AVMA 4QJ9A 4Y47A 3VG1A 5P4CA 3VF7A 2I4VA 4Y5AA 3D1ZA 2G1RA 5P6RA 2PSGA 4BEKA 2BPZA 4L7HA 5P5KA 5P7QA 3SKFA 5KQFA 3EBZA 4DQCA 1G6LA 5OZOA 1SMRA 4I0GA 1SDVA 2WF0A 2JJIA 3KYRA 5P6PA 5P78A 4R5NA 5P5CA 5COKA 5TOLA 4EPJA 4DJPA 3ZPSA 5P8JA 4QJ8A 2RMPA 3OWNA 5P0AA 4FGXA 5IVSA 5P59A 5P8CA 2PWCA 2FDDA 3CICA 4TVGA 5P87A 3PVKA 5P2TA 5P6MA 5P84A 1DPJA 2IGYA 3U71A 3TOFA 4F75A 5B18A 1HPOA 4LP9A 1MRXA 5P0DA 4Y43A 1EPRE 3RTNA 3TPJA 3QIHA 4CPXA 5P0TA 3EL4A 4E43A 1F34A 4EJ8A 3PBDA 2WF2A 3BVAA 4KB9A 2P3BA 5P4AA 4B05A 3EM4A 1OEXA 2XFKA 5AH9A 4I0IA 3NR6A 1AZ5A 4L1AB 4Y4WA 3CKRA 4K8SA 1EPQE 2HAHA 3OADB 3KFNA 5P6ZA 5HDVA 5P0GA 5P3VA 4LXKA 3S7LA 2NXLA 4DI2A 1PPLE 1HVSA 3KF0A 2QHCA 2PC0A 5KR1A 3WZ6A 3IAWA 5P70A 2VNNA 5DR3A 4YD5A 3ER3E 2P3DA 1M43A 1TQFA 4K4QA 3G6ZA 5P5BA 5OZLA 5FIVA 3Q6YA 2AOGA 5P3QA 1ZPAA 4DV9A 1HXBA 5P4KA 3EKVA 3OXCA 2QI6A 5P7VA 2QAKA 2ER7E 4J0ZA 3PWWA 4Y3JA 4R93A 1SP5A 1K6VA 2FGVA 5P1IA 2I4UA 4DH6A 3RSVA 1J71A 1YM2A 5P4VA 5P2QA 4DQBA 2OHLA 4DFGA 4YD4A 2G21A 4RROA 1HIIA 5OYQA 3WZ8A 5P40A 5P36A 3OQFA 4Y4TA 5ER1E 5P16A 5P5UA 2P4JA 3DOXA 4DJRA 3L3AA 2V12C 3PCZA 3ZL7A 5P2XA 1ME6A 4I8ZA 3LIXA 5P5ZA 3CKPA 5P1CA 5P5DA 4Y4GA 4Y5MA 2P3CA 2IGXA 4FM8A 7HVPA 5P8SA 3LIZA 2WHHA 3T7PA 5CLMA 5P35A 5P30A 1QDMA 4N00A 5HCOA 5P8AA 5C9BA 4LL3A 4GJCA 1GVVA 3INHA 3K4VA 4WTUA 2R9BA 4J1CA 3GW5A 3QRSA 1C6ZA 3PGIA 4HE9A 4I0DA 3D91A 4XX4A 4RRNA 5P1LA 5AGZA 1ZPKA 5P6NA 1YX9A 1OHRA 1YG9A 5P81A 4DJOA 3O9LB 2WF4A 3I2LA 3KMXA 4Z50A 3IVHA 5P55A 5P3YA 5P77A 1YT9A 5DR7A 4OBHA 4IVTA 1B5FA 5P3LA 4J0PA 4EYRA 1WBKA 3WB4A 4B72A 2IQGA 1NPVA 5P2DA 2V0ZC 5P8KA 1AJXA 1XN2A 3PSUA 3EKYA 3NU3A 1HPXA 3QN8A 3GI0A 5P5VA 2ER9E 3ZPUA 4AA8A 1RL8A 3OK9A 4DUSA 2OHSA 1ZSRA 1KJHA 4Y53A 1APTE 4EQ0A 5P72A 2O4NA 2QMPA 5OZ2A 5P1RA 4RVIA 5P5MA 5P8OA 1IZHA 3OUAA 1W50A 4OBZB 3EM6A 2F3KA 3UDQA 2I0AA 3NU4A 5P8PA 1ZBGA 2CEMA 5P4HA 3Q70A 3KDDA 2FGUA 4J54A 5OZAA 1D4LA 3SKGA 2BKSA 1FMUA 1HVRA 5OYVA 5P4UA 5P0RA 4MC1A 3TOGA 2QMFA 3VF5A 1RQ9A 4CPSA 1AVFA 1MTRA 1D4HA 2UY0A 5P2ZA 5P80A 3B80A 3T6IA 5P0EA 5OZHA 4YDGA 5P5WA 5P7XA 1XS7D 2Q3KA 5P7CA 3IXOA 3S45A 5DGWA 5DQ4A 2B7ZA 3SFCA 5P42A 3OUDA 3GGXA 4FSEA 4ER4E 4OC6B 4J1KA 3Q3TA 1HVHA 5P7KA 4CKUA 1XL5A 4PYVA 3SAAA 1FFIC 3IXJA 3UFNA 5P1DA 5P6IA 4JPEA 1IVQA 5ENMA 3PMUA 1KJFA 5P2RA 4M8XA 1SGZA 2PH8A 5P01A 2VJ9A 3EL5A 1BVEA 5OZQA 2OHPA 5KOQA 5P8QA 4FS4A 5P1NA 3CKTA 5T4SA 2B7FA 5P0UA 3LIQA 1UH9A 1LYWA 1W5WA 5P56A 1SMEA 5OZ5A 5P3PA 3DV1A 2HPFA 5HCTA 2NPHA 5P1GA 2R38A 3AIDA 1EPME 5OZ3A 5P3AA 5OZMA 5P8GA 1UPJA 4PPHA 5P52A 4Y48A 4PZWA 5COOA 2R3WA 4DQHA 5P89A 1FQ4A 5P0JA 2VJ6A 3BRAA 3EKWA 5HE5A 1LF2A 5P65A 5P33A 4Y5EA 4J5JA 2QK5A 5P5TA 2G1OA 3QRVA 4Y45A 5P2KA 2G24A 5KR8A 1K1TA 1IVPA 4B70A 5P7ZA 4DJYA 3HDKA 1YTHA 5P1AA 1SIVA 3ZPTA 4EXHA 5P1EA 2O40A 1VIKA 1HTEA 2ZJIA 4ER1E 5P1BA 2QHYA 1FG6C 5OZDA 2XFJA 3O9IA 3OTYA 4Q1XA 4HDBA 1UH7A 3VF3A 5JFUA 2HC0A 5OZIA 5P0MA 1M0BA 2FDPA 5OZGA 5IVQA 4XX3A 1FF0C 1TSUA 5P2SA 3OUCA 3O9FA 4BFBA 1MTBA 2Q54A 4COEA 3UDHA 4YA8A 4APEA 3PCWA 5P6BA 4L1AA 5P4JA 5P4TA 5P7EA 2R43A 3KDCA 3HBOA 3OADA 5I3VA 2G20A 5OYZA 4HDPA 4Y44A 2I4WA 5P03A 5P4ZA 5BRYA 3L5DA 4K9HA 4GJ5A 5BWYA 2Z4OA 4F73A 4ZEAA 3TNEA 4D8CA 3QAAA 5P74A 3SPKA 3L38A 2FMBA 1QS8A 1XE5A 3L5CA 2ZHVA 3VFBA 5P2GA 2VJ7A 3U6AA 2IEOA 3IN4A 2B8LA 3NU5A 3GGVA 4RLDA 4FRIA 4RVXA 4Y5LA 2B42A 4ZLSA 5ER2E 1A30A 5P1YA 2OHQA 3T3CA 4FRSA 4RVJA 2I1AA 5P6WA 4MC2A 1GNOA 4U7VA 3GGAA 1HPSA 3SA9A 2FS4A 4I0ZA 1AM5A 3ECGA 2VIZA 5P25A 5P3NA 3VYFA 3LZVA 1T6EX 4JOOA 5P20A 1ZLFA 2ZYEA 4YOBA 3HZCA 5OYYA 1D4YA 3OXWA 2V00A 2CENA 5P2NA 5P54A 3S53A 3BVBA 1HTRB 4A6CA 1UH8A 2BPWA 4FAEA 1CZIE 1EC3A 3DCRA 2QZWA 3S43B 5P51A 1GKTA 1K2BA 4EJLA 4Y6MA 5OZWA 1DMPA 5P2JA 1MIQA 1XL2A 5OZ9A 3K5DA 5P6TA 1SH9A 5HTZA 2RKFA 5P4LA 1HIHA 5P4BA 3MSKA 4Y3XA 3ZKIA 5P5GA 5P6GA 3VSWA 3FNTA 2OHTA 1YTIA 1WKRA 4R95A 4Y4AA 5ISKA 2ZJJA 5P1ZA 3OQ7A 4QJ2A 2WEZA 1ODYA 2R5QA 5P1PA 3BXSA 3NLSA 3O9LA 3INDA 4J17A 4FRJA 5P1OA 1EBKC 5P7LA 4YE3A 1E81E 4LXAA 5COPA 2QZKA 2ZHTA 1D4JA 1OEWA 1BDRA 1QBRA 5AHCA 2AOFA 1KZKA 3TKGA 5P1SA 4OBKA 4ACXA 1BBSA 5P5AA 2ZJNA 2ER6E 5P0QA 1LZQA 2HB3A 4LXMA 5P3CA 4TRYA 3BC4A 3T7XA 1HOSA 2VIYA 5P3FA 2Q11A 3CIBA 3PI0A 3RSXA 1MVPA 5P34A 4FM6A 2F80A 1HVIA 2V10C 5P4GA 2PSVA 3R0YA 4Y51A 5P2VA 4I0JA 3EKXA 5P5OA 2ZHSA 1BIMA 1K1UA 3UDNA 4OBZA 3C9XA 5P66A 3EL0A 3WSJA 1T6GA 2UPJA 3HAUA 5P6FA 5P7IA 5I70A 3UTLA 1A8KA 3ZOVA 3OU3A 1KJGA 2VA7A 4DJWA 2O4LA 5P7WA 4B1DA 3GI4A 5OZ8A 3PHVA 4LHHA 1EC2A 1LF3A 3NU6A 2BBBA 3CIDA 3ZKNA 5P0PA 5P8EA 3EM3A 5P14A 1PSNA 1LEEA 4Y4UA 4ZSRA 1B6JA 5P7RA 1QRPE 1EAGA 3TPRA 5P15A 2I4DA 3HVPA 3K4VC 1FMBA 5P4SA 4MC6A 1K6PA 1EC0A 3QBFA 4OC6A 5C9FA 4Y3FA 3APRE 1LV1A 4OBJA 5SY2A 5P7JA 3URJA 2VA5A 2BPXA 4ZPEA 2WL0A 2JE4A 1LS5A 5OZVA 3Q4BA 5P38A 4ZSMA 4B78A 2G1NA 4EP2A 5KQXA 5DR8A 5P5JA 2OHNA 4A6BA 3LHGA 5OZ0A 5P3GA 1ZJ7A 1ZTZA 1YTGA 2JXRA 2HPEA 3PJ6A 4JPCA 2QU2A 4CPUA 3OU1B 4FLGA 5P4NA 2BJUA 5P6YA 4Y4BA 1Q9PA 3L58A 5P4PA 6APRE 9HVPA 5P7OA 4CPRA 4ZE6A 4Y38A 4Y58A 5P8FA 5P7TA 3SABA 5HDUA 3G72A 2QI0A 4L7GA 2Q63A 4GJ7A 4Z22A 5P3TA 3ZKSA 2IS0A 2ZHRA 5P50A 5P86A 5P8DA 3A2OA 1B11A 3O99A 1NSOA 5UPJA 4J1IA 3O9CA 3BUHA 2QCIA 3KMYA 4CPWA 5P3EA 4GIDA 2Q15A 2QHZA 1KJ4A 3UDKA 1HBVA 2G1YA 3UDYA 3NU9A 2ZJKA 5KQZA 4R92A 3PMYA 4AMTA 4NJSA 3VV8A 3H5BA 4U7QA 1N49A 5P39A 3OOZA 1Z8CA 5OYXA 4J1EA 5KQYA 1GVXA 4XKXA 3R4BA 4QJ7A 1DW6C 5P3BA 1GVWA 4IVSA 5P2CA 5P1UA 1NPAA 3QRMA 1K2CA 4X2LA 3SLZA 5P6CA 2FLEA 1BV7A 5OZNA 3I8WA 3FSMA 3OQAA 1SDTA 1NPWA 5P63A 3OUBA 4YBFA 1HVJA 3NXNA 5I3XA 4Y3DA 5P0CA 3EL1A 4Y57A 4UPJA 4Y50A 3K5FA 1PROA 1B6PA 3O9EA 4I0FA 4K4RA 4YD3A 3L5FA 2F8GA 5P0WA 3PLLA 5P3HA 4B0QA 3NXEA 4Q1WA 4S1GA 4GJDA 1F7AA 2ZE1A 4YBIA 4Y3HA 1MPPA 2BB9A 3NDUA 5IS4A 5P2BA 3QROA 5P8LA 3SA6A 3OTSA 5P5HA 3TPLA 1LYBA 2CEJA 5DQ5A 3JVWA 1ODXA 2P3BB 1A9MA 4YOAA 4GJ8A 2QZLA 4ZPFA 5P11A 4HVPA 5DQ2A 5P7GA 3L5BA 2J9KA 3OQKA 3KFPA 4Y4EA 2FNTA 1G35A 4JP9A 3VV6A 3R1GB 4CP7A 3NSHA 2AIDA 3NDWA 3BGBA 4Y4JA 5P61A 4Y4ZA 3OXXA 2IKOA 4J1FA 2WF1A 3UQRA 1LYAB 1HXWA 5P6AA 4FCOA 3ZMGA 2G26A 2OF0A 5AH6A 5P7SA 5HE7A 5F00A 4J0TA 3HD8A 6FIVA 3UQXA 5P2MA 5P2AA 5P07A 2IL2A 1Z1HA 5OZKA 5BS4A 1G2KA 3O9BA 3PM4A 1HEFE 3SA4A 2HS2A 3VLBA 5P1FA 5P27A 4FRKA 2WJOA 2R5PA 3I25A 1GNMA 3JW2A 3AUPA 1W5YA 2H6SA 3RVIA 5P1QA 4L7JA 5OYUA 2WEAA 5OYTA 2F3EA 4J1HA 3FX5A 1QBSA 3PRSA 2RKGA 3UFLA 1META 5P1WA 1W51A 4NKKA 4YHQA 1CMSA 4LAPA 3LPJA 4Y35A 2R3TA 4GZFA 2UXZA 5HE4A 4HA5A 4YD7A 4YCTA 4FE6A 3LZSA 3BHEA 5P8MA 3INEA 2HS1A 8HVPA 4L6BA 5P3JA 3K1WA 5ENKA 3L59A 1MEUA 2ZJHA 3KFSA 4FIVA 5P32A 5P48A 5OZ7A 4EQJA 3T7QA 1EBWA 5P4EA 5P88A 3SM1A 2ANLA 1BAIA 5P4XA 1MT9A 2Q55A 3OQDA 2BQVA 3NWQA 5P3DA 2PWRA 4Q1YA 1FQ5A 5P13A 3NWXA 4H3GA 2WF3A 5OZXA 1YM4A 4EJKA 1EC1A 5JODA 5P24A 3S54A 1HSHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1QBU A;  2P83 A;  3LIY A;  3VYD A;  5P5Y A;  3N4L A;  1IZI A;  5P6O A;  4OD9 A;  2P3A A;  1LYB B;  3K5C A;  4Y5B A;  4CPQ A;  2APR A;  5P5Q A;  4FSL A;  3DV5 A;  2PYM A;  3ZKM A;  3VEU A;  5P46 A;  3KT2 A;  2ZHU A;  5P31 A;  5P58 A;  3EL9 A;  3OAG A;  4F76 A;  2H6T A;  1HPV A;  4Y3A A;  4M8Y A;  2AVO A;  2AZC A;  4AUC A;  4HLA A;  1HVC A;  3PI5 A;  2OHR A;  3O9D A;  5P1H A;  3HLO A;  1FGC C;  1E82 E;  3S56 A;  5OZ6 A;  5P1V A;  2V13 A;  5P43 A;  4NPT A;  1HHP A;  3EKQ A;  2QZX A;  3HVG A;  5OZ1 A;  2QD7 A;  4ACU A;  4DPF A;  3QS1 A;  2R8N A;  4B77 A;  1DIF A;  2HB4 A;  2NNP A;  1T7K A;  4RRS A;  3KA2 A;  5P00 A;  2AVV A;  3URI A;  4DPI A;  1D4K A;  3DCK A;  5P75 A;  5P6V A;  1TZS A;  4YCK A;  5AHA A;  1BDQ A;  3PWM A;  1LYW B;  4PEP A;  3SAC A;  3UDJ A;  3UDP A;  5OYW A;  5P0V A;  4CPT A;  1BVG A;  5P4M A;  3ER5 E;  2AVM A;  4QJ9 A;  4Y47 A;  3VG1 A;  5P4C A;  3VF7 A;  2I4V A;  4Y5A A;  3D1Z A;  2G1R A;  5P6R A;  2PSG A;  4BEK A;  2BPZ A;  4L7H A;  5P5K A;  5P7Q A;  3SKF A;  5KQF A;  3EBZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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