1YM4A

Crystal structure of human beta secretase complexed with nvp-amk640
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
389
structure length
379
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-based design, synthesis, and memapsin 2 (BACE) inhibitory activity of carbocyclic and heterocyclic peptidomimetics
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
source organism Homo sapiens
molecule keywords Beta-secretase 1
total genus 94
structure length 379
sequence length 389
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2005-01-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym4A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ym4A02
5P59A 5T4SA 4LP9A 4KE0A 5P7VA 5P2XA 3TKWA 4B1DA 5P5PA 3D1XA 4H3FA 4GIDA 4Y57A 5P5VA 5P6HA 5E5JA 3VFBA 4Y4XA 3LPJA 3OU4B 1HTGA 4FRIA 1ZPAA 3WZ6A 2AQUA 5P2HA 3ZKIA 3QP0A 3S53A 4L7JA 1MEUA 2HPFA 1AJXA 3GI0A 4PZWA 5P7XA 3SA9A 1FGCC 5P12A 4OD9B 4B78A 3ZMGA 5P1CA 1HPXA 3TPJA 3NWXA 4X2LA 2ER7E 3AIDA 1QBRA 1WKRA 5P2AA 3UHLA 7UPJA 4Q1XA 1PPME 4FCOA 2Z54A 1LYWA 1KJGA 5OZ6A 5AH9A 1XS7D 4I0GA 4LXAA 5HDZA 4Y3EA 1SGZA 1CPIA 5P1MA 5AGZA 5OZNA 3ST5A 3VFAA 3Q70A 2Q63A 2ER0E 2AVSA 4DJVA 4EJ8A 3NU3A 2NR6A 5OZXA 2FIVA 1BIMA 3FNTA 3INHA 2BPZA 1QBSA 1UH9A 2I4QA 5P4PA 3BUFA 1HBVA 2B7FA 4CPXA 5P5RA 5OZRA 3RVIA 5P5ZA 5P1VA 2Q11A 2QP8A 4Y3SA 2VIYA 4AA9A 3Q5HA 3FNUA 5P63A 3R4BA 3UQRA 5CONA 1LF2A 2Q64A 5JFUA 4S1GA 3QN8A 2QCIA 1FQ7A 5P0FA 4YCKA 5P1BA 5P7QA 4Y4TA 4JECA 2WEDA 5P01A 3QRVA 1CMSA 5P71A 5P2GA 4D8CA 4FE6A 5P20A 5P88A 1HVJA 2V13A 3HLOA 5HDXA 1BDRA 4R92A 2BQVA 2WEBA 1EBWA 5P8BA 4B77A 1NPAA 2APRA 1IZEA 4B70A 2AIDA 4CPUA 5P70A 5P1AA 5P8OA 5P3VA 1U8GA 1HVIA 4YHQA 3URLA 4R8YA 2JYSA 4DV9A 1A30A 3O9GA 4Y5BA 1Z8CA 4J1FA 5P4WA 5P3DA 2WF2A 2FDPA 2R8NA 4RCFA 4Y3WA 4Y39A 5P3SA 5P5IA 4EP3A 3OQKA 2F80A 3CYXA 5DPZA 1FQ6A 1FLHA 2AZCA 5P45A 3OU1A 3ECGA 2VJ9A 5P2ZA 3IAWA 3N4LA 4Y45A 3WZ7A 1EPRE 2P3BA 5P77A 1K1TA 3SA7A 5DR4A 3TL9A 5P4AA 3L5EA 4RRNA 1AJVA 3K4VA 3EL9A 1MT8A 3QI1A 2G1SA 5P78A 4TVHA 5P7MA 2F8GA 2O4KA 5UPJA 1Z1HA 2I0DA 4I0JA 1PROA 1LYBA 3RU1A 1LYAA 3OWNA 3OU1B 4J1CA 1IZHA 3LITA 2WF4A 1FQ8A 2P3BB 2J9JA 5P5XA 3SQFA 4YA8A 3R0YA 5HCTA 5P2BA 2V0ZC 3OHHA 5OZJA 1XN3A 4IVTA 3TOFA 4U8WA 1KJHA 2CENA 3BXRA 3CIDA 3JVYA 5AHCA 3URJA 4Y4DA 5P36A 5P1IA 3EKVA 1PSNA 5DQ1A 3IN3A 4ZPEA 1NSOA 5P1WA 3JW2A 5P0ZA 3LZYA 2SAMA 4D85A 1HWRA 1MIQA 1ZP8A 3EXOA 5P8LA 2BJUA 1ZSRA 4DPIA 5P3KA 3O9FA 5P29A 3PJ6A 4Z50A 1MUIA 5P10A 2FXEA 1LEEA 3I8WA 1QDMA 1EPLE 1W6HA 5OZFA 4E43A 1OEWA 4Y3JA 4I0DA 2F3KA 5P55A 2F3EA 4BFBA 5P0SA 3I2LA 3EKTA 4K9HA 4OBGA 5OZUA 1D4JA 2BB9A 5P4RA 1BAIA 5P7YA 3OXWA 3KA2A 2FGUA 3QPJA 5P1JA 3OUCA 5P6ZA 5P5DA 5P86A 4CPRA 3DCRA 5P7SA 1C6ZA 5P6IA 2Z4OA 5P3TA 4FM8A 3BVAA 5P6WA 2I1AA 2IS0A 3S7MA 2G1YA 5P47A 1OD1A 5P03A 5P44A 5P8GA 5P8SA 3D1YA 4GYEA 5P7RA 3Q6YA 3KMYA 3LZVA 1K2BA 2IKOA 5P6NA 5JODA 5OZLA 5AH7A 2QU3A 5P4JA 5P5NA 5P7EA 4EXHA 4J17A 5KQZA 2PC0A 1ODYA 1D4IA 5P5TA 3T7PA 5P65A 4Y4ZA 1BXOA 4Y51A 2WEAA 4Y3GA 3BGBA 4NJSA 4J0ZA 1IZIA 4RROA 5DR7A 5P1FA 5P1KA 5P02A 4GJ5A 5P0CA 4Y3RA 4YD5A 5IVSA 5P0EA 5P8KA 4DQHA 1HPVA 5P8TA 3VSWA 4Y4JA 7HVPA 3PLDA 5OZ5A 5P0UA 4L1AB 2P4JA 4EP2A 1BDLA 2QD7A 2QU2A 1ENTE 3FV3A 5J25A 3T3CA 4Y3DA 3O9HA 5P28A 1W5XA 4HVPA 5DR8A 1C6XA 3BVBA 2PSVA 5P2YA 2HAHA 5OZZA 3S56A 4DQEA 4Y3PA 4GJ7A 4CPQA 3TH9A 4QJAA 2AOIA 2PSGA 2OHMA 4EPJA 5P50A 2QMFA 1TQFA 5OZEA 1FF0C 3VF5A 3L5FA 5DQCA 4XX3A 5ISKA 1MT9A 4ZLSA 4K4QA 4Y43A 5P0TA 2OHPA 3K4VC 4PPHA 1BV7A 2Q15A 5P1GA 4ACXA 3ZOVA 3DOXA 4ER2E 4RCEA 2WEZA 2ZDZA 3VLAA 3URIA 1T6EX 1EBZA 3VEUA 5P1HA 5P7IA 4BEKA 3EM4A 3S43A 3EKPA 3T6IA 3EL5A 1HPSA 1SGUA 1T7JA 2IDWA 5P5FA 3QRSA 1RPIA 5SY2A 1F34A 5P2VA 4YD4A 3TOHA 5ENKA 1GVVA 4B0QA 2QZWA 5P2NA 1BVGA 5P00A 5HE4A 5P24A 4GJBA 3OHFA 3UQUA 2H6SA 5P4KA 3U7SA 4TVGA 2NMZA 2P83A 5P5MA 1YTJA 4Y5NA 3KDBA 3RTNA 4WY6A 2B60A 3DV1A 3L58A 5P4TA 3SKGA 3OADB 2ZJMA 4Y9WA 5BRYA 3OUBA 3PBZA 2PH8A 4TRZA 1EPME 2HPEA 3C9XA 4YBFA 3RTMA 5P8NA 5P49A 5P8PA 1KZKA 5KR8A 4Z22A 4B72A 4OBZB 4I10A 4RVXA 1D4LA 3PCZA 5P4YA 2VIJA 1APUE 5DQ4A 1APVE 1SDUA 4R5NA 3NXEA 3PEPA 3PMUA 3LIQA 2BBBA 3QVIA 4Y37A 1HHPA 1EBKC 3O9LB 3MSJA 1ZBGA 5COKA 5P6OA 3T7XA 3MXEA 5P1YA 3S45A 1W50A 3VV7A 4I0HA 3T11A 3UFLA 2QK5A 1K2CA 3IXKA 5P6KA 5P6VA 1TCWA 5P1EA 1HVLA 5P22A 2WECA 4GJAA 4A4QA 3HD8A 3VF7A 5OZKA 3UDRA 3LIVA 3U6AA 4N00A 3OU4A 2QI6A 5P07A 4Y3YA 3PCWA 4NJUA 5OZ0A 4DQCA 3DM6A 4L6BA 4WY1A 5P7ZA 4R91A 2AODA 4F73A 4QJ9A 3NDTA 1G0VA 2G1RA 5HE5A 3D1ZA 2H6TA 1AIDA 5P1RA 3N3IA 4OD9A 2RENA 4XKXA 3NU5A 5P69A 3VSXA 1IDAA 4D89A 5KR2A 2P3AA 5COOA 3TPPA 3GI4A 4GJ8A 2QI0A 5P8VA 1XE6A 4Q1NA 1EPPE 2IEOA 4FL8A 4J0TA 1HOSA 3KN0A 4OC6B 3PVKA 1AM5A 4KUPA 5P5GA 4DQFA 2G1OA 3O99A 2AVVA 5P6BA 5P0JA 5HU1A 3R1GB 5P4DA 1OHRA 4PHVA 3PGIA 1EPQE 1D4SA 3WB4A 3ER3E 1K1UA 5P09A 3NU4A 4J55A 1YTHA 3M9FA 1AXAA 4EJDA 5P8RA 3OQ7A 1MERA 4Y3AA 1G2KA 4ZSPA 1OEXA 1HIIA 1XL5A 4Y36A 5P76A 5DGUA 5OZ3A 2VJ7A 1T6GA 3NUOA 3PWRA 4JOOA 3G72A 5P1LA 5OZSA 1FQXA 4Y50A 4FGXA 2OHNA 5P2MA 3SA8A 2G26A 6UPJA 5P27A 8HVPA 3LZSA 4J0YA 4I11A 2JXRA 2BPWA 4GMIA 1D4HA 1W51A 5P3RA 2HS1A 4LL3A 3NDXA 2WHHA 3OXCA 5P40A 3SACA 5P33A 5P4CA 2P8HA 1ZSFA 4H3IA 5P73A 2PK5A 3UCBA 5P1DA 1M43A 1M0BA 3KDCA 5EZZA 2V10C 2WKZA 5OZ9A 3VCMA 4Y41A 5P3EA 3HVPA 2QMPA 1LS5A 4LHHA 4Q1WA 1HTFA 2VIZA 4NJTA 2OAHA 2PYNA 5P60A 4CPWA 5F01A 4RYCA 3BUHA 1QRPE 4YBIA 5P84A 5P0WA 2Q5KA 2ZJKA 3SLZA 3RTHA 5P3HA 1XL2A 4AMTA 2QI4A 2VA5A 5P7FA 4DJWA 2A1EA 4CPSA 1VIKA 1B6LA 1MRXA 5P8DA 3S2OA 3BC4A 4EWOA 1HSHA 3DCKA 3PWWA 1IZDA 3VG1A 3LPKA 5SY3A 1UH8A 3NXNA 3CIBA 5P3OA 3ZKGA 3T7QA 2HB2A 2Q54A 5ER2E 4EHCA 2O4LA 1BILA 4DJXA 2RKFA 1W6IA 3IXOA 1C6YA 1T7IA 3L38A 5DQ2A 4LXKA 4EJKA 5P6CA 1ZAPA 5P3WA 4D88A 5OYVA 1FIVA 5P87A 5P79A 4D83A 4I8WA 5P7DA 5P17A 5P2CA 3KFSA 1TSUA 3ZKQA 5P5HA 3Q3TA 4LAPA 3PHVA 2I0AA 4YDGA 2QI5A 3UDHA 4Y3HA 1K6TA 2R43A 4YD6A 5JFPA 4H1EA 4HDBA 1QBUA 1KJ7A 4QLHA 5P3ZA 4TRWA 4NPTA 5P2IA 5P8HA 5P8QA 1FMUA 4LC7A 5E5KA 2MIPA 5KOQA 3K5GA 4QJ2A 1D4KA 5P30A 2G22A 5P3MA 2J9KA 4ZPFA 5P6EA 3UDJA 3KT2A 5IVTA 4FAEA 3KFRA 4YD7A 5I3XA 3EL4A 2QZKA 2FLEA 3TPLA 1MTBA 1KJ4A 4YD3A 1KJFA 4Y3QA 5HDUA 1GVUA 3EKQA 4K8SA 5P1SA 4Y5EA 3O9IA 3EBZA 1IIQA 2IGYA 4YOBA 1B11A 5P5YA 3SABA 2UPJA 2FDDA 5P1TA 1EAGA 4Y5PA 2ER9E 5EZXA 3OQDA 5P39A 3UFNA 2R5PA 4B1CA 2QI1A 2ZHSA 3BRAA 1FKNA 5BS4A 3FIVA 3CYWA 4Y4GA 1BV9A 3L5BA 5P4VA 1IVQA 5OYSA 4RVIA 5P6SA 1EC0A 4J1EA 5P3FA 5P82A 1PSOE 1YM4A 5OZGA 2QI7A 3TLHA 4ZSRA 3SM1A 5DGWA 2VKMA 4I12A 4J5JA 4RCDA 3KM4A 5P2WA 2F81A 4FAFA 1LF4A 2ZHVA 2IKUA 5KOSA 2PK6A 2R5QA 5DQ5A 2VNMA 1EPOE 5P2KA 1F7AA 5P8MA 4ZE6A 5F00A 5I3VA 3MSKA 4MC6A 3F9QA 4L1AA 4A6CA 5P5WA 4ER1E 2F3FA 2I4VA 4DH6A 5P2SA 3WZ8A 5COPA 2R9BA 3B7VA 3UDKA 1DMPA 3BUGA 3OOTA 3WB5A 3OOZA 2UXZA 5OZ4A 5P7KA 3PSYA 3TKGA 1J71A 3B80A 4QJ8A 5P6PA 5P4XA 5P0PA 2IRZA 3HVGA 1MTRA 5C9DA 2G21A 4LXMA 3OQFA 3LINA 2BPXA 5P8IA 2FGVA 4DQBA 2OHUA 2VA6A 2IGXA 5P0HA 4TRYA 5DR1A 2R3TA 1FFFC 2Q55A 5P6JA 1HEFE 1YTIA 2ZHRA 3ZKNA 4I1CA 5C9FA 4PZXA 3D20A 2QHZA 5P7PA 5P0AA 5P19A 3LHGA 5P41A 4JPCA 1FMXA 5P26A 4XX4A 5P2DA 3PSGA 3H0BA 5C9BA 4QJ6A 2QZLA 5P1QA 1RV7A 3SA6A 5P0IA 3GGAA 3NSHA 3QBFA 2P3DA 1N49A 4DI2A 4GJ9A 4J54A 3IGBA 5P31A 5P64A 5P3UA 2WF3A 1A8GA 1TW7A 2O4NA 5P6UA 5P6XA 5P08A 2EWYA 5P35A 2O4PA 2I4DA 3MWSA 2V16C 4Y47A 2G20A 3OTYA 5P51A 4B00A 3PSUA 4MC1A 5P4OA 3ZLQA 3OADA 3ZKSA 3EMYA 4Z4XA 2FMBA 2AOEA 4HEGA 3UF3A 1LV1A 4B1EA 5APRE 1LZQA 3QAAA 2VNNA 3QVCA 5P0QA 3GI6A 4OBZA 1APWE 2ASIA 3KFNA 4L7HA 4Y58A 2G24A 2PMAA 5P4SA 3EC0A 3GW5A 5P13A 5P3IA 1GNNA 3L59A 1BWAA 3IVIA 5P1OA 5P4LA 4Y3ZA 5IS4A 3LIYA 3O9LA 2I4WA 4J1KA 2HIZA 2HM1A 3KF0A 4A6BA 2QD8A 5HCOA 2JE4A 4ZEAA 5P7BA 1EBYA 4HZTA 5P34A 3IA9A 5P3YA 2RSPA 1XE5A 3PI0A 1IBQA 3OGQA 5P0RA 2B8VA 3U71A 3KT5A 1DPJA 1DAZC 5P4QA 1BDQA 3CKRA 3KFPA 5P4IA 3VV8A 5P2FA 4RLDA 5OZHA 1XN2A 5I70A 3VV6A 3FSMA 2AZ8A 4PEPA 5DR0A 3SA3A 5P5OA 5P6FA 4DJUA 4Z2ZA 2FDEA 1GNOA 1SIVA 1SBGA 2OHKA 5IE1A 5P0XA 1B5FB 5P4FA 3SPKA 3OXXA 3IXJA 5P3JA 9HVPA 5OYZA 4FRJA 1HRNA 1SIPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P59 A;  5T4S A;  4LP9 A;  4KE0 A;  5P7V A;  5P2X A;  3TKW A;  4B1D A;  5P5P A;  3D1X A;  4H3F A;  4GID A;  4Y57 A;  5P5V A;  5P6H A;  5E5J A;  3VFB A;  4Y4X A;  3LPJ A;  3OU4 B;  1HTG A;  4FRI A;  1ZPA A;  3WZ6 A;  2AQU A;  5P2H A;  3ZKI A;  3QP0 A;  3S53 A;  4L7J A;  1MEU A;  2HPF A;  1AJX A;  3GI0 A;  4PZW A;  5P7X A;  3SA9 A;  1FGC C;  5P12 A;  4OD9 B;  4B78 A;  3ZMG A;  5P1C A;  1HPX A;  3TPJ A;  3NWX A;  4X2L A;  2ER7 E;  3AID A;  1QBR A;  1WKR A;  5P2A A;  3UHL A;  7UPJ A;  4Q1X A;  1PPM E;  4FCO A;  2Z54 A;  1LYW A;  1KJG A;  5OZ6 A;  5AH9 A;  1XS7 D;  4I0G A;  4LXA A;  5HDZ A;  4Y3E A;  1SGZ A;  1CPI A;  5P1M A;  5AGZ A;  5OZN A;  3ST5 A;  3VFA A;  3Q70 A;  2Q63 A;  2ER0 E;  2AVS A;  4DJV A;  4EJ8 A;  3NU3 A;  2NR6 A;  5OZX A;  2FIV A;  1BIM A;  3FNT A;  3INH A;  2BPZ A;  1QBS A;  1UH9 A;  2I4Q A;  5P4P A;  3BUF A;  1HBV A;  2B7F A;  4CPX A;  5P5R A;  5OZR A;  3RVI A;  5P5Z A;  5P1V A;  2Q11 A;  2QP8 A;  4Y3S A;  2VIY A;  4AA9 A;  3Q5H A;  3FNU A;  5P63 A;  3R4B A;  3UQR A;  5CON A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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